專利名稱：補(bǔ)體調(diào)控基因中預(yù)測年齡相關(guān)性黃斑變性的變體的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本申請涉及預(yù)測年齡相關(guān)性黃斑變性的個體遺傳易感性的方法。
對政府資助的致謝
本發(fā)明受美國政府資助、依據(jù)國立衛(wèi)生研究院授權(quán)號EY 13435 (RA) 和EY 11515 (GSH),并在來自國立癌癥研究所、國立衛(wèi)生研究院的聯(lián)邦 基金(合約號NO1-CO-124000 )協(xié)助下部分由美國政府機(jī)構(gòu)完成。美國 政府擁有本發(fā)明的某些權(quán)利。
背景技術(shù)：
年齡相關(guān)性黃斑變性(AMD)是影響黃斑的退化性眼疾病，所述黃斑 為提供精確視覺的中央視網(wǎng)膜的光感受器富集區(qū)。AMD導(dǎo)致通常僅維持 周邊視覺完整的中央視覺突然惡化。AMD M達(dá)國家中不可逆失明的最 常見形式。該疾病通常表現(xiàn)為一只眼睛的中央視覺下降，隨后在數(shù)月或數(shù) 年內(nèi)另一只眼睛的中央視覺類似地喪失。該疾病的臨床病征包括黃斑中存 在沉積物(玻璃疣)。
盡管是主要的公共衛(wèi)生負(fù)擔(dān)，但對AMD病原學(xué)和發(fā)病機(jī)理的了解仍 很少。許多研究已指出在AMD的病理生物學(xué)中具有炎癥(Anderson等 (2002) Am. J. Ophthalmol. 134:411-31; Hageman等(2001 ) Prog. Retin.Eye Res. 20:705-32; Mullins等(2000) Faseb J. 14:835-46; Johnson等 (2001 ) Exp. Eye Res. 73:887-96; Crabb等(2002) Proc. Natl. Acad. Sci. 美國99: 14682-7; Bok， D. (2005) Proc. Natl. Acad. Sci.美國102:7053-4)。 補(bǔ)體途徑的功能異常可誘導(dǎo)對黃斑細(xì)胞的重大旁觀損傷，導(dǎo)致萎縮、變性 和脈絡(luò)膜新生血管膜的復(fù)雜化，與在其他補(bǔ)體介導(dǎo)的疾病過程中發(fā)生的損 傷類似(Hageman等(2005) Proc. Natl. Acad. Sci.美國102:7227-32; Morgan和Walport (1991 ) Immunol. Today 12:301- 6; Ki畫hita (1991) Immunol. Today 12:291-5; Holers和Thurman (2004) Mol. Immunol. 41:147-52)。該疾病可能具有強(qiáng)大的遺傳貢獻(xiàn)。例如，F(xiàn)BLN6、 ABCA4和 APOE基因的變體已顯示為危險因子。近來，發(fā)現(xiàn)補(bǔ)體因子H基因(CFH) 的變體與發(fā)生AMD的危險增加相關(guān)，所述補(bǔ)體因子H基因編碼補(bǔ)體旁路 的主要抑制因子(Haines等(2005) Science 308:419-21; Klein等(2005) Science 308:385-9; Edwards等(2005) Science 308:421-4; Hageman等 (2005) Proc. Natl. Acad. Sci.美國102:7227-32)。
由于該疾病的患病率和可得到的有限治療，需要鑒定發(fā)生AMD危險 的受試者的方法。
概述
