本申請涉及生物信息技術(shù)領(lǐng)域,具體而言,涉及一種泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的突變位點(diǎn)的獲取方法及裝置。
背景技術(shù):
隨著醫(yī)學(xué)、基因組學(xué)和高通量測序技術(shù)的發(fā)展和成熟,精準(zhǔn)醫(yī)療(Precision Medicine)也在世界各國應(yīng)用,成為新型的醫(yī)療模式。精準(zhǔn)醫(yī)療為將個人基因、環(huán)境與生活習(xí)慣差異考慮在內(nèi)的疾病預(yù)防與處置的醫(yī)療方法,依據(jù)每個人的遺傳信息,個性化、精準(zhǔn)化的去制定醫(yī)療和健康管理方案。
而每個人的遺傳背景是有區(qū)別的,在此過程中,就需要確定每個人的基因組或者某些與相應(yīng)器官或者位置相關(guān)聯(lián)的基因的突變情況,以使能夠根據(jù)該堿基突變情況進(jìn)一步分析對比,確定最終的患病可能性,以指定相應(yīng)的醫(yī)療和健康管理方案。
對于泌尿與生殖系統(tǒng),其各器官,如腎臟、輸尿管、膀胱、尿道等,都可發(fā)生疾病,并波及整個系統(tǒng)。泌尿與生殖系統(tǒng)的疾病既可由身體其他系統(tǒng)病變引起,又可影響其他系統(tǒng)甚至全身。其主要表現(xiàn)在泌尿系統(tǒng)本身,如排尿改變、尿的改變、腫塊、疼痛等,但亦可表現(xiàn)在其他方面,如高血壓、水腫、貧血等。泌尿系統(tǒng)疾病的性質(zhì),多數(shù)和其他系統(tǒng)疾病類似,包括先天性畸形、感染、免疫機(jī)制、遺傳、損傷、腫瘤等;但又有其特有的疾病,如腎小球腎炎、尿石癥、腎功能衰竭等。于是,能對泌尿與生殖系統(tǒng)做一定預(yù)防措施,以減小發(fā)病幾率,及其重要。
由于泌尿與生殖疾病的發(fā)病情況與遺傳基因具有一定的聯(lián)系,泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的位點(diǎn)堿基突變情況不同,可能使泌尿與生殖系統(tǒng)的不同泌尿與生殖疾病的發(fā)病情況及發(fā)病幾率不同。于是,可以利用精準(zhǔn)醫(yī)療模式,根據(jù)泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的堿基突變情況以及其他信息的結(jié)合對泌尿與生殖疾病的發(fā)病情況及幾率進(jìn)行預(yù)測,以對泌尿與生殖疾病進(jìn)行預(yù)防是一種有效的預(yù)防方式。
現(xiàn)有的對泌尿與生殖系統(tǒng)基因位點(diǎn)突變情況的確定,通常是通過化學(xué)方式獲取待測基因的某一指定位置的基因位點(diǎn)的堿基突變情況,該獲取方式獲取的突變位點(diǎn)的數(shù)量有限,通常只能獲得某一個或某幾個堿基的突變情況,不能同時(shí)確定待測基因中與泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的盡可能多的多個變異位點(diǎn)的突變情況,使后續(xù)結(jié)合其他信息對泌尿與生殖疾病的患病情況的預(yù)測結(jié)果可能出現(xiàn)較大偏差。
技術(shù)實(shí)現(xiàn)要素:
有鑒于此,本申請實(shí)施例提供了一種泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的突變位點(diǎn)的獲取方法及裝置,通過將待測基因的變異位點(diǎn)與泌尿與生殖系統(tǒng)基因庫中的泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的多個變異位點(diǎn)進(jìn)行比較,從而可以獲得待測基因中的泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的多個變異位點(diǎn)的堿基突變情況,以改善上述問題。
為了實(shí)現(xiàn)上述目的,本申請采用的技術(shù)方案如下:
