抗菌噬菌體、噬菌體肽及其使用方法
【專利摘要】本發(fā)明涉及用于治療和控制細(xì)菌感染的噬菌體療法領(lǐng)域。特別地，本發(fā)明涉及新型細(xì)菌噬菌體F387/08、F391/08、F394/08、F488/08、F510/08、F44/10和F125/10，其分離的多肽，包含一種或多種新型細(xì)菌噬菌體和/或分離的多肽的組合物，以及使用其單獨(dú)或與其他抗菌療法例如抗生素和/或其他噬菌體療法組合用于治療和預(yù)防細(xì)菌感染的方法。
【專利說(shuō)明】抗菌噬菌體、噬菌體肽及其使用方法
[0001 ] 1.序列表
[0002]本申請(qǐng)含有經(jīng)由EFS-Web以ASCII形式提交并且在此通過(guò)引用整體合并的序列表。所述ASCII拷貝于2011年9月14日創(chuàng)建，命名為16395US1.txt且大小為3，295，858字節(jié)。
[0003]2.相關(guān)申請(qǐng)
[0004]本申請(qǐng)要求于2010年9月17日提交的美國(guó)臨時(shí)申請(qǐng)?zhí)?1/384，015的優(yōu)先權(quán)，所述美國(guó)臨時(shí)申請(qǐng)的內(nèi)容在此通過(guò)引用整體合并。
3.發(fā)明領(lǐng)域
[0005]本發(fā)明涉及用于治療和控制細(xì)菌感染的噬菌體療法領(lǐng)域。特別地，本發(fā)明涉及新型噬菌體 F387/08、F391/08、F394/08、F488/08、F510/08、F44/10、F125/10，其分離的多肽，包含一種或多種新型細(xì)菌噬菌體和/或分離的多肽的組合物；和單獨(dú)或與其他療法例如抗生素或其他噬菌體療法組合用于治療和預(yù)防通過(guò)下述引起的細(xì)菌感染的方法:例如金黃色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae)、鮑氏不動(dòng)桿菌(Acinetobacter baumannii)、大腸桿菌(Escherichia coli)和/或銅綠假單胞菌(Pseudomonas aeruginosa)。
[0006]4.背景
[0007]細(xì)菌噬菌體(噬菌體)是特異性感染且裂解細(xì)菌的病毒。噬菌體療法，使用完整噬菌體病毒用于治療細(xì)菌性傳染病的方法，在20世紀(jì)20年代通過(guò)Felix d’ Herelle引入。最初，噬菌體療法得到強(qiáng)烈調(diào)查，并且進(jìn)行眾多研究以評(píng)估噬菌體療法用于治療人和動(dòng)物中的細(xì)菌感染的潛力。早期成功促使多種商業(yè)噬菌體制劑的開發(fā)。例如，在1940年，Eli Lilly Company生產(chǎn)了用于人使用的7種噬菌體產(chǎn)品，包括用于治療由葡萄球菌屬物種(Staphylococcus sp.)、大腸桿菌及其他致病菌引起的不同疾病的曬菌體制劑。這些制劑例如用于治療引起膿腫的感染、化膿性傷口、陰道炎、急性慢性上呼吸道感染和乳突炎感染。
[0008]然而，隨著抗生素在20世紀(jì)40年代的開發(fā)，對(duì)基于噬菌體的治療的興趣在西方世界下降。促成這種下降的最重要因素之一是缺乏標(biāo)準(zhǔn)化測(cè)試方案和生產(chǎn)方法。開發(fā)用于測(cè)試噬菌體療法的工業(yè)廣泛標(biāo)準(zhǔn)的失敗干擾研究結(jié)果的文件證明，導(dǎo)致察覺到的功效缺乏以及關(guān)于噬菌體療法價(jià)值的可靠性問(wèn)題。進(jìn)一步地，與噬菌體樣品/樣本生產(chǎn)相關(guān)的問(wèn)題使最初研究和調(diào)查復(fù)雜化。多種穩(wěn)定劑和防腐劑最初在增加噬菌體治療的活性的嘗試中使用。然而，因?yàn)槭删w和多種穩(wěn)定劑的生物學(xué)知之甚少，所以在延長(zhǎng)噬菌體制劑活力的嘗試中加入的許多成分證明對(duì)于人是毒性或負(fù)面影響長(zhǎng)期貯存。在噬菌體生產(chǎn)中的另一個(gè)問(wèn)題涉及噬菌體的商業(yè)制劑的純度級(jí)別。當(dāng)時(shí)，噬菌體療法制劑一般由宿主細(xì)菌的原始裂解產(chǎn)物組成，所述宿主細(xì)菌已用目的噬菌體處理。因此，許多制劑含有目前公認(rèn)為不需要的細(xì)菌組分例如內(nèi)毒素的那種。相應(yīng)地，不利事件通常與制劑相關(guān)，特別是在靜脈內(nèi)接受其的患者中。然而，在對(duì)于抗生素的接近受限的東部歐洲和前蘇聯(lián)，噬菌體療法的開發(fā)和使用與抗生素共同繼續(xù)或代替抗生素繼續(xù)。
[0009]然而，隨著許多細(xì)菌的抗生素抗性菌株的出現(xiàn)，在基于噬菌體的治療中的興趣在西方世界已回復(fù)。盡管已開發(fā)了新型種類的抗生素，但細(xì)菌最終將發(fā)展對(duì)于新藥物的抗性的前景已加劇對(duì)用于控制、預(yù)防和治療細(xì)菌感染的非化學(xué)治療方法的尋找。存在關(guān)于在臨床環(huán)境中使用噬菌體療法的三個(gè)主要的基于噬菌體的策略:1)施用毒性噬菌體；2)使用由細(xì)菌噬菌體編碼的內(nèi)溶素或純化的溶素，3)使用噬菌體的結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)作為關(guān)鍵細(xì)菌酶例如合成肽聚糖的酶的代謝抑制劑。
[0010]因此，需要開發(fā)新型細(xì)菌噬菌體和噬菌體產(chǎn)物作為用于在體內(nèi)針對(duì)致病菌使用的潛在治療和/或預(yù)防試劑。特別地，需要能夠裂解醫(yī)院細(xì)菌的細(xì)菌噬菌體，所述醫(yī)院細(xì)菌包括金黃色葡萄球菌、肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌和/或銅綠假單胞菌。因?yàn)槠駷橹寡芯康拇蠖鄶?shù)噬菌體和噬菌體肽顯示出特異性針對(duì)它們由其分離的細(xì)菌物種(或亞種)的活性，所以新型基于噬菌體的療法可以在醫(yī)院背景中特別有用，選擇性靶向醫(yī)院病原體而不影響正常周圍菌叢。
[0011] 5.發(fā)明概述
[0012]本發(fā)明涉及分離的細(xì)菌噬菌體且涉及細(xì)菌噬菌體起源的分離的抗菌多肽用于治療、預(yù)防或管理與通過(guò)革蘭氏陽(yáng)性或革蘭氏陰性菌的感染相關(guān)的病狀。特別地，本發(fā)明的分離的細(xì)菌噬菌體或多肽可以用于藥物組合物中用于治療、預(yù)防或管理通過(guò)醫(yī)院病原體的感染，所述醫(yī)院病原體例如革蘭氏陰性菌包括但不限于肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌和銅綠假單胞菌；和革蘭氏陽(yáng)性菌包括但不限于金黃色葡萄球菌。在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明的藥物組合物用于治療與通過(guò)細(xì)菌的抗生素抗性菌株的感染相關(guān)的病狀，所述細(xì)菌的抗生素抗性菌株例如金黃色葡萄球菌的甲氧西林抗性菌株(MRSA)。在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明的分離的細(xì)菌噬菌體或多肽用于局部治療有此需要的受試者中通過(guò)醫(yī)院病原體的感染。在其他實(shí)施方案中，本發(fā)明的分離的細(xì)菌噬菌體或多肽用于診斷衍生自患者的樣品(例如組織、血液、尿、唾液樣品)中的傳染源。在其他實(shí)施方案中，本發(fā)明的分離的細(xì)菌噬菌體或多肽用作用于固體表面制備的預(yù)防消毒劑或抗感染藥，所述固體表面包括皮膚或其他表皮表面。
[0013]在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了分離的細(xì)菌噬菌體，F(xiàn)391/08，其具有包含SEQID N0:1(圖15A-15III)的核酸序列的基因組并且顯示出針對(duì)肺炎克雷伯氏菌的一種或多種菌株的抗菌活性。在其他實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了分離的細(xì)菌噬菌體，F(xiàn)394/08，其具有包含SEQ ID NO:2(圖16A-16Q)的核酸序列的基因組并且顯示出針對(duì)鮑氏不動(dòng)桿菌的一種或多種菌株的抗菌活性。在另外其他實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了分離的細(xì)菌噬菌體，F(xiàn)488/08，其具有包含SEQ ID NO:3 (圖17A-17KKKK)的核酸序列的基因組并且顯示出針對(duì)大腸桿菌的一種或多種菌株的抗菌活性。在另外其他實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了分離的細(xì)菌噬菌體，F(xiàn)510/08，其具有包含SEQ ID N0:4(圖18A-18X)的核酸序列的基因組并且顯示出針對(duì)銅綠假單胞菌的一種或多種菌株的抗菌活性。在另外再進(jìn)一步實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了分離的細(xì)菌噬菌體，F(xiàn)44/10，其具有包含SEQ ID NO:560(圖19A-19UUU)的核酸序列的基因組并且顯示出針對(duì)金黃色葡萄球菌的一種或多種菌株的抗菌活性。在另外再進(jìn)一步實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了分離的細(xì)菌噬菌體，F(xiàn)387/08，其具有包含SEQ ID NO:781(圖20A-20KKKK)的核酸序列的基因組并且顯示出針對(duì)肺炎克雷伯氏菌的一種或多種菌株的抗菌活性。在另外再進(jìn)一步實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了分離的細(xì)菌噬菌體，F(xiàn)125/10，其具有包含SEQ ID NO:1074(圖21A-21ZZZ)的核酸序列的基因組并且顯示出針對(duì)金黃色葡萄球菌的一種或多種菌株的抗菌活性。
[0014]本發(fā)明還包含由本發(fā)明的一種或多種細(xì)菌噬菌體感染的分離的細(xì)菌。在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了由細(xì)菌噬菌體感染的分離的肺炎克雷伯氏菌，所述細(xì)菌噬菌體具有包含SEQ ID NO:1的核酸序列或由SEQ ID NO:1的核酸序列組成的基因組。在其他實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了由細(xì)菌噬菌體感染的分離的鮑氏不動(dòng)桿菌，所述細(xì)菌噬菌體具有包含SEQ ID NO:2的核酸序列或由SEQ ID NO:2的核酸序列組成的基因組。在另外其他實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了由細(xì)菌噬菌體感染的分離的大腸桿菌，所述細(xì)菌噬菌體具有包含SEQID NO:3的核酸序列或由SEQ ID NO:3的核酸序列組成的基因組。在另外其他實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了由一種或多種細(xì)菌噬菌體感染的分離的銅綠假單胞菌，所述細(xì)菌噬菌體具有包含SEQ ID NO:4的核酸序列或由SEQ ID NO:4的核酸序列組成的基因組。在再另外其他實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了由一種或多種細(xì)菌噬菌體感染的分離的金黃色葡萄球菌，所述細(xì)菌噬菌體具有包含SEQ ID NO:560的核酸序列或由SEQ ID NO:560的核酸序列組成的基因組。在另外再進(jìn)一步實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了由一種或多種細(xì)菌噬菌體感染的分離的肺炎克雷伯氏菌，所述細(xì)菌噬菌體具有包含SEQ ID NO:781的核酸序列或由SEQ ID NO:781的核酸序列組成的基因組。在另外再進(jìn)一步實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了由一種或多種細(xì)菌噬菌體感染的分離的金黃色葡萄球菌，所述細(xì)菌噬菌體具有包含SEQ ID NO:1074的核酸序列或由SEQ ID NO:1074的核酸序列組成的基因組。
[0015]本發(fā)明包含從細(xì)菌噬菌體F387/08、F391/08、F394/08、F488/08、F510/08、F44/10和/或F125/10中分離的多肽，所述多肽顯示出針對(duì)革蘭氏陽(yáng)性或革蘭氏陰性菌的一個(gè)或多個(gè)物種或菌株的抗菌活性，例如肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌、銅綠假單胞菌和/或金黃色葡萄球菌。在特定實(shí)施方案中，由F387/08和F3910/08分離或衍生的本發(fā)明的多肽顯示出針對(duì)至少肺炎克雷伯氏菌的抗菌或抗微生物活性，例如裂解殺死活性；由F394/08分離或衍生的那些顯示出針對(duì)至少鮑氏不動(dòng)桿菌的抗菌或抗微生物活性；由F488/08分離或衍生的那些顯示出針對(duì)至少大腸桿菌的抗菌或抗微生物活性；由F510/08分離或衍生的那些顯示出針對(duì)至少銅綠假單胞菌的抗菌或抗微生物活性；由F44/10和F125/10分離或衍生的那些顯示出針對(duì)至少金黃色葡萄球菌的抗菌或抗微生物活性。
[0016]在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明的多肽包含分離的溶素或其片段(例如CHAP結(jié)構(gòu)域)或由分離的溶素或其片段(例如CHAP結(jié)構(gòu)域)組成，所述分離的溶素或其片段顯示出針對(duì)細(xì)菌的一個(gè)或多個(gè)物種或菌株的抗菌活性，所述細(xì)菌例如革蘭氏陽(yáng)性菌例如金黃色葡萄球菌和/或革蘭氏陰性菌例如肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌和/或銅綠假單胞菌。在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明的多肽是包含下述氨基酸序列或由下述氨基酸序列組成的分離的溶素蛋白質(zhì)，例如內(nèi)溶素或尾溶素:SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:80, SEQ ID NO:192、SEQ ID NO: 282、SEQ ID NO:547、SEQ ID NO:556、SEQ ID NO:557、SEQ ID NO:598、SEQ IDN0:1216、或SEQ ID NO`: 1261.所述溶素蛋白質(zhì)的預(yù)測(cè)功能包括例如Ig樣病毒粒子蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:20)、細(xì)胞壁水解酶(SEQ ID NO:80)、N-乙酰胞壁酰-L-丙氨酸酰胺酶(SEQID NO:192)、可溶性溶菌酶(SEQ ID NO:282)、T4 樣溶菌酶(SEQ ID NO:547)、內(nèi)溶素(SEQID NO:556)、λ Rzl 樣蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:557)、內(nèi)溶素(SEQ ID NO:598)、內(nèi)溶素(SEQ IDNO:1216)、和尾溶素(SEQ ID NO:1261)。
[0017]在其他實(shí)施方案中，本發(fā)明的多肽包含SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 80、SEQ ID NO:192、SEQ ID NO:282、SEQ ID NO:547、SEQ ID NO:556、SEQ ID NO:557、SEQ ID NO:598、SEQ ID N0:1216、或SEQ ID NO: 1261的片段、變體或衍生物，其中所述片段、變體或衍生物具有針對(duì)肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌、銅綠假單胞菌和/或金黃色葡萄球菌的一種或多種菌株的抗菌活性或抗微生物活性，例如裂解殺死活性。在依照這個(gè)實(shí)施方案的特定例子中，SEQ ID N0:20和/或SEQ ID NO:80的氨基酸序列的變體、片段或衍生物顯示出針對(duì)肺炎克雷伯氏菌的一種或多種菌株，例如針對(duì)具有包含SEQ ID NO:1的核酸序列或由SEQ ID NO:1的核酸序列組成的基因組的細(xì)菌噬菌體的抗菌或抗微生物活性(例如裂解殺死活性)。在依照這個(gè)實(shí)施方案的其他例子中，SEQ ID NO:192的氨基酸序列的變體、片段或衍生物顯示出針對(duì)鮑氏不動(dòng)桿菌的一種或多種菌株，例如針對(duì)具有包含SEQ ID NO:2的核酸序列或由SEQ ID NO:2的核酸序列組成的基因組的細(xì)菌噬菌體的抗菌或抗微生物活性(例如裂解殺死活性)。在依照這個(gè)實(shí)施方案的其他例子中，SEQ ID NO:282的氨基酸序列的變體、片段或衍生物顯示出針對(duì)大腸桿菌的一種或多種菌株，例如針對(duì)具有包含SEQ ID NO:3的核酸序列或由SEQ ID NO:3的核酸序列組成的基因組的細(xì)菌噬菌體的抗菌或抗微生物活性 (例如裂解殺死活性)。在依照這個(gè)實(shí)施方案的其他例子中，SEQ ID NO:547、SEQ ID NO:556和/或SEQ ID NO:557的氨基酸序列的變體、片段或衍生物顯示出針對(duì)銅綠假單胞菌的一種或多種菌株，例如針對(duì)具有包含SEQ ID NO:4的核酸序列或由SEQID NO:4的核酸序列組成的基因組的細(xì)菌噬菌體的抗菌或抗微生物活性(例如裂解殺死活性)。在依照這個(gè)實(shí)施方案的其他例子中，SEQ ID NO:598,SEQ ID NO: 1216和/或SEQ IDNO:1261的氨基酸序列的變體、片段或衍生物顯示出針對(duì)金黃色葡萄球菌的一種或多種菌株，例如針對(duì)具有包含SEQ ID NO:560或SEQ ID NO: 1074的核酸序列或由SEQ ID NO:560或SEQ ID NO:1074的核酸序列組成的基因組的細(xì)菌噬菌體的抗菌或抗微生物活性(例如裂解殺死活性)。
[0018]在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明的分離的多肽包含下述的CHAP結(jié)構(gòu)域或由下述的CHAP 結(jié)構(gòu)域組成:SEQ ID NO:20, SEQ ID NO:80, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO:282, SEQ IDNO:547, SEQ ID NO:556、SEQ ID NO:557、或 SEQ ID NO:598。在再另外其他實(shí)施方案中，本發(fā)明的多肽包含 SEQ ID NO:20,SEQ ID NO:80、SEQ ID NO: 192,SEQ ID NO:282、SEQ IDNO:547,SEQ ID NO:556、SEQ ID N0:557、或 SEQ ID NO:598 的 CHAP 結(jié)構(gòu)域的片段、變體或衍生物，其中所述片段、變體或衍生物具有針對(duì)肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌、銅綠假單胞菌和/或金黃色葡萄球菌的至少一種或多種菌株的抗菌活性或抗微生物活性，例如裂解殺死活性。
[0019]在其他實(shí)施方案中，本發(fā)明的多肽包含下述或由下述組成:分離的尾蛋白質(zhì)(例如尾組分、尾絲蛋白質(zhì)、尾長(zhǎng)卷尺蛋白質(zhì)、吸附相關(guān)尾蛋白質(zhì)、主要尾蛋白質(zhì)、主要尾鞘蛋白質(zhì)、基片楔突亞單位)或其片段，具有與它由其衍生的細(xì)菌噬菌體相關(guān)的生物功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解殺死活性)，所述功能針對(duì)肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌、銅綠假單胞菌和/或金黃色葡萄球菌的至少一個(gè)或多個(gè)物種或菌株。
[0020]在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明的多肽是包含下述氨基酸序列或由下述氨基酸序列組成的分離尾蛋白質(zhì):SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:30、SEQ IDNOs:32-35,SEQ ID NO:180、SEQ ID NO: 183,SEQ ID NO:185、SEQ ID NO: 190,SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:232, SEQ ID NO:235、SEQ ID NOs:239-245、SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249,SEQ ID N0:252、SEQ ID NO:254,SEQ ID NOs:433-437,SEQ ID NOs:489-496、SEQ IDNO:544, SEQ ID NO:545、SEQ ID NO:549、SEQ ID NO:551、SEQ ID NO:629、SEQ ID NO:686,SEQ ID NO:789、SEQ ID NOs:796-800,SEQ ID N0:806、SEQ ID NO:854,SEQ ID NOs:999-1004、SEQ ID NOs: 1053-1060、SEQ ID NO:1077, SEQ ID NO:1217, SEQ ID NO:1250,或SEQ ID NO:1266 o在其他實(shí)施方案中，本發(fā)明的多肽包含SEQ ID NO: 15、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:30、SEQ ID NOs: 32-35、SEQ ID NO:180、SEQ ID NO:183、SEQ ID NO:185,SEQ ID NO:190、SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:232、SEQ ID NO:235、SEQ IDNOs:239-245, SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:252、SEQ ID NO:254、SEQ IDNOs:433-437,SEQ ID NOs:489-496,SEQ ID NO:544、SEQ ID NO:545、SEQ ID NO:549、SEQID NO:551、SEQ ID NO:629、SEQ ID NO:686、SEQ ID NO:789、SEQ ID NOs:796-800, SEQID NO:806, SEQ ID NO:854、SEQ ID NOs:999-1004, SEQ ID NOs: 1053-1060、SEQ ID NO:1077、SEQ ID NO:1217, SEQ ID N0:1250、或 SEQ ID NO: 1266 的片段、變體或衍生物，其中所述片段、變體或衍生物顯示出與它由其衍生的細(xì)菌噬菌體相關(guān)的生物功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解殺死活性)，所述功能針對(duì)肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌、銅綠假單胞菌和/或金黃色葡萄球菌的一種或多種菌株。
[0021] 所述尾蛋白質(zhì)的預(yù)測(cè)功能包括例如受體結(jié)合尾蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:15)、主要尾蛋白質(zhì)(SEQ ID N0:26和SEQ ID NO:1077)、次要尾蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:27)、成孔尾尖蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:30)、尾蛋白質(zhì)(SEQ ID NOs:32-33)、次要尾蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:34)、噬菌體尾蛋白質(zhì)(SEQ ID N0:35)、尾鞘蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:180)、尾卷尺蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:183)、尾蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:185)、尾絲蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:190)、尾管蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:231)、尾鞘單體(SEQ ID NO:232)、尾鞘穩(wěn)定劑和完全蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:235)、短尾絲(SEQ IDNO:239)、基片楔突完全尾 釘(SEQ ID NOs:240-241)、基片楔突完全尾絲插座(tail fibersocket) (SEQ ID NO:242)、基片楔突亞單位(SEQ ID NO:243)、基片楔突起始子(SEQ IDNO:244)、基片楔突(SEQ ID NO:245)、基片插孔亞單位和尾溶菌酶、細(xì)胞穿透裝置(SEQ IDNO:248)、基片楔突完全(SEQ ID NO:249)、尾完全和鞘穩(wěn)定蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:252)、伴侶蛋白長(zhǎng)和短尾絲裝配(SEQ ID NO:254)、尾絲蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:433)、尾絲蛋白質(zhì)(SEQID NO:434)、鉸鏈連接物長(zhǎng)尾絲(SEQ ID NO:435)、尾絲鉸鏈(SEQ ID NO:436)、近端尾絲亞單位(SEQ ID NO:437)、基片尾管起始子(SEQ ID NO:489)、基片(SEQ ID NO:490)、基片插孔亞單位、尾長(zhǎng)決定子(SEQ ID NO:491)、基片遠(yuǎn)端插孔亞單位(SEQ ID NO:492)、基片插孔亞單位(SEQ ID NO:493)、基片插孔裝配催化劑(SEQ ID NO:494)、基片插孔亞單位(SEQID NO:495)、基片楔突亞單位(SEQ ID NO:496)、尾管蛋白質(zhì)(SEQ ID NOs =544-545)、尾絲蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:549 和 SEQ ID NO:551)、主要尾鞘蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:629 和 SEQ IDNO:1250)、主要尾蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:686)、尾管蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:789)、fibritin(SEQID NO:796)、短尾絲(SEQ ID NO:797)、基片楔突完全尾釘(SEQ ID NO:798)、基片楔突亞單位和尾釘(SEQ ID NO:799)、基片楔突尾絲連接物(SEQ ID NO:800)、基片插孔亞單位和溶菌酶(SEQ ID NO:806)、溶菌酶(SEQ ID NO:854)、噬菌體穿孔素(hoi in) (SEQ ID NO:999和SEQ ID NO: 1217)、遠(yuǎn)端長(zhǎng)尾絲裝配催化劑(SEQ ID NO:1000)、L形尾絲蛋白質(zhì)(SEQID NO:1001)、長(zhǎng)尾絲遠(yuǎn)端連接物的鉸鏈連接物(SEQ ID NO:1002)、長(zhǎng)尾絲近端連接物的鉸鏈連接物(SEQ ID NO:1003)、長(zhǎng)尾絲近端亞單位(SEQ ID NO:1004)、基片尾管起始子(SEQID NO:1053)、基片尾管帽(tail tube cap) (SEQ ID NO:1054)、基片插孔亞單位、尾長(zhǎng)決定子(SEQ ID NO:1055)、基片遠(yuǎn)端插孔亞單位(SEQ ID NO: 1056)、基片插孔亞單位(SEQ IDNOs:1057和1059)、基片插孔裝配催化劑(SEQ ID NO:1058)、基片楔突亞單位(SEQ ID NO:1060)、和基片蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:1266)。
[0022]在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明包含SEQID NO: 15,SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQID N0:30、或SEQ ID NOs:32-35的氨基酸序列的變體、片段或衍生物，其顯示出與具有包含核酸序列SEQ ID NO:1或由核酸序列SEQ ID NO:1組成的基因組的細(xì)菌噬菌體相關(guān)的生物功能，例如抗微生物或抗 菌活性(例如裂解殺死活性)，所述功能針對(duì)肺炎克雷伯氏菌的一種或多種菌株。在其他實(shí)施方案中，本發(fā)明包含SEQ ID NO:180, SEQ ID NO:183、SEQ IDN0:185、或SEQ ID NO:190的氨基酸序列的變體、片段或衍生物，其顯示出與具有包含核酸序列SEQ ID NO:2或由核酸序列SEQ ID NO:2組成的基因組的細(xì)菌噬菌體相關(guān)的生物功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解殺死活性)，所述功能針對(duì)鮑氏不動(dòng)桿菌的一種或多種菌株。
