專利名稱：嚴(yán)重急性呼吸綜合征的流行病學(xué)檢測的分子標(biāo)記和方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及分子流行病學(xué)領(lǐng)域，具體是非典型性肺炎流行病學(xué)檢測的分子標(biāo)記和方法。
背景技術(shù)：
2003年我國和世界上許多國家遭到了一次大規(guī)模的非典型肺炎(Atypicalpneumonias)的侵襲，由非典型肺炎引起的嚴(yán)重急性呼吸綜合征(Severe AcuteRespiratory Sydrome，SARS)已經(jīng)在22個(gè)國家和地區(qū)發(fā)生。世界衛(wèi)生組織(WorldHealth Organization，WHO)在疫情發(fā)生后迅速建立起由全球10個(gè)國家的13個(gè)實(shí)驗(yàn)室組成的協(xié)作研究和監(jiān)測網(wǎng)絡(luò)。4月16日，WHO正式確認(rèn)SARS的病原體是一種新型冠狀病毒，這是一種單鏈RNA病毒。
全球已有8000多例非典型肺炎患者，在某些發(fā)病區(qū)其死亡率達(dá)到15％，給人民群眾帶來了極大的恐慌。及時(shí)開展SARS冠狀病毒的病原學(xué)以及預(yù)防、診斷和治療的研究，加強(qiáng)控制和治療措施、對患者和疑似病例做到早發(fā)現(xiàn)、早隔離和早治療，是控制疫情繼續(xù)發(fā)生和傳播的關(guān)鍵。
目前所出現(xiàn)的檢測試劑盒等僅能針對病人的發(fā)病與否進(jìn)行檢測，而不能對病人在流行病發(fā)生過程中何時(shí)受到感染進(jìn)行檢測，因此不能對于傳染病的爆發(fā)和流行過程提供有用的信息，和確定傳染來源等。因此，本領(lǐng)域迫切需要一種確定病人處于流行病傳染何種時(shí)期的方法。

發(fā)明內(nèi)容
本發(fā)明的目的是提供一種有效確定SARS病人的流行病學(xué)感染時(shí)期的方法。
本發(fā)明的另一目的是提供具有特定核苷酸突變類型的SARS基因組序列。
在本發(fā)明的一個(gè)方面，提供了一種檢測SARS病毒的流行病階段的方法，該方法包括步驟檢測SARS病毒的核酸序列，與Genbank登錄號NC004718(SEQ ID NO1)的序列對比，其中a)序列中具有選自下組的突變，表明該病毒屬于早期型SARS病毒27883位起有29個(gè)堿基插入，27856-27910處53個(gè)堿基缺失，1206→C，9404→C，9479→C，17564→G，20840→A，21721→A，22222→C，23823→G，27827→C；b)序列中具有選自下組的突變，表明該病毒屬于中期I型SARS病毒1206→T，9404→T，9479→T，17564→G，20840→G，21721→A，22222→C，23823→T，27827→C；c)序列中具有選自下組的突變，表明該病毒屬于中期II型SARS病毒1206→T，9404→C，9479→T，17564→G，20840→G，21721→A，22222→C，23823→T，27827→C；d)序列中具有選自下組的突變，表明該病毒屬于晚期型SARS病毒1206→T，9404→T，9479→T，17564→T，20840→G，21721→G，22222→T，23823→T，27827→T；e))在流行中期病毒中存在散在發(fā)生的堿基變異，如，21721→G，22222→T，27827→C；21721→A，22222→T，27827→G；f)序列中具有選自下組的突變，表明該病毒屬于早早期型SARS病毒2759或2760→T，3584→G，4108→A，6295→T，25286→A，25341→A，25356→G，25508→A，25628→G，25693→A，22570→C，22930→G，23316-23317→TT；g)序列中具有選自下組的突變，表示該病毒屬于果子貍病毒22927-22928→GA或AA。
在本發(fā)明的第二個(gè)方面，提供了一種SARS病毒核酸序列，該核酸序列具有SEQID NO1的序列，并且具有選自下列的突變a)早期型SARS病毒突變27883位起有29個(gè)堿基插入，27856-27910處53個(gè)堿基缺失，1206→C，9404→C，9479→C，17564→G，20840→A，21721→A，22222→C，23823→G，27827→C；b)中期I型SARS病毒突變1206→T，9404→T，9479→T，17564→G，20840→G，21721→A，22222→C，23823→T，27827→C；
