篩選楊樹生長和木材品質(zhì)性狀的snp位點(diǎn)、篩選方法、試劑盒及應(yīng)用的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明公開了一種篩選楊樹生長和木材品質(zhì)性狀的SNP位點(diǎn)、篩選方法、試劑盒及應(yīng)用。其中，該SNP位點(diǎn)為毛白楊GA20氧化酶基因第617位、第888位、第1138位和第1607位堿基以及毛白楊UDP-葡萄糖脫氫酶基因第69位、第92位和第229位堿基。應(yīng)用本發(fā)明的毛白楊GA20氧化酶基因和毛白楊UDP-葡萄糖脫氫酶基因內(nèi)與楊樹生長和木材品質(zhì)性狀關(guān)聯(lián)的7個功能SNP標(biāo)記，可以在楊樹生長的早期就能夠高效、準(zhǔn)確地鑒定出生長快和木材品質(zhì)好的單株，從而大大加速育種進(jìn)程，縮短了選育周期。
【專利說明】篩選楊樹生長和木材品質(zhì)性狀的SNP位點(diǎn)、篩選方法、試劑 盒及應(yīng)用

【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明涉及分子生物學(xué)【技術(shù)領(lǐng)域】，具體而言，涉及一種篩選楊樹生長和木材品質(zhì) 性狀的SNP位點(diǎn)、篩選方法、試劑盒及應(yīng)用。

【背景技術(shù)】
[0002] 楊樹是北半球地區(qū)廣泛栽培的重要用材樹種，具有廣泛的工業(yè)用途，是制漿造紙、 膠合板、包裝材料等的重要原料，有重要的經(jīng)濟(jì)價值。隨著楊樹工業(yè)用材林定向培育的發(fā) 展，對楊樹新品種也提出了相應(yīng)的要求，不僅要求其速生，而且需具備優(yōu)良的木材品質(zhì)。在 楊樹優(yōu)良品種的定向培育中，與造紙有關(guān)的材性性狀，如木材密度、纖維長度和寬度、微纖 絲角，以及纖維素、木質(zhì)素含量等，是僅次于生長指標(biāo)的主要考慮因素。
[0003] 分子標(biāo)記輔助選擇育種，是指利用分子標(biāo)記對育種材料進(jìn)行選擇，是傳統(tǒng)遺傳育 種與現(xiàn)代分子生物學(xué)有機(jī)結(jié)合的育種方法，可以很好的提高育種效率。在分子育種應(yīng)用之 前，需要鑒定與目標(biāo)性狀關(guān)聯(lián)的分子標(biāo)記。單核苷酸多態(tài)性（SNP)是繼限制性片段長度多 態(tài)性（RFLP)和微衛(wèi)星多態(tài)性（SSR)之后發(fā)展起來的第3代分子標(biāo)記，它具有數(shù)量多、分布 廣泛、遺傳穩(wěn)定性高、共顯性等特點(diǎn)，是目前分子遺傳學(xué)研究中重要技術(shù)手段。目前，通過對 表型和基因型進(jìn)行聯(lián)合遺傳學(xué)的研究，從而利用這些功能位點(diǎn)進(jìn)行優(yōu)良種質(zhì)資源的選擇育 種，已經(jīng)成為人工林新品種選育的重要途徑。
[0004] 基于SNP的關(guān)聯(lián)作圖為分子標(biāo)記輔助選擇育種提供了一種新的策略，但是選擇有 效的分子標(biāo)記是本領(lǐng)域技術(shù)人員一直努力的方向。


【發(fā)明內(nèi)容】

[0005] 本發(fā)明旨在提供一種篩選楊樹生長和木材品質(zhì)性狀的SNP位點(diǎn)、篩選方法、試劑 盒及應(yīng)用，以提供一種快速、準(zhǔn)確篩選楊樹生長和木材品質(zhì)性狀的方法和試劑盒。
[0006] 為了實(shí)現(xiàn)上述目的，根據(jù)本發(fā)明的一個方面，提供了一種篩選楊樹生長和木材品 質(zhì)性狀的SNP位點(diǎn)。該SNP位點(diǎn)為毛白楊GA20氧化酶基因第617位、第888位、第1138位 和第1607位堿基以及毛白楊UDP-葡萄糖脫氫酶基因第69位、第92位和第229位堿基。
[0007] 進(jìn)一步地，毛白楊GA20氧化酶基因第617位為A/G、第888位為C/T、第1138位為 A/T和第1607位為C/T以及毛白楊UDP-葡萄糖脫氫酶基因第69位為C/T、第92位為C/T 和第229位為A/C。
