專利名稱：有角牛和無角牛的遺傳標志及其相關(guān)方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及牛中所需特性的增強。更具體而言，本發(fā)明涉及在改良牛有角/無角 表現(xiàn)型的方法中遺傳標志的使用。
背景技術(shù)：
未來牛產(chǎn)業(yè)(具體地說是乳牛產(chǎn)業(yè))的生存力和競爭力依賴于動物表現(xiàn)型的不斷 改良。雖然許多性狀在商業(yè)牛種群中已經(jīng)有了一定程度的潛在的遺傳變異，但是由于低遺 傳率低或不能以有效成本確定候選動物的性狀，對于其中許多種群而言具有優(yōu)良遺傳優(yōu)點 的種畜的選擇準確率一直不高。此外，一些性狀，比如說有角/無角這種表現(xiàn)型在動物齡較 小的時候特征不明顯從而不易應(yīng)用。例如，幾乎所有的小牛在早期無論是否長角都會被施 以去角術(shù)，這僅是一種預防性處理。許多被去角的動物實際上是無角的(遺傳性無角)。這 些程序為獲得傳統(tǒng)繁殖方法所必需的準確的表現(xiàn)型造成了極大的困難。此外，無角表現(xiàn)型 的低發(fā)生率表明傳統(tǒng)繁殖方法在建立一個穩(wěn)定的無角種群或無角牛品種方面是無效率的。 因此，傳統(tǒng)方法選擇這些性狀的準確率是中低下的，通過傳統(tǒng)方法選擇來進行遺傳學改變 的能力是有限的。通過基因或基因上的遺傳標志的發(fā)現(xiàn)，基因組學使改善這一現(xiàn)狀變得更為可能， 這歸因于遺傳變異并可以作為繁殖選擇的更直接和準確的手段。有角/無角表現(xiàn)型在一些 種群中，特別是肉用牛中已經(jīng)被研究過。但是尚未有研究者針對所有的牛群做過有效、準 確的測試。例子如下Brenneman 等(1996) ；DrogemulIer 等(2005) ；Georges 等(1993)； Harlizius 等(1997) ；Long 和 Gregory (1978) ；Schmutz 等(1995) ；White 和 Ibsen (1936)； Wunderlich 等(2006)。世界范圍內(nèi)乳業(yè)生產(chǎn)所用的牛種群主要源于Holstein或者Holstein-Friesian 品種。該品種以產(chǎn)量高而聞名。由于Holstein種質(zhì)已經(jīng)在全球范圍內(nèi)銷售和傳播了幾十 年，Holstein品種已經(jīng)成為全球一大種系，有相對中等程度的同系繁殖率。因此，對該種系 的準確的遺傳學測試來鑒定和預測有角/無角表現(xiàn)型備受關(guān)注，這同樣也構(gòu)成繁殖計劃的 一部分。此外，利用有角/無角表現(xiàn)型的遺傳標志可以通過使用多元遺傳標志的方式同其 他譬如適合度和生產(chǎn)力等特征的選擇聯(lián)合進行。

發(fā)明內(nèi)容
本部分為本發(fā)明提供了非窮盡總結(jié)。本發(fā)明的各種實施方式為在動物基因組的一個或更多個位置評估動物的基因型 提供了方法。在這些實施方式的各個方面，在一段DNA (等位基因)內(nèi)的位置處評估動物基 因型，所述一段DNA (等位基因)包含選自本發(fā)明表格和序列表描述的SNP中的至少一個 SNP。本發(fā)明的其他實施方式提供了根據(jù)有角/無角表現(xiàn)型預測的動物繁殖價值來分配動 物用途的方法。本發(fā)明的該實施方式的各種方面提供的方法包括a)在一個或更多個多態(tài) 性(其中每個被分析的等位基因包含至少一個SNP)上分析動物基因組序列以確定在每處 多態(tài)性的動物基因型；b)分析每個多態(tài)性上確定的基因型來確定存在所述SNP的哪個等位 基因；c)基于其基因型在一個或更多個多態(tài)性上的分析結(jié)果分配動物的用途。本發(fā)明的該 實施方式的各種方面提供了分配動物的用途的方法，該方法是基于動物在本發(fā)明表格1所 公開的一個或更個多態(tài)性上的基因型與有角/無角表現(xiàn)型之間有利的聯(lián)系。另外一種方 式，所述方法提供了不分配動物用于某種用途，因為該動物具有與不希望的表現(xiàn)型相關(guān)或 者與所希望的表現(xiàn)型不相關(guān)的一個或更多個SNP等位基因。本發(fā)明的其他實施方式提供了 選擇動物用于繁殖產(chǎn)生子代的方法。這些方法的各種方面包括a)在至少一個親代動物的 一個或更多個基因座確定動物基因型，其中至少一個被分析的基因座中含有選自表格所述 SNP中的SNP的等位基因。b)對至少一個動物在其一個或多個基因組位置分析確定的基因 型，以確定出現(xiàn)哪個SNP等位基因。c)將被分析的等位基因)與有角/無角表現(xiàn)型相關(guān)聯(lián)。 d)分配至少一只動物用于生產(chǎn)子代。本發(fā)明的其他實施方式提供了生產(chǎn)子代動物(子代動 物)的方法。本發(fā)明的該實施方式的方面提供的方法包括使經(jīng)過本文所述方法選擇出來 的用于繁殖的動物來生產(chǎn)子代動物。子代動物可能通過純自然的方法生產(chǎn)，或者通過使用 一些合適的技術(shù)方法生產(chǎn)，包括但不限于人工授精；胚胎移植(ET)；超數(shù)排卵和胚胎移植 技術(shù)(MOET)；體外受精(IVF)，或者任何以上方法的組合。本發(fā)明的其他實施方式提供了數(shù) 據(jù)庫或若干組數(shù)據(jù)庫。每個數(shù)據(jù)庫都包含若干核酸序列表，所述核酸序列表包含了表格中 所描述的多個SNP。本發(fā)明的該實施方式的優(yōu)選方面提供了包含有5個或更多個SNP的序 列的數(shù)據(jù)庫。這些實施方式的其他方面包括使用一個或多個計算機算法的方法，所述計算 機算法使用了一個或多個數(shù)據(jù)庫，每個數(shù)據(jù)庫都包含了在表格中所描述的多個SNP，以鑒定 與一個或更多個SNP等位基因的遺傳特征相關(guān)的表現(xiàn)型性狀，和/或利用這樣一個數(shù)據(jù)庫 來協(xié)助動物分配。本發(fā)明的其他實施方式提供了鑒定與表格中所述的一個或更多個SNP是 等位基因相關(guān)聯(lián)的其他遺傳標志的方法。本發(fā)明的實施方式包括根據(jù)所預測的有角/無角 表現(xiàn)型來分配動物用途的方法，所述方法包括a)在一個或更多個上基因座確定動物的基 因型；其中至少一個基因座包含一個單核苷酸多態(tài)性(SNP)，有至少兩個等位基因異型；并 且其中至少一個SNP選自表1所述的SNP ；b)在選自表1所述SNP的一個或更多個SNP上分 析至少一個被評估動物的已被確定的基因型，以確定存在哪個等位基因異型；c)把經(jīng)鑒定 的等位基因與有角或無角表現(xiàn)型相關(guān)聯(lián)；和d)通過確定的基因型分配動物的用途。本發(fā)明 的實施方式還包括了選擇潛在的親代動物用于繁殖潛在子代動物的方法。該方法包括a) 在一個或更多個基因組基因座確定至少一個潛在親代動物的基因型；其中至少一個基因座 包含至少有兩個染色體異型的一個單核苷酸多態(tài)性(SNP)，其中至少一個SNP選自表1所述 的SNP ；b)在選自表1所述SNP的一個或更多個SNP上分析至少一個被評估動物的已被確定的基因型，以確定存在哪個等位基因；c)把經(jīng)鑒定的等位基因與有角或無角表現(xiàn)型相關(guān) 聯(lián)；d)根據(jù)動物的基因型分配至少一個動物用于繁殖。本發(fā)明的實施方式還包括產(chǎn)生子代 動物的方法，該方法包括a)鑒定至少一只如本文所述已被分配用于繁殖的親代動物；b) 通過下過程由已分配的親代動物生產(chǎn)子代動物(i)自然繁殖；(ii)人工授精；(iii)體外 受精；和/或(iv)從動物收集精液/精子和/或至少兩個卵子并讓其分別與來自第二動物 的卵子或精液/精子接觸以通過任何方式產(chǎn)生孕體。本發(fā)明的實施方式還包括用以確定樣 本中出現(xiàn)了哪些等位基因的核酸陣列；其中所述陣列包含了能在嚴格的條件下雜交的兩條 或更多條核酸序列，至少一個或更多個SNP選自表1所述的SNP。本發(fā)明的實施方式還包括確定在動物中存在哪些等位基因的方法，所述方法包 括a)提供包含至少一條可在嚴格的條件下與選自表1&2所述SNP的SNP相雜交的核酸序 列的陣列；b)用所述陣列確定動物的基因型；c)將至少一個經(jīng)鑒定的等位基因與有角或無 角表現(xiàn)型相關(guān)聯(lián)；和d)基于其基因型分配至少一只動物作繁殖用。本發(fā)明的實施方式還包 括如下方法通過鑒定與選自表1所述SNP的至少一個SNP具有等位基因相關(guān)聯(lián)的遺傳標 志來鑒定與有角/無角表現(xiàn)型相關(guān)的遺傳標志，所述方法包括a)對被懷疑為與選自表1 所述SNP的標記Al具有等位基因相關(guān)聯(lián)的遺傳標志Bl進行鑒定；b)確定Al和Bl是否是 等位基因相關(guān)聯(lián)的；其中如果至少有100只動物的種群樣本的公式1的r2 > 0. 2，那么等位 基因關(guān)聯(lián)是存在的，且其中Al代表表1所述的SNP等位基因，；Bl代表位于另一個基因座的 遺傳標志；f (AlBl)表示同時具有Al和Bl的頻率；f (Al)是Al在種群中的頻率；和f (Bi) 是Bl在種群中的頻率。本發(fā)明的實施方式還包括一個根據(jù)動物的經(jīng)預測的有角/無角表現(xiàn)型來分配動 物用途的方法。該方法包括a)在一個或多個基因座確定動物的基因型；其中至少一個基 因座包含一個遺傳標志，含有兩個染色體異型；其中至少一個遺傳標志位于表3所描述的 基因上；b)在一個或更多個SNP基因座上分析至少一只被評估動物確定的基因型來確定存 在哪個等位基因異型，所述SNP基因座在表格3所描述的基因中；c)把經(jīng)鑒定的等位基因 與有角或無角表現(xiàn)型相關(guān)聯(lián)；和c.根據(jù)其確定的基因型分配動物的用途。本發(fā)明的各種實 施方式還包括全基因組分析的方法。本發(fā)明的實施方式同樣包含了一個分配潛在的親代動物用于繁殖潛在子代動物 的方法a)在一個或更多個基因組基因座確定至少一只潛在的親代動物的基因型；其中至 少一個基因座包含一個位于表3所描述的基因上的遺傳標志；b)分析至少一只被評估動物 的確定的基因型的一個或更多個遺傳標志來確定存在哪個等位基因；c)把經(jīng)鑒定的等位 基因與有角或無角表現(xiàn)型關(guān)聯(lián)；和d)基于其基因型分配至少一只動物用于繁殖。本發(fā)明的實施方式包含了生產(chǎn)子代動物的方法，該方法包括a)鑒定至少一只按 照本文所描述的任何方法已分配用于繁殖的潛在親代動物，和b)通過如下過程用被分配 用于繁殖的親代動物生產(chǎn)子代動物(i)自然繁殖；(ii)人工授精；(iii)體外受精；和/或 (iv)從動物收集精液/精子和/或至少兩個卵子并讓其分別與來自第二動物的卵子或精液 /精子接觸以通過任何方式產(chǎn)生孕體。本發(fā)明的實施方式還包括一個通過鑒定與位于表3所描述基因的至少一個標記 具有等位基因相關(guān)聯(lián)的遺傳標志來鑒定同有角或無角表現(xiàn)型相關(guān)的遺傳標志。該方法包 括a)鑒定被懷疑與選自表3所述SNP的遺傳標志Al具有等位基因相關(guān)聯(lián)的遺傳標志Bl ；b)確定Al和Bl是否是等位基因相關(guān)聯(lián)的；其中如果至少有100只動物的種群樣本的公式 1的r2 > 0. 2，那么等位基因關(guān)聯(lián)是存在的，且其中Al代表表3所述的SNP等位基因；Bl代 表位于另一個基因座的遺傳標志；f (AlBl)表示同時具有Al和Bl的頻率；f(Al)是Al在種 群中的頻率；和f (Bi)是Bl在種群中的頻率。本發(fā)明的實施方式還包括了一個利用基因表達選擇?？苿游锏姆椒?，該方法包 括a)由所述動物獲取樣本；b)分析所述樣本的基因表達；和c)根據(jù)基因表達的分析分配 所述動物的用途；其中所述基因選自表3所述的基因。本發(fā)明的實施方式還包括了一個核酸陣列，其可用于確定在樣本中存在至少10 個多態(tài)性中的哪一個等位基因，其中所述核酸陣列包含了在嚴格的條件下能與選自表1和 2所述多態(tài)性的一個或更多個多態(tài)性雜交的一條或更多條核酸序列。本發(fā)明的實施方式還包括了在一個或更多個基因座評估動物基因型的方法；其中 至少一處的基因座包含了選自表1和2所述多態(tài)性的一個多態(tài)性。