4、15和16圖示了合并過程中的隨機步驟。在本示例中，初始表示了七個合并組。
[0061]用戶可以通過使用單個原子交互的完整表達來改變合并組的當前狀態(tài)。此交互可以通過拖放來實現(xiàn)。
[0062]在該示例中，用戶從第五合并組拖動元素“sag”元素，并將其放至第四合并組。結(jié)果是，使用第四合并組的元素“SAG”標識元素“ sag”。
[0063]該方法的一種特定情況是創(chuàng)建新合并組。在圖17、18和19圖示的示例中，用戶將GSK3B從最后一個合并組中移除。
[0064]為了在合并過程中幫助用戶，基于所選擇的合并組提供了一種上下文視圖。此上下文視圖包括圖，在圖中，合并組的所有元素(Frizzled)表示單個節(jié)點，該節(jié)點通過每個原始模型中的該元素的兩級鄰域(Wnt，Complex Wnt-Frzzl)完善。上述相同圖例被用于指示每個所表示的節(jié)點的原始模型。一個特定圖例被用于“合并組節(jié)點”(這里，被選中的圖案)。
[0065]在圖20和21中，元素Frizzled是從波浪模型中選擇的，它的鄰居(Wnt，ComplexWnt-Frzzl)被表不在右方?！皉e38” 表不 Frizzled、Wnt 和 Complex Wnt-Frzzl 之間的交互:Wnt 和 Frizzled 之間的反應(yīng)得到了 “ComplexWnt-Frzzl”。
[0066]在圖22和23中，元素Frzzl是從條紋模型中選擇的，它的鄰居(Wnt，Complex_br_(ffnt/Frizzled))被表示在右方?！皉l ”表示Frzzl、Wnt和complex之間的交互。
[0067]在圖24和25中，選擇了 “Frizzled-Frzzl ”合并組，F(xiàn)rizzled和Frzzl兩者的鄰居被表示在右方，通過圖例來理解它們來自哪個模型。
[0068]沒有在圖中示出結(jié)束在前操作的最終組合模型，這是因為對于此示例，組合模型的大小對于申請專利繪圖來說太重要了。
[0069]圖26圖示了根據(jù)本發(fā)明一個方面的用于設(shè)計生物模型的計算機實現(xiàn)的方法的步驟，包括如下步驟:
[0070]-提供(I)生物模型集合，每個生物模型包括多個元素以及元素間的交互；
[0071]-提供(2)被標識為相同的元素的組，每個元素具有相關(guān)聯(lián)的生物模型；
[0072]-將一元素從第一組移動(3)至第二組，以改正元素的分組；
[0073]-更新⑷這兩個組；以及
[0074]-通過根據(jù)更新后的組對所述生物模型進行組合來創(chuàng)建(5)組合的模型。
[0075]圖27圖示了可以實現(xiàn)本發(fā)明的計算機網(wǎng)絡(luò)或相似的數(shù)字處理環(huán)境。
[0076]客戶計算機/設(shè)備CL和服務(wù)器計算機SV提供了執(zhí)行應(yīng)用程序等的處理、存儲以及輸入/輸出設(shè)備?？蛻粲嬎銠C/設(shè)備CL還可以通過通信網(wǎng)絡(luò)CNET鏈接至其它計算設(shè)備，包括其它客戶設(shè)備/進程CL和服務(wù)器計算機SV。通信網(wǎng)絡(luò)70可以為當前使用各自協(xié)議(TCP/IP、藍牙等)進行彼此間通信的遠程接入網(wǎng)絡(luò)、全球網(wǎng)絡(luò)(例如因特網(wǎng))、全球范圍的計算機集群、局域或廣域網(wǎng)、以及網(wǎng)關(guān)的一部分。其它電子設(shè)備/計算機網(wǎng)絡(luò)架構(gòu)也是適合的。