c)中期II型SARS病毒突變1206→T，9404→C，9479→T，17564→G，20840→G，21721→A，22222→C，23823→T，27827→C；d)晚期型SARS病毒突變1206→T，9404→T，9479→T，17564→T，20840→G，21721→G，22222→T，23823→T，27827→T；e)在流行中期病毒中存在散在發(fā)生的堿基變異21721→G，22222→T，27827→C；21721→A，22222→T，27827→G；f)早早期型SARS病毒突變2759或2760→T，3584→G，4108→A，6295→T，25286→A，25341→A，25356→G，25508→A，25628→G，25693→A，22570→C，22930→G，23316-23317→TT；g)果子貍病毒22927-22928→GA或AA。
在本發(fā)明的第三個(gè)方面，公開了一種特異性檢測SARS病毒S蛋白的試劑盒，含有容器和裝在容器內(nèi)的引物對，所述的引物對擴(kuò)增出的擴(kuò)增產(chǎn)物含有對應(yīng)于SARS病毒核苷酸序列以下位點(diǎn)的核苷酸序列a)早期型SARS病毒突變27883位起有29個(gè)堿基插入，27856-27910處53個(gè)堿基缺失，1206→C，9404→C，9479→C，17564→G，20840→A，21721→A，22222→C，23823→G，27827→C；b)中期I型SARS病毒突變1206→T，9404→T，9479→T，17564→G，20840→G，21721→A，22222→C，23823→T，27827→C；c)中期II型SARS病毒突變1206→T，9404→C，9479→T，17564→G，20840→G，21721→A，22222→C，23823→T，27827→C；d)晚期型SARS病毒突變1206→T，9404→T，9479→T，17564→T，20840→G，21721→G，22222→T，23823→T，27827→T；e)在流行中期病毒中存在散在發(fā)生的堿基變異21721→G，22222→T，27827→C；21721→A，22222→T，27827→G。
f)早早期型SARS病毒突變2759或2760→T，3584→G，4108→A，6295→T，25286→A，25341→A，25356→G，25508→A，25628→G，25693→A，22570→C，22930→G，23316-23317→TT；g)果子貍病毒22927-22928→GA或AA。
具體實(shí)施例方式
本發(fā)明的基因序列的編號基于加拿大分離到的SARS病毒株的基因序列(SEQID NO1)，其在Genbank的登錄號為NC004718(＞gi|30248028|gb|AY274119.3|SARS冠狀病毒TOR2，完全基因組)。
發(fā)明人對于多個(gè)來自廣州等地不同時(shí)期發(fā)病的病人進(jìn)行了調(diào)查，結(jié)果見表2。發(fā)現(xiàn)SARS病毒在不同時(shí)期會產(chǎn)生不同的遺傳突變。其中在堿基27883位開始有29個(gè)堿基的插入(序列如下CCT ACT GGT TAC CAA CCT GAA TGG AAT AT(SEQID NO2))，在27856-27910位有53個(gè)堿基的缺失的在早期病人中發(fā)現(xiàn)(見表2)。
在對單核苷酸變異的研究中，發(fā)明人還發(fā)現(xiàn)有幾個(gè)重要位點(diǎn)，這些重要位點(diǎn)列于表1。
表1 SARS病毒單核苷酸變異的重要位點(diǎn)

在表1中，早期型發(fā)生于2003年1月-2月初或更早；中期型發(fā)生于2003年2月底-3月初；晚期型發(fā)生于3月中以后。
在此基礎(chǔ)上，發(fā)明人又測試了兩個(gè)新發(fā)現(xiàn)的SARS病人分離到的SARS病毒株(GZ03-01和GZ03-02)的基因序列，發(fā)現(xiàn)了2759或2760→T，3584→G，4108→A，6295→T，25286→A，25341→A，25356→G，25508→A，25628→G，25693→A的突變。在臨床上，這兩個(gè)病人不對人傳染。從流行病史上分析，他們是由果子貍直接感染的，因此是比流行病學(xué)早期(從人到人)更早期的病毒，稱為“早早期”。
利用這些核苷酸突變的位點(diǎn)和序列，可以在發(fā)病前或發(fā)病后，甚至在治愈后的長時(shí)間內(nèi)檢測SARS病毒感染的時(shí)期，從而對于掌握SARS病毒感染來源的資料，建立防疫監(jiān)測網(wǎng)絡(luò)等都有很大的幫助。