本發(fā)明的實施方式也包括分離的核酸序列，所述核酸序列包含在表1和/或2和/ 或序列表中所述的序列。本發(fā)明的這些實施方式的優(yōu)選方面提供了分離的核酸分子，所述 核酸分子含有選自表1和/2和/或序列表所述序列的一條序列的17個或者更多個毗連的 核苷酸。本發(fā)明的這些實施方式的更優(yōu)選方面提供了分離的核酸分子，所述核酸分子有選 自表1和/2和/或序列表所述序列的一條序列的18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、 29、30、31、32、33、34、35、36個或更多個毗連的核苷酸。這些分離的核酸分子中最優(yōu)選的是 含有針對表1和/或2和/或序列表中的序列所描述的多態(tài)性核苷酸的那些核酸分子。本發(fā)明的許多實施方式包含分離的核酸分子，其包含選自表1和/或2和/或序 列表所述核酸的一條核酸的至少17個毗連的核苷酸；其中核酸分子包含至少一個在表1和 2以及序列表中所述的多態(tài)性。本發(fā)明的其他實施方式提供的分離的核酸序列可在嚴格的 條件下與如上描述的任何核酸序列雜交。本發(fā)明的其他實施方式提供了針對表2中所列出的任何基因測量在轉(zhuǎn)錄水平(即 信使RNA，mRNA)的基因表達的方法。本發(fā)明的該實施方式的方面提供的方法包括用本文 描述的方法分析表中所列出的基因的mRNA表達。mRNA表達水平可通過恰當?shù)募夹g(shù)手段來 分析，包括但不限于morthern (印跡)分析、反轉(zhuǎn)錄PCR(RT-PCR)、定量PCR(QT-PCR)或者 以上任何方法的組合。本發(fā)明的其他實施方式提供了針對表中所列出的任何基因測量在翻譯水平(即 蛋白質(zhì)產(chǎn)物)的基因表達的方法。本發(fā)明的該實施方式的方面提供的方法包括用本文 描述的方法分析表中所列出的基因的蛋白表達和/或功能。蛋白表達和/或功能可通過 恰當?shù)募夹g(shù)手段來分析，包括但不限于=Western(蛋白印跡)分析、基于多克隆抗體的測 試、基于單克隆抗體的測試、蛋白電泳、蛋白分析試驗，微陣列、免疫組織化學、競爭性分析 試驗和酶分析試驗、酶聯(lián)免疫吸附試驗(ELISA))、膠體金免疫層析(lateral flow test) 手段，或者以上任何方法的組合。蛋白分析和基于抗體的測試是本領(lǐng)域眾所周知的方法。 一些用于牛類測試的基于蛋白分析的具體例子包括W003043524A2、US20060199235A1、 W006073447A2 和 W004059282A2。本發(fā)明可供選擇的實施方式可包括一些測試方法，其中有角/無角表現(xiàn)型測試的 方法以快速方式進行從而使之能夠及時地針對特定目的進行動物選擇，比如通過利用遺傳
11標志的測試或基于抗體的測試(諸如ELISA)的現(xiàn)場測試。本發(fā)明可供選擇的實施方式也可包括針對表中所列的任何基因，利用RNA干 擾(RNAi)技術(shù)來進行基因表達修飾，正如本領(lǐng)域的技術(shù)人員所描述的那樣(Golding等 2006)。本發(fā)明的該實施方式的許多方面提供的方法包括開發(fā)和鑒定小RNAOiiicroRNA)、 短發(fā)卡RNA(shRNA)，或沉默RNA(siRNA)，在一個載體中表達小RNA，shRNA,或siRNA，并把 表達質(zhì)粒轉(zhuǎn)導到牛類中。利用RNAi進行基因表達修飾可通過利用以下任何合適的技術(shù)手 段而實現(xiàn)，包括但不限于小RNA、shRNA或siRNA的化學合成，包含小RNA、shRNA或siRNA 的表達載體或病毒載體，PCR產(chǎn)生的小RNA、shRNA或siRNA表達盒和/或體外轉(zhuǎn)錄的小 RNA、shRNA或siRNA，或經(jīng)RNA酶III或核糖核酸內(nèi)切酶酶切的雙鏈RNA產(chǎn)生的一群小RNA， shRNA,或siRNA，或者以上任何方法的組合。本發(fā)明的實施方式包括其中對物種的雄性和雌性雙方都進行有角/無角表現(xiàn)型 測試的方法。然而，在一些實例中，基于僅單性別的基因型信息的選擇是可接受的。本發(fā)明的許多實施方式中，對一只雄性動物做無角表現(xiàn)型檢測，收取其精液并通 過人工授精做多個繁殖。在一個更優(yōu)選的實施方式中，選擇無角表現(xiàn)型的雄性動物，收集其 精液，精液被分選甚至更改來偏好子代動物的性別比例，這種性別偏好的精液被用于經(jīng)人 工授精方法的繁殖。定義下述的定義幫助本領(lǐng)域技術(shù)人員更便利和充分的理解和體會本發(fā)明。然而，在下 述所提供的定義中，如非特殊指明，這些提供的定義并非排他性的。相反，這些定義是優(yōu)選 的定義，提供使本領(lǐng)域技術(shù)人員的注意力集中在本發(fā)明的各種用作說明的實施方式上。如本文所用的術(shù)語“等位基因關(guān)聯(lián)”優(yōu)選是指MAi)與f(Bj的乘積得到的 f (AiBj)的非隨機偏差，由r2 > 0. 2具體限定該非隨機偏差，其中r2從相當大的動物樣本 (例如，> 100)中確定并且定義為一 = If(A1B1)-J(A1)f(B1)F
^Α,ΚΙ- Α^Κ^Β,χ - Β,))其中A1表示一個基因座處的等位基因，B1表示另一個基因座處的等位基因； f (A1B1)是指同時具有A1和B1的頻率，f (A1)是A1的頻率，f (B1)是種群中B1的頻率。如本文所用，術(shù)語“分配動物的用途”和“分配用途”優(yōu)選是指決定如何將動物在 畜群內(nèi)使用或者將其從畜群中移除以便實現(xiàn)所需的畜群管理目標。例如，可能將動物分配 用作繁殖動物或分配用于作為非繁殖動物銷售(例如，分配為待作為肉用銷售的動物)。在 本發(fā)明的某些方面，可以將動物分配用于繁殖程序內(nèi)具有非常具體目標(例如，生產(chǎn)力或 適合度)的亞組中。于是，即使在分配用于繁殖目的的動物組內(nèi)，還有針對實現(xiàn)更具體和/ 或?qū)ｉT化的繁殖目的的用途的更具體的分配。本文所用術(shù)語“無角”指當評估可具有角的物種時，由于其基因型而表現(xiàn)出無角的 動物表現(xiàn)型。遺傳學上傾向于有角的動物，即使因為被施以無角術(shù)或阻礙其長角而表現(xiàn)為 無角也不能稱之為無角。本文所用術(shù)語“遺傳標志”優(yōu)選指任何可通過恰當?shù)姆椒y量或檢測的任何DNA 上穩(wěn)定可遺傳的變異。遺傳標志可用來確定特定的基因型或表現(xiàn)型是否存在，而非確定基 因型或表現(xiàn)型本身——其本身是不可測量或很難檢測的。遺傳標志的例子包括但不限于單核苷酸多態(tài)性(SNP))、片段限制長度多態(tài)性(RFLP))、增殖性片段長度多態(tài)性(AFLP)Jf 貝數(shù)變異(CNV)、簡單重復序列(SSR，也稱為微衛(wèi)星)和插入/缺失。本文所用術(shù)語“連鎖不平衡(linkage disequilibrium) ”優(yōu)選是指其中在相同染 色體上存在A1和B1 (如上文等位基因關(guān)聯(lián)的定義中所用)的等位基因關(guān)聯(lián)。本文所用術(shù)語“標記輔助選擇(MAS) ”優(yōu)選是指基于系譜和表型數(shù)據(jù)的可能組合中 的標記信息的動物選擇。本文所用術(shù)語“自然繁殖”優(yōu)選是指在受精過程中在沒有人的干預時使動物交配。 換言之，不使用如人工授精或胚胎移植等機械或技術(shù)性方法。該術(shù)語不涉及親本動物的選 擇。本文所用術(shù)語“預測值”優(yōu)選是指基于動物的基因型和系譜對動物的繁殖值或傳 遞能力的估計。本文所用術(shù)語“定性性狀(quantitative trait) ”用于指代受單一基因或基因 座控制的性狀，所述基因或基因座對該性狀起到完全作用。定性性狀的觀察結(jié)果是二元的 (即是或否)。本文所用術(shù)語“生殖材料”包含但不限于精液、精細胞、卵細胞和受精卵。本文所用術(shù)語“單核苷酸多態(tài)性”或“SNP”是指在種群內(nèi)是多態(tài)性的動物基因組 中的位置。即，在種群內(nèi)，某些個體動物在該位置具有一種堿基類型，而其它動物具有不同 的堿基。例如，SNP可以指其中某些動物在其DNA序列中具有“G”而其它動物具有“T”的 基因組中的位置，或者每個動物個體含有兩個拷貝的DNA序列，單只動物可能在它們的DNA 序列上有一個“G”和一個“T”。本文所用術(shù)語“在嚴格條件下雜交”和“嚴格雜交條件”優(yōu)選是指其中“探針”與其 靶標序列以比與其它序列可檢測的更大程度雜交(例如，至少比背景高5倍)的條件。嚴 格條件是靶標序列依賴性的，且會根據(jù)多核苷酸的結(jié)構(gòu)而有差異。通過控制雜交和/或洗 滌條件的嚴格性，可以鑒定出與探針100%互補的靶標序列(同源探測)。替代性地，可以 對嚴格條件進行調(diào)節(jié)以允許序列中一定程度的錯配從而可檢測到較低程度的相似性(異 源探測)。通常，嚴格條件是其中鹽濃度在7.0 8.3的pH下小于約1.5M Na離子、通常為約 0. OlM 1. OM Na離子濃度(或其它離子)且溫度對于短探針(例如，10 50個核苷酸) 至少為30°C而對于長探針(例如，大于50個核苷酸)至少為60°C的條件。也可以以添加如 甲酰胺等去穩(wěn)定劑來調(diào)節(jié)嚴格性。低嚴格條件的實例包括用30% 35%甲酰胺、IM NaCl, 1% SDS(十二烷基硫酸鈉)的緩沖溶液在37°C雜交以及在50°C 55°C的2XSSC(20XSSC =3. OM NaCl/0. 3M檸檬酸三鈉)中洗滌。中等嚴格條件的實例包括在40 % 45%甲酰 胺、IM NaClU% SDS中于37°C雜交以及在55°C 60°C的0. 5XSSC IXSSC中洗滌。高 嚴格條件的實例包括在50%甲酰胺、IM NaClU% SDS中于37°C雜交以及在60°C 65°C的 0. IXSSC中洗滌。雜交持續(xù)時間一般小于約24小時，通常為約4小時 約12小時。特異性通常是雜交后洗滌的函數(shù)，關(guān)鍵因素在于最終洗滌溶液的離子強度和 溫度。對于DNA-DNA雜交物而言，熱熔點(Tm)可以由Meinkoth和Wahl (1984) Anal. Biochem. 138 :267_284 的以下等式估算:Tm = 81. 5°C +16. 6 (log Μ) +0. 41(GC% )-0. 61 (甲 酰胺％ )_500/L;其中M是單價陽離子的摩爾濃度，6(%是0嫩中鳥嘌呤和胞嘧啶核苷酸的百分比，甲酰胺％是雜交溶液中甲酰胺的百分比，而L是以堿基對計的雜交物長度。 Tm是50%的互補靶標序列與完美匹配的探針(在所限定的離子強度和pH下)雜交時 的溫度。每1 %的錯配使Tm下降約1°C ；因而，可以調(diào)節(jié)Tm、雜交條件和/或洗滌條件來 與所需同一性的序列進行雜交。例如，如果尋求具有90%同一性的序列，則可以使Tm減 小10°C。通常，將嚴格條件選擇為在限定的離子強度和pH下比特定序列及其互補物的 Tm低約5°C。然而，高度嚴格條件可以利用在低于熱熔點(1^11、21、31或41時的雜 交和/或洗滌；中等嚴格條件可以利用在低于熱熔點(Tm)6°C、7°C、8°C、9°C或10°C時的 雜交和/或洗滌；低嚴格條件可以利用在低于熱熔點(Tm)irC、12°C、13°C、14°C、15°C或 20°C時的雜交和/或洗滌。使用上述等式、雜交和洗滌條件和所需Tm，本領(lǐng)域技術(shù)人員應(yīng) 該理解，已固有地描述了雜交嚴格性和/或洗滌溶液的變化。如果所需錯配程度導致Tm 低于45°C (水溶液)或32°C (甲酰胺溶液)，優(yōu)選增加SSC濃度以便可以使用更高的溫 度。核酸雜交的詳盡指引可見于 Tijssen(1993)Laboratory Techniques inBiochemistry and Molecular Biology—Hybridization with Nucleic AcidProbes,第 I 部分，第 2 章 (Elsevier, N. Y.)；禾口 Ausubel 等編著，(1995) Current Protocols in Molecular Biology, 第 2 章(Greene Publishing andffiley-Interscience, New York)中。也參見 Sambrook 等，(1989)MolecularCloning :A Laboratory Manual(第 2 版，Cold Spring Harbor LaboratoryPress, Plainview, N. Y.)。