已鑒定了對年齡相關(guān)性黃斑變性(AMD )呈保護(hù)性的多態(tài)性和基因型。 提供方法用于鑒定發(fā)生AMD危險增加的受試者。這些方法包括但不局限 于，分析受試者的因子B (BF)和/或補(bǔ)體組分2 (C2)基因，并確定所述 受試者是否具有至少一種保護(hù)性多態(tài)性。此類保護(hù)性多態(tài)性的實例包擬a ) BF (rs641153)中的R32Q; (b) BF (rs4151667)中的L9H; (c) C2 (rs547154)中的IVS10;和(d) C2 (rs9332739)中的E318D?；蛘撸?可以通過在受試者中檢測蛋白質(zhì)變體來實施方法。如果受試者不具有至少 一種保護(hù)性多態(tài)性，所述受試者發(fā)生AMD的危險增加。在該方面的一個 實施方案中，對受試者CFH基因進(jìn)行進(jìn)一步的分析。在一些實施方案中， 可以在CFH基因座處分析受試者的基因型來確定所述受試者是否具有至少一種保護(hù)性基因型。在一個實施方案中，可以在BF或C2基因座處和 CFH基因座處分析受試者的基因型來確定所述受試者是否具有至少一種 保護(hù)性基因型。如此后公開的，在若干實例中，知道受試者的多態(tài)性是純 合的還是雜合的將是有益的。
保護(hù)性基因型的實例包括U) BF (rs641153)中雜合的R32Q多態(tài) 性；(b) BF (rs4151667)中雜合的L9H多態(tài)性；(e ) C2 ( rs547154 )中 雜合的IVS 10多態(tài)性；(d) C2 ( rs9332739 )中雜合的E318D多態(tài)性；(e ) CFH中純合的delTT多態(tài)性；(f) BF ( rsl048709 )中純合的R150R多態(tài) 性；和(g)CFH中純合的Y402。如果受試者不具有至少一種保護(hù)性基因 型，所述受試者發(fā)生AMD的危險增加。
本發(fā)明提供評估人受試者中黃斑變性或其他補(bǔ)體介導(dǎo)疾病發(fā)生或可能 i^艮的危險的方法。本方法的基礎(chǔ)是某些遺傳特征與補(bǔ)體相關(guān)疾病(在該 情況下是年齡相關(guān)性黃斑變性)的危險或保護(hù)性表型的遺傳聯(lián)合研究得到 的發(fā)現(xiàn)。本發(fā)明的方法包括步驟從人受試者中獲得生物學(xué)樣品，并通過 本領(lǐng)域已知的任何有效技術(shù)分析樣品以確定所述受試者是否攜帶一種或多 種
BF基因rs641153處的A或G，其翻譯成人BF蛋白質(zhì)第32位的R
或Q;
BF基因rs4151667處的A或T,其翻譯成人BF蛋白質(zhì)第9位的L或
H;
C2基因rs547154處的G或T,其位于內(nèi)含子10內(nèi)； C2基因rs9332379處的C或G，其翻譯成人C2蛋白質(zhì)第318位的E 或D;
BF基因rsl048709處的A或G，其翻譯成第150位的R; CFH基因中的ddTT;和
CFH基因rsl06U70處的C或T,其翻譯成人CFH蛋白質(zhì)第402位 的Y或H。
在某些實施方案中，分析樣品以確定受試者是否攜帶一種或多種BF基因rs641153處的A或G，其翻譯成人BF蛋白質(zhì)笫32位的R
或Q;
BF基因rs4151667處的A或T，其翻譯成人BF蛋白質(zhì)第9位的L或
H;
C2基因rs547154處的G或T，其位于內(nèi)含子10內(nèi)；和 C2基因rs9332379處的C或G，其翻譯成人C2蛋白質(zhì)第318位的E 或D。
在一些實施方案中，樣品是易得到的體液，如血液或血液成分，或尿。 當(dāng)在DNA或mRNA水平上完成評估時，需要微孔材料以能夠從受試者細(xì) 胞中檢測基因型。
在一些實施方案中，受試者可能已診斷為患有包括AMD、早期AMD、 脈絡(luò)膜新生血管形成(CNV)或地圖樣萎縮(GA)的疾病。在一個實施 方案中，受試者具有所述疾病的癥狀，例如早期黃斑變性癥狀如玻璃疾的 發(fā)生。 一些受試者可能呈現(xiàn)玻璃疣的發(fā)生。受試者可能無黃斑變性或其他 補(bǔ)體相關(guān)疾病的癥狀，在該情況下，分析基本上提供篩選方法，其通常可 以在全體群體或在認(rèn)為處于危險增加的某一部分群體上(如具有補(bǔ)體相關(guān) 疾病家族史的個體)完成。然而，其他受試者可能處于獲得AMD高危險 中。在一個實施方案中，受試者具有Y402H SNP。