[0008] 根據(jù)本發(fā)明的另一個方面，提供了一種篩選楊樹生長和木材品質(zhì)性狀的方法。該 方法包括以下步驟：S1，提取毛白楊的基因組DNA ;S2,測定毛白楊GA20氧化酶基因第617 位、第888位、第1138位和第1607位堿基以及毛白楊UDP-葡萄糖脫氫酶基因第69位、第 92位和第229位堿基的多態(tài)性；S3,根據(jù)步驟S2的測定結(jié)果進(jìn)行篩選。
[0009] 進(jìn)一步地，毛白楊GA20氧化酶基因第617位基因型為AA、第888位基因型為TT、 第1138位基因型為AA和第1607位基因型為CC以及毛白楊UDP-葡萄糖脫氫酶基因第69 位基因型為CC、第92位基因型為TT和第229位基因型為AC時，毛白楊生長和木材品質(zhì)最 好。
[0010] 進(jìn)一步地，毛白楊GA20氧化酶基因第617位基因型為AG或GG、第888位基因型為 CC、第1138位基因型為AT和第1607位基因型為TT以及毛白楊UDP-葡萄糖脫氫酶基因第 69位基因型為TT、第92位基因型為CC和第229位基因型為CC時，毛白楊生長和木材品質(zhì) 最差。
[0011] 進(jìn)一步地，步驟S2中在測定毛白楊GA20氧化酶基因第617位堿基用的引物為SEQ ID NO. 1、SEQ ID NO. 2、SEQ ID NO. 3,測定第 888 位堿基用的引物為 SEQ ID NO. 4、SEQ ID NO. 5、SEQ ID NO. 6,測定第 1138 位堿基用的引物為 SEQ ID NO. 7、SEQ ID NO. 8、SEQ ID NO. 9,測定第1607位堿基用的引物為SEQ ID NO. 10、SEQ ID NO. 11、SEQ ID NO. 12堿基以及 測定毛白楊Μ)Ρ-葡萄糖脫氫酶基因第69位堿基用的引物為SEQ ID NO. 13、SEQ ID NO. 14、 SEQ ID NO. 15、測定第 92 位堿基用的引物為 SEQ ID NO. 16、SEQ ID NO. 17、SEQ ID NO. 18 和測定第229位堿基用的引物為SEQ ID NO. 19、SEQ ID NO. 20、SEQ ID NO. 21。
[0012] 根據(jù)本發(fā)明的再一個方面，提供了一種篩選楊樹生長和木材品質(zhì)性狀的試劑盒。 該試劑盒包括堿基序列為 SEQ ID NO. 1、SEQ ID NO. 2、SEQ ID NO. 3、SEQ ID NO. 4、SEQ ID NO. 5、SEQ ID NO. 6、SEQ ID NO. 7、SEQ ID NO. 8、SEQ ID NO. 9、SEQ ID NO. KKSEQ ID NO. 11、 SEQ ID NO. 12,SEQ ID NO. 13,SEQ ID NO. 14,SEQ ID NO. 15,SEQ ID NO. 16,SEQ ID NO. 17, SEQ ID NO. 18、SEQ ID NO. 19、SEQ ID NO. 20、SEQ ID NO. 21 的引物。
[0013] 進(jìn)一步地，該試劑盒還包括PCR擴(kuò)增試劑，擴(kuò)增試劑包括PCR擴(kuò)增緩沖液， SSmmolL-1MgCl2, IOmmolL-1 dNTP，Taq DNA 聚合酶和雙蒸水。
[0014] 根據(jù)本發(fā)明的再一個方面，提供了一種毛白楊GA20氧化酶基因第617位、第888 位、第1138位和第1607位堿基以及毛白楊UDP-葡萄糖脫氫酶基因第69位、第92位和第 229位SNP位點(diǎn)在楊樹分子標(biāo)記輔助選擇育種中的應(yīng)用。
[0015] 應(yīng)用本發(fā)明的毛白楊GA20氧化酶基因和毛白楊UDP-葡萄糖脫氫酶基因內(nèi)與楊樹 生長和木材品質(zhì)性狀關(guān)聯(lián)的7個功能SNP標(biāo)記，可以在楊樹生長的早期就能夠高效、準(zhǔn)確地 鑒定出生長快和木材品質(zhì)好的單株，從而大大加速育種進(jìn)程，縮短了選育周期。同時，也為 研究GA20氧化酶基因和毛白楊UDP-葡萄糖脫氫酶基因的功能機(jī)制和這兩個基因在林木育 種中的應(yīng)用提供了重要的理論研究基礎(chǔ)。

【專利附圖】

【附圖說明】
[0016] 構(gòu)成本申請的一部分的說明書附圖用來提供對本發(fā)明的進(jìn)一步理解，本發(fā)明的示 意性實(shí)施例及其說明用于解釋本發(fā)明，并不構(gòu)成對本發(fā)明的不當(dāng)限定。在附圖中：