具體實施方式
本發(fā)明的許多實施方式提供了用于評估動物(特別是乳用動物)基因組中一個或 更多個位置的基因型的方法。本發(fā)明的該實施方式的許多方面提供的方法包括確定在含 有單核苷酸多態(tài)性(SNP)的一個或更多個位置(基因座)上的動物基因組序列。具體地說， 本發(fā)明提供了評估動物基因型的方法，所述方法確定針對選自本申請的表中所述SNP的一 個或多個SNP中的每一個而言，存在所述SNP的兩個或多個等位基因中的哪些等位基因。在這些實施方式的某些方面，動物的基因型被評估以確定針對選自表1所述SNP 的一個或多個SNP存在哪一個等位基因。本發(fā)明的許多實施方式包含了根據(jù)動物預測的有角/無角表現(xiàn)型分配動物用途 的方法，該方法包括a)在一個或更多個基因座確定動物的基因型；其中至少一個基因座 包含一個單核苷酸多態(tài)性(SNP)，有至少兩個等位基因異型；其中至少一個SNP選自表1所 述SNP ；b)在選自表1所述SNP的一個或多個SNP處分析至少一只被評估動物的確定基 因型，從而確定存在哪個等位基因異型；c)把經(jīng)鑒定的等位基因與有角或無角表現(xiàn)型相關(guān) 聯(lián)；并根據(jù)確定的基因型分配動物的用途。本發(fā)明的其他實施方式包含如下方法在含有選自表1所述SNP的SNP的兩個或 更多個基因座上評估動物的基因型。其他實施方式包含如下方法在含有選自表1所述SNP 的至少一個SNP的兩個或更多個基因座上評估動物的基因型。其他實施方式包含如下方 法在選自表1中的SNP的一個或更多個SNP上評估動物基因型并且在選自表2中的SNP的 一個或更多個SNP上評估動物基因型。其他實施方式包含如下方法在10個或更多個SNP 上評估動物基因型，其中至少一個SNP選自表1所述SNP。其他實施方式包含如下方法，其 中至少一個被評估的SNP與適合度有關(guān)。其他實施方式包含如下方法。其中至少一個被評估的SNP與生產(chǎn)力有關(guān)。其他實施方式包含的方法中包括全基因組分析。 本發(fā)明的許多實施方式包含選擇潛在親代動物用于繁殖潛在子代的方法，所述方 法包括a)在一個或更多個基因組基因座確定至少一只潛在親代動物的基因型；其中至少 一個基因座包含單核苷酸多態(tài)性(SNP)，所述單核苷酸多態(tài)性至少有兩個等位基因異型，其 中至少一個SNP選自表1所述的SNP ；b)針對選自表1所述SNP的一個或更多個SNP分析 至少一只被評估動物的確定基因型，以確定存在哪個等位基因；c)把經(jīng)鑒定的等位基因與 有角或無角表現(xiàn)型相關(guān)聯(lián)；d)根據(jù)動物的基因型至少分配一只動物用于繁殖。本發(fā)明的其他實施方式包含的方法，其中在含有選自表1所述SNP的SNP的1個 或更多個基因座上評估潛在親代動物基因型，并且其中在含有選自表2所述SNP的SNP的 1個或更多個基因座上評估潛在親代動物基因型。其他實施方式包含的方法其中在含有表 1所述SNP的SNP的2個或更多個基因座上評估潛在親代動物基因型。其他實施方式包含 的方法其中在10個或更多個基因座上評估潛在親代動物基因型，其中包括至少一個含有 選自表1所述SNP的SNP的基因座。其他實施方式包含的方法其中在20個或更多個基因 座上評估潛在親代動物基因型，其中包括至少一個含有選自表1所述SNP的SNP的基因座。 其他實施方式包含的方法其中潛在親代動物被選擇用于在潛在子代動物中傳播無角表現(xiàn) 型。其他實施方式包含的方法其中潛在親代動物被選擇用于在潛在子代動物中傳播有角表 現(xiàn)型。其他實施方式包含的方法中包括全基因組分析。本發(fā)明的實施方式也包含一個生產(chǎn)子代動物的方法，該方法包括a)使用如下方 法鑒定至少一個已被分配用于繁殖的潛在親代動物(i)在一個或更多個基因座上確定動 物的基因型；其中至少一個基因座含有一個單核苷酸多態(tài)性(SNP)，有至少兩個等位基因 異型；其中至少一個SNP選自表1所述的SNP ； (ii)在選自表1所述SNP的一個或更多個 SNP上分析至少一只被評估動物的確定的基因型，以確定存在哪個等位基因異型；(iii)把 經(jīng)鑒定的等位基因與有角或無角表現(xiàn)型相關(guān)聯(lián)；和(iv)根據(jù)確定的基因型分配動物的用 途。b)通過包括以下在內(nèi)的過程由已分配的親代動物生產(chǎn)子代動物(i)自然繁殖；(ii) 人工授精；(iii)體外受精；和/或(iv)從動物收集精液/精子和/或至少兩個卵子并讓 其分別與來自第二動物的卵子或精液/精子接觸以通過任何方式產(chǎn)生孕體。本發(fā)明的其他實施方式包含了通過自然繁殖生產(chǎn)子代動物的方法。其他實施方式 包含了通過人工授精，胚胎移植，和/或體外受精等生產(chǎn)子代的方法。其他實施方式包含的 方法其中在含有選自表1所述SNP的SNP的1個或更多個基因座上評估潛在親代動物基因 型，并且在含有選自表2所述SNP的SNP的1個或更多個基因座上被評估潛在親代動物基 因型。本發(fā)明的其他實施方式包含的方法其中在含有選自表1所述SNP的SNP的兩個或 更多個基因座上評估潛在親代動物基因型。其他實施方式包含的方法其中在10個或多個 基因座上評估潛在親代動物基因型，其中包括至少一個含有選自表1所述SNP的SNP的基 因座。其他實施方式包含的方法其中在20個或多個基因座上評估潛在親代動物基因型，其 中包括至少一個含有選自表1所述SNP的SNP的基因座。其他實施方式包含的方法其中潛 在親代動物被選擇用于在潛在子代動物中傳播無角表現(xiàn)型。其他實施方式包含的方法其中 潛在親代動物被選擇用于在潛在子代動物中傳播有角表現(xiàn)型。其他實施方式包含的方法中 包括全基因組分析。
本發(fā)明的許多實施方式包括用于確定樣本中出現(xiàn)哪個等位基因的核酸陣列；其中所述陣列包含兩條或更多條在嚴格的條件下能夠與選自表1所述SNP的一個或更多個SNP 雜交的核酸序列；本發(fā)明的其他實施方式包含的方法其中核酸陣列能夠確定對于選自表1 所述SNP的2個或更多個SNP中的每一個存在哪個等位基因。其他的實施方式包含的方法 其中核酸陣列能夠確定對于10個或更多個SNP中的每一個存在哪個等位基因，其中包括選 自表1所述SNP的至少一個基因座。其他的實施方式包含的方法其中核酸陣列能夠確定對 于100個或更多個SNP中的每一個存在哪個等位基因，其中包括選自表1所述SNP的至少 一個基因座。本發(fā)明的許多實施方式包括在動物中確定存在哪些等位基因的方法，該方法包 括提供如以上段落所描述的核酸陣列；利用所述陣列確定動物的基因型；把至少一個經(jīng) 鑒定的等位基因與有角/無角表現(xiàn)型相關(guān)聯(lián)；基于動物基因型分配至少一只動物用于繁 殖。優(yōu)選的實施方式包含的方法其中所述動物針對無角表現(xiàn)型進行選擇。本發(fā)明的許多實施方式包含通過鑒定與選自表1所述SNP的至少一個SNP等位基 因相關(guān)的遺傳標志從而鑒定出與有角/無角表現(xiàn)型相關(guān)的遺傳標志的方法，該方法包括
a)對被懷疑為與選自表1所述SNP的標記A1具有等位基因相關(guān)聯(lián)的遺傳標志B1進行鑒定；
b)確定A1和B1是否是等位基因相關(guān)聯(lián)的；其中如果至少有100只動物的種群樣本的公式 1的r2> 0.2，那么等位基因關(guān)聯(lián)是存在的。公式1為一 = If(A1B1)-I(A1)f(B1)]2等式
fCAjXl-fiA^KfCB^a-fiB,))
式1]其中A1表示表1所述SNP的等位基因氓表示另一個基因座的遺傳標志；f (A1B1) 表示同時具有A1和B1的頻率；f (A1)是A1在種群中的頻率；和f (B1)是B1在種群中的頻率。本發(fā)明的其他實施方式包含的方法其中遺傳標志Bl是SNP。其他實施方式包含的 方法其中經(jīng)鑒定的遺傳標志與選自表1所述SNP的至少一個SNP處于連鎖不平衡。其他實 施方式包含的方法其中遺傳標志B 1是引起與有角/無角表現(xiàn)型相關(guān)的定量或定性性狀基 因座的致因突變(causal mutation) 0優(yōu)選的實施方式包含的方法其中r2 > 0. 5。更優(yōu)選 的實施方式包含的方法其中r2 > 0. 9。本發(fā)明的其他實施方式包括的方法用于鑒定與SNP具有等位基因相關(guān)聯(lián)的遺傳 標志，所述SNP與無角表現(xiàn)型相關(guān)。其他實施方式包含的方法其中遺傳標志與同無角表現(xiàn) 型相關(guān)的SNP處于連鎖不平衡。其他實施方式包含的方法其中經(jīng)鑒定的遺傳標志是致因突變。本發(fā)明的許多實施方式中包括根據(jù)動物預測的有角/無角表現(xiàn)型用于分配動物 用途的方法，該方法包括a)在一個或更多個基因座確定動物的基因型；其中至少一個基 因座包含一個遺傳標志，有至少兩個等位基因異型；其中至少一個遺傳標志位于表3所描 述的基因內(nèi)；b)在表3所述的基因內(nèi)的一個或更多個SNP基因座上分析至少一只被評估動 物所確定的基因型，以確定存在哪個等位基因異型；c)把經(jīng)鑒定的等位基因與有角或無角 表現(xiàn)型相關(guān)聯(lián)；并根據(jù)確定的基因型分配動物用途。本發(fā)明的其他實施方式包含的方法其中在含有位于表3所述基因內(nèi)的遺傳標志 的兩個或更多個基因座上評估動物的基因型。本發(fā)明其他實施方式包含的方法其中在兩個或更多個基因座上評估動物基因型，包括至少一個含有位于表3所述基因內(nèi)的遺傳標志的 基因座。優(yōu)選的實施方式包含的方法其中遺傳標志是多態(tài)性。更優(yōu)選的實施方式包含的方 法其中所述遺傳標志是單核苷酸多態(tài)性(SNP)。本發(fā)明的其他實施方式包含的方法其中在兩個或更多個基因座上評估動物的基 因型，其中至少一個基因座包含位于表3所述基因內(nèi)的遺傳標志。其他實施方式包含的方 法其中至少一個被評估的標記與適合度相關(guān)。其他實施方式包含的方法其中至少一個被評 估的標記與生產(chǎn)力相關(guān)。還有些實施方式包含的方法中包括全基因組分析。本發(fā)明的許多實施方式包含選擇潛在的親代動物用于繁殖潛在子代動物的方法， 所述方法包括a)在一個或更多個基因組基因座確定至少一只潛在親代動物的基因型；其 中至少一個基因座包含了位于表3所述的基因內(nèi)的遺傳標志；b)針對一個或更多個遺傳標 志分析至少一只被評估動物的確定的基因型，以確定存在哪個等位基因；c)把經(jīng)鑒定的等 位基因與有角或無角表現(xiàn)型相關(guān)聯(lián)；和d)基于動物的基因型分配至少一只動物用于繁殖。本發(fā)明的其他實施方式包含的方法其中所述遺傳標志是多態(tài)性。優(yōu)選實施方式包 含的方法其中所述多態(tài)性是單核苷酸多態(tài)性(SNP)。其他的實施方式包含的方法其中在兩 個或更多個基因座上評估潛在親代動物的基因型，其中至少一個基因座含有位于表3所述 基因內(nèi)的遺傳標志。其他的實施方式包含的方法其中在10個或更多個基因座上評估潛在 親代動物基因型，其中至少一個基因座含有位于表3所述基因內(nèi)的遺傳標志。優(yōu)選實施方 式包含的方法其中潛在親代動物經(jīng)選擇用于在潛在子代動物中傳播無角表現(xiàn)型。其他實施 方式包含的方法其中潛在親代動物被選擇用于在潛在子代動物中傳播有角表現(xiàn)型。附加的 實施方式包含的方法中包括全基因組分析。本發(fā)明的許多實施方式包含了一個生產(chǎn)子代動物的方法，該方法包括a)使用如 下方法鑒定至少一只已被分配用于繁殖的潛在親代動物(i)在一個或更多個基因組基因 座確定至少一只潛在親代動物的基因型；其中至少一個基因座含有位于表3所述基因內(nèi)的 遺傳標志；(ii)針對一個或更多個遺傳標志分析至少一只被評估動物的確定的基因型，以 確定存在哪個等位基因；(iii)把經(jīng)鑒定的等位基因與有角或無角表現(xiàn)型關(guān)聯(lián)；和(iv)基 于動物的基因型分配至少一只動物用于繁殖；b)通過包括以下在內(nèi)的過程由已分配的親 代動物生產(chǎn)子代動物(i)自然繁殖；(ii)人工授精；(iii)體外受精；和/或(iv)從動物 收集精液/精子和/或至少兩個卵子并讓其分別與來自第二動物的卵子或精液/精子接觸 以通過任何方式產(chǎn)生孕體。本發(fā)明的其他實施方式包含了通過自然繁殖生產(chǎn)子代動物的方法。其他實施方式 包含了通過人工授精，胚胎移植，和/或體外受精等生產(chǎn)子代的方法。優(yōu)選實施方式包含的 方法其中所述遺傳標志是多態(tài)性。更優(yōu)選實施方式包含的方法其中所述遺傳標志是單核苷 酸多態(tài)性(SNP)。本發(fā)明的許多實施方式包含通過鑒定與位于表3所述基因上的至少一個標記具 有等位基因相關(guān)聯(lián)的遺傳標志來鑒定與有角或無角表現(xiàn)型相關(guān)的遺傳標志的方法，該方法 包括a)對被懷疑為與選自表3所述SNP的標記~具有等位基因相關(guān)聯(lián)的遺傳標志Bi進 行鑒定；b)確定~和Bi是否是等位基因相關(guān)聯(lián)的；其中如果至少有100只動物的種群樣本 的公式1的r2 > 0. 2，那么等位基因關(guān)聯(lián)是存在的。公式1為