一種泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的突變位點(diǎn)的獲取方法,所述方法包括:將待測基因的多個短序列與參考基因組進(jìn)行數(shù)據(jù)比對,獲得待測基因的初步變異位點(diǎn)信息,所述初步變異位點(diǎn)信息中包括多個初步變異位點(diǎn)的突變堿基以及每個初步變異位點(diǎn)的位置信息;根據(jù)所述初步變異位點(diǎn)信息,將所述多個初步變異位點(diǎn)中不滿足預(yù)設(shè)保留條件的變異位點(diǎn)刪除,將刪除后獲得的所述待測基因中的變異位點(diǎn)作為待檢位點(diǎn);將所述待檢位點(diǎn)與泌尿與生殖系統(tǒng)基因庫中的泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的多個變異位點(diǎn)進(jìn)行比較,所述泌尿與生殖系統(tǒng)基因庫中包括泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的每個變異位點(diǎn)的突變堿基以及每個變異位點(diǎn)所在位置;當(dāng)所述待檢位點(diǎn)中存在與所述泌尿與生殖系統(tǒng)基因庫中位置相同且突變堿基相同的變異位點(diǎn),獲得所述待測基因中泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的位點(diǎn)突變情況。
一種泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的突變位點(diǎn)的獲取裝置,所述裝置包括:比對模塊,用于將待測基因的多個短序列與參考基因組進(jìn)行數(shù)據(jù)比對,獲得待測基因的初步變異位點(diǎn)信息,所述初步變異位點(diǎn)信息中包括多個初步變異位點(diǎn)的突變堿基以及每個初步變異位點(diǎn)的位置信息;過濾模塊,用于根據(jù)所述初步變異位點(diǎn)信息,將所述多個初步變異位點(diǎn)中不滿足預(yù)設(shè)保留條件的變異位點(diǎn)刪除,將刪除后獲得的所述待測基因中的變異位點(diǎn)作為待檢位點(diǎn);比較模塊,用于將所述待檢位點(diǎn)與泌尿與生殖系統(tǒng)基因庫中的泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的多個變異位點(diǎn)進(jìn)行比較,所述泌尿與生殖系統(tǒng)基因庫中包括泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的每個變異位點(diǎn)的突變堿基以及每個變異位點(diǎn)所在位置;突變獲取模塊,當(dāng)所述待檢位點(diǎn)中存在與所述泌尿與生殖系統(tǒng)基因庫中位置相同且突變堿基相同的變異位點(diǎn),用于獲得所述待測基因中泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的位點(diǎn)突變情況。
本申請實(shí)施例提供的泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的突變位點(diǎn)的獲取方法及裝置,在獲得待測基因的變異位點(diǎn)的情況下,將待測基因的變異位點(diǎn)中與泌尿與生殖系統(tǒng)基因庫中泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的多個變異位點(diǎn)進(jìn)行比較,泌尿與生殖系統(tǒng)基因庫中包括泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的每個變異位點(diǎn)的突變堿基以及每個變異位點(diǎn)所在位置。當(dāng)待測基因中存在與泌尿與生殖系統(tǒng)基因庫中位置相同且突變堿基相同的變異位點(diǎn),可以確定該待測基因中存在泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因突變。
由于泌尿與生殖系統(tǒng)基因庫中包括與泌尿與生殖系統(tǒng)相關(guān)的多個變異位點(diǎn),則本方案可以確定待測基因中與泌尿與生殖系統(tǒng)相關(guān)的多個變異位點(diǎn),以及該多個變異位點(diǎn)的具體堿基突變情況。
為使本申請的上述目的、特征和優(yōu)點(diǎn)能更明顯易懂,下文特舉較佳實(shí)施例,并配合所附附圖,作詳細(xì)說明如下。
附圖說明