[0017] 圖1示出了毛白楊GA20氧化酶基因與楊樹生長和木材品質(zhì)性狀顯著關(guān)聯(lián)的功能 SNP標(biāo)記在基因中的位置；以及
[0018] 圖2示出了毛白楊UDP-葡萄糖脫氫酶基與楊樹生長和木材品質(zhì)性狀顯著關(guān)聯(lián)的 功能SNP標(biāo)記在基因中的位置。

【具體實(shí)施方式】
[0019] 需要說明的是，在不沖突的情況下，本申請中的實(shí)施例及實(shí)施例中的特征可以相 互組合。下面將參考附圖并結(jié)合實(shí)施例來詳細(xì)說明本發(fā)明。
[0020] 利用傳統(tǒng)育種選擇生長快和木材品質(zhì)好的樹木費(fèi)時而且難度大、成本高，穩(wěn)定性 差，為了解決這一技術(shù)問題，本發(fā)明開發(fā)出與楊樹生長和木材品質(zhì)性狀關(guān)聯(lián)的功能SNP標(biāo) 記，可以在早期就鑒定出生長快和木材品質(zhì)好的單株，從而大大加速育種進(jìn)程。
[0021] 本發(fā)明采用基于候選基因的連鎖不平衡作圖的方法，選取隨機(jī)分布于毛白楊天然 分布區(qū)的毛白楊基因型個體作為關(guān)聯(lián)群體，篩選到與木材品質(zhì)性狀(綜纖維素含量、纖維 長、纖維寬和微纖絲角）和生長性狀(樹高）顯著相關(guān)的7個SNP標(biāo)記。本發(fā)明的與楊樹生 長和木材品質(zhì)性狀關(guān)聯(lián)的功能SNP標(biāo)記具體是通過如下步驟而獲得的：
[0022] (1)選取毛白楊個體組成的自然群體作為關(guān)聯(lián)群體并提取每株個體的基因組 DNA ；
[0023] (2)對關(guān)聯(lián)群體的每株個體進(jìn)行表型測定，包括：木質(zhì)素含量，綜纖維素含量， α -纖維素含量，纖維長，纖維寬，微纖絲角，樹高，胸徑，材積和樹高比胸徑；
[0024] (3)利用關(guān)聯(lián)群體里的部分個體，獲取每株個體的毛白楊GA20氧化酶基因和 UDP-葡萄糖脫氫酶基因序列，比較序列發(fā)現(xiàn)基因內(nèi)出現(xiàn)頻率>10%的SNP位點(diǎn)，并在關(guān)聯(lián)群 體中進(jìn)行基因型分型；
[0025] (4)利用TASSEL軟件進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析，并對結(jié)果進(jìn)行了 FDR多重檢測，最終獲得毛 白楊GA20氧化酶基因和UDP-葡萄糖脫氫酶基因內(nèi)與楊樹生長和木材品質(zhì)性狀顯著關(guān)聯(lián)的 SNP分子標(biāo)記。
[0026] 赤霉素（GAs)是一類重要植物生長調(diào)節(jié)激素，參與控制植物多種發(fā)育和生理過程， 包括種子萌發(fā)、莖的伸長、葉片伸展、表皮毛發(fā)育、根的生長，以及花和果實(shí)的發(fā)育等。據(jù)報 道，GA20氧化酶是GA生物合成過程中的關(guān)鍵酶，改變植物體內(nèi)GA20的水平，不僅可嚴(yán)重影 響植株表型生長，還影響了木質(zhì)部纖維細(xì)胞的數(shù)量和木質(zhì)纖維細(xì)胞的長度。而UDP-葡萄糖 脫氫酶催化氧化UDP-葡萄糖成UDP-葡萄糖醛酸，后者隨后轉(zhuǎn)化成半乳糖醛酸、木糖、阿拉 伯糖等UDP-葡萄糖衍生物。這些都是植物細(xì)胞壁中半纖維素和果膠物質(zhì)合成的前體。因 此UDP-葡萄糖脫氫酶基因在高等植物的細(xì)胞壁形成中具有重要作用。本發(fā)明選取毛白楊 GA20氧化酶基因和UDP-葡萄糖脫氫酶基因進(jìn)行研究從而尋找與生長和木材品質(zhì)性狀顯著 關(guān)聯(lián)的功能位點(diǎn)。毛白楊GA20氧化酶基因和UDP-匍萄糖脫氧酶基因的基因序列均已為本 領(lǐng)域技術(shù)人員所知，毛白楊GA20氧化酶基因的核苷酸序列為SEQ ID NO. 22,毛白楊UDP-葡 萄糖脫氫酶基因的核苷酸序列為SEQ ID NO. 23。
[0027] SEQ ID NO. 22:
[0028] I gtaccaactc tccctccctg cttctcaaac ctcacacaat cacatacata catacatata