r2= [f(A1B2)-f(A1)f(B1)]2/f(A1)(1-f(A1))(f(B1)(1－f(B1)) [等式1]其中、表示表3所述SNP的等位基因氓表示另一個基因座的遺傳標志；f (AA) 表示同時具有、和&的頻率；f(Ai)是、在種群中的頻率；和f(Bi)是&在種群中的頻率。本發(fā)明的其他實施方式包含的方法其中遺傳標志B1是SNP。其他實施方式包含 的方法其中經(jīng)鑒定的遺傳標志與位于表3所述基因中的至少一個SNP處于連鎖不平衡。其 他實施方式包含的方法其中遺傳標志B1是引起與有角/無角表現(xiàn)型相關(guān)的定量或定性性 狀基因座的致因突變。優(yōu)選實施方式包含的方法其中r2> 0.5。更優(yōu)選實施方式包含的方 法其中r2 > 0. 9。優(yōu)選實施方式同樣也包括用于鑒定與SNP具有等位基因相關(guān)聯(lián)的遺傳標 志，所述SNP與無角表現(xiàn)型相關(guān)。。其他實施方式包含的方法其中遺傳標志與同無角表現(xiàn)型 相關(guān)的SNP處于連鎖不平衡。其他實施方式包含的方法其中經(jīng)鑒定的遺傳標志是致因突變 (causative mutation)0本發(fā)明的實施方式還包括了一個利用基因表達選擇一只?？苿游锏姆椒?，其包括 以下步驟a)獲取所述動物的樣本；b)分析所述樣本的基因表達；和c)根據(jù)基因表達分析 分配所述動物的用途；其中所述基因選自表3所描述的基因。本發(fā)明的其他實施方式包含的方法其中所述基因表達在轉(zhuǎn)錄水平通過mRNA分析 進行測量。其他的實施方式包含的方法其中所述基因表達在翻譯水平通過所述樣本的蛋白 含量分析進行測量。其他實施方式包含的方法其中采用選自western雜交(蛋白印跡)分 析、多克隆抗體測試、單克隆抗體測試、蛋白電泳、蛋白分析試驗、微陣列、免疫組織化學、競 爭性分析試驗和酶分析試驗、酶聯(lián)免疫吸附試驗(ELISA)的測試分析蛋白含量。其他實施 方式包含的方法其中利用含有抗體的膠體金免疫層析測試分析蛋白含量。其他實施方式包 含的方法其中利用酶聯(lián)免疫吸附試驗(ELISA)分析蛋白含量。本發(fā)明的許多實施方式包括核酸陣列用于確定在樣本中存在至少10個多態(tài)性中 的哪一個等位基因，其中所述核酸陣列包含了在嚴格的條件下能與選自表1和2所述多態(tài) 性的一個或更多個多態(tài)性雜交的一條或更多條核酸序列。本發(fā)明的其他實施方式包含有核酸陣列，其中所述陣列包含選自表1和表2所述 多態(tài)性的兩個或更多個多態(tài)性。其他實施方式包含的核酸陣列包含選自表1和表2所述多 態(tài)性的五個或更多個多態(tài)性。其他實施方式包含的核酸陣列包含選自表1和表2所述多態(tài) 性的至少十個或更多個多態(tài)性。本發(fā)明的許多實施方式包括在一個或更多個基因座評價動物基因型的方法，其中 至少一個基因座包含了選自表1和表2所述多態(tài)性的多態(tài)性。本發(fā)明的其他實施方式包括的方法包含在10個或更多個基因組基因座評價動物 的基因型。其他的實施方式包括的方法其中動物基因型在10個或更多個基因座上被評估， 包括至少兩個基因座包含選自表3和序列表所述多態(tài)性的多態(tài)性。其他實施方式包含的方 法其中動物基因型在20個或更多基因座上被評估，其中至少兩個基因座包含選自表3和序 列表所述多態(tài)性的多態(tài)性。其他實施方式包含的方法中包括全基因組分析。本發(fā)明的許多實施方式包括分離的核酸序列，所述核酸分子含有選自表1和/或 2和/或序列表所述序列的序列的17個或者更多個毗連的核苷酸；其中核酸序列包含至少 一個表1和表2以及序列表所述的多態(tài)性。本發(fā)明的許多實施方式還包括能在嚴格的條件下與表1和表2以及序列表所述的核苷酸序列雜交的序列。本發(fā)明實施方式也包含分離的核酸序列，所述序列包括表1和/或表2和/或序 列表所述的序列。本發(fā)明這些實施方式的優(yōu)選方面提供了分離的核酸分子，所述序列包含 選自表1和/表2和/或序列表的的17個或更多個毗連核苷酸。本發(fā)明這些實施方式的 更優(yōu)選方面提供分離的核酸分子，所述分離的核苷酸包含選自表1和/或表2和/或序列 表的序列的至少 18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36 或更多 個毗鄰核苷酸。這些分離的核酸分子中最優(yōu)選是那些包含表1和/或表2和/或序列表所 述的多態(tài)性核苷酸的分離的核酸分子。本發(fā)明的其他實施方式提供了在嚴格的條件下可以和上述任何核酸序列雜交的 分離的核酸序列。本發(fā)明的任何實施方式中，SNP基因座上的基因組序列可用任何與本發(fā)明相容的 方法確定。合適的方法在本領(lǐng)域熟練的技術(shù)人員中眾所周知，包括但不限于直接測序法、 合成法測序、引物延伸反應(yīng)、基質(zhì)輔助激光解吸電離飛行時間(MALDI-T0F)質(zhì)譜法、聚合酶 鏈式反應(yīng)、限制片段長度多態(tài)性、微陣列/多陣列系統(tǒng)(例如可從Affymetrix公司，圣克 拉拉，加利福尼亞州獲得的這些系統(tǒng))，和等位基因特異雜交。本發(fā)明的其他實施方式提供的方法用于根據(jù)針對無角、生產(chǎn)力或適合度性狀的預 測值來分配動物的隨后用途(例如被用作種公?；蚍N母牛或被銷售做肉用或用作產(chǎn)乳 牛)。本發(fā)明該實施方式的許多方面包括針對選自表格所述SNP的至少一個SNP確定至少 一只動物的基因型(針對一個或多個SNP確定動物基因型的方法如前所述)。因此，可以根 據(jù)在一個或更多個、5個或更多個、25個或更多個、50個或更多個或100個或更多個遺傳標 志(包含至少一個表格所述的SNP)處的基因型確定動物的分配用途。本發(fā)明提供的實施方式其中表1所述SNP的基因型的分析是唯一完成的分析。其 他實施方式提供的方法其中本文所公開的SNP的分析是與任何其他希望的基因組類型和 表現(xiàn)型的分析相結(jié)合的(例如在本發(fā)明公開范圍之外的其他遺傳標志的分析)。此外，可 以從只與有角/無角表現(xiàn)型相關(guān)的SNP中選擇出被分析的SNP，或者可以針對選自有角/無 角、適合度和/或生產(chǎn)力性狀的任何所希望的組合的SNP完成分析。根據(jù)本發(fā)明的這些實施方式的各個方面，一旦所選SNP的位點處的動物基因序列 已被確定，就對該信息進行評估以確定對于至少兩個所選SNP所存在的SNP等位基因。優(yōu) 選對所有測序SNP的動物等物基因互補物進行評估。最后，基于對于所評估的一個以上SNP 位置的動物基因型分配動物的用途。優(yōu)選的是，考慮到所評估的每個SNP的動物基因型處 的動物基因型來進行分配。然而，該分配可以基于所評估的SNP的任何一個或多個亞組?？梢曰谌魏魏线m標準進行分配。對于任何SNP而言，可以根據(jù)等位基因之一是 否與所需特征相關(guān)/關(guān)聯(lián)或是否與不需要的特征相關(guān)來進行決定。此外，該決定可以優(yōu)選 包括與多個標記之間的相互作用效應(yīng)相關(guān)的信息。該決定往往取決于繁殖或畜群管理目 標?？梢酝ㄟ^任何合適的方法來確定與所需表型特征相關(guān)的等位基因。這些相關(guān)性的確定 方法是本領(lǐng)域內(nèi)公知的；而且，這些方法的使用的各方面通常描述于下文“實施例”中。在本發(fā)明的許多實施方式中，與本發(fā)明的SNP相關(guān)聯(lián)的表現(xiàn)型性狀包括的但不局 限于有角/無角、適合度和生產(chǎn)力性狀。根據(jù)本發(fā)明該實施方式的各個方面，動物的使用分配可以對具有所需基因型的動物施加陽性選擇(例如，針對繁殖選擇具有所需基因型的動物)、陰性選擇具有不需要的基 因型的動物(例如，將具有不需要的基因型的動物從畜群中剔除)或這些方法的任意組合。 根據(jù)本發(fā)明的該實施方式的優(yōu)選方面，經(jīng)鑒定為具有與所需基因型相關(guān)的SNP等位基因的 動物被分配用于與該表型相一致的應(yīng)用(例如，基于與無角陽性相關(guān)的表型而分配用于繁 殖)。替代性地，沒有與所需基因型陽性相關(guān)的SNP基因型的動物不被分配用于與那些具有 與該性狀的陽性相關(guān)性的動物相同的應(yīng)用。本發(fā)明的其它實施方式提供了用于選擇潛在親本動物(即分配用于繁殖)以產(chǎn)生 具有無角表現(xiàn)型的方法。本發(fā)明的該實施方式的各個方面包括針對選自表1所述的SNP的 至少一個SNP確定至少一個動物基因型。此外，對于是否和如何將動物用作潛在親本動物 的決定可以基于該動物在包括表1所述SNP中的至少一個以上、10個以上、25個以上、50個 以上、100個以上的SNP處的基因型。而且，如同其它的使用分配類型那樣，本發(fā)明的這些實 施方式的各個方面提供了其中唯一進行的分析是對動物針對表1所述的一個以上SNP進行 基因分型的方法。這些實施方式的其它方面提供了其中將本文所公開的一個以上的SNP分 析與任何其它所需基因組分析或表型分析(例如，除本發(fā)明公開的那些遺傳標志以外的其 它任何遺傳標志的分析)組合的方法。而且，所分析的SNP均可選自僅與無角/有角相關(guān) 或僅與適合度相關(guān)或僅與生產(chǎn)力相關(guān)的那些SNP。相反地，可以對選自這些性狀或其它性狀 的任何所需組合的SNP進行分析。根據(jù)本發(fā)明的這些實施方式的各個方面，一旦所選SNP的位點處的動物基因序列 已被確定，就對該信息進行評估以確定對于至少一個所選SNP所存在的SNP等位基因。優(yōu) 選對所有測序SNP的動物等物基因互補物進行評估。另外，對動物的等位基因互補物進行 分析并將其與動物后代會表達一個以上的表型性狀的概率相關(guān)聯(lián)。最后，基于對于所評估 的一個以上SNP位置的動物基因型和動物可將所需基因型/等位基因傳給其后代的概率來 將動物分配用于繁殖應(yīng)用。優(yōu)選的是，考慮到所評估的每個SNP的動物基因型處的動物基 因型來進行繁殖分配。然而，動物的繁殖分配可以基于所評估的SNP的任何一個或多個亞 組。繁殖分配可以基于任何合適的標準進行。例如，可以進行繁殖分配以便增加增強 種群中單個特定期望特征優(yōu)于其它特征(例如，無角表現(xiàn)型)的概率；替代性地，可以進行 選擇以便基于性狀組合使總產(chǎn)量一般性地最大化。確定的分配取決于繁殖目標。屬于適合 度內(nèi)的子范疇特別包括子代妊娠率(DPR)、生產(chǎn)壽命(PL)和體細胞評分。屬于生產(chǎn)力的 子范疇特別包括乳脂百分比、乳脂產(chǎn)率、總?cè)楫a(chǎn)率、乳蛋白百分比和總?cè)榈鞍?。本發(fā)明的其它實施方式提供了生產(chǎn)后代動物的方法。根據(jù)本發(fā)明該實施方式的各 個方面，用于生產(chǎn)后代的動物是那些已根據(jù)本發(fā)明的任何實施方式分配用于繁殖的動物。 