專利名稱：環(huán)狀異帽藻鑒定方法
技術(shù)領域：
本發(fā)明涉及為赤潮預測預報提供依據(jù)的藻種鑒定。
背景技術(shù)：
目前用于鑒別赤潮藻類的引物通常為通用型引物，如利用微藻的核糖體5. 8S rDNA、18S rDNA、28S rDNA、ITS區(qū)基因序列相對保守區(qū)域所設計的引物，這種引物能夠適用 于真核生物或者甲藻門藻類，范圍比較大，作為初次鑒定較為方便，但由于其專一性不強， 無法一次性定位到具體的藻種，因此難以達到赤潮藻鑒定的要求。而且采用通用引物經(jīng)聚 合酶鏈式反應(PCR)實驗后，獲得產(chǎn)物序列需通過基因測序，分析后方能明確其所屬種類。 這種方法過程步驟較多，耗時、耗費大量的費用，且無法適用在缺乏測序條件之時。因此，開 發(fā)針對性較強的引物是當前的研究熱點，查閱最新發(fā)表的研究報告，已有專家利用核糖體 18S rDNA、葉綠體rbcl等基因序列設計出鑒別單類藻種的引物探針，一次性PCR擴增就能 鑒定到位，無需測序，大大縮短了鑒定周期，同時節(jié)省了大量的費用。

發(fā)明內(nèi)容
本發(fā)明需要解決的問題是提供一種環(huán)狀異帽藻聚合酶鏈式反應鑒定特異性引物，以便為赤潮的預測預報提供依據(jù)。本發(fā)明通過藻種培養(yǎng)、總DNA提取，其特征是利用Primer 5. 0軟件對環(huán)狀異帽藻(Heterocapsa circularisquama)核糖體轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)(ITS區(qū))設計了專一性鑒定引物 YiF3a 和 YiB3a，弓丨物序列為 YiF3a GCAGCGAAGTGTGATAAGCAT ；YiB3a :AATAGGGAAGGGCTAACCATCA ；基因組DNA經(jīng)PCR擴增后，直接通過瓊脂糖凝膠電泳檢驗有特異條帶擴增確定為 環(huán)狀異帽藻。本發(fā)明專門用于鑒定環(huán)狀異帽藻，對其他藻種具有排他性，經(jīng)PCR擴增后，無需基 因測序，直接通過瓊脂糖凝膠電泳檢驗，便能確定為環(huán)狀異帽藻，操作簡單，特別適合于在 具有普通PCR儀的一般實驗室里操作。
具體實施例方式本發(fā)明實驗按如下步驟進行(1)藻種培養(yǎng)研究對象是環(huán)狀異帽藻(Heterocapsa circularisquama)。對照 藻有米氏凱倫藻(Karenia mikimotoi)，塔瑪亞歷山大藻(Alexandrium tamarense)，鏈 狀亞歷山大藻(A. catenella)，微小亞歷山大藻(A. minutum)，微小原甲藻(Prorocentrum minimum)，利瑪原甲藻(Prorocentrum lima)。培養(yǎng)基采用天然海水，按照不含硅酸鹽的f/2 配方配制，其中氮、磷濃度按實驗要求另加。培養(yǎng)基經(jīng)121°C高壓蒸汽滅菌20min后備用。 培養(yǎng)溫度為(25士 1)°C，以日光燈為光源，光照強度為ΙΟΟΙχ，光暗比為12h 12h。
(2)總DNA提取離心收集處于指數(shù)生長期環(huán)狀異帽藻細胞，用改良CTAB法提取 基因組總DNA，酚、氯仿抽提純化。(3)引物設計根據(jù)GenBank中環(huán)狀異帽藻的ITS基因序列(AF183473)，對照不 同屬、科、目、綱的多種其他藻種ITS區(qū)序列，找尋特征性基因序列，利用Primer 5. 0軟件 設計，篩選出多對引物，通過PCR實驗，確定最佳引物為YiF3a GCAGCGAAGTGTGATAAGCAT禾口 YiB 3a :AATAGGGAAGGGCTAACCATCA。(4) PCR擴增采用設計引物對環(huán)狀異帽藻和幾種對照藻種基因組DNA進行PCR擴 增，反應條件為95°C預變性5min后進行30個循環(huán)，每個循環(huán)包括94°C變性45s，58°C退火 45s，72°C延伸45s，最后于72°C延伸10min，4°C保存。
(5)電泳檢驗PCR產(chǎn)物在1. 5%瓊脂糖凝膠上電泳，凝膠成像系統(tǒng)拍照，檢驗條帶 結(jié)果是否具有專一性，只有環(huán)狀異帽藻有特異條帶擴增，其他對照藻均為陰性。
權(quán)利要求
環(huán)狀異帽藻鑒定方法，通過藻種培養(yǎng)、總DNA提取，其特征是利用Primer 5.0軟件對環(huán)狀異帽藻(Heterocapsa circularisquama)核糖體轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)ITS區(qū)設計了專一性鑒定引物YiF3a和YiB3a，引物序列為YiF3aGCAGCGAAGTGTGATAAGCAT；YiB 3aAATAGGGAAGGGCTAACCATCA；基因組DNA經(jīng)PCR擴增后，直接通過瓊脂糖凝膠電泳檢驗有特異條帶擴增確定為環(huán)狀異帽藻。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的環(huán)狀異帽藻鑒定方法，其特征是PCR擴增反應條件為95°C 預變性5min后進行30個循環(huán)，每個循環(huán)包括94°C變性45s，58 °C退火45s，72 °C延伸45s， 最后于72°C延伸10min，4°C保存。
3.根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的環(huán)狀異帽藻鑒定方法，其特征是PCR產(chǎn)物在1.5%瓊脂 糖凝膠上電泳來檢測擴增特異性。
全文摘要
環(huán)狀異帽藻鑒定方法，涉及赤潮藻種鑒定，需要解決的技術(shù)問題是提供一種環(huán)狀異帽藻聚合酶鏈式反應鑒定特異性引物，本發(fā)明通過藻種培養(yǎng)、總DNA提取，其特征是利用Primer 5.0軟件對環(huán)狀異帽藻(Heterocapsa circularisquama)核糖體轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)ITS區(qū)設計了專一性鑒定引物YiF3a和YiB3a，引物序列為YiF3aGCAGCGAAGTGTGATAAGCATYiB 3aAATAGGGAAGGGCTAACCATCA基因組DNA經(jīng)PCR擴增后，直接通過瓊脂糖凝膠電泳檢驗有特異條帶擴增確定為環(huán)狀異帽藻。本發(fā)明用于赤潮的預測預報。
文檔編號C12R1/89GK101845484SQ200910048128
公開日2010年9月29日 申請日期2009年3月24日 優(yōu)先權(quán)日2009年3月24日
發(fā)明者張凊漪, 張鳳英, 張永, 楊柯, 石彥紅, 蔣科技, 鄭俊斌, 馬凌波, 馬春艷 申請人:中國水產(chǎn)科學研究院東海水產(chǎn)研究所