[0029] 61 tatacacaca cccacacgca gaccgtgccc tgccacaaaa tttgtaatgc aatggcaata
[0030] 121 gattgcatca aaaccatgcc atccataacc acccctcaac accacccaaa agatcaggat
[0031] 181 caatgcaaag atgatggcaa gtcttttgtt tttgatgcac aagttcttcg acaccagaca
[0032] 241 aacatacccc agcagttcgt ttggcctgac catgaaaagc ctaatattaa tgcacctgaa
[0033] 301 ctccaagtcc cgcttgtaga cttgggtgat ttcctctctg gcaaccctgt tgctgcagtg
[0034] 361 gaagcttcaa gacttgttgg tgaagcatgt aaaaaacatg gtttctttct agttgttaat
[0035] 421 catggagttg ataaaacact cattgcccat gctcataatt acgttgacac cttcttcaaa
[0036] 481 ttgccacttt ctgagaaaca aaaggcccag agaaagattg gcgagtcctg tggatatgct
[0037] 541 agcagcttta ctggcaggtt ttcctctaaa cttccatgga aagaaacgct ttcttttcgc
[0038] 601 tacacagctg aggagaattc atcaaaacac atcgaggaat actttcataa cagaatgggg
[0039] 661 gaagatttcg ctgaattcgg gtatgttaca gttttttttc ccaattcaat ttggttttgt
[0040] 721 tcaatgttgt ctattgagat tggttaatgt tctcttcgac actaagactt ctcgtcttct
[0041] 781 gttttcacca ggacggtgta tcaggactac tgtgaggcca tgagcacttt gtcactaggg
[0042] 841 atcatggagc tattaggaat gagcctcggt gtgagcagag aacattttag ggaattcttt
[0043] 901 aacgagaatg attcaataat gaggctcaac tactaccctc catgccaaaa acctgacctt
[0044] 961 actttaggca ccggtcctca ttgtgatcca acttccttaa ccatcctcca tcaagaccaa
[0045] 1021 gtgggtggtc ttcaagtgtt tgtggacaac gaatggcgtt cgattaaccc caattttgac
[0046] 1081 gcttttgttg ttaacattgg tgacaccttc atggtaagat attaacttta ttcgcgctag
[0047] 1141 tgaaggcggt tctgtccttt tcattaagat aaataaatag aattgcccta cacgtacgcg
[0048] 1201 gatgataatt gacaattcct ttaaattatc accgaatttg cattaatgat tacaaaaggt
[0049] 1261 acagatattt agtgggtttt tgttgttttg caggctctat cgaatggtat atacaagagc
[0050] 1321 tgtttgcacc gagcagtggt gaacagccaa acaccaagaa aatctctcgc tttctttctg
[0051] 1381 tgtccaaaga atgacaagat ggtaactcca ccacatgaat tagtggacac atgcaatccg
[0052] 1441 agaatatatc cagatttcac atggcctatg ttgctcgaat tcacacaaaa gcattaccga