使用動物來生產(chǎn)后代的本領(lǐng)域技術(shù)人員可以進行必要的分析，或者替代性地，生產(chǎn)后代的 本領(lǐng)域技術(shù)人員可以獲得已經(jīng)由本領(lǐng)域其它技術(shù)人員分析的動物。后代可以通過任何適當 方法生產(chǎn)，所述方法包括但不限于(i)天然育種，(ii)人工授精，(iii)體外受精(IVF)或 (iv)從動物收集精液/精子和/或至少兩個卵子并讓其分別與來自第二動物的卵子或精液 /精子接觸以通過任何方式產(chǎn)生孕體。根據(jù)本發(fā)明該實施方式的優(yōu)選方面，通過包括自然繁殖的方法來產(chǎn)生后代。在 該實施方式的其它方面，通過包括使用標準人工授精(AI)、體外受精、多排卵胚胎抑制(M0ET)或其任意組合的方法來生產(chǎn)后代。本發(fā)明的其它實施方式提供了包括分配動物用于繁殖目的并從該動物收集/分 離遺傳材料的方法其中遺傳材料包括但不限于精液、精子、卵子、受精卵、血液、組織、血 清、DNA 禾口 RNA。可以理解，本發(fā)明所提供的方法和信息的最高效和有效的應(yīng)用采用計算機程序和 /或包括全部或一部分的本發(fā)明中公開的序列的可電子登入的數(shù)據(jù)庫。因此，本發(fā)明的許多 實施方式提供了包含與表格中所描述的至少一個SNP相關(guān)的全部或部分序列的數(shù)據(jù)庫。此外還可以理解，本發(fā)明所提供的方法和信息的有效分析和應(yīng)用將采用自動基因 分型；特別是當評估大量標記時?？梢允褂冒ǖ幌抻谑褂梦㈥嚵械谋绢I(lǐng)域內(nèi)已知的任 何合適方法來進行這種基因分型。本發(fā)明的其它實施方式提供了其中通過一種以上的計算機可執(zhí)行程序來登入一 個以上的SNP序列數(shù)據(jù)庫的方法。這類方法包括但不限于通過程序來使用數(shù)據(jù)庫以分析 SNP與表型性狀或其它用戶限定的性狀(例如，使用一種以上的如基因表達水平、蛋白表達 水平或化學概況等度量確定的性狀)之間的相關(guān)性，和用于分配動物用于育種或售賣的程序。本發(fā)明的其它實施方式提供了包括從已被分配用于育種的動物收集遺傳材料的 方法。其中，所述動物已通過作為本發(fā)明一部分公開的任何方法而分配用于繁殖。本發(fā)明的其它實施方式提供了用于確定樣本中存在何種SNP等位基因的診斷試 劑盒或其它診斷裝置；其中所述SNP選自表格所述的SNP。在本發(fā)明的該實施方式的各個方 面，所述試劑盒或裝置提供了有助于決定是否存在對應(yīng)于所述SNP的核酸的試劑/儀器。這 類試劑盒或裝置還可以有助于確定所存在的SNP等位基因。在本發(fā)明的該實施方式的某些 方面，所述試劑盒或裝置包含適用于DNA擴增(例如，通過聚合酶鏈式反應(yīng))的至少兩個核 酸寡核苷酸。在本發(fā)明的其它方面，所述試劑盒或裝置包含能在嚴格條件下與表格中所述 的至少一個SNP處的至少一個等位基因特異性雜交的純化核酸片段。在優(yōu)選實施方式中， 所述診斷試劑盒包含能與表1中所述的至少一個SNP處的至少一個等位基因特異性雜交的 純化核酸片段。在本發(fā)明的該實施方式的特別優(yōu)選方面，所述試劑盒或裝置包含能夠確定樣本中 所存在的表1所述的一個以上SNP的等位基因的至少一個核酸陣列(例如，DNA微陣列)。 本發(fā)明的該實施方式的優(yōu)選方面提供了能夠針對一個以上的SNP同時確定樣本中所存在 的等位基因的DNA微陣列。優(yōu)選的是，所述DNA微陣列能夠針對5個以上、25個以上、50個 以上、100個以上、200個以上、500個以上或1000個以上的SNP確定樣本中所存在的SNP 等位基因。這類陣列的制備方法是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的，且這類陣列可商購(例如，來自 Affymetrix, Santa Clara，California) 0本發(fā)明的許多實施方式包含通過鑒定與位于表1所述基因上的至少一個標記具 有等位基因相關(guān)聯(lián)的遺傳標志來鑒定與有角或無角表現(xiàn)型相關(guān)的遺傳標志的方法。根據(jù)本 發(fā)明的該實施方式的各個方面，所述方法包括a)對被懷疑為與選自表1所述SNP的標記 ~具有等位基因相關(guān)聯(lián)的遺傳標志&進行鑒定；b)確定是否是等位基因相關(guān)聯(lián)的； 其中如果至少有100只動物的種群樣本的公式1的r2 > 0. 2，那么等位基因關(guān)聯(lián)是存在的。 公式1為
一 = [fCA.BQ-fCA,)^)]2
fCAoa-fCAoxfCB^a-fCB,))其中~表示在一個基因座(表1所述的SNP)的等位基因辦表示另一個基因座 的遺傳標志；f(A1B1)表示同時具有、和的頻率；f(A:)是、在種群中的頻率；和f(B1) 是&在種群中的頻率。在本發(fā)明的該實施方式的優(yōu)選方面，81是5呢。在本發(fā)明的該實施 方式的更優(yōu)選方面提供了鑒別與選自表1所述SNP的一個或多個SNP處于連鎖不平衡的遺 傳標志。在本發(fā)明的這些實施方式的其他方面，r2值大于0. 5，大于0. 7，或者大于0. 9。本發(fā)明其他實施方式提供了有角/無角表現(xiàn)型的遺傳標志，所述遺傳標志與表1 中所描述的一個或更多個SNP是等位基因相關(guān)聯(lián)的。作為本發(fā)明該實施方式的一部分提供 的這些遺傳標志可被本領(lǐng)域熟練的技術(shù)人員所熟知的任何方法而鑒定。如果一個遺傳標志 被確定與表格1所描述的一個或更多個SNP是等位基因相關(guān)聯(lián)的，用公式1定義為，如前所 述，其中r2值大于0. 5，大于0. 7，或者大于0. 9，那么該遺傳標志應(yīng)列入本發(fā)明該實施方式 的范圍內(nèi)。本發(fā)明這些實施方式更優(yōu)選方面中，這些遺傳標志與表格1所描述的1個或更 多個SNP處于連鎖不平衡。有角/無角表現(xiàn)型的遺傳標志與表1所描述的1個或更多個SNP是等位基因相關(guān) 聯(lián)的，可以用任何本領(lǐng)域熟練的技術(shù)人員所熟知的技術(shù)來確定。舉例來說，一個基因組文庫 可以用一個對表格中所描述的任何序列的SNP的特定的探針來篩。以此方式的克隆包含了 至少一部分的序列可以被鑒定，多達300kb的3’和/或5’側(cè)翼染色體序列可以被確定。舉 另一個例子來說，表格中描述的SNP序列可用來查詢包含牛類DNA序列數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)庫，數(shù)以 百計，數(shù)以千記，或者數(shù)以百萬計的3’和/或5’側(cè)翼染色體序列的堿基將被確定。通過任 何上述方法，同表格1所描述的SNP具有等位基因相關(guān)的遺傳標志將被鑒定。本發(fā)明的其它實施方式提供了用于鑒定可能與表型變異相關(guān)的基因的方法。根據(jù) 這些實施方式的各個方面，可以通過本領(lǐng)域技術(shù)人員公知的方法來確定與特定表型變異相 關(guān)的SNP的染色體位置。一旦確定了染色體位置，就可以對疑似參與確定該表型的基因進 行分析。這類基因可以通過對該染色體的相鄰部分進行測序或通過與人類遺傳圖譜(或其 它物種的已知遺傳圖譜)的類似部分進行比較而鑒定出來。保守基因簇存在的早期實例在 ffomack(1987)中進行了綜述，其中觀察到定位至一個物種中的相同染色體的基因定位至其 它緊密相關(guān)物種中的相同染色體。隨著定位圖分辨率的改善，發(fā)表了對保守染色體區(qū)內(nèi)的 基因結(jié)合和順序的保留的報道(例如，Grosz等，1992)。更近期以來，大規(guī)模放射雜交體定 位和BAC序列已經(jīng)產(chǎn)生了人類與牛基因組之間(Everts-van der Wind等，2005)、人類基因 組與豬基因組之間(Yasue等，2006)以及脊椎動物基因組當中(Demars等，2006)的染色體 規(guī)模的比較定位預測。實施例本發(fā)明包括了以下實施例以展示本發(fā)明的一般實施方式。本領(lǐng)域技術(shù)人員應(yīng)該理 解，下文實施例中公開的技術(shù)代表了本發(fā)明人所發(fā)現(xiàn)的在本發(fā)明的實踐中很好地起作用的 技術(shù)，因而可以認為其構(gòu)成了本發(fā)明的優(yōu)選實施方式。然而，根據(jù)本公開，本領(lǐng)域技術(shù)人員 應(yīng)該理解，在不背離本發(fā)明的情況下可以在所公開的具體實施方式
中進行許多變化而仍然 獲得相似的或類似的結(jié)果。根據(jù)本公開，本文公開和要求的所有組合物和方法可以在不進行不必要的實驗的情況下制備和執(zhí)行。盡管已經(jīng)就優(yōu)選實施方式而言對本發(fā)明的組合物和方法進行了說明， 然而對于本領(lǐng)域技術(shù)人員顯而易見的是，可以在不背離本發(fā)明的概念和范圍的情況下應(yīng)用 各種變化。實施例1 鑒定奶牛的與有角/無角表現(xiàn)型相關(guān)的遺傳標志Georges等人在1993年利用微衛(wèi)星標記將澤西奶牛中的無角突變定位在牛1號染 色體近中心端(BTA01)。更為近期的工作對無角基因座進行了精細作圖，包括增加的微衛(wèi)星 標記作圖(Schmutz等 1995 ；Brenneman等 1996 ；Harlizius等 1997 ；Dr6gemt)ller等2005) 和染色體無角區(qū)基于BAC的物理圖譜的創(chuàng)建(Wunderlich等2006)。染色體無角區(qū)近中心端 基因ATP50和最遠端基因KRTAP8的染色體位置在公布的牛基因組匯編版本3. 1 (www. hgsc. bcm. tmc. edu/projects/bovine/)同引用資源相比分別相當于 0. 6Mb 和 3. 9Mb。本工作的目的是鑒定同無角特征相關(guān)聯(lián)的單核苷酸多態(tài)性(SNP)，其通過基于發(fā) 現(xiàn)一組無角和有角荷爾斯坦種牛而對BTA01基因近中心端目地區(qū)域測序而實現(xiàn)的。群體發(fā)現(xiàn)和作圖所有的DNA 樣本均采用 Qiagen Biosprint 試劑盒(Qiagen 公司，Valencia，CA)按 照操作步驟從精細胞中提取。二十四頭荷爾斯坦種公牛用作多態(tài)性發(fā)現(xiàn)組。在24頭動物 的子集中，動物將直接以有角公畜和無角仔畜相關(guān)，基于所報道的動物表現(xiàn)型，母畜被認為 是無角的。12頭無角仔畜的精液樣本從通過利用無角雌性而主要繁殖無角特征牛的兩位乳 牛繁殖者處獲得。為了吸收乳牛產(chǎn)業(yè)中優(yōu)秀基因，頂級的公畜同那些無角雌性繁殖。因此， 經(jīng)鑒定的同無角/有角特征一致的任何多態(tài)性在12頭有角公牛的一對等位基因上是純合 子，在12頭無角公牛中是雜合子(或者極少見的對第二對等位基因來說是純合子)。(假 設(shè)無角等位基因的頻率是0. 1，可計算出在該種群中發(fā)現(xiàn)純合子無角子代公牛的可能性為 10% )。PCR針對目的基因編碼區(qū)和調(diào)控元件(UTRs，假定的啟動子)來設(shè)計引物，調(diào)控元件包 括目的基因該區(qū)域內(nèi)一段平均70bp的側(cè)翼序列。通過使用梯度PCR熱循環(huán)條件來得到最 理想的引物退火溫度95°C 15分鐘；以下步驟35個循環(huán)94°C 45秒，對12個樣本從55°C 到66°C梯度溫度45秒，72°C 45秒；以及72°C 10分鐘。一旦得到一個最理想的退火溫度， 每條引物用一個標準的熱循環(huán)條件被擴增用于測序95°C 15分鐘；以下步驟35個循環(huán) 94°C 45秒，在合適的退火溫度45秒，72°C 45秒；最后的延伸步驟為72°C 10分鐘。10 u 1 PCR體系濃度為:5ng/iil基因組DNA，0. 5-每條引物(正義和反義)，1 X SIGMAJumpStart PCR Mix(Sigma-Aldrich Co.，St.Louis, M0).假定調(diào)控元件的預測在線資源WWW PromoterScan(www-bimas. cit. nih. gov/molbio/proscan/)用于掃 描目標基因內(nèi)含子和預測的調(diào)控元件的基因間序列，比如啟動子和轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合區(qū)。