[0023]在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明包含SEQID NO:231、SEQ ID NO:232、SEQ ID NO:235、SEQ ID NOs:239-245, SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:252、SEQ ID NO:254、SEQ ID NOs:433-437,SEQ ID NOs:489_495、或 SEQ ID NO:496 的氨基酸序列的變體、片段或衍生物，其顯示出與具有包含核酸序列SEQ ID NO:3或由核酸序列SEQ ID NO:3組成的基因組的細(xì)菌噬菌體相關(guān)的生物功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解殺死活性)，所述功能針對(duì)大腸桿菌的一種或多種菌株。在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明包含SEQ ID NO:544,SEQ ID NO:545, SEQ ID N0:549、或SEQ ID NO:551的氨基酸序列的變體、片段或衍生物，其顯示出與具有包含核酸序列SEQ ID NO:4或由核酸序列SEQ ID NO:4組成的基因組的細(xì)菌噬菌體相關(guān)的生物功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解殺死活性)，所述功能針對(duì)銅綠假單胞菌的一種或多種菌株。在另外其他實(shí)施方案中，本發(fā)明包含SEQ ID NO:629或SEQ ID NO:686的氨基酸序列的變體、片段或衍生物，其顯示出與具有包含核酸序列SEQ IDNO:560或由核酸序列SEQ ID NO:560組成的基因組的細(xì)菌噬菌體相關(guān)的生物功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解殺死活性)，所述功能針對(duì)金黃色葡萄球菌的一種或多種菌株。在另外其他實(shí)施方案中，本發(fā)明包含SEQ ID NO:789, SEQ ID NOs:796-800、SEQ IDNO:806, SEQ ID NO:854、SEQ ID NOs:999_1004、或 SEQ ID NOs:1053-1060 的氨基酸序列的變體、片段或衍生物，其顯示出與具有包含核酸序列SEQ ID NO:781或由核酸序列SEQ IDNO:781組成的基因組的細(xì)菌噬菌體相關(guān)的生物功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解殺死活性)，所述功能針對(duì)肺炎克雷伯氏菌的一種或多種菌株。在另外其他實(shí)施方案中，本發(fā)明包含 SEQ ID NO:1077,SEQ ID N0:1217、SEQ ID N0:1250、或 SEQ ID NO:1266 的氨基酸序列的變體、片段或衍生物，其顯示出與具有包含核酸序列SEQ ID NO:1074或由核酸序列SEQ ID NO:1074組成的基因組的細(xì)菌噬菌體相關(guān)的生物功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解殺死活性)，所述功能針對(duì)金黃色葡萄球菌的一種或多種菌株。
[0024]在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了分離的多肽，其顯示出針對(duì)細(xì)菌的一種或多種菌株的抗微生物或抗菌活性(例如裂解殺死活性)，所述細(xì)菌例如革蘭氏陽(yáng)性菌(例如金黃色葡萄球菌)、革蘭氏陰性菌(例如肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌和銅綠假單胞菌)或未分類為革蘭氏陽(yáng)性或革蘭氏陰性的細(xì)菌，其中所述分離的多肽具有與相同長(zhǎng)度(即由相同數(shù)目的殘基組成)的第二種氨基酸序列具有至少60%、65 %、70%、75 %、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99% 或更大序列同一性的氨基酸序列，所述第二種氨基酸序列是SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:30, SEQ ID NOs:32-35, SEQ ID NO:80, SEQ IDNO:180, SEQ ID NO:183、SEQ ID NO:185、SEQ ID NO:190、SEQ ID NO:192、SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:232,SEQ ID NO:235、SEQ ID NOs:239-245、SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249,SEQ ID N0:252、SEQ ID NO:254,SEQ ID NO:282,SEQ ID NOs:433-437,SEQ ID NOs:489-496,SEQ ID NO:544、SEQ ID NO:545、SEQ ID NO:547、SEQ ID NO:549、SEQ ID NO:551、SEQ ID NO:556,SEQ ID NO:557、SEQ ID NO:598、SEQ ID NO:629、SEQ ID NO:686、SEQ IDNO:789, SEQ IDNOs:796-800, SEQ ID NO:806、SEQ ID NO:854、SEQ ID NOs:999-1004,SEQ ID NOs:1053-1060, SEQ ID NO:1077、SEQ ID NO:1216、SEQ ID NO: 1217、SEQ IDNO: 1250、SEQ ID NO: 1261、SEQ ID NO: 1266 和 / 或其片段。
[0025]本發(fā)明進(jìn)一步提供了包含下述中的任何氨基酸序列或由下述中的任何氨基酸序列組成的分離的多肽:SEQ ID NOs:5-176,SEQ ID NOs:177-223,SEQ ID NOs:224-506、SEQID NOs:507-559,SEQ ID NOs:561-780,SEQ ID NOs:782_1073、和SEQ ID NOs: 1075-1300。在其他實(shí)施方案中，提供了與治療劑(例如異源多肽或小分子)重組融合或化學(xué)綴合(例如共價(jià)或非共價(jià)綴合)的本發(fā)明的分離的多肽。
[0026] 本發(fā)明還包含編碼本發(fā)明的多肽的多核苷酸。在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了包含編碼 SEQ ID NOs:5-176, SEQ ID NOs:177-223, SEQ ID NOs:224-506, SEQ ID NOs:507-559、SEQ ID NOs:561-780, SEQ ID NOs:782_1073、和 SEQ ID NOs:1075-1300 中的任何多肽的核酸序列的分離核酸。在其他實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了包含編碼下述中的任何多肽，或其活性片段、變體或衍生物的核酸序列的分離核酸:SEQ ID NO:15,SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:30, SEQ ID NOs:32-35, SEQ ID NO:80, SEQ IDNO:180, SEQ ID NO:183、SEQ ID NO:185、SEQ ID NO:190、SEQ ID NO:192、SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:232,SEQ ID NO:235、SEQ ID NOs:239-245、SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249,SEQ ID NO:252、SEQ ID NO:254,SEQ ID NO:282,SEQ ID NOs:433-437,SEQ ID NOs:489-496、SEQ ID NO:544、SEQ ID NO:545、SEQ ID NO:547、SEQ ID NO:549、SEQ ID NO:55KSEQ ID NO:556,SEQ ID NO:557、SEQ ID NO:598、SEQ ID NO:629、SEQ ID NO:686、SEQID NO:789,SEQ ID NOs:796-800,SEQ ID NO:806、SEQ ID NO:854、SEQ ID NOs:999-1004,SEQ ID NOs:1053-1060,SEQ ID NO:1077,SEQ ID NO:1216,SEQ ID NO:1217,SEQ ID NO:1250、SEQ ID N0:1261、或SEQ ID NO:1266，所述多肽或活性片段、變體或衍生物顯示出與它由其分離和/或衍生的細(xì)菌噬菌體相關(guān)的生物功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解殺死活性)。本發(fā)明還涉及包含所述核酸中的一種或多種的載體。在一個(gè)特定實(shí)施方案中，所述載體是表達(dá)載體。本發(fā)明進(jìn)一步提供了含有載體的宿主細(xì)胞，所述載體包含一種或多種編碼本發(fā)明的多肽的一種或多種多核苷酸。
[0027]本發(fā)明包含用于生產(chǎn)特別用于在藥物組合物即抗微生物組合物中使用的本發(fā)明的多肽或其活性片段的方法。例如，本發(fā)明的多肽可以直接從細(xì)胞培養(yǎng)(例如細(xì)菌細(xì)胞培養(yǎng))中分離，所述細(xì)胞培養(yǎng)由細(xì)菌噬菌體F387/08、F391/08、F394/08、F488/08、F510/08、F44/10和/或F125/10感染。備選地，本發(fā)明的多肽可以使用表達(dá)載體通過(guò)重組方法衍生，所述表達(dá)載體包含編碼本發(fā)明的多肽的核酸序列，例如SEQ ID NO:15, SEQ ID NO: 20, SEQID NO:26,SEQ ID NO:27,SEQ ID NO:30,SEQ ID NOs:32-35,SEQ ID NO:80,SEQ ID NO:180,SEQ ID NO: 183,SEQ ID NO:185、SEQ ID NO:190、SEQ ID NO: 192、SEQ ID NO:231、SEQID NO:232, SEQ ID NO:235、SEQ ID NOs:239-245, SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249、SEQID NO:252,SEQ ID NO:254、SEQ ID NO:282,SEQ ID NOs:433-437,SEQ ID NOs:489-496,SEQ ID NO:544,SEQ ID NO:545、SEQ ID NO:547、SEQ ID NO:549、SEQ ID NO:551、SEQ IDNO:556, SEQ ID NO:557、、SEQ ID NO:598、SEQ ID NO:629、SEQ ID NO:686、SEQ ID NO:789,SEQ ID NOs:796-800、SEQ ID NO:806、SEQ ID NO:854、SEQ ID NOs:999-1004,SEQ IDNOs:1053-1060, SEQ ID NO:1077, SEQ ID NO:1216, SEQ ID NO:1217, SEQ ID NO:1250,SEQ ID N0:1261、或SEQ ID NO: 1266，或其活性片段、衍生物或變體。本發(fā)明的多肽或其片段可以通過(guò)本領(lǐng)域已知用于生產(chǎn)多肽的任何方法進(jìn)行生產(chǎn)，特別是通過(guò)化學(xué)合成或通過(guò)重組表達(dá)技術(shù)。 [0028]在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明涉及用于重組生產(chǎn)噬菌體蛋白質(zhì)例如溶素蛋白質(zhì)、尾蛋白質(zhì)或其活性片段、變體或衍生物的方法，所述方法包括:(i)在適合于所述蛋白質(zhì)在培養(yǎng)基中表達(dá)的條件下培養(yǎng)含有載體的宿主細(xì)胞，所述載體包含編碼下述氨基酸序列的核酸序列:SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:30、SEQID NOs:32-35, SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:180、SEQ ID NO:183、SEQ ID NO:185、SEQ IDNO:190, SEQ ID NO:192、SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:232、SEQ ID NO:235、SEQ ID NOs:239-245、SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:252、SEQ ID NO:254、SEQ ID NO:282,SEQ ID NOs:433-437,SEQ ID NOs:489-496,SEQ ID NO:544,SEQ ID NO:545,SEQ IDNO:547,SEQ ID NO:549、SEQ ID NO:551、SEQ ID NO:556、SEQ ID NO:557、SEQ ID NO:598、SEQ ID NO:629, SEQ ID NO:686、SEQ ID NO:789、SEQ ID NOs:796-800, SEQ ID NO:806、SEQ ID NO:854, SEQ ID NOs:999_1004、或 SEQ ID NOs: 1053-1060、SEQ ID NO:1077, SEQID NO:1216, SEQ ID N0:1217、SEQ ID NO:1250, SEQ ID N0:1261、或 SEQ ID N0:1266，或其片段；和(ii)從所述培養(yǎng)基中回收所述蛋白質(zhì)。在特定實(shí)施方案中，編碼本發(fā)明的多肽的核酸序列與異源啟動(dòng)子可操作地連接。
[0029]本發(fā)明還包含用于診斷細(xì)菌感染的臨床表現(xiàn)中的成因劑的方法。通過(guò)確定樣品中的細(xì)菌對(duì)本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體和/或多肽的敏感性，本發(fā)明的分離的細(xì)菌噬菌體或多肽可以用于幫助測(cè)定患者樣品中的細(xì)菌物種。此類方法進(jìn)一步包括估計(jì)本發(fā)明的分離的細(xì)菌噬菌體和/或多肽的抗菌活性的方法。本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體或多肽的抗菌活性，或未知樣品對(duì)于此類活性的敏感性，可以通過(guò)本領(lǐng)域已知和/或本文描述的任何方法進(jìn)行評(píng)估。在特定實(shí)施方案中，抗菌活性和/或敏感性通過(guò)下述進(jìn)行評(píng)估:根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)(例如在液體培養(yǎng)中或在瓊脂平板上)培養(yǎng)已知細(xì)菌和/或患者組織、血液、流體或拭子樣品，使培養(yǎng)物與本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體和/或多肽接觸且監(jiān)控在所述接觸后的細(xì)胞生長(zhǎng)。例如，在液體培養(yǎng)中，細(xì)菌(例如肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌、銅綠假單胞菌和/或金黃色葡萄球菌)可以生長(zhǎng)至代表在培養(yǎng)物的指數(shù)生長(zhǎng)中點(diǎn)的光密度(“0D”)；使培養(yǎng)物暴露于本發(fā)明的一種或多種細(xì)菌噬菌體和/或多肽的一個(gè)或多個(gè)濃度，并且OD相對(duì)于對(duì)照培養(yǎng)物進(jìn)行監(jiān)控。相對(duì)于對(duì)照培養(yǎng)物減少的OD代表顯示出針對(duì)測(cè)試樣品或培養(yǎng)物中的細(xì)菌物種和/或菌株的抗菌活性(例如顯示出裂解殺死活性)的細(xì)菌噬菌體和/或多肽。類似地，可以允許細(xì)菌菌落在瓊脂平板上形成，所述平板暴露于本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體或多肽，并且相對(duì)于對(duì)照平板估計(jì)菌落的后續(xù)生長(zhǎng)。菌落的大小減少或菌落的總數(shù)目減少指示細(xì)菌噬菌體和/或多肽具有針對(duì)測(cè)試樣品和/或培養(yǎng)的物種或菌株的抗菌活性。
[0030]本發(fā)明還涉及包含細(xì)菌噬菌體或由細(xì)菌噬菌體組成的藥物組合物，所述細(xì)菌噬菌體具有包含核酸序列 SEQ ID NO:USEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:560、SEQ ID NO:781、或 SEQ ID NO:1074 或由核酸序列 SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:560、SEQ ID NO:781、或 SEQ ID NO:1074 組成的基因組。在特定實(shí)施方案中，除了一種或多種其他細(xì)菌噬菌體外，本發(fā)明的藥物組合物包含具有基因組的細(xì)菌噬菌體，所述基因組包含核酸序列SEQ ID NO:USEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:560、SEQ ID NO:781、或 SEQ ID NO:1074 或由核酸序列 SEQ IDNO:U SEQ ID NO:2,SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:560、SEQ ID N0:781、或SEQID NO:1074組成。一種或多種其他細(xì)菌噬菌體可以是本發(fā)明的一種或多種細(xì)菌噬菌體(例如具有包含 SEQ ID NO:USEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:560,SEQID NO:781、或 SEQ ID NO:1074 的核酸序列或由 SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:560、SEQ ID NO:781、或 SEQ ID NO:1074 的核酸序列組成的基因組)，其一種或多種菌株，或可以是除了具有根據(jù)SEQ ID NO:U SEQ ID NO:2、SEQ IDN0:3、SEQ ID N0:4、SEQ ID NO:560、SEQ ID N0:781、或 SEQ ID NO:1074 的基因組的細(xì)菌噬菌體外的本領(lǐng)域已知的一種或多種細(xì)菌噬菌體。進(jìn)一步地,本發(fā)明的藥物組合物中的一種或多種細(xì)菌噬菌體可以靶向細(xì)菌的相同或不同物種或菌株。在特定實(shí)施方案中，包含本發(fā)明的一種或多種細(xì) 菌噬菌體的藥物組合物進(jìn)一步包含本發(fā)明的一種或多種多肽和/或如本文描述或本領(lǐng)域已知的其他噬菌體產(chǎn)物。
[0031]在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了包含從細(xì)菌噬菌體中分離的多肽或其活性片段，特別是具有抗微生物和/或抗菌活性的那些的藥物組合物，所述細(xì)菌噬菌體具有包含核酸序列 SEQ ID NO:USEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:560、SEQ IDNO:781 和 / 或 SEQ ID NO: 1074 或由核酸序列 SEQ ID NO:USEQ ID N0:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4,SEQ ID NO:560、SEQ ID NO:781 和/或SEQ ID NO:1074組成的基因組。在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明的藥物組合物包含具有下述氨基酸序列的一種或多種多肽:SEQ IDNO: 15、SEQ ID NO: 20,SEQ ID NO:26,SEQ ID NO:27,SEQ ID NO: 30,SEQ ID NOs:32-35,SEQ ID NO:80, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 190, SEQ IDNO:192, SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:232、SEQ ID NO:235、SEQ ID NOs:239-245、SEQ IDNO:248, SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:252、SEQ ID NO:254、SEQ ID NO:282、SEQ ID NOs:433-437、SEQ ID NOs:489-496、SEQ ID NO:544、SEQ ID NO:545、SEQ ID NO:547、SEQ IDNO:549,SEQ ID NO:551、SEQ ID NO:556、SEQ ID NO:557、SEQ ID NO:598、SEQ ID NO:629、SEQ ID NO:686, SEQ ID NO:789、SEQ ID NOs:796-800, SEQ ID NO:806、SEQ ID NO:854、SEQ ID NOs:999-1004,SEQ ID NOs: 1053-1060,SEQ ID NO:1077、SEQ ID NO:1216,SEQ IDNO:1217,SEQ ID NO:1250,SEQ ID N0:1261、或 SEQ ID NO: 1266。在其他實(shí)施方案中，本發(fā)明的藥物組合物包含這樣的多肽，其為SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:26、SEQID NO:27,SEQ ID NO:30、SEQ ID NOs:32-35、SEQ ID NO:80、SEQ ID NO: 180,SEQ ID NO:183,SEQ ID NO: 185,SEQ ID NO:190、SEQ ID NO:192、SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:232、SEQID NO:235, SEQ ID NOs:239-245, SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:252、SEQID NO:254,SEQ ID NO:282,SEQ ID NOs:433-437,SEQ ID NOs:489-496、SEQ ID NO:544、SEQ ID NO:545,SEQ ID NO:547、SEQ ID NO:549、SEQ ID NO:551、SEQ ID NO:556、SEQ IDNO:557, SEQ ID NO:598、SEQ ID NO:629、SEQ ID NO:686、SEQ ID NO:789、SEQ ID NOs:796-800,SEQ ID NO:806、SEQ ID NO:854、SEQ ID NOs:999-1004,SEQ ID NOs:1053-1060,SEQ ID NO:1077, SEQ ID NO:1216, SEQ ID NO:1217, SEQ ID NO:1250, SEQ ID NO:1261,或SEQ ID NO:1266的變體、衍生物或片段，其中所述變體、衍生物或片段保留它由其衍生的多肽的生物功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解殺死活性)，優(yōu)選針對(duì)肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌、銅綠假單胞菌和/或金黃色葡萄球菌的一種或多種菌株。
[0032]本發(fā)明的藥物組合物可以另外包含藥學(xué)可接受的載體、賦形劑或穩(wěn)定劑。在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明的藥物組合物是用于治療、預(yù)防和/或改善有此需要的受試者中與通過(guò)細(xì)菌的感染相關(guān)的疾病或病癥癥狀的抗菌組合物(因?yàn)樗鼈冿@示出抗菌活性)或治療組合物。在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明的藥物組合物是用于治療、預(yù)防和/或改善與通過(guò)肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌、銅綠假單胞菌和/或金黃色葡萄球菌的感染相關(guān)的疾病或病癥癥狀的抗菌組合物或治療組合物。在特定實(shí)施方案中，接受本發(fā)明的藥物組合物的受試者是哺乳動(dòng)物(例如牛、綿羊、羊、馬科、靈長(zhǎng)類(例如人)、嚙齒類、兔類動(dòng)物或禽類(例如雞、鴨、鵝))。
[0033]本發(fā)明提供了用于治療或預(yù)防細(xì)菌感染的方法，其包括給有此需要的受試者施用藥物組合物，所述藥物組合物包含一種或多種細(xì)菌噬菌體或噬菌體產(chǎn)物(例如分離的細(xì)菌噬菌體多肽或其活性片段、變體或衍生物)，任選加上如本文描述的一種或多種其他細(xì)菌噬菌體或其他噬菌體產(chǎn)物。在本發(fā)明的背景中，“治療”指治療性處理和預(yù)防性或預(yù)防措施，其中目的是消除、減輕、減少病理狀態(tài)或病癥的嚴(yán)重性，減慢病理狀態(tài)或病癥的進(jìn)展，或延遲或預(yù)防與病理狀態(tài)或病癥相關(guān)的癥狀或潛在原因(例如細(xì)菌感染)。本發(fā)明的藥物組合物可以用于治療或管理與任何細(xì)菌感染相關(guān)的感染，包括但不限于肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿`菌、銅綠假單胞菌和/或金黃色葡萄球菌，以及在特定實(shí)施方案中，表皮葡萄球菌(S.epidermidis)、耳葡萄球菌(S.auricularis)、頭葡萄球菌(S.capitis)、溶血性葡萄球菌(S.haemolyticus)、人葡萄球菌(S.hominis)、腐生葡萄球菌(S.saprophyticus)、模仿葡萄球菌(S.simulans)、木糖葡萄球菌(S.xylosis)、藤黃微球菌(M.1uteus)、枯草芽孢桿菌(B.subtilis)、短小芽孢桿菌(B.pumilus)、糞腸球菌(E.faecalis)、希拉腸球菌(E.hirae)、屎腸球菌(E.faecium)、鳥腸球菌(E.avium)及其組合。在特定實(shí)施方案中，藥物組合物可以用于治療與細(xì)菌感染相關(guān)的病狀或病癥，包括但不限于術(shù)后眼內(nèi)炎(end ophtalmitis)、心內(nèi)膜炎、中樞神經(jīng)系統(tǒng)的感染、肺炎、骨髓炎(osteomylelitis)、傷口感染(例如糖尿病足潰瘍)、乳腺炎、敗血病、食物中毒、腦膜炎、皮膚感染、膿腫、中毒性休克綜合征、菌血癥和/或與醫(yī)院細(xì)菌感染相關(guān)的其他病狀。
[0034]在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了細(xì)菌噬菌體或分離的噬菌體產(chǎn)物(例如分離的噬菌體多肽或其活性片段、變體或衍生物)作為單一試劑療法的用途。在其他實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了與用于細(xì)菌感染的標(biāo)準(zhǔn)或?qū)嶒?yàn)處理組合的細(xì)菌噬菌體或噬菌體產(chǎn)物(例如分離的噬菌體多肽或其活性片段、變體或衍生物)的用途。此類組合療法可以增強(qiáng)標(biāo)準(zhǔn)或?qū)嶒?yàn)處理的功效。與本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體和/或多肽組合特別有用的治療劑的例子是抗炎劑、標(biāo)準(zhǔn)化學(xué)治療抗生素試劑(例如青霉素、合成青霉素、桿菌肽素、甲氧西林、萘夫西林、苯唑西林(oxacilin)、氯唑西林、萬(wàn)古霉素、替考拉寧、克林霉素、復(fù)方新諾明、頭孢菌素、多粘菌素、頭孢克洛、頭孢羥氨芐、頭孢孟多酯鈉、頭孢唑林、頭孢克肟、頭孢美唑、頭孢尼西(cefonioid)、頭孢哌酮、頭孢雷特、cefotanme、頭孢噻廂、頭孢替坦、頭孢西丁、頭孢泊月虧酯、頭孢他唳、頭孢唑廂、頭孢曲松、頭孢曲松(cefriaxone)拉氧頭孢、頭孢呋辛、頭孢氨芐、頭孢菌素C、頭孢菌素C鈉鹽、頭孢菌素、頭孢噻吩鈉鹽、頭孢匹林、頭孢拉定、頭孢呋辛酯、頭孢菌素二水化物、拉氧頭孢、氯碳頭孢mafate和螯合劑)、局部麻醉劑和/或皮質(zhì)類固醇。在另外其他實(shí)施方案中，本發(fā)明的組合物可以與本領(lǐng)域已知的一種或多種細(xì)菌噬菌體或噬菌體產(chǎn)物組合。由本發(fā)明包含的組合療法可以配制成單一藥物組合物，或可以在分開組合物中但作為總體治療方案的部分施用。
[0035]本發(fā)明的藥物組合物可以通過(guò)本領(lǐng)域已知適合于施用抗菌化合物的任何方法進(jìn)行施用，例如經(jīng)由經(jīng)口或腸胃外(例如吸入、肌內(nèi)、靜脈內(nèi)或表皮)遞送。在優(yōu)選實(shí)施方案中，本發(fā)明的藥物組合物例如在局部制劑中局部施用。本發(fā)明的組合物可以局部用于治療和/或預(yù)防常見醫(yī)院內(nèi)感染，例如在手術(shù)切口部位處或與導(dǎo)管或引流相關(guān)的感染。在其他實(shí)施方案中，本發(fā)明的組合物用于治療皮膚或上真皮層的細(xì)菌感染(例如足的糖尿病性潰瘍或癰的感染)。
[0036]本發(fā)明的藥物組合物還可以用于傳統(tǒng)上的非治療用途，例如在化妝品中的抗菌劑，或在用于在固體表面上使用的噴霧劑或溶液中以預(yù)防細(xì)菌的定殖(即，作為消毒劑)。
[0037]本發(fā)明還涉及用于就抗菌活性篩選肽的方法。在一個(gè)實(shí)施方案中，該方法包括就抗菌活性篩選長(zhǎng)度至少6、10、15、20或25個(gè)殘基的鄰接氨基酸序列，其由核酸序列SEQ IDNO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:560、SEQID NO:781、或 SEQID NO: 1074的開放讀碼框編碼，所述抗菌活性通過(guò)肽抑制例如瓊脂或液體培養(yǎng)中的細(xì)菌生長(zhǎng)的能力測(cè)量。`
[0038]5.1 定義
[0039]如本文使用的，術(shù)語(yǔ)“片段”指包含蛋白質(zhì)氨基酸序列的至少5個(gè)鄰接氨基酸殘基、至少10個(gè)鄰接氨基酸殘基、至少15個(gè)鄰接氨基酸殘基、至少20個(gè)鄰接氨基酸殘基、至少25個(gè)鄰接氨基酸殘基、至少40個(gè)鄰接氨基酸殘基、至少50個(gè)鄰接氨基酸殘基、至少60個(gè)鄰接氨基酸殘基、至少70個(gè)鄰接氨基酸殘基、至少80個(gè)鄰接氨基酸殘基、至少90個(gè)鄰接氨基酸殘基、至少100個(gè)鄰接氨基酸殘基、至少125個(gè)鄰接氨基酸殘基、至少150個(gè)鄰接氨基酸殘基、至少175個(gè)鄰接氨基酸殘基、至少200個(gè)鄰接氨基酸殘基、或至少250個(gè)鄰接氨基酸殘基的氨基酸序列的肽或多肽。在特定實(shí)施方案中，該片段是功能片段，因?yàn)樗Ａ羲蛛x自的蛋白質(zhì)的至少一種功能(例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解細(xì)胞殺死))。
[0040]如本文使用的，術(shù)語(yǔ)“活性細(xì)菌噬菌體產(chǎn)物”和“細(xì)菌噬菌體產(chǎn)物”指從本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體中分離的多肽或其片段、變體或衍生物，所述多肽或其片段、變體或衍生物顯示出與它所分離或衍生自的細(xì)菌噬菌體相關(guān)的生物功能或活性(例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解細(xì)胞殺死))。