因此，在另一方面，本發(fā)明提供用于評估人受試者中黃斑變性或其他 補(bǔ)體介導(dǎo)疾病發(fā)生或可能i^艮的危險的試劑盒。試劑盒包括用于在來自受 試者的樣品中檢測的試劑集合，所述受試者具有一種或多種，優(yōu)選兩種或 多種上面列出的多態(tài)性或等位變體。它可能包含設(shè)計為使用本領(lǐng)域已知的 任何方法檢測變體的寡核苷酸，通常為標(biāo)記的寡核苷酸。試劑盒可能包括， 例如當(dāng)靶標(biāo)是多態(tài)性或特異結(jié)合蛋白質(zhì)(例如，單克隆抗體，其特異性識 別并結(jié)合目的蛋白質(zhì)的等位變體，作為從樣品中獲得相關(guān)遺傳/蛋白質(zhì)組學(xué) 信息的基礎(chǔ))時，用于擴(kuò)增目的多核普酸序列的PCR引物。在優(yōu)選的實 施方案中，試劑盒包含固定在固體支持物上的寡核苷酸。
根據(jù)方式，試劑盒(用于鑒定發(fā)生年齡相關(guān)性黃斑變性(AMD)的危險增加的受試者)中的組分將包括用于檢測受試者中至少一種保護(hù)性多態(tài) 性的一種或多種試劑。此類試劑允許檢測至少一種保護(hù)性多態(tài)性，所述保
護(hù)性多態(tài)性包括(a) BF ( rs641153 )中的R32Q; (b) BF ( rs4151667 ) 中的L9H; ( c) C2 ( rs547154)中的IVS 10;和(d) C2 ( rs9332739)中 的E318D。此類試劑盒中的試劑可包括檢測保護(hù)性多態(tài)性的一種或多種寡 核苷酸。試劑盒的其他組分可包括用于擴(kuò)增耙序列的一種或多種試劑，其 中所述耙序列包含一種或多種保護(hù)性多態(tài)性。在一些版本的試劑盒中，一 種或多種寡核苷酸固定在固體支持物上。
在相關(guān)方面，本發(fā)明提供用于鑒定發(fā)生AMD的危險增加的受試者的 微陣列。在其他方面，本發(fā)明提供包含寡核苷酸探針的微陣列，所述寡核 苷酸探針能夠在嚴(yán)格條件下與一個或多個具有保護(hù)性多態(tài)性的核酸分子雜 交。此類保護(hù)性多態(tài)性的實例包括(a ) BF ( rs64U53 )中的R32Q; ( b ) BF (rs4151667)中的L9H; (c) C2 ( rs547154 )中的IVS 10;和(d) C2 (rs9332739)中的E318D。此類微陣列還可包含能夠在嚴(yán)格條件下與 一個或多個具有保護(hù)性多態(tài)性的其他核酸分子雜交的寡核苷酸探針，所述 多態(tài)性包括，例如(a ) CFH中的delTT多態(tài)性；(b) BF中的R150R多 態(tài)性；和(c ) CFH中的Y402H多態(tài)性。
公開的上述內(nèi)容，以及其他特征和優(yōu)點將通過以下幾個實施方案的詳 細(xì)描述變得更明顯。 序列
4吏用核苷酸威基的標(biāo)準(zhǔn)字母縮寫和如在37 C.F.R. 1.822中定義的氨基 酸三字母密碼表示所附序列表中列出的核 列和M^列。顯示了每 一核,列的僅一條鏈，但應(yīng)當(dāng)明白通過參考所示鏈也包括互補(bǔ)鏈。此處 引用的所有序列數(shù)據(jù)庫登錄號應(yīng)理解為意指在指定日期通過可得到的所述 登錄號鑒定的序列版本。在所附序列表中
