專利名稱：：Hoxb13基因?qū)Π┌Y的重要性的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
：本發(fā)明涉及作為癌癥表型指示的基因表達(dá)的檢測(cè)。更具體地說(shuō)，HoxB13(同源異形框B13)基因的表達(dá)增強(qiáng)表明侵襲性的癌癥表型。本發(fā)明提供了作為侵襲性表型以及升高的細(xì)胞遷移性和/或移動(dòng)性指示因子的HoxB13基因表達(dá)水平的檢測(cè)方法。本發(fā)明還涉及測(cè)定HoxB13基因的表達(dá)以輔助臨床診斷和治療以及確定對(duì)象的預(yù)后。發(fā)明概述本發(fā)明涉及作為特定癌癥表型指示因子的基因表達(dá)水平的檢測(cè)。本發(fā)明的基礎(chǔ)部分在于這樣一種現(xiàn)象，即HoxB13基因表達(dá)水平的升高表明是侵襲性的癌癥表型，并且細(xì)胞的遷移性和/或移動(dòng)性增強(qiáng)。本發(fā)明還證明HoxB13基因表達(dá)水平?jīng)]有升高就表明不存在侵襲性的表型。HoxB13序列的表達(dá)水平與是否存在侵襲性表型之間的對(duì)應(yīng)性還可用于對(duì)象的診斷及治療措施的選擇。另外，這種對(duì)應(yīng)性可用于確定對(duì)象可能的預(yù)后或疾病結(jié)局(outcome)。侵襲性表型的非限定性例子包括原發(fā)性腫瘤塊擴(kuò)展到周?chē)M織，其細(xì)胞作為轉(zhuǎn)移瘤的一部分侵入到不同類型的組織內(nèi)。在某些實(shí)施方式中，本發(fā)明適用于人，如患有或疑似患有癌癥的人。在某些特殊實(shí)施方式中，本發(fā)明適用于乳腺癌對(duì)象。本發(fā)明的起源包括檢測(cè)終末導(dǎo)管小葉單位的正常細(xì)胞內(nèi)HOXB13的表達(dá)，終末導(dǎo)管小葉單位是乳腺癌起源的人乳腺的解刨學(xué)亞結(jié)構(gòu)。這說(shuō)明同源異形框蛋白在乳腺發(fā)育及生理中扮演重要角色。利用任何合適的技術(shù)可以檢測(cè)這種正常細(xì)胞內(nèi)HoxB13基因的表達(dá)水平。這種正常細(xì)胞內(nèi)的表達(dá)水平可以看作是正常值，作為對(duì)照用于比較本文所述的相同類型的非正常細(xì)胞或異常細(xì)胞(如，癌細(xì)胞)和/或組織內(nèi)的表達(dá)水平。另外，特定類型的正常細(xì)胞或組織內(nèi)的表達(dá)水平可作為參照用于比較異源的非正常或異常細(xì)胞，只要已確定適于這種用途。本發(fā)明的基礎(chǔ)部分還在于這樣一種現(xiàn)象，即HOXB13在細(xì)胞內(nèi)的異位表達(dá)可賦予細(xì)胞體外侵襲性和遷移性，這說(shuō)明HOXB13對(duì)腫瘤在體內(nèi)的侵襲和轉(zhuǎn)移有貢獻(xiàn)。反應(yīng)性細(xì)胞內(nèi)的EGF或膠原的存在可刺激侵襲性和/或遷移性特征的潛能升高。在第一方面，本發(fā)明提供了通過(guò)確定HoxB13基因表達(dá)水平升高或高于正常值從而將一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞鑒定或分類為侵襲性和/或遷移性潛能升高的方法。這包括轉(zhuǎn)移到對(duì)象不同部位和/或不同組織(其中包括細(xì)胞)的潛能。通過(guò)比較同一類型的正常細(xì)胞和/或組織表達(dá)的相對(duì)水平可以確定潛能升高或高于正常值。一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞可存在于患有或疑似患有癌癥的對(duì)象來(lái)源的生物標(biāo)本內(nèi)。在本發(fā)明的某些實(shí)施方式中，癌癥是乳腺癌。在某些實(shí)施方式中，癌細(xì)胞內(nèi)HoxB13基因的表達(dá)水平與同一類型的正常細(xì)胞或同一組織的正常細(xì)胞比較；一個(gè)非限定性的例子是乳腺癌細(xì)胞內(nèi)的表達(dá)與正常乳腺細(xì)胞內(nèi)的表達(dá)比較?？赏ㄟ^(guò)與HoxB13表達(dá)的其它合適測(cè)量值相比較來(lái)確定HoxB13的表達(dá)水平是否升高。其中包括與其它對(duì)象或一群這類對(duì)象同一類型的癌細(xì)胞內(nèi)HoxB13的表達(dá)水平相比較。在某些實(shí)施方式中，對(duì)象是患有同一種癌癥但未發(fā)生癌癥轉(zhuǎn)移或復(fù)發(fā)的一群人。通過(guò)對(duì)這類對(duì)象或這類對(duì)象群的樣品，如固定的樣品，進(jìn)行回顧性分析就可以很容易地完成這項(xiàng)工作。還可以與未發(fā)生轉(zhuǎn)移或癌癥復(fù)發(fā)的對(duì)象的細(xì)胞樣品內(nèi)表達(dá)水平的HoxB13表達(dá)水平數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)比較。另外一種比較方法是與HoxB13表達(dá)的閾值水平來(lái)比較，在該水平或該水平以上表明轉(zhuǎn)移、侵襲和/或遷移的可能性增加。因此，本發(fā)明可用于將一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞鑒定或分類為侵襲前細(xì)胞，和/或侵襲和/或遷移潛能升高的細(xì)胞，如轉(zhuǎn)移到其它部位。因而可將這些細(xì)胞來(lái)源的對(duì)象鑒定為具有潛能升高的侵襲前癌細(xì)胞的對(duì)象。另外，本發(fā)明可用于將一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞鑒定為侵襲性細(xì)胞。在某些實(shí)施方式中，一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞是得自于對(duì)象的原發(fā)癌細(xì)胞，如原發(fā)乳腺癌細(xì)胞。本發(fā)明的這一方面可用作對(duì)象原發(fā)癌細(xì)胞侵襲潛能或轉(zhuǎn)移潛能的早期預(yù)測(cè)因子或指示因子。它還可用作癌癥復(fù)發(fā)可能的預(yù)測(cè)因子或指示因子，如癌癥還未復(fù)發(fā)的對(duì)象。復(fù)發(fā)可能是未檢測(cè)到的轉(zhuǎn)移或微小轉(zhuǎn)移的結(jié)果，這些轉(zhuǎn)移在后來(lái)被確定為癌癥復(fù)發(fā)，不論是局部的、區(qū)域的，還是遠(yuǎn)端的。在另一方面，檢測(cè)HoxB13的表達(dá)水平可與結(jié)節(jié)狀況聯(lián)合作為侵襲或轉(zhuǎn)移潛能的組合預(yù)測(cè)因子。因此，本發(fā)明可用于確定1)至少有一處原發(fā)癌的對(duì)象是否患有向一個(gè)或多個(gè)淋巴結(jié)擴(kuò)散的癌癥，以及2)原發(fā)癌一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞內(nèi)HoxB的表達(dá)水平。如果一個(gè)對(duì)象是“淋巴結(jié)陰性的”(淋巴結(jié)處未檢測(cè)到癌癥)，并且癌細(xì)胞內(nèi)的HoxB13表達(dá)水平很高或者高于正常值，那么這種癌細(xì)胞被鑒定為具有升高的侵襲、遷移和/或轉(zhuǎn)移潛能。但是，本發(fā)明并不限于這一種組合評(píng)價(jià)方法，因?yàn)椤敖Y(jié)節(jié)陽(yáng)性”與HoxB13表達(dá)水平升高的組合也預(yù)示侵襲、遷移和/或轉(zhuǎn)移的潛能。如上面和本文所闡釋，鑒定樣品的一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞內(nèi)HoxB13基因的表達(dá)水平有升高或位于正常值以上可用于確定該細(xì)胞和/或樣品具有侵襲性表型。標(biāo)本可以是患有癌癥或疑似患有癌癥，如乳腺癌，的對(duì)象來(lái)源的生物標(biāo)本所包含的細(xì)胞。細(xì)胞還可以是被鑒定為非典型性細(xì)胞或癌前細(xì)胞。在某些實(shí)施方式中，標(biāo)本來(lái)自于患有或疑似患有癌癥如乳腺癌的對(duì)象。在某些情況下，癌癥的存在是已知的，本發(fā)明用于確定這種癌癥，如乳腺癌，是否具有侵襲性表型。在其它實(shí)施方式中，利用外科手術(shù)，如某些乳腺癌對(duì)象所進(jìn)行的手術(shù)，所得到的含細(xì)胞的樣品通過(guò)本發(fā)明的方法來(lái)確定乳腺癌是否具有侵襲性表型，從而判斷轉(zhuǎn)移(局部、區(qū)域或遠(yuǎn)端)的可能性或潛能是否升高。本發(fā)明的方法特別適用于對(duì)表皮生長(zhǎng)因子(EGF)、胰島素、糖皮質(zhì)激素和霍亂內(nèi)毒素具有反應(yīng)性從而在EGF和其它因子存在的情況下細(xì)胞的侵襲和/或遷移特性增強(qiáng)的細(xì)胞。任何合適的方法都可用于確定細(xì)胞對(duì)EGF的反應(yīng)性，其中包括檢測(cè)所述細(xì)胞所表達(dá)的EGF受體。EGF受體表達(dá)、突變的EGF受體表達(dá)以及EGF受體基因擴(kuò)增的檢測(cè)方法是大家所熟知的，其中包括而不限于檢測(cè)受體mRNA的表達(dá)、受體蛋白的表達(dá)、受體基因的擴(kuò)增以及其表達(dá)與EGF受體相關(guān)的一個(gè)或多個(gè)基因的表達(dá)的方法。這些方法可與本文所描述的方法聯(lián)合使用，將細(xì)胞鑒定為因HoxB13基因的表達(dá)水平升高且陽(yáng)性EGF受體的表達(dá)水平升高而成為在EGF存在的情況下侵襲性增強(qiáng)的細(xì)胞。本發(fā)明的方法包括通過(guò)測(cè)定HoxB13基因相應(yīng)的表達(dá)的核酸分子或表達(dá)的多肽分子來(lái)確定HoxB13基因的表達(dá)水平。因此，基于檢測(cè)核酸分子或多肽分子的轉(zhuǎn)錄或翻譯水平以及穩(wěn)定性的測(cè)定方法可用于實(shí)現(xiàn)本發(fā)明。本發(fā)明可通過(guò)檢測(cè)轉(zhuǎn)錄自HoxB13基因的任何序列的表達(dá)來(lái)實(shí)現(xiàn)。HoxB13基因的脫甲基化是指示HoxB13表達(dá)的DNA狀態(tài)的因子，其測(cè)定方法也可以應(yīng)用。因此，本發(fā)明可通過(guò)檢測(cè)表達(dá)自HoxB13基因的核酸或多肽部分來(lái)實(shí)施。2003年9月19日提交的美國(guó)專利申請(qǐng)06/504,087、2003年12月2日提交的美國(guó)專利申請(qǐng)10/727,100以及2004年2月6日提交的美國(guó)專利申請(qǐng)10/773,761描述了檢測(cè)基因表達(dá)、表達(dá)在HoxB13基因的轉(zhuǎn)錄子上的HoxB13序列表達(dá)的多種方法(這三個(gè)申請(qǐng)都已通過(guò)參考納入本文，這就好像完全列出一樣)，這些方法可用于實(shí)施本發(fā)明。簡(jiǎn)言之，利用雜交介導(dǎo)的檢測(cè)方法(例如，但不限于以微芯片、磁珠或顆粒為基礎(chǔ)的技術(shù))或定量PCR介導(dǎo)的檢測(cè)方法(例如，但不限于實(shí)時(shí)PCR和逆轉(zhuǎn)錄酶PCR)可檢測(cè)全部或部分HoxB13轉(zhuǎn)錄子的表達(dá)，這兩種檢測(cè)方法都是非限定性的例子。相應(yīng)的，通過(guò)檢測(cè)上述三個(gè)申請(qǐng)所描述的全長(zhǎng)或部分HoxB13核酸和/或多肽序列以及本領(lǐng)域所熟知的或在本領(lǐng)域的知識(shí)范圍內(nèi)的序列的表達(dá)可實(shí)施本發(fā)明。應(yīng)當(dāng)注意的是，正如這些申請(qǐng)中所描述的，HoxB13的表達(dá)水平在他莫西芬治療反應(yīng)性的或敏感性的乳腺癌細(xì)胞內(nèi)降低，而在他莫西芬治療耐藥的或不敏感的乳腺癌細(xì)胞內(nèi)升高。在另外一個(gè)方面，本文所描述的方法可用于將樣品中的一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞鑒定或分類為侵襲和/或遷移潛能未升高的細(xì)胞，其根據(jù)是HoxB13基因的表達(dá)水平未升高或者與同一類型的正常細(xì)胞和/或組織的表達(dá)水平相比未升高。這類方法也可用于將一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞鑒定為非侵襲性的或侵襲前的細(xì)胞，因而其侵襲和/或遷移潛能未升高。在另外一個(gè)方面，本發(fā)明的方法可用于癌癥對(duì)象的輔助診斷和治療。本文所描述的方法可用于建立一種診斷對(duì)象體內(nèi)的癌癥是侵襲性的或者是非侵襲性的方法，如侵襲性的或非侵襲性的乳腺癌，其中含細(xì)胞的樣品取自該對(duì)象，用于測(cè)定HoxB13的表達(dá)水平。在非侵襲性分類的乳腺癌中，本發(fā)明的方法可用于建立一種侵襲和/或遷移潛能升高的侵襲前癌癥如侵襲前乳腺癌的診斷方法。以乳腺癌作為非限定性例子，本發(fā)明可利用被鑒定為ADH或DCIS的細(xì)胞將其確定為侵襲和/或遷移潛能升高的侵襲前細(xì)胞，例如IDC所見(jiàn)的情況。更常見(jiàn)的是，本發(fā)明的方法用于診斷或鑒定細(xì)胞，其中包括將未知轉(zhuǎn)移潛能是否升高的癌細(xì)胞或癌前細(xì)胞鑒定為轉(zhuǎn)移前細(xì)胞和/或轉(zhuǎn)移潛能升高的細(xì)胞。HoxB13表達(dá)水平的測(cè)定可作為分析含細(xì)胞樣品或標(biāo)本的標(biāo)準(zhǔn)臨床病理學(xué)方法所使用的免疫組化技術(shù)(和/或熒光原位雜交)的一部分來(lái)進(jìn)行。因而可根據(jù)診斷結(jié)果選擇合適的治療措施，并且根據(jù)HoxB13表達(dá)水平的檢測(cè)情況來(lái)使用這些治療措施。