鑒定 的假定調(diào)控元件包含用于引物設(shè)計和目的多態(tài)性發(fā)現(xiàn)的基因編碼和調(diào)控區(qū)(UTRs)。測序采用下述方法進行測序，且所有的反應(yīng)均進行正、反兩個方向的測序。采用 10 u 1標準的PCR，其中5 yl用于瓊脂糖凝膠電泳目測確定擴增的效果，剩余的5 u 1按照 EX0-SAP-IT PCR Product Clean-up (USBcorporation, Cleveland, OH)的操作手冊進行純化。純化PCR產(chǎn)物的直接測序在9 u 1反應(yīng)體系中進行7 u 1純化PCR產(chǎn)物和2 yl 10 uM 引物，正向或反向反應(yīng)均進行，使用 ABI 3730xlAutomatedSequencer (Applied Biosystem, Foster city，CA)儀器。每個DNA樣本均產(chǎn)生正向和反向序列。使用最新版本的Phred/ Phrap(Ewing 等 1998，Ewing and Green 1998)和 Cordon (Cordon 等 1998)進行序列聯(lián)配 和多態(tài)性發(fā)現(xiàn)。通過上述測序方法發(fā)現(xiàn)的SNP被分析同基因型配對，以確定SNP是否同有角/無 角表現(xiàn)型相關(guān)/隨機。所希望的基因型特性是a)對于一個等位基因所有公牛是純合子， 并且對于其他等位基因所有子代或者為純合子(或者可能為雜合子)。表格1中所列舉的 SNP同預測的基因型特性100%—致，因此表現(xiàn)出同有角/無角表現(xiàn)型相關(guān)。實施例2 利用單核苷酸多態(tài)性以改善子代特征為改善一個種群的一個確定的特征平均遺傳優(yōu)點，同該特征具有明顯聯(lián)系的一個 或更多個標記可用于繁殖用動物的選擇。在每一個發(fā)現(xiàn)的基因座的案例中，使用帶有在種 群范圍內(nèi)同所希望表現(xiàn)型連鎖不平衡的標記等位基因(或者多標記等位基因的單倍體)的 動物，隨著時間的推移可增加該等位基因(和表現(xiàn)型)在種群中的頻率，籍此可增加種群中 該特征平均遺傳優(yōu)點。該增加的遺傳優(yōu)點可傳播至商業(yè)種群從而全面實現(xiàn)其價值。舉例來說，一個DNA測試程序方案或者如本文所描述的通過使用DNA標記生產(chǎn)精 液可以極大的改變無角等位基因在給定種群中的頻率。在子代測試程序中測試公牛的精液 可以在有角/無角基因座鑒定公牛的基因型。這條信息因影響市場對精液產(chǎn)品的需要而創(chuàng) 造價值。通常，子代測試程序利用血統(tǒng)信息和親屬動物的表現(xiàn)來選擇青年公牛作為進入程 序的候選動物。然而，通過加上有角/無角標記信息，年輕的公牛可被選擇來鑒定那些帶有 無角標記/等位基因(或者是純合子)。利用這些動物生產(chǎn)的子代動物不僅能生產(chǎn)更自然 的無角動物(因為無角是主要的)，也會提高無角等位基因在種群中的概率，下一代的親代 動物將被從中選擇出。此外，潛在公牛的母親和它們的雄性子代的DNA樣本可用表格1中的標記選擇，帶 有優(yōu)選基因型的候選公牛的母親可以用于交配以檢測公牛。若采用超數(shù)排卵和胚胎移植的 方法，每頭母牛每次沖洗過程可以生產(chǎn)5-10頭子代。接下來，遺傳標志可再次用于選擇用 作子代測試計劃候選牛的無角雄性子代，或者將來可作為公牛母親的雌性子代。利用一個SNP來預測繁殖價值和遺傳核(GN)選擇的第一步是收集所有選擇出在 遺傳核中用作繁殖者或在其他商業(yè)種群中用作繁殖者的候選子代動物的DNA。一個方法是 在每頭牛出生后立即提取少量的耳組織，毛發(fā)樣本，或者血液，裝入一個標記的(條形碼) 試管里。另一個方法是直接檢測可用于繁殖的公牛的精液。從該組織提取的DNA可用于分 析必需的不限量的SNP標記，包括表格1中所描述的有角/無角標記，在動物到達繁殖齡前 這項結(jié)果可包含進選擇決定。用于將確定為處在具有有價值的QTL等位基因的種群范圍LD(參見實施例1)中 的標記(或標記單體型)并入選擇決定的一種方法是基于經(jīng)典定量遺傳學和選擇指標理論 (Falconer 和 Mackay，1996 ；Dekkers 和 Chakraborty，2001)。為了估計標記在用于選擇的 靶標種群中的效果，可以在將標記擬合為固定效應(yīng)或作為協(xié)變量(等位基因拷貝數(shù)上的表 型回歸)時用混合動物模型來分析具有對感興趣的性狀的表型確定值的動物的隨機樣本。 可以使用來自任一個標記效應(yīng)擬合方法的結(jié)果來推導等位基因取代效應(yīng)，和相應(yīng)地推導標記的繁殖價值a = q[a+d(q-p)]a 2 =-p [a+d (q_p)]a = a+d (q-p)gA1A1 = 2 ( agAiA2 = (a !) + (a2)gA2A2 = 2 ( a 2) [等式4] [等式5] [等式6] [等式7] [等式8]其中，a工和a 2分別是等位基因1和2的平均效應(yīng)；a是等位基因取代的平均效 應(yīng)；P和q分別是等位基因種群中的頻率；a和d分別是加合性效應(yīng)和顯性效應(yīng)；gA1A1、gA1A2 和gA2A2分別是具有標記基因型A1A1、A1A2和A2A2的動物的(標記)育種值。動物的總性 狀育種值是對于所考慮的每個標記(或單體型)的育種值與殘余多基因育種值之和EBVy = Igj + Cli [等式 9]其中，EBV.j是第i只動物的估計性狀育種值，2 &是從j = 1到j(luò) = n相加的標 記育種值(其中N是受考慮的標記(單體型)的總數(shù))，而Cli是擬合標記基因型后的第i只 動物的多基因育種值?？梢詫⑦@些方法容易地擴展以估計對于多重性狀的選擇候選者的繁殖價值，對于 每個性狀的繁殖價值包括來自多個標記(單體型)的信息，均處在選擇指標理論的背景和 設(shè)定每個性狀的相對重要性的特定繁殖目標之內(nèi)。也存在其它方法用于在估計多個性狀 的繁殖價值時對標記信息進行優(yōu)化，這些方法包括負責標記和QTL之間的重組的隨機模型 (例如，F(xiàn)ernando和Grossman，1989)和對在全基因組選擇中所有發(fā)現(xiàn)的標記信息的潛在性 包括(Meuwissen等，Genetics 2001)。通過這些方法中的任何一種可以將本文報道的已被 確定處在具有有價值的QTL等位基因的種群范圍LD中的標記用于在乳品工業(yè)中提供更高 的選擇準確性、更大的遺傳改良速率和更大的價值積累。實施例3 :SNP的鑒定如果核酸序列包含至少20個連續(xù)的包含表1和2以及序列表所述的多態(tài)性和/或 與之相鄰的核苷酸，則該核酸序列含有本發(fā)明的SNP。替代性地，在其中較短的連續(xù)核苷酸 序列在?；蚪M中是獨特的情況下，可以通過包含表1和2以及序列表所述的多態(tài)性或與 之相鄰的較短的連續(xù)核苷酸片段來鑒定本發(fā)明的SNP。通常，SNP位點的特征在于其中包含 有多態(tài)位點(polymorphic site)的共有序列、多態(tài)位點的位置和多態(tài)位點處的各種等位基 因?！肮灿行蛄小笔侵笜?gòu)建為在比對的序列簇的每個核苷酸位置處一致的DNA序列。這些簇 通常用于鑒定基因座的等位基因中的SNP和得失位(Indel)(插入/缺失)多態(tài)性。共有 序列可以基于基因座處的DNA鏈，并且使用簡并代碼來描述基因座中每個SNP等位基因的 任意一個的核苷酸堿基或者兩個SNP等位基因(IUPAC代碼M代表A或C ；R代表A或G ；W 代表A或T ;S代表C或G ;Y代表C或T ;K代表G或T ;V代表A或C或G ;H代表A或C或 T ;D代表A或G或T ;B代表C或G或T ;N代表A或C或G或T ；此處采用的其它代碼包括 I代表“_”或A ;0代表“_”或C ;E代表“_”或G ;L代表“_”或T ；其中“_”是指缺失)。因 此，盡管共有序列可能不是實際DNA序列的拷貝，但共有序列可用于準確地設(shè)計用于基因 座中的實際多態(tài)性的引物和探針。
這些SNP具有如下核酸序列所述核酸序列具有與包含所述多態(tài)性或與之相 鄰的動物DNA片段的任一條鏈中相同數(shù)目的核苷酸的序列的至少90%的序列同一性 (identity)、更優(yōu)選為至少95%的序列同一性、甚至對于某些等位基因至少98%且在某些 情況下至少99%的序列同一性。這種動物DNA片段的一條鏈的核苷酸序列可見于由SEQ IDN0:1 SEQ ID NO: 148構(gòu)成的組中的序列。通過多態(tài)性的真實特性可以理解，對于某些 等位基因而言，在多態(tài)位點自身處不存在同一性。因此，可以對排除于多態(tài)性序列之外的序 列確定序列同一性。下文顯示了彼此匹配的公共牛SNP的實例經(jīng)確定，SNP ss38333809與ss38333810相同，這是因為來自各序列的41個堿基 (多態(tài)位點處于中間)與另一個完全匹配(匹配長度=41，同一性=100% )。ss38333809 :tcttacacatcaggagatagytccgaggtggatttctacaa| | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |ss38333810 :tcttacacatcaggagatagytccgaggtggatttctacaass38333809 是 SEQ ID NO: 146ss38333810 是 SEQ ID NO 147經(jīng)確定，SNP ss38333809與ss38334335相同，這是因為來自各序列的41個堿基 (多態(tài)位點處于中間)與另一個除一個堿基外均匹配(匹配長度=41，同一性=97% )。ss38333809 :tcttacacatcaggagatagytccgaggtggatttctacaa| | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |ss38334335 :tcttacacatcaggagatggytccgaggtggatttctacaass38333809 是 SEQ ID NO: 146ss38334335 是 SEQ ID NO: 148參考文獻本申請前述和后述所引用的文獻，以引用的方式并如本文中。非專利文獻Abdel-Azim,G and Freeman, AE, (2002)J. Dairy Sci. 85 :1869-1880.Blott, S.，Kim, J. J.，Moisio, S.，et al. (2003) Genetics 163 :253_266.Brenneman RA, Davis SK, Sander JO, Burns BM,Wheeler TC, Turner JW, Taylor JF (1996). The polled locus maps to BTA1 in a Bosindicus XBos Taurus cross. Journal of Heredity 87 165-161.Ciobanu, DC, Bastiaansen, JWM, Longergan, SM, Thomsen, H, Dekkers, J CM, Plastow, GS, and Rothschild, MF, (2004)j.Anim. Sci. 82 :2829_39.Cohen-Zinder, M. et al. (2005) Genome Res. 15 :936_44.Davis, GP and DeNise, SK, (1998) J. Anim. Sci. 76 :2331_39.Dekkers, JCM, and Chakraborty, R, (2001)J. Anim. Sci. 79 :2975-90.Demars J, Riquet J, Feve K, Gautier M, Morisson M, Demeure 0, Renard C, Chardon P, Milan D. (2006)，BMC Genomics,24 7-13Drogemuller c, Wohlke A, Momke s, Distl 0(2005). Fine mappingof the polled locus to a l_Mb region on bovine chromosome lql2.Mammalian Genome 16: 613-620.