為使本申請實(shí)施例的目的、技術(shù)方案和優(yōu)點(diǎn)更加清楚,下面將結(jié)合本申請實(shí)施例中的附圖,對本申請實(shí)施例中的技術(shù)方案進(jìn)行清楚、完整地描述,顯然,所描述的實(shí)施例是本申請一部分實(shí)施例,而不是全部的實(shí)施例?;诒旧暾堉械膶?shí)施例,本領(lǐng)域普通技術(shù)人員在沒有做出創(chuàng)造性勞動前提下所獲得的所有其他實(shí)施例,都屬于本申請保護(hù)的范圍。
圖1示出了本申請實(shí)施例提供的計(jì)算機(jī)的結(jié)構(gòu)示意圖;
圖2示出了本申請第一實(shí)施例提供的泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的突變位點(diǎn)的獲取方法的一種流程圖;
圖3示出了本申請第一實(shí)施例提供的泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的突變位點(diǎn)的獲取方法的部分步驟的流程圖;
圖4示出了本申請第二實(shí)施例提供的泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的突變位點(diǎn)的獲取裝置的功能模塊圖;
圖5示出了本申請第二實(shí)施例提供的泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的突變位點(diǎn)的獲取裝置的基因庫建立模塊的功能模塊圖;
圖6示出了本申請第二實(shí)施例提供的泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的突變位點(diǎn)的獲取裝置的過濾模塊的功能模塊圖;
圖7示出了本申請第二實(shí)施例提供的泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的突變位點(diǎn)的獲取裝置的比對模塊的功能模塊圖。
具體實(shí)施方式
下面將結(jié)合本申請實(shí)施例中附圖,對本申請實(shí)施例中的技術(shù)方案進(jìn)行清楚、完整地描述,顯然,所描述的實(shí)施例僅僅是本申請一部分實(shí)施例,而不是全部的實(shí)施例。通常在此處附圖中描述和示出的本申請實(shí)施例的組件可以以各種不同的配置來布置和設(shè)計(jì)。因此,以下對在附圖中提供的本申請的實(shí)施例的詳細(xì)描述并非旨在限制要求保護(hù)的本申請的范圍,而是僅僅表示本申請的選定實(shí)施例。基于本申請的實(shí)施例,本領(lǐng)域技術(shù)人員在沒有做出創(chuàng)造性勞動的前提下所獲得的所有其他實(shí)施例,都屬于本申請保護(hù)的范圍。
應(yīng)注意到:相似的標(biāo)號和字母在下面的附圖中表示類似項(xiàng),因此,一旦某一項(xiàng)在一個附圖中被定義,則在隨后的附圖中不需要對其進(jìn)行進(jìn)一步定義和解釋。同時(shí),在本申請的描述中,術(shù)語“第一”、“第二”等僅用于區(qū)分描述,而不能理解為指示或暗示相對重要性。
如圖1所示,是本申請計(jì)算機(jī)100的方框示意圖。所述計(jì)算機(jī)100包括泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的突變位點(diǎn)的獲取裝置200、存儲器101、存儲控制器102、處理器103、外設(shè)接口104、輸入輸出單元105及其他。
所述存儲器101、存儲控制器102、處理器103、外設(shè)接口104以及輸入輸出單元105各元件相互之間直接或間接地電性連接,以實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)的傳輸或交互。例如,這些元件相互之間可通過一條或多條通訊總線或信號線實(shí)現(xiàn)電性連接。所述泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的突變位點(diǎn)的獲取裝置200包括至少一個可以軟件或固件(firmware)的形式存儲于所述存儲器101中或固化在所述計(jì)算機(jī)100的操作系統(tǒng)(operating system,OS)中的軟件功能模塊。所述處理器103用于執(zhí)行存儲器101中存儲的可執(zhí)行模塊,例如所述泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的突變位點(diǎn)的獲取裝置200包括的軟件功能模塊或計(jì)算機(jī)程序。