根據(jù)本文所描述的含細(xì)胞樣品中HoxB13表達(dá)水平的檢測(cè)結(jié)果，本發(fā)明的方法可用于確認(rèn)或否定對(duì)對(duì)象所作出的其癌癥為侵襲性癌癥的診斷結(jié)果，例如侵襲性乳腺癌或轉(zhuǎn)移潛能升高的乳腺癌。確認(rèn)或否定可以是對(duì)基于標(biāo)準(zhǔn)臨床病理學(xué)技術(shù)(未檢測(cè)HoxB13的表達(dá))，如對(duì)對(duì)象的含細(xì)胞樣品的免疫組化檢查和視檢，而作出的初步診斷結(jié)果的確認(rèn)或否定。因此，本發(fā)明提供了一種改進(jìn)的方法，該方法在參考根據(jù)以前的方法所作出的癌癥侵襲性的測(cè)定結(jié)果的基礎(chǔ)上能夠獲得更準(zhǔn)確的診斷結(jié)果。根據(jù)診斷結(jié)果，這種診斷結(jié)果的依據(jù)全部或部分來(lái)自于HoxB13基因的表達(dá)水平，對(duì)治療措施進(jìn)行的選擇包括避免采用或去除不可能帶來(lái)益處的某些治療措施。其中一個(gè)非限定性的例子是，將對(duì)象準(zhǔn)確診斷為患有侵襲性癌癥或具有轉(zhuǎn)移潛能的癌癥而不是非侵襲性癌癥可為選擇更積極的治療措施而不是采用較保守的治療措施使癌癥更惡化提供支持。另外，對(duì)非侵襲性癌癥的準(zhǔn)確診斷可用于支持選擇較保守的治療措施，這樣就可以使對(duì)象避免發(fā)生因采用更積極的治療措施而帶來(lái)的不適和不期望的副作用。在本發(fā)明的另一方面，本發(fā)明提供了根據(jù)本文所描述的HoxB13基因的表達(dá)水平來(lái)確定對(duì)象預(yù)后的方法。在這個(gè)方面，HoxB13的表達(dá)水平與癌癥侵襲性的對(duì)應(yīng)性和癌癥侵襲性與對(duì)象預(yù)后或疾病結(jié)果相關(guān)的信息有關(guān)，因此，HoxB13的表達(dá)水平可作為預(yù)后或疾病結(jié)局的指示因子。在非限定性例子中，預(yù)后和/或疾病結(jié)局包括預(yù)期壽命、經(jīng)過(guò)不同的時(shí)間后癌癥復(fù)發(fā)的可能性以及癌癥侵襲和/或轉(zhuǎn)移到對(duì)象其它組織或其它部位的可能性。本發(fā)明還提供了作為對(duì)象臨床或醫(yī)療護(hù)理一部分的本發(fā)明的用途。其它臨床方法包括基于本文所描述的HoxB13表達(dá)水平的檢測(cè)結(jié)果來(lái)為對(duì)象提供醫(yī)療護(hù)理所涉及的那些方法。在某些實(shí)施方式中，這些方法與基于HoxB13表達(dá)水平而提供的診斷服務(wù)有關(guān)，其中涉及或不涉及對(duì)表達(dá)水平的意義或應(yīng)用的解釋。在某些實(shí)施方式中，提供本發(fā)明的診斷服務(wù)的方法可在確定需要該服務(wù)前進(jìn)行。在其它實(shí)施方式中，這些方法包括在監(jiān)測(cè)服務(wù)的執(zhí)行情況時(shí)所采取的動(dòng)作以及在要求或接受執(zhí)行服務(wù)的賠償時(shí)所采取的動(dòng)作。對(duì)本發(fā)明的一個(gè)或多個(gè)實(shí)施方式的詳細(xì)描述列于下文的附圖和說(shuō)明書(shū)中。從附圖和詳細(xì)描述以及權(quán)利要求中可以了解本發(fā)明的其它特征和優(yōu)點(diǎn)。附圖簡(jiǎn)述圖1描述的是乳腺細(xì)胞在正常情況(N，n＝45)、DCIS(n＝42)和IDC(n＝29)情況下的HoxB13基因表達(dá)值的相對(duì)水平。誤差棒表示95％的置信區(qū)間。圖2顯示的是HOXB13mRNA的原位雜交結(jié)果。DIG11UTP標(biāo)記的RNA探針與(i)正常終末導(dǎo)管小葉單位(200倍放大)、(ii)原位導(dǎo)管癌(400倍放大)和(iii)侵襲性導(dǎo)管癌(400倍放大)的人乳腺上皮反義雜交，與(iv)侵襲性導(dǎo)管癌(400倍放大)的人乳腺上皮正義雜交。插入的圖代表每個(gè)視野放大1000×?xí)r所選擇的一個(gè)區(qū)域。L、S和T分別表示小葉、間質(zhì)和腫瘤。圖3描述的是異位表達(dá)HOXB13的細(xì)胞的遷移試驗(yàn)結(jié)果。圖中顯示的是每個(gè)20×視野中遷移穿過(guò)跨孔濾膜的細(xì)胞的平均數(shù)(+/-三個(gè)復(fù)孔的標(biāo)準(zhǔn)差)。EGF表示存在表皮生長(zhǎng)因子。插入的圖代表MCF10A細(xì)胞內(nèi)HOXB13的異位表達(dá)情況；逆轉(zhuǎn)錄PCR分析只具有pBABE載體(1道)或HOXB13(2道)的表達(dá)構(gòu)建物所表達(dá)的HOXB13。誤差棒代表一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)差。星號(hào)*表示與對(duì)照細(xì)胞相比P＜0.05。圖4描述的是異位表達(dá)HOXB13的細(xì)胞的侵襲試驗(yàn)結(jié)果。圖中顯示的是發(fā)生侵襲的細(xì)胞的平均數(shù)。EGF表示存在表皮生長(zhǎng)因子。誤差棒代表一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)差。星號(hào)*表示與對(duì)照細(xì)胞相比P＜0.05。圖5描述的是MCF10A細(xì)胞和異位表達(dá)HOXB13的MCF10A細(xì)胞的二維形態(tài)學(xué)。圖6描述的是MCF10A細(xì)胞內(nèi)HoxB13的異位表達(dá)可增強(qiáng)細(xì)胞通過(guò)EHS(Engelbroth-Holm-Swarm)肉瘤來(lái)源的細(xì)胞外基質(zhì)組分發(fā)生EGF刺激的遷移的能力。圖7描述的是MCF10A細(xì)胞內(nèi)HoxB13的異位表達(dá)可增強(qiáng)細(xì)胞通過(guò)EHS(Engelbroth-Holm-Swarm)肉瘤來(lái)源的細(xì)胞外基質(zhì)組分發(fā)生EGF刺激的侵襲的能力。圖8描述的是在存在或不存在合成的二聚物(AP1510)的情況下ANIO細(xì)胞內(nèi)HoxB13的表達(dá)可增強(qiáng)細(xì)胞的遷移能力。AM代表試驗(yàn)介質(zhì)；coll代表膠原。實(shí)現(xiàn)本發(fā)明的模式的詳細(xì)描述本發(fā)明提供了確定細(xì)胞內(nèi)HoxB13表達(dá)水平升高與侵襲和/或遷移特性的表型之間關(guān)系的方法，這些表型包括在患有原發(fā)癌的對(duì)象的其它組織或其它部位形成癌癥的轉(zhuǎn)移潛能表型。這種特性的非限定性例子包括細(xì)胞移動(dòng)性和/或遷移性增強(qiáng)、穿過(guò)細(xì)胞外基質(zhì)或基底膜的侵襲和/或遷移能力，如體內(nèi)或在膠原存在的情況下的那些特性。這些特性還可以被認(rèn)為是侵襲和/或轉(zhuǎn)移的可能性升高，或者成為侵襲性瘤和/或轉(zhuǎn)移瘤的能力。因此，本發(fā)明提供了第一方法用于將一個(gè)或多個(gè)樣品細(xì)胞鑒定或分類成侵襲和/或遷移潛能升高的細(xì)胞，這是通過(guò)確定所述一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞內(nèi)HoxB13基因的表達(dá)水平來(lái)實(shí)現(xiàn)的，其中表達(dá)水平相對(duì)升高或位于正常水平之上說(shuō)明所述一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞的轉(zhuǎn)移、侵襲和/或遷移潛能升高。HoxB13表達(dá)水平相對(duì)升高的量可通過(guò)與HoxB13的其它表達(dá)水平相比較而確定，如HoxB13在其它對(duì)象或?qū)ο笕旱募?xì)胞內(nèi)的表達(dá)水平。這些細(xì)胞可以是非癌性細(xì)胞，也可以是癌細(xì)胞，其中包括那些可導(dǎo)致癌轉(zhuǎn)移或侵襲的細(xì)胞或者那些不會(huì)導(dǎo)致癌轉(zhuǎn)移或侵襲的細(xì)胞。當(dāng)然，這種比較可在兩種相同類型的組織之間進(jìn)行，如乳腺癌對(duì)乳腺組織，或者乳腺癌對(duì)乳腺癌。在某些實(shí)施方式中，是與其它對(duì)象或這種對(duì)象群的同一類型的癌細(xì)胞內(nèi)的HoxB13表達(dá)水平相比較，其中同一類型的癌卻不具有相同的轉(zhuǎn)移、侵襲和/或轉(zhuǎn)移表型，如本文所描述。利用對(duì)象的癌固定樣品可以很容易地進(jìn)行這種比較，其中對(duì)象的后繼病程和臨床結(jié)局是已知的。這種后繼臨床病史的非限定性例子包括轉(zhuǎn)移或癌癥復(fù)發(fā)。這種樣品內(nèi)的表達(dá)水平可被當(dāng)作參考水平，新樣品、試驗(yàn)樣品或未知樣品內(nèi)的HoxB13表達(dá)水平可與之比較。這些參考表達(dá)水平可形成數(shù)據(jù)庫(kù)，新樣品、試驗(yàn)樣品或未知樣品內(nèi)的表達(dá)水平與之比較。數(shù)據(jù)庫(kù)也可包括后來(lái)未發(fā)生癌轉(zhuǎn)移或復(fù)發(fā)的對(duì)象樣品的參考表達(dá)水平。這些表達(dá)水平也可在實(shí)現(xiàn)本發(fā)明時(shí)用于和新樣品、試驗(yàn)樣品或未知樣品內(nèi)的HoxB13表達(dá)水平相比較，其中水平相同預(yù)示著可能產(chǎn)生相同的結(jié)果。在其它非限定性實(shí)施方式中，發(fā)生或未發(fā)生后繼轉(zhuǎn)移或癌癥復(fù)發(fā)的對(duì)象的參考表達(dá)水平都可用于形成HoxB13表達(dá)水平的閾值，在這個(gè)閾值以上就表示存在轉(zhuǎn)移、侵襲和/或遷移的可能性升高的情況。本發(fā)明提供了第二種方法用于將一個(gè)或多個(gè)樣品細(xì)胞鑒定或分類成侵襲性的細(xì)胞，這是通過(guò)確定所述一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞內(nèi)HoxB13基因的表達(dá)水平來(lái)實(shí)現(xiàn)的，其中表達(dá)水平位于正常水平之上說(shuō)明所述一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞是侵襲性的。本發(fā)明提供了第三種方法用于將一個(gè)或多個(gè)樣品細(xì)胞鑒定或分類成侵襲性的細(xì)胞，這是通過(guò)確定所述一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞內(nèi)HoxB13基因的表達(dá)水平來(lái)實(shí)現(xiàn)的，其中所述的細(xì)胞是EGF反應(yīng)性的，表達(dá)水平位于正常水平之上說(shuō)明所述一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞在EGF存在的情況下是侵襲性的。在某些實(shí)施方式中，細(xì)胞表達(dá)蛋白性的EGF受體，本發(fā)明的方法包括檢測(cè)用于測(cè)定HoxB13表達(dá)的細(xì)胞上的蛋白受體。本發(fā)明提供了第四種方法用于將一個(gè)或多個(gè)樣品細(xì)胞鑒定或分類成侵襲和/或遷移潛能未升高的細(xì)胞，其中包括在原發(fā)癌對(duì)象的其它組織或部位發(fā)育成癌的轉(zhuǎn)移潛能表型，這是通過(guò)確定所述一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞內(nèi)HoxB13基因的表達(dá)水平來(lái)實(shí)現(xiàn)的，其中表達(dá)水平正?；蛭挥谡Ｋ街抡f(shuō)明所述一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞的轉(zhuǎn)移、侵襲和/或遷移潛能未升高。因此，通過(guò)與上述第一方法相結(jié)合，本發(fā)明提供了將一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞鑒定或分類為具有轉(zhuǎn)移到其它組織內(nèi)的潛能的方法。這種方法包括確定所述一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞內(nèi)的HoxB13基因的表達(dá)水平，其中表達(dá)水平位于正常水平以上說(shuō)明所述的一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞的轉(zhuǎn)移潛能升高，表達(dá)水平正常或位于正常水平之下說(shuō)明轉(zhuǎn)移的潛能未升高或者下降。本發(fā)明提供了第五種方法用于確定對(duì)象的預(yù)后，這是通過(guò)測(cè)定從所述對(duì)象獲得的生物標(biāo)本內(nèi)的一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞的HoxB13表達(dá)水平來(lái)實(shí)現(xiàn)的，其中表達(dá)水平位于正常水平以上說(shuō)明所述對(duì)象發(fā)生侵襲性癌的可能上升，HoxB13表達(dá)水平正?；蛭挥谡Ｋ街抡f(shuō)明對(duì)象發(fā)生侵襲性癌的可能未上升。在一個(gè)相關(guān)方式中，本發(fā)明提供了預(yù)測(cè)對(duì)象預(yù)后或疾病結(jié)局的方法。這種方法包括確定所述對(duì)象來(lái)源的生物標(biāo)本內(nèi)的一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞的HoxB13基因的表達(dá)水平，其中表達(dá)水平位于正常水平以上說(shuō)明所述對(duì)象發(fā)生癌轉(zhuǎn)移的可能上升、癌癥復(fù)發(fā)的可能性升高或者預(yù)期壽命下降，HoxB13表達(dá)水平正?；蛭挥谡Ｋ街抡f(shuō)明所述對(duì)象不存在發(fā)生癌轉(zhuǎn)移的可能上升、癌癥復(fù)發(fā)的可能性升高或者預(yù)期壽命下降的情況。