[0077]圖28是圖26的計算機系統(tǒng)中的計算機(例如，客戶處理器/設(shè)備CL或服務(wù)器計算機SV)內(nèi)部結(jié)構(gòu)的圖。每個計算機CL、SV包含系統(tǒng)總線SB，其中總線是用于在計算機或處理系統(tǒng)的組件之間進行數(shù)據(jù)傳輸?shù)囊唤M硬件線路?？偩€SB本質(zhì)上是連接計算機系統(tǒng)的不同元件(例如，處理器、磁盤存儲器、內(nèi)存、輸入/輸出端口、網(wǎng)絡(luò)端口等)的共享管道，其使得信息能夠在元件之間傳輸。
[0078]I/O設(shè)備接口 DI附接至系統(tǒng)總線SB以將多個輸入和輸出設(shè)備(例如，鍵盤、鼠標、顯示器、打印機、揚聲器等)連接至計算機CL、SV。網(wǎng)絡(luò)接口 NI允許計算機連接至附接至網(wǎng)絡(luò)(例如，圖27的網(wǎng)絡(luò)CNET)的多個其它設(shè)備。
[0079]內(nèi)存MEM提供了用于實現(xiàn)本發(fā)明實施例的計算機軟件指令SI和數(shù)據(jù)CPP (例如，第一路徑建立器PB、計算第二路徑的模塊CM、實現(xiàn)圖1至26中討論的方法的更新器UD以及上文詳述的支持代碼)的易失性存儲。
[0080]磁盤存儲器DS提供了用于實現(xiàn)本發(fā)明實施例的計算機軟件指令SI和數(shù)據(jù)DAT的非易失性存儲。中央處理器單元CPU也附接至系統(tǒng)總線SB，并用于執(zhí)行計算機指令。
[0081]在一個實施例中，處理器例程SI和數(shù)據(jù)DAT是計算機程序產(chǎn)品(一般稱為CPP)，包括提供用于本發(fā)明系統(tǒng)的軟件指令的至少一部分的計算機可讀介質(zhì)(例如，可移動存儲介質(zhì)，諸如一個或多個DVD-ROM、⑶-ROM、磁盤、磁帶等)。計算機程序產(chǎn)品CPP可以通過本領(lǐng)域公知的任何適合的軟件安裝過程進行安裝。
[0082]在另一實施例中，軟件指令的至少一部分還可以通過線纜、通信和/或無線連接進行下載。在其它實施例中，本發(fā)明的程序是實現(xiàn)在傳播介質(zhì)(例如，無線波、紅外波、激光波、聲波或者通過諸如因特網(wǎng)或其它網(wǎng)絡(luò)之類的全球網(wǎng)絡(luò)傳播的電波)上的傳播信號上的計算機程序傳播信號產(chǎn)品SP。這種載體介質(zhì)或信號提供用于本發(fā)明例程/程序CPP的軟件指令的至少一部分。
[0083]在替換實施例中，傳播信號是傳播介質(zhì)上攜帶的模擬載波或數(shù)字信號。例如，傳播信號可以為通過全球網(wǎng)絡(luò)(例如，因特網(wǎng))、電信網(wǎng)絡(luò)或其它網(wǎng)絡(luò)傳播的數(shù)字化信號。
[0084]在一個實施例中，傳播信號是通過傳播介質(zhì)經(jīng)過一段時間傳輸?shù)男盘?，例如通過網(wǎng)絡(luò)經(jīng)過毫秒、秒、分鐘或更長的時段以分組的形式發(fā)送的軟件應(yīng)用的指令。
[0085]在另一實施例中，計算機程序產(chǎn)品CPP的計算機可讀介質(zhì)是計算機系統(tǒng)CL可以接收并讀取的傳播介質(zhì)，例如通過接收該傳播介質(zhì)并識別實現(xiàn)在傳播介質(zhì)中的傳播信號，如上文針對計算機程序傳播信號產(chǎn)品所描述的。
[0086]一般來說，術(shù)語“載體介質(zhì)”或瞬時載體包含前述的瞬時信號、傳播信號、傳播介質(zhì)、存儲介質(zhì)等。
[0087]雖然已經(jīng)參考本發(fā)明的示例性實施例具體地示出并描述了本發(fā)明，但是本領(lǐng)域技術(shù)人員將理解的是，在不脫離由附帶的權(quán)利要求所包括的本發(fā)明范圍的情況下，可以對其進行各種形式和細節(jié)上的改變。
【主權(quán)項】