其中,存儲器101可以是,但不限于,隨機(jī)存取存儲器(Random Access Memory,RAM),只讀存儲器(Read Only Memory,ROM),可編程只讀存儲器(Programmable Read-Only Memory,PROM),可擦除只讀存儲器(Erasable Programmable Read-Only Memory,EPROM),電可擦除只讀存儲器(Electric Erasable Programmable Read-Only Memory,EEPROM)等。其中,存儲器101用于存儲程序,所述處理器103在接收到執(zhí)行指令后,執(zhí)行所述程序,前述本申請實(shí)施例任一實(shí)施例揭示的流過程定義的計(jì)算機(jī)100所執(zhí)行的方法可以應(yīng)用于處理器103中,或者由處理器103實(shí)現(xiàn)。
處理器103可能是一種集成電路芯片,具有信號的處理能力。上述的處理器103可以是通用處理器,包括中央處理器(Central Processing Unit,簡稱CPU)、網(wǎng)絡(luò)處理器(Network Processor,簡稱NP)等;還可以是數(shù)字信號處理器(DSP)、專用集成電路(ASIC)、現(xiàn)成可編程門陣列(FPGA)或者其他可編程邏輯器件、分立門或者晶體管邏輯器件、分立硬件組件??梢詫?shí)現(xiàn)或者執(zhí)行本申請實(shí)施例中的公開的各方法、步驟及邏輯框圖。通用處理器可以是微處理器或者該處理器103也可以是任何常規(guī)的處理器等。
所述外設(shè)接口104將各種輸入/輸出裝置耦合至處理器103以及存儲器101。在一些實(shí)施例中,外設(shè)接口104,處理器103以及存儲控制器102可以在單個芯片中實(shí)現(xiàn)。在其他一些實(shí)例中,他們可以分別由獨(dú)立的芯片實(shí)現(xiàn)。
輸入輸出單元105用于提供給用戶輸入數(shù)據(jù)實(shí)現(xiàn)用戶與所述計(jì)算機(jī)的交互。所述輸入輸出單元可以是,但不限于,數(shù)據(jù)讀取裝置、鼠標(biāo)和鍵盤等。
可以理解的,圖1所示的結(jié)構(gòu)僅為示意,計(jì)算機(jī)100還可以包括比圖1中所示更多或更少的組件,或者具有與圖1所示不同的配置。圖1中所示的各組件可以采用硬件、軟件或其組合實(shí)現(xiàn)。
第一實(shí)施例
本申請實(shí)施例提供了一種泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的突變位點(diǎn)的獲取方法,用于獲取待測基因中與泌尿與生殖系統(tǒng)相關(guān)的基因的變異位點(diǎn)的堿基突變情況。請參見圖2,該方法包括:
步驟S110:將待測基因的多個短序列與參考基因組進(jìn)行數(shù)據(jù)比對,獲得待測基因的初步變異位點(diǎn)信息,所述初步變異位點(diǎn)信息中包括多個初步變異位點(diǎn)的突變堿基以及每個初步變異位點(diǎn)的位置信息。
首先,獲取待測基因的多個短序列,該短序列可以是通過第二代測序平臺輸出。將待測基因的短序列與參考基因組進(jìn)行比對。如,若待測基因?yàn)槿祟惢?,該參考基因組則為人類參考基因組。
當(dāng)然,該比對過程可以包括多次比對以及去重等過程,得到比對后的包括多個變異位點(diǎn)的初步變異位點(diǎn)信息。
具體的,如圖3所示,在本實(shí)施例中,本步驟中的數(shù)據(jù)比對以獲取初步變異位點(diǎn)信息的過程可以包括:
步驟S111:將所述待測基因的多個短序列與參考基因組進(jìn)行首次比對,獲得SAM格式的比對結(jié)果。
將待測基因的短序列與參考基因組進(jìn)行數(shù)據(jù)比對,該比對過程可以利用現(xiàn)有的比對軟件進(jìn)行,如Bowtie2,可以獲得SAM格式的比對結(jié)果,該SAM格式的比對結(jié)果中存儲有比對后獲得的比對信息。可以理解的,在該SAM格式的比對結(jié)果中,包括了待測基因中各個堿基的信息,如位置信息。
當(dāng)然,具體使用的比對軟件以及比對結(jié)果的表示方式在本實(shí)施例中并不作為限制,以能將待測基因的多個短序列與參考基因組進(jìn)行比對并獲得表示比對結(jié)果的比對信息為宜。