Du and Hoeschele, (2000)Genetics 156:2051-62.Ducrocq,V. 1987. An analysis of length of productive life in dairycattle. Ph.D. Doss. . Cornell Univ. Ithaca, NY ；Univ. Microfilms Int. , AnnArbor, MI.Evert-van der Wind A,Larkin DM,Green CA,Elliott JS,OlmsteadCA,Chiu R, Schein JE, Mara MA, ffomack JE, Lewin HA. (2005) ProcNatl Acad Sci USA, 20 ；102(51) 18526-31.Falconer,DS,and Mackay,TFC,(1996)Introduction to QuantitativeGenetics. Harlow, UK Longman.Fernando, R, and Grossman, M, (1989)Marker assisted selectionusing being linear unbiased prediction. Genetics Selection Evolution 21 :467_77.Franco, MM, Antunes, RC, Silva, HD, and Goulart, LR(2005) J. Appl. Genet. 46(2) 195-200.Georges M,Drinkwater R,King T,Mishra A,Moore SS,Nielsen D,Sargeant LS, Sorensen A,Steele MR,Zhao X, ffomack JE, HetzelJ(1993). Microsatellite mapping of a gene affecting horn development in BosTaurus. Nature Genetics 4 :206_210.Grisart, B. et al. (2002)Genome Res. 12 :222_231.Grosz, MD, ffomack, JE, and Skow, LC(1992)Genomics, 14(4) :863_868.Harlizus B, Tammen I, Eichler K, Eggen A, Hetzel DJ(1997). Newmarkers on bovine choromosome lare closely linked to the polled gene inSimmental and Pinzgauer cattle. Mammalian Genome 8:255—257.Hayes, B, and Goddard, ME, (2001)Genet. Sel. Evol. 33 :209~229.Hayes, B, Chamberlain, A. J.，Goddard, M. E. (2006) Proc. 8thffCGALP22 (16).Kaminski, S, Ahman, A, Ruse, A, ffojeik, E, and Malewski, T(2005)JAppl. Genet. 46(1) :45_58.Kuhn, C. et al. (2004) Genetics 167:1873-81.K Wok P Y, Methods for genotyping single nucleotide polymorphisms, (2001), Annu.Rev. Genomics Hum. Genet. , 2 :235_258.Long CR, Gregory KE(1978) Inheritance of the horned scurred, andpolled condition in cattle. Journal of Heredity 69 :395_400.Meuwissen, THE, and Van Arendonk, JAM, (1992)J. Dairy Sci. 75 :1651—1659.Meuwissen, THE, Hayes, BJ, and Goddard, ME, (2001)Genetics. 157 :1819—29.Rothschild and Plastow, (1999)，AgBio TechNet 10:1-8.Schaeffer, LR(2006) J. Anim. Breed. Genet. 123 :218_223.Schmutz SM,Marquess FLS,Berryere TG, Moker JS(1995). DNAmarker assisted selection of the polled condition in Charolais cattle. Mammalian Genome 6: 710-713.Schnabel, R. et al. (2005) PNAS 102:6896-6901.Schrooten, C, Bovenhuis, H, van Arendonk, JAM, and Bijma, P (2005)J. Dairy Sci. 88 :1569-1581.
Sharma, BS, Jansen, GB, Karrow, NA, Kelton, D, and Jiang, Z, (2006)J. Dairy Sci. 89 :3653-3663.Short, TH, et al. (1997) J. Anim. Sci. 75 :3138_3142.Spelman, RJ and Bovenhuis, H, (1998)Animal Genetics,29 :77-84.Spelman, RJ and Garrick, DJ, (1998)J. Dairy Sci,81 :2942-2950.Stearn, TM, Beever, JE, Southey, BR, Ellis, M, McKeith, FK andRodrigues-Zas, SL, (2005) J. Anim. Sci. 83 :1481_93.Syvanen AC, AccessinR Renetic variation :RenotypinR sinRlenucleotide polymorphisms, (2001)Nat. Rev. Genet. 2 :930_942.VanRaden, P. M. and E. J. H. Klaaskate. 1993. J. Dairy Sci. 76 :2758_2764.Verrier, E, (2001) Genet. Sel. Evol. 33 17-38.Villanueva, B, Pong-ffong, R, Fernandez, J, and Toro, MA(2005) J. Anim. Sci. 83 1747-52.White WT, Ibsen HL(1936). Horn inheritance in Galloway-Holsteincattle crosses. Journal of Genetics 32 :33_49.Williams, JL, (2005)，Rev. Sci. Tech. Off. Int. Epiz. 24(1) :379_39Lffindig, JJ, and Meuwissen, THE, (2004) J. Anim. Breed. Genet. 121 :26_39.Winter, A. et al. (2002) PNAS, 99 :9300_9305.ffomack, J, (1987)，Dev. Genet. 8 (4) :281_293.ffunderlich KR,Abbey CA,Clayton DR, Song Y, Schein JE,GeorgesM,Coppieters ff,Adelson DL, Taylor JF,Davis SL，Gill CA(2006). A2. 5-Mb contig constructed from Angus, Longghorn and horned HerefordDNA spanning the polled interval on bovine chromosome 1. AnimalGenetics 37:592—594.Yasue H,Kiuchi S, Hiraiwa H, Ozawa A, Hayashi T, (2006), Cytogenet. Genome Res.，112(1-2) :121-125.Youngerman, SM, Saxton, AM, Oliver, SP, and Pighetti, GM, (2004)J. Dairy Sci. 87 -.2442-2448.專利文獻 表格說明下列各表格中，關(guān)于基因名稱和NCBI GenelD號的附加信息可在如下網(wǎng)址獲得表格1 提供了同本文描述的有角/無角表現(xiàn)型相關(guān)的SNP的SEQID號，每個等位 基因同無角或有角相關(guān)，以及這些SNP所在基因的NCBI GenelD。表格2 提供表格1中所列舉的SNP和SNP所在基因中的定位于5’或3’側(cè)翼DNA 之間和/或其中的全新的SNP的SEQ ID號。表格3 提供了一個包含如本文描述的同有角/無角表現(xiàn)型相關(guān)的SNP的基因列 表，和定位在種群分析內(nèi)確定的基因上的所有SNP的SEQ ID號。表格1.同無角性狀一致的SNP n. a.指不適用。表格2. BTA01上無角區(qū)內(nèi)的SNP
n. a.指不適用。表格3.含有同無角表現(xiàn)型一致的SNP的基因，和這些基因中的SNP
權(quán)利要求
一種根據(jù)動物所預測的有角/無角表現(xiàn)型來分配動物用途的方法，所述方法包括a.在一個或更多個基因座確定動物基因型；其中至少一個基因座包含一個單核苷酸多態(tài)性(SNP)，有至少兩個等位基因異型；并且其中至少一個SNP選自表1所述的SNP；b.在選自表1所述SNP的一個或更多個SNP上分析至少一個被評估動物的確定的基因型，以確定存在哪個等位基因異型；c.將經(jīng)鑒定的等位基因與有角或無角表現(xiàn)型相關(guān)聯(lián)；且d.根據(jù)動物確定的基因型分配動物用途。
2.權(quán)利要求1的方法，其中所述動物基因型在兩個或更多個基因座上被評估，所述基 因座包含選自表1所述SNP的SNP。
3.權(quán)利要求1的方法，其中所述動物基因型在兩個或更多個基因座上被評估，包括至 少一個基因座包含選自表1所述SNP的SNP。
4.權(quán)利要求1的方法，其中所述動物基因型在選自表1中SNP的一個或更多個SNP上 被評估，其中所述動物基因型在選自表2中SNP的一個或更多個SNP上被評估。
5.權(quán)利要求1的方法，其中所述動物基因型在10個或更多個SNP上被評估，包括至少 一個選自表1所述SNP的SNP。
6.權(quán)利要求3-5中任一項的方法，其中至少一個被評估的SNP與適合度相關(guān)。
7.權(quán)利要求3-5中任一項的方法，其中至少一個被評估的SNP與生產(chǎn)力相關(guān)。
8.權(quán)利要求1-7中任一項的方法包括全基因組分析。
9.一種選擇潛在親代動物用于繁殖潛在子代的方法，所述方法包括a.在一個或更多個基因座確定至少一只潛在親代動物基因型；其中至少一個基因座 包含具有至少兩個等位基因異型的單核苷酸多態(tài)性(SNP)；并且其中至少一個SNP選自表1 所述SNP ；b.針對一個或更多個選自表1所述SNP的SNP，分析至少一只被評估動物的確定的基 因型，以確定存在哪個等位基因；c.將經(jīng)鑒定的等位基因與有角或無角表現(xiàn)型相關(guān)聯(lián)；d.根據(jù)其基因型分配至少一只動物作繁殖用。
10.權(quán)利要求9的方法，其中所述潛在親代動物的基因型在1個或更多個包含選自表1 所述SNP的SNP的基因座上被評估，并且其中所述潛在親代動物的基因型在1個或更多個 包含選自表2所述SNP的SNP的基因座上被評估。
11.權(quán)利要求9的方法，其中所述潛在親代動物動物基因型在2個或更多個包含選自表 1所述SNP的SNP的基因座上被評估。
12.權(quán)利要求9的方法，其中所述潛在親代動物基因型在10個或更多個基因座上被評 估，包括至少一個基因座包含選自表1所述SNP的SNP。
13.權(quán)利要求9的方法，其中所述潛在親代動物基因型在20個或更多個基因座上被評 估，包括至少一個基因座包含選自表1所述SNP的SNP。
14.權(quán)利要求9-13中任一項的方法，其中所述潛在親代動物經(jīng)選擇以在潛在子代中傳 播無角表現(xiàn)型。
15.權(quán)利要求9-13中任一項的方法，其中所述潛在親代動物經(jīng)選擇以在潛在子代中傳 播有角表現(xiàn)型。
16.權(quán)利要求9-13中任一項的方法包括全基因組分析。
17.—種生產(chǎn)子代動物的方法，所述方法包括a)鑒定至少一只已根據(jù)權(quán)利要求1的方法被分配用于繁殖的潛在親代動物；b)按如下過程用被分配的動物生產(chǎn)子代i)自然繁殖； )人工授精；iii)體外受精；和/或iv)從動物收集精液/精子和/或至少兩個卵子并讓其分別與來自第二動物的卵子或 精液/精子接觸以通過任何方式產(chǎn)生孕體。
18.權(quán)利要求17的方法包括通過自然繁殖生產(chǎn)子代。
19.權(quán)利要求17的方法包括通過人工授精、胚胎移植和/或體外受精生產(chǎn)子代。
20.權(quán)利要求17的方法，其中所述潛在親代動物基因型在1個或更多個包含選自表1 所述SNP的SNP的基因座上被評估，并且其中所述潛在親代動物基因型在1個或更多個包 含選自表2所述SNP的SNP的基因座上被評估。
21.權(quán)利要求17的方法，其中所述潛在親代動物基因型在兩個或更多個包含選自表1 所述SNP的SNP的基因座上被評估。
22.權(quán)利要求17的方法，其中所述潛在親代動物基因型在10個或更多個基因座上被評 估，包括至少一個基因座包含選自表1所述SNP的SNP。0
23.權(quán)利要求17的方法，其中所述潛在親代動物基因型在20個或更多個基因座上被評 估，包括至少一個基因座包含選自表1所述SNP的SNP。
24.權(quán)利要求17-23中任一項的方法，其中所述潛在親代動物經(jīng)選擇以在潛在子代中 傳播無角表現(xiàn)型。
25.權(quán)利要求17-23中任一項的方法，其中所述潛在親代動物經(jīng)選擇以在潛在子代中 傳播有角表現(xiàn)型。
26.權(quán)利要求17-23中任一項的方法包括全基因組分析。
27.用于確定樣本中存在哪些等位基因的核酸陣列；其中所述陣列包含在嚴格條件下 能與選自表1所述SNP的一個或更多個SNP雜交的2條或更多條核酸序列。
28.權(quán)利要求27的陣列，其中所述陣列能針對選自表1所述SNP的至少2個或更多個 SNP中的每一個來確定存在哪個等位基因。
29.權(quán)利要求27的陣列，其中所述陣列能針對10個或更多個SNP中的每一個來確定存 在哪個等位基因，所述SNP包括至少一個選自表1所述SNP的基因座。
30.權(quán)利要求27的陣列，其中所述陣列能針對100個或更多個SNP中的每一個來確定 存在哪個等位基因，所述SNP包括至少一個選自表1所述SNP的基因座。
31.一種確定在動物中出現(xiàn)哪些等位基因的方法，所述方法包括a.提供權(quán)利要求27-30中任一項的陣列；b.用所述陣列確定動物的基因型；c.將至少一個經(jīng)鑒定的等位基因與有角或無角表現(xiàn)型相關(guān)聯(lián)；禾口d.根據(jù)其基因型分配至少一只動物用于繁殖。
32.權(quán)利要求31的方法，其中針對無角表現(xiàn)型選擇所述動物。
33.通過鑒定與選自表1所述SNP的至少一個SNP等位基因相關(guān)聯(lián)的遺傳標志從而鑒 定出與有角/無角表現(xiàn)型相關(guān)的遺傳標志的方法，所述方法包括a)對被懷疑為與選自表1所述SNP的標記A1具有等位基因相關(guān)聯(lián)的遺傳標志B1進行 鑒定；b)確定Al和Bl是否是等位基因相關(guān)聯(lián)的；其中如果至少有100只動物的種群樣本的公式1的r2 > 0. 2，那么等位基因關(guān)聯(lián)是存 在的，公式1為r2 = If(A1B1)-fCA^f(B1)]2f (A1 Xbf(A1)Xf (B1 Xl-RB1)) #其中A1表示表1所述SNP的等位基因氓表示另一個基因座的遺傳標志；MA1B1)表示 同時具有A1和B1的頻率；f (A1)是A1在種群中的頻率；和f (B1) ^B1在種群中的頻率。
34.權(quán)利要求33的方法，其中所述遺傳標志B1是SNP。
35.權(quán)利要求33的方法，其中經(jīng)鑒定的遺傳標志與選自表1所述SNP的至少一個SNP 處于連鎖不平衡。
36.權(quán)利要求33的方法，其中B1是引起與有角/無角表現(xiàn)型相關(guān)的定量或定性性狀基 因座的致因突變。
37.權(quán)利要求33的方法，其中r2> 0. 5。
38.權(quán)利要求33的方法，其中r2> 0. 9。
39.權(quán)利要求33-38中任一項的方法用于鑒定與SNP具有等位基因相關(guān)聯(lián)的遺傳標志， 所述SNP與無角表現(xiàn)型相關(guān)。
40.權(quán)利要求39的方法，其中所述遺傳標志與同無角表現(xiàn)型相關(guān)的SNP處于連鎖不平
41.