基于本發(fā)明公開內(nèi)容，本領(lǐng)域技術(shù)人員可以方便地設(shè)計(jì)出可特異性擴(kuò)增出具有特定位點(diǎn)的SARS病毒核苷酸序列的擴(kuò)增產(chǎn)物，然后通過測序等方法確定是否存在所述突變。通常，引物的長度為15-50bp，較佳地為20-30bp。雖然引物與模板序列完全互補(bǔ)是優(yōu)選的，但是本領(lǐng)域技術(shù)人員知道，在引物與模板存在一定的不互補(bǔ)(尤其是引物的5′端)的情況下，也能夠特異性地?cái)U(kuò)增(即僅擴(kuò)增出所需的片段)。含有這些引物的試劑盒和使用這些引物的方法都在本發(fā)明范圍之內(nèi)，只要該引物擴(kuò)增出的擴(kuò)增產(chǎn)物含有本發(fā)明SNP的對應(yīng)位置。
雖然擴(kuò)增產(chǎn)物的長度沒有特別限制，但是通常擴(kuò)增產(chǎn)物的長度為100-3000bp，較佳地為150-2000bp，更佳地為200-1000bp。這些擴(kuò)增產(chǎn)物都應(yīng)含有本發(fā)明至少一個(gè)所述位點(diǎn)。
下面結(jié)合具體實(shí)施例，進(jìn)一步闡述本發(fā)明。應(yīng)理解，這些實(shí)施例僅用于說明本發(fā)明而不用于限制本發(fā)明的范圍。下列實(shí)施例中未注明具體條件的實(shí)驗(yàn)方法，通常按照常規(guī)條件，例如Sambrook等人，分子克隆實(shí)驗(yàn)室手冊(New YorkColdSpring Harbor Laboratory Press，1989)中所述的條件，或按照制造廠商所建議的條件。
實(shí)施例1采集從流行早期到晚期(2003年1月5日至2003年4月7日)以及新發(fā)現(xiàn)的兩個(gè)來自廣州的SARS病人的多個(gè)SARS患者的病毒分離樣本，分離病毒核酸，然后通過反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)獲得互補(bǔ)DNA(cDNA)，或直接通過反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)從生物學(xué)樣本，如，痰液，糞便和組織器官獲得cDNA，進(jìn)行全序列測定。結(jié)果見表2。
表2對多個(gè)病人分離到的SARS病毒進(jìn)行的核苷酸分析



結(jié)果發(fā)現(xiàn)這些病人在本申請所述的單核苷酸位點(diǎn)的突變與其感染的時(shí)間相對應(yīng)。
實(shí)施例2SARS突變S蛋白的檢測II采集從流行早早期(2004年1-2月)廣州的三個(gè)SARS患者的病毒分離培養(yǎng)樣本以及來自果子貍的SARS病毒樣本。按實(shí)施例1相同方法，對分離的SARS病毒全序列測定，從中獲得S蛋白序列。結(jié)果如表3所示。
表3列出了早早期SARS病毒S蛋白突變的位點(diǎn)和核苷酸改變。

2004年初廣東新診斷出的SARS病例(即GZ03-01，GZ03-02，GZ03-03病例)雖然出現(xiàn)時(shí)間晚于2002-2003年的病例，但是基于臨床診斷和序列分析，認(rèn)為屬于早早期的SARS病例，因?yàn)檫@些早早期SARS的全序列一方面與果子貍的SARS病毒全序列更為接近，而且其感染力也很弱，沒有發(fā)生人與人之間傳播情況，這提示這些早早期SARS病毒在人與人之間傳播力非常弱，甚至可能不能在人與人之間傳播。此外，早早期SARS感染病例出現(xiàn)抗SARS抗體的時(shí)間明顯早已其他SARS病毒(例如早、中、晚期SARS，如S30，S08，C52，C53，GZ01等)的感染病例，這提示這些早早期SARS更容易被人體的免疫系統(tǒng)所識別。
S蛋白是SARS病毒與宿主細(xì)胞表面上的受體發(fā)生結(jié)合的主要蛋白，因此S蛋白的變異情況與SARS病毒的感染力強(qiáng)弱密切相關(guān)。根據(jù)對90例SARS病毒的全序列測定結(jié)果以及對多例果子貍SARS病毒的全序列測定結(jié)果，表明表3所示的S蛋白位點(diǎn)22570、22927-22928、22930、23316-23317位不僅可以作為早早期SARS病毒的特異性標(biāo)志，而且這些位點(diǎn)的突變所導(dǎo)致的氨基酸突變(即360 F→S；479N→R或K；480 D→G；609 A→L)會導(dǎo)致SARS病毒的感染力減弱，然而卻不影響其免疫原性，因此在制備抗SARS疫苗方面有巨大的應(yīng)用前景。
此外，22927-22928位和23316-23317位是兩個(gè)很特別的雙突變位點(diǎn)。其中22927-22928位在所有感染人的SARS中都是AT型(對應(yīng)氨基酸為Asn)，而在果子貍中存在GA型和AA型(對應(yīng)氨基酸為帶正電荷的氨基酸Arg或Lys)，這提示只有果子貍SARS病毒發(fā)生突變所產(chǎn)生AT型，才可有效地感染人。而非AT型(如GA型和AA型)SARS病毒并不感染人。因此，這一位點(diǎn)可以作為區(qū)分SARS病毒來源和判斷其感染力強(qiáng)弱的重要標(biāo)識之一。