步驟S112:對所述比對結(jié)果進(jìn)行去重,使對比到參考基因組的一個位置的短序列個數(shù)小于或等于1。
步驟S111獲得的比對結(jié)果中,有一定比例的重復(fù)序列和結(jié)果,例如,對比到參考基因組的同一位置可能有多個短序列,于是,在本步驟中,將比對結(jié)果進(jìn)行去重。
在本實(shí)施例中,可以利用軟件Picard進(jìn)行去重工作。具體的,利用的可以是Picard的MarkDuplicate工具去重,獲得bam格式的去重結(jié)果。
步驟S113:對去重后的對比結(jié)果進(jìn)行本地重比對(local multiple alignment)。
由于獲得的與參考基因組進(jìn)行比對的短序列很難精確的比對到高度相似的重復(fù)區(qū)域,于是在基因組的重復(fù)區(qū)域很容易得到假陽性的變異位點(diǎn),如假陽性的SNPs。可以理解的,假陽性的變異位點(diǎn)即為比對結(jié)果錯誤的變異位點(diǎn)。為了降低假陽性變異位點(diǎn)的數(shù)量和比例,在本實(shí)施例中,對去重后的對比結(jié)果進(jìn)行本地重比對。
具體的,該本地重比對(local multiple alignment)可以使用GATK中IndelRealigner進(jìn)行,獲得bam格式的重比對后的比對結(jié)果。該比對過程一般有三個步驟,a.檢測到可疑的,需要進(jìn)行重比對的區(qū)域;b.對這些可疑的區(qū)域進(jìn)行重比對;c.修復(fù)在重比對過程中丟失的mate pairing信息。
步驟S114:重新計(jì)算本地重比對后的比對結(jié)果中的堿基質(zhì)量分?jǐn)?shù)。
在前述處理過程中的步驟S111中,每個單一的堿基都會在數(shù)據(jù)處理過程中被賦予一個質(zhì)量分?jǐn)?shù)(Quality scores),用于反映相應(yīng)的堿基被觀察到的核苷酸的可信度。
由于前述處理過程中獲得的質(zhì)量分?jǐn)?shù)沒有較好地和錯誤的分型結(jié)果可能性聯(lián)系起來,同時(shí)單一堿基的質(zhì)量分?jǐn)?shù),沒有和其他參數(shù)相例子聯(lián)系,比如在同一個樣品中不同測序平臺,不同測序循環(huán),不同文庫等進(jìn)行聯(lián)系。
因此,在本步驟中S114中,將每個堿基的質(zhì)量分?jǐn)?shù)與測序過程中的各個因子相聯(lián)系,對每個堿基的質(zhì)量分?jǐn)?shù)進(jìn)行重新計(jì)算,生成新的質(zhì)量分?jǐn)?shù),以用于判斷每個堿基是否可信。
具體的,在本實(shí)施例中,可以使用GATK進(jìn)行empirical quality score recalibration,獲得bam格式的結(jié)果。
步驟S115:根據(jù)所述堿基質(zhì)量分?jǐn)?shù),對本地重比對后的對比結(jié)果進(jìn)行SNP和indel分析,獲得初步變異位點(diǎn)信息。
根據(jù)重新計(jì)算獲得的堿基質(zhì)量分?jǐn)?shù),對本地重比對獲得的比對結(jié)果進(jìn)行SNP和indel的初步判讀,對其進(jìn)行SNP和indel分型,以獲得包括多個變異位點(diǎn)的變異位點(diǎn)信息,該變異位點(diǎn)信息作為初步變異位點(diǎn)信息,該包括的多個變異位點(diǎn)作為初步變異位點(diǎn)??梢岳斫獾?,在該初步變異位點(diǎn)信息中,包括了多個初步變異位點(diǎn)的突變堿基,以及每個變異位點(diǎn)所在位置。在本實(shí)施例中,變異位點(diǎn)為SNP和indel,優(yōu)選的,在本實(shí)施例中,變異位點(diǎn)僅為SNP。
具體的,在本步驟中,可以是利用GATK的Unified Genotyper進(jìn)行分析。因?yàn)樵谕瓿蒘NPs的分型后,采用了很多數(shù)據(jù)過濾參數(shù)對數(shù)據(jù)再次進(jìn)行過濾,以進(jìn)一步控制數(shù)據(jù)質(zhì)量,所以在本步驟中將standard minimum confidence thresholds都設(shè)置為零??梢岳斫獾?,SNPs表示SNP的復(fù)數(shù)形式。
當(dāng)然,該SNP和indel的初步判讀過程也可以用其他方式進(jìn)行,在本實(shí)施例中并不作為限制,也可以是其他,如GATK的HaplotypeCaller進(jìn)行。