本發(fā)明還提供了利用預(yù)后或疾病結(jié)果確定對(duì)象治療方案的方法。這種方法包括按照上面所描述的確定對(duì)象的預(yù)后或疾病結(jié)局，并且根據(jù)所述的預(yù)后或疾病結(jié)局來(lái)確定所述對(duì)象的治療方案。治療方案的選擇包括避免或去除某些不可能有益的治療措施。對(duì)于某些病例來(lái)說(shuō)，這可能意味著具有轉(zhuǎn)移潛能的癌癥對(duì)象需要選擇更積極的治療措施，而非侵襲性癌癥對(duì)象卻相反。對(duì)于另外一些病例來(lái)說(shuō)，這可能意味著需要選擇較保守的治療措施，以避免對(duì)象發(fā)生不舒服和不期望的副作用，因?yàn)閷?duì)象的癌癥是非侵襲性的。在本發(fā)明的其它實(shí)施方式中，可以檢查對(duì)象的結(jié)節(jié)狀況，并和本文所描述的方法中的HoxB13表達(dá)水平一并加以考慮。因此，本發(fā)明包括含有評(píng)價(jià)對(duì)象結(jié)節(jié)狀況的方法，其中無(wú)癌癥的淋巴結(jié)狀況結(jié)合正常水平以上的Hoxb13表達(dá)用于指示所述的轉(zhuǎn)移和/或侵襲或遷移潛能升高。這種方法特別適用于降低因不適當(dāng)?shù)闹委煻鴮?dǎo)致對(duì)象產(chǎn)生淋巴結(jié)陰性結(jié)果的可能性。本發(fā)明能夠根據(jù)HoxB13的表達(dá)水平來(lái)確定這種淋巴結(jié)陰性對(duì)象發(fā)生侵襲性癌或轉(zhuǎn)移癌的風(fēng)險(xiǎn)是否增加，從而使技術(shù)人員能夠確定淋巴結(jié)陰性狀況是否包括轉(zhuǎn)移潛能升高。正如技術(shù)人員所認(rèn)識(shí)到的，侵襲性表型的一個(gè)例子是原發(fā)的(或起始的)腫瘤塊擴(kuò)散到周?chē)M織內(nèi)，不需要細(xì)胞從腫瘤塊上脫離下來(lái)并侵入到器官的不同組織或不同部分。另外一個(gè)例子是癌細(xì)胞從器官的一部分?jǐn)U散或轉(zhuǎn)移到其它部分(或不同組織)。這需要癌細(xì)胞從其初始位置上離開(kāi)并重新定位，然后形成一個(gè)或多個(gè)次級(jí)(或轉(zhuǎn)移)瘤，這是轉(zhuǎn)移過(guò)程的一部分。因此，侵襲性導(dǎo)管癌的細(xì)胞不需要是轉(zhuǎn)移性的，因?yàn)樗麄內(nèi)绻麤](méi)有必須的轉(zhuǎn)移潛能幾乎不可能突破導(dǎo)管環(huán)境進(jìn)入到周?chē)娜橄俳M織。但是，本發(fā)明能夠根據(jù)HoxB13的表達(dá)將這種細(xì)胞鑒定為具有轉(zhuǎn)移潛能的細(xì)胞。另外也和技術(shù)人員所熟知的一樣，發(fā)生轉(zhuǎn)移的細(xì)胞可能會(huì)，也可能不會(huì)保留進(jìn)一步轉(zhuǎn)移的潛能。因此，次級(jí)瘤或轉(zhuǎn)移瘤的細(xì)胞其HoxB13的表達(dá)水平可能升高，也可能不升高，如本文所描述的。在某些實(shí)施方式，HoxB13表達(dá)的檢測(cè)是在選自如下癌癥的癌細(xì)胞上進(jìn)行乳腺腺癌、宮頸腺癌、食管腺癌、膽囊腺癌、肺腺癌、胰腺腺癌、小腸-大腸腺癌、胃腺癌、星形細(xì)胞瘤、皮膚基底細(xì)胞癌、肝膽管癌、卵巢透明細(xì)胞腺癌、彌散性大B細(xì)胞淋巴瘤、睪丸胚胎性癌、子宮內(nèi)膜樣癌、尤因肉瘤、甲狀腺濾泡狀癌、胃腸道間質(zhì)瘤、卵巢生殖細(xì)胞腫瘤、睪丸生殖細(xì)胞腫瘤、膠質(zhì)母細(xì)胞瘤、肝細(xì)胞癌、霍奇金淋巴瘤、肺大細(xì)胞癌、平滑肌肉瘤、脂肪肉瘤、乳腺小葉癌、惡性纖維組織細(xì)胞瘤、甲狀腺髓質(zhì)癌、黑色素瘤、腦膜瘤、肺間皮瘤、卵巢粘液腺癌、肌纖維肉瘤、腸神經(jīng)內(nèi)分泌瘤、少突神經(jīng)膠質(zhì)瘤、骨肉瘤、甲狀腺乳頭狀癌、嗜鉻細(xì)胞瘤、腎細(xì)胞癌、橫紋肌肉瘤睪丸精原細(xì)胞瘤、卵巢漿液性腺瘤、肺小細(xì)胞癌、宮頸鱗狀上皮細(xì)胞癌、食管鱗狀上皮細(xì)胞癌、喉頭鱗狀上皮細(xì)胞癌、肺鱗狀上皮細(xì)胞癌、皮膚鱗狀上皮細(xì)胞癌、滑膜肉瘤、T細(xì)胞淋巴瘤或膀胱移行上皮癌。在其它實(shí)施方式中，HoxB13表達(dá)的檢測(cè)是在選自如下組織的細(xì)胞或癌細(xì)胞上進(jìn)行腎上腺、膀胱、骨、腦、乳腺、宮頸、子宮內(nèi)膜、食管、膽囊、腎、喉頭、肝、肺、淋巴結(jié)、卵巢、胰腺、前列腺、皮膚、軟組織、小腸/大腸、胃、睪丸、甲狀腺或子宮。本發(fā)明的基礎(chǔ)部分在于兩個(gè)發(fā)現(xiàn)。第一個(gè)發(fā)現(xiàn)是HoxB13的表達(dá)在侵襲前的原發(fā)癌和侵襲性原發(fā)癌中升高，如乳腺癌和黑色素瘤。第二個(gè)發(fā)現(xiàn)是HOXB13在MCF-10A和ANIO細(xì)胞內(nèi)的異位表達(dá)可促使細(xì)胞遷移和侵襲，說(shuō)明HOXB13的表達(dá)可促使腫瘤侵襲和轉(zhuǎn)移。MCF-10A可從ATCC(美國(guó)模式培養(yǎng)物保藏所)獲得，編號(hào)為CRL-10317。MCF-10A是對(duì)胰島素、糖皮質(zhì)激素和EGF有反應(yīng)的非轉(zhuǎn)化的、非致瘤性的乳腺上皮細(xì)胞系。在EGF、膠原或AP1510存在的條件下其侵襲和/或遷移升高的水平可進(jìn)一步提高，其中AP1510是一種能促進(jìn)蛋白-蛋白相互作用的合成的二聚體(見(jiàn)Amara等，Proc.Natl.Acad.Sci，USA9410618-10623，(1997)中關(guān)于AP1510的討論)。如果不受現(xiàn)有理論的束縛并且為了更好地理解本發(fā)明，那么需要強(qiáng)調(diào)的是HOXB13和EGFR信號(hào)通路之間的功能協(xié)同作用在他莫昔芬耐藥的情況下可能是相關(guān)的，因?yàn)樯L(zhǎng)因子信號(hào)通路(EGFR、ERBB2)的活化可導(dǎo)致他莫昔芬耐藥性腫瘤的生長(zhǎng)(見(jiàn)Nicholson等，“乳腺癌中表皮生長(zhǎng)因子受體的表達(dá)與對(duì)內(nèi)分泌療法的反應(yīng)相關(guān)”(Epidermalgrowthfactorreceptorexpressioninbreastcancerassociationwithresponsetoendocrinetherapy)BreastCancerRes.Treat.29117-25(1994)和Dowsett“HER-2的過(guò)量表達(dá)是乳腺癌對(duì)激素療法耐藥的機(jī)制”(OverexpressionofHER-2asaresistancemechanismtohormonaltherapyforbreastcancer)Endocr.Relat.Cancer8191-5(2001))。如果已知ERBB2過(guò)量表達(dá)在人乳腺癌中的作用，那么HOXB13表達(dá)水平與EGF信號(hào)通路之間明顯的體外相互作用就指出了治療高表達(dá)HOXB13的腫瘤的可能選擇。事實(shí)上，已有研究試圖根據(jù)生長(zhǎng)因子信號(hào)通路活化與雌激素非依賴性腫瘤生長(zhǎng)之間關(guān)系在他莫昔芬耐藥的情況下通過(guò)阻斷抗體(Herceptin)來(lái)靶向ERBB2通路。HOXB13還可能直接影響ER信號(hào)，因?yàn)橛醒芯勘砻魍串愋慰虻鞍卓梢种艭BP/p300的組蛋白乙酰轉(zhuǎn)移酶活性(見(jiàn)Shen等“HOX同源異形區(qū)蛋白可阻斷CBP的組蛋白乙酰轉(zhuǎn)移酶活性”(ThehomeodomainproteinsblockCBPhistoneacetyltransferaseactivity)MolCellBiol217509-22(2001))，CBP/p300是ER依賴性轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)的一個(gè)關(guān)鍵輔助激活因子(見(jiàn)Chakravarti等，“CBP/P300在核受體信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)中的作用”(RoleofCBP/P300innuclearreceptorsignaling)Nature38399-103(1996)和Hanstein等“p300是雌激素受體輔助激活因子復(fù)合物的一個(gè)組分”(p300isacomponentofanestrogenreceptorcoactivatorcomplex)ProcNatlAcadSci.USA9311540-5(1996))。因此，HOXB13可能直接或間接參與ER信號(hào)通路的調(diào)節(jié)，如果它與他莫昔芬有臨床意義的相關(guān)性，那么這是特別令人感興趣的一種可能性。因此，本發(fā)明還提供了針對(duì)癌癥，如乳腺癌或黑色素瘤，對(duì)雌激素或EGF的敏感性或反應(yīng)性的治療措施的療效預(yù)測(cè)方法。在某些實(shí)施方式中，這種方法包括確定HoxB13的表達(dá)水平，其中表達(dá)水平位于正常值之上可以預(yù)測(cè)細(xì)胞缺乏對(duì)針對(duì)雌激素受體的治療措施(如，使用“抗雌激素”藥物)的敏感性或反應(yīng)性，因而不能阻止或抑制細(xì)胞的侵襲、遷移和/或轉(zhuǎn)移。這種治療措施包括用一種或多種特異性雌激素受體調(diào)節(jié)劑(SERM)如他莫昔芬；特異性雌激素受體負(fù)調(diào)節(jié)劑(SERD)；芳香酶抑制劑(AI)，包括非甾體類或甾體類藥物；以及雌激素受體的不可逆抑制劑(或其組合)進(jìn)行治療。與此相反，HoxB13表達(dá)水平未升高則預(yù)示這種治療措施的療效能夠阻止或抑制細(xì)胞的侵襲、遷移和/或轉(zhuǎn)移。芳香酶是一種在身體的組織，包括乳腺、肝臟、肌肉和脂肪，內(nèi)提供大多數(shù)雌激素的酶。非甾體AI可通過(guò)亞鐵血紅素輔基來(lái)抑制芳香酶，其例子包括而不限于阿納托唑(瑞寧得)、來(lái)曲唑(弗隆)和伏氯唑(rivisor)。甾體AI可滅活芳香酶，其例子包括而不限于依西美坦(阿諾新)、雄甾烯二酮和福美坦(4-羥基雄烯二酮)?？山档痛萍に厮降钠渌问降闹委煷胧┌ㄊ中g(shù)(物理切除卵巢)和化學(xué)卵巢去除術(shù)(利用藥物阻斷卵巢產(chǎn)生雌激素)。后者的一個(gè)非限定性例子是促性腺激素釋放激素(GnRH)的激動(dòng)劑，如戈舍瑞林(諾雷德)。同樣，本發(fā)明的實(shí)施方式所包括的一種實(shí)施方式包含確定HoxB13的表達(dá)水平，其中表達(dá)水平位于正常值之上則預(yù)示細(xì)胞具有對(duì)針對(duì)EGF信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路的治療措施的敏感性或反應(yīng)性，因而能夠阻止或抑制細(xì)胞的侵襲、遷移和/或轉(zhuǎn)移。這種治療措施包括利用直接與EGF受體家族相互作用藥物如erbitux和酪氨酸激酶抑制劑如Iressa和Tarceva進(jìn)行治療。其它治療措施包括靶向或抑制EGF受體通路中的其它因子(如蛋白和酶這樣的非限定性例子)的那些藥物。相反的，HoxB13的表達(dá)未升高則預(yù)示這種治療措施不能有效地阻止或抑制細(xì)胞的侵襲、遷移和/或轉(zhuǎn)移。如上面所描述的那些治療措施可在手術(shù)前提供，如作為新輔助療法的一部分，或者在手術(shù)后提供，如輔助治療。在進(jìn)行手術(shù)前治療的情況下，治療結(jié)果的非限定性例子包括完全反應(yīng)、中度反應(yīng)或無(wú)反應(yīng)，如基于“臨床反應(yīng)”或“病理反應(yīng)”的那些結(jié)果。另外，結(jié)果可以是疾病減輕或病情穩(wěn)定(如未發(fā)生轉(zhuǎn)移或侵襲)，或者疾病惡化(如后繼的轉(zhuǎn)移或癌癥復(fù)發(fā))。在進(jìn)行手術(shù)后治療的情況下，治療結(jié)果的非限定性例子包括因癌癥轉(zhuǎn)移或侵襲而導(dǎo)致的局部復(fù)發(fā)、區(qū)域復(fù)發(fā)、對(duì)側(cè)復(fù)發(fā)、遠(yuǎn)端復(fù)發(fā)、次級(jí)原發(fā)癌以及因癌癥而引起的死亡或存活率。其它結(jié)果包括與轉(zhuǎn)移或侵襲相關(guān)的無(wú)復(fù)發(fā)存活率、無(wú)瘤存活率和總體存活率。因此在某些實(shí)施方式中，本發(fā)明特別適于和手術(shù)介入(如手術(shù)去除整個(gè)或部分腫瘤)聯(lián)合使用，其中按照本文所描述的方法檢測(cè)手術(shù)切除的組織的HoxB13表達(dá)情況。表達(dá)水平可作為局部、區(qū)域或?qū)?cè)癌癥復(fù)發(fā)；形成一個(gè)或多個(gè)轉(zhuǎn)移瘤如微轉(zhuǎn)移瘤所形成的轉(zhuǎn)移瘤；形成次級(jí)原發(fā)瘤的可能性的指示因子或預(yù)測(cè)因子；或死亡率或存活率如無(wú)復(fù)發(fā)存活率、無(wú)瘤存活率及整體存活率的指示因子或預(yù)測(cè)因子?，F(xiàn)在轉(zhuǎn)到實(shí)現(xiàn)本發(fā)明的各種非限定性模式，應(yīng)當(dāng)強(qiáng)調(diào)的是，雖然可以根據(jù)人同源異形框B13(HOXB13)，位于人17號(hào)染色體17q21.2位置上，與其動(dòng)物對(duì)等基因的一致性來(lái)確定非人動(dòng)物內(nèi)的侵襲性細(xì)胞從而實(shí)現(xiàn)本發(fā)明，但是本發(fā)明也可以利用其表達(dá)與HoxB13序列的表達(dá)相關(guān)的其它任何序列來(lái)實(shí)現(xiàn)。HoxB13序列的表達(dá)水平可單獨(dú)使用，也可以和能夠決定癌細(xì)胞與非癌細(xì)胞或正常細(xì)胞相比的各種表型或特性的其它序列聯(lián)合使用。作為一個(gè)非限定性的例子，可以實(shí)施本發(fā)明以測(cè)定HoxB13和EGF受體的表達(dá)水平。