23316-23317位在所有測定的SARS病例中只有GC和TT兩種，在所有2003年的SARS感染病例中都是GC型(對應(yīng)氨基酸為Ala)，而在果子貍和早早期的SARS病例中為TT型或GC型(對應(yīng)氨基酸為氨基酸Leu)，這提示這位點(diǎn)非常重要，而且GC型SARS對人的感染力強(qiáng)。而TT型SARS病毒感染力弱。因此，這一位點(diǎn)可以作為判斷SARS感染力強(qiáng)弱的重要標(biāo)識之一。
此外，根據(jù)對S蛋白結(jié)構(gòu)的分析，表明S蛋白第311-487位氨基酸構(gòu)成的區(qū)段(對應(yīng)于第22422-22951位核苷酸)，參與S蛋白和ACE2受體結(jié)合，而第577-613位氨基酸構(gòu)成的區(qū)段(對應(yīng)于第23220-23330位核苷酸)與三聚體的形成的有關(guān)。而22927-22928位和23316-23317位分別位于上述兩個(gè)區(qū)段，因此在SARS檢測上具有重要意義。
實(shí)施例3SARS檢測試劑盒如實(shí)施例1-2所述，SEQ ID NO1中22222、22570、22927-22928、22930、23316-23317、23823等位點(diǎn)與SARS的感染力強(qiáng)弱密切相關(guān)。因此，基于這些突變設(shè)計(jì)特異性引物，用盲法取不同SARS病毒DNA為模板進(jìn)行擴(kuò)增進(jìn)行檢測。
制備一試劑盒(100人次)，它含有


將檢測試劑盒中的PCR引物稀釋到1umol/μl，以所提取的SARS DNA為模板與所提供的引物進(jìn)行PCR反應(yīng)。PCR產(chǎn)物(對應(yīng)于SEQ ID NO1中第22890-23910為)純化后，用ABI-PRISMTM377 DNA測序儀進(jìn)行熒光標(biāo)記末端終止法雙向測序，用Polyphred軟件進(jìn)行序列的判讀和SNP確認(rèn)。然后根據(jù)SNP來判斷待檢測SARS的感染力強(qiáng)弱。
檢測結(jié)果如表4所示，與臨床結(jié)果和樣本來源完全相符。
表4檢測結(jié)果

在本發(fā)明提及的所有文獻(xiàn)都在本申請中引用作為參考，就如同每一篇文獻(xiàn)被單獨(dú)引用作為參考那樣。此外應(yīng)理解，在閱讀了本發(fā)明的上述講授內(nèi)容之后，本領(lǐng)域技術(shù)人員可以對本發(fā)明作各種改動(dòng)或修改，這些等價(jià)形式同樣落于本申請所附權(quán)利要求書所限定的范圍。
序列表<110>國家人類基因組南方研究中心廣東省疾病預(yù)防控制中心廣州市疾病預(yù)防控制中心中國人民解放軍軍需大學(xué)<120>用于嚴(yán)重急性呼吸綜合征的流行病學(xué)檢測的分子標(biāo)記和方法<130>043093<150>CN 03141517.2<151>2003-07-10<160>4<170>PatentIn version 3.1<210>1<211>29751<212>DNA<213>SARS病毒(SARS virus)<400>1atattaggtt tttacctacc caggaaaagc caaccaacct cgatctcttg tagatctgtt60ctctaaacga actttaaaat ctgtgtagct gtcgctcggc tgcatgccta gtgcacctac120gcagtataaa caataataaa ttttactgtc gttgacaaga aacgagtaac tcgtccctct180tctgcagact gcttacggtt tcgtccgtgt tgcagtcgat catcagcata cctaggtttc240gtccgggtgt gaccgaaagg taagatggag agccttgttc ttggtgtcaa cgagaaaaca300cacgtccaac tcagtttgcc tgtccttcag gttagagacg tgctagtgcg tggcttcggg360gactctgtgg aagaggccct atcggaggca cgtgaacacc tcaaaaatgg cacttgtggt420ctagtagagc tggaaaaagg cgtactgccc cagcttgaac agccctatgt gttcattaaa480cgttctgatg ccttaagcac caatcacggc cacaaggtcg ttgagctggt tgcagaaatg540gacggcattc agtacggtcg tagcggtata acactgggag tactcgtgcc acatgtgggc600gaaaccccaa ttgcataccg caatgttctt cttcgtaaga acggtaataa