SEQ ID NO: 1基于具有refSNP ID:rs641153的SNP,于2006年1月 30日(2006年1月5日校訂)通過NCBI可得到所述refSNPID:rs641153。 該SNP在核苷酸第22位具有A或G,在BF基因中產(chǎn)生R32Q變體(在氨基酸第32位谷氨酰胺取代精氨酸)。R32Q提供的序列為 CCACTCCATGGTCTTTGGCCCRGCCCCAGGGATCCTGCTCTCT ， 其中R-A或G (SEQIDNO:l)。
SEQ ID NO: 2顯示具有refSNP ID:rs4151667的SNP，于2006年1 月30日(2006年1月5日校訂)通過NCBI可得到所述refSNP ID:rs4151667。該SNP在核苷酸第26位具有A或T，在BF基因中產(chǎn)生 L9H變體(在氨基酸第9位組氨酸取代亮氨酸)。rs4151667提供的序列為 ATGGGGAGCAATCTCAGCCCCCAACRCTGCCTGATGCCCTTTATC TTGGGC，其中R-A或T (SEQIDNO: 2)。
SEQ ID NO:3基于具有refSNP ID:rs547154的SNP，于2006年1月 30日(2006年1月5日校訂)通過NCBI可得到所述refSNP ID:rs547154。 該SNP在C2基因的內(nèi)含子10中核普酸第23位具有G或T。 rs547154提 供的序列為 GAGGAGCCCGCCAGAGGCCCGTRTTGGGAACCT GGACACAGTGCCC，其中R為G或T。 ( SEQ ID NO:3 )。
SEQ ID NO:4顯示具有refSNP ID:rs9332739的SNP，于2006年1月 30日(2006年1月5日校訂)通過NCBI可得到所述refSNP ID:rs9332739。 該SNP在核苷酸第26位具有C或G，在C2基因中產(chǎn)生E318D變體(在 氨基酸第318位天冬氨酸取代谷氨酸)。rs9332739提供的序列為 ACGACAACTCCCGGGATATGACTGARGTGATCAGCAGCCTGGAA AATGCCA，其中R為C或G ( SEQ ID NO:4 )。
SEQ ID NO:5顯示具有refSNP ID: rsl048709的SNP,于2006年1 月30日(2006年1月5日校訂)通過NCBI可得到所述refSNP ID: rsi048709。該SNP在BF基因中核苷酸第26位具有A或G。該SNP不 引起第150位的氨基酸改變(R150R)。
rsl048709提供的序列為
GATCTGTG,其中R為A或G ( SEQ ID NO:5 )。
SEQ ID NO:6和7顯示delTT多態(tài)性序列。所述ddTT多態(tài)性是2bp 插入/缺失多態(tài)性。序列如下CCTTGCTATTACATACTAATTCATAACTTTTTTTTTCGTTTTAGAAAGGCCCTGTGGACA ( SEQ ID NO:6 );和
AAGGCCCTGTGGACA ( SEQ ID NO:7 )。
SEQ ID NO:8顯示具有refSNP ID: rsl061170的SNP，于2006年1 月30日(2006年1月5日校訂)通過NCBI可得到所述refSNP ID: rsl061170。該SNP在內(nèi)含子9的核苷酸第1277位(以下序列中核苷酸第 26位)具有C或T,在CFH基因產(chǎn)生Y402H變體(在氣基酸第訓(xùn)2位組 氨酸取代酪氨酸 )。rsl061170提供的序列為
GGGTAA，其中R為C或T (SEQ ID NO:8 )。
SEQ ID NO:9顯示具有9H & 32R的完整BF辱基酸序列 ，
<formula>formula see original document page 10</formula>
vvdvcknqkr qkgvpahard fhinlfqvlp wlkeklgded lgfl (SEQ ID NO:9) SEQ ID NO:10顯示具有9L & 32Q的完整BF氨基酸序列mgsnlspqlc vcpsgfypyp ynvsdeisfh yrledsvtyh
t iegv<3aedg asygvkpa:yg