[0041]如本文使用的，在肽、多肽或融合蛋白的背景中的術(shù)語(yǔ)“分離的”或指這樣的肽、多肽或融合蛋白，其基本上不含來(lái)自它由其衍生的細(xì)胞或組織來(lái)源的細(xì)胞材料或污染蛋白質(zhì)，或當(dāng)化學(xué)合成時(shí)基本上不含化學(xué)前體或其他化學(xué)制品。語(yǔ)言“基本上不含細(xì)胞材料”包括肽、多肽或融合蛋白的制劑，其中肽、多肽或融合蛋白與它由其分離或重組產(chǎn)生的細(xì)胞的細(xì)胞組分分離。因此，基本上不含細(xì)胞材料的肽、多肽或融合蛋白包括具有小于約30%、20%、10%或5% (按干重計(jì))異源蛋白質(zhì)(在本文中也稱為“污染蛋白質(zhì)”)的肽、多肽或融合蛋白制劑。當(dāng)肽、多肽或融合蛋白重組產(chǎn)生時(shí)，它還優(yōu)選基本上不含培養(yǎng)基，即培養(yǎng)基代表小于約20%、10%或5%體積的蛋白質(zhì)制劑。當(dāng)肽、多肽或融合蛋白通過(guò)化學(xué)合成產(chǎn)生時(shí)，它優(yōu)選基本上不含化學(xué)前體或其他化學(xué)制品，即它與涉及肽、多肽或融合蛋白合成的化學(xué)前體或其他化學(xué)制品分離。相應(yīng)地，肽、多肽、融合蛋白或抗體的此類制劑具有除了目的肽、多肽或融合蛋白外的小于約(按干重計(jì))化學(xué)前體或化合物。
[0042]如本文使用的，在核酸分子的背景中的術(shù)語(yǔ)“分離的”指與第一種核酸分子的天然來(lái)源中存在的其他核酸分子分尚的第一種核酸分子。此外，“分尚的”核酸分子例如cDNA分子當(dāng)通過(guò)重組技術(shù)產(chǎn)生時(shí)基本上不含其他細(xì)胞材料或培養(yǎng)基，或當(dāng)化學(xué)合成時(shí)基本上不含化學(xué)前體或其他化學(xué)制品，并且例如當(dāng)它已與核酸文庫(kù)中的其他克隆分離時(shí)，可以不含其他cDNA或其他 基因組DNA分子。
[0043]術(shù)語(yǔ)“純化的”意指已通過(guò)任何純化過(guò)程在濃度中可測(cè)量地增加的肽、多肽、融合蛋白或核酸分子，所述純化過(guò)程包括但不限于柱色譜法、HPLC、沉淀、電泳等，從而部分、基本上、幾乎完全或完全去除雜質(zhì)，例如涉及制備肽、多肽或融合蛋白或核酸分子的前體或其他化學(xué)制品。本領(lǐng)域技術(shù)人員應(yīng)當(dāng)理解對(duì)于給定用途必需的純化量。例如，意欲用于在預(yù)期施用于人的治療組合物中使用的分離的蛋白質(zhì)通常必須具有依照管理標(biāo)準(zhǔn)和良好制造過(guò)程的高純度。
[0044]如本文使用的，在多肽背景中的術(shù)語(yǔ)“衍生物”指包含已通過(guò)氨基酸殘基置換、缺失或添加的引入而改變的氨基酸序列的多肽。如本文使用的術(shù)語(yǔ)“衍生物”還指即通過(guò)任何類型的分子與多肽的共價(jià)附著已進(jìn)行修飾的多肽。例如，但不限于，多肽可以例如通過(guò)糖基化、乙?；?、聚乙二醇化、磷酸化、酰胺化、通過(guò)已知保護(hù)/阻斷基團(tuán)的衍生化，蛋白酶解切害I]、與細(xì)胞配體或其他蛋白質(zhì)的連接等進(jìn)行修飾。衍生多肽可以使用本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的技術(shù)通過(guò)化學(xué)修飾進(jìn)行產(chǎn)生，包括但不限于特定化學(xué)切割、乙?；?、甲?；⒁旅顾氐拇x合成等。進(jìn)一步地，衍生多肽可以含有一個(gè)或多個(gè)非典型氨基酸。多肽衍生物具有與它由其衍生的多肽相似或等同的功能。如提及“衍生”自生物體的多肽使用的術(shù)語(yǔ)“衍生的”還可以指多肽直接從所述生物體(例如細(xì)菌細(xì)胞或噬菌體)中的分離。
[0045]如本文使用的，術(shù)語(yǔ)“宿主細(xì)胞”指由核酸分子轉(zhuǎn)染的具體主題細(xì)胞和含有核酸分子或其染色體整合形式的此類細(xì)胞的后代或潛在后代。由于在后續(xù)代中或在核酸分子整合到宿主細(xì)胞基因組內(nèi)可能發(fā)生的突變或環(huán)境影響，此類細(xì)胞的后代可以不等同于由核酸分子轉(zhuǎn)染的親本細(xì)胞。對(duì)于細(xì)菌噬菌體蛋白質(zhì)和多肽的表達(dá)，宿主細(xì)胞優(yōu)選不是細(xì)菌噬菌體由其分離或培養(yǎng)的相同物種或菌株。
[0046]如本文使用的，術(shù)語(yǔ)“與……組合”指超過(guò)一種預(yù)防和/或治療劑的使用。術(shù)語(yǔ)“與……組合”的使用不限制其中預(yù)防和/或治療劑施用于具有疾病或病癥的受試者的次序。第一種預(yù)防或治療劑可以在第二種預(yù)防或治療劑(不同于第一種預(yù)防或治療劑)施用于有此需要的受試者例如具有疾病或病癥的受試者之前(例如前5分鐘、15分鐘、30分鐘、45分鐘、I小時(shí)、2小時(shí)、4小時(shí)、6小時(shí)、12小時(shí)、24小時(shí)、48小時(shí)、72小時(shí)、96小時(shí)、I周、2周、3周、4周、5周、6周、8周或12周)、同時(shí)或之后(例如后5分鐘、15分鐘、30分鐘、45分鐘、I小時(shí)、2小時(shí)、4小時(shí)、6小時(shí)、12小時(shí)、24小時(shí)、48小時(shí)、72小時(shí)、96小時(shí)、I周、2周、3
周、4周、5周、6周、8周或12周)施用。
[0047]如本文使用的，術(shù)語(yǔ)“核酸”和“核苷酸序列”包括單鏈和雙鏈DNA和/或RNA分子，或其組合。如本文使用的，術(shù)語(yǔ)“由核酸編碼”指使用如本領(lǐng)域眾所周知的標(biāo)準(zhǔn)遺傳密碼(即標(biāo)準(zhǔn)密碼子三聯(lián)體)，起因于參考核酸序列的正向、反向、互補(bǔ)或反向互補(bǔ)序列翻譯的氨基酸序列。
[0048]如本文使用的，術(shù)語(yǔ)“預(yù)防劑”指本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體和/或多肽，其可以用于預(yù)防、治療、管理或改善疾病或病癥特別是與細(xì)菌感染相關(guān)的疾病或病癥的一種或多種癥狀。
[0049]如本文使用的，術(shù)語(yǔ)“治療劑”指本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體和/或多肽，其可以用于預(yù)防、治療、管理或改善疾病或病癥特別是與細(xì)菌感染相關(guān)的疾病或病癥的一種或多種癥狀。 [0050]如本文使用的，術(shù)語(yǔ)“治療有效量”指足以導(dǎo)致疾病或病癥特別是與細(xì)菌感染相關(guān)的疾病或病癥的一種或多種癥狀改善的治療劑的量。
[0051]如本文使用的，術(shù)語(yǔ)“治療”和“處理”指疾病或病癥特別是與細(xì)菌感染相關(guān)的疾病或病癥的一種或多種癥狀的改善，其起因于本發(fā)明的一種或多種細(xì)菌噬菌體和/或多肽的施用。如上所述，“治療”和相關(guān)術(shù)語(yǔ)指治療性處理和預(yù)防性或預(yù)防措施，其中目的是消除、減輕、減少病理狀態(tài)或病癥的嚴(yán)重性，減慢病理狀態(tài)或病癥的進(jìn)展，或延遲或預(yù)防與病理狀態(tài)或病癥相關(guān)的癥狀或潛在原因(例如細(xì)菌感染)。
[0052]如本文使用的，關(guān)于細(xì)菌噬菌體、分離的細(xì)菌噬菌體蛋白質(zhì)(或其變體、衍生物或片段)或細(xì)菌噬菌體產(chǎn)物的術(shù)語(yǔ)“抗菌活性”和“抗微生物活性”可互換使用，以指殺死和/或抑制微生物特別是細(xì)菌噬菌體感染的細(xì)菌物種或菌株的生長(zhǎng)或繁殖的能力。在特定實(shí)施方案中，抗菌或抗微生物活性通過(guò)下述進(jìn)行評(píng)估:根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)(例如在液體培養(yǎng)中或在瓊脂平板上)培養(yǎng)細(xì)菌例如革蘭氏陽(yáng)性菌(例如金黃色葡萄球菌)、革蘭氏陰性菌(例如肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌和銅綠假單胞菌)或未分類為革蘭氏陽(yáng)性或革蘭氏陰性的細(xì)菌，使培養(yǎng)物與本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體或多肽接觸且監(jiān)控在所述接觸后的細(xì)胞生長(zhǎng)。例如，在液體培養(yǎng)中，細(xì)菌可以生長(zhǎng)至代表在培養(yǎng)物的指數(shù)生長(zhǎng)中點(diǎn)的光密度(“0D”)；使培養(yǎng)物暴露于本發(fā)明的一種或多種細(xì)菌噬菌體或多肽的一個(gè)或多個(gè)濃度，并且OD相對(duì)于對(duì)照培養(yǎng)物進(jìn)行監(jiān)控。相對(duì)于對(duì)照培養(yǎng)物減少的OD代表顯示出抗菌活性(例如顯示出裂解殺死活性)的細(xì)菌噬菌體或多肽。類似地，可以允許細(xì)菌菌落在瓊脂平板上形成，所述平板暴露于本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體或多肽，并且關(guān)于對(duì)照平板估計(jì)菌落的后續(xù)生長(zhǎng)。菌落的大小減少或菌落的總數(shù)目減少指示細(xì)菌噬菌體或多肽具有抗菌活性。
[0053]如本文使用的，“CHAP結(jié)構(gòu)域”指在幾個(gè)噬菌體編碼的肽聚糖水解酶中發(fā)現(xiàn)的保守酰胺酶結(jié)構(gòu)域，并且代表“半胱氨酸、組氨酸依賴性酰胺基水解酶/肽酶”。參見例如，RigdenD，等人，Trends Biochem Sc1.2003 May 28(5):230_4。它在包括GSP酰胺酶和肽聚糖水解酶的酰胺酶超家族中發(fā)現(xiàn)。該家族包括至少兩個(gè)不同類型的肽聚糖切割活性:L-胞壁酰-L-丙氨酸酰胺酶和D-丙氨酰-甘氨酰內(nèi)肽酶活性。CHAP結(jié)構(gòu)域一般含有保守的半胱氨酸和組氨酸殘基，并且水解含Y-谷氨酰底物。這些半胱氨酸殘基被認(rèn)為是這些酰胺酶中的幾種的活性所必需的，并且它們的巰基看起來(lái)充當(dāng)含有這個(gè)結(jié)構(gòu)域的所有酶的催化機(jī)制中的親核試劑。CHAP結(jié)構(gòu)域通常與其他結(jié)構(gòu)域結(jié)合發(fā)現(xiàn)，所述其他結(jié)構(gòu)域切割肽聚糖，例如以協(xié)同方式起作用以切割專門底物。還參見，Bateman A,等人,Trends Biochem Sc1.2003May 28(5): 234-7。
[0054]6.附圖簡(jiǎn)述
[0055]圖1A-1B:包含SEQ ID NO:1的核酸序列的F391/08基因組的組構(gòu)的圖示。在約113kb基因組中預(yù)測(cè)的開放讀碼框(“0RF”)由箭頭代表且以黑色編號(hào)。箭頭的方向指示轉(zhuǎn)錄方向。顏色編碼:黑色-基于同源蛋白質(zhì)的已知功能可以對(duì)于其產(chǎn)物作出功能指定的ORF ;灰色-編碼類似于功能未知的蛋白質(zhì)的產(chǎn)物的ORF ;空白-編碼與可獲得的數(shù)據(jù)庫(kù)中的蛋白質(zhì)不共享顯著同源性的蛋白質(zhì)的0RF。功能指定的ORF也在該圖中列出。該圖中的信息也以表格形式包括在圖2中。
[0056]圖2A-2I1:細(xì)菌噬菌體F391/08基因組的特征，包括基因產(chǎn)物和假定功能的指定。該圖包括基因組的ORF列表且為每個(gè)ORF提供了⑴其在基因組內(nèi)的位置，(ii)編碼的氨基酸序列，(iii)同源蛋白質(zhì)和在其編碼多肽內(nèi)的保守結(jié)構(gòu)域的列表和(iv)假定功能的指定。在圖2中列出的ORF 1-172分別編碼SEQ ID NO:5-176的氨基酸序列。
[0057]圖3:包含SEQ ID NO:2的核酸序列的F394/08基因組的組構(gòu)的圖示。在約31kb基因組中預(yù)測(cè)的開放讀碼框(“0RF”)由箭頭代表且以黑色編號(hào)。箭頭的方向指示轉(zhuǎn)錄方向。顏色編碼:黑色-基于同源蛋白質(zhì)的已知功能可以對(duì)于其產(chǎn)物作出功能指定的ORF ;灰色-編碼類似于功能未知的蛋白質(zhì)的產(chǎn)物的ORF ;空白-編碼與可獲得的數(shù)據(jù)庫(kù)中的蛋白質(zhì)不共享顯著同 源性的蛋白質(zhì)的0RF。功能指定的ORF也在該圖中列出。該圖中的信息也以表格形式包括在圖4中。
[0058]圖4A-4K:細(xì)菌噬菌體F394/08基因組的特征，包括基因產(chǎn)物和假定功能的指定。該圖包括基因組的ORF列表且為每個(gè)ORF提供了⑴其在基因組內(nèi)的位置，(ii)編碼的氨基酸序列，(iii)同源蛋白質(zhì)和在其編碼多肽內(nèi)的保守結(jié)構(gòu)域的列表和(iv)假定功能的指定。在圖4中列出的ORF 1-47分別編碼SEQ ID NO: 177-223的氨基酸序列。
[0059]圖5A-5B:包含SEQ ID NO:3的核酸序列的F488/08基因組的組構(gòu)的圖示。在約167kb基因組中預(yù)測(cè)的開放讀碼框(“0RF”)由箭頭代表且以黑色編號(hào)。箭頭的方向指示轉(zhuǎn)錄方向。顏色編碼:黑色-基于同源蛋白質(zhì)的已知功能可以對(duì)于其產(chǎn)物作出功能指定的ORF ;灰色-編碼類似于功能未知的蛋白質(zhì)的產(chǎn)物的ORF ;空白-編碼與可獲得的數(shù)據(jù)庫(kù)中的蛋白質(zhì)不共享顯著同源性的蛋白質(zhì)的0RF。功能指定的ORF也在該圖中列出。該圖中的信息也以表格形式包括在圖6中。
[0060]圖6A-6DDD:細(xì)菌噬菌體F488/08基因組的特征，包括基因產(chǎn)物和假定功能的指定。該圖包括基因組的ORF列表且為每個(gè)ORF提供了(i)其在基因組內(nèi)的位置，(ii)編碼的氨基酸序列，(iii)同源蛋白質(zhì)和在其編碼多肽內(nèi)的保守結(jié)構(gòu)域的列表和(iv)假定功能的指定。在圖6中列出的ORF 1-283分別編碼SEQ ID NO:224-506的氨基酸序列。
[0061]圖7:包含SEQ ID NO:4的核酸序列的F510/08基因組的組構(gòu)的圖示。在約43kb基因組中預(yù)測(cè)的開放讀碼框(“0RF”)由箭頭代表且以黑色編號(hào)。箭頭的方向指示轉(zhuǎn)錄方向。顏色編碼:黑色-基于同源蛋白質(zhì)的已知功能可以對(duì)于其產(chǎn)物作出功能指定的ORF ;灰色-編碼類似于功能未知的蛋白質(zhì)的產(chǎn)物的ORF ;空白-編碼與可獲得的數(shù)據(jù)庫(kù)中的蛋白質(zhì)不共享顯著同源性的蛋白質(zhì)的0RF。功能指定的ORF也在該圖中列出。該圖中的信息也以表格形式包括在圖8中。
[0062]圖8A-8S:細(xì)菌噬菌體F510/08基因組的特征，包括基因產(chǎn)物和假定功能的指定。該圖包括基因組的ORF列表且為每個(gè)ORF提供了⑴其在基因組內(nèi)的位置，(ii)編碼的氨基酸序列，(iii)同源蛋白質(zhì)和在其編碼多肽內(nèi)的保守結(jié)構(gòu)域的列表和(iv)假定功能的指定。在圖8中列出的ORF 1-53分別編碼SEQ ID NO:507-559的氨基酸序列。
[0063]圖9:包含SEQ ID NO:560的核酸序列的F44/10基因組的組構(gòu)的圖示。在約137kb基因組中預(yù)測(cè)的開放讀碼框(“0RF”)由箭頭代表且以黑色編號(hào)。箭頭的方向指示轉(zhuǎn)錄方向。顏色編碼:黑色-基于同源蛋白質(zhì)的已知功能可以對(duì)于其產(chǎn)物作出功能指定的ORF ;灰色-編碼類似于功能未知的蛋白質(zhì)的產(chǎn)物的ORF ;空白-編碼與可獲得的數(shù)據(jù)庫(kù)中的蛋白質(zhì)不共享顯著同源性的蛋白質(zhì)的0RF。功能指定的ORF也在該圖中列出。該圖中的信息也以表格形式包括在圖10中。
[0064]圖10A-10QQ:細(xì)菌噬菌體F44/10基因組的特征，包括基因產(chǎn)物和假定功能的指定。該圖包括基因組的ORF列表且為每個(gè)ORF提供了(i)其在基因組內(nèi)的位置，(ii)編碼的氨基酸序列，(iii)同源蛋白質(zhì)和在其編碼多肽內(nèi)的保守結(jié)構(gòu)域的列表和(iv)假定功能的指定。在圖10中列出的ORF 1-216包括ORF la、lb、82a、82b、82c、114a和114b分別編碼SEQ ID NO =561-780的氨基酸序列。
[0065]圖11:包含SEQ ID NO:781的核酸序列的F387/08基因組的組構(gòu)的圖示。在約167kb基因組中預(yù)測(cè)的開放讀碼框(“0RF”)由箭頭代表且以黑色編號(hào)。箭頭的方向指示轉(zhuǎn)錄方向。顏色編碼:黑色-基于同源蛋白質(zhì)的已知功能可以對(duì)于其產(chǎn)物作出功能指定的ORF ;灰色-編碼類似于功能未知的蛋白質(zhì)的產(chǎn)物的ORF ;空白-編碼與可獲得的數(shù)據(jù)庫(kù)中的蛋白質(zhì)不共享顯著同源性 的蛋白質(zhì)的0RF。功能指定的ORF也在該圖中列出。該圖中的信息也以表格形式包括在圖12中。
[0066]圖12A-12AZ:細(xì)菌噬菌體F387/08基因組的特征，包括基因產(chǎn)物和假定功能的指定。該圖包括基因組的ORF列表且為每個(gè)ORF提供了(i)其在基因組內(nèi)的位置，(ii)編碼的氨基酸序列，(iii)同源蛋白質(zhì)和在其編碼多肽內(nèi)的保守結(jié)構(gòu)域的列表和(iv)假定功能的指定。在圖12中列出的ORF 1-292分別編碼SEQ ID NOs =782-1073的氨基酸序列。
[0067]圖13A-13B:包含SEQ ID NO:1074的核酸序列的F125/10基因組的組構(gòu)的圖示。在約145kb基因組中預(yù)測(cè)的開放讀碼框(“0RF”)由箭頭代表且以黑色編號(hào)。箭頭的方向指示轉(zhuǎn)錄方向。顏色編碼:黑色-基于同源蛋白質(zhì)的已知功能可以對(duì)于其產(chǎn)物作出功能指定的ORF ;灰色-編碼類似于功能未知的蛋白質(zhì)的產(chǎn)物的ORF ;空白-編碼與可獲得的數(shù)據(jù)庫(kù)中的蛋白質(zhì)不共享顯著同源性的蛋白質(zhì)的0RF。功能指定的ORF也在該圖中列出。該圖中的信息也以表格形式包括在圖14A-14ZZZ中。
[0068]圖14A-14ZZZ:細(xì)菌噬菌體F125/10基因組的特征，包括基因產(chǎn)物和假定功能的指定。該圖包括基因組的ORF列表且為每個(gè)ORF提供了(i)其在基因組內(nèi)的位置，(ii)編碼的氨基酸序列，(iii)同源蛋白質(zhì)和在其編碼多肽內(nèi)的保守結(jié)構(gòu)域的列表和(iv)假定功能的指定。在該圖中列出的ORF lb-221, la，包括36a和36b、68a和68b、以及153a和153b,分別編碼SEQ ID NO =1075-1300的氨基酸序列。
[0069]圖15A-15II1:細(xì)菌噬菌體F391/08的基因組的核苷酸序列(SEQ ID NO:1)。
[0070]圖16A-16Q:細(xì)菌噬菌體F394/08的基因組的核苷酸序列(SEQ ID NO:2)。[0071]圖17A-17KKKK:細(xì)菌噬菌體F488/08的基因組的核苷酸序列(SEQ ID NO:3)。
[0072]圖18A-18X:細(xì)菌噬菌體F510/08的基因組的核苷酸序列(SEQ ID NO:4)。
[0073]圖19A-19UUU:細(xì)菌噬菌體F44/10的基因組的核苷酸序列(SEQ ID NO:560)。
[0074]圖20A-20KKKK:細(xì)菌噬菌體F387/08的基因組的核苷酸序列(SEQ ID NO:781)。
[0075]圖21A-21ZZZ:細(xì)菌噬菌體F125/10的基因組的核苷酸序列(SEQ ID NO:1074)。
[0076]6.1 詳述
[0077]本發(fā)明涉及分離的細(xì)菌噬菌體及其分離的多肽產(chǎn)物，其具有針對(duì)醫(yī)院病原體肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌、銅綠假單胞菌和金黃色葡萄球菌的一個(gè)或多個(gè)物種或菌株的抗菌活性。在一個(gè)實(shí)施方案中，提供了分離的細(xì)菌噬菌體或多肽，其顯示出針對(duì)金黃色葡萄球菌的甲氧西林抗性菌株(MRSA)的抗微生物和/或抗菌活性。此外，本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體和多肽可以顯示出針對(duì)致病菌的一個(gè)或多個(gè)物種或菌株的抗菌或抗微生物活性，所述致病菌包括但不限于表皮葡萄球菌、耳葡萄球菌、頭葡萄球菌、溶血性葡萄球菌、人葡萄球菌、腐生葡萄球菌、模仿葡萄球菌、木糖葡萄球菌、藤黃微球菌、枯草芽孢桿菌、短小芽孢桿菌、希拉腸球菌和鳥腸球菌。
[0078] 在某些實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了具有包含SEQ ID NO:1的核酸序列或由SEQ IDN0:1的核酸序列組成的基因組的細(xì)菌噬菌體。依照這個(gè)實(shí)施方案的特定例子是分離的細(xì)菌噬菌體F391/08，其靶向克雷伯氏菌屬物種的許多菌株，包括肺炎克雷伯氏菌和產(chǎn)酸克雷伯氏菌(K.0xytoca)。包含SEQ ID NO:1的核酸序列的F391/08基因組的圖示組構(gòu)在圖1中提供。F391/08基因組中的開放讀碼框(ORF)在圖2中提供。還提供的是ORF在基因組內(nèi)的位置，由ORF編碼的氨基酸序列，同源或相似蛋白質(zhì)和在編碼多肽內(nèi)的保守結(jié)構(gòu)域，和假定功能的指定。在圖2中列出的ORF 1-172分別編碼SEQ ID NO:5-176的氨基酸序列。
[0079]在某些實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了具有包含SEQ ID NO:781的核酸序列或由SEQID NO:781的核酸序列組成的基因組的細(xì)菌噬菌體。依照這個(gè)實(shí)施方案的特定例子是分離的細(xì)菌噬菌體F387/08，其靶向克雷伯氏菌屬物種的許多菌株，包括肺炎克雷伯氏菌和產(chǎn)酸克雷伯氏菌。包含SEQ ID NO:781的核酸序列的F387/08基因組的圖示組構(gòu)在圖11中提供。F387/08基因組中的開放讀碼框(ORF)在圖12中提供。還提供的是ORF在基因組內(nèi)的位置，由ORF編碼的氨基酸序列，同源或相似蛋白質(zhì)和在編碼多肽內(nèi)的保守結(jié)構(gòu)域，和假定功能的指定。在圖12中列出的ORF 1-292分別編碼SEQ ID NOs:782-1073的氨基酸序列。
[0080]肺炎克雷伯氏菌是在口、皮膚和小腸的正常菌叢中發(fā)現(xiàn)的革蘭氏陰性、無(wú)運(yùn)動(dòng)、桿狀細(xì)菌。作為有莢膜的、兼性厭氧菌，該細(xì)菌還天然存在于土壤中，并且約30%的菌株可以在厭氧條件下固定氮。臨床上,它是腸桿菌科(Enterobacteriaceae)的克雷伯氏菌屬的最重要成員，并且還與產(chǎn)酸克雷伯氏菌緊密相關(guān)?？死撞暇鷮俑腥沮呌谠谟捎诓贿m當(dāng)飲食具有減弱的免疫系統(tǒng)的人中例如在酗酒者和糖尿病患者中發(fā)生?？死撞暇鷮龠€是關(guān)于具有慢性肺病、腸致病性、鼻腔粘膜萎縮和鼻硬結(jié)病的患者中的機(jī)會(huì)病原體。肺炎克雷伯氏菌的新抗生素抗性菌株出現(xiàn)，并且它越來(lái)越多地發(fā)現(xiàn)作為醫(yī)院內(nèi)感染，例如由于與污染器械接觸。
[0081]在某些實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了具有包含SEQ ID NO:2的核酸序列或由SEQ IDN0:2的核酸序列組成的基因組的細(xì)菌噬菌體。依照這個(gè)實(shí)施方案的特定例子是分離的細(xì)菌噬菌體F394/08，其靶向不動(dòng)桿菌屬物種的許多菌株，包括鮑氏不動(dòng)桿菌、乙酸鈣不動(dòng)桿菌(A.calcoaceticus)和魯氏不動(dòng)桿菌(A.1woffi)。包含SEQ ID NO:2的核酸序列的F394/08基因組的圖示組構(gòu)在圖3中提供。F394/08基因組中的開放讀碼框(ORF)在圖4中提供。還提供的是ORF在基因組內(nèi)的位置，由ORF編碼的氨基酸序列，同源或相似蛋白質(zhì)和在編碼多肽內(nèi)的保守結(jié)構(gòu)域，和假定功能的指定。在圖4中列出的ORF 1-47分別編碼SEQID NOs =177-223的氨基酸序列。
[0082]鮑氏不動(dòng)桿菌是特別在具有妥協(xié)的免疫系統(tǒng)的個(gè)體中引起許多嚴(yán)重臨床感染的細(xì)菌物種。鮑氏不動(dòng)桿菌是通常從醫(yī)院環(huán)境和住院患者中分離的多形好氧革蘭氏陰性桿狀細(xì)菌。該細(xì)菌通常進(jìn)入身體開放性傷口、導(dǎo)管或呼吸管。鮑氏不動(dòng)桿菌通常定殖水生環(huán)境，并且通常由住院患者的唾液或呼吸分泌物、傷口和尿培養(yǎng)。在醫(yī)院背景中，鮑氏不動(dòng)桿菌通常定殖灌洗液和靜脈內(nèi)溶液。還已知它對(duì)多種抗生素有抗性，并且由鮑氏不動(dòng)桿菌引起的醫(yī)院內(nèi)感染數(shù)目近年來(lái)已增加。
[0083]在某些實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了具有包含SEQ ID NO:3的核酸序列或由SEQ IDN0:3的核酸序列組成的基因組的細(xì)菌噬菌體。依照這個(gè)實(shí)施方案的特定例子是分離的細(xì)菌噬菌體F488/08，其靶向埃希桿菌屬物種的許多菌株，包括大腸桿菌。包含SEQ ID NO:3的核酸序列的F488/08基因組的圖示組構(gòu)在圖5中提供。F488/08基因組中的開放讀碼框(ORF)在圖6中提供。還提供的是ORF在基因組內(nèi)的位置，由ORF編碼的氨基酸序列，同源或相似蛋白質(zhì)和在編碼多肽內(nèi)的保守結(jié)構(gòu)域，和假定功能的指定。在圖6中列出的ORF1-283分別編碼SEQ ID NOs =224-506的氨基酸序列。
[0084]大腸桿菌是通常在哺乳動(dòng)物的下部腸中發(fā)現(xiàn)的革蘭氏陰性桿狀細(xì)菌，其包含人胃腸道的primaru兼性厭氧菌。大多數(shù)大腸桿菌菌株是無(wú)害的并且可以形成腸的正常菌叢的部分，在其中它們可以例如通過(guò)產(chǎn)生維生素K2和/或通過(guò)防止致病菌在腸內(nèi)定居對(duì)其宿主有利。然而，大腸桿菌的特定有毒菌株可以引起食物中毒，一般表現(xiàn)為腹瀉發(fā)作。更有毒的菌株例如0157:H7可以在老人、非常年幼或免疫妥協(xié)的人中引起嚴(yán)重疾病和甚至死亡。菌株例如0157:H7以及0121和0104:H21潛在產(chǎn)生致死毒素。大腸桿菌的有毒菌株還可以引起胃腸炎、泌尿道感染和新生兒腦膜炎，以及在稀有病例中，溶血性-尿毒癥綜合征(HUS)、腹膜炎、乳腺炎、敗血病和革蘭氏陰性肺炎。進(jìn)一步地，如果大腸桿菌細(xì)菌通過(guò)穿孔(例如由于破裂的盲腸和潰瘍或手術(shù)錯(cuò)誤)逃出腸道且進(jìn)入腹部，那么它們通常引起如果沒(méi)有即時(shí)處理可以是致命的腹膜炎。腸粘膜相關(guān)的大腸桿菌還在增加數(shù)目的炎性腸病、克羅恩氏病和潰瘍性結(jié)腸炎中觀察到。
[0085]可以用于治療大腸桿菌感染的抗生素包括阿莫西林以及其他半合成青霉素、許多頭孢菌素、碳青霉烯、氨曲南、甲氧芐氨嘧啶-磺胺甲基異噁唑、環(huán)丙沙星、呋喃妥因和氨基糖苷。然而，作為革蘭氏陰性生物體，大腸桿菌對(duì)于針對(duì)革蘭氏陽(yáng)性生物體有效的許多抗生素是抗性的，并且抗生素抗性是增長(zhǎng)中的問(wèn)題。例如對(duì)內(nèi)酰胺抗生素的抗性已成為最近數(shù)十年的特定問(wèn)題，因?yàn)楫a(chǎn)生擴(kuò)展譜內(nèi)酰胺酶的細(xì)菌菌株變得更常見。這些內(nèi)酰胺酶可以致使許多(如果不是所有)青霉素和/或頭孢菌素治療上無(wú)效。對(duì)抗生素陣列有抗性的產(chǎn)生擴(kuò)展譜內(nèi)酰胺酶的大腸桿菌菌株導(dǎo)致特別難以治療的感染。
[0086]在某些實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了具有包含SEQ ID NO:4的核酸序列或由SEQ IDNO:4的核酸序列組成的基因組的細(xì)菌噬菌體。依照這個(gè)實(shí)施方案的特定例子是分離的細(xì)菌噬菌體F510/08，其靶向假單胞菌屬物種的許多菌株，包括銅綠假單胞菌。包含SEQ IDNO:4的核酸序列的F510/08基因組的圖示組構(gòu)在圖7中提供。F510/08基因組中的開放讀碼框(ORF)在圖8中提供。還提供的是ORF在基因組內(nèi)的位置，由ORF編碼的氨基酸序列，同源或相似蛋白質(zhì)和在編碼多肽內(nèi)的保守結(jié)構(gòu)域，和假定功能的指定。在圖8中列出的ORF1-53分別編碼SEQ ID NOs =507-559的氨基酸序列。
[0087]銅綠假單胞菌是在土壤、水、皮膚菌叢和大多數(shù)人工環(huán)境中發(fā)現(xiàn)的常見革蘭氏陰性桿狀細(xì)菌。它不僅在標(biāo)準(zhǔn)大氣壓下，還作為兼性厭氧菌伴隨很少氧茁壯成長(zhǎng)，并且可以感染受損組織或免疫妥協(xié)的個(gè)體。當(dāng)此類定殖在關(guān)鍵身體器官例如肺、泌尿道和腎中發(fā)生時(shí)，結(jié)果可以是致命的。因?yàn)樗诒砻嫔献聣殉砷L(zhǎng)，所以這種細(xì)菌還在醫(yī)學(xué)設(shè)備包括導(dǎo)管上和中發(fā)現(xiàn)，引起醫(yī)院和診所中的交叉感染。銅綠假單胞菌是最有關(guān)的機(jī)會(huì)性醫(yī)院病原體之一，并且已估計(jì)十個(gè)醫(yī)院獲得性感染中的一個(gè)來(lái)自假單胞菌屬。銅綠假單胞菌還是燒傷損傷感染的最常見原因，和醫(yī)學(xué)設(shè)備例如導(dǎo)管的最頻繁定殖者。
[0088]在某些實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了具有包含SEQ ID NO:560的核酸序列或由SEQID NO:560的核酸序列組成的基因組的細(xì)菌噬菌體。依照這個(gè)實(shí)施方案的特定例子是分離的細(xì)菌噬菌體F44/10，其靶向葡萄球菌屬物種的許多菌株，包括金黃色葡萄球菌。包含SEQID NO:560的核酸序列的F44/10基因組的圖示組構(gòu)在圖9中提供。F44/10基因組中的開放讀碼框(ORF)在圖10中提供。還提供的是ORF在基因組內(nèi)的位置，由ORF編碼的氨基酸序列，同源或相似蛋白質(zhì)和在編碼多肽內(nèi)的保守結(jié)構(gòu)域，和假定功能的指定。如該圖中所示，在圖 10 中列出的 ORF 1-216 包括 la、lb、82a、82b、82c、114a 和 114b 分別編碼 SEQ ID NOs:561-780的氨基酸序列。