實(shí)施本發(fā)明所使用的細(xì)胞可表達(dá)可檢測(cè)量的表皮生長(zhǎng)因子(EGF)的蛋白受體。在某些實(shí)施方式中，這種細(xì)胞是表皮生長(zhǎng)因子(EGF)反應(yīng)性的，或者是在EGF存在的情況下被刺激而增殖。另外，還可以實(shí)施本發(fā)明以評(píng)價(jià)HoxB13的表達(dá)水平以及結(jié)節(jié)狀況。在某些實(shí)施方式中，HoxB13序列的表達(dá)可與樣品所含的相同細(xì)胞內(nèi)的其它基因(例如，但不限于，在癌細(xì)胞和非癌細(xì)胞或正常細(xì)胞內(nèi)表達(dá)水平相同的參考基因)的表達(dá)聯(lián)合使用，例如以能夠很清楚地顯示HoxB13表達(dá)水平是否升高的表達(dá)水平之比的形式。另外，本發(fā)明還提供了HoxB13序列表達(dá)水平與在侵襲性細(xì)胞內(nèi)低表達(dá)的序列表達(dá)水平之比作為侵襲性或侵襲潛能；遷移性升高或遷移性升高的潛能；或者轉(zhuǎn)移潛能升高的指示因子。非限定性的例子包括2004年2月6日提交的美國(guó)專利申請(qǐng)0/773,761所描述的Hoxb13表達(dá)與IL17br表達(dá)之比或Hoxb13與Chdh表達(dá)之比。當(dāng)然，HoxB13的表達(dá)與癌細(xì)胞內(nèi)其它基因如IL17br和Chdh的表達(dá)之比也可以使用。技術(shù)人員不難認(rèn)識(shí)到HoxB13表達(dá)水平的數(shù)據(jù)在這個(gè)比例中既可以作為分子也可以作為分母，這并不會(huì)使本文所述的HoxB13表達(dá)與癌癥表型之間的關(guān)系復(fù)雜化。焦點(diǎn)集中在HoxB13序列的表達(dá)上為我們提供了一種根據(jù)客觀的分子標(biāo)準(zhǔn)來(lái)診斷和/或確定疑似癌癥對(duì)象的治療方案的方式。該方法還可用于確定對(duì)象的預(yù)后和可能的疾病結(jié)局。本發(fā)明的方法優(yōu)于細(xì)胞形態(tài)學(xué)方法，可用于確定對(duì)對(duì)象的風(fēng)險(xiǎn)。在某些實(shí)施方式中，該方法可與如Tan-Chiu等所述(JNatlCancerInst.95(4)302-307，2003)的乳腺癌相對(duì)風(fēng)險(xiǎn)的評(píng)估聯(lián)合使用。非限定性的例子包括乳腺細(xì)胞的最小侵入性取樣樣品檢測(cè)，如乳腺細(xì)胞的隨機(jī)(乳暈緣)細(xì)針抽吸物或?qū)Ч芄嘞礃悠?還可與良性或惡性乳腺癌乳房X光照片陽(yáng)性聯(lián)用或作為其補(bǔ)充)，按照本文所述的方法測(cè)定其中的HoxB13序列的表達(dá)水平。本發(fā)明的其它應(yīng)用包括測(cè)定晚期乳腺癌，其中包括被懷疑可能具有轉(zhuǎn)移特性的癌。本發(fā)明的測(cè)定方法可利用HoxB13序列表達(dá)水平相關(guān)的方法，只要該方法能定量地或定性地反映該序列的表達(dá)。在某些實(shí)施方式中，優(yōu)選采用定量測(cè)定方法。確定轉(zhuǎn)移、侵襲和/或遷移特性的能力是通過(guò)識(shí)別HoxB13表達(dá)水平的相關(guān)性而不是通過(guò)測(cè)定實(shí)際表達(dá)水平的測(cè)定形式來(lái)提供的。序列的特征鑒定包括而不限于用于編碼(DNA)或表達(dá)(RNA)HoxB序列或表位的獨(dú)特核酸序列，其中的表位是HoxB13序列編碼蛋白特異性的，或者具有該蛋白的活性。其它方法包括測(cè)定HoxB13編碼DNA的脫甲基化水平作為表達(dá)升高的指示因子，在正常情況下，該DNA在許多組織中是甲基化的。其它方法包括檢測(cè)核酸擴(kuò)增產(chǎn)物作為表達(dá)水平升高的指示因子，以及檢測(cè)核酸的失活、缺失或甲基化作為表達(dá)水平降低的指標(biāo)。換句話說(shuō)，可通過(guò)測(cè)定負(fù)責(zé)HoxB13序列表達(dá)的DNA模板、用作中間物表達(dá)該序列的RNA、或該序列所表達(dá)的蛋白產(chǎn)物、以及該產(chǎn)物的蛋白水解片段中的一項(xiàng)或多項(xiàng)來(lái)實(shí)施本發(fā)明。這樣，可通過(guò)檢測(cè)這些DNA、RNA和蛋白質(zhì)分子是否存在、存在的量、穩(wěn)定性、或其降解(包括降解率)來(lái)實(shí)施本發(fā)明。當(dāng)然，作為一個(gè)非限定性例子，任何HoxB13核酸分子的檢測(cè)都可通過(guò)與探針序列的雜交來(lái)完成。另外，可測(cè)定HoxB13編碼產(chǎn)物的功能或翻譯后修飾，用作表達(dá)的指示因子。非限定性的例子包括測(cè)定HOXB13蛋白與一種或多種結(jié)合伙伴之間的相互作用、或者HOXB13多肽的共價(jià)修飾，例如而不限于磷酸化、糖基化或乙?；?。本領(lǐng)域技術(shù)人員需要了解的是，HoxB13表達(dá)水平的測(cè)定可用于將對(duì)象或患者至少定義為兩類，如高于和低于表達(dá)水平，例如正常細(xì)胞的表達(dá)水平。特定的HoxB13序列與對(duì)象樣品細(xì)胞所表達(dá)的序列之間的少量錯(cuò)配不會(huì)影響本發(fā)明的實(shí)施。這種錯(cuò)配存在的非限定性例子見(jiàn)于同一物種不同個(gè)體之間出現(xiàn)序列多態(tài)性的情況，例如人類內(nèi)部的不同對(duì)象。知道了HoxB13序列(和由于少量錯(cuò)配而變異的序列)的表達(dá)與侵襲性和/或遷移表型之間的相關(guān)性，就完全了解了應(yīng)該用含有適當(dāng)細(xì)胞的樣品通過(guò)測(cè)定表達(dá)來(lái)實(shí)施本發(fā)明。在某些實(shí)施方式中，本發(fā)明所使用的含細(xì)胞樣品含有單一細(xì)胞或同源細(xì)胞群，該樣品已經(jīng)去除了因簡(jiǎn)單組織活檢而污染的細(xì)胞，或者是從組織活檢樣品中分離或純化出來(lái)的。這些細(xì)胞可以是任何來(lái)源的，其中包括而不限于有機(jī)體如人來(lái)源的含液體、含細(xì)胞或含組織的樣品。其它非限定性的例子包括組織活檢樣品，如癌前組織活檢樣品或確診的癌組織活檢樣品。這些細(xì)胞還可以是那些被鑒定為不典型細(xì)胞或癌前細(xì)胞，但是也可用于本發(fā)明中以鑒定本文所述的侵襲性表型的細(xì)胞。細(xì)胞的分離方法是本領(lǐng)域所熟知的，其中包括顯微解剖、激光捕獲顯微解剖(LCM)或激光顯微解剖(LMD)。另外，組織“切片”內(nèi)未分離的細(xì)胞也可以使用?，F(xiàn)在有許多可用于這種分析的方法，其中包括試驗(yàn)內(nèi)的表達(dá)檢測(cè)以測(cè)定樣品內(nèi)的基因總體或近似總體表達(dá)情況(例如，作為基因表達(dá)序型分析方法的一部分，如在微陣列上進(jìn)行的基因表達(dá)序型分析)，或者特異性檢測(cè)方法，如定量PCR(Q-PCR)或?qū)崟r(shí)定量PCR。其它非限定性的檢測(cè)技術(shù)包括那些以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的技術(shù)。在其它實(shí)施方式中，樣品通過(guò)非侵入性方式或最低限度的侵入方式分離。在本發(fā)明的某些實(shí)施方式中，樣品含有一個(gè)或多個(gè)乳腺癌細(xì)胞，其種類選自不典型導(dǎo)管增生(ADH)、原位導(dǎo)管癌(DCIS)和侵襲性導(dǎo)管癌(IDC)。測(cè)定樣品中HoxB13序列的表達(dá)水平并與正常細(xì)胞或非癌細(xì)胞的參考數(shù)據(jù)中的所述序列的表達(dá)相比較。在某些情況下，參考數(shù)據(jù)來(lái)自同一個(gè)樣品或同一個(gè)對(duì)象。在利用Q-PCR的本發(fā)明的實(shí)施方式中，表達(dá)水平可與同一樣品中的一個(gè)或多個(gè)參考基因的表達(dá)水平相比較，或者使用表達(dá)水平之比(例如，一個(gè)非限定性例子是根據(jù)ΔCt所得到的)。因此，本發(fā)明可以很容易地用于將ADH、DCIS和/或IDC鑒定為具有癌癥表型，如本文所述的轉(zhuǎn)移潛能，的細(xì)胞。這也有助于將ADH或DCIS鑒定為具有侵襲潛能或侵襲傾向的細(xì)胞。在實(shí)施本發(fā)明的過(guò)程中分離各乳腺細(xì)胞或癌細(xì)胞時(shí)，一個(gè)優(yōu)點(diǎn)在于，不存在可能影響HoxB13序列表達(dá)的檢測(cè)結(jié)果的污染性非乳腺細(xì)胞或非癌細(xì)胞(如浸潤(rùn)的淋巴細(xì)胞或其它免疫系統(tǒng)細(xì)胞)。雖然主要就人乳腺癌描述了本發(fā)明，但是利用任何的人類癌癥或任何的動(dòng)物癌癥也可以實(shí)現(xiàn)本發(fā)明。應(yīng)用本發(fā)明時(shí)優(yōu)選的動(dòng)物是哺乳動(dòng)物，尤其是那些對(duì)農(nóng)業(yè)應(yīng)用重要的哺乳動(dòng)物(例如但不限于，牛、羊、馬和其它“家畜”)，以及人類的伴侶動(dòng)物(例如但不限于狗和貓)。如本文所使用，“基因”是一種編碼性質(zhì)為RNA或蛋白質(zhì)的不連續(xù)產(chǎn)物的多核苷酸。應(yīng)當(dāng)理解的是一個(gè)以上的多核苷酸可能編碼一種不連續(xù)產(chǎn)物。該術(shù)語(yǔ)包括編碼相同產(chǎn)物的基因的等位基因和基因多態(tài)性，或其功能相關(guān)(包括功能的獲得、缺失或調(diào)節(jié))類似物，這要根據(jù)染色體的位置和正常有絲分裂期間能否重組而定。術(shù)語(yǔ)“序列”或“基因序列”在這里是指由一系列核苷酸堿基構(gòu)成的核酸分子或多核苷酸。該術(shù)語(yǔ)包括編碼一種性質(zhì)為RNA或蛋白質(zhì)的不連續(xù)產(chǎn)物的一系列堿基(即“編碼區(qū)”)。應(yīng)當(dāng)理解的是，一個(gè)以上的多核苷酸可以編碼同一個(gè)不連續(xù)產(chǎn)物。還應(yīng)當(dāng)理解的是，所述的HoxB13序列可存在等位基因和多態(tài)性，這些等位基因和多態(tài)性可用于實(shí)施本發(fā)明來(lái)鑒定所述HoxB13序列或其等位基因或多態(tài)性的表達(dá)水平。等位基因或多態(tài)性的鑒定部分依賴于染色體位置和有絲分裂期間的能否重組。術(shù)語(yǔ)“相關(guān)”或“相關(guān)性”或其等價(jià)形式指一種或多種基因的表達(dá)與一種生理表型或特性之間的關(guān)系?！岸嗪塑账帷笔侨魏伍L(zhǎng)度的核苷酸，核糖核苷酸或脫氧核糖核苷酸，的聚合形式。該術(shù)語(yǔ)僅指分子的一級(jí)結(jié)構(gòu)。因此，該術(shù)語(yǔ)包括雙鏈和單鏈DNA和RNA，也包括已知類型的修飾，其中包括本領(lǐng)域已知的標(biāo)記、甲基化、“加帽”、用類似物取代一個(gè)或多個(gè)天然核苷酸以及核苷酸間的修飾如該多核苷酸的不帶電荷的連接子(例如硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等)以及多核苷酸的非修飾形式。從廣義上來(lái)說(shuō)，術(shù)語(yǔ)“擴(kuò)增”是指用DNA或RNA聚合酶催化產(chǎn)生的擴(kuò)增產(chǎn)物。如本文所用，“擴(kuò)增”一般是指產(chǎn)生多個(gè)拷貝的所需序列，特別是樣品的序列，的過(guò)程?！岸嗫截悺敝钢辽?個(gè)拷貝?！翱截悺辈灰欢ㄖ概c模板序列完全互補(bǔ)或完全相同的序列。擴(kuò)增mRNA的方法通常是本領(lǐng)域已知的，包括逆轉(zhuǎn)錄PCR(RT-PCR)和美國(guó)專利申請(qǐng)10/062,857(2001年10月25日提交)以及美國(guó)臨時(shí)專利申請(qǐng)60/298,847(2001年6月15日提交)和60/257,801(2000年12月22日提交)中所述的那些方法，上述所有專利申請(qǐng)都已完整納入本文作為參考，如其完整列出的那樣。另一種可使用的方法是定量PCR(或Q-PCR)。另外，RNA可以其相應(yīng)cDNA的形式通過(guò)本領(lǐng)域已知的方法直接標(biāo)記?！跋鄳?yīng)的”是指一個(gè)核酸分子與另一個(gè)核酸分子共有相當(dāng)數(shù)量的序列一致性。相當(dāng)數(shù)量指至少95％，通常至少98％，更常見(jiàn)的是至少99％，序列一致性可用BLAST算法測(cè)定，如Altschul等(1990)，J.Mol.Biol.215403-410所述(使用發(fā)表的默認(rèn)設(shè)置，即參數(shù)w＝4，t＝17)。“微陣列”是優(yōu)選不連續(xù)區(qū)域組成的線性、二維或三維(和固相)陣列，各自具有在固相支持物表面形成的限定區(qū)域，所述固相支持物包括但不限于玻璃、塑料或合成膜。一個(gè)固相支持物表面上可被檢測(cè)的固定的多核苷酸總數(shù)，確定了微陣列上不連續(xù)區(qū)域的密度，優(yōu)選至少約50/cm2，更優(yōu)選至少約100/cm2、約500/cm2，但是最好在約1,000/cm2以下。優(yōu)選的是，該陣列含有總共不到約500個(gè)、約1000個(gè)、約1500個(gè)、約2000個(gè)、約2500個(gè)或約3000個(gè)固定的多核苷酸。如本文所用，DNA微陣列是安置在芯片或其它表面上的寡核苷酸或多核苷酸探針的陣列，用于雜交從樣品擴(kuò)增的或克隆的多核苷酸。由于各特定探針組在陣列中的位置是已知的，故樣品多核苷酸的鑒別可根據(jù)它們與微陣列中特定位置的結(jié)合而確定。作為使用微陣列的任選方案，在實(shí)現(xiàn)本發(fā)明時(shí)可使用任何尺寸的陣列，其中包括在固相中將一個(gè)或多個(gè)位置安排成二維或三維排列以檢測(cè)單個(gè)基因序列的表達(dá)。在某些實(shí)施方式中，本發(fā)明所使用的微陣列可通過(guò)光刻錄技術(shù)(如在表面上從3’末端開(kāi)始合成核酸探針)或通過(guò)合成核酸然后固定在固體表面上來(lái)制備。