一種檢測與肺癌易感性及化療敏感性相關(guān)基因的多態(tài)性的試劑盒及其應用的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明公開了一種檢測與肺癌易感性及化療敏感性相關(guān)基因的多態(tài)性的試劑盒，該試劑盒中含有檢測WISP1基因C3290T位點的探針和引物，所述探針和引物能與WISP1基因C3290T位點前后的基因序列特異性結(jié)合并擴增出包含WISP1基因C3290T位點的基因序列。本發(fā)明是基于Taqman分型方法檢測基因多態(tài)性的試劑盒，該試劑盒能準確、快速、簡便地檢測與非小細胞肺癌鉑類藥物化療敏感性相關(guān)的基因位點（WISP1基因C3290T多態(tài)性）。
【專利說明】一種檢測與肺癌易感性及化療敏感性相關(guān)基因的多態(tài)性的試劑盒及其應用
【技術(shù)領域】
[0001]本發(fā)明屬于生物【技術(shù)領域】，具體涉及一種檢測與肺癌易感性及化療敏感性相關(guān)基因的多態(tài)性的試劑盒及其應用。
【背景技術(shù)】
[0002]Wntl 誘導通路蛋白 I (Wntl inducible signaling pathway protein 1,WISP1)是生長因子高半胱氨酸蛋白61/結(jié)締組織生長因子/腎母細胞瘤基因(CYR61/CTGF/N0V.CCN)家族的成員之一，對細胞增殖、粘附、生存等具有調(diào)節(jié)作用。
[0003]人類WISPl基因位于8q24.1_q24.3，有5個外顯子和4個內(nèi)含子，編碼367個氨基酸，編碼蛋白為40kDa。有研究表明，WISPl的表達水平與多種肺疾病相關(guān)，如急性肺損傷，肺纖維化及肺癌等。在非小細胞肺癌患者的癌組織中，WISPl呈高表達現(xiàn)象，并且其表達水平與非小細胞肺癌患者的預后相關(guān)。
[0004]研究報道WISPl基因多態(tài)性與多種疾病相關(guān)，并采用了不同的基因分型方法來進行檢測。例如，A2364G(rs2929970)多態(tài)性與多種疾病相關(guān)。有研究采用Taqman探針法證明了它與脊柱骨關(guān)節(jié)炎相關(guān)；用溶解曲線法探究了此位點與高血壓的關(guān)系；還有用質(zhì)譜分型方法研究了它與結(jié)腸癌的關(guān)系。溶解曲線法及質(zhì)譜分型是針對大樣本多位點的高通量分型方法，而Taqman探針法是中通量分型的金標準，并且具有靈敏性高、花費相對較少的優(yōu)點。
[0005]Taqman探針法是在PCR上下游引物間選取一段序列作為探針，并在探針上標記熒光基團和淬滅基團，該探針可與模板結(jié)合，在延伸反應中，當引物合成至探針與模板結(jié)合處是，Taq酶的5’外切酶活性可以講·解探針的5’端，使熒光基團和淬滅基團分離，釋放熒光。相對于傳統(tǒng)的限制性片段長度多態(tài)性聚合酶鏈反應(PCR-RFLP)，Taqman探針法具有靈敏性更高、操作更簡單的優(yōu)勢，且通量更高。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0006]本發(fā)明旨在提供一種檢測與肺癌易感性及化療敏感性相關(guān)基因的多態(tài)性的試劑盒，該試劑盒可用于制備檢測與肺癌易感性及化療敏感性相關(guān)基因多態(tài)性的試劑。
[0007]為了達到上述目的，本發(fā)明提供的技術(shù)方案為:
[0008]所述檢測與肺癌易感性及化療敏感性相關(guān)基因的多態(tài)性的試劑盒中含有檢測WISPl基因C3290T位點的探針和引物，所述探針和引物能與WISPl基因C3290T位點前后的基因序列特異性結(jié)合并擴增出包含WISPl基因C3290T位點的基因序列。
[0009]優(yōu)選地，所述探針和引物是與WISPl基因C3290T位點前后500bp的基因序列特異性結(jié)合并能擴增出包含WISPl基因C3290T位點的基因序列。
[0010]優(yōu)選地，所述檢測與肺癌易感性及化療敏感性相關(guān)基因的多態(tài)性的試劑盒中含有如下探針:[0011]FAM-TAAGTGCCTTAGCAAAAG-MGB (SEQ ID N0.1)；
[0012]VIC-ATTAAGTGTCTTAGCAAAAG-MGB (SEQ ID N0.2)；
[0013]該試劑盒中還含有如下引物:
[0014]5’-AGCTCTCTTCTTCCAAAGCTACATG-3’ (SEQ ID N0.3)；
[0015]5’-TCTTGCATACGCATACACAAATATATG-3’ (SEQ ID N0.4)。
[0016]其中，F(xiàn)AM吸收波長485-505nm，發(fā)射波長515-530nm;VIC吸收波長515-535nm，發(fā)射波長540-560nm ；MGB為淬滅基團。所述與肺癌易感性及化療敏感性相關(guān)基因為WISPl基因 C3290T。
