一種與二花臉母豬產(chǎn)仔性狀相關的snp標記、檢測方法及應用
【技術領域】
[0001] 本發(fā)明屬于分子生物學技術領域，涉及一種與二花臉母豬產(chǎn)仔性狀相關的SNP標 記、檢測方法及應用。
【背景技術】
[0002] 豬產(chǎn)仔數(shù)是重要的經(jīng)濟性狀，產(chǎn)仔數(shù)的提高將會大大地增加商品豬肉的供應量， 給現(xiàn)代養(yǎng)豬生產(chǎn)帶來巨大的經(jīng)濟效益。隨著我國經(jīng)濟持續(xù)快速的發(fā)展，人們生活水平逐漸 提高，對豬肉的需求量也越來越大。2014年12月底我國能繁母豬存欄數(shù)4300萬頭，如果母 豬平均每胎多產(chǎn)仔1頭，按每年每頭母豬產(chǎn)2胎計算，則每年可為整個行業(yè)多提供約9000 萬頭豬。因此，人們也越來越關注如何提高豬的產(chǎn)仔數(shù)性能。然而，產(chǎn)仔數(shù)為復雜多基因控 制的經(jīng)濟性狀，遺傳力低，通過傳統(tǒng)的選育方法提高豬產(chǎn)仔數(shù)收效甚微，所以開發(fā)和利用新 的分子選育標記來提高豬的繁殖性能倍受重視。
[0003] 二花臉是位于我國太湖流域的國家級畜禽遺傳資源保護品種，是我國勞動人民 千百年來選育的產(chǎn)仔性能極其優(yōu)秀的地方豬種資源。根據(jù)發(fā)明人所在單位對二花臉豬群 最大基地"焦溪二花臉豬專業(yè)合作社"內(nèi)177頭二花臉約1000窩產(chǎn)仔數(shù)據(jù)分析來看，二花 臉群體內(nèi)產(chǎn)仔性能已出現(xiàn)顯著分離，尤其是初產(chǎn)總產(chǎn)仔數(shù)和產(chǎn)活仔數(shù)變異系數(shù)分別達到 22. 14%和26. 97% ;經(jīng)產(chǎn)也分別為19. 87%和22. 14%。然而目前導致二花臉豬品種內(nèi)產(chǎn) 仔數(shù)變異的遺傳機理尚不清楚。
[0004] 多年以來雖然國內(nèi)已有大量的研宄機構利用二花臉來鑒別二花臉豬種高繁殖力 的遺傳機理，但限于研宄方法、手段、材料及繁殖性狀本身復雜性等眾多因素的制約，二花 臉豬種高繁殖力遺傳機制并沒有得到充分的揭示和有效的利用。因此，為保護好我國人民 千百年來選育的二花臉品種的高產(chǎn)仔性能，我們急需鑒別出影響二花臉豬品種內(nèi)產(chǎn)仔數(shù)變 異的基因和標記，通過分子標記選擇技術加快恢復和提升二花臉豬種的產(chǎn)仔性能，培育性 能相對穩(wěn)定的高產(chǎn)群體、鞏固太湖流域這些地方豬種的高產(chǎn)優(yōu)勢。
[0005] 從國際豬 QTL 數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站（http://www. animalgenome. org/cgi-bin/QTLdb/SS/ index)可知，目前在豬除10、11號染色體及性染色體上沒有定位到影響總產(chǎn)仔數(shù)的QTL，其 它常染色體上都已定位到影響總產(chǎn)仔數(shù)的QTL，但大部分是利用微衛(wèi)星標記定位的QTL，置 信區(qū)間多在10-20cM，無法確定真正的主效基因及其關鍵變異位點，因此難以直接應用于種 豬選育改良。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0006] 本發(fā)明的目的在于針對現(xiàn)有技術不足，產(chǎn)仔數(shù)的低遺傳力，提供與母豬窩總產(chǎn)仔 數(shù)相關的SNP標記。
[0007] 本發(fā)明的另一個目的在于提供用于檢測上述SNP標記的引物和檢測方法。
[0008] 本發(fā)明的另一個目的在于提供上述SNP標記的用途。
[0009] -種與二花臉母豬產(chǎn)仔性狀相關的SNP標記，所述SNP標記位于豬14號染色體上 的二三磷酸核苷酸水解酶-1基因ENTTO1的核苷酸序列上，所述SNP標記的位點為國際豬 基因組10. 2版本參考序列14號染色體上g. 117011153核苷酸位點，且具有A/G多態(tài)性，所 述SNP標記與二花臉母豬窩產(chǎn)總仔數(shù)極顯著相關。g. 117011153位點具有GG基因型的二花 臉個體母豬窩總產(chǎn)仔數(shù)顯著高于具有AA基因型的二花臉個體母豬窩總產(chǎn)仔數(shù)。
[0010] 一種基于本發(fā)明所述的SNP開發(fā)分子標記的方法，以含有本發(fā)明所述的SNP標記 的核苷酸序列為基礎序列，設計引物對，以二花臉母豬基因組DNA為模板進行PCR擴增，使 權利要求1所述的SNP標記轉(zhuǎn)化為分子標記。