42.
43.權(quán)利要求39的方法，其中經(jīng)鑒定的所述遺傳標志是致因突變。
44.一種根據(jù)動物預測的有角/無角表現(xiàn)型用于分配動物用途的方法，所述方法包括a.在一個或更多個基因座上確定動物的基因型；其中至少一個基因座包含遺傳標志， 有至少兩個等位基因異型；并且其中至少一個遺傳標志位于表3所描述的基因內(nèi)；b.在位于表3所述的基因內(nèi)的一個或更多個SNP基因座上分析至少一只被評估動物所 確定的基因型，以確定存在哪個等位基因異型；c.將經(jīng)鑒定的等位基因與有角或無角表現(xiàn)型相關(guān)；并且d.根據(jù)動物確定的基因型分配動物用途。
45.權(quán)利要求44的方法，其中在含有位于表3所述基因內(nèi)的遺傳標志的兩個或更多個 基因座上評估所述動物的基因型。
46.權(quán)利要求44的方法，其中在兩個或更多個基因座上評估動物基因型，包括至少一 個含有位于表3所述基因內(nèi)的遺傳標志的基因座。
47.權(quán)利要求44的方法，其中所述遺傳標志是多態(tài)性。
48.權(quán)利要求47的方法，其中所述遺傳標志是單核苷酸多態(tài)性(SNP)。
49.權(quán)利要求44的方法，其中在兩個或更多個基因座上評估所述動物的基因型，其中 至少一個基因座包含位于表3所述基因內(nèi)的遺傳標志。4
50.權(quán)利要求49的方法，其中至少一個被評估的遺傳標志與適合度相關(guān)。
51.權(quán)利要求49的方法，其中至少一個被評估的遺傳標志與生產(chǎn)力相關(guān)。
52.權(quán)利要求44-51中任一項的方法包括全基因組分析。
53.一種選擇潛在親代動物用于繁殖潛在子代的方法a.在一個或更多個基因組基因座上確定至少一只潛在親代動物的基因型；其中至少 一個基因座包含位于表3所述的基因內(nèi)的遺傳標志；b.針對一個或更多個遺傳標志分析至少一只被評估動物的確定的基因型，以確定存在 哪個等位基因；c.將經(jīng)鑒定的等位基因與有角或無角表現(xiàn)型相關(guān)聯(lián)；并且d.根據(jù)其基因型分配至少一只動物作繁殖用。
54.權(quán)利要求53的方法，其中所述遺傳標志是多態(tài)性。
55.權(quán)利要求54的方法，其中所述多態(tài)性是單核苷酸多態(tài)性(SNP)。
56.權(quán)利要求53的方法，其中在兩個或更多個基因座上評估所述潛在親代動物的基因 型，其中至少一個基因座含有位于表3所述基因內(nèi)的遺傳標志。
57.權(quán)利要求56的方法，其中在10個或更多個基因座上評估所述潛在親代動物基因 型，其中至少一個基因座含有位于表3所述基因內(nèi)的遺傳標志。
58.權(quán)利要求53-56中任一項的方法，其中所述潛在親代動物經(jīng)選擇用于在潛在子代 中傳播無角表現(xiàn)型。
59.權(quán)利要求53-56中任一項的方法，其中所述潛在親代動物經(jīng)選擇用于在潛在子代 中傳播有角表現(xiàn)型。
60.權(quán)利要求53-56中任一項的方法包括全基因組分析。
61.一種生產(chǎn)潛在子代動物的方法，所述包括a.鑒定至少一只已根據(jù)權(quán)利要求53的方法被分配用于繁殖的潛在親代動物；b.通過包括以下在內(nèi)的過程由已分配的親代動物生產(chǎn)子代動物i)自然繁殖； )人工授精；iii)體外受精；和/或iv)從動物收集精液/精子和/或至少兩個卵子并讓其分別與來自第二動物的卵子或 精液/精子接觸以通過任何方式產(chǎn)生孕體。
62.權(quán)利要求61的方法包含通過自然繁殖生產(chǎn)子代。
63.權(quán)利要求61的方法包含通過人工授精、胚胎移植和/或體外受精生產(chǎn)子代。
64.權(quán)利要求61的方法，其中所述遺傳標志是多態(tài)性。
65.權(quán)利要求61的方法，其中所述遺傳標志是單核苷酸多態(tài)性(SNP)。
66.一種通過鑒定與位于表3所述基因上的至少一個標記具有等位基因相關(guān)聯(lián)的遺傳 標志來鑒定與有角或無角表現(xiàn)型相關(guān)的遺傳標志的方法，所述方法包括a.對被懷疑為與選自表3所述SNP的標記A1具有等位基因相關(guān)聯(lián)的遺傳標志B1進行 鑒定；b.確定A1和B1是否是等位基因相關(guān)聯(lián)的；其中如果至少有100只動物的種群樣本的公式1的r2 > 0. 2，那么等位基因關(guān)聯(lián)是存在的，其中公式1為r2 = If(A1B1)-^AQf(B1)]2RA1 )(1-F(A1)Xf (B1 Xl-RB1)) #其中A1表示表3所述SNP的等位基因氓表示另一個基因座的遺傳標志；MA1B1)表示 同時具有A1和B1的頻率；f (A1)是A1在種群中的頻率；和f (B1) ^B1在種群中的頻率。
67.權(quán)利要求66的方法，其中所述遺傳標志B1是SNP。
68.權(quán)利要求66的方法，其中經(jīng)鑒定的遺傳標志與位于表3所述基因中的至少一個 SNP處于連鎖不平衡。
69.權(quán)利要求66的方法，其中Bl是引起與有角/無角表現(xiàn)型相關(guān)的定量或定性性狀基 因座的致因突變。
70.權(quán)利要求66的方法，其中r2> 0. 5。
71.權(quán)利要求66的方法，其中r2> 0. 9。
72.權(quán)利要求66-71中任一項的方法用于鑒定與SNP具有等位基因相關(guān)聯(lián)的遺傳標志， 所述SNP與無角表現(xiàn)型相關(guān)。
73.權(quán)利要求72的方法，其中所述遺傳標志與同無角表現(xiàn)型相關(guān)的SNP處于連鎖不平
74.權(quán)利要求73的方法，其中經(jīng)鑒定的遺傳標志是致因突變。
75.一種利用基因表達選擇?？苿游锏姆椒ǎ龇椒òㄒ韵虏襟Ea.獲得所述動物的樣本；b.分析所述樣本的基因表達；和c.根據(jù)基因表達分析分配所述動物的用途；其中所述基因選自表3所描述的基因。
76.權(quán)利要求75的方法，其中所述基因表達在轉(zhuǎn)錄水平通過mRNA分析進行測量。
77.權(quán)利要求75的方法，其中所述基因表達在翻譯水平通過所述樣本的蛋白含量分析 進行測量。
78.權(quán)利要求77的方法，其中采用選自蛋白印跡分析、多克隆抗體測試、單克隆抗體測 試、蛋白電泳、蛋白分析試驗、微陣列、免疫組織化學、競爭性分析試驗和酶分析試驗和酶聯(lián) 免疫吸附試驗(ELISA)的測試分析蛋白含量。
79.權(quán)利要求77的方法，其中所述蛋白含量用包含抗體的膠體金免疫層析測試分析。
80.權(quán)利要求77的方法，其中所述蛋白含量用酶聯(lián)免疫吸附試驗(ELISA)分析。
81.用于確定在樣本中存在至少10個多態(tài)性中的哪一個等位基因的核酸陣列；其中所 述核酸陣列包含了在嚴格的條件下能與選自表1和2所述多態(tài)性的一個或更多個多態(tài)性雜 交的一條或更多條核酸序列。
82.權(quán)利要求81的核酸陣列，其中所述陣列包含選自表1和表2所述多態(tài)性的兩個或 更多個多態(tài)性。
83.權(quán)利要求82的核酸陣列，其中所述陣列包含選自表1和表2所述多態(tài)性的五個或 更多個多態(tài)性。
84.權(quán)利要求83的核酸陣列，其中所述包含選自表1和表2所述多態(tài)性的10個或更多 個多態(tài)性。
85.一種在一個或更多個基因座評價動物基因型的方法，其中至少一個基因座包含了 選自表1和表2所述多態(tài)性的多態(tài)性。
86.權(quán)利要求85的方法包括在10個或更多個基因組基因座評估動物的基因型。
87.權(quán)利要求85的方法，其中所述動物基因型在10個或更多個基因座被評估，包括至 少兩個基因座包含選自表3和序列表所述多態(tài)性的多態(tài)性。
88.權(quán)利要求85的方法，其中所述動物基因型在20個或更多個基因座被評估，包括至 少兩個基因座包含選自表3和序列表所述多態(tài)性的多態(tài)性。
89.權(quán)利要求85-88中任一項的方法包括全基因組分析。
90.分離的核酸序列，所述核酸分子含有選自表1&2和序列表所述序列的序列的17個 或者更多個毗連的核苷酸；其中所述核酸包含至少一個表1和表2以及序列表所述的多態(tài) 性核苷酸。
91.分離的核酸序列，所述核酸序列包含能在嚴格條件下與權(quán)利要求90的核酸序列雜 交的序列。
全文摘要
本發(fā)明的實施方式提供了改善所需的動物性狀，包括牛科動物的有角/無角表現(xiàn)型在內(nèi)的方法。同時提供了就關(guān)于與無角、適合度和/或生產(chǎn)力性狀有關(guān)聯(lián)的多個標記確定乳用動物基因型的方法。本發(fā)明還提供了選擇或分配動物用于預定的用途，例如子代確定或核心畜群繁殖的方法，提供了挑選潛在親本動物用于繁殖的方法，提供了生產(chǎn)經(jīng)改良的子代動物的方法。本發(fā)明還提供了鑒定與無角、適合度和/或生產(chǎn)力性狀相關(guān)的遺傳標志的方法，所述無角、適合度和/或生產(chǎn)力性狀與本文所公開的SNP是等位基因相關(guān)聯(lián)的。
文檔編號C12Q1/68GK101883869SQ200880119095
公開日2010年11月10日 申請日期2008年9月24日 優(yōu)先權(quán)日2007年10月3日
發(fā)明者尼古拉斯·J·尼辛格, 愛德華·J·卡吉爾, 邁克爾·D·格羅斯 申請人:美國輝瑞有限公司