dyldvyvfgv vwehrkgtdy vggekrdlei
qyapgydlcvk wdvcknqkr
lmpfilglls ggvtttpwsl aqpqgscsle gveikggsfir llqeggaley
vgt;rtcrstg swstlktgdg ktvrkaecra ihcpxphdfe rxgeywprspy
cydgytlrgs anrtcqvngr" wsgqtaicdn gagycsnpgi pigtrkvgsq
csrgltlrgs grrtcgeggs wsgtepscgd sfmydtpqev aeaflsslte
hgpgeqgkr丄k ivldpsgs眼 iylvldgsds igasnftgak kclvnliekv lvtyatypki wvkvseadss nadwvtkcjln einyedhklk sgtntkkalg dvppegwr12rt rhviilmtdg lhnmggdpi t videirdlly igkc3:cknp:re gplvngvnin alaskkdneq hvfkvkdi^en ledvfygmid esqslslcgm hkqpwqakis virpskghes cmgavvseyf vltaahcftv dcikehsikvs evvlfhpriyn ingkkeagip efydydvali klknklkygq tirpiclpct ptttcqgqke ellpaqdika Ifvseeekkl trkevyikng dkkgscerda disewtprf lctggvspya dpntcrgdsg gplivhJorsr fiqygviswg qkgvpahard fhinlfgvlp wlkeklgdec3 lgfl (SEQ ID NO: 10)
SEQ ID NO:ll顯示具有9H & 32Q的完整BF氨基酸序列
mgsnlspghc lmpfilglIs ggvtttpwsl agpggscsle gveikggsfr llqeggaley
vgtrtcrstg swstlktgdq ktvrkaecra ihcpxphdfe ngeywprspy
cydgytlrgs anrtcqvngr wsggtaicdn gagycsnpgi pig仁rkvgsq
csrgltlrgs grrtcqeggs wsgtepscqd sfmydtpgev aeaflsslte
hgpgeqqkrjk ivldpsgsmn iylvldgsds igasnftgaJc kclvnliekv lvtyatypki vrvkvseadss nadwvtkqln einyedhklk sgtntkkalcj dvppegwmrt rhvi丄lmtd3 lhnmggdpit videiirdlly igkdrknpre gplvnqvnin alaskkdneq hvfkvkdmen ledvfyqmid esqslslcgm hkgpwcjakis virpskghes crngawseyf vltaahcftv ddkehsikvs evvlfhpnyn ingkkeagip efydydvali klknklkygq tixpiclpct ptttcgqgke ellpagdika lfvseeekkl trkevyikng dkkgscerda disewtp:rf lctggvspya dpntcrgdsg gplivhkrsir fiqygviswg qkqvpahaxd fhinlfqvlp wlkeklqded lgfl (SEQ ID NO :11)
SEQ ID NO:12顯示具有318D的完整C2 M酸序列
Tn犯lmvlfcl lflypglads apscpqrivni sggtftlshg wapgslltys cpqg]Lypspa
srlckssgqw qtpgatrsls kavckpvaccp apvsfengiy tprlgsypvg gnvsfecedg