[0089]在某些實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了具有包含SEQ ID NO: 1074的核酸序列或由SEQID NO:1074的核酸序列組成的基因組的細(xì)菌噬菌體。依照這個(gè)實(shí)施方案的特定例子是分離的細(xì)菌噬菌體F125/10，其靶向葡萄球菌屬物種的許多菌株，包括金黃色葡萄球菌。包含SEQ ID NO:1074的核酸序列的F125/10基因組的圖示組構(gòu)在圖13中提供。F125/10基因組中的開放讀碼框(ORF)在圖14中提供。還提供的是ORF在基因組內(nèi)的位置，由ORF編碼的氨基酸序列，同源或相似蛋白質(zhì)和在編碼多肽內(nèi)的保守結(jié)構(gòu)域，和假定功能的指定。如該圖中所示，在圖14中列出的ORF 1-2`21包括la、lb、36a、36b、68a、68b、153a和153b分別編碼SEQ ID NOs =1075-1300的氨基酸序列。
[0090]金黃色葡萄球菌是革蘭氏陽(yáng)性球形兼性厭氧菌，其作為具有特征性金色的葡萄樣簇生長(zhǎng)，并且是葡萄球菌感染(staph infections)的最常見原因。它通常是人皮膚菌叢的部分，并且負(fù)責(zé)一系列感染，包括丘疹、癰、皮膚燙傷綜合征、肺炎、胃腸炎、腦膜炎、脊髓炎、心內(nèi)膜炎、中毒性休克綜合征、菌血癥和敗血病。它還是醫(yī)院內(nèi)感染的五個(gè)最常見原因之一，通常引起術(shù)后傷口感染。已估計(jì)美國(guó)醫(yī)院中約50，000個(gè)患者感染葡萄球菌感染。特別關(guān)注的是抗甲氧西林金黃色葡萄球菌菌株(MRSA)。MRSA仍是醫(yī)院背景中的罕見出現(xiàn)直到20世紀(jì)90年代，當(dāng)時(shí)在醫(yī)院中存在MRSA流行爆發(fā)，在醫(yī)院中它目前視為地方性的，尤其是在英國(guó)。Johnson A.P.,等人，J.Antimicrobial Chemotherapy,48 (I):143-144(2001)。金黃色葡萄球菌已證明是非常能吃苦的細(xì)菌，并且在一個(gè)研究中顯示它可以在聚酯上存活幾乎三個(gè)月，聚酯是醫(yī)院隱私窗簾中使用的主要材料。Neely，A.N.，等人，J.Clin.Microbiol.,38(2):724-726 (2000)。
[0091]下述生物體根據(jù)國(guó)際承認(rèn)用于專利程序的微生物保藏的布達(dá)佩斯條約(“布達(dá)佩斯條約”)于 20011 年 9 月 16 日保藏于位于 Ferguson Building, Craibstone Estate,Bucksburn, Aberdeen, AB21 9YA, Scotland UK 的 NCIMB Limited,并且 NCIMB 已如下指定相應(yīng)NCMB登記號(hào):宿主菌株銅綠假單胞菌433/07B2，NCIMB 41861 ;宿主菌株金黃色葡萄球菌743/06 BLNCIMB 41862 ;宿主菌株鮑氏不動(dòng)桿菌1305/05B3，NCMB 41863 ;銅綠假單胞菌噬菌體F770/05，NCIMB 41864 ;鮑氏不動(dòng)桿菌噬菌體F1245/05，NCIMB 41865 ;金黃色葡萄球菌噬菌體F125/10，NCIMB 41866 ;金黃色葡萄球菌噬菌體F44/10，NCIMB 41867 ;和銅綠假單胞菌噬菌體F510/08，NCMB41868，所有這些都通過(guò)引用合并入本文。
[0092]在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體包含基因組或由基因組組成，所述基因組與 SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:560、SEQ IDN0:781、或 SEQ ID NO:1074 的核酸序列具有至少 85%、90%、95%、96%、97%、98%或至少99%序列同一性，其中細(xì)菌噬菌體顯示出細(xì)菌噬菌體F391/08、F394/08、F488/08、F510/08、F387/08、FF44/10和F125/10中的一種或多種的至少一種生物活性，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解殺死活性)。備選地或另外，本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體可以具有包含SEQ ID NO:K SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:560、SEQ ID N0:781、或 SEQ IDNO:1074的核酸序列的功能片段的基因組，包括圖2、4、6、8、10、12和/或14中所述的任何開放讀碼框的序列。
[0093]本發(fā)明還提供了由本發(fā)明的一種或多種細(xì)菌噬菌體感染的分離細(xì)菌。在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了由細(xì)菌噬菌體感染的分離的肺炎克雷伯氏菌，所述細(xì)菌噬菌體具有包含SEQ ID NO:1和/或SEQ ID NO:781的核酸序列或由SEQ ID NO:1和/或SEQ IDNO:781的核酸序列組成的基因組。在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了由細(xì)菌噬菌體感染的分離的鮑氏不動(dòng)桿菌，所述細(xì)菌噬菌體具有包含SEQ ID NO:2的核酸序列或由SEQ ID NO:2的核酸序列組成的基因組。在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了由細(xì)菌噬菌體感染的分離的大腸桿菌，所述 細(xì)菌噬菌體具有包含SEQ ID NO:3的核酸序列或由SEQ ID NO:3的核酸序列組成的基因組。在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了由細(xì)菌噬菌體感染的分離的銅綠假單胞菌，所述細(xì)菌噬菌體具有包含SEQ ID NO:4的核酸序列或由SEQ ID NO:4的核酸序列組成的基因組。在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了由細(xì)菌噬菌體感染的分離的金黃色葡萄球菌，所述細(xì)菌噬菌體具有包含SEQ ID NO:560和/或SEQ ID NO:1074的核酸序列或由SEQID NO:560和/或SEQ ID NO:1074的核酸序列組成的基因組。
[0094]本發(fā)明提供了生產(chǎn)和分離細(xì)菌噬菌體的方法，所述細(xì)菌噬菌體具有包含SEQ IDNO:U SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:560、SEQ ID N0:781、或 SEQID NO:1074 的核酸序列或由 SEQ ID NO:USEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQID NO:560,SEQ ID NO:781、或SEQ ID NO:1074的核酸序列組成的基因組。在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了生產(chǎn)和/或分離細(xì)菌噬菌體的方法，所述細(xì)菌噬菌體具有包含SEQ ID NO:I和/或SEQ ID NO:781的核酸序列或由SEQ ID NO:1和/或SEQ ID NO:781的核酸序列組成的基因組，所述方法包括(i)獲得肺炎克雷伯氏菌的培養(yǎng)物，(ii)用具有包含SEQ IDN0:1和/或SEQ ID NO:781的核酸序列或由SEQ ID N0:1和/或SEQ ID NO:781的核酸序列組成的基因組的細(xì)菌噬菌體感染其；(iii)培養(yǎng)直至觀察到培養(yǎng)物的顯著裂解；和(iv)從培養(yǎng)物中分離細(xì)菌噬菌體。在其他實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了生產(chǎn)和/或分離細(xì)菌噬菌體的方法，所述細(xì)菌噬菌體具有包含SEQ ID NO:2的核酸序列或由SEQ ID NO:2的核酸序列組成的基因組，所述方法包括(i)獲得鮑氏不動(dòng)桿菌的培養(yǎng)物，(ii)用具有包含SEQ IDNO:2的核酸序列或由SEQ ID NO:2的核酸序列組成的基因組的細(xì)菌噬菌體感染其；(iii)培養(yǎng)直至觀察到培養(yǎng)物的顯著裂解；和(iv)從培養(yǎng)物中分離細(xì)菌噬菌體。在另外其他實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了生產(chǎn)和/或分離細(xì)菌噬菌體的方法，所述細(xì)菌噬菌體具有包含SEQ IDNO:3的核酸序列或由SEQ ID NO:3的核酸序列組成的基因組，所述方法包括⑴獲得大腸桿菌的培養(yǎng)物，(?)用具有包含SEQ ID NO:3的核酸序列或由SEQ ID NO:3的核酸序列組成的基因組的細(xì)菌噬菌體感染其；(iii)培養(yǎng)直至觀察到培養(yǎng)物的顯著裂解；和(iv)從培養(yǎng)物中分離細(xì)菌噬菌體。在另外其他實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了生產(chǎn)和/或分離細(xì)菌噬菌體的方法，所述細(xì)菌噬菌體具有包含SEQ ID NO:4的核酸序列或由SEQ ID NO:4的核酸序列組成的基因組，所述方法包括(i)獲得銅綠假單胞菌的培養(yǎng)物，(ii)用具有包含SEQ IDNO:4的核酸序列或由SEQ ID NO:4的核酸序列組成的基因組的細(xì)菌噬菌體感染其；(iii)培養(yǎng)直至觀察到培養(yǎng)物的顯著裂解；和(iv)從培養(yǎng)物中分離細(xì)菌噬菌體。 [0095]在另外再進(jìn)一步實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了生產(chǎn)和/或分離細(xì)菌噬菌體的方法，所述細(xì)菌噬菌體具有包含SEQ ID NO:560和/或SEQ ID NO:1074的核酸序列或由SEQ IDNO:560和/或SEQ ID NO:1074的核酸序列組成的基因組，所述方法包括(i)獲得金黃色葡萄球菌的培養(yǎng)物，(ii)用具有包含SEQ ID NO:560和/或SEQ ID NO:1074的核酸序列或由SEQ ID NO:560和/或SEQ ID NO:1074的核酸序列組成的基因組的細(xì)菌噬菌體感染其；(iii)培養(yǎng)直至觀察到培養(yǎng)物的顯著裂解；和(iv)從培養(yǎng)物中分離細(xì)菌噬菌體。
[0096]細(xì)菌噬菌體可以使用本文描述或本領(lǐng)域已知的任何方法從細(xì)菌樣品中分離(參見例如，Carlson,“Working with bacteriophage:common techniques andmethodological approaches,，，In, Kutter 和 Sulakvelidze(編輯)Bacteriophage:Biology and Applications,第 5 版 CRC Press (2005);通過(guò)引用整體合并入本文)。
[0097]本發(fā)明還提供了從本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體中分離的多肽。分離的多肽可以是全長(zhǎng)細(xì)菌噬菌體蛋白質(zhì)或可以是細(xì)菌噬菌體蛋白質(zhì)的片段、變體或衍生物，條件是所述片段、變體或衍生物顯示出與它由其衍生的細(xì)菌噬菌體或多肽相關(guān)的至少一種生物活性。在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明的多肽從細(xì)菌噬菌體F387/08或F391/08 (其一般感染肺炎克雷伯氏菌)、F394/08 (其一般感染鮑氏不動(dòng)桿菌)、細(xì)菌噬菌體F488/08 (其一般感染大腸桿菌)、細(xì)菌噬菌體F510/08 (其一般感染銅綠假單胞菌)或細(xì)菌噬菌體F44/10或F125/40 (其一般感染金黃色葡萄球菌)中分離。
[0098]在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明的多肽是從細(xì)菌噬菌體中分離的溶素，所述溶素具有包含下述氨基酸序列或由下述氨基酸序列組成的基因組:SEQ ID NO:U SEQ ID NO:2、SEQID N0:3、SEQ ID N0:4、SEQ ID NO:560、SEQ ID N0:781、或 SEQ ID NO:1074 (例如分別為細(xì)菌噬菌體 F391/08、F394/08、F488/08、F510/08、F44/10、F387/08 或 F125/10)。在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明的多肽是具有包含下述氨基酸序列或由下述氨基酸序列組成的溶素，例如內(nèi)溶素或尾溶素:SEQ ID NO:20,SEQ ID NO:80、SEQ ID NO: 192,SEQ ID NO:282、SEQID NO:547, SEQ ID NO:556、SEQ ID NO:557、SEQ ID NO:598、SEQ ID NO:1216 或 SEQ IDNO: 1261.所述溶素的預(yù)測(cè)功能包括例如Ig樣病毒粒子蛋白質(zhì)(SEQ ID N0:20)、細(xì)胞壁水解酶(hydrdolase) (SEQ ID NO:80)、內(nèi)溶素；N-乙酰胞壁酰-L-丙氨酸酰胺酶(SEQ IDNO:192)、可溶性溶菌酶(SEQ ID NO:282)、T4 樣溶菌酶(SEQ ID NO:547)、內(nèi)溶素(SEQ IDNO:556)、λ Rzl 樣蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:557)、內(nèi)溶素(SEQ ID NO:598)、內(nèi)溶素(SEQ ID NO:1216)、和尾溶素(SEQ ID NO:1261)。
[0099]在其他實(shí)施方案中，本發(fā)明的分離的多肽是從本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體中分離的內(nèi)溶素或溶素的片段、變體或衍生物，所述片段、變體或衍生物顯示出它所分離或衍生自的內(nèi)溶素、溶素或細(xì)菌噬菌體的至少一種生物活性，優(yōu)選抗菌活性(例如裂解殺死活性)。相應(yīng)地，在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了其為從本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體中分離的內(nèi)溶素或溶素的片段、變體或衍生物的分離的多肽，所述片段、變體或衍生物顯示出針對(duì)肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌、銅綠假單胞菌或金黃色葡萄球菌中的一種或多種的抗菌或抗微生物活性(例如裂解殺死活性)。在其他實(shí)施方案中，分離的多肽是從本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體中分離的內(nèi)溶素或溶素的片段、變體或衍生物，其顯示出針對(duì)除了肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌、銅綠假單胞菌或金黃色葡萄球菌外的一個(gè)或多個(gè)細(xì)菌物種的抗菌或抗微生物活性(例如裂解殺死活性)。在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明的多肽包含氨基酸序列SEQ IDNO:20和/或SEQ ID NO:80或其片段、變體或衍生物，或由氨基酸序列SEQ ID NO:20和/或SEQ ID NO:80或其片段、變體或衍生物組成，所述多肽顯示出針對(duì)肺炎克雷伯氏菌的一種或多種菌株，例如針對(duì)具有包含核酸序列SEQ ID NO:1或由核酸序列SEQ ID NO:1組成的基因組的細(xì)菌噬菌體的抗菌或抗微生物活性。在其他實(shí)施方案中，本發(fā)明的多肽包含氨基酸序列SEQ ID NO:192或其片段、變體或衍生物，或由氨基酸序列SEQ ID NO:192或其片段、變體或衍生物組成，所述多肽顯示出針對(duì)鮑氏不動(dòng)桿菌的一種或多種菌株，例如針對(duì)具有包含核酸序列SEQ ID NO:2或由核酸序列SEQ ID NO:2組成的基因組的細(xì)菌噬菌體的抗菌或抗微生物活性。在另外其他實(shí)施方案中，本發(fā)明的多肽包含氨基酸序列SEQ ID NO:282或其片段、變體或衍生物，或由氨基酸序列SEQ ID NO:282或其片段、變體或衍生物組成，所述多肽顯示出針對(duì)大腸桿菌的一種或多種菌株，例如針對(duì)具有包含核酸序列SEQ IDNO:3或由核酸序列SEQ ID NO:3組成的基因組的細(xì)菌噬菌體的抗菌或抗微生物活性。在另外其他實(shí)施方案中，本發(fā)明的多肽包含氨基酸序列SEQ ID NO:547, SEQ ID NO: 556, SEQID NO:557或其片段、變體或衍生物，或由氨基酸序列SEQ ID NO:547、SEQ ID NO:556、SEQID NO:557或其片段、變體或衍生物組成，所述多肽顯示出針對(duì)銅綠假單胞菌的一種或多種菌株，例如針對(duì)具有包含核酸`序列SEQ ID NO:4或由核酸序列SEQ ID NO:4組成的基因組的細(xì)菌噬菌體的抗菌或抗微生物活性。在另外再進(jìn)一步實(shí)施方案中，本發(fā)明的多肽包含氨基酸序列SEQ ID NO:598或其片段、變體或衍生物，或由氨基酸序列SEQ ID NO:598或其片段、變體或衍生物組成，所述多肽顯示出針對(duì)金黃色葡萄球菌的一種或多種菌株，例如針對(duì)具有包含核酸序列SEQ ID NO:560或由核酸序列SEQ ID NO:560組成的基因組的細(xì)菌噬菌體的抗菌或抗微生物活性。在另外再進(jìn)一步實(shí)施方案中，本發(fā)明的多肽包含氨基酸序列SEQ ID NO:1216和/或SEQ ID NO: 1261或其片段、變體或衍生物，或由氨基酸序列SEQID NO:1216和/或SEQ ID NO: 1261或其片段、變體或衍生物組成，所述多肽顯示出針對(duì)金黃色葡萄球菌的一種或多種菌株，例如針對(duì)具有包含核酸序列SEQ ID NO:1074或由核酸序列SEQ ID NO:1074組成的基因組的細(xì)菌噬菌體的抗菌或抗微生物活性。
[0100]在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明的多肽包含CHAP結(jié)構(gòu)域或由CHAP結(jié)構(gòu)域組成，所述 CHAP 結(jié)構(gòu)域從細(xì)菌噬菌體 F387/08、F391/08、F394/08、F488/08、F510/08、F44/10 或F125/10的內(nèi)溶素或溶素中分離。已證實(shí)分離的CHAP結(jié)構(gòu)域保留它們由其衍生的內(nèi)溶素或溶素的抗菌活性，例如裂解殺死活性；CHAP結(jié)構(gòu)域可以通過(guò)本領(lǐng)域常規(guī)方法進(jìn)行鑒定且分離(參見例如，Rigden 等人，2003, Trends Biochem.Sc1.28:230-234 ;Bateman 等人，2003,Trends Biochem.Sc1.28:234_237，其各自通過(guò)引用整體合并入本文)。在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明的多肽包含從多肽中分離的CHAP結(jié)構(gòu)域或由從多肽中分離的CHAP結(jié)構(gòu)域組成，所述多肽具有 SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:192、SEQ ID NO:282、SEQ ID NO:547、SEQ ID NO:556、SEQ ID NO:557、SEQ ID NO:598、SEQ ID NO:1216、或 SEQ ID NO:1261的氨基酸序列。在其他實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了從細(xì)菌噬菌體細(xì)菌噬菌體F387/08、F391/08、F394/08、F488/08、F510/08、F44/10、F125/10 的內(nèi)溶素或溶素中分離的 CHAP 結(jié)構(gòu)域的片段、變體或衍生物，所述片段、變體或衍生物顯示出它由其衍生的CHAP結(jié)構(gòu)域的至少一種生物活性，例如裂解細(xì)胞殺死。
[0101] 在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明的多肽包含下述或由下述組成:從細(xì)菌噬菌體中分離的尾蛋白質(zhì)(例如尾組分、尾絲蛋白質(zhì)、吸附相關(guān)尾蛋白質(zhì)、尾長(zhǎng)卷尺蛋白質(zhì)、基片楔突亞單位)或其片段、變體或衍生物，所述細(xì)菌噬菌體具有包含下述或由下述組成的基因組:SEQ ID NO:USEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:560、SEQ ID NO:781、或 SEQ ID NO:1074(例如分別為細(xì)菌噬菌體？391/08、？394/08、？488/08、？510/08、？44/10、F387/08或F125/10)，其中所述尾蛋白質(zhì)或其片段、變體或衍生物具有與它由其衍生的細(xì)菌噬菌體相關(guān)的生物功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解殺死活性)。在特定實(shí)施方案中，尾蛋白質(zhì)的抗微生物或抗菌活性針對(duì)肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌、銅綠假單胞菌和金黃色葡萄球菌的至少一個(gè)或多個(gè)物種或菌株。在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明的多肽是具有包含下述或由下述組成的氨基酸序列的尾蛋白質(zhì):SEQ ID NO:15, SEQ IDNO:26,SEQ ID NO:27,SEQ ID NO:30,SEQ ID NOs:32-35,SEQ ID NO: 180,SEQ ID NO:183、SEQ ID NO:185, SEQ ID NO:190、SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:232、SEQ ID NO:235、SEQID NOs:239-245, SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:252、SEQ ID NO:254、SEQID NOs:433-437,SEQ ID NOs:489-496、SEQ ID NO:544、SEQ ID NO:545、SEQ ID NO:549、SEQ ID NO:551、SEQ ID NO:629 ；SEQ ID NO:686、SEQ ID NO:789、SEQ ID NOs:796-800,SEQ ID NO:806, SEQ ID NO:854、SEQ ID NOs:999-1004, SEQ ID NOs: 1053-1060、SEQ IDNO:1077, SEQ ID NO:1217、SEQ ID N0:1250、或 SEQ ID NO:12660 在其他實(shí)施方案中，本發(fā)明的分離的多肽是下述氨基酸序列的片段、變體或衍生物:SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:30、SEQ ID NOs:32-35, SEQ ID NO:180、SEQ ID NO:183、SEQ ID NO:185,SEQ ID NO:190、SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:232、SEQ ID NO:235、SEQ IDNOs:239-245, SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:252、SEQ ID NO:254、SEQ IDNOs:433-437,SEQ ID NOs:489-496、SEQ ID NO:544、SEQ ID NO:545、SEQ ID NO:549、SEQID NO:551、SEQ ID NO:629 ；SEQ ID NO:686、SEQ ID NO:789、SEQ ID NOs:796-800, SEQID NO:806, SEQ ID NO:854、SEQ ID NOs:999-1004, SEQ ID NOs: 1053-1060、SEQ ID NO:1077、SEQ ID NO:1217、SEQ ID N0:1250、或 SEQ ID NO: 1266，所述片段、變體或衍生物顯示出與它所分離或衍生自的細(xì)菌噬菌體的至少一種生物活性或功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解殺死活性)。在優(yōu)選實(shí)施方案中，片段、變體或衍生物的至少一種生物活性或功能針對(duì)肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌、銅綠假單胞菌和金黃色葡萄球菌的一種或多種菌株。[0102]所述尾蛋白質(zhì)的預(yù)測(cè)功能包括例如受體結(jié)合尾蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:15)、主要尾蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:26)、次要尾蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:27)、成孔尾尖蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:30)、尾蛋白質(zhì)(SEQ ID NOs:32-33)、次要尾蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:34)、噬菌體尾蛋白質(zhì)(SEQ IDNO:35)、尾鞘蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:180)、尾卷尺蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:183)、尾蛋白質(zhì)(SEQ IDNO:185)、尾絲蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:190)、尾管蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:231)、尾鞘單體(SEQ IDNO:232)、尾鞘穩(wěn)定劑和完全蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:235)、短尾絲(SEQ ID NO:239)、基片楔突完全尾釘(SEQ ID NOs:240-241)、基片楔突完全尾絲插座(SEQ ID NO:242)、基片楔突亞單位(SEQ ID NO:243)、基片楔突起始子(SEQ ID NO:244)、基片楔突(SEQ ID NO:245)、基片插孔亞單位和尾溶菌酶、細(xì)胞穿透裝置(SEQ ID NO:248)、基片楔突完全(SEQ ID NO:249)、尾完全和鞘穩(wěn)定蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:252)、伴侶蛋白長(zhǎng)和短尾絲裝配(SEQ ID NO:254)、尾絲蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:433)、尾絲蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:434)、鉸鏈連接物長(zhǎng)尾絲(SEQID NO:435)、尾絲鉸鏈(SEQ ID NO:436)、近端尾絲亞單位(SEQ ID NO:437)、基片尾管起始子(SEQ ID N O:489)、基片(SEQ ID NO:490)、基片插孔亞單位、尾長(zhǎng)決定子(SEQ ID NO:491)、基片遠(yuǎn)端插孔亞單位(SEQ ID NO:492)、基片插孔亞單位(SEQ ID NO:493)、基片插孔裝配催化劑(SEQ ID NO:494)、基片插孔亞單位(SEQ ID NO:495)、基片楔突亞單位(SEQID NO:496)、尾管蛋白質(zhì)(SEQ ID NOs:544-545)、尾絲蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:549 和 SEQ IDNO:551)、主要尾鞘蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:629);主要尾蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:686);尾管蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:789) ；fibritin(SEQ ID NO:796);短尾絲(SEQ ID NO:797);基片楔突完全尾釘(SEQ ID NO:798);基片楔突亞單位和尾釘(SEQ ID NO:799);基片楔突尾絲連接物(SEQ ID NO:800);基片插孔亞單位和溶菌酶(SEQ ID NO:806);溶菌酶(SEQ ID NO:854)；噬菌體穿孔素(SEQ ID NO:999);遠(yuǎn)端長(zhǎng)尾絲裝配催化劑(SEQ ID NO:1000) ;L形尾絲蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:1001);長(zhǎng)尾絲遠(yuǎn)端連接物的鉸鏈連接物(SEQ ID NO:1002);長(zhǎng)尾絲近端連接物的鉸鏈連接物(SEQ ID NO:1003);長(zhǎng)尾絲近端亞單位(SEQ ID NO:1004);基片尾管起始子(SEQ ID NO:1053);基片尾管帽(SEQ ID NO:1054);基片插孔亞單位；尾長(zhǎng)決定子(SEQ ID NO:1055);基片遠(yuǎn)端插孔亞單位(SEQ ID NO:1056);基片插孔亞單位(SEQ IDNOs:1057和1059);基片插孔裝配催化劑(SEQ ID NO:1058);基片楔突亞單位(SEQ ID NO:1060);主要尾蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:1077);噬菌體穿孔素(SEQ ID NO:1217);主要尾鞘蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:1250);和基片蛋白質(zhì)(SEQ ID NO:1266)。