[0053] 1501 gctgacatga agacacttga ggtgttcaca aactggcttc atcaacgaag ttttacctga
[0054] 1561 acaagtgggt caggtgatgt atcccacaaa tgcacttggg ggcatgttat tggtcttttt
[0055] 1621 cttggaaaaa aaataatgaa agcgatgttg atgggagagg agaggagacg aaaggga
[0056] SEQ ID NO. 23:
[0057] I ggaggaatgg cggtgtgtat ttaaacacaa ccccgccctc ttcgctctca ttccattcag
[0058] 61 ttaaacttca gacagccaca gataaaactg gcctgtctct ctactttcct ccaccgaggt
[0059] 121 accctctctc tctctctctc tctcacacac acacacacat taatttctct ttgtagtcaa
[0060] 181 attcttttag atctaatgat gtttttttcg ctcattttaa cccttgatac gtgatttcaa
[0061] 241 aatcaagctc aatgctccga atcttctttc aagtctttct agctttgaat tacatgcggt
[0062] 301 agatctgcta gtattctgtt tggatcttag tattctcagc tgtggtactt catccaaagt
[0063] 361 ctagatctag tcaaatatat ttgcgtttgg agaattggta tggaatcgag ggtgggtttt
[0064] 421 atgagctttt gttagttatc tacttgcata tgaatgaatt aagagatatg aatatgttgt
[0065] 481 ttggctttgg ctttgattct tcattgtgtg tggatgtggt ttgcacatgc tttatttgtt
[0066] 541 tcatctgcaa cggcaggtta gcttgcatgg aagatctgaa agtgaacggt tttgatttgt
[0067] 601 ttcttttccc ttcatatatg tgttgaattt cccttctttc aggttgtgaa cgtagacaag
[0068] 661 gaaaatggtg aagatctgtt gcattggagc agggtatgtc ggcgggccta caatggctgt
[0069] 721 catcgcactc aagtgcccgt caattgaagt ggtggttgtt gacatctggg aacctaggat
[0070] 781 tgcagcctgg aacagtgacc agctccccat ctatgagcca ggcctgtatg atgtggtgaa
[0071] 841 ggagtgccga ggcaggaatc tcttcttcag caaagacgtg gagaagcatg tcgctgaggc
[0072] 901 tgatatagtt tttgtttcgg tcaacacccc taccaaaact caaggtcttg gagctggcaa
[0073] 961 agctgcagat ctgacgtact gggagagcgc agcacgcaca attgctgatg tgtccaaatc
[0074] 1021 tgacaaaatc gttgttgaga aatcaacagt cccagttaaa actgccgagg caattgaaaa
[0075] 1081 gatcttgacc cacaacagta aggggatcaa attccagatc ctctcaaacc ctgagttcct
[0076] 1141 tgcagaagga actgcaatcg gtgatctgtt tcaacctgat cgtgtcctca ttggagggag
[0077] 1201 ggaaacccca gaaggccaga aggcaatcca agcattgaag gatgtctatg ctcattgggt
[0078] 1261 tcctgaagac cgcatcctaa ccaccaacct ttggtctgca gagctgtcca agcttgctgc