filrgspv:rg crpngmwdge tavcdngagh cprapgislga vrtgfrfghg dkvryrcssii
lvltgssere cggngvwsgt epicrqpysy dfpedvapal gtsfshmlga tnptgktkes
Igrkiqiqrs ghlnlyllld csqsvsendf lifkesaslm vdrifsfein vsvaiitfas
epkvlmsvln dnsrdmtdvi sslenanykd heng.tgtiity aalnsvylmm nnqmrllsme
tmawqeirha iilltdgksn mggspktavd hireilninq krndyldiya igvgkldvdw
relnelgskk dge:rhafilg dtkalhqyfe hmldvskltd ticgvgnmsa nasc3qe:rtpw
vcpsgfypyp ynvscieisf h
avysmmswpd
vwehrkgtdy vggekrdlei egttJralrlp qyapgydkvk wdvckriqkr1hvtikpksqe tergalisdg wvltaahcfr dgndhslwrv nvgdpksqwg kefliekavi spgfdvfakk nqgilefygd diallklagk vkmstharpi clpctmeanl alrxpggstc rdhenellnk gsvpahfval ngsklninlk mgvewtscae wsqektmfp nltdvrewt dqflcsgtqe despekgesg gavflerrfr ffqvglvswg lynpclgsad knsrkraprs kvppprdfhi nlfrmqpwlr qhlgdvlnfl pi (SEQ ID NO:12)
SEQ ID NO: 13顯示具有32Q的9 BF氨基紗列wsl叫pqgs (SEQ ID NO:13)。
SEQ ID NO: 14顯示具有9H的9 BF氨基財列l(wèi)spqhclmp (SEQ ID NO:14)。
SEQ ID NO: 15顯示具有318D的7 C2 ^&斷列dmtdvis (SEQ ID NO:15)。
附圖簡述


圖1是BF和C2中SNP的簡圖和單元型分析。^9f究中所用的SNP 與組合病例(CAS)和對照(CON)中的預(yù)測單元型、讓步比(OR)、 P 值(P)和頻率一同顯示。對于H7， 95%的置信區(qū)間為(0.33-0.61)并且 對于H10為(0.23-0.56)。遺傳(黑猩猩)單元型命名為Anc。已對具有 單元型H2( NCBI登錄號AL662849,如2006年2月8日獲得)、H5( NCBI 登錄號AL645922和NCBI登錄號NG—004658，如2006年2月8日獲得) 和H7 (NCBI登錄號NG—000013，如2006年2月8日獲得)的樣品進(jìn)行 測序，并且在C2或BF基因中無額外的非同義變體存在(Stewart等(20(H) Genome Res. 14:1176-87 )。
圖2顯示組合的補(bǔ)體基因分析。個體SNP分析揭示了 SNP的幾種可 能組合，其保護(hù)個體免于發(fā)生AMD。為了檢測這些，首次使用了經(jīng)驗?zāi)?型。圖2A顯示圖解模型，解釋為給出將保護(hù)免于AMD的基因型的四種 可能組合。這些是(1) rs64U53 (R32Q)為G/A并且rsl061170 (Y402H) 為C/T; (2 ) rs547154為G/A并且rsl061170為C/C; (3 )rs4151667( L9H) 為T/A并且rsl061170為C/T; (4 ) rs4151667是T/A并且rsl061170是 C/C。該模型的應(yīng)用引起圖2B中顯示的Iowa、 Columbia和組合組各自的分布。