由于本發(fā)明依賴于對(duì)基因表達(dá)的鑒定，因此本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式包括通過(guò)使樣品細(xì)胞中的mRNA或其擴(kuò)增或克隆產(chǎn)物與特定HoxB13序列的獨(dú)特多核苷酸的雜交來(lái)測(cè)定(所述基因的)表達(dá)。此類型的優(yōu)選多核苷酸包含在其它基因序列中未發(fā)現(xiàn)的HoxB13序列的至少約16個(gè)、約18個(gè)、約20個(gè)、約22個(gè)、約24個(gè)、約26個(gè)、約28個(gè)、約30個(gè)或約32個(gè)連續(xù)堿基對(duì)。如前面句子所用的，術(shù)語(yǔ)“約”指比所述數(shù)值多1或少1。更優(yōu)選的是包含在其它基因序列中未發(fā)現(xiàn)的基因序列至少或約50個(gè)、至少或約100個(gè)、至少或約150個(gè)、至少或約200個(gè)、至少或約250個(gè)、至少或約300個(gè)、至少或約350個(gè)、至少或約400個(gè)、至少或約450個(gè)、或者至少或約500個(gè)連續(xù)堿基對(duì)的多核苷酸。前面句子所用的術(shù)語(yǔ)“約”指比所述數(shù)值多或少10％。當(dāng)然，更長(zhǎng)的多核苷酸可以包含不影響與樣品中核酸雜交的小量錯(cuò)配(例如，通過(guò)存在的突變)。這種多核苷酸還指能夠與本文所述的基因序列或其獨(dú)特片段雜交的多核苷酸探針?？蓸?biāo)記這種多核苷酸以便于其檢測(cè)。優(yōu)選地，序列是基因編碼的mRNA序列、這種mRNA相應(yīng)的cDNA、和/或這種序列的擴(kuò)增形式。在本發(fā)明優(yōu)選的實(shí)施方式中，可將多核苷酸探針固定在可定位該探針的陣列、其它固相支持裝置或各個(gè)點(diǎn)中。在本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式中，可擴(kuò)增和檢測(cè)HoxB13序列的全部或部分序列，使用的方法如聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)和其變化形式，例如但不限于定量PCR(Q-PCR)、逆轉(zhuǎn)錄PCR(RT-PCR)和實(shí)時(shí)PCR(包括測(cè)定樣品中各個(gè)序列的mRNA拷貝的初始量)，任選實(shí)時(shí)RT-PCR或?qū)崟r(shí)Q-PCR。這些方法采用與HoxB13序列的一部分互補(bǔ)的1種或2種引物，利用引物引發(fā)核酸合成。新合成的核酸還可以被標(biāo)記，并被直接檢測(cè)或通過(guò)與本發(fā)明的多核苷酸雜交來(lái)檢測(cè)。新合成的核酸可在允許它們雜交的條件下與本發(fā)明的多核苷酸(包括序列)接觸。檢測(cè)被表達(dá)的核酸表達(dá)水平的其它方法包括RNA酶保護(hù)試驗(yàn)，其中包括液相雜交和細(xì)胞原位雜交。另外，在本發(fā)明另一個(gè)實(shí)施方式中，可利用一種或多種抗體來(lái)分析目的細(xì)胞樣品中表達(dá)的蛋白來(lái)檢測(cè)HoxB13的表達(dá)，其中的抗體是對(duì)象所述細(xì)胞樣品或體液中的不同HoxB13基因的產(chǎn)物(蛋白質(zhì))或其蛋白水解片段的一個(gè)或多個(gè)表位特異性的抗體。細(xì)胞樣品可以是從對(duì)象血液中富集的乳腺癌上皮細(xì)胞，例如通過(guò)采用抗細(xì)胞表面標(biāo)志的標(biāo)記抗體再用熒光激活細(xì)胞分選術(shù)(FACS)來(lái)富集。優(yōu)選標(biāo)記該抗體，使其在結(jié)合基因產(chǎn)物后易于被檢測(cè)。適用于實(shí)現(xiàn)本發(fā)明的檢測(cè)方法包括而不限于對(duì)含細(xì)胞的樣品或組織進(jìn)行免疫組織化學(xué)分析、酶聯(lián)免疫吸附試驗(yàn)(ELISA)，其中包括對(duì)含有細(xì)胞的組織或血液樣品進(jìn)行抗體夾心法試驗(yàn)、質(zhì)譜分析和免疫-PCR。術(shù)語(yǔ)“標(biāo)記物”或“標(biāo)記的”是指能產(chǎn)生表明標(biāo)記分子存在的可檢測(cè)信號(hào)的一種成分。合適的標(biāo)記物包括放射性同位素、核苷酸生色團(tuán)、酶、底物、熒光分子、化學(xué)發(fā)光分子、磁性粒子、生物發(fā)光基團(tuán)等。因此，標(biāo)記物是可用光譜、光化學(xué)、生化、免疫化學(xué)、電學(xué)、光學(xué)或化學(xué)方法檢測(cè)的任何成分。術(shù)語(yǔ)“支持物”指常規(guī)支持物，例如小珠、顆粒、浸漬片、纖維、濾膜、薄膜和甲硅烷或硅酸鹽支持物如載玻片。乳腺來(lái)源的含細(xì)胞樣品的概念是指從患有，疑似患有或可能發(fā)育成乳腺癌的個(gè)體中分離得到的乳腺組織或液體樣品。這些樣品是原始分離物(與培養(yǎng)的細(xì)胞相反)，可通過(guò)任何非侵入性的或最小侵入性的方法來(lái)收集，其中包括而不限于導(dǎo)管灌洗、細(xì)針吸取、針吸組織活檢、美國(guó)專利6,328,709中所述的裝置和方法，或本領(lǐng)域已知的其它任何合適方法。另外，“樣品”可通過(guò)侵入性方法收集，其中包括而不限于手術(shù)組織活檢。用于本發(fā)明的含細(xì)胞樣品的非限定性例子包括液體樣品，如血液、血清或血漿；富含上皮細(xì)胞、內(nèi)皮細(xì)胞、循環(huán)的腫瘤細(xì)胞或其它任何目的細(xì)胞的樣品；含細(xì)胞和/或蛋白質(zhì)、DNA或RNA的液體，如尿液或膀胱沖洗液，或含細(xì)胞團(tuán)或其分散物的液體；宮頸刮屑(如巴氏涂片)；子宮內(nèi)膜涂片；糞便；口頰細(xì)胞；含細(xì)胞的抽吸物，如從身體的某個(gè)部位如腫瘤塊中抽吸的液體；含細(xì)胞的剝脫物；以及組織樣品，如細(xì)針組織吸取物、針吸活組織和Cytyc的ThinPrep。在某些實(shí)施方式中，樣品是對(duì)象或患者的原發(fā)(初始)癌的樣品。腫瘤可以是雌激素受體陽(yáng)性的?！氨磉_(dá)”和“基因表達(dá)”包括核酸物質(zhì)的轉(zhuǎn)錄和/或翻譯。如本文所用，術(shù)語(yǔ)“包括”和其同源詞以它們所含的意義使用；即等同于術(shù)語(yǔ)“包含”及其對(duì)應(yīng)的同源詞?！霸试S”某事件發(fā)生的條件，或“適合”某事件如雜交、鏈延伸等發(fā)生的條件，或“適當(dāng)”的條件是指不阻止這類事件發(fā)生的條件。因此，這些條件可允許、提高、促進(jìn)和/或有助于該事件的發(fā)生。本領(lǐng)域已知的和本文所述的這種條件取決于，例如，核苷酸序列的性質(zhì)、溫度和緩沖條件。這些條件也取決于期望發(fā)生何種事件，如雜交、切割、鏈延長(zhǎng)或轉(zhuǎn)錄。如本文所用，序列“突變”是指本文所述感興趣基因序列與參比序列相比發(fā)生的任何序列變化。序列突變包括由于如取代、缺失或插入等機(jī)制所致的單個(gè)核苷酸的變化或序列中一個(gè)以上核苷酸的改變。單核苷酸多態(tài)性(SNP)也是本文所用的一種序列突變。由于本發(fā)明依據(jù)的是基因表達(dá)的相對(duì)水平，因此在實(shí)施本發(fā)明時(shí)也可測(cè)定本文所述基因非編碼區(qū)中的突變。“檢測(cè)”包括任何檢測(cè)方法，包括基因表達(dá)及其變化的直接和間接檢測(cè)。例如，可以直接或間接觀察到產(chǎn)物“可檢測(cè)地增加”，該術(shù)語(yǔ)表示任何增加。可以直接或間接觀察到產(chǎn)物“可檢測(cè)地減少”，該術(shù)語(yǔ)表示任何減少(包括缺乏可檢測(cè)信號(hào))。根據(jù)與正常細(xì)胞相比的百分變化或倍數(shù)變化，HoxB13序列表達(dá)的升高或降低用下列術(shù)語(yǔ)表示。升高可以是超過(guò)正常細(xì)胞表達(dá)水平的10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、120、140、160、180或200％。另外，成倍增加可以是高于正常細(xì)胞表達(dá)水平的1、1.5、2、2.5、3、3.5、4、4.5、5、5.5、6、6.5、7、7.5、8、8.5、9、9.5或10倍。降低可以是低于正常細(xì)胞表達(dá)水平的10、20、30、40、50、55、60、65、70、75、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、99或100％?！斑x擇性雌激素受體調(diào)節(jié)劑”或SERM是一種“抗雌激素”藥物，在某些組織中起著類似雌激素的作用(激動(dòng)劑)，但在其它組織中能阻斷雌激素的作用(拮抗劑)。“選擇性雌激素受體負(fù)調(diào)節(jié)劑”(或“SERD”)或“純”抗雌激素劑包括在所有組織中都能阻斷雌激素活性的物質(zhì)。見(jiàn)Howell等(BestBractice&Res.Clin.Endocrinol.Metab.18(1)47-66，2004)。本發(fā)明優(yōu)選的SERM是在乳腺組織和細(xì)胞中成為雌激素拮抗劑的那些物質(zhì)，其中包括乳腺癌拮抗劑。非限定性的例子包括TAM、雷洛昔芬、GW5638和ICI182，780。已有關(guān)于各種SERM的可能作用機(jī)制的綜述(例如，參見(jiàn)Jordan等，2003，BreastCancerRes.5281-283；Hall等，2001，J.Biol.Chem.276(40)36869-36872；Dutertre等，2000，J.Pharmacol.Exp.Therap.295(2)431-437和Wijayaratne等，1999，Endocrinology140(12)5828-5840)。本
發(fā)明內(nèi)容中的其它SERM的非限定性例子包括三苯乙烯類，例如他莫昔芬、GW5638、TAT-59、氯米芬、托瑞米芬、屈洛昔芬和艾多昔芬；苯并噻吩，例如阿佐昔芬(LY353381或LY353381-HCl)；苯并吡喃，例如EM-800；萘，例如CP-336，156；及ERA-923。SERD或“純”抗雌激素劑的非限定性例子包括諸如ICI182，780(氟維司群或faslodex)等的藥物、或口服類似物SR16243和ZK191703、以及芳香酶抑制劑和本文所述的化學(xué)性卵巢摘除試劑。本文所述的SERM涵蓋其它試劑，其中包括孕酮受體抑制劑及其相關(guān)藥物，例如，類孕酮藥物如乙酸甲羥孕酮、甲地孕酮和RU-486；和肽基ER作用抑制劑，例如LH-RH類似物(醋酸亮丙瑞林、戈舍瑞林、[D-Trp6]LH-RH)、促生長(zhǎng)素抑制素類似物和ER的LXXLL基序模擬物以及替勃龍和白藜蘆醇。如上文所強(qiáng)調(diào)的，本發(fā)明的優(yōu)選SERM是乳腺組織和細(xì)胞中作為雌激素拮抗劑的藥物，其中包括乳腺癌的拮抗劑。優(yōu)選的SERM的非限定性例子包括SERM的任何實(shí)際或設(shè)想的代謝物(體內(nèi))，例如，但不限于，4-羥基他莫昔芬(他莫昔芬的代謝物)、EM652(或SCH57068，其中EM-800是EM-652的前藥)和GW7604(GW5638的代謝物)。見(jiàn)Willson等(1997，Endocrinology138(9)3901-3911)和Dauvois等(1992，Proc.Natl.Acad.Sci.，USA894037-4041)中有關(guān)某些特異性SERM的討論。其它優(yōu)選的SERM是那些可產(chǎn)生與他莫昔芬或4-羥基他莫昔芬相同的相關(guān)基因表達(dá)概貌圖的制劑。Levenson等提供了一種鑒定這類SERM的方法(2002，CancerRes.624419-4426)。除非另有說(shuō)明，本文所用的所有技術(shù)和科學(xué)術(shù)語(yǔ)都具有與本發(fā)明所屬領(lǐng)域普通技術(shù)人員通常所理解的意義相同的意義。為了在本發(fā)明實(shí)施過(guò)程中測(cè)定HoxB13的表達(dá)水平(升高或降低)，可采用本領(lǐng)域已知的任何方法。在本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方式中，利用了基于RNA檢測(cè)所得到的表達(dá)數(shù)據(jù)，該RNA可與本文鑒定和描述的基因雜交。這不難通過(guò)本領(lǐng)域已知的或被認(rèn)為是等價(jià)形式的RNA檢測(cè)或擴(kuò)增+檢測(cè)方法進(jìn)行，例如，但不限于，檢測(cè)RNA穩(wěn)定化序列或RNA失穩(wěn)序列是否存在的方法。另外，還可使用基于DNA狀態(tài)的檢測(cè)結(jié)果所得到的表達(dá)數(shù)據(jù)。測(cè)定HoxB13基因是否甲基化或缺失也可用于檢測(cè)水平降低的表達(dá)。測(cè)定所得到的HOXB13啟動(dòng)子區(qū)的狀態(tài)可以指示HOXB13序列的表達(dá)水平降低。一個(gè)非限定性的例子是啟動(dòng)子區(qū)所見(jiàn)到的序列甲基化狀態(tài)。相反，擴(kuò)增的HoxB13基因的檢測(cè)可用于表達(dá)水平升高與特定乳腺癌結(jié)局相關(guān)的基因。這些方法不難通過(guò)本領(lǐng)域已知的PCR、熒光原位雜交(FISH)和染色體原位雜交(CISH)方法進(jìn)行?；贖OXB13蛋白水平或活性的存在、增加或降低的檢測(cè)結(jié)果所得到的表達(dá)數(shù)據(jù)也可以使用。檢測(cè)可通過(guò)本領(lǐng)域已知的并被認(rèn)為是適合檢測(cè)蛋白質(zhì)的以免疫組織化學(xué)(IHC)、體液(其中在體液，例如而不限于血液，中發(fā)現(xiàn)有HOXB13多肽或其片段)、抗體(包括抗已有蛋白質(zhì)的自身抗體)、脫落細(xì)胞(來(lái)自癌癥)、質(zhì)譜、和影像(包括使用標(biāo)記的配基)為基礎(chǔ)的方法來(lái)進(jìn)行。