[0103]在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明包含SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID N0:30、或SEQ ID NOs:32-35的氨基酸序列的片段、變體或衍生物，其顯示出與細(xì)菌噬菌體相關(guān)的生物功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解殺死活性)，所述細(xì)菌噬菌體具有包含核酸序列SEQ ID NO:1或由核酸序列SEQ ID NO:1組成的基因組，所述功能針對(duì)肺炎克雷伯氏菌的一種或多種菌株。在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明包含SEQ ID NO:789, SEQID NOs:796-800,SEQ ID NO:806、SEQ ID NO:854、SEQ ID NOs:999_1004、或 SEQ ID NOs:1053-1060的氨基酸序列的片段、變體或衍生物，其顯示出與細(xì)菌噬菌體相關(guān)的生物功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解殺死活性)，所述細(xì)菌噬菌體具有包含核酸序列SEQID NO:781或由核酸序列SEQ ID NO:781組成的基因組，所述功能針對(duì)肺炎克雷伯氏菌的一種或多種菌株。在其他實(shí)施方案中，本發(fā)明包含SEQ ID NO:180,SEQ ID NO: 183,SEQ IDNO:185、或SEQ ID NO:190的氨基酸序列的片段、變體或衍生物，其顯示出與細(xì)菌噬菌體相關(guān)的生物功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解殺死活性)，所述細(xì)菌噬菌體具有包含核酸序列SEQ ID NO:2或由核酸序列SEQ ID NO:2組成的基因組，所述功能針對(duì)鮑氏不動(dòng)桿菌的一種或多種菌株。
[0104]在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明包含SEQID NO:23USEQ ID NO:232、SEQ ID NO:235、SEQ ID NOs:239-245, SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:252、SEQ ID NO:254、SEQ ID NOs:433-437, SEQ ID NOs:489_495、或 SEQ ID NO:496 的氨基酸序列的片段、變體或衍生物，其顯示出與細(xì)菌噬菌體相關(guān)的生物功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解殺死活性)，所述細(xì)菌噬菌體具有包含核酸序列SEQ ID NO:3或由核酸序列SEQ ID NO:3組成的基因組，所述功能針對(duì)大腸桿菌的一種或多種菌株。在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明包含 SEQ ID NO:544,SEQ ID NO:545、SEQ ID NO:549、或 SEQ ID NO:551 的氨基酸序列的片段、變體或衍生物，其顯示出與細(xì)菌噬菌體相關(guān)的生物功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解殺死活性)，所述細(xì)菌噬菌體具有包含核酸序列SEQ ID NO:4或由核酸序列SEQ IDNO:4組成的基因組，所述功能針對(duì)銅綠假單胞菌的一種或多種菌株。在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明包含SEQ ID NO:629或SEQ ID NO:686的氨基酸序列的片段、變體或衍生物，其顯示出與細(xì)菌噬菌體相關(guān)的生物功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解殺死活性)，所述細(xì)菌噬菌體具有包含核酸序列SEQ ID NO:560或由核酸序列SEQ ID NO:560組成的基因組，所述功能針對(duì)金黃色葡萄球菌的一種或多種菌株。在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明包含SEQ IDNO:1077,SEQ ID NO:1216、SEQ ID NO:1217,SEQ ID NO:1250,SEQ ID N0:1261、或SEQ IDNO:1266的氨基酸序列的片段、變體或衍生物，其顯示出與細(xì)菌噬菌體相關(guān)的生物功能，例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解殺死活性)，所述細(xì)菌噬菌體具有包含核酸序列SEQ IDNO:1074或由核酸序列SEQ ID NO: 1074組成的基因組，所述功能針對(duì)金黃色葡萄球菌的一種或多種菌株。
[0105]在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明的分離的多肽是細(xì)菌噬菌體多肽的變體，所述變體包含下述或由下述組成:具有與相同長(zhǎng)度(即由相同數(shù)目的殘基組成)的第二種氨基酸序列具有至少 60%、65%、70%、75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%,94%,95%,96%,97 %、98%、99 %或更大序列同一性的氨基酸序列，所述第二種氨基酸序列是SEQ ID NO:15,SEQ ID NO:20、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:30、SEQID NOs:32-35, SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:180、SEQ ID NO:183、SEQ ID NO:185、SEQ IDNO:190, SEQ ID NO:192、SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:232、SEQ ID NO:235、SEQ ID NOs:239-245、SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:252、SEQ ID NO:254、SEQ ID NO:282,SEQ ID NOs:433-437,SEQ ID NOs:489-496、SEQ ID NO:544、SEQ ID NO:545,SEQ IDNO:547,SEQ ID NO:549、SEQ ID NO:551、SEQ ID NO:556、SEQ ID NO:557、SEQ ID NO:598、SEQ ID NO:629, SEQ ID NO:686、SEQ ID NO:789、SEQ ID NOs:796-800, SEQ ID NO:806、SEQ ID NO:854, SEQ ID NOs:999-1004,SEQ ID NOs: 1053-1060、SEQ ID NO: 1077、SEQ IDNO: 1216、SEQ ID NO: 1217、SEQ ID NO: 1250、SEQ ID NO: 1261、SEQ ID NO:1266 和 / 或其片段，并且其中所述變體顯示出針對(duì)細(xì)菌的一種或多種菌株的它由其衍生的細(xì)菌噬菌體的至少一種生物功能或活性(例如抗微生物或抗菌活性(例如裂解殺死活性))，所述細(xì)菌例如革蘭氏陽(yáng)性菌(例如金黃色葡萄球菌)、革蘭氏陰性菌(例如肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌、銅綠假單胞菌)或未分類為革蘭氏陽(yáng)性或革蘭氏陰性的細(xì)菌。[0106]在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了具有SEQ ID NOs:5-176,SEQ ID NOs:177-223,SEQ ID NOs:224-506,SEQ ID NOs:507-559,SEQ ID NOs:561-780,SEQ ID NOs:782-1073,和SEQ ID NOs:1075-1300中的任何氨基酸序列的分離的多肽及其活性生物片段。在優(yōu)選實(shí)施方案中，本發(fā)明的變體多肽顯示出與它所分離或衍生自的多肽或細(xì)菌噬菌體相關(guān)的至少一種生物活性，例如針對(duì)肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌、銅綠假單胞菌和/或金黃色葡萄球菌的至少一種或多種菌株的裂解活性。
[0107]在其他實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了編碼SEQ ID NOs:5-176,SEQ ID NOs:177-223,SEQ ID NOs:224-506,SEQ ID NOs:507-559,SEQ ID NOs:561-780,SEQ ID NOs:782-1073,和SEQ ID NOs:1075-1300之一的氨基酸序列及其活性片段的分離核酸序列。在其他實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了編碼圖2、4、6、8、10、12和/或14中鑒定的任何開放讀碼框的核酸序列。
[0108]在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明的多肽與治療劑例如異源多肽或小分子重組融合或化學(xué)綴合(包括共價(jià)和非共價(jià)綴合)，以生成融合蛋白或嵌合多肽。融合物無(wú)需是直接的，但可以通過(guò)接頭序列或通過(guò)化學(xué)綴合發(fā)生。本發(fā)明的多肽可以與之綴合的治療劑的非限制性例子是肽或非肽細(xì)胞毒素(包括抗微生物劑和/或抗生素)、示蹤劑/標(biāo)記分子(例如放射性核素和熒光團(tuán))和本領(lǐng)域已知的其他抗生素或抗菌化合物。[0109]6.2抗生素組合物
[0110]本發(fā)明的分離的細(xì)菌噬菌體或多肽可以單獨(dú)施用或摻入藥物組合物內(nèi)用于在細(xì)菌感染例如通過(guò)細(xì)菌引起的感染的治療或預(yù)防中使用，所述細(xì)菌包括但不限于肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌、銅綠假單胞菌和金黃色葡萄球菌。多肽可以與藥學(xué)可接受的載體、賦形劑或穩(wěn)定劑組合。藥學(xué)可接受的載體、賦形劑和穩(wěn)定劑的例子包括但不限于緩沖劑例如磷酸鹽、檸檬酸鹽和其他有機(jī)酸；抗氧化劑包括抗壞血酸；低分子量多肽；蛋白質(zhì)例如血清白蛋白和明膠；親水聚合物例如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸例如甘氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺、精氨酸或賴氨酸；單糖、二糖及其他碳水化合物包括葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合劑例如EDTA ;糖醇例如甘露糖醇或山梨糖醇；成鹽抗衡離子例如鈉；和/或非離子型表面活性劑例如TWEEN?、聚乙二醇(PEG)和PLUR0NICS?。例如除了上述成分外，本發(fā)明的藥物組合物(例如抗菌組合物)還可以包括潤(rùn)滑劑、濕潤(rùn)劑、甜味劑、調(diào)味劑、乳化劑、懸浮劑和防腐劑。
[0111]本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體和/或多肽還可以與一種或多種治療和/或預(yù)防劑組合，所述治療和/或預(yù)防劑(例如一種或多種溶素)用于治療本文描述的和/或本領(lǐng)域已知的對(duì)于治療細(xì)菌感染。本發(fā)明的藥物組合物因此可以包含本發(fā)明的兩種或多種分離的細(xì)菌噬菌體(具有針對(duì)相同或不同細(xì)菌物種或菌株的抗菌活性)，本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體和多肽的組合，或本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體和/或多肽和本領(lǐng)域已知的細(xì)菌噬菌體和/或多肽的組合。在特定實(shí)施方案中，組合的治療組分靶向細(xì)菌的兩個(gè)或多個(gè)物種或菌株，或顯示出不同酶促活性。例如，溶素一般而言顯示出酰胺酶、內(nèi)肽酶、胞壁質(zhì)酶或氨基葡糖苷酶活性之一。相應(yīng)地，顯示出不同活性的溶素的組合可以對(duì)本發(fā)明的藥物組合物的治療活性提供協(xié)同增強(qiáng)。
[0112]在某些實(shí)施方案中，組合許多不同細(xì)菌噬菌體，以提供“噬菌體混合物”。在某些實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含至少2種噬菌體、至少3種噬菌體、至少4種噬菌體、至少5種噬菌體、至少6種噬菌體、至少7種噬菌體、至少8種噬菌體、至少9種噬菌體、至少10種噬菌體或更多。在某些實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含2-20種噬菌體、2-15種噬菌體、2-10種噬菌體、3-8種噬菌體、或4-6種噬菌體。
[0113]在某些實(shí)施方案中，混合物的至少一種噬菌體是具有針對(duì)至少一種革蘭氏陰性菌，包括但不限于肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌和銅綠假單胞菌；和/或針對(duì)至少一種革蘭氏陽(yáng)性菌包括但不限于金黃色葡萄球菌的抗菌活性的噬菌體。在特定實(shí)施方案中，混合物的至少一種噬菌體是F391/08，其具有包含SEQ ID NO:1的核酸序列的基因組且顯示出針對(duì)肺炎克雷伯氏菌的一種或多種菌株的抗菌活性。在特定實(shí)施方案中，混合物的至少一種噬菌體是F394/08，其具有包含SEQ ID NO:2的核酸序列的基因組且顯示出針對(duì)鮑氏不動(dòng)桿菌的一種或多種菌株的抗菌活性。在特定實(shí)施方案中，混合物的至少一種噬菌體是F488/08，其具有包含SEQ ID NO:3的核酸序列的基因組且顯示出針對(duì)大腸桿菌的一種或多種菌株的抗菌活性。在特定實(shí)施方案中，混合物的至少一種噬菌體是F510/08，其具有包含SEQ ID NO:4的核酸序列的基因組且顯示出針對(duì)銅綠假單胞菌的一種或多種菌株的抗菌活性。在特定實(shí)施方案中，混合物的至少一種噬菌體是F44/10，其具有包含SEQID NO:560的核酸序列的基因組且顯示出針對(duì)金黃色葡萄球菌的一種或多種菌株的抗菌活性。在特定實(shí)施方案中，混合物的至少一種噬菌體是F387/08，其具有包含SEQ ID NO:781的核酸序列的基因組且顯示出針對(duì)肺炎克雷伯氏菌的一種或多種菌株的抗菌活性。在特定實(shí)施方案中，混合物的至少一種噬菌體是F125/10，其具有包含SEQ ID NO:1074的核酸序列的基因組且顯示出針對(duì)金黃色葡萄球菌的一種或多種菌株的抗菌活性。
[0114]在特定實(shí)施方案中，混合物的至少一種噬菌體是F170/08，其具有如公開于WO2010/090542中的基因組，且顯示出針對(duì)糞或屎腸球菌的一種或多種菌株的抗菌活性。在特定實(shí)施方案中，混合物的至少一種噬菌體是F168/08，其具有如公開于WO 2010/090542中的基因組，且顯示出針對(duì)糞或屎腸球菌的一種或多種菌株的抗菌活性。在特定實(shí)施方案中，混合物的至少一種噬菌體是F770/05，其具有如公開于WO 2010/090542中的基因組，且顯示出針對(duì)銅綠假單胞菌的一種或多種菌株的抗菌活性。在特定實(shí)施方案中，混合物的至少一種噬菌體是F1245/05，其具有如公開于WO 2010/090542中的基因組，且顯示出針對(duì)鮑氏不動(dòng)桿菌的一種或多種菌株的抗菌活性。
[0115]在某些優(yōu)選實(shí)施方案中，混`合物包含具有針對(duì)不動(dòng)桿菌屬的生物活性的噬菌體。例如，混合物可以包含顯示出針對(duì)鮑氏不動(dòng)桿菌的一種或多種菌株的抗菌活性的F394/08和/或F1245/05。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含顯示出針對(duì)鮑氏不動(dòng)桿菌的一種或多種菌株的抗菌活性的至少一種噬菌體，和顯示出針對(duì)不同細(xì)菌的抗菌活性的至少一種噬菌體。例如，在某些實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含與選自F391/08、F488/08、F510/08、F44/10、F387/08、F170/08、F168/08、F770/05 和 F125/10 的至少一種其他噬菌體組合的F394/08和/或F1245/05。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含顯示出針對(duì)肺炎克雷伯氏菌的一種或多種菌株的抗菌活性的至少一種噬菌體，和顯示出針對(duì)不同細(xì)菌的抗菌活性的至少一種噬菌體。例如，在某些實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含與選自F394/08、F488/08、F510/08、F44/10、F1245/05、F170/08、F168/08、F770/05 和 F125/10 的至少一種其他噬菌體組合的F391/08和/或F387/08。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含顯示出針對(duì)大腸桿菌的一種或多種菌株的抗菌活性的至少一種噬菌體，和顯示出針對(duì)不同細(xì)菌的抗菌活性的至少一種噬菌體。例如，在某些實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含與選自F391/08、F510/08、F44/10、F394/08、F387/08、F170/08、F168/08、F1245/05、F770/05 和 F125/10 的至少一種其他噬菌體組合的F488/08。
[0116]在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含顯示出針對(duì)銅綠假單胞菌的一種或多種菌株的抗菌活性的至少一種噬菌體，和顯示出針對(duì)不同細(xì)菌的抗菌活性的至少一種噬菌體。例如，在某些實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含與選自F391/08、F394/08、F488/08、F44/10、F387/08、F170/08、F168/08、F1245/05 和 F125/10 的至少一種其他噬菌體組合的 F510/08和/或F770/05。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含顯示出針對(duì)金黃色葡萄球菌的一種或多種菌株的抗菌活性的至少一種噬菌體，和顯示出針對(duì)不同細(xì)菌的抗菌活性的至少一種噬菌體。例如，在某些實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含與選自F391/08、F394/08、F488/08、F510/08、F387/08、F170/08、F168/08、F770/05 和 F1245/05 的至少一種其他噬菌體組合的F44/10和/或F125/10。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含顯示出針對(duì)糞或屎腸球菌的一種或多種菌株的抗菌活性的至少一種噬菌體，和顯示出針對(duì)不同細(xì)菌的抗菌活性的至少一種噬菌體。例如，在某些實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含與選自F391/08、F394/08、F488/08、F510/08、F44/10、F387/08、F770/05、F1245/05 和 F125/10 的至少一種其他噬菌體組合的F170/08和/或F168/08。
[0117]在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含選自F391/08、F394/08、F488/08、F510/08、F44/10、F387/08、F170/08、F168/08、F770/05、F1245/05 和 F125/10 的至少四種(4)噬菌體。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)391/08、F394/08、F488/08和F510/08。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)44/10、F387/08、F170/08和F168/08。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)391/08、F394/08、F770/05和F1245/05。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)391/08、F394/08、F510/08和/或F44/10。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)391/08、F394/08、F44/10和/或F387/08。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)391/08、F394/08 、F387/08和/或F170/08。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)391/08、F394/08、F170/08和F168/08。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)391/08、F394/08、F168/08和/或F770/05。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)391/08、F394/08、F770/05 和 F1245/05。
[0118]在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)125/10、F391/08、F394/08和F488/08。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)125/10、F394/08、F488/08和F510/08。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)125/10、F488/08、F510/08和F44/10。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)125/10、F44/10、F387/08和F170/08。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)125/10、F170/08、F168/08和F770/05。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)125/10、F770/05、F1245/05和F391/08。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)125/10、F510/08、F44/10、F387/08。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)125/10、F387/08、F170/08、F168/08。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)125/10、F168/08、F770/05和F1245/05。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)125/10、F1245/05、F391/08和F394/08。
[0119]在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)394/08、F488/088、F510/08和/或F44/10。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)394/08、F488/088、F44/10和/或F387/08。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)394/08、F488/088、F387/08和/或F170/08。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)394/08、F488/088、F170/08和/或F168/08。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)394/08、F488/088、F168/08和/或F770/05。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)394/08、F488/088、FF770/05和/或F1245/05。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)394/08、F488/088、F1245/05和/或F391/08。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)488/08、F510/08、F44/10和/或F387/08。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)488/08、F510/08、F387/08和/或F170/08。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)488/08、F510/08、F170/08和/或F168/08。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)488/08、F510/08、F168/08和/或F770/05。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)488/08、F510/08、F770/05和/或F1245/05。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)488/08、F510/08、F1245/05和/或F391/08。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)488/08、F510/08、F391/08 和 / 或 F394/08。
[0120] 在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)387/08、F170/08、F168/08和/或F770/05。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)387/08、F170/08、F770/05和/或F1245/05。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)387/08、F170/08、F1245/05和/或F391/08。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)387/08、F170/08、F391/08和/或F394/08。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)387/08、F170/08、F394/08和/或F488/08。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)387/08、F170/08、F488/08和/或F510/08。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)387/08、F170/08、F510/08和/或F44/10。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)387/08、F170/08、F44/10和/或F387/08。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)387/08、F170/08、F387/08和/或F170/08。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)387/08、F170/08、F170/08和/或F168/08。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)387/08、F170/08、F168/08和/或F770/05。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)387/08、F170/08、F770/05和/或F1245/05。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)387/08、F170/08、F1245/05和/或F391/08。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)387/08、F170/08、F391/08和/或F394/08。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)387/08、F170/08、F394/08和/或F488/08。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)387/08、F170/08、F488/08和/或F510/08。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)387/08、F170/08、F510/08 和 / 或 F44/10。
[0121]在某些實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)510/08、F44/10、F387/08和/或F170/08。在某些實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)510/08、F44/10、F170/08和/或F168/08。在某些實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)510/08、F44/10、F168/08和/或F770/05。在某些實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)510/08、F44/10、F770/05和/或Fl245/05。在某些實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)510/08、F44/10、F1245/05和/或F391/08。在某些實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含F(xiàn)510/08、F44/10、F391/08和/或F394/08。在某些實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含 F510/08、F44/10、F394/08 和 / 或 F488/08。