這些分布進(jìn)行Fisher精確檢測并顯示P值為P = 0.00237、 P = 4.28x 108和p = 7.90x10"°。為了比較目的，Exemplar軟件生成了保護(hù)性模型， 其使用稱為Genetic Algorithms的機(jī)器研究方法為數(shù)據(jù)提供"最佳擬合"。 在圖2C中描述了得到的最佳表現(xiàn)模型。該模型描述了保護(hù)免于AMD的 基因型的四種可能的單個基因型或基因型組合；即，導(dǎo)致模型"真實"的 組合。這些基因型是(1) rsl048709 ( R150R)為G/G并且rsl061170為 C/C;或(2 ) rs547154為G/A;或(3 ) rs4151667為T/A;或(4 ) CFH 內(nèi)含子1變體為delTT。圖2D中顯示Iowa、 Columbia和組合組的才莫型表 現(xiàn)。這些分布分別顯示P值為P = 0.00237、P = 4.28 x l(T8和P = 7.90 xlO 10。 圖3顯示BF (圖3A)、 Ba (全長因子B的片段)(圖3B )和沿視網(wǎng) 膜色素上皮(RPE)-脈絡(luò)膜(CH)復(fù)合物(處于來自患有早期AMD的 72歲供體不固定眼的切片中)的C3 (圖3C)的免疫定位?？笲F抗體 (Quidel;反應(yīng)產(chǎn)物為紅色)標(biāo)記玻璃疣(D)，特別是沿它們的邊緣、 玻璃膜和脈絡(luò)膜基質(zhì)。抗Ba抗體(Quidel;反應(yīng)產(chǎn)物為紫色)標(biāo)記玻璃 膜和RPE伴隨斑點。注意BF的分布與C3的分布相似。RPE細(xì)胞質(zhì)和脈 絡(luò)膜中的棕色填色是因為黑色素的緣故。玻璃膜(BM);視網(wǎng)膜(R)。
發(fā)明詳述
此處提供的是序列多態(tài)性，發(fā)現(xiàn)其賦予針對年齡相關(guān)性黃斑變性 (AMD)的保護(hù)性效應(yīng)。這些多態(tài)性包括在因子B (BF)和補(bǔ)體組分2 (C2)基因中發(fā)現(xiàn)的那些多態(tài)性。保護(hù)性多態(tài)性也包括CFH基因中的 delTT多態(tài)性。鑒定具有這些多態(tài)性的受試者及具有近期發(fā)現(xiàn)的危險單元 型(補(bǔ)體因子H (CFH)基因中的Y402H)的受試者將幫助診斷處于AMD 遺傳危險中的那些受試者。
術(shù)語
提供術(shù)語和方法的以下解釋以更好地描述^/>開內(nèi)容并在^L^開內(nèi)容 的實踐過程中指導(dǎo)本領(lǐng)域的普通技術(shù)人員。單數(shù)形式"一個"和"該"指一個或多于一個，除非本文清楚地另有說明。例如，術(shù)語"包括核酸"包 括單個或兩個以上核酸并認(rèn)為等同于短語"包括至少一個核酸"。術(shù)語"或" 指確定的備選元素的單一元素或兩個或更多個元素的組合，除非本文清楚
地另有說明。如此處所用，"包含"意為"包括"。因此，"包含A或B" 意為"包括A、 B或A和B"，不排除其他元素。例如，短語"突變或多 態(tài)性"或"一種或多種突變或多態(tài)性"意為突變、多態(tài)性或其組合，其中 "一種，，可以指多于一種。
本公開內(nèi)容的實踐或檢測中，但是下文描述了合適的方法和材料。該材料、 方法和實施例僅用作說明并不旨在限制。
除非另行指出，根據(jù)常規(guī)用法使用技術(shù)術(shù)語。可以在Benjamin Lewin， Genes V， Oxford University Press出版，1994 (ISBN 0-19-854287-9); Kendrew等(編輯)，The Encyclopedia of Molecular Biology, Blackwell Science Ltd.出版，1994 (ISBN 0-632-02182-9);和Robert A. Meyers (編輯)， Molecular Biology and Biotechnology: a Comprehensive Desk Reference, VCH Publishers, Inc.出版，1995 (ISBN 1-56081-569-8)中發(fā)現(xiàn)分子生物學(xué) 中常見術(shù)語的定義。