在該步驟中,可以獲得包括初步變異位點(diǎn)信息的vcf文件,該vcf文件中的初步變異位點(diǎn)信息中包括在步驟S110中獲得的各個變異位點(diǎn)以及每個變異位點(diǎn)對應(yīng)的位置信息,當(dāng)然,還包括其他,在此不加贅述。
步驟S120:根據(jù)所述初步變異位點(diǎn)信息,將所述多個初步變異位點(diǎn)中不滿足預(yù)設(shè)保留條件的變異位點(diǎn)刪除,將刪除后獲得的所述待測基因中的變異位點(diǎn)作為待檢位點(diǎn)。
在步驟S110中,獲得的初步變異位點(diǎn)信息中的初步變異位點(diǎn)中,仍可能存在假陽性的變異位點(diǎn),于是,本步驟對初步變異位點(diǎn)進(jìn)行進(jìn)一步過濾,刪除其中假陽性可能性較高的變異位點(diǎn),以刪除后的結(jié)果中的變異位點(diǎn)作為該待測基因中的變異位點(diǎn),使最后獲得的變異位點(diǎn)更加準(zhǔn)確??梢岳斫獾?,刪除后的結(jié)果中還包括了每個變異位點(diǎn)的位置信息以及其他信息,在此不做贅述。
具體的,在本步驟中,可以包括如下一種或多種刪除不滿足預(yù)設(shè)保留條件的變異位點(diǎn)的方式:
方式一:去除所述多個初步變異位點(diǎn)中,等位基因的個數(shù)大于預(yù)設(shè)閾值的變異位點(diǎn)。
等位基因大于預(yù)設(shè)閾值的變異位點(diǎn),是假陽性變異位點(diǎn)的可能性較高,對其進(jìn)行去除。在本實(shí)施例中,該預(yù)設(shè)閾值可以根據(jù)實(shí)際需要取值,由于包含大于1個以上等位基因的位點(diǎn)就具有較高的基因分型錯誤,優(yōu)選的,該預(yù)設(shè)閾值的取值可以為1。
當(dāng)預(yù)設(shè)閾值取值為1,即去除獲得的多個初步變異位點(diǎn)中具有1個以上等位基因的變異位點(diǎn)。
方式二:刪除所述多個初步變異位點(diǎn)中,位于每個插入缺失(indel)的上游范圍或者下游范圍內(nèi)的所有變異位點(diǎn),所述上游范圍和下游范圍包括的堿基個數(shù)為預(yù)設(shè)個數(shù)。
由于用于數(shù)據(jù)比對的短序列常由二代測向平臺輸出,而二代測序平臺的短序列在靠近插入缺失(indel)的區(qū)域更容易產(chǎn)生錯誤的比對,而上述處理過程中的本地重比對不能完全消除這一錯誤。于是,將插入缺失上游范圍或者下游范圍內(nèi)的所有變異位點(diǎn)刪除,以降低假陽性結(jié)果的可能性。
該上游范圍和下游范圍包括的堿基個數(shù)為預(yù)設(shè)個數(shù),該預(yù)設(shè)個數(shù)可以由用戶根據(jù)實(shí)際需求確定,在本實(shí)施例中并不作限制,并且,上游范圍以及下游范圍的預(yù)設(shè)個數(shù)可以相同或者不同。
在本實(shí)施例中,上有范圍包括的堿基個數(shù)優(yōu)選為5個,下游范圍包括的堿基個數(shù)優(yōu)選為5個。即,確定初步變異位點(diǎn)中的所有indel,針對每一個indel,將其上游5bp(5個堿基)之內(nèi)的所有變異位點(diǎn)刪除,或者將其下游5bp之內(nèi)的所有變異位點(diǎn)刪除。
當(dāng)然,在本實(shí)施例中,可以只刪除indel的上游范圍內(nèi)的變異位點(diǎn)或者下游范圍內(nèi)的變異位點(diǎn),也可以將indel的上游范圍內(nèi)的變異位點(diǎn)以及下游范圍內(nèi)的變異位點(diǎn)都刪除。
優(yōu)選的,在本實(shí)施例中,刪除的為插入缺失(indel)的上游范圍或者下游范圍內(nèi)的所有SNPs。
方式三:將所述多個初步變異位點(diǎn)中,彼此之間間隔預(yù)設(shè)堿基個數(shù)的變異位點(diǎn)刪除。
在本步驟中,將彼此靠近的變異位點(diǎn)刪除,即將彼此之間距離小于一定值的變異位點(diǎn)刪除。
在本實(shí)施例中,該預(yù)設(shè)堿基個數(shù)并不作為限制,可以根據(jù)實(shí)際需要設(shè)定。
優(yōu)選的,該預(yù)設(shè)堿基個數(shù)為4個,若存在彼此之間間隔的堿基個數(shù)小于4個的變異位點(diǎn),將其刪除。也就是說,刪除在彼此上游或下游5bp之內(nèi)的變異位點(diǎn)。
優(yōu)選的,該步驟