gggagccggt660ggtcatagct atggcatcga tctaaagtct tatgacttag gtgacgagct tggcactgat720cccattgaag attatgaaca aaactggaac actaagcatg gcagtggtgc actccgtgaa780ctcactcgtg agctcaatgg aggtgcagtc actcgctatg tcgacaacaa tttctgtggc840ccagatgggt accctcttga ttgcatcaaa gattttctcg cacgcgcggg caagtcaatg900tgcactcttt ccgaacaact tgattacatc gagtcgaaga gaggtgtcta ctgctgccgt960gaccatgagc atgaaattgc ctggttcact gagcgctctg ataagagcta cgagcaccag1020acacccttcg aaattaagag tgccaagaaa tttgacactt tcaaagggga atgcccaaag1080tttgtgtttc ctcttaactc aaaagtcaaa gtcattcaac cacgtgttga aaagaaaaag1140actgagggtt tcatggggcg tatacgctct gtgtaccctg ttgcatctcc acaggagtgt1200aacaatatgc acttgtctac cttgatgaaa tgtaatcatt gcgatgaagt ttcatggcag1260acgtgcgact ttctgaaagc cacttgtgaa cattgtggca ctgaaaattt agttattgaa1320ggacctacta catgtgggta cctacctact aatgctgtag tgaaaatgcc atgtcctgcc1380tgtcaagacc cagagattgg acctgagcat agtgttgcag attatcacaa ccactcaaac1440attgaaactc gactccgcaa gggaggtagg actagatgtt ttggaggctg tgtgtttgcc1500tatgttggct gctataataa gcgtgcctac tgggttcctc gtgctagtgc tgatattggc1560tcaggccata ctggcattac tggtgacaat gtggagacct tgaatgagga tctccttgag1620atactgagtc gtgaacgtgt taacattaac attgttggcg attttcattt gaatgaagag1680gttgccatca ttttggcatc tttctctgct tctacaagtg cctttattga cactataaag1740agtcttgatt acaagtcttt caaaaccatt gttgagtcct gcggtaacta taaagttacc1800aagggaaagc ccgtaaaagg tgcttggaac attggacaac agagatcagt tttaacacca1860ctgtgtggtt ttccctcaca ggctgctggt gttatcagat caatttttgc gcgcacactt1920gatgcagcaa accactcaat tcctgatttg caaagagcag ctgtcaccat acttgatggt1980atttctgaac agtcattacg tcttgtcgac gccatggttt atacttcaga cctgctcacc2040
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權(quán)利要求
1.一種檢測SARS病毒的流行病階段的方法，其特征在于，該方法包括步驟檢測SARS病毒的核酸序列，與Genbank登錄號NC004718的序列對比，其中a)序列中具有選自下組的突變，表明該病毒屬于早期型SARS病毒27883位起有29個(gè)堿基插入，27856-27910處53個(gè)堿基缺失，1206→C，9404→C，9479→C，17564→G，20840→A，21721→A，22222→C，23823→G，27827→C；b)序列中具有選自下組的突變，表明該病毒屬于中期I型SARS病毒1206→T，9404→T，9479→T，17564→G，20840→G，21721→A，22222→C，23823→T，27827→C；c)序列中具有選自下組的突變，表明該病毒屬于中期II型SARS病毒1206→T，9404→C，9479→T，17564→G，20840→G，21721→A，22222→C，23823→T，27827→C；d)序列中具有選自下組的突變，表明該病毒屬于晚期型SARS病毒1206→T，9404→T，9479→T，17564→T，20840→G，21721→G，22222→T，23823→T，27827→T；e)在流行中期病毒中存在散在發(fā)生的堿基變異21721→G，22222→T，27827→C； 21721→A，22222→T，27827→G。f)序列中具有選自下組的突變，表明該病毒屬于早早期型SARS病毒2759或2760→T，3584→G，4108→A，6295→T，25286→A，25341→A，25356→G，25508→A，25628→G，25693→A，22570→C，22930→G，23316-23317→TT；g)序列中具有選自下組的突變，表示該病毒屬于果子貍病毒22927-22928→GA或AA。