年齡相關(guān)性黃斑變性醫(yī)學(xué)病癥，其中黃斑中的光感覺細(xì)胞功能異常 并隨時間停止工作。在黃斑變性中疾病的最終形式導(dǎo)致中央(視力讀出部 分)的視力喪失或模糊。視力的外部外周部分保持完好。AMD進(jìn)一步分 為"干澀的"或非滲出性形式，和"濕潤的"或滲出性形式。85到卯％的 病例分類為"干澀"黃斑變性，其中脂肪組織(已知如玻璃疣)將在視網(wǎng) 膜后慢慢積累。干澀黃斑變性中的典型損傷是地圖樣萎縮。10到15%的病 例涉及視網(wǎng)膜下的異常血管生長。這些病例由于血液和其他流體從視網(wǎng)膜 后面滲漏到眼睛里而被稱為"濕潤"黃斑變性。濕潤黃斑變性通常以干澀 形式開始。如果允許繼續(xù)而不加以治療，它通常會徹底破壞黃斑的結(jié)構(gòu)和 功能。脈絡(luò)膜新生血管形成是視網(wǎng)膜的視網(wǎng)膜色素上皮(RPE)層下面的 異常血管發(fā)生。對濕潤黃斑變性的醫(yī)學(xué)、光動力、激光凝固和激光治療是可利用的。
AMD的危險因素包括衰老、吸煙、家族史、對日光尤其是藍(lán)光的暴露、 高血壓、心血管危險因素如高膽固醇和肥胖癥、高脂才IUV、氧化應(yīng)激和種 族。
AMD是特征為補(bǔ)體旁路級聯(lián)失調(diào)的疾病的實例，其也包括膜性增生 性腎小球腎炎(MPGN)和發(fā)生主動脈動脈瘤的傾向。此處描述用于檢測 發(fā)生AMD危險增加的方法也可用于檢測特征為補(bǔ)體旁路級聯(lián)失調(diào)的其他 疾病(例如，MPGN)的增加危險。
等位基因占據(jù)染色體上指定基因座(位置)的相同基因許多可變DNA 編碼中的任何一個(有時術(shù)語指非基因序列)。該基因的個體基因型將是它 恰巧具有的一組等位基因。在每一條染色體具有兩拷貝的生物(二倍體生 物)中，兩個等位基因組成個體的基因型。在二倍體生物中，當(dāng)基因的兩 個拷貝相同時-即，具有相同的等位基因-說它們對那個基因而言是純合 的。具有基因的兩個不同等位基因的二倍體生物稱為雜合的。
如此處所用，"檢測等位基因"的方法可稱作"基因分型、確定或鑒定 等位基因或多態(tài)性"，或任何類似的短語。實際檢測的等位基因?qū)⒃谑茉囌?基因組DNA中是明顯的，但也可以從RNA或蛋白質(zhì)序列(從該區(qū)域轉(zhuǎn)錄 或翻譯的)檢測得到。
擴(kuò)增增加樣品中核酸分子拷貝數(shù)的技術(shù)的使用。體外擴(kuò)增的實例是 聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)，其中從受試者中獲得的生物學(xué)樣品與一對寡核 苷酸引物在允許引物與樣品中核酸分子雜交的IH牛下接觸。引物在適當(dāng)條 件下延伸，從模板上解離并然后重退火、延伸并解離來增加核酸分子的拷 貝數(shù)?？梢酝ㄟ^此類技術(shù)如電泳、限制性核酸內(nèi)切酶切割模式、寡核苷酸 雜交或連接，和/或核酸測序?qū)U(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行表征。
擴(kuò)增方法的其他實例包括如美國專利號5,744,311中公開的鏈置換擴(kuò) 增；如美國專利號6，033，881中公開的無轉(zhuǎn)錄等溫擴(kuò)增；如PCT
發(fā)明者A·M·戈爾德, G·S·哈格曼, M·C·迪安, R·L·阿利科麥茨 申請人:愛荷華大學(xué)研究基金會;紐約市哥倫比亞大學(xué)信托人;美國國立衛(wèi)生研究院