1.一種用于設(shè)計生物模型的計算機實現(xiàn)的方法，包括以下步驟: -提供(I)生物模型的集合，每個生物模型包括多個元素以及元素間的交互； -提供(2)被標識為相同的元素的組，每個元素具有相關(guān)聯(lián)的生物模型； -將元素從第一組移動(3)至第二組以改正元素的分組； -更新(4)這兩個組；以及 -通過根據(jù)更新后的組對所述生物模型的集合進行組合來創(chuàng)建(5)組合的模型。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的計算機實現(xiàn)的方法，其中，提供被標識為相同的元素的組的步驟(2)使用附接至所述生物模型(A、B)的注釋。
3.根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的計算機實現(xiàn)的方法，其中，提供生物模型(A、B)的集合的步驟(I)使用至少一個外部數(shù)據(jù)庫。
4.根據(jù)權(quán)利要求1至3所述的計算機實現(xiàn)的方法，包括以下步驟:在接受相應(yīng)的合并建議的情況下，使用公共注釋在公共元素周圍部分地表示所述生物模型。
5.根據(jù)權(quán)利要求1至4所述的計算機實現(xiàn)的方法，其中，將元素從第一組移動至第二組以改正元素的分組的步驟(3)避免了當非空時破壞所述第一組或所述第二組的中間步驟。
6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的計算機實現(xiàn)的方法，其中，將元素從第一組移動至第二組以改正元素的分組的步驟(3)是通過拖放技術(shù)執(zhí)行的。
7.根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的計算機實現(xiàn)的方法，其中，將元素從第一組移動(3)至第二組以改正元素的分組的步驟包括創(chuàng)建臨時空組的步驟。
8.根據(jù)權(quán)利要求1至7所述的計算機實現(xiàn)的方法，包括以下步驟:對組進行激活/去激活。
9.根據(jù)權(quán)利要求1至8所述的計算機實現(xiàn)的方法，其中，在組中，元素能夠通過各自的表示進行區(qū)分。
10.一種計算機可讀介質(zhì)，具有計算機可執(zhí)行指令，所述計算機可執(zhí)行指令用于使得計算機系統(tǒng)執(zhí)行如權(quán)利要求1至9中的任一項所述的用于設(shè)計生物模型的方法。
11.一種存儲在計算機可讀介質(zhì)上的用于設(shè)計生物模型的計算機程序產(chǎn)品，包括使得系統(tǒng)采取如權(quán)利要求1至9中的任一項所述的步驟的代碼模塊。
12.一種用于設(shè)計生物模型的裝置，包括用于實現(xiàn)如權(quán)利要求1至9中的任一項所述的方法的步驟的模塊。
【專利摘要】一種用于設(shè)計生物模型的計算機實現(xiàn)的方法，包括以下步驟：提供(1)生物模型的集合，每個生物模型包括多個元素以及元素間的交互；提供(2)被表示為相同的元素的組，每個元素具有相關(guān)聯(lián)的生物模型；將元素從第一組移動(3)至第二組以改正元素的分組；更新(4)這兩個組；以及通過根據(jù)更新后的組對所述生物模型的集合進行組合來創(chuàng)建(5)組合的模型。
【IPC分類】G06F19-12
【公開號】CN104732114
【申請?zhí)枴緾N201410858123
【發(fā)明人】R·泰爾蒂奧, N·德魯芬
【申請人】達索系統(tǒng)公司
【公開日】2015年6月24日
【申請日】2014年12月19日
【公告號】CA2875359A1, EP2887245A1, US20150178443