[0011] 其中，所述的引物對優(yōu)選上游引物：SEQ ID NO :2,下游引物：SEQ ID NO :3 ;所述的 分子標記優(yōu)選序列如SEQ ID NO :1所示，所述的SNP位點位于第894位，存在A/G多態(tài)性。
[0012] 按照本發(fā)明所述的方法得到的分子標記。
[0013] 所述的分子標記優(yōu)選序列如SEQ ID NO : 1所示，所述的SNP位點位于第894位，存 在A/G多態(tài)性。
[0014] -種用于檢測本發(fā)明所述的SNP標記的引物對，上游引物為：SEQ ID NO :2,下游 引物為：SEQ ID NO :3。
[0015] 一種檢測本發(fā)明所述的SNP標記的方法，包含PCR擴增二花臉母豬基因組中含有 所述的SNP標記的一段序列，對擴增產(chǎn)物進行測序，判讀該位點的A/G多態(tài)性。
[0016] 本發(fā)明所述的檢測本發(fā)明所述的SNP標記的方法優(yōu)選包括以下步驟：
[0017] (1)取一頭二花臉母豬的耳組織樣品并提取總DNA ;
[0018] (2)用已提取的二花臉母豬基因組DNA為模板，使用本發(fā)明所述的引物進行PCR擴 增；
[0019] (3)擴增產(chǎn)物進行測序，分析測序結果，判讀在SEQ ID NO :1第894位的A/G多態(tài) 性。
[0020] 本發(fā)明所述的SNP標記、所述的分子標記、所述的引物在篩選高產(chǎn)二花臉母豬品 系中的應用。
[0021] 一種篩選高產(chǎn)二花臉母豬品系的方法，包括檢測二花臉母豬g. 117011153核苷酸 位點的基因型，選育g. 117011153核苷酸位點的GG型個體作為種豬。有益效果：
[0022] 本發(fā)明提供的SNP標記與二花臉母豬的產(chǎn)仔性能相關，因此，可以通過鑒定該SNP 標記來篩選高產(chǎn)的二花臉母豬品系，所得的二花臉母豬高產(chǎn)品系具有重要的經(jīng)濟效益與社 會價值。
【附圖說明】
[0023] 圖1為高產(chǎn)與相對低產(chǎn)二花臉群體間染色體上SNP標記Fst值的分布情況。其中， 豬的18條常染色體及X染色體信息標識于X軸。
[0024] 圖2為使用本發(fā)明的引物擴增ENTHH基因的電泳圖。
[0025] 圖3為ENTHH基因的突變位點不同基因型的DNA測序結果峰圖。
【具體實施方式】
[0026] 以下實施例用于說明本發(fā)明，但不用來限制本發(fā)明的范圍。在不背離本發(fā)明精神 和本質(zhì)的情況下，對本發(fā)明方法、步驟或條件所作的修改或替換，均屬于本發(fā)明的范圍。
[0027] 實施例1
[0028] 1、實驗動物來源
[0029] 江蘇常州焦溪二花臉豬專業(yè)合作社。
[0030] 計算177頭二花臉母豬的育種值，計算模型為Y(窩產(chǎn)總仔數(shù)）=parity(胎 次）+farm (場）+year (年度）-season (季節(jié)）+age (母豬分娩年齡）+sire (與配公 豬）+permanent effect+additive effect (母豬的永久效應）+e (殘差），
[0031] 其中包括固定效應-胎次、母豬分娩的場/年/季，協(xié)變量-母豬分娩的年齡，隨 機
[0032] 效應-與配公豬，永久效應-母豬，個體加性遺傳值。選擇育種值排在最前或最后 且產(chǎn)仔記錄在3胎以上的個體各18個個體。
[0033] 2、提取基因組DNA
[0034] 采集36頭母豬的耳組織樣品，放置于裝有70%酒精的離心管內(nèi)，-20°C冰箱保存 備用。
[0035] 使用傳統(tǒng)酚/氯仿法提取耳組織基因組DNA，所需試劑包括：
[0036] 裂解液實驗室配備
[0037] 蛋白酶K(德國MERCK生物科技有限公司）
[0038] Tris飽和酚（北京索萊寶生物科技有限公司）
[0039] Tris飽和酚：氯仿：異戊醇（25 :24 :1)(北京索萊寶生物科技有限公司）
[0040] 氯仿（江蘇永華精細化學品有限公司）
[0041] 無水乙醇（廣東光華科技股份有限公司）
[0042] 3M乙酸鈉（北京索萊寶生物科技有限公司）
[0043] 具體步驟如下所述：
[0044](1)取黃豆大小組織樣，盡量剪碎放入2ml離心管中；
[0045] (2)加入裂解液（自己配備）800 y L，及蛋白酶K 30 y L (Omg/ml);
[0046] (3)樣品置于55°