當(dāng)癌細(xì)胞來(lái)源未知時(shí)，以抗體和影像為基礎(chǔ)的方法還適用于在通過(guò)使用非侵入性方法(例如導(dǎo)管灌洗或細(xì)針抽吸)獲得的細(xì)胞確診癌癥之后給腫瘤定位。標(biāo)記的抗體或配基可用于定位對(duì)象體內(nèi)的癌或幫助從體液中富集脫落的癌細(xì)胞。用于這種檢測(cè)方法的抗體包括多克隆抗體和單克隆抗體，其中，多克隆抗體可以分離自存在該抗體的天然資源，單克隆抗體包括用HOXB13多肽或其片段作為抗原制備的抗體。這些抗體及其片段(包括但不限于Fab片段)由于能夠特異性結(jié)合HOXB13多肽而非其它多肽并產(chǎn)生可檢測(cè)信號(hào)，因此可用于檢測(cè)或診斷非正常細(xì)胞或癌細(xì)胞。具有相同能力的重組、合成和雜合抗體也可用于實(shí)現(xiàn)本發(fā)明。通過(guò)用HOXB13多肽或其片段免疫接種可以很容易地制備抗體，多克隆血清也可用于實(shí)現(xiàn)本發(fā)明。以抗體為基礎(chǔ)的檢測(cè)方法是本領(lǐng)域所熟知的，非限定性的例子包括夾心法和ELISA試驗(yàn)以及蛋白質(zhì)印跡和以流式細(xì)胞術(shù)為基礎(chǔ)的檢測(cè)方法。這些方法所分析的樣品包括含有HOXB13多肽的任何樣品。非限定性的例子包括含有乳腺細(xì)胞和細(xì)胞成分的那些樣品，以及含有多肽的體液(非限定性的例子包括血液、血清、唾液、淋巴液、以及粘膜液和其它細(xì)胞分泌物)。利用以核酸為基礎(chǔ)的方法來(lái)測(cè)定表達(dá)的優(yōu)選實(shí)施方式是將一個(gè)或多個(gè)HoxB13序列固定在固體支持物上，其中包括而不限于，本領(lǐng)域已知的以陣列、或小珠技術(shù)為基礎(chǔ)的固相底物。另外，也可采用本領(lǐng)域已知的以溶液為基礎(chǔ)的表達(dá)測(cè)定方法。固定的HoxB13基因可以是HoxB13獨(dú)特的或特異的多核苷酸形式，因此該多核苷酸能夠與HoxB13DNA或RNA雜交。這些多核苷酸可以是全長(zhǎng)的HoxB13基因，也可以是該基因的短序列(通過(guò)序列5’末端或3’末端的缺失比本領(lǐng)域已知的全長(zhǎng)序列至少短一個(gè)核苷酸)，這種短序列可以選擇被間斷(例如，通過(guò)錯(cuò)配或插入了不互補(bǔ)的堿基對(duì))程度最小的，這樣就不會(huì)影響與HoxB13相應(yīng)的DNA或RNA雜交。所用多核苷酸優(yōu)選從基因的3’端開(kāi)始，例如從基因或表達(dá)序列的聚腺苷酸信號(hào)或聚腺苷酸化位點(diǎn)開(kāi)始長(zhǎng)約350、約300、約250、約200、約150、約100或約50個(gè)核苷酸以內(nèi)。也可使用相對(duì)于本文所述基因的序列來(lái)說(shuō)含有突變的多核苷酸，只要該突變的存在仍然能夠?qū)崿F(xiàn)雜交并產(chǎn)生可檢測(cè)的信號(hào)就可以。可利用固定的HoxB13基因來(lái)檢測(cè)從乳腺細(xì)胞樣品制備的核酸樣品的狀態(tài)，以預(yù)測(cè)該樣品的對(duì)象(例如，樣品來(lái)源于該對(duì)象)結(jié)局未知的預(yù)后，或者證實(shí)該樣品的對(duì)象結(jié)局已確定的結(jié)果。這些細(xì)胞可得自ER+或ER-乳腺癌對(duì)象，但這并不意味著限制本發(fā)明。在合適的條件下，只需要固定的多核苷酸就足以與得自樣品的相應(yīng)核酸分子特異性雜交。如本領(lǐng)域技術(shù)人員將理解的那樣，某些HoxB13序列包含對(duì)本文所述序列的獨(dú)特性無(wú)貢獻(xiàn)的3’聚腺苷酸(或互補(bǔ)鏈上的聚胸苷酸)延伸鏈。因此，可使用缺少3’聚腺苷酸(或聚胸苷酸)延伸鏈的序列來(lái)實(shí)施本發(fā)明。所述序列的獨(dú)特性是指只在該核酸中發(fā)現(xiàn)了序列的一部分或全部，包括在其3’非翻譯區(qū)部分發(fā)現(xiàn)的序列。用于實(shí)現(xiàn)本發(fā)明的優(yōu)選獨(dú)特序列是HoxB13的共有序列，這樣，獨(dú)特序列就可用于檢測(cè)多種個(gè)體中的表達(dá)，而不僅僅是一些個(gè)體中存在的多態(tài)性的特異性序列。另外，也可以使用對(duì)某個(gè)體或某個(gè)亞群獨(dú)特的序列。優(yōu)選的獨(dú)特序列具有本文所討論的本發(fā)明的多核苷酸的長(zhǎng)度。在本發(fā)明特別優(yōu)選的實(shí)施方式中，在實(shí)施本發(fā)明時(shí)，使用含有存在于HoxB13序列3’非翻譯區(qū)和/或非編碼區(qū)上的序列的多核苷酸來(lái)檢測(cè)癌細(xì)胞或乳腺癌細(xì)胞內(nèi)的表達(dá)水平。這種多核苷酸還可以包含HoxB13序列編碼區(qū)3’部分所發(fā)現(xiàn)的序列。包含編碼區(qū)和3’非編碼區(qū)序列組合的多核苷酸優(yōu)選具有連續(xù)排列的序列，并且未插入異源序列。另外，可利用具有HOXB13序列的5’非翻譯區(qū)和/或非編碼區(qū)上存在的序列的多核苷酸來(lái)實(shí)施本發(fā)明，以檢測(cè)癌細(xì)胞或乳腺癌細(xì)胞內(nèi)的表達(dá)水平。這種多核苷酸還可以包含編碼區(qū)5’部分所發(fā)現(xiàn)的序列。包含編碼區(qū)和5’非編碼區(qū)序列組合的多核苷酸優(yōu)選具有連續(xù)排列的序列，并且未插入異源序列。也可用HOXB13編碼區(qū)所存在的序列來(lái)實(shí)施本發(fā)明。優(yōu)選的多核苷酸包含從3’或5’非翻譯區(qū)和/或非編碼區(qū)開(kāi)始的含至少約16、至少約18、至少約20、至少約22、至少約24、至少約26、至少約28、至少約30、至少約32、至少約34、至少約36、至少約38、至少約40、至少約42、至少約44或至少約46個(gè)連續(xù)核苷酸的序列。上句中使用的術(shù)語(yǔ)“約”是指所述數(shù)值加1或減1。更優(yōu)選的是包含至少或約50、至少或約100、至少或約150、至少或約200、至少或約250、至少或約300、至少或約350、至少或約400個(gè)連續(xù)核苷酸的序列的多核苷酸。上句中使用的術(shù)語(yǔ)“約”是指所述數(shù)值加或減10％。從本發(fā)明的多核苷酸中所出現(xiàn)的HoxB13編碼區(qū)3’或5’末端開(kāi)始的序列所具有的長(zhǎng)度與上面所描述的那些序列相同，除非它們受編碼區(qū)天然長(zhǎng)度的限制。編碼區(qū)的3’端可包括多達(dá)3’編碼區(qū)一半的序列。相反的，編碼區(qū)5’端可包括多達(dá)5’編碼區(qū)一半的序列。當(dāng)然，也可使用上述序列、或編碼區(qū)和包含其一部分的多核苷酸的完整序列。在本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式中，可使用包含HoxB13序列5’和/或3’端核苷酸缺失的多核苷酸。缺失優(yōu)選從5’和/或3’端開(kāi)始缺失1-5、5-10、10-15、15-20、20-25、25-30、30-35、35-40、40-45、45-50、50-60、60-70、70-80、80-90、90-100、100-125、125-150、150-175或175-200個(gè)核苷酸，雖然缺失的長(zhǎng)度天然地受限于序列的長(zhǎng)度以及能夠使用多核苷酸來(lái)檢測(cè)表達(dá)水平的要求。得自HoxB13序列3’端的本發(fā)明的其它多核苷酸包含用于定量PCR的引物序列，還可以含有探針序列。優(yōu)選的引物和探針是那些能擴(kuò)增距離基因或表達(dá)的序列的聚腺苷酸信號(hào)或聚腺苷酸化位點(diǎn)不到約350、約300、約250、約200、約150、約100、或約50個(gè)核苷酸的區(qū)域的引物和探針。其它可用于實(shí)施本發(fā)明的多核苷酸包括與HoxB13序列具有充分同源性從而可以通過(guò)雜交技術(shù)來(lái)檢測(cè)其表達(dá)的那些多核苷酸。這種多核苷酸優(yōu)選與本文所述的HOXB13序列具有約或95％、約或96％、約或97％、約或98％、或約或99％的一致性。一致性可用如上所述的BLAST算法測(cè)定。根據(jù)多核苷酸在約30-50％v/v的甲酰胺、0.01-0.15M的雜交用鹽濃度、約0.01-0.15M的洗滌鹽濃度、約55-65℃或更高溫度的嚴(yán)謹(jǐn)條件或與其相當(dāng)?shù)臈l件下，與本發(fā)明的多核苷酸能夠雜交的情況，本文還描述了可用于實(shí)現(xiàn)本發(fā)明的其它多核苷酸。在本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式中，提供了包含人HOXB13序列的單鏈或雙鏈的單鏈核酸分子群作為探針，這樣所述核酸分子群的至少一部分可以和從癌細(xì)胞如乳腺癌細(xì)胞的RNA定量擴(kuò)增得到單鏈或雙鏈核酸分子雜交。該核酸分子群可以只是人HOXB13序列的反義鏈，這樣乳腺癌細(xì)胞的或從乳腺癌細(xì)胞擴(kuò)增的反義鏈分子可與所述群的一部分雜交。與包含正常乳腺細(xì)胞的互補(bǔ)HoxB13序列的核酸分子表達(dá)(或擴(kuò)增)量相比，該群優(yōu)選包含充分過(guò)量的所述單鏈或雙鏈的人HoxB13序列。這種過(guò)量條件可使乳腺癌細(xì)胞中核酸的表達(dá)量增加時(shí)其增量可以被很容易地檢測(cè)出來(lái)。另外，單鏈分子群(的量)等于或多于從癌細(xì)胞或乳腺癌細(xì)胞擴(kuò)增出的所有單鏈或雙鏈核酸分子，因而該核酸分子群足夠與所有的單鏈或雙鏈雜交。優(yōu)選的細(xì)胞是ER+乳腺癌對(duì)象的細(xì)胞，或者應(yīng)用他莫昔芬或一種或多種其它“抗雌激素”藥物進(jìn)行抗乳腺癌治療的乳腺癌對(duì)象的細(xì)胞。當(dāng)然，單鏈分子可以是含有本文所述雙鏈核酸分子或多核苷酸的任何HOXB13序列的變性形式。本文所描述的核酸分子群也能與HoxB13序列雜交，其中HoxB13序列所含有的核酸分子水平至少是正常細(xì)胞核酸分子兩倍。在上述實(shí)施方式中，核酸分子可以是從癌細(xì)胞或乳腺癌細(xì)胞定量擴(kuò)增得到的核酸分子，因而可反映所述細(xì)胞表達(dá)的量。優(yōu)選將核酸分子群固定在固相支持物上，可以選自固定在微陣列上的形式。一部分核酸分子群優(yōu)先與通過(guò)RNA擴(kuò)增而從非正?；虍惓?乳腺)細(xì)胞中擴(kuò)增出的核酸分子雜交。擴(kuò)增出的RNA可以是癌細(xì)胞或乳腺癌細(xì)胞產(chǎn)生的RNA，只要所用的擴(kuò)增方法是關(guān)于含HOXB13的序列的定量擴(kuò)增方法。在其它實(shí)施方式中，得自癌細(xì)胞樣品的核酸優(yōu)選通過(guò)使用合適的引物擴(kuò)增，使得只擴(kuò)增HoxB13序列以減少細(xì)胞所表達(dá)的其它基因所產(chǎn)生的背景信號(hào)造成的污染。另外，當(dāng)同時(shí)分析其它基因或所使用的細(xì)胞很少(或一個(gè)細(xì)胞)時(shí)，可在與固定的多核苷酸雜交之前總體擴(kuò)增得自樣品的核酸。當(dāng)然，也可以不擴(kuò)增，而用本領(lǐng)域已知的方法直接標(biāo)記和使用RNA、或其cDNA對(duì)應(yīng)物?？梢栽S多不同的方式應(yīng)用本文所描述的試驗(yàn)實(shí)施方式以鑒定或檢測(cè)侵襲性癌癥。在一些病例中，這將體現(xiàn)為對(duì)已經(jīng)完成作為初步篩選的乳房造影或物理檢查的患者的第二次篩選。如果初次篩選為陽(yáng)性，則經(jīng)后續(xù)的細(xì)針吸取活組織、導(dǎo)管灌洗、細(xì)針抽吸或其它類似的最小侵入性方法提供樣品，用于上述試驗(yàn)實(shí)施方式。本發(fā)明尤其適合與非侵入性方法如導(dǎo)管灌洗或細(xì)針抽吸聯(lián)用，來(lái)制備乳腺細(xì)胞樣品。本發(fā)明提供了一套更客觀的標(biāo)準(zhǔn)，以HoxB13表達(dá)水平的形式，來(lái)區(qū)分(或描繪)(乳腺)癌結(jié)局之間的差異。在本發(fā)明特別優(yōu)選的實(shí)施方式中，根據(jù)癌癥是否是侵襲性的結(jié)果，利用這些試驗(yàn)來(lái)區(qū)分好的和差的結(jié)局。在約10、約20、約30、約40、約50、約60、約70、約80、約90、約100或約150個(gè)月后進(jìn)行比較以區(qū)分結(jié)局之間的差異。雖然好的和差的存活結(jié)局是通過(guò)相互比較而得出的相對(duì)概念，但是，“好”的結(jié)局可視作手術(shù)介入切除乳腺癌腫瘤約60個(gè)月后存活率高于50％?！昂谩钡慕Y(jié)局也可以是手術(shù)介入約60個(gè)月后存活率高于約60％、約70％、約80％或約90％?！安睢钡慕Y(jié)局可視作手術(shù)介入切除乳腺癌腫瘤約60個(gè)月后存活率為50％或更低?！安睢钡慕Y(jié)局也可以是手術(shù)介入約40個(gè)月后存活率為約60％或更低，或約20個(gè)月后存活率為約80％或更低。在本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式中，乳腺癌細(xì)胞樣品的分離和分析按如下過(guò)程進(jìn)行(1)對(duì)患者進(jìn)行導(dǎo)管灌洗或其它非侵入性或最小侵入性方法以獲取樣品。(2)制備樣品并將其涂覆在載玻片上。應(yīng)注意，導(dǎo)管灌洗可導(dǎo)致在進(jìn)行細(xì)胞學(xué)檢查時(shí)觀察到細(xì)胞簇。(3)病理學(xué)家或圖像分析軟件掃描樣品以觀察是否存在不典型細(xì)胞。(4)如果觀察到不典型細(xì)胞，則收集這些細(xì)胞(例如，通過(guò)顯微解剖法，如LCM)。(5)從收集的細(xì)胞內(nèi)提取RNA。(6)直接測(cè)定RNA，或者將RNA轉(zhuǎn)化為cDNA或擴(kuò)增后，檢測(cè)HOXB13序列的表達(dá)。