[0079] 1321 caatgccttt ttggcccaaa ggatttcctc cgttaatgcc atgtcagcac tctgtgaggc
[0080] 1381 aactggggct gatgttgccg aggtgtccta tgctgttgga aaggattcaa ggattggtcc
[0081] 1441 caagttcttg aatgctagtg ttggttttgg tggatcctgc ttccagaagg atattctgaa
[0082] 1501 tcttgtttac atctgcgagt gcaatggcct tccagaggtg gcagagtact ggaaacaagt
[0083] 1561 catcaagatc aatgattacc agaagagccg atttgtgaac cgtgttgttt catccatgtt
[0084] 1621 taacacagtc tctcaaaaga agattgccat tttagggttc gctttcaaga aggacactgg
[0085] 1681 cgacactagg gagacccctg ccattgatgt gtgccaggga ctgttgggag acaaggctct
[0086] 1741 cttgagcata tatgatccac aggtccagaa agaacatatt cagagggatc ttatcatgaa
[0087] 1801 aaagtttgat tgggatcatc ctctccatct ccagccgaag agttccagct ctgttgttga
[0088] 1861 gcaagtgact gttacttctg atgcctatga ggcaacaaag gaagcccatg gtgtttgcat
[0089] 1921 cttgacagag tgggatgaat tcaagactct tgattacaag aagatatatg acaacatgca
[0090] 1981 gaaaccagct tttgtgtttg atggaaggaa tgttgtgaat gcagataagc tgagggagat
[0091] 2041 tggtttcatt gtgtactcca ttggtaagcc actggatgca tggctcaagg acatgcctgc
[0092] 2101 catcgcataa agggagatgc tgatgggtgg ttagctcatg ctatgggcca accaaatata
[0093] 2161 gttcgaggca gtgaatctga ttctttacgg gggttttttt tttattttat tttattatta
[0094] 2221 ttattcttgt cattgtttct tgctttcatc tagttctggg acagtttgcc atggtgaaag
[0095] 2281 taagaggctt tacattttgc cttacattgc gtttccccac atcactgtca tgtggcactc
[0096] 2341 g
[0097] 根據(jù)本發(fā)明一種典型的實(shí)施方式，提供一種篩選楊樹生長和木材品質(zhì)性狀的SNP 位點(diǎn)，該SNP位點(diǎn)為毛白楊GA20氧化酶基因第617位、第888位、第1138位和第1607位堿 基以及毛白楊UDP-葡萄糖脫氫酶基因第69位、第92位和第229位堿基。
[0098] 應(yīng)用上述的毛白楊GA20氧化酶基因和毛白楊UDP-葡萄糖脫氫酶基因內(nèi)與楊樹生 長和木材品質(zhì)性狀關(guān)聯(lián)的7個功能SNP標(biāo)記，可以在楊樹生長的早期就能夠高效、準(zhǔn)確地鑒 定出生長快和木材品質(zhì)好的單株，從而大大加速育種進(jìn)程，縮短了選育周期。同時，也為研 究GA20氧化酶基因和毛白楊UDP-葡萄糖脫氫酶基因的功能機(jī)制和這兩個基因在林木育種 中的應(yīng)用提供了重要的理論研究基礎(chǔ)。
[0099] 其中，毛白楊GA20氧化酶基因第617位為A/G、第888位為C/T、第1138位為A/T 和第1607位為C/T以及毛白楊UDP-葡萄糖脫氫酶基因第69位為C/T、第92位為C/T和第 229 位為 A/C。