[0122]在某些實(shí)施方案中，噬菌體包含F(xiàn)44/10、F387/08、F170/08和/或F168/08。在某些實(shí)施方案中，噬菌體包含F(xiàn)44/10、F387/08、F168/08和/或F770/05。在某些實(shí)施方案中，噬菌體包含F(xiàn)44/10、F387/08、F770/05和/或F1245/05。在某些實(shí)施方案中，噬菌體包含F(xiàn)44/10、F387/08、F1245/05和/或F391/08。在某些實(shí)施方案中，噬菌體包含F(xiàn)44/10、F387/08、F391/08和/或F394/08。在某些實(shí)施方案中，噬菌體包含F(xiàn)44/10、F387/08、F394/08和/或F488/08。在某些實(shí)施方案中，噬菌體包含F(xiàn)44/10、F387/08、F488/08和/或 F510/08。
[0123]在某些實(shí)施方案中，噬菌體混合物組合物可以涉及或不涉及為了增加的體內(nèi)半衰期而選擇的噬菌體，例如如其內(nèi)容通過(guò)引用合并入本文的US 5,688, 501中公開的。
[0124]在某些實(shí)施方案中，混合物包含從一種或多種噬菌體中分離的一種或多種多肽和/或其片段、變體或衍生物，特別是具有抗菌或抗微生物活性的多肽、其片段、變體或衍生物。在某些實(shí)施方案中，多肽、或其片段、變體或衍生物包含溶素(或其片段，例如CHAP結(jié)構(gòu)域)和/或尾蛋白質(zhì)，或由溶素(或其片段，例如CHAP結(jié)構(gòu)域)和/或尾蛋白質(zhì)組成。在更特定實(shí)施方案中，多肽對(duì)應(yīng)于如本文和/或WO 2010/090542中描述的分離的多肽、其片段、變體或衍生物，所述專利的內(nèi)容通過(guò)引用合并入本文。在某些實(shí)施方案中，混合物在不存在分離的多肽的情況下，例如在不存在裂解酶的情況下施用。 [0125]可以與本發(fā)明的多肽組合使用的其他治療劑的其他例子包括但不限于標(biāo)準(zhǔn)抗生素試劑、抗炎劑、抗病毒劑、局部麻醉劑和皮質(zhì)類固醇。在某些實(shí)施方案中，混合物在不存在抗生素的情況下施用。
[0126]可以與包含本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體和/或多肽的藥物組合物一起使用的標(biāo)準(zhǔn)抗生素包括但不限于阿米卡星、慶大霉素、卡那霉素、新霉素、奈替米星、巴龍霉素、rhodostreptomycin、鏈霉素、妥布霉素、安普霉素、利福霉素、萘霉素、莫匹羅星、格爾德霉素、安絲菌素、碳頭孢烯、亞胺培南、美羅培南、厄他培南、法羅培南、多利培南、帕尼培南/倍他米隆、比阿培南、PZ-601、頭孢菌素、頭孢賽曲、頭孢羥氨芐、頭孢氨芐、頭孢來(lái)星、頭孢洛寧、頭孢噻啶、頭孢噻吩、頭孢匹林、頭孢曲嗪、頭孢氮氟、頭孢西酮、頭孢唑林、頭孢拉定、頭孢沙定、頭孢替唑、頭孢克洛、頭孢尼西、頭孢丙烯、頭孢呋辛、頭孢唑喃、頭孢美唑、頭孢替坦、頭孢西丁、頭孢卡品、頭孢達(dá)肟、頭孢地尼、頭孢托侖、頭孢他美、頭孢克肟、頭孢甲肟、頭孢特侖、頭孢布烯、頭孢噻呋、頭孢噻林、頭孢唑肟、頭孢曲松、頭孢哌酮、頭孢拉定拉氧頭孢、頭孢克定、頭孢吡肟、頭孢瑞南、頭孢噻利、頭孢唑蘭、頭孢匹羅、頭孢喹肟、氟氧頭孢、頭孢吡普、阿奇霉素、克林霉素、地紅霉素、紅霉素、羅紅霉素、氨曲南、青霉素和青霉素衍生物、放線菌素、桿菌肽素、粘菌素、多粘菌素B、西諾沙星、氟甲喹、萘啶酸、奧索利酸、吡咯米酸、吡哌酸、羅索沙星、環(huán)丙沙星、依諾沙星、氟羅沙星、洛美沙星、那氟沙星、諾氟沙星、氧氟沙星、培氟沙星、蘆氟沙星、巴洛沙星、加替沙星、格帕沙星、左氧氟沙星、莫西沙星、帕珠沙星、司帕沙星、替馬沙星、托氟沙星、克林沙星、加雷沙星、吉米沙星、西他沙星、曲伐沙星、普盧利沙星、乙酰唑胺、苯唑拉胺、布美他尼、塞來(lái)考昔、氯噻酮、氯帕胺、雙氯非那胺、多佐胺、乙氧苯唑胺、呋塞米、氫氯噻嗪、吲達(dá)帕胺、mafendide、美夫西特、美托拉宗、丙磺舒、磺胺乙酰、磺胺地托辛、磺胺多辛、氨苯磺胺、磺胺甲基異噁唑、柳氮磺胺吡啶、舒噻美、舒馬普坦、希帕胺、四環(huán)素、金霉素、土霉素、多西環(huán)素、賴甲環(huán)素、甲氯環(huán)素、甲烯土霉素、米諾環(huán)素、羅利環(huán)素、甲氧西林、萘夫西林、苯唑西林、氯唑西林、萬(wàn)古霉素、替考拉寧、克林霉素、復(fù)方新諾明及其任何組合，其量有效或累加或協(xié)同增強(qiáng)本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體和/或多肽對(duì)于給定感染的療效。
[0127]可以在本發(fā)明的藥物組合物中使用的局部麻醉藥包括丁卡因、鹽酸丁卡因、利多卡因、鹽酸利多卡因、鹽酸二甲異喹、二丁卡因、鹽酸二丁卡因、苦味酸氯苯丁酯和鹽酸丙嗎卡因。局部麻醉藥的示例性濃度是按總組合物的重量計(jì)約0.025% -約5%。[0128]可以與本發(fā)明的多肽、細(xì)菌噬菌體和/或藥物組合物組合使用的皮質(zhì)類固醇包括倍他米松、二丙酸酯、膚輕松、錒系元素、戊酸倍他米松、曲安西龍錒系元素、丙酸氯倍他索、去羥米松、二乙酸二氟拉松、安西奈德、丙酮縮氟氫羥龍、戊酸氫化可的松、丁酸氫化可的松和地奈德。皮質(zhì)類固醇的示例性濃度是按總組合物的重量計(jì)約0.01% -約I %。
[0129]在特定實(shí)施方案中，包含本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體和/或多肽的制劑進(jìn)一步包含SM緩沖液(0.05M Tris-HCKpH 7.4-7.5) ；0.1M NaCl ;IOmM MgSO4)。在其他實(shí)施方案中，制劑進(jìn)一步包含SM緩沖液和IOmM MgCl20在另外其他實(shí)施方案中，制劑進(jìn)一步包含SM緩沖液和約20%或約30%乙醇。
[0130]包含本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體和/或多肽的藥物組合物可以以單位劑量或多劑量制劑配制。合適制劑可以選自軟膏、溶液、懸浮液或乳狀液、浸膏、粉末、粒劑、噴霧劑、錠劑、片劑或膠囊；且另外可以包括分散劑或穩(wěn)定劑。
[0131]本發(fā)明的藥物組合物可以通過(guò)吸入、以栓劑或子宮托的形式，局部(例如以洗劑、溶液、乳膏、軟膏或撒粉的形式)，經(jīng)表皮或經(jīng)皮(例如通過(guò)使用皮膚貼劑)，經(jīng)口(例如作為片劑，其可以含有賦形劑例如淀粉或乳糖)，作為膠囊、胚珠、酏劑、溶液或懸浮液(各自任選含有調(diào)味、著色劑和/或賦形劑)施用，或它們可以腸胃外注射(例如靜脈內(nèi)、肌內(nèi)或皮下)。對(duì)于腸胃外施用，組合物可以以無(wú)菌水溶液的形式使用，所述無(wú)菌水溶液可以含有其他物質(zhì)，例如足夠的鹽或單糖，以使溶液與血液等滲。對(duì)于經(jīng)頰或舌下施用，組合物可以以常規(guī)方式配制的片劑或錠劑的形式施用。在優(yōu)選實(shí)施方案中，本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體和/或多肽作為單一試劑或與其他抗生素治療組合局部施用，如本文描述的或本領(lǐng)域已知的。
[0132]本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體和/或多肽還可以皮膚或經(jīng)皮施用。對(duì)于皮膚的局部應(yīng)用，本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體和/或多肽可以與載體之一或組合相組合，所述載體可以包括但不限于水成液、醇基液體、水溶性凝膠、洗劑、軟膏、非水性液體基、礦物油基、礦物油和礦脂的摻和物、羊毛脂、脂質(zhì)體、蛋白質(zhì)載體例如血清白蛋白或明膠、粉狀纖維素carmel、及其組合。局部遞送方式可以包括涂片、噴霧劑、繃帶、限時(shí)釋放貼劑、液體吸收拭紙、及其組合。本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體和/或多肽可`以直接或在載體中應(yīng)用于貼劑、拭紙、繃帶等。貼劑、拭紙、繃帶等可以是潮濕或干燥的，其中噬菌體和/或多肽(例如溶素)以凍干形式在貼劑上。局部組合物的載體可以包含半固體和凝膠樣媒介物，其包括聚合物增稠劑、水、防腐劑、活性表面活性劑或乳化劑、抗氧化劑、防曬液、和溶劑或混合溶劑系統(tǒng)。美國(guó)專利號(hào)5，863，560公開了可以幫助皮膚暴露于藥劑的許多不同載體組合，并且其內(nèi)容合并入本文。載體可以涉及或不涉及控制釋放制劑，例如如其內(nèi)容通過(guò)引用合并入本文的US 2008/0260697中公開的。載體可以涉及或不涉及在基質(zhì)上吸附的噬菌體，例如如其內(nèi)容通過(guò)引用合并入本文的 US 2008/0038322、US 2008/0138311、US 2009/0130196、EP I 812 025、EP I 817 043和EP I 833 497中的任何一個(gè)中描述的。在某些實(shí)施方案中，載體可以涉及或不涉及粘稠制劑，例如凝膠，例如如其內(nèi)容通過(guò)引用合并入本文的US 2009/0191254中公開的。
[0133]對(duì)于鼻內(nèi)或通過(guò)吸入施用，本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體和/或多肽以干粉吸入器或來(lái)自增壓容器、泵、噴霧器或霧化器的氣溶膠噴霧呈現(xiàn)的形式方便地遞送，使用合適的推進(jìn)劑，例如二氯二氟甲烷、三氯氟甲烷、二氯四氟乙烷、氫氟烷烴例如1，1，1，2_四氟乙烷(HFA134A.TM.)或1，1，1，2，3，3，3-七氟丙烷(HFA 227EA.TM.)、二氧化碳、或其他合適氣體。在增壓氣溶膠的情況下，劑量單位可以通過(guò)提供活門遞送測(cè)定量進(jìn)行測(cè)定。增壓容器、泵、噴霧器或霧化器可以含有活性化合物的溶液或懸浮液，例如使用乙醇和推進(jìn)劑的混合物作為溶劑，其可以另外含有潤(rùn)滑劑例如三油酸脫水山梨糖醇。用于在吸入器或吹入器中使用的膠囊和藥筒(例如由明膠制備)可以配制為含有本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體和/或多肽和合適粉基例如乳糖或淀粉的粉末混合物。
[0134]對(duì)于以栓劑或子宮托形式的施用，治療組合物可以以凝膠、水凝膠、洗劑、溶液、乳膏、軟膏或撒粉的形式局部應(yīng)用。本發(fā)明的組合物還可以通過(guò)眼途徑施用。對(duì)于眼使用，本發(fā)明的組合物可以配制為在等滲、pH調(diào)整的無(wú)菌鹽水中的微?；瘧腋∫?，或優(yōu)選配制為在等滲、PH調(diào)整的無(wú)菌鹽水中的溶液，任選與防腐劑例如苯扎氯銨組合。備選地，它們可以在軟膏例如礦脂中配制。
[0135]本發(fā)明的藥物組合物的劑量和所需藥物濃度可以取決于具體用途而改變。合適劑量或施用途徑的決定在普通醫(yī)生的技術(shù)內(nèi)。動(dòng)物實(shí)驗(yàn)可以提供用于決定在人療法中的有效劑量的可靠指導(dǎo)。根據(jù)由 Mordenti, J.和 Chappell, W.“The use of interspeciesscaling in toxic okinetics，，in Toxicokinetics and New Drug Development,Yacobi 等人,編輯,Pergamon Press,New York 1989,第42-96頁(yè)描述的原理,可以通過(guò)本領(lǐng)域普通技術(shù)人員執(zhí)行有效劑量的種間放縮。
[0136]6.3治療用途
[0137]本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體和多肽具有針對(duì)肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌、銅綠假單胞菌和/或金黃色葡萄球菌的多種菌株的活性，例如如下文實(shí)施例中的表1-7中所述的。因此，本發(fā)明的組合物可以在預(yù)防和/或治療人和動(dòng)物中與肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌、銅綠假單胞菌和/或金黃色葡萄球菌相關(guān)的感染的方法中有用。在其他實(shí)施方案中，本發(fā)明的組合物可以用于治療與這些細(xì)菌的相關(guān)物種或菌株相關(guān)的感染，包括但不限于表皮葡萄球菌、耳葡萄球菌、頭葡萄球菌、溶血性葡萄球菌、人葡萄球菌、腐生葡萄球菌、模仿葡萄球菌、木糖葡萄球菌、藤黃微球菌、枯草芽孢桿菌、短小芽孢桿菌、希拉腸球菌。
[0138]在特定實(shí)施方案中，接受本發(fā)明的藥物組合物的受試者是哺乳動(dòng)物(例如牛、綿羊、羊、馬科、靈長(zhǎng)類(例如人)、嚙齒類、兔類動(dòng)物或禽類(例如雞、鴨、鵝))。在本發(fā)明的背景中，“治療”指治療性處理，其中目的是消除、減輕、減少病理狀態(tài)或病癥的嚴(yán)重性，改善、減慢病理狀態(tài)或病癥的進(jìn)展，或預(yù)防與病理狀態(tài)或病癥相關(guān)的癥狀或潛在原因(例如細(xì)菌感染)?！爸委煛敝钢委熜蕴幚砗皖A(yù)防性或預(yù)防措施，其中目的是消除、減輕、減少病理狀態(tài)或病癥的嚴(yán)重性，減慢病理狀態(tài)或病癥的進(jìn)展，或延遲或預(yù)防與病理狀態(tài)或病癥相關(guān)的癥狀或潛在原因(例如細(xì)菌感染)。還考慮本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體和/或多肽充當(dāng)預(yù)防性或預(yù)防措施，預(yù)防由一種或多種細(xì)菌引起的感染發(fā)作。
[0139]肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌、銅綠假單胞菌和金黃色葡萄球菌負(fù)責(zé)許多嚴(yán)重的機(jī)會(huì)性感染，特別是在具有妥協(xié)的免疫系統(tǒng)的個(gè)體中。本發(fā)明的藥物組合物考慮用于治療與肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌、銅綠假單胞菌和/或金黃色葡萄球菌相關(guān)的任何感染，或與細(xì)菌的其他物種或菌株相關(guān)的任何感染，包括但不限于皮膚的感染(包括但不限于皮膚潰瘍、癰、褥瘡和糖尿病足潰瘍)、傷口中和周圍的感染、術(shù)后感染、與導(dǎo)管和手術(shù)引流相關(guān)的感染、和血液感染。
[0140]糖尿病足潰瘍是糖尿病的主要并發(fā)癥之一，在所有糖尿病患者的約15%中發(fā)生且導(dǎo)致所有小腿截肢的約85%。(Brem，等人，J.Clinical Invest.，2007，117 (5):1219-1222)。糖尿病阻礙傷口愈合過(guò)程的正常步驟。未愈合的慢性糖尿病性潰瘍通常用細(xì)胞外基質(zhì)替代療法、高級(jí)濕潤(rùn)傷口療法、生物改造的組織或皮膚替代物、生長(zhǎng)因子、清創(chuàng)術(shù)、動(dòng)脈血運(yùn)重建、和/或負(fù)壓傷口療法治療。(Blume等人，Diabetes Care, 2008, 31:631-636)。潰瘍可以變得由機(jī)會(huì)性細(xì)菌感染，這進(jìn)一步惡化病狀。相應(yīng)地，糖尿病中的足潰瘍還通常需要抗生素，例如針對(duì)葡萄球菌屬，以及其他厭氧菌，例如肺炎克雷伯氏菌、大腸桿菌和/或銅綠假單胞菌。
[0141]本發(fā)明的一種或多種組合物在糖尿病足潰瘍治療中有用。例如，本發(fā)明的分離噬菌體或多肽可以用于治療有此需要的受試者中與糖尿病足潰瘍相關(guān)的感染。在特定實(shí)施方案中，用于治療糖尿病足潰瘍的組合物是配制用于局部施用的局部組合物，例如用于直接應(yīng)用于與糖尿病足潰瘍相關(guān)的潰瘍、傷口、損害和/或瘡的組合物。
[0142]在特定實(shí)施方案中，用于關(guān)于糖尿病足潰瘍使用的組合物包含分離的F44/10，其具有包含SEQ ID NO:560的核酸序列的基因組并且顯示出針對(duì)金黃色葡萄球菌的一種或多種菌株的抗菌活性。在某些實(shí)施方案中，使用包含從細(xì)菌噬菌體F44/10中分離的多肽、或其片段、變體或衍生物的組合物，所述多肽、片段、變體或衍生物顯示出針對(duì)金黃色葡萄球菌的一個(gè)或多個(gè)物種或菌株的抗菌活性。在特定此類實(shí)施方案中，所述多肽、或其片段、變體或衍生物是顯示出針對(duì)金黃色葡萄球菌的一個(gè)或多個(gè)物種或菌株的抗菌活性的溶素、CHAP結(jié)構(gòu)域或尾蛋白質(zhì)。在特定實(shí)施方案中，用于關(guān)于糖尿病足潰瘍使用的組合物包含分離的F125/10，其具有包含SEQ ID NO:1074的核酸序列的基因組并且顯示出針對(duì)金黃色葡萄球菌的一種或多種菌株的抗菌活性。在某些實(shí)施方案中，使用包含從細(xì)菌噬菌體F125/10中分離的多肽、或其片段、變體或衍生物的組合物，所述多肽、片段、變體或衍生物顯示出針對(duì)金黃色葡萄球菌的一個(gè)或多個(gè)物種或菌株的抗菌活`性。在特定此類實(shí)施方案中，所述多肽、或其片段、變體或衍生物是顯示出針對(duì)金黃色葡萄球菌的一個(gè)或多個(gè)物種或菌株的抗菌活性的溶素、CHAP結(jié)構(gòu)域或尾蛋白質(zhì)。
[0143]在特定實(shí)施方案中，使用包含噬菌體混合物的組合物，例如其中噬菌體混合物包含顯不出針對(duì)金黃色葡萄球菌的一種或多種菌株的抗菌活性的至少一種曬菌體，和顯不出針對(duì)不同細(xì)菌的抗菌活性的至少一種噬菌體。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含與選自 F391/08、F394/08、F488/08、F510/08、F387/08、F170/08、F168/08、F770/05 和 F1245/05的至少一種其他噬菌體組合的F44/10和/或F125/10。在特定優(yōu)選實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含與選自F391/08、F387/08、F488/08、F510/08和/或F770/05的一種、兩種、三種或更多種其他噬菌體組合的F44/10和/或F125/10。
[0144]在特定實(shí)施方案中，用于關(guān)于糖尿病足潰瘍使用的組合物包含分離的F391/08和/或F387/08，其分別具有包含SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:781的核酸序列的基因組，并且顯示出針對(duì)肺炎克雷伯氏菌的一種或多種菌株的抗菌活性。在某些實(shí)施方案中，使用包含從細(xì)菌噬菌體F391/08和/或F387/08中分離的多肽、或其片段、變體或衍生物的組合物，所述多肽、片段、變體或衍生物顯示出針對(duì)肺炎克雷伯氏菌的一個(gè)或多個(gè)物種或菌株的抗菌活性。在特定此類實(shí)施方案中，所述多肽、或其片段、變體或衍生物是顯示出針對(duì)肺炎克雷伯氏菌的一個(gè)或多個(gè)物種或菌株的抗菌活性的溶素、CHAP結(jié)構(gòu)域或尾蛋白質(zhì)。在特定實(shí)施方案中，使用包含噬菌體混合物的組合物，例如其中噬菌體混合物包含顯示出針對(duì)肺炎克雷伯氏菌的一種或多種菌株的抗菌活性的至少一種曬菌體，和顯不出針對(duì)不同細(xì)菌的抗菌活性的至少一種噬菌體。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含與選自F394/08、F488/08、F510/08、F44/10、F170/08、F168/08、F770/05、F1245/05 和 F125/10 的至少一種其他噬菌體組合的F391/08和/或F387/08。在特定優(yōu)選實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含與選自F44/10、F488/08、F510/08和/或F770/05的一種、兩種、三種或更多種其他噬菌體組合的F391/08 和 / 或 F387/08。
[0145]在特定實(shí)施方案中，用于關(guān)于糖尿病足潰瘍使用的組合物包含分離的F488/08，其具有包含SEQ ID NO:3的核酸序列的基因組，并且顯示出針對(duì)大腸桿菌的一種或多種菌株的抗菌活性。在某些實(shí)施方案中，使用包含從細(xì)菌噬菌體F488/08中分離的多肽、或其片段、變體或衍生物的組合物，所述多肽、片段、變體或衍生物顯示出針對(duì)大腸桿菌的一個(gè)或多個(gè)物種或菌株的抗菌活性。在特定此類實(shí)施方案中，所述多肽、或其片段、變體或衍生物是顯示出針對(duì)大腸桿菌的一個(gè)或多個(gè)物種或菌株的抗菌活性的溶素、CHAP結(jié)構(gòu)域或尾蛋白質(zhì)。在特定實(shí)施方案中，使用包含噬菌體混合物的組合物，例如其中噬菌體混合物包含顯示出針對(duì)大腸桿菌的一種或多種菌株的抗菌活性的至少一種噬菌體，和顯示出針對(duì)不同細(xì)菌的抗菌活性的至少一種噬菌體。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含與選自F394/08、F510/08、F44/10、F170/08、F168/08、F770/05、F1245/05、F391/08F387/08 和 F125/10 的至少一種其他噬菌體組合的F488/08。在特定優(yōu)選實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含與選自F391/08、F387/08、F44/10、F125/10、F510/08 和 / 或 F770/05 的一種、兩種、三種或更多種其他噬菌體組合的F488/08。
[0146]在特定實(shí)施方案中，用于關(guān)于糖尿病足潰瘍使用的組合物包含分離的F510/08和/或F770/05，其分別具有包含SEQ ID NO:4或如WO 2010/090542中公開的核酸序列的基因組，并且顯示出針對(duì)銅綠假單胞菌的一種或多種菌株的抗菌活性。在某些實(shí)施方案中，使用包含從細(xì)菌噬菌體F510/08和/或F770/05中分離的多肽、或其片段、變體或衍生物的組合物，所述多肽、片段、變體或衍生物顯示出針對(duì)銅綠假單胞菌的一個(gè)或多個(gè)物種或菌株的抗菌活性。在特定此類實(shí)施方案中，所述多肽、或其片段、變體或衍生物是顯示出針對(duì)銅綠假單胞菌的一個(gè)或多個(gè)物種或菌株的抗菌活性的溶素、CHAP結(jié)構(gòu)域或尾蛋白質(zhì)。在特定實(shí)施方案中，使用包含噬菌體混合物的組合物，例如其中噬菌體混合物包含顯示出針對(duì)銅綠假單胞菌的一種或多種菌株的抗菌活性的至少一種噬菌體，和顯示出針對(duì)不同細(xì)菌的抗菌活性的至少一種噬菌體。在特定實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含與選自F394/08、F488/08、F44/10、F170/08、F168/08、F1245/05、F391/08、F387/08 和 F125/10 的至少一種其他噬菌體組合的F510/08和/或F770/05。在特定優(yōu)選實(shí)施方案中，噬菌體混合物包含與選自F44/10、F488/08、F391/08和/或F387/08的一種、兩種、三種或更多種其他噬菌體組合的F510/08 和 / 或 F770/05。
[0147]肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌、銅綠假單胞菌和金黃色葡萄球菌還與涉及具有高流體含量的器官系統(tǒng)的感染相關(guān)，并且考慮本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體和/或多肽具有在這些感染的預(yù)防和治療中的治療用途。例如，本發(fā)明的藥物組合物可以用于預(yù)防或治療呼吸道、腦脊髓液、腹膜液和泌尿道的感染。本發(fā)明的組合物還可以用于預(yù)防和/或治療醫(yī)院性肺炎、與持續(xù)不臥床腹膜透析(CAPD)相關(guān)的感染、導(dǎo)管相關(guān)菌血癥和醫(yī)院性腦膜炎。[0148]在優(yōu)選實(shí)施方案中，本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體和/或多肽在醫(yī)院背景中預(yù)防使用，特別預(yù)防與傷口、潰瘍和皮膚中的開口相關(guān)的感染，例如由于導(dǎo)管插入術(shù)和任何其他醫(yī)學(xué)操作或設(shè)備。
[0149]在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體和/或多肽用作單一試劑用于治療或預(yù)防與肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌、銅綠假單胞菌和/或金黃色葡萄球菌和/或其他細(xì)菌物種相關(guān)的感染。在本發(fā)明的其他實(shí)施方案中，本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體和/或多肽與其他試劑組合使用，所述其他試劑包括其他細(xì)菌噬菌體(例如靶向細(xì)菌的不同物種或菌株)、或靶向相同或不同種類細(xì)菌的抗生素，所述細(xì)菌包括選自任何革蘭氏陽(yáng)性菌、任何革蘭氏陰性菌和未分類為革蘭氏陽(yáng)性或革蘭氏陰性的任何其他細(xì)菌組的細(xì)菌。本發(fā)明的組合物還可以與本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的治療細(xì)菌感染的任何其他方法組合使用。
[0150]本發(fā)明還考慮的是預(yù)防由細(xì)菌引起的感染的方法和治療由細(xì)菌引起的感染的方法，所述細(xì)菌包括但不限于肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌、銅綠假單胞菌和/或金黃色葡萄球菌，所述方法包括給有此需要的哺乳動(dòng)物施用包含溶素的組合物，所述溶素包含下述氨基酸序列或其片段、變體或衍生物，或由下述氨基酸序列或其片段、變體或衍生物組成:SEQ ID NO:20,SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:192、SEQ ID NO:282、SEQ ID NO:547、SEQ ID NO:556,SEQ ID NO:557、SEQ ID NO:598、SEQ ID NO:1216,SEQ ID N0:1261，其中所述片段、變體或衍生物顯示出針對(duì)親本細(xì)菌噬菌體由其分離的細(xì)菌物種的抗菌或抗微生物活性。在依照這個(gè)實(shí)施方案的特定例子中，本發(fā)明提供了預(yù)防或治療由細(xì)菌引起的感染的方法，所述細(xì)菌包括但不限于肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌、銅綠假單胞菌和/或金黃色葡萄球菌，所述方法包括給有此需要的哺乳動(dòng)物施用包含溶素的分離CHAP結(jié)構(gòu)域或其片段、變體或衍生物的組合物，其中所述片段、變體或衍生物顯示出它所分離自的CHAP結(jié)構(gòu)域的至少一種生物活性(例如裂解細(xì)胞殺死)。
[0151]在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了預(yù)防和/或治療由細(xì)菌引起的感染的方法，所述細(xì)菌包括但不限于肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌、銅綠假單胞菌和/或金黃色葡萄球菌，所述方法包括給有此需要的哺乳動(dòng)物施用包含尾蛋白質(zhì)的組合物，所述尾蛋白質(zhì)包含下述氨基酸序列或其`片段、變體或衍生物，或由下述氨基酸序列或其片段、變體或衍生物組成:SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:30、SEQ ID NOs:32-35,SEQ ID NO:180、SEQ ID NO: 183,SEQ ID NO:185、SEQ ID NO: 190,SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:232,SEQ ID NO:235、SEQ ID NOs:239-245、SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249、SEQID NO:252,SEQ ID NO:254,SEQ ID NOs:433-437,SEQ ID NOs:489-496、SEQ ID NO:544、SEQ ID NO:545, SEQ ID NO:549, SEQ ID NO:55USEQ ID NO:629、或 SEQ ID NO:686, SEQID NO:789,SEQ ID NOs:796-800、SEQ ID NO:806、SEQ ID NO:854、SEQ ID NOs:999-1004,SEQ ID NOs:1053-1060,SEQ ID NO:1077,SEQ ID NO:1217,SEQ ID NO:1250,SEQ ID NO:1266，其中所述片段、變體或衍生物顯示出與它由其衍生的細(xì)菌噬菌體相關(guān)的生物活性。
[0152]在另外其他實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了預(yù)防和/或治療由細(xì)菌引起的感染的方法，所述細(xì)菌包括但不限于肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌、銅綠假單胞菌和/或金黃色葡萄球菌，所述方法包括給有此需要的哺乳動(dòng)物施用包含細(xì)菌噬菌體的組合物，所述細(xì)菌噬菌體具有包含下述核酸序列或由下述核酸序列組成的基因組:SEQ ID N0:USEQ ID NO:2,SEQ ID NO:3、SEQ ID N0:4、SEQ ID NO:560、SEQ ID NO:781和 / 或 SEQ IDNO:1074。還考慮了任選具有本發(fā)明的一種或多種細(xì)菌噬菌體或其他治療例如抗生素的溶素(或如上所述的其片段、變體或衍生物)的組合，以及使用本文描述的組合中的一種或多種治療細(xì)菌感染的方法和/或預(yù)防細(xì)菌感染的方法。
[0153]如本文使用的，術(shù)語(yǔ)“與……組合”指超過(guò)一種預(yù)防和/或治療劑的使用。術(shù)語(yǔ)“與……組合”的使用不限制其中預(yù)防和/或治療劑施用于具有疾病或病癥的受試者的次序。第一種預(yù)防或治療劑可以在第二種預(yù)防或治療劑(不同于第一種預(yù)防或治療劑)施用于具有疾病或病癥的受試者之前(例如之前5分鐘、15分鐘、30分鐘、45分鐘、I小時(shí)、2小時(shí)、4小時(shí)、6小時(shí)、12小時(shí)、24小時(shí)、48小時(shí)、72小時(shí)、96小時(shí)、I周、2周、3周、4周、5周、6周、8周或12周)、同時(shí)或之后(例如之后5分鐘、15分鐘、30分鐘、45分鐘、I小時(shí)、2小時(shí)、4小時(shí)、6小時(shí)、12小時(shí)、24小時(shí)、48小時(shí)、72小時(shí)、96小時(shí)、I周、2周、3周、4周、5周、6周、8周或12周)施用。 [0154]6.4消毒劑和抗感染用途