[0017]所述探針、引物及包含兩者的試劑盒均可應用于制備檢測與肺癌易感性及化療敏感性相關(guān)基因多態(tài)性的試劑。
[0018]本課題組的前期研究表明，WISPl基因多態(tài)C3290T (rs2977549)可能通過影響WISPl在血漿中的表達水平，從而與肺癌易感性及其鉬類藥物化療敏感性相關(guān)，而之前并無相關(guān)報道。
[0019]WISPl C3290T位點位于WISPl基因3’非翻譯區(qū)(3’MTR)，在中國漢族人群中，其最小等位基因頻率(Minor Allele Freq μ ency, MAF)為38.3%。由于目前還沒有有關(guān)C3209T基因多態(tài)性及其功能的相關(guān)報道，本課題組近期研究才發(fā)現(xiàn)其與非小細胞肺癌鉬類藥物化療敏感性相關(guān)，所以還沒有人檢測過WISPl基因C3290T多態(tài)性，更沒有相關(guān)檢測的試劑盒產(chǎn)品面世。因此，探索檢測與肺癌易感性及化療敏感性相關(guān)基因的多態(tài)性的方法及產(chǎn)品顯得意義深遠。
[0020]本發(fā)明的試劑 盒能準確、快速、簡便地檢測與非小細胞肺癌鉬類藥物化療敏感性相關(guān)的基因位點(WISP1基因C3290T多態(tài)性)。
【專利附圖】

【附圖說明】
[0021]圖1為實施例中方法驗證熒光散點圖；
[0022]圖2實施例中實驗樣本熒光散點圖。
【具體實施方式】
[0023]實施例1
[0024]1.設計Taqman探針及引物
[0025]1.1 查找 WISPl C3290T 位點前后 500bp 序列
[0026]在PMBMED SNP數(shù)據(jù)庫中搜索WISPl，進入Gene view，選擇NM003882.3轉(zhuǎn)錄本并顯示整個基因區(qū)域的單核苷酸多態(tài)性(SNP)，進入rs2977549，在Fasta sequence中可獲得此多態(tài)位點前、后500bp的序列(SEQ ID N0.5和SEQ ID N0.6)，用于尋找合適的探針和引物。
[0027]GAATAGGAAA ACATTGCAAT AAATGGCTTG ATTTTTTAAT GTCATTTTTC CCTCTTATAG
[0028]TCTTTCTAGC TCCTTTTCAA AAGACGAGAA TATCTGATTT TCTGATAATTTAGGTGCTTA
[0029]AGCATCCAAA ATACATGGGA CACACAAAAA TCCAGGAATC CCCTGTAGCTTATTCCCTCT
[0030]TTCCCATCGG AACCAGCTCT CATCACACAT TTAAAAGATG ATTCTGTTTA CCCAATGCTG
[0031]CATATTGAAT GTTGTGTAGT TATTCACAGG GAATTCTGTG CAGTGTGCAG AGAGATTCCT
【權(quán)利要求】
1.一種檢測與肺癌易感性及化療敏感性相關(guān)基因的多態(tài)性的試劑盒，其特征在于，所述試劑盒中含有檢測WISPl基因C3290T位點的探針和引物，所述探針和引物能與WISPl基因C3290T位點前后的基因序列特異性結(jié)合并擴增出包含WISPl基因C3290T位點的基因序列。
2.如權(quán)利要求1所述的試劑盒，其特征在于，所述探針和引物是與WISPl基因C3290T位點前后500bp的基因序列特異性結(jié)合并能擴增出包含WISPl基因C3290T位點的基因序列。
3.如權(quán)利要求1或2所述的試劑盒，其特征在于，所述試劑盒中含有如下探針:
FAM-TAAGTGCCTTAGCAAAAG-MGB ；
VIC-ATTAAGTGTCTTAGCAAAAG-MGB ； 所述試劑盒中含有如下引物:
5’ -AGCTCTCTTCTTCCAAAGCTACATG-3’ ；
5’ -TCTTGCATACGCATACACAAATATATG-3’。
4.權(quán)利要求1或2所述試劑盒在制備檢測與肺癌易感性及化療敏感性相關(guān)基因多態(tài)性的試劑中的應用；所述與肺癌易感性及化療敏感性相關(guān)基因為WISPl基因C3290T。
5.如權(quán)利要求3所述試劑盒中的探針在制備檢測與肺癌易感性及化療敏感性相關(guān)基因多態(tài)性的試劑中的應用；所述與肺癌易感性及化療敏感性相關(guān)基因為WISPl基因C3290T。
6.如權(quán)利要求3所述試劑盒中的引物在制備檢測與肺癌易感性及化療敏感性相關(guān)基因多態(tài)性的試劑中的應 用；所述與肺癌易感性及化療敏感性相關(guān)基因為WISPl基因C3290T。
【文檔編號】C12N15/11GK103589795SQ201310545712
【公開日】2014年2月19日 申請日期:2013年11月6日 優(yōu)先權(quán)日:2013年11月6日
【發(fā)明者】劉昭前, 陳娟, 尹繼業(yè), 郭成賢, 王瑛, 周宏灝 申請人:中南大學