2.一種SARS核酸序列，其特征在于，該核酸序列具有SEQ ID NO1的序列，并且具有選自下列的突變a)早期型SARS病毒突變27883位起有29個(gè)堿基插入，27856-27910處53個(gè)堿基缺失，1206→C，9404→C，9479→C，17564→G，20840→A，21721→A，22222→C，23823→G，27827→C；b)中期I型SARS病毒突變1206→T，9404→T，9479→T，17564→G，20840→G，21721→A，22222→C，23823→T，27827→C；c)中期II型SARS病毒突變1206→T，9404→C，9479→T，17564→G，20840→G，21721→A，22222→C，23823→T，27827→C；d)晚期型SARS病毒突變1206→T，9404→T，9479→T，17564→T，20840→G，21721→G，22222→T，23823→T，27827→T；e)在流行中期病毒中存在散在發(fā)生的堿基變異21721→G，22222→T，27827→C；21721→A，22222→T，27827→G。f)早早期型SARS病毒突變2759或2760→T，3584→G，4108→A，6295→T，25286→A，25341→A，25356→G，25508→A，25628→G，25693→A，22570→C，22930→G，23316-23317→TT；g)果子貍病毒22927-22928→GA或AA。
3.一種特異性檢測SARS病毒S蛋白的試劑盒，其特征在于，它含有容器和裝在容器內(nèi)的引物對，所述的引物對擴(kuò)增出的擴(kuò)增產(chǎn)物含有對應(yīng)于SARS病毒核苷酸序列以下位點(diǎn)的核苷酸序列a)早期型SARS病毒突變27883位起有29個(gè)堿基插入，27856-27910處53個(gè)堿基缺失，1206→C，9404→C，9479→C，17564→G，20840→A，21721→A，22222→C，23823→G，27827→C；b)中期I型SARS病毒突變1206→T，9404→T，9479→T，17564→G，20840→G，21721→A，22222→C，23823→T，27827→C；c)中期II型SARS病毒突變1206→T，9404→C，9479→T，17564→G，20840→G，21721→A，22222→C，23823→T，27827→C；d)晚期型SARS病毒突變1206→T，9404→T，9479→T，17564→T，20840→G，21721→G，22222→T，23823→T，27827→T；e)在流行中期病毒中存在散在發(fā)生的堿基變異21721→G，22222→T，27827→C；21721→A，22222→T，27827→G。f)早早期型SARS病毒突變2759或2760→T，3584→G，4108→A，6295→T，25286→A，25341→A，25356→G，25508→A，25628→G，25693→A，22570→C，22930→G，23316-23317→TT；g)果子貍病毒22927-22928→GA或AA。
全文摘要
公開了一種檢測SARS病毒的流行病階段的方法，該方法包括步驟檢測SARS病毒的核酸序列，與SEQ ID NO1的序列對比，其中不同的核苷酸突變可表示SARS病毒所處的不同流行階段(果子貍、早早期、早期、中期I型、中期II型和晚期型)。本發(fā)明還公開了具有SEQ ID NO1的序列并具有上述突變的SARS病毒核酸序列以及用于該方法的試劑盒。
文檔編號C12Q1/04GK1629318SQ20041004359
公開日2005年6月22日 申請日期2004年5月8日 優(yōu)先權(quán)日2003年7月10日
發(fā)明者趙國屏, 林錦炎, 宋懷東, 鄭煥英, 王升躍, 何劍峰, 任雙喜, 鄢心革, 李亦學(xué), 萬卓越, 孔祥銀, 許銳恒, 郝沛, 吳新偉, 顧伯偉, 侯金林, 陳竺, 閔軍, 繆有剛, 徐軍, 傅剛, 陸家海, 張樹義, 王小寧, 涂長春, 王鳴 申請人:國家人類基因組南方研究中心, 廣東省疾病預(yù)防控制中心, 廣州市疾病預(yù)防控制中心, 中國人民解放軍軍需大學(xué)