利用本發(fā)明，有經(jīng)驗(yàn)的內(nèi)科醫(yī)生可根據(jù)通過(guò)實(shí)施本發(fā)明所確定的預(yù)后采用或放棄使用TAM或其它抗乳腺癌的藥物進(jìn)行治療。在檢查到有可觸摸病損，然后用細(xì)針抽吸或細(xì)針吸取活檢乳腺細(xì)胞時(shí)，上述討論也是適用的。平鋪這些細(xì)胞，由病理學(xué)家或用可選擇細(xì)胞的自動(dòng)成像系統(tǒng)進(jìn)行觀察以分析這些細(xì)胞。然而，本發(fā)明還可使用實(shí)體組織活檢樣品，其中包括作為冷凍標(biāo)本或FFPE(甲醛固定，石蠟包埋)標(biāo)本儲(chǔ)藏的那些樣品。另外，本發(fā)明也可采集并使用新鮮的或固定的樣品。作為另一個(gè)非限定性的例子，可收集和制備實(shí)體組織活檢樣品用于肉眼觀察，然后測(cè)定本文所鑒定的一個(gè)或多個(gè)基因的表達(dá)以確定(乳腺)癌的結(jié)局。作為另一個(gè)非限定性的例子，可收集和制備實(shí)體組織活檢樣品用于肉眼觀察，然后測(cè)定HoxB13的表達(dá)。一個(gè)優(yōu)選方法是利用與多核苷酸或蛋白質(zhì)鑒定探針進(jìn)行原位雜交以分析HoxB13的表達(dá)。固定樣品的非限定性例子包括用福爾馬林或甲醛固定的樣品(包括FFPE樣品)、用Boudin試劑、glutaldehyde、丙酮、乙醇或其它固定劑，如用于固定細(xì)胞或組織樣品進(jìn)行免疫組化(IHC)的那些固定劑，固定的樣品。其它的例子包括可沉淀細(xì)胞相關(guān)核酸和/或蛋白質(zhì)的固定劑。在本發(fā)明的某些用途中，樣品用標(biāo)準(zhǔn)的病理學(xué)技術(shù)，例如而不限于以免疫組織化學(xué)為基礎(chǔ)的測(cè)定方法，是無(wú)法分類的。在另外一個(gè)方法中，實(shí)體組織活檢樣品可用于提取分子，然后分析HoxB13的表達(dá)。這樣就可能不要求只觀察和收集癌細(xì)胞或懷疑為癌性細(xì)胞的細(xì)胞了。當(dāng)然，這種方法可加以改動(dòng)，使那些只有經(jīng)過(guò)陽(yáng)性篩選的細(xì)胞才被收集并用于提取分析用的分子。在FFPE樣品的例子中，收獲細(xì)胞后要按照本文所描述的方法進(jìn)行RNA提取、擴(kuò)增和檢測(cè)。本發(fā)明提供的方法還可以全部或部分自動(dòng)化。本發(fā)明的第四方面提供了與臨床活動(dòng)相關(guān)的本發(fā)明的用途。在某些實(shí)施方式中，本文所述的HoxB13表達(dá)的確定或檢測(cè)是作為為患者提供的醫(yī)療護(hù)理的一部分而提供的，其中包括在進(jìn)行醫(yī)療護(hù)理時(shí)提供診斷服務(wù)。因此，本發(fā)明包含了患者醫(yī)療護(hù)理中所使用的一種方法，該方法包括按照本文所描述的確定或檢測(cè)患者的含細(xì)胞樣品內(nèi)HoxB13的表達(dá)水平。該方法還包括確定/檢測(cè)結(jié)果的解釋或意義，將其作為指示或預(yù)測(cè)腫瘤表型是否存在的方式，如本文所描述。表達(dá)水平的確定或檢測(cè)可在各種相關(guān)活動(dòng)前進(jìn)行。在某些實(shí)施方式中，當(dāng)人對(duì)象需要進(jìn)行所述的檢測(cè)時(shí)，這種檢測(cè)在對(duì)對(duì)象進(jìn)行確定或診斷后進(jìn)行。在檢測(cè)前可以先確定是否需要進(jìn)行這種檢測(cè)，例如由醫(yī)生、護(hù)士或其他健康護(hù)理提供者或?qū)＜?、或者由在他們指?dǎo)下工作的那些人員、或者由醫(yī)療保險(xiǎn)機(jī)構(gòu)或保健組織在批準(zhǔn)進(jìn)行這種檢測(cè)作為要求賠付或支付的基礎(chǔ)時(shí)來(lái)確定。檢測(cè)可在實(shí)際檢測(cè)所必須的準(zhǔn)備活動(dòng)完成后進(jìn)行。非限定性的例子包括從人對(duì)象中實(shí)際采集含細(xì)胞樣品；或含細(xì)胞樣品的受體；或?qū)⒑?xì)胞樣品切片；或從含細(xì)胞樣品中分離細(xì)胞；或從含細(xì)胞樣品的細(xì)胞中提取RNA；或從含細(xì)胞樣品的細(xì)胞中逆轉(zhuǎn)錄RNA。樣品可以是本文所描述的用于實(shí)現(xiàn)本發(fā)明的任何樣品。在其它實(shí)施方式中，本發(fā)明提供了預(yù)約或接受預(yù)約執(zhí)行對(duì)象醫(yī)療護(hù)理中的方法或本發(fā)明的其它方法的方法。預(yù)約可由醫(yī)生、護(hù)士或其它醫(yī)療服務(wù)提供者，或者在其指導(dǎo)下工作的那些人確定，但是直接的或間接的預(yù)約可由執(zhí)行方法的任何人確定。預(yù)約可通過(guò)任何通訊方式進(jìn)行，其中包括文字的、口頭的、電子的、數(shù)字的、模擬的、電話的、親自、傳真的、郵件的通訊方式，或者通過(guò)美國(guó)國(guó)內(nèi)的司法權(quán)來(lái)傳遞。本發(fā)明還提供了賠償或賠付試驗(yàn)費(fèi)用過(guò)程中的方法，如對(duì)象醫(yī)療護(hù)理中所涉及的上述方法或本發(fā)明的其它方法。賠償或賠付過(guò)程中所涉及的方法包括指明在進(jìn)行了本發(fā)明的表達(dá)水平檢測(cè)、確定或檢測(cè)方法后，1)已接受了賠付，或1)賠付將由其他支付人支付，或3)賠付還停留在紙上或數(shù)據(jù)庫(kù)中。數(shù)據(jù)庫(kù)可以是帶電子表格的任何形式的數(shù)據(jù)庫(kù)，如包含在本發(fā)明范圍內(nèi)的輸入計(jì)算機(jī)的數(shù)據(jù)庫(kù)。指明可以是紙上或數(shù)據(jù)庫(kù)中的編碼(如CPT編碼)的形式?！捌渌Ц度恕笨梢允且郧氨灰筚r償或賠付的人之外的任何人或?qū)嶓w。另外，本發(fā)明的方法還包括接受賠償或賠付用于技術(shù)執(zhí)行或?qū)嶋H執(zhí)行對(duì)象醫(yī)療護(hù)理中所涉及的本文所述的方法；解釋所述方法的結(jié)果；或者執(zhí)行本發(fā)明的其它方法。當(dāng)然，本發(fā)明還包括涉及指導(dǎo)其他人或團(tuán)體接受賠償或賠付的實(shí)施方式。預(yù)約可以通過(guò)任何的通訊方式，其中包括上面所描述的那些方式。接受物可以來(lái)自于任何實(shí)體，非限定性的例子包括保險(xiǎn)公司、保健組織、政府衛(wèi)生機(jī)構(gòu)或?qū)ο?。賠付可以是全部賠付或部分賠付。如果是對(duì)象賠付，那么賠付可以是部分賠付的形式，這被稱為共同支付。在另一個(gè)實(shí)施方式中，本發(fā)明的方法包括向保險(xiǎn)公司、保健組織、政府衛(wèi)生機(jī)構(gòu)或?qū)ο筇岢鲑r償或賠付要求用于執(zhí)行對(duì)象醫(yī)療護(hù)理中所涉及的上述方法或本發(fā)明的其它方法。要求可以是通過(guò)任何通訊方式提出，其中包括上面所描述的那些方式。在另一個(gè)實(shí)施方式中，本發(fā)明的方法包括接收批準(zhǔn)賠付或拒絕賠付的說(shuō)明，其中所述的賠付用于執(zhí)行對(duì)象醫(yī)療護(hù)理中所涉及的上述方法或本發(fā)明的其它方法。這種說(shuō)明可來(lái)自于被要求賠償或賠付的任何人或團(tuán)體，非限定性的例子包括保險(xiǎn)公司、保健組織或政府衛(wèi)生機(jī)構(gòu)如Medicare或Medicaid。說(shuō)明可以是通過(guò)任何通訊方式送達(dá)，其中包括上面所描述的那些方式。另外一個(gè)實(shí)施方式中的方法包括送達(dá)賠償或賠付要求用于執(zhí)行對(duì)象醫(yī)療護(hù)理中所涉及的上述方法或本發(fā)明的其它方法。這種要求可以是通過(guò)任何通訊方式送達(dá)，其中包括上面所描述的那些方式。要求可以是向保險(xiǎn)公司、保健組織、聯(lián)邦衛(wèi)生署或?qū)嵭辛嗽摲椒ǖ娜颂岢龅摹１景l(fā)明的另外一個(gè)方法包括指明需要將賠償或賠付記錄在表格上或輸入數(shù)據(jù)庫(kù)中，其中的賠償或賠付用于執(zhí)行對(duì)象醫(yī)療護(hù)理中所涉及的上述方法或本發(fā)明的其它方法。另外，該方法可以只簡(jiǎn)單說(shuō)明該方法的執(zhí)行情況。數(shù)據(jù)庫(kù)可以是帶電子表格的任何形式的數(shù)據(jù)庫(kù)，例如包括在本發(fā)明范圍內(nèi)的輸入計(jì)算機(jī)的數(shù)據(jù)庫(kù)。說(shuō)明可以是紙上或數(shù)據(jù)庫(kù)中的密碼形式。在對(duì)象醫(yī)療護(hù)理所涉及的上述方法及本發(fā)明的其它方法中，該方法可以包括報(bào)告方法的結(jié)果，報(bào)告對(duì)象可以是衛(wèi)生保健設(shè)備、衛(wèi)生保健提供者或?qū)I(yè)人員、醫(yī)生、護(hù)士或?yàn)槠涔ぷ鞯娜藛T。報(bào)告可以采取任何的通訊形式，其中包括上面所描述的那些形式。本發(fā)明的材料和方法適于按照熟知的方法制備試劑盒。因此，本發(fā)明提供了裝有用于檢測(cè)HoxB13序列表達(dá)的試劑(非限定性的例子如本文所述的多核苷酸和/或抗體)的試劑盒。這種試劑盒還可以包含所述鑒定試劑或關(guān)于它們?cè)诒景l(fā)明方法中如何使用的標(biāo)簽或說(shuō)明書(shū)。這種試劑盒包含容器，每個(gè)容器裝有一種或多種本發(fā)明中所使用的不同試劑(通常為濃縮形式)，例如包括，預(yù)制的微陣列、緩沖液、合適的核苷三磷酸(例如，dATP、dCTP、dGTP和dTTP；或rATP、rCTP、rGTP和UTP)、逆轉(zhuǎn)錄酶、DNA聚合酶、RNA聚合酶和一種或多種本發(fā)明的引物復(fù)合物(例如，連接到可與RNA聚合酶反應(yīng)的啟動(dòng)子上的合適長(zhǎng)度的聚(T)或隨機(jī)引物)。試劑盒通常還包括一套說(shuō)明書(shū)。現(xiàn)在已從總體上描述了本發(fā)明，通過(guò)參考以說(shuō)明形式提供的以下實(shí)施例將更容易地理解本發(fā)明，除非另有說(shuō)明，闡述這些實(shí)施例不意味著對(duì)本發(fā)明的限制。實(shí)施例實(shí)施例1細(xì)胞培養(yǎng)和細(xì)胞系的構(gòu)建MCF-10A細(xì)胞(ATCC；見(jiàn)Soule等，“自發(fā)永生化的人乳腺上皮細(xì)胞系MCF-10的分離和特征鑒定”(Isolationandcharacterizationofaspontaneouslyimmortalizedhumanbreastepithelialcellline，MCF-10)CancerRes506075-86(1990))按文獻(xiàn)所描述的方法(參見(jiàn)，Debnath等，“在三維基底膜培養(yǎng)物中生長(zhǎng)的MCF-10A乳腺上皮腺泡的形態(tài)發(fā)生和腫瘤生成”(MorphogenesisandoncogenesisofMCF-10Amammaryepithelialacinigrowninthree-dimensionalbasementmembranecultures)Methods30256-68(2003))在生長(zhǎng)培養(yǎng)基中培養(yǎng)，培養(yǎng)基為含5％馬血清(Invitrogen)、20ng/mlEGF(Peprotech)、10μg/ml胰島素(Sigma)、100ng/ml霍亂毒素、0.5μg/ml氫化可的松、50U/ml青霉素和50μg/ml鏈霉素的DMEM/F12(Invitrogen)。試驗(yàn)培養(yǎng)基(AM)與生長(zhǎng)培養(yǎng)基相同，只是將5％的馬血清換成了2％的馬血清。含人HOXB13cDNA的質(zhì)粒pDNR是由JoshuaLaBaer(HarvardMedicalSchool)惠贈(zèng)的。將HOXB13亞克隆到逆轉(zhuǎn)錄病毒表達(dá)載體pBabe-puro的SnaB1位點(diǎn)中(見(jiàn)Morgenstern等，“先進(jìn)的哺乳動(dòng)物基因轉(zhuǎn)移技術(shù)含多個(gè)耐藥選擇標(biāo)記的高滴度逆轉(zhuǎn)錄病毒載體和無(wú)互補(bǔ)輔助細(xì)胞的包裝細(xì)胞系”(Advancedmammaliangenetransferhightitreretroviralvectorswithmultipledrugselectionmarkersandacomplementaryhelper-freepackagingcellline)NucleicAcidsRes183587-96(1990))，通過(guò)限制性繪圖來(lái)確定插入方向是否正確。按文獻(xiàn)描述的方法(見(jiàn)Ory等，“可用于制備高滴度逆轉(zhuǎn)錄病毒/水泡性口炎膜病毒G偽膜型的穩(wěn)定的人源包裝細(xì)胞系”(Astablehuman-derivedpackagingcelllineforproductionofhightiterretrovirus/vesicularstomatitisvirusGpseudotypes)ProcNatlAcadSciUSA9311400-6(1996))以VSV-GPG包裝細(xì)胞制備含水泡性口膜炎病毒(VSV)包膜蛋白的復(fù)制缺陷型病毒，用2μg/ml嘌呤霉素按照文獻(xiàn)描述的方法(見(jiàn)Debnath等)通過(guò)逆轉(zhuǎn)錄病毒感染制備MCF-10A細(xì)胞的穩(wěn)定群。實(shí)施例2跨孔遷移和侵襲試驗(yàn)利用經(jīng)改裝的24孔Boyben槽進(jìn)行體外遷移和侵襲試驗(yàn)，其中Boyben槽的孔之間安裝有含8微米孔洞的PET(聚對(duì)苯二甲酸乙酯)膜(BDBioCoat)。未包被的膜用于遷移試驗(yàn)，用Matrigel(一種Engelbroth-Holm-Swarm(EHS)肉瘤來(lái)源的細(xì)胞外基質(zhì)成分的復(fù)雜混合物)包被的膜用于侵襲試驗(yàn)(見(jiàn)Repesh等“一種體外定量測(cè)定腫瘤細(xì)胞侵襲性的新方法”(Anewinvitroassayforquantitatingtumorcellinvasion)InvasionMetastasis9192-208(1989))。