[0155]細(xì)菌病原體最通常在粘膜部位(例如上和下呼吸、腸、泌尿生殖、眼等)感染。粘膜自身通常是關(guān)于在環(huán)境中發(fā)現(xiàn)的許多致病菌(例如肺炎球菌、葡萄球菌和鏈球菌)的儲(chǔ)庫(kù)，有時(shí)是唯一儲(chǔ)庫(kù)。存在設(shè)計(jì)為控制致病菌的攜帶狀態(tài)的極少抗感染藥。然而，研究已顯示通過(guò)減少或消除在環(huán)境例如醫(yī)院和療養(yǎng)院中的這個(gè)儲(chǔ)庫(kù)，通過(guò)這些細(xì)菌的感染發(fā)生率將得到顯著減少。醫(yī)院內(nèi)感染的預(yù)防涉及受累表面的常規(guī)和反復(fù)清潔。
[0156]本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體和/或多肽可以用于抗感染組合物中用于控制細(xì)菌(例如革蘭氏陽(yáng)性菌(例如金黃色葡萄球菌)、革蘭氏陰性菌(例如肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌和銅綠假單胞菌)或未分類為革蘭氏陽(yáng)性或革蘭氏陰性的細(xì)菌)生長(zhǎng)，以便預(yù)防或減少醫(yī)院內(nèi)感染的發(fā)生。除了在用于應(yīng)用于粘膜的組合物中的用途，本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體和/或多肽還可以摻入制劑例如凝膠、乳膏、軟膏或噴霧劑內(nèi)用于控制或預(yù)防細(xì)菌在身體表面(例如皮膚和粘膜)(例如用于手術(shù)區(qū)域或手和醫(yī)療保健工作者和/或患者的暴露皮膚的滅菌)和其他固體表面(例如用具、工作臺(tái)面和特別是醫(yī)院設(shè)備)上的定殖。
[0157]6.5在納米技術(shù)中的用途
[0158]本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體和/或多肽還可以用于納米技術(shù)中，例如納米級(jí)裝置的開發(fā)中。納米技術(shù)和分子生物學(xué)的組合已導(dǎo)致新一代的基于納米級(jí)的裝置，例如納米級(jí)導(dǎo)體。生物系統(tǒng)基于大分子主要是蛋白質(zhì)和核酸的結(jié)構(gòu)起作用，所述大分子在納米級(jí)結(jié)構(gòu)上組構(gòu)。相應(yīng)地，生物大分子可以在納米級(jí)應(yīng)用中有用。特別地，具有高度組構(gòu)結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)可以用于納米級(jí)裝置的開發(fā)中。
[0159]在某些實(shí)施方案中，包含下述或由下述組成的本發(fā)明的多肽可以在納米技術(shù)應(yīng)用中使用:從細(xì)菌噬菌體中分離的尾蛋白質(zhì)(例如尾組分、尾絲蛋白質(zhì)、吸附相關(guān)尾蛋白質(zhì)、尾長(zhǎng)卷尺蛋白質(zhì)、基片楔突亞單位)或其片段、變體或衍生物，所述細(xì)菌噬菌體具有包含下述或由下述組成的基因組:SEQ ID NO:USEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ IDNO:560, SEQ ID N0:781、或 SEQ ID NO:1074 (例如分別為細(xì)菌噬菌體 F391/08、F394/08、F488/08、F510/08、F44/10、F387/08或F125/10)。例如，來(lái)自噬菌體尾絲的尾蛋白質(zhì)具有高度組構(gòu)結(jié)構(gòu)，并且可以在納米級(jí)導(dǎo)體中有用。此類導(dǎo)體可以例如用于放置金和/或其他離子。
[0160]在特定實(shí)施方案中，在納米技術(shù)中使用的本發(fā)明的多肽是包含下述氨基酸序列或由下述氨基酸序列組成的分離尾蛋白質(zhì):SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:30, SEQ ID NOs:32-35, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO:183, SEQ ID NO: 185, SEQID NO:190, SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:232、SEQ ID NO:235、SEQ ID NOs:239-245, SEQID NO:248, SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:252、SEQ ID NO:254、SEQ ID NOs:433-437, SEQID NOs:489-496、SEQ ID NO:544、SEQ ID NO:545, SEQ ID NO:549、SEQ ID NO:55USEQID NO:629, SEQ ID NO:686、SEQ ID NO:789、SEQ ID NOs:796-800, SEQ ID NO:806、SEQID NO:854,SEQ ID NOs:999-1004,SEQ ID NOs: 1053-1060、SEQ ID NO: 1077、SEQ ID NO:1217、SEQ ID N0:1250、或SEQ ID NO:12660在其他實(shí)施方案中，本發(fā)明的多肽包含下述的片段、變體或衍生物:SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:30、SEQID NOs:32-35, SEQ ID NO: 180, SEQ ID NO: 183, SEQ ID NO: 185, SEQ ID NO: 190, SEQ IDNO:231、SEQ ID NO:232、SEQ ID NO:235、SEQ ID NOs: 239-245、SEQ ID NO:248、SEQ IDNO:249,SEQ ID NO:252、SEQ ID NO:254、SEQ ID NOs:433-437,SEQ ID NOs:489-496、SEQID NO:544,SEQ ID NO:545、SEQ ID NO:549、SEQ ID NO:551、SEQ ID NO:629、SEQ ID NO:686,SEQ ID NO:789,SEQ ID NOs:796-800、SEQ ID NO:806,SEQ ID NO:854、SEQ ID NOs:999-1004、SEQ ID NOs: 1053-1060、SEQ ID NO:1077, SEQ ID NO:1217, SEQ ID N0:1250、或SEQ ID NO:1266，其中所述片段、變體或衍生物具有高度組構(gòu)結(jié)構(gòu)。此類多肽例如在納米級(jí)導(dǎo)體中有用，如上所述。[0161]6.6診斷方法
[0162]本發(fā)明還包含用于測(cè)定細(xì)菌感染中的成因劑的診斷方法。在特定實(shí)施方案中，在細(xì)菌感染的呈現(xiàn)中的成因劑的診斷通過(guò)下述執(zhí)行:(i)根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)培養(yǎng)患者的組織、血液或流體樣品；(ii)使培養(yǎng)物與本發(fā)明的一種或多種細(xì)菌噬菌體和/或多肽接觸；和(iii)監(jiān)控在所述接觸后的細(xì)胞生長(zhǎng)和/或裂解證據(jù)。因?yàn)榧?xì)菌噬菌體和/或其分離產(chǎn)物(例如多肽、或其生物學(xué)活性片段、變體或衍生物)的活性趨于是物種或菌株特異性的，所以對(duì)本發(fā)明的一種或多種細(xì)菌噬菌體和/或多肽的易感性或易感性缺乏可以指示感染性細(xì)菌的物種或菌株。例如，在與具有包含核酸序列SEQ ID NO:1或781或由核酸序列SEQID NO:1或781組成的基因組的細(xì)菌噬菌體、或其分離的多肽或由其衍生的多肽接觸后，測(cè)試培養(yǎng)物的減少生長(zhǎng)可以指示測(cè)試樣品包含肺炎克雷伯氏菌。類似地，具有包含核酸序列SEQ ID NO:2或由核酸序列SEQ ID NO:2組成的基因組的細(xì)菌噬菌體、或其分離的多肽產(chǎn)物或由其衍生的多肽產(chǎn)物可以用于鑒定通過(guò)鮑氏不動(dòng)桿菌的感染；具有包含核酸序列SEQID NO:3或由核酸序列SEQ ID NO:3組成的基因組的細(xì)菌噬菌體、或其分離的多肽產(chǎn)物或由其衍生的多肽產(chǎn)物可以用于鑒定通過(guò)大腸桿菌的感染；而具有包含核酸序列SEQ ID NO:4或由核酸序列SEQ ID NO:4組成的基因組的那種、或其分離的多肽產(chǎn)物或由其衍生的多肽產(chǎn)物可以用于鑒定通過(guò)銅綠假單胞菌的感染；并且具有包含核酸序列SEQ ID NO:560或1074或由核酸序列SEQ ID NO:560或1074組成的基因組的那種、或其分離的多肽產(chǎn)物或由其衍生的多肽產(chǎn)物可以用于鑒定通過(guò)金黃色葡萄球菌的感染。
[0163]另外，在某些實(shí)施方案中，本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體和/或多肽可以用于診斷學(xué)范圍中的生物傳感器中。如本文使用的，“生物傳感器”指用于檢測(cè)分析物的分析裝置，其組合生物組分與物理化學(xué)檢測(cè)器組分。特別地，涉及細(xì)菌受體識(shí)別的蛋白質(zhì)可以用于診斷生物傳感器的開發(fā)中。[0164]在某些實(shí)施方案中，包含下述或由下述組成的本發(fā)明的多肽可以在生物傳感器應(yīng)用中使用:從細(xì)菌噬菌體中分離的尾蛋白質(zhì)(例如尾組分、尾絲蛋白質(zhì)、吸附相關(guān)尾蛋白質(zhì)、尾長(zhǎng)卷尺蛋白質(zhì)、基片楔突亞單位)或其片段、變體或衍生物，所述細(xì)菌噬菌體具有包含下述或由下述組成的基因組:SEQ ID NO:USEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQID NO:560, SEQ ID NO:78USEQ ID NO:1074 (例如分別為細(xì)菌噬菌體 F391/08、F394/08、F488/08、F510/08、F44/10、F387/08或F125/10)。例如，噬菌體尾蛋白質(zhì)可以特異性識(shí)別一個(gè)或多個(gè)細(xì)菌物種和/或菌株，并且因此可以在生物傳感器診斷學(xué)中有用。通過(guò)本發(fā)明的一種或多種細(xì)菌噬菌體和/或多肽的特定細(xì)菌物種和/或菌株的檢測(cè)可以指示感染性細(xì)菌的物種或菌株。
[0165]在特定實(shí)施方案中，在生物傳感器應(yīng)用中使用的本發(fā)明的多肽是包含下述氨基酸序列或由下述氨基酸序列組成的分離的尾蛋白質(zhì):SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:26、SEQID NO:27、SEQ ID NO:30、SEQ ID NOs: 32-35、SEQ ID NO:180、SEQ ID NO:183、SEQ IDNO:185, SEQ ID NO:190、SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:232、SEQ ID NO:235、SEQ ID NOs:239-245、SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:252、SEQ ID NO:254、SEQ ID NOs:433-437、SEQ ID NOs:489-496、SEQ ID NO:544、SEQ ID NO:545、SEQ ID NO:549、SEQ IDNO:551、SEQ ID NO:629、SEQ ID NO:686、SEQ ID NO:789、SEQ ID NOs:796-800, SEQ IDNO:806,SEQ ID NO:854、SEQ ID NOs:999-1004,SEQ ID NOs:1053-1060,SEQ ID NO:1077,SEQ ID NO:1217, SEQ ID N0:1250、或SEQ ID NO:1266。在其他實(shí)施方案中，本發(fā)明的多肽包含下述的片段、變體或衍生物:SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ IDNO:30,SEQ ID NOs:32-35,SEQ ID NO:180,SEQ ID NO: 183,SEQ ID NO:185,SEQ ID NO:190、SEQ ID NO:23U SEQ ID NO:232、SEQ ID NO:235、SEQ ID NOs:239-245、SEQ ID NO:248,SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:252,SEQ ID NO:254,SEQ ID NOs:433-437,SEQ ID NOs:489-496、SEQ ID NO:54 4、SEQ ID NO:545、SEQ ID NO:549、SEQ ID NO:551、SEQ ID NO:629、SEQ ID NO:686,SEQ ID NO:789、SEQ ID NOs:796-800、SEQ ID NO:806、SEQ ID NO:854、SEQ ID NOs:999-1004, SEQ ID NOs: 1053-1060、SEQ ID NO:1077、SEQ ID NO: 1217、SEQ ID N0:1250、或SEQ ID NO: 1266，其中所述片段、變體或衍生物能夠特異性識(shí)別細(xì)菌，例如細(xì)菌的特異性物種和/或一個(gè)或多個(gè)特定菌株。此類多肽例如在用于檢測(cè)特異性細(xì)菌和/或診斷特定感染的生物傳感器中有用，如上所述。
[0166]一般地，用于在生物傳感器中使用的噬菌體尾蛋白質(zhì)將檢測(cè)其宿主細(xì)菌，或宿主細(xì)菌的一個(gè)或多個(gè)特定物種和/或特定菌株。相應(yīng)地，在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明包含對(duì)應(yīng)于 SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID N0:30、或 SEQ ID NOs:32-35 的氨基酸序列的尾蛋白質(zhì)，或其片段、變體或衍生物，其識(shí)別且可以檢測(cè)肺炎克雷伯氏菌的一種或多種菌株。此類檢測(cè)可以指示肺炎克雷伯氏菌感染。在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明包含對(duì)應(yīng)于 SEQ ID NO:180, SEQ ID NO:183、SEQ ID NO:185、或 SEQ ID NO:190 的氨基酸序列的尾蛋白質(zhì)，或其片段、變體或衍生物，其識(shí)別且可以檢測(cè)鮑氏不動(dòng)桿菌的一種或多種菌株。此類檢測(cè)可以指示鮑氏不動(dòng)桿菌感染。在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明包含對(duì)應(yīng)于SEQ IDNO:231、SEQ ID NO:232、SEQ ID NO:235、SEQ ID NOs: 239-245、SEQ ID NO:248、SEQ IDNO:249, SEQ ID NO:252、SEQ ID NO:254、SEQ ID NOs:433-437, SEQ ID NOs:489_495、或SEQ ID NO:496的氨基酸序列的尾蛋白質(zhì)，或其片段、變體或衍生物，其識(shí)別且可以檢測(cè)大腸桿菌的一種或多種菌株。此類檢測(cè)可以指示大腸桿菌感染。
[0167]在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明包含對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:544、SEQ ID NO:545、SEQ IDN0:549、或SEQ ID NO:551的氨基酸序列的尾蛋白質(zhì)，或其片段、變體或衍生物，其識(shí)別且可以檢測(cè)銅綠假單胞菌的一種或多種菌株。此類檢測(cè)可以指示銅綠假單胞菌感染。在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明包含對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:629, SEQ ID NO:686、SEQ ID NO: 1077、SEQID NO:1217, SEQ ID N0:1250、或SEQ ID NO:1266的氨基酸序列的尾蛋白質(zhì)，或其片段、變體或衍生物，其識(shí)別且可以檢測(cè)金黃色葡萄球菌的一種或多種菌株。此類檢測(cè)可以指示金黃色葡萄球菌感染。在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明包含對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:789, SEQ IDNOs:796-800、SEQ ID NO:806、SEQ ID NO:854、SEQ ID NOs:999_1004、或 SEQ ID NOs:1053-1060的氨基酸序列的尾蛋白質(zhì)，或其片段、變體或衍生物，其識(shí)別且可以檢測(cè)肺炎克雷伯氏菌的一種或多種菌株。此類檢測(cè)可以指示肺炎克雷伯氏菌感染。
[0168]在某些實(shí)施方案中，本發(fā)明包含超過(guò)一種尾蛋白質(zhì)例如上文提供的兩種或多種尾蛋白質(zhì)的組合在用于檢測(cè)超過(guò)一個(gè)細(xì)菌物種和/或菌株的生物傳感器中的用途。生物傳感器還可以包含用于檢測(cè)相同或不同細(xì)菌的另外蛋白質(zhì)和/或其他試劑。
[0169]6.7氨基酸變體
[0170]可以制備本發(fā)明的多肽的氨基酸序列變體。在某些實(shí)施方案中，它們可以是置換、插入和/或缺失變體。缺失變體缺乏天然蛋白質(zhì)的一個(gè)或多個(gè)殘基，其一般不是功能(例如抗微生物或抗菌活性)所需的。插入突變體一般涉及材料在多肽中的非末端點(diǎn)上的添加。置換變體一般涉及在多肽內(nèi)的一個(gè)或多個(gè)位點(diǎn)上的一個(gè)氨基酸由另一個(gè)的交換，并且可以設(shè)計(jì)為調(diào)節(jié)多肽的一種或多種性質(zhì)，例如針對(duì)蛋白酶解切割的穩(wěn)定性，優(yōu)選不含其他功能或性質(zhì)的喪失(或 基本喪失)。這個(gè)種類的置換優(yōu)選是保守的，即一個(gè)氨基酸替換為相似形狀和電荷的一個(gè)。保守置換是本領(lǐng)域眾所周知的，并且包括例如下述變化:丙氨酸至絲氨酸；精氨酸至賴氨酸；天冬酰胺至谷氨酰胺或組氨酸；天冬氨酸鹽至谷氨酸鹽；半胱氨酸至絲氨酸；谷氨酰胺至天冬酰胺；谷氨酸鹽至天冬氨酸鹽；甘氨酸至脯氨酸；組氨酸至天冬酰胺或谷氨酰胺；異亮氨酸至亮氨酸或纈氨酸；亮氨酸至纈氨酸或異亮氨酸；賴氨酸至精氨酸；甲硫氨酸至亮氨酸或異亮氨酸；苯丙氨酸至酪氨酸、亮氨酸或甲硫氨酸；絲氨酸至蘇氨酸；蘇氨酸至絲氨酸；色氨酸至酪氨酸；酪氨酸至色氨酸或苯丙氨酸；和纈氨酸至異亮氨酸或亮氨酸。
[0171]一旦基因的一般區(qū)域鑒定為編碼特定抗菌活性，例如鑒定為如本文描述的溶素，點(diǎn)誘變就可以用于以更大特異性鑒定哪些氨基酸殘基在抗菌活性中是重要的。因此，本領(lǐng)域技術(shù)人員能夠生成例如DNA鏈中的單堿基變化，以導(dǎo)致保存所需功能的改變密碼子和/或錯(cuò)義突變。
[0172]優(yōu)選地，蛋白質(zhì)的氨基酸的突變產(chǎn)生等價(jià)或甚至改善的第二代分子。例如，特定氨基酸可以置換蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中的其他氨基酸，而無(wú)功能(例如抗菌或抗微生物活性)的可檢測(cè)或基本喪失。在制備此類變化中，可以考慮氨基酸的親疏水性指數(shù)(hydropathicindex)。親疏水性氨基酸指數(shù)在對(duì)蛋白質(zhì)賦予相互作用生物功能中的重要性是本領(lǐng)域一般理解的。公認(rèn)氨基酸的相對(duì)親疏水性特征促成所產(chǎn)生的蛋白質(zhì)的二級(jí)結(jié)構(gòu)，這繼而又限定蛋白質(zhì)與其他分子的相互作用，例如與革蘭氏陽(yáng)性菌的外殼內(nèi)的肽聚糖的相互作用。每個(gè)氨基酸已基于其疏水性和電荷特征指定親疏水性指數(shù)；例如:異亮氨酸(+4.5);纈氨酸(+4.2);亮氨酸(+3.8);苯丙氨酸(+2.8);半胱氨酸/胱氨酸(+2.5);甲硫氨酸(+1.9);丙氨酸(+1.8);甘氨酸(-0.4);蘇氨酸(-0.7);絲氨酸(-0.8);色氨酸0.9);酪氨酸(-1.3)；脯氨酸(-1.6);組氨酸(-3.2);谷氨酸鹽(-3.5);谷氨酰胺(-3.5);天冬氨酸鹽(-3.5)；天冬酰胺(-3.5);賴氨酸(-3.9);和精氨酸(-4.5)。本領(lǐng)域還應(yīng)理解可以基于親水性有效作出相似氨基酸的置換。如同疏水性，已對(duì)每個(gè)氨基酸指定親水性值:精氨酸(+3.0);賴氨酸(+3.0);天冬氨酸鹽(+3.0±1);谷氨酸鹽(+3.0±1);絲氨酸(+0.3);天冬酰胺(+0.2)；谷氨酰胺(+0.2);甘氨酸(0);蘇氨酸(-0.4);脯氨酸(-0.5±1);丙氨酸(-0.5);組氨酸(-0.5);半胱氨酸(-1.0);甲硫氨酸(-1.3);纈氨酸(-1.5);亮氨酸(-1.8);異亮氨酸(-1.8);酪氨酸(-2.3);苯丙氨酸(-2.5)和色氨酸(-3.4)。等價(jià)分子可以通過(guò)一個(gè)氨基酸置換另一個(gè)獲得，其中它們的親疏水性和/或其親水性指數(shù)在彼此±2、優(yōu)選±1或最優(yōu)選±5內(nèi)。
[0173]在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明包含分離的多肽，其相對(duì)于本文公開的氨基酸序列，包含1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個(gè)或更多個(gè)氨基酸修飾(例如插入、置換、缺失等)。在優(yōu)選實(shí)施方案中，這樣制備突變，從而使得保留或基本上保留特定多肽的生物活性。例如，本發(fā)明包含從細(xì)菌噬菌體 F387/08、F391/08、F394/08、F488/08、F510/068、F44/10 和 / 或 F125/10中分離的多肽，其突變?yōu)橄鄬?duì)于本文列出的氨基酸序列，包含1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個(gè)或更多個(gè)氨基酸修飾，并且顯示出針對(duì)革蘭氏陽(yáng)性或革蘭氏陰性菌，例如針對(duì)肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌、銅綠假單胞菌和/或金黃色葡萄球菌的一個(gè)或多個(gè)物種或菌株的抗菌活性。在特定實(shí)施方案中，衍生自F387/08或F391/08的本發(fā)明的多肽顯示出針對(duì)至少肺炎克雷伯氏菌的抗菌或抗微生物活性，例如裂解殺死活性；衍生自F394/08的那些顯示出針對(duì)至少鮑氏不動(dòng)桿菌的抗菌或抗微生物活性；衍生自F488/08的那些顯示出針對(duì)至少大腸桿菌的抗菌或抗微生物活性；衍生自F510/08的那些顯示出針對(duì)至少銅綠假單胞菌的抗菌或抗微生物活性，和衍生自F44/10或F125/10的那些顯示出針對(duì)至少金黃色葡萄球菌的抗菌或抗微生物活性。
[0174]6.8編碼本發(fā)明的多肽的多核苷酸
[0175]本發(fā)明提供了包含編`碼本發(fā)明的多肽的核苷酸序列的多核苷酸。本發(fā)明還包含在高嚴(yán)格性、中或較低嚴(yán)格性的雜交條件下與編碼本發(fā)明的多肽且編碼具有抗生素和/或其他生物活性的修飾多肽的多核苷酸雜交的多核苷酸，例如如上定義的。
[0176]可以獲得多核苷酸，并且通過(guò)本領(lǐng)域已知的任何方法測(cè)定多核苷酸的核苷酸序列。例如，編碼本發(fā)明的多肽的多核苷酸可以由來(lái)自合適來(lái)源(例如細(xì)菌噬菌體F387/08、F391/08、F394/08、F488/08、F510/08、F44/10 和 / 或 F125/10)的核酸生成。核苷酸序列可以通過(guò)本領(lǐng)域已知的常規(guī)方法從噬菌體基因組中分離(參見例如，Carlson、“Workingwith bacteriophage:common techniques and methodological approaches,” In、Kutter 和 Sulakvelidze (編輯)Bacteriophage:Biology and Applications、第 5 版 CRCPress (2005);通過(guò)引用整體合并入本文)。如果含有編碼特定多肽的核酸的來(lái)源無(wú)法獲得，但本發(fā)明的多肽的氨基酸序列是已知的，那么編碼多肽的核酸可以使用本領(lǐng)域已知的任何方法化學(xué)合成且克隆到可復(fù)制的克隆載體內(nèi)。
[0177]一旦測(cè)定本發(fā)明的多肽的核苷酸序列，就可以使用本領(lǐng)域眾所周知用于操縱核苷酸序列的方法操縱多肽的核苷酸序列，所述方法例如重組DNA技術(shù)、定點(diǎn)誘變、PCR等(參見例如通過(guò)引用整體合并入本文的Sambrook等人，1990, Molecular Cloning, A LaboratoryManual,第 2 版，Cold Spring Harbor Laboratory,Cold Spring Harbor,NY 和 Ausubel 等人，編輯，1998, Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, NY 中所述的技術(shù))，以生成具有不同氨基酸序列的多肽，例如制備氨基酸置換、缺失和/或插入。
[0178]在某些實(shí)施方案中，提供了編碼圖2、4、6、8、10、12和14的一個(gè)或多個(gè)ORF的核苷酸序列。在某些實(shí)施方案中，提供了編碼圖2、4、6、8、10、12和14的一個(gè)或多個(gè)ORF的變體、片段或衍生物的核苷酸序列，其中所述變體、片段或衍生物顯示出針對(duì)肺炎克雷伯氏菌的一種或多種菌株，例如針對(duì)具有包含核酸序列SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:781或由核酸序列SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:781組成的基因組的細(xì)菌噬菌體的抗菌或抗微生物活性(例如裂解殺死活性)；和/或針對(duì)鮑氏不動(dòng)桿菌的一種或多種菌株，例如針對(duì)具有包含核酸序列SEQ ID NO:2或由核酸序列SEQ ID NO:2組成的基因組的細(xì)菌噬菌體；和/或針對(duì)大腸桿菌的一種或多種菌株，例如針對(duì)具有包含核酸序列SEQ ID NO:3或由核酸序列SEQID NO:3組成的基因組的細(xì)菌噬菌體；針對(duì)銅綠假單胞菌的一種或多種菌株，例如針對(duì)具有包含核酸序列SEQ ID NO:4或由核酸序列SEQ ID NO:4組成的基因組的細(xì)菌噬菌體；和/或針對(duì)金黃色葡萄球菌的一種或多種菌株，例如針對(duì)具有包含核酸序列SEQ ID NO:560或SEQ ID NO:1074或由核酸序列SEQ ID NO:560或SEQ ID NO:1074組成的基因組的細(xì)菌噬菌體。
[0179] 6.9本發(fā)明的分子的重組表達(dá)
[0180]一旦已獲得編碼本發(fā)明的分子(例如多肽)的核酸序列，就可以使用本領(lǐng)域眾所周知的技術(shù)通過(guò)重組DNA技術(shù)產(chǎn)生用于產(chǎn)生分子的載體。本領(lǐng)域技術(shù)人員眾所周知的方法可以用于構(gòu)建含有本發(fā)明的分子的編碼序列以及合適的轉(zhuǎn)錄和翻譯控制信號(hào)的表達(dá)載體。這些方法包括例如體外重組DNA技術(shù)、合成技術(shù)和體內(nèi)遺傳重組。(參見例如Sambrook等人，1990,Molecular Cloning,A Laboratory Manual,第2版，Cold Spring HarborLaboratory, Cold Spring Harbor, NY 和 Ausubel 等人編輯，1998, Current Protocols inMolecular Biology, John Wiley & Sons, NY 中所述的技術(shù))。
[0181]本發(fā)明提供了編碼本發(fā)明的多肽的表達(dá)載體。包含通過(guò)本發(fā)明的方法鑒定的分子的核苷酸序列的表達(dá)載體可以通過(guò)常規(guī)技術(shù)(例如電穿孔、脂質(zhì)體轉(zhuǎn)染和磷酸鈣沉淀)轉(zhuǎn)移至宿主細(xì)胞，并且隨后通過(guò)常規(guī)技術(shù)培養(yǎng)轉(zhuǎn)染細(xì)胞以產(chǎn)生本發(fā)明的分子。在優(yōu)選實(shí)施方案中，宿主細(xì)胞與包含序列的細(xì)菌噬菌體由其衍生的親本細(xì)菌的物種不同。在特定實(shí)施方案中，本發(fā)明的分子的表達(dá)通過(guò)組成性、誘導(dǎo)型或組織特異性啟動(dòng)子調(diào)節(jié)。在特定實(shí)施方案中，表達(dá)載體是 pQE-30 (Qiagen)或 pET-29 (a) (Novagen)。
[0182]用于表達(dá)通過(guò)本發(fā)明的方法鑒定的分子的宿主細(xì)胞可以是任一細(xì)菌細(xì)胞(優(yōu)選對(duì)本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體蛋白質(zhì)或其變體、衍生物或片段不敏感)。多種宿主表達(dá)載體系統(tǒng)可以用于表達(dá)通過(guò)本發(fā)明的方法鑒定的分子。此類宿主表達(dá)系統(tǒng)代表本發(fā)明的分子的編碼序列可以通過(guò)其產(chǎn)生并隨后純化的媒介物，還代表當(dāng)用合適的核苷酸編碼序列轉(zhuǎn)化或轉(zhuǎn)染時(shí)，原位表達(dá)本發(fā)明的分子的細(xì)胞。這些包括但不限于微生物，例如用含有通過(guò)本發(fā)明方法鑒定的分子的編碼序列的重組細(xì)菌噬菌體DNA、質(zhì)粒DNA或粘粒DNA表達(dá)載體轉(zhuǎn)化的對(duì)本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體蛋白質(zhì)或其變體、衍生物或片段不敏感的細(xì)菌(例如枯草芽孢桿菌)；用含有編碼通過(guò)本發(fā)明方法鑒定的分子的序列的重組酵母表達(dá)載體轉(zhuǎn)化的酵母(例如畢赤酵母(Saccharomyces Pichia));用含有編碼通過(guò)本發(fā)明方法鑒定的分子的序列的重組病毒表達(dá)載體(例如桿狀病毒)感染的昆蟲細(xì)胞系統(tǒng)；用重組病毒表達(dá)載體(例如花椰菜花葉病毒(CaMV)和煙草花葉病毒(TMV)感染或用含有編碼通過(guò)本發(fā)明方法鑒定的分子的序列的重組質(zhì)粒表達(dá)載體(例如Ti質(zhì)粒)轉(zhuǎn)化的植物細(xì)胞系統(tǒng)；或具有含有衍生自哺乳動(dòng)物細(xì)胞的基因組的啟動(dòng)子(例如金屬硫蛋白啟動(dòng)子)的重組表達(dá)構(gòu)建體或衍生自含有編碼通過(guò)本發(fā)明方法鑒定的分子的序列的哺乳動(dòng)物病毒(例如腺病毒晚期啟動(dòng)子；痘苗病毒7.5K啟動(dòng)子)的哺乳動(dòng)物細(xì)胞系統(tǒng)(例如C0S、CH0、BHK、293、293T、3T3細(xì)胞，淋巴細(xì)胞(Iymphoticcell)(參見U.S.5，807，715)，Per C.6細(xì)胞(由Crucell開發(fā)的人視網(wǎng)膜細(xì)胞)。