[0100] 根據(jù)本發(fā)明一種典型的實(shí)施方式，提供一種篩選楊樹生長和木材品質(zhì)性狀的方 法，該方法包括以下步驟：S1，提取毛白楊的基因組DNA ;S2,測定毛白楊GA20氧化酶基因第 617位、第888位、第1138位和第1607位堿基以及毛白楊UDP-葡萄糖脫氫酶基因第69位、 第92位和第229位堿基；S3,根據(jù)步驟S2的測定結(jié)果進(jìn)行篩選。采用該方法篩選楊樹生長 和木材品質(zhì)性狀，可以在楊樹生長的早期就能夠高效、準(zhǔn)確地鑒定出生長快和木材品質(zhì)好 的單株，從而大大加速育種進(jìn)程，縮短了選育周期。
[0101] 本發(fā)明的發(fā)明人發(fā)現(xiàn)，當(dāng)毛白楊GA20氧化酶基因第617位基因型為AA、第888位 基因型為TT、第1138位基因型為AA和第1607位基因型為CC以及毛白楊UDP-葡萄糖脫 氫酶基因第69位基因型為CC、第92位基因型為TT和第229位基因型為AC時，毛白楊生 長和木材品質(zhì)最好。毛白楊GA20氧化酶基因第617位基因型為AA時，纖維長、纖維寬、綜 纖維素和樹商表型值最商；毛白楊GA20氧化酶基因第888位基因型為TT時，纖維長最長； 毛白楊GA20氧化酶基因第1138位基因型為AA時，纖維寬最寬；毛白楊GA20氧化酶基因第 1607位基因型為CC時，纖維寬最寬；毛白楊UDP-葡萄糖脫氫酶基因第69位基因型為CC 時，纖維長最長；毛白楊UDP-葡萄糖脫氫酶基因第92位基因型為TT時，纖維長最長；毛白 楊UDP-葡萄糖脫氫酶基因第229位基因型為AC時，纖維長最長且綜纖維素含量最高。
[0102] 毛白楊GA20氧化酶基因第617位基因型為AG或GG、第888位基因型為CC、第1138 位基因型為AT和第1607位基因型為TT以及毛白楊UDP-葡萄糖脫氫酶基因第69位基因 型為TT、第92位基因型為CC和第229位基因型為CC時，毛白楊生長和木材品質(zhì)最差。毛 白楊GA20氧化酶基因第617位基因型為AG時，纖維長和樹高表型值最低，基因型為GG時， 纖維寬和綜纖維素表型值最低；毛白楊GA20氧化酶基因第888位基因型為CC時，纖維長最 短；毛白楊GA20氧化酶基因第1138位基因型為AT時，纖維寬表型值最低；毛白楊GA20氧 化酶基因第1607位基因型為TT時，纖維寬表型值最低；毛白楊UDP-葡萄糖脫氫酶基因第 69位基因型為TT時，纖維長最短；毛白楊UDP-葡萄糖脫氫酶基因第92位基因型為CC時， 纖維長最長；毛白楊UDP-葡萄糖脫氫酶基因第229位基因型為CC時，纖維長最短且綜纖維 素含量最低。
[0103] 也就是說，具有上述兩種基因型的楊樹，其品質(zhì)屬于兩種較極端的情況，其他的 SNP基因位點(diǎn)組合，楊樹的品質(zhì)處于這兩種情況之間。因此，本領(lǐng)域技術(shù)人員可以根據(jù)這7 個SNP位點(diǎn)的堿基預(yù)測毛白楊生長和木材品質(zhì)性狀。
[0104] 優(yōu)選地，步驟S2中在測定毛白楊GA20氧化酶基因第617位堿基用的引物為SEQ ID NO. 1、SEQ ID NO. 2、SEQ ID NO. 3,測定第888位堿基用的引物為 SEQ ID NO. 4、SEQ ID NO. 5、 SEQ ID NO. 6,測定第 1138 位堿基用的引物為 SEQ ID NO. 7、SEQ ID NO. 8、SEQ ID NO. 9,測 定第1607位堿基用的引物為SEQ ID NO. 10、SEQ ID NO. 11、SEQ ID NO. 12堿基以及測定 毛白楊UDP-葡萄糖脫氫酶基因第69位堿基用的引物為SEQ ID NO. 13、SEQ ID NO. 14、SEQ ID NO. 15、測定第 92 位堿基用的引物為 SEQ ID NO. 16、SEQ ID NO. 17、SEQ ID NO. 18 和測 定第 229 位堿基用的引物為 SEQ ID NO. 19、SEQ ID NO. 20、SEQ ID NO. 21。
[0105] 表 I
[0106]

【權(quán)利要求】
1. 一種篩選楊樹生長和木材品質(zhì)性狀的SNP位點(diǎn)，其特征在于，所述SNP位點(diǎn)為毛白楊 GA20氧化酶基因第617位、第888位、第1138位和第1607位堿基以及毛白楊UDP-葡萄糖 脫氫酶基因第69位、第92位和第229位堿基。
2. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的SNP位點(diǎn)，其特征在于，所述毛白楊GA20氧化酶基因第617 位為A/G、第888位為C/T、第1138位為A/T和第1607位為C/T以及毛白楊UDP-葡萄糖脫 氫酶基因第69位為C/T、第92位為C/T和第229位為A/C。
3. -種篩選楊樹生長和木材品質(zhì)性狀的方法，其特征在于，包括以下步驟： S1，提取毛白楊的基因組DNA ; 52, 測定毛白楊GA20氧化酶基因第617位、第888位、第1138位和第1607位堿基以及 毛白楊UDP-葡萄糖脫氫酶基因第69位、第92位和第229位堿基； 53, 根據(jù)所述步驟S2的測定結(jié)果進(jìn)行篩選。
4. 根據(jù)權(quán)利要求3所述的方法，其特征在于，所述毛白楊GA20氧化酶基因第617位基 因型為AA、第888位基因型為TT、第1138位基因型為AA和第1607位基因型為CC以及毛 白楊Μ)Ρ-葡萄糖脫氫酶基因第69位基因型為CC、第92位基因型為TT和第229位基因型 為AC時，所述毛白楊的生長和木材品質(zhì)好。
5. 根據(jù)權(quán)利要求3所述的方法，其特征在于，所述毛白楊GA20氧化酶基因第617位基 因型為AG或GG、第888位基因型為CC、第1138位基因型為AT和第1607位基因型為TT以 及毛白楊Μ)Ρ-葡萄糖脫氫酶基因第69位基因型為TT、第92位基因型為CC和第229位基 因型為CC時，所述毛白楊的生長和木材品質(zhì)差。
6. 根據(jù)權(quán)利要求3所述的方法，其特征在于，所述步驟S2中在測定毛白楊GA20氧化 酶基因第617位堿基用的引物為SEQ ID NO. 1、SEQ ID NO. 2、SEQ ID NO. 3,測定第888位 堿基用的引物為SEQ ID NO. 4、SEQ ID NO. 5、SEQ ID NO. 6,測定第1138位堿基用的引物為 SEQ ID NO. 7、SEQ ID NO. 8、SEQ ID NO. 9,測定第 1607 位堿基用的引物為 SEQ ID NO. 10、 SEQ ID NO. 11、SEQ ID NO. 12堿基以及測定毛白楊UDP-葡萄糖脫氫酶基因第69位堿基用 的引物為SEQ ID NO. 13、SEQ ID NO. 14、SEQ ID NO. 15、測定第92位堿基用的引物為SEQ ID NO. 16、SEQ ID NO. 17、SEQ ID NO. 18 和測定第 229 位堿基用的引物為 SEQ ID NO. 19、 SEQ ID NO. 20,SEQ ID NO. 21〇
7. -種篩選楊樹生長和木材品質(zhì)性狀的試劑盒，其特征在于，包括堿基序列為SEQ ID NO. USEQ ID NO. 2,SEQ ID NO. 3,SEQ ID NO. 4,SEQ ID NO. 5,SEQ ID NO. 6,SEQ ID NO. 7, SEQ ID NO. 8、SEQ ID NO. 9、SEQ ID NO. 10、SEQ ID NO. 11、SEQ ID NO. 12、SEQ ID NO. 13、 SEQ ID NO. 14,SEQ ID NO. 15,SEQ ID NO. 16,SEQ ID NO. 17,SEQ ID NO. 18,SEQ ID NO. 19, SEQ ID NO. 20、SEQ ID NO. 21 的引物。
8. 根據(jù)權(quán)利要求7所述的試劑盒，其特征在于，進(jìn)一步包括PCR擴(kuò)增試劑，所述擴(kuò)增試 劑包括PCR擴(kuò)增緩沖液，ΙΟι?ι?οΙΓΜΝΤΡ，Taq DNA聚合酶和雙蒸水。
9. 毛白楊GA20氧化酶基因第617位、第888位、第1138位和第1607位堿基以及毛白 楊Μ)Ρ-葡萄糖脫氫酶基因第69位、第92位和第229位SNP位點(diǎn)在楊樹分子標(biāo)記輔助選擇 育種中的應(yīng)用。
【文檔編號】C12Q1/68GK104293888SQ201310298555
【公開日】2015年1月21日 申請日期:2013年7月16日 優(yōu)先權(quán)日:2013年7月16日
【發(fā)明者】張德強(qiáng), 田佳星, 杜慶章 申請人:北京林業(yè)大學(xué)