感染逆轉(zhuǎn)錄病毒構(gòu)建物的MCF-10A細(xì)胞穩(wěn)定群在試驗(yàn)開(kāi)始前一直用生長(zhǎng)培養(yǎng)基培養(yǎng)。將100μl含5×104細(xì)胞的試驗(yàn)培養(yǎng)基接種到上槽內(nèi)，將含或不含20ng/mlEGF的500μl試驗(yàn)培養(yǎng)基加到下槽內(nèi)。細(xì)胞在37℃孵育24小時(shí)，然后用70％乙醇固定20分鐘，用PBS沖洗，然后用DAPI(500ng/ml)染色。將保留在上表面的細(xì)胞用棉頭拭子機(jī)械清除。計(jì)數(shù)保留在下層的細(xì)胞(每個(gè)跨孔膜數(shù)5個(gè)視野，20倍放大)?？缈啄ぴO(shè)三個(gè)復(fù)本，結(jié)果取其平均值。按照文獻(xiàn)描述的方法(見(jiàn)Albini等，“一種快速的定量測(cè)定腫瘤細(xì)胞侵襲潛能的方法”(Arapidinvitroassayforquantitatingtheinvasivepotentialoftumorcells)CancerRes473239-45(1987)和Repesh等)測(cè)定穿過(guò)Matrigel包被的經(jīng)改造的Boyden槽的侵襲。實(shí)施例3結(jié)果HoxB13可刺激哺乳動(dòng)物細(xì)胞遷移和侵襲。如圖1所示，通過(guò)RT-QPCR分析從以前發(fā)表的文獻(xiàn)中所獲得的LCM制備的正常和惡性乳腺上皮細(xì)胞(n＝45，見(jiàn)Ma等，“人乳腺癌惡化的基因表達(dá)序型”(Geneexpressionprofilesofhumanbreastcancerprogression)ProcNatlAcadSci，USA1005974-9(2003))，結(jié)果表明，與正常的乳腺上皮細(xì)胞相比，導(dǎo)管原位癌(DCIS，P＝0.002)和侵襲性導(dǎo)管癌(IDC，P＝0.006)內(nèi)的HOXB13平均表達(dá)水平明顯升高。與患者匹配的正常細(xì)胞相比，56％的DCIS或IDC病例過(guò)量表達(dá)HOXB13，升高倍數(shù)大于2。圖2顯示的是利用RNA原位雜交技術(shù)確定HOXB13的腫瘤細(xì)胞特異性表達(dá)。令人感興趣的是，試驗(yàn)結(jié)果顯示有一個(gè)亞組的正常乳腺標(biāo)本其終末導(dǎo)管小葉單位表達(dá)HOXB13，提示HOXB13有可能在正常乳腺生理中也發(fā)揮作用。通過(guò)在MCCF-10A細(xì)胞內(nèi)表達(dá)CMV驅(qū)動(dòng)的構(gòu)建物來(lái)研究HOXB13的潛在生物學(xué)功能。經(jīng)RT-QPCR試驗(yàn)證實(shí)，HOXB13可在MCF-10A細(xì)胞內(nèi)異位表達(dá)(圖3的插圖)。表達(dá)HOXB13的細(xì)胞展示了不同的形態(tài)學(xué)變化，其特征在于上皮細(xì)胞型連接的減少(數(shù)據(jù)未列出)。與空白轉(zhuǎn)染的細(xì)胞相比，表達(dá)HOXB13的MCF10A細(xì)胞在EGF存在的條件下在跨膜遷移試驗(yàn)中所表現(xiàn)出的細(xì)胞運(yùn)動(dòng)性升高5倍(圖3)。表達(dá)HOXB13的細(xì)胞即使在未添加外源EGF的情況下也表現(xiàn)出了遷移能力的升高。分析細(xì)胞侵襲通過(guò)Matrigel包被的經(jīng)改造的Boyden槽的能力是一種分析體內(nèi)轉(zhuǎn)移潛能的可靠方法，在EGF存在的條件下，HOXB13的表達(dá)可使細(xì)胞的侵襲能力增加5倍(圖4)。如果不被理論所束縛，那么這些現(xiàn)象說(shuō)明HOXB13可調(diào)節(jié)與EGF依賴的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)協(xié)同發(fā)揮功能的通路以刺激細(xì)胞在體外的運(yùn)動(dòng)和侵襲。圖5描述的是MCF10A細(xì)胞和異位表達(dá)HOXB13的MCF-10A細(xì)胞的二維形態(tài)學(xué)。圖6描述的是MCF-10A細(xì)胞內(nèi)HoxB13的異位表達(dá)可增強(qiáng)細(xì)胞通過(guò)EHS(Engelbroth-Holm-Swarm)肉瘤來(lái)源的細(xì)胞外基質(zhì)組分發(fā)生EGF刺激的遷移的能力。插圖與圖3所述的一樣。在膠原或EGF存在的情況下，表達(dá)HOXB13的細(xì)胞的遷移能力進(jìn)一步升高。圖7描述的是MCF10A細(xì)胞內(nèi)HoxB13的異位表達(dá)可增強(qiáng)EGF刺激的通過(guò)EHS底物的侵襲。圖8描述的是在存在或不存在合成的二聚物(AP1510)的情況下AN10細(xì)胞內(nèi)HoxB13的表達(dá)可增強(qiáng)細(xì)胞的遷移能力。AM代表試驗(yàn)培養(yǎng)基；coll代表膠原。無(wú)論是否已特地納入，本文所引用的所有參考文獻(xiàn)，包括專利、專利申請(qǐng)和出版物都已完整納入本文作為參考。但是，本文對(duì)文獻(xiàn)的引用并不意味著承認(rèn)任何文獻(xiàn)是恰當(dāng)?shù)脑谙阮I(lǐng)域。有關(guān)日期的所有陳述或有關(guān)文獻(xiàn)內(nèi)容的所有表述都是根據(jù)申請(qǐng)已有的信息作出的，并不意味著承認(rèn)文獻(xiàn)日期或內(nèi)容的正確性?，F(xiàn)在雖然已經(jīng)全面描述了本發(fā)明，但是本領(lǐng)域技術(shù)人員應(yīng)當(dāng)理解，只要不背離本發(fā)明的精神和范圍，無(wú)需進(jìn)行過(guò)多試驗(yàn)就可以在廣泛范圍內(nèi)的同等參數(shù)、濃度和條件下實(shí)施本發(fā)明，而不背離本發(fā)明的精神和范圍且無(wú)需過(guò)多實(shí)驗(yàn)。雖然已結(jié)合本發(fā)明的特定實(shí)施方式描述了本發(fā)明，但是，應(yīng)當(dāng)理解的是，本發(fā)明還可以作進(jìn)一步的修改。本申請(qǐng)打算根據(jù)本發(fā)明的通用原理來(lái)涵蓋本發(fā)明的所有變體、用途或改編，包括那些脫離本說(shuō)明書(shū)內(nèi)容的，如本發(fā)明所屬領(lǐng)域內(nèi)已知的或常規(guī)實(shí)踐的范圍中的以及可應(yīng)用于上述基本特征的變化和應(yīng)用。權(quán)利要求1.一種鑒定或分類一個(gè)或多個(gè)樣品細(xì)胞轉(zhuǎn)移到其它組織內(nèi)的潛能的方法，所述方法包括確定所述一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞內(nèi)HoxB13基因的表達(dá)水平，其中表達(dá)水平相對(duì)升高說(shuō)明所述的一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞的轉(zhuǎn)移潛能升高。2.一種鑒定或分類一個(gè)或多個(gè)樣品細(xì)胞侵襲其它組織的潛能的方法，該方法包括確定所述一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞內(nèi)HoxB13基因的表達(dá)水平，其中表達(dá)水平相對(duì)升高說(shuō)明所述的一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞的侵襲潛能升高。3.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述一個(gè)或多個(gè)樣品細(xì)胞是對(duì)象或患者的原發(fā)性癌細(xì)胞，任選為雌激素受體陽(yáng)性癌細(xì)胞。4.如權(quán)利要求3所述的方法，其特征在于，所述癌癥選自乳腺腺癌、宮頸腺癌、食管腺癌、膽囊腺癌、肺腺癌、胰腺腺癌、小腸-大腸腺癌、胃腺癌、星形細(xì)胞瘤、皮膚基底細(xì)胞癌、肝膽管癌、卵巢透明細(xì)胞腺癌、彌散性大B細(xì)胞淋巴瘤、睪丸胚胎性癌、子宮內(nèi)膜樣癌、尤因肉瘤、甲狀腺濾泡狀癌、胃腸道間質(zhì)瘤、卵巢生殖細(xì)胞腫瘤、睪丸生殖細(xì)胞腫瘤、膠質(zhì)母細(xì)胞瘤、肝細(xì)胞癌、霍奇金淋巴瘤、肺大細(xì)胞癌、平滑肌肉瘤、脂肪肉瘤、乳腺小葉癌、惡性纖維組織細(xì)胞瘤、甲狀腺髓質(zhì)癌、黑色素瘤、腦膜瘤、肺間皮瘤、卵巢粘液腺癌、肌纖維肉瘤、腸神經(jīng)內(nèi)分泌瘤、少突神經(jīng)膠質(zhì)瘤、骨肉瘤、甲狀腺乳頭狀癌、嗜鉻細(xì)胞瘤、腎細(xì)胞癌、橫紋肌肉瘤、睪丸精原細(xì)胞瘤、卵巢漿液性腺瘤、肺小細(xì)胞癌、宮頸鱗狀上皮細(xì)胞癌、食管鱗狀上皮細(xì)胞癌、喉頭鱗狀上皮細(xì)胞癌、肺鱗狀上皮細(xì)胞癌、皮膚鱗狀上皮細(xì)胞癌、滑膜肉瘤、T細(xì)胞淋巴瘤或膀胱移行上皮癌。5.如權(quán)利要求4所述的方法，其特征在于，所述癌癥是選自如下組織的癌癥腎上腺、膀胱、骨、腦、乳腺、宮頸、子宮內(nèi)膜、食管、膽囊、腎、喉頭、肝、肺、淋巴結(jié)、卵巢、胰腺、前列腺、皮膚、軟組織、小腸/大腸、胃、睪丸、甲狀腺或子宮。6.如權(quán)利要求1所述的方法，該方法還包括確定對(duì)象的淋巴結(jié)狀況，其中淋巴結(jié)無(wú)癌癥存在結(jié)合HoxB13表達(dá)處于正常水平之上用于指示所述的轉(zhuǎn)移潛能的升高。7.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞存在于得自對(duì)象的細(xì)胞生物樣品中。8.如權(quán)利要求7所述的方法，其特征在于，所述樣品是新鮮樣品、冷凍樣品或固定樣品。9.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述確定包括測(cè)定HoxB13mRNA的表達(dá)水平、HoxB13DNA的脫甲基化水平或HOXB13蛋白的表達(dá)水平。10.如權(quán)利要求9所述的方法，其特征在于，所述確定包括通過(guò)使用定量PCR，包括逆轉(zhuǎn)錄酶PCR和實(shí)時(shí)PCR，測(cè)定mRNA表達(dá)。11.如權(quán)利要求9所述的方法，其特征在于，所述確定包括通過(guò)使用微陣列測(cè)定mRNA表達(dá)。12.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述確定包括通過(guò)檢測(cè)表達(dá)的HoxB13序列的片段或表位來(lái)測(cè)定蛋白質(zhì)表達(dá)。13.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，表達(dá)正?；虮磉_(dá)水平位于正常值之下說(shuō)明轉(zhuǎn)移的潛能未升高或轉(zhuǎn)移的潛能下降。14.一種預(yù)測(cè)對(duì)象預(yù)后或疾病結(jié)局的方法，所述方法包括確定所述對(duì)象來(lái)源的生物樣品的一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞內(nèi)HoxB13基因的表達(dá)水平，其中表達(dá)水平高于正常值則說(shuō)明所述對(duì)象發(fā)生癌癥轉(zhuǎn)移的潛能升高、癌癥復(fù)發(fā)的可能性增加或預(yù)期壽命下降，HoxB13的表達(dá)正?；虮磉_(dá)水平位于正常值之下則說(shuō)明不存在癌癥轉(zhuǎn)移潛能升高、癌癥復(fù)發(fā)的可能性增加或預(yù)期壽命下降。15.如權(quán)利要求14所述的方法，其特征在于，所述癌癥復(fù)發(fā)選自局部復(fù)發(fā)、區(qū)域復(fù)發(fā)、遠(yuǎn)端復(fù)發(fā)或?qū)?cè)復(fù)發(fā)。16.如權(quán)利要求14所述的方法，其特征在于，所述樣品是癌前樣品或組織活檢樣品，或者是確診的癌癥樣品或組織活檢樣品。17.一種確定對(duì)象治療方案的方法，所述方法包括通過(guò)權(quán)利要求14所述的方法確定所述對(duì)象的預(yù)后或結(jié)局；以及根據(jù)所述預(yù)后或結(jié)局為所述對(duì)象確定治療方案。18.如權(quán)利要求14所述的方法，其特征在于，所述癌癥復(fù)發(fā)選自局部復(fù)發(fā)、區(qū)域復(fù)發(fā)、遠(yuǎn)端復(fù)發(fā)或?qū)?cè)復(fù)發(fā)。19.如權(quán)利要求14所述的方法，其特征在于，所述一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞是癌細(xì)胞，任選原發(fā)性癌細(xì)胞或雌激素受體陽(yáng)性癌細(xì)胞。20.如權(quán)利要求2所述的方法，其特征在于，所述細(xì)胞是乳腺細(xì)胞，任選ADH或DCIS細(xì)胞。全文摘要本發(fā)明涉及檢測(cè)HoxB13(同源異形框B13)基因增強(qiáng)的表達(dá)作為侵襲性或轉(zhuǎn)移性癌癥表型的指示。本發(fā)明提供了檢測(cè)HoxB13基因的表達(dá)水平，任選結(jié)合結(jié)節(jié)狀況，作為侵襲性或轉(zhuǎn)移性表型以及細(xì)胞遷移和/或運(yùn)動(dòng)能力升高的指示因子的方法。本發(fā)明還提供了檢測(cè)HoxB13基因的表達(dá)水平以幫助確定對(duì)象的預(yù)后以及臨床診斷和治療方案的方法。文檔編號(hào)C12Q1/68GK101040056SQ200580026507公開(kāi)日2007年9月19日申請(qǐng)日期2005年6月3日優(yōu)先權(quán)日2004年6月4日發(fā)明者M(jìn)·G·厄蘭德,D·C·斯格羅,馬小駿申請(qǐng)人:阿威亞拉德克斯股份有限公司,總醫(yī)院有限公司