[0183]在對(duì)本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體蛋白質(zhì)或其變體、衍生物或片段不敏感的細(xì)菌系統(tǒng)中，取決于對(duì)于待表達(dá)分子預(yù)期的用途可以有利地選擇許多表達(dá)載體。例如，當(dāng)待產(chǎn)生大數(shù)量的此類蛋白質(zhì)用于多肽的藥物組合物的生成時(shí)，指導(dǎo)容易純化的融合蛋白產(chǎn)物的高水平表達(dá)的載體可能是希望的。此類載體包括但不限于大腸桿菌表達(dá)載體pUR278 (Ruther等人，1983，EMBO J.2:1791)，其中蛋白質(zhì)序列可以與IacZ編碼區(qū)在框內(nèi)個(gè)別連接到載體內(nèi)，從而使得產(chǎn)生融合蛋白；pIN 載體(Inouye&Inouye, 1985, Nucleic Acids Res.13:3101-3109 ；Van Heeke&Schuster, 1989，J.Biol.Chem.24:5503-5509);等。pGEX 載體還可以用于表達(dá)作為具有谷胱甘肽S-轉(zhuǎn)移酶(GST)的融合蛋白的外源多肽。一般而言，此類融合蛋白是可溶的，并且可以通過(guò)與基質(zhì)谷胱甘肽瓊脂糖珠的吸附和結(jié)合，隨后在游離谷胱甘肽的存在下洗脫，容易地從裂解細(xì)胞中純化。PGEX載體設(shè)計(jì)為包括凝血酶或因子Xa蛋白酶切割位點(diǎn)，從而使得克隆的靶基因產(chǎn)物可以從GST部分中釋放。
[0184]在昆蟲系統(tǒng)中，苜猜銀紋夜蛾(Autographa californica)核型多角體病毒(AcNPV)用作載體以表達(dá)外源基因。該病毒優(yōu)選在草地貪夜蛾(Spodoptera frugiperda)細(xì)胞中生長(zhǎng)。多肽編碼序列可以個(gè)別克隆到病毒的非必需區(qū)(例如多角體蛋白基因)內(nèi)，并且置于AcNPV啟動(dòng)子(例如多角體蛋白啟動(dòng)子)的控制下。
[0185]一旦本發(fā)明的分子(即多肽)已重組表達(dá)，它就可以通過(guò)本領(lǐng)域已知用于純化多肽的任何方法進(jìn)行純化，所述方法例如通過(guò)色譜法(例如離子交換、親和和尺寸排阻柱色譜法)、離心、差異可溶性或通過(guò)用于純化多肽或抗體的任何其他標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)。
`[0186]特定修飾和改善在閱讀前述說(shuō)明書后將被本領(lǐng)域技術(shù)人員想到。應(yīng)當(dāng)理解所有此類修飾和改善已為了簡(jiǎn)潔性和可讀性在本文中刪除，但適當(dāng)?shù)卦谙率鰴?quán)利要求的范圍內(nèi)。
[0187]7.實(shí)施例
[0188]應(yīng)當(dāng)理解本文描述的下述實(shí)施例和實(shí)施方案僅用于舉例說(shuō)明目的，并且根據(jù)其的多種修飾或變化將是本領(lǐng)域技術(shù)人員能想起的，并且包括在本申請(qǐng)的精神和范圍內(nèi)和附加權(quán)利要求的范圍內(nèi)。本文引用的所有出版物、專利和專利申請(qǐng)為了所有目的在此通過(guò)引用整體合并。
[0189]除非另有說(shuō)明，根據(jù)下述方法分離、處理且分析本發(fā)明的細(xì)菌噬菌體。
[0190]7.1.1噬菌體的純化
[0191]根據(jù) Carlson, “Working with bacteriophage:common techniques andmethodological approaches,，，In, Kutter 和 Sulakvelidze(編輯)Bacteriophage:Biology and Applications,第5版CRC Press (2005)(通過(guò)引用整體合并入本文的“Carlson”)中所述的方案，制備從臨床樣品中分離的細(xì)菌噬菌體的貯備制劑。[0192]根據(jù)Carlson 和 Yamamoto 等人，2004，PNAS 101:6415-6420 中所述的方案，通過(guò)用PEG沉淀來(lái)濃縮細(xì)菌噬菌體貯備制劑。簡(jiǎn)言之，使貯備制劑在IM NaCl中在4°C伴隨攪動(dòng)溫育一小時(shí)。接下來(lái)，將PEG 8000 (AppliChem,Cheshire,MA)逐步加入至10% (w/v)的終濃度。組合物隨后在4°C溫育過(guò)夜。在溫育期后，組合物以1000Oxg在4°C離心30分鐘。隨后將沉淀物以1% w/v重懸浮于具有明膠的SM緩沖液(以pH 7.4的0.05M Tris-HCL,0.1M NaCl UOmMMgSO4)中，且再次以1000rpm在4°C離心10分鐘。保存含有懸浮的噬菌體的上清液用于進(jìn)一步純化。根據(jù)Carlson中的方法使用CsCl梯度純化上清液。
[0193]通過(guò)透析從純化且濃縮的噬菌體原液中去除CsCl。根據(jù)制造商的說(shuō)明書制備透析膜，Cellu.Sep Hl High Grade Regenerated Cellulose Tubular Membrane (Cellu.Sep,River Street, USA)。透析包括在 IOOmM Tris-HCl 和 3M NaCl (pH 7.4)中在 4°C 30 分鐘的第一次溫育。這隨后為在IOOmM Tris-HCl和0.3M NaCl (pH 7.4)中在4°C 30分鐘的第二次溫育。在透析后，從透析袋內(nèi)部取出懸浮的噬菌體且貯存于4 °C。
[0194]7.1.2噬菌體DNA的提取
[0195]向5ml純化且濃縮的細(xì)菌噬菌體樣品中加入以pH 8.0的20mM EDTA,以0.5 %(p/v)的SDS和以40 ii g/ml終濃度的蛋白酶K。將混合物在56°C溫育一小時(shí)。執(zhí)行在以25: 24: I比例的苯酚:氯仿:醇中的連續(xù)提取，直至在水和有機(jī)相之間的界面澄清。隨后用等體積的氯仿處理水相，并且以13，OOOOx g在4°C離心10分鐘。再一次去除水相，并且通過(guò)加入兩體積的無(wú)水乙醇且在20°C溫育三十分鐘沉淀DNA。隨后將樣品以11，OOOxg在4°C離心30分鐘。將團(tuán)塊用70%乙醇在室溫洗滌且重懸浮于50iil超純水(Gibco，California)中。通過(guò)在ND-1000分光光度計(jì)中在260nm測(cè)量吸光度測(cè)定DNA濃度。通過(guò)在1%瓊脂糖凝膠上的電泳分析分離的噬菌體DNA的完整性。[0196]7.1.3噬菌體基因組的分析
[0197]細(xì)菌噬菌體基因組的測(cè)序允許鑒定在基因組內(nèi)的潛在開放讀碼框(ORF)。細(xì)菌噬菌體的假定ORF用于使用BLASTN程序(參見例如，Zhang等人，2000，J.Comput.Biol.7:203-214)在NCBI核苷酸集合數(shù)據(jù)庫(kù)中搜索同源DNA序列。
[0198]7.2實(shí)施例1:細(xì)菌噬菌體F391/08
[0199]細(xì)菌噬菌體F391/08基因組的假定ORF與NCBI核苷酸數(shù)據(jù)庫(kù)中的序列的比較揭示僅小部分的基因組11%基因組覆蓋)顯示出與已知序列的同源性。F391/08基因組的圖示組構(gòu)在圖1中提供。F391/080RF、其編碼的氨基酸序列和已知同源蛋白質(zhì)在圖2中提供。通過(guò)整合用 GeneMark.hmm 和 MetaGeneAnnotator 程序(Besemer,J.和 Borodovsky,M.1999.Nucleic Acids Res.，27:3911-3920 ;Noguchi，H.等人，2008.DNA Res., 15:387-396)獲得的結(jié)果執(zhí)行orf的預(yù)測(cè)。使用NCBI非冗余蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)，用BLASTP程序(Alschul, S.F.等人，1997.Nucleic Acids Res.,25:3389-33402)執(zhí)行蛋白質(zhì)同源性搜索。使用 NCBI 專門 BLAST (Marchler-Bauer, A.等人，2007.Nucleic Acids Res.35:237-240)預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)保守結(jié)構(gòu)域。在圖2中用相同數(shù)目指出了其產(chǎn)物呈現(xiàn)與相同蛋白質(zhì)的同源性的orf，伴隨小寫字母的添加。使用tRNAscan-SE程序(Lowe，T.M.等人，1997.Nucleic Acids Res.,25:955-964)執(zhí)行假定的轉(zhuǎn)移 RNA 基因(tRNA)的鑒定。
[0200]下表1提供了斑點(diǎn)測(cè)試的結(jié)果，其評(píng)估細(xì)菌噬菌體F391/08針對(duì)從臨床樣品中分離的100個(gè)克雷伯氏菌屬物種菌株(86個(gè)肺炎克雷伯氏菌菌株；12個(gè)產(chǎn)酸克雷伯氏菌菌株；和2個(gè)克雷伯氏菌屬物種菌株)的宿主范圍和活性。每個(gè)斑點(diǎn)含有由CsCl純化的裂解產(chǎn)物制備的具有所示滴度的5μ I細(xì)菌噬菌體懸浮液?；诜秶鸀榛鞚?+)到澄清(++++)裂解暈圈的相對(duì)尺度估計(jì)每個(gè)菌株對(duì)噬菌體的敏感性。源于分離的噬菌斑的斑點(diǎn)指示為(Pfu)，并且對(duì)噬菌體感染的抗性指示為(_)。還指示了顯示特定敏感性表型的菌株百分比。
[0201]表1
[0202]
【權(quán)利要求】
1.一種具有基因組的分離的細(xì)菌噬菌體，所述基因組包含SEQ ID NO:U SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:560、SEQ ID NO:781、或 SEQ ID NO:1074 的核酸序列。
2.一種藥物組合物，其包含權(quán)利要求1的細(xì)菌噬菌體和藥學(xué)可接受的載體。
3.權(quán)利要求2的藥物組合物，其包含具有基因組的細(xì)菌噬菌體，所述基因組包含SEQID NO:1的核酸序列，所述藥物組合物進(jìn)一步包含針對(duì)肺炎克雷伯氏菌有效的細(xì)菌噬菌體的一個(gè)或多個(gè)另外株。
4.權(quán)利要求2的藥物組合物，其包含具有基因組的細(xì)菌噬菌體，所述基因組包含SEQID ΝΟ:1的核酸序列，所述藥物組合物進(jìn)一步包含針對(duì)除了肺炎克雷伯氏菌外的細(xì)菌有效的細(xì)菌噬菌體的一個(gè)或多個(gè)另外株。
5.權(quán)利要求2的藥物組合物，其包含具有基因組的細(xì)菌噬菌體，所述基因組包含SEQID NO:781的核酸序列，所述藥物組合物進(jìn)一步包含針對(duì)肺炎克雷伯氏菌有效的細(xì)菌噬菌體的一個(gè)或多個(gè)另外株。
6.權(quán)利要求2的藥物組合物，其包含具有基因組的細(xì)菌噬菌體，所述基因組包含SEQID NO:781的核酸序列，所述藥物組合物進(jìn)一步包含針對(duì)除了肺炎克雷伯氏菌外的細(xì)菌有效的細(xì)菌噬菌體的一個(gè)或多個(gè)另外株。
7.權(quán)利要求2的藥物組合物，其包含具有基因組的細(xì)菌噬菌體，所述基因組包含SEQID NO:2的核酸序列，所述藥物組合物進(jìn)一步包含針對(duì)鮑氏不動(dòng)桿菌有效的細(xì)菌噬菌體的一個(gè)或多個(gè)另外株。
8.權(quán)利要求2的藥物組合物，其包含具有基因組的細(xì)菌噬菌體，所述基因組包含SEQID NO:2的核酸序列，所述藥物組合物進(jìn)一步包含針對(duì)除了鮑氏不動(dòng)桿菌外的細(xì)菌有效的細(xì)菌噬菌體的一個(gè)或多個(gè)另外株。`
9.權(quán)利要求2的藥物組合物，其包含具有基因組的細(xì)菌噬菌體，所述基因組包含SEQID NO:3的核酸序列，所述藥物組合物進(jìn)一步包含針對(duì)大腸桿菌有效的細(xì)菌噬菌體的一個(gè)或多個(gè)另外株。
10.權(quán)利要求2的藥物組合物，其包含具有基因組的細(xì)菌噬菌體，所述基因組包含SEQID NO:3的核酸序列，所述藥物組合物進(jìn)一步包含針對(duì)除了大腸桿菌外的細(xì)菌有效的細(xì)菌噬菌體的一個(gè)或多個(gè)另外株。
11.權(quán)利要求2的藥物組合物，其包含具有基因組的細(xì)菌噬菌體，所述基因組包含SEQID NO:4的核酸序列，所述藥物組合物進(jìn)一步包含針對(duì)銅綠假單胞菌有效的細(xì)菌噬菌體的一個(gè)或多個(gè)另外株。
12.權(quán)利要求2的藥物組合物，其包含具有基因組的細(xì)菌噬菌體，所述基因組包含SEQID NO:4的核酸序列，所述藥物組合物進(jìn)一步包含針對(duì)除了銅綠假單胞菌外的細(xì)菌有效的細(xì)菌噬菌體的一個(gè)或多個(gè)另外株。
13.權(quán)利要求2的藥物組合物，其包含具有基因組的細(xì)菌噬菌體，所述基因組包含SEQID NO:560的核酸序列，所述藥物組合物進(jìn)一步包含針對(duì)金黃色葡萄球菌有效的細(xì)菌噬菌體的一個(gè)或多個(gè)另外株。
14.權(quán)利要求2的藥物組合物，其包含具有基因組的細(xì)菌噬菌體，所述基因組包含SEQID NO:560的核酸序列，所述藥物組合物進(jìn)一步包含針對(duì)除了金黃色葡萄球菌外的細(xì)菌有效的細(xì)菌噬菌體的一個(gè)或多個(gè)另外株。
15.權(quán)利要求2的藥物組合物，其包含具有基因組的細(xì)菌噬菌體，所述基因組包含SEQID NO:1074的核酸序列，所述藥物組合物進(jìn)一步包含針對(duì)金黃色葡萄球菌有效的細(xì)菌噬菌體的一個(gè)或多個(gè)另外株。
16.權(quán)利要求2的藥物組合物，其包含具有基因組的細(xì)菌噬菌體，所述基因組包含SEQID NO:1074的核酸序列，所述藥物組合物進(jìn)一步包含針對(duì)除了金黃色葡萄球菌外的細(xì)菌有效的細(xì)菌噬菌體的一個(gè)或多個(gè)另外株。
17.一種來(lái)自細(xì)菌噬菌體 F391/08、F394/08、F488/08、F510/08、F44/10 或 125/10 的分離的溶素蛋白質(zhì)或其片段、變體或衍生物，其具有針對(duì)肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌、銅綠假單胞菌和金黃色葡萄球菌中的一種或多種的抗菌或抗微生物活性。
18.權(quán)利要求17的分離的溶素蛋白質(zhì)，所述蛋白質(zhì)具有SEQID NO:20、SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:192,SEQ ID NO:282、SEQ ID NO:547、SEQ ID NO:556、SEQ ID NO:557、SEQ IDNO:598, SEQ ID NO:1216、SEQ ID NO: 1261的氨基酸序列或其片段、變體或衍生物，所述片段、變體或衍生物具有針對(duì)肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌、銅綠假單胞菌和/或金黃色葡萄球菌的抗菌或抗微生物活性。
19.一種與相同大小的第二種蛋白質(zhì)具有至少85%序列同一性的分離的第一種蛋白質(zhì)，其中所述第一種蛋白質(zhì)具有針對(duì)肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌、銅綠假單胞菌和/或金黃色葡萄球菌的抗菌或抗微生物活性，并且所述第二種蛋白質(zhì)具有SEQ IDNO:20,SEQ ID NO: 80,SEQ ID NO: 192、SEQ ID NO: 282,SEQ ID NO: 547,SEQ ID NO:556、SEQ ID NO:557, SEQ ID NO:598、SEQ ID NO:1216, SEQ ID NO:1261 的氨基酸序列或其片段。
20.權(quán)利要求19的分離的第一種蛋白質(zhì)，其與所述第二種蛋白質(zhì)具有至少95%序列同一性。
21.權(quán)利要求17的片段，其中所述片段是從具有SEQID NO:20、SEQ ID NO:80、SEQ IDNO: 192、SEQ ID NO: 282, SEQ ID NO: 547, SEQ ID NO: 556, SEQ ID NO:557、或 SEQ ID NO:598的氨基酸序列的多肽中分離的CHAP結(jié)構(gòu)域。
22.一種從細(xì)菌噬菌體 F387/08、F391/08、F394/08、F488/08、F510/08、F44/10 或F125/10中分離的尾蛋白質(zhì)或其片段、變體或衍生物，其具有與它所分離自的細(xì)菌噬菌體相關(guān)的生物活性。
23.權(quán)利要求22的分離的尾蛋白質(zhì)或其片段、變體或衍生物，所述蛋白質(zhì)具有下述氨基酸序列:SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:30、SEQ ID NOs:32-35,SEQ ID NO:180、SEQ ID NO: 183,SEQ ID NO:185、SEQ ID NO: 190,SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:232, SEQ ID NO:235、SEQ ID NOs:239-245, SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:252,SEQ ID NO:254,SEQ ID NOs:433-437,SEQ ID NOs:489-496,SEQ ID NO:544,SEQ ID NO:545、SEQ ID NO:549、SEQ ID NO:551、SEQ ID NO:629、SEQ ID NO:686、SEQID NO:789,SEQ ID NOs:796-800,SEQ ID NO:806、SEQ ID NO:854、SEQ ID NOs:999-1004,SEQ ID NOs: 1053-1060、SEQ ID NO:1077、SEQ ID NO:1217,SEQ ID NO:1250、或SEQ ID NO:1266，所述片段、變體或衍生物具有與它所分離或衍生自的細(xì)菌噬菌體相關(guān)的生物活性。
24. —種與相同大小的第二種蛋白質(zhì)具有至少85%序列同一性的分離的第一種蛋白質(zhì)，其中所述第一種蛋白質(zhì)具有與細(xì)菌噬菌體F387/08、F391/08、F394/08、F488/08、F510/085、F44/10或F125/10相關(guān)的生物活性，并且所述第二種蛋白質(zhì)具有SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:26,SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:30、SEQ ID NOs:32-35、SEQ ID NO:180、SEQ IDNO:183, SEQ ID NO:185、SEQ ID NO:190、SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:232、SEQ ID NO:.235、SEQ ID NOs:239-245,SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:252、SEQ ID NO:.254,SEQ ID NOs:433-437,SEQ ID NOs:489-496、SEQ ID NO:544,SEQ ID NO:545,SEQ IDNO:549, SEQ ID NO:551、SEQ ID NO:629、SEQ ID NO:686、SEQ ID NO:789、SEQ ID NOs:.796-800,SEQ ID NO:806、SEQ ID NO:854、SEQ ID NOs:999-1004,SEQ ID NOs:1053-1060,SEQ ID NO:1077, SEQ ID N0:1217、SEQ ID N0:1250、或 SEQ ID NO: 1266 的氨基酸序列或其片段。
25.權(quán)利要求24的分離的第一種蛋白質(zhì)，其與所述第二種蛋白質(zhì)具有至少95%序列同一性。
26.—種藥物組合物，其包含權(quán)利要求17或22的分離的蛋白質(zhì)和藥學(xué)可接受的載體。
27.權(quán)利要求26的藥物組合物，其包含具有SEQID NO: 20、SEQ ID NO: 80、SEQ ID NO:.15、SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32-35, SEQ ID NO:789, SEQID NOs:796-800,SEQ ID NO:806、SEQ ID NO:854、SEQ ID NOs:999_1004、或 SEQ ID NOs:.1053-1060的氨基酸序列的分離的蛋白質(zhì)或其片段、變體或衍生物，其具有針對(duì)肺炎克雷伯氏菌的抗菌或抗微生物活性，所述藥物組合物進(jìn)一步包含針對(duì)肺炎克雷伯氏菌有效的一種或多種細(xì)菌噬菌體或另外蛋白質(zhì)。
28.權(quán)利 要求26的藥物組合物，其包含具有SEQID NO: 20、SEQ ID NO: 80、SEQ ID NO:.15、SEQ ID NO:26, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:30, SEQ ID NO:32-35, SEQ ID NO:789, SEQID NOs:796-800,SEQ ID NO:806、SEQ ID NO:854、SEQ ID NOs:999_1004、或 SEQ ID NOs:.1053-1060的氨基酸序列的分離的蛋白質(zhì)或其片段、變體或衍生物，其具有針對(duì)肺炎克雷伯氏菌的抗菌或抗微生物活性，所述藥物組合物進(jìn)一步包含針對(duì)除了肺炎克雷伯氏菌外的細(xì)菌有效的一種或多種細(xì)菌噬菌體或另外蛋白質(zhì)。
29.權(quán)利要求26的藥物組合物，其包含具有SEQID NO:192、SEQ ID NO:180、SEQ IDNO:183, SEQ ID NO:185, SEQ ID NO:190的氨基酸序列的分離的蛋白質(zhì)或其片段、變體或衍生物，其具有針對(duì)鮑氏不動(dòng)桿菌的抗菌或抗微生物活性，所述藥物組合物進(jìn)一步包含針對(duì)鮑氏不動(dòng)桿菌有效的一種或多種細(xì)菌噬菌體或另外蛋白質(zhì)。
30.權(quán)利要求26的藥物組合物，其包含具有SEQID NO:192、SEQ ID NO:180、SEQ IDNO:183, SEQ ID NO:185、SEQ ID NO:190的氨基酸序列的分離的蛋白質(zhì)或其片段、變體或衍生物，其具有針對(duì)鮑氏不動(dòng)桿菌的抗菌或抗微生物活性，所述藥物組合物進(jìn)一步包含針對(duì)除了鮑氏不動(dòng)桿菌外的細(xì)菌有效的一種或多種細(xì)菌噬菌體或另外蛋白質(zhì)。
31.權(quán)利要求26的藥物組合物，其包含具有SEQID NO:282、SEQ ID NO:231、SEQ IDNO:232, SEQ ID NO:235、SEQ ID NOs:239-245, SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249、SEQ IDNO:252,SEQ ID NO:254、SEQ ID NOs:433-437,SEQ ID NOs:489-496 的氨基酸序列的分離的蛋白質(zhì)或其片段、變體或衍生物，其具有針對(duì)大腸桿菌的抗菌或抗微生物活性，所述藥物組合物進(jìn)一步包含針對(duì)大腸桿菌有效的一種或多種細(xì)菌噬菌體或另外蛋白質(zhì)。
32.權(quán)利要求26的藥物組合物，其包含具有SEQID NO:282、SEQ ID NO:231、SEQ IDNO:232, SEQ ID NO:235、SEQ ID NOs:239-245、SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:249、SEQ IDNO:252,SEQ ID NO:254、SEQ ID NOs:433-437,SEQ ID NOs:489-496 的氨基酸序列的分離的蛋白質(zhì)或其片段、變體或衍生物，其具有針對(duì)大腸桿菌的抗菌或抗微生物活性，所述藥物組合物進(jìn)一步包含針對(duì)除了大腸桿菌外的細(xì)菌有效的一種或多種細(xì)菌噬菌體或另外蛋白質(zhì)。
33.權(quán)利要求26的藥物組合物，其包含具有SEQID NO ;547、SEQ ID NO:556、SEQ IDNO:557, SEQ ID NO:544、SEQ ID NO:545、SEQ ID NO:549、SEQ ID NO:551 的氨基酸序列的分離的蛋白質(zhì)或其片段、變體或衍生物，其具有針對(duì)銅綠假單胞菌的抗菌或抗微生物活性，所述藥物組合物進(jìn)一步包含針對(duì)銅綠假單胞菌有效的一種或多種細(xì)菌噬菌體或另外蛋白質(zhì)。
34.權(quán)利要求26的藥物組合物，其包含具有SEQID NO:547、SEQ ID NO:556、SEQ IDNO:557, SEQ ID NO:544、SEQ ID NO:545、SEQ ID NO:549、SEQ ID NO:551 的氨基酸序列的分離的蛋白質(zhì)或其片段、變體或衍生物，其具有針對(duì)銅綠假單胞菌的抗菌或抗微生物活性，所述藥物組合物進(jìn)一步包含針對(duì)除了銅綠假單胞菌外的細(xì)菌有效的一種或多種細(xì)菌噬菌體或另外蛋白質(zhì)。
35.權(quán)利要求26的藥物組合物，其包含具有SEQID NO:598、SEQ ID NO:629、SEQ IDNO:686, SEQ ID NO:1216、SEQ ID NO:126USEQ ID NO:1077,SEQ ID NO:1217,SEQ ID NO:1250、或SEQ ID NO:1266的氨基酸序列的分離的蛋白質(zhì)或其片段、變體或衍生物，其具有針對(duì)金黃色葡萄球菌的抗菌或抗微生物活性，所述藥物組合物進(jìn)一步包含針對(duì)金黃色葡萄球菌有效的一種或多種細(xì)菌噬菌體或另外蛋白質(zhì)。
36.權(quán)利要求26的藥物組合物，其包含具有SEQID NO:598、SEQ ID NO:629、SEQ IDNO:686,SEQ ID NO:1216,SEQ ID NO: 126KSEQ ID NO:1077,SEQ ID NO:1217,SEQ ID NO:1250、或SEQ ID NO:1266的氨基酸序列的分離的蛋白質(zhì)或其片段、變體或衍生物，其具有針對(duì)金黃色葡萄球菌的抗菌或抗微生物活性，所述藥物組合物進(jìn)一步包含針對(duì)除了金黃色葡萄球菌外的細(xì)菌有效的一種或多種細(xì)菌噬菌體或另外蛋白質(zhì)。
37.一種藥物組合物，其包含選自 F391/08、F394/08、F488/08、F510/08、F44/10、F387/08, F170/08, F168/08, F770/05 和 F1245/05 的至少四種噬菌體。
38.權(quán)利要求37的藥物組合物，其中所述組合物包含選自F44/10、F391/08、F387/08、F488/08、F510/08和/或F770/05的至少四種噬菌體。
39.權(quán)利要求38的藥物組合物，其中所述組合物包含F(xiàn)44/10。
40.權(quán)利要求37、38或39的藥物組合物，其中所述組合物包含F(xiàn)394/08和/或F1245/05。
41.權(quán)利要求37、38或39的藥物組合物，其中所述組合物配制用于局部應(yīng)用。
42.一種分離的核酸，其包含編碼權(quán)利要求17或22的蛋白質(zhì)的核苷酸序列。
43.—種治療或預(yù)防有此需要的受試者中的細(xì)菌感染的方法,其包括給所述受試者施用治療量的權(quán)利要求2、26或37的藥物組合物。
44.權(quán)利要求43的方法，其中所述細(xì)菌感染是通過(guò)肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌、銅綠假單胞菌和金黃色葡萄球菌中的一種或多種的感染。
45.權(quán)利要求43的方法，其中所述細(xì)菌感染是通過(guò)除了肺炎克雷伯氏菌、鮑氏不動(dòng)桿菌、大腸桿菌、銅綠假單胞菌和金黃色葡萄球菌外的細(xì)菌的感染。
46.權(quán)利要求43的方法，其中所述感染是醫(yī)院內(nèi)感染。
47.權(quán)利要求43的方法，其中所述治療的感染是皮膚的感染。
48.權(quán)利要求47的方法，其中所述治療的皮膚感染是糖尿病足潰瘍。
49.權(quán)利要求43或48的方法，其中所述組合物局部施用。
50.權(quán)利要求43的方法，其中所述受試者是哺乳動(dòng)物。
51.權(quán)利要求50的方法，其中所述哺乳動(dòng)物是人。
52.一種用于診斷細(xì)菌感染的成因劑的方法，其包括 (i)培養(yǎng)來(lái)自患者的組織樣品； (?)使步驟(i)的培養(yǎng)物與權(quán)利要求1、17或22的細(xì)菌噬菌體或蛋白質(zhì)接觸； (iii)監(jiān)控所述培養(yǎng)物生長(zhǎng)和/或裂解的證據(jù) 其中所述培養(yǎng)物裂解的證據(jù)指示所述培養(yǎng)物包含已知對(duì)步驟(ii)中使用的細(xì)菌噬菌體或多肽敏感的細(xì)菌物種或菌株。
53.權(quán)利要求52的方法，其中所述組織樣品是從所述患者中收集的血液、尿、組織活組織檢查或拭子的樣品。
54.—種用于減少或抑制細(xì)菌在表面上的定殖或生長(zhǎng)的方法,其包括使所述表面與權(quán)利要求1、17或22的細(xì)菌噬菌體或多肽接觸。
55.權(quán)利要求54的方法，其中所述表面是哺乳動(dòng)物的皮膚或粘膜。
56.權(quán)利要求55的方法，其中所述哺乳動(dòng)物是人。
57.權(quán)利要求54的方法，其中所述表面是醫(yī)院儀器或醫(yī)院設(shè)備部分的表面。
58.權(quán)利要求57的方法，其中所述儀器或設(shè)備是手術(shù)儀器或外科設(shè)備的部分。
【文檔編號(hào)】C12N7/00GK103732235SQ201180054190
【公開日】2014年4月16日 申請(qǐng)日期:2011年9月19日 優(yōu)先權(quán)日:2010年9月17日
【發(fā)明者】M·A·達(dá)科斯塔加西亞, C·J·索薩德圣若澤, C·I·羅德里格斯萊安德羅, F·M·羅德里格斯帕達(dá)爾迪亞斯安徒內(nèi)斯瑪卡爾達(dá)希爾瓦, A·R·瑪汀斯巴波薩 申請(qǐng)人:藥物技術(shù)業(yè)制藥技術(shù)股份有限公司, 抗菌技術(shù),生物技術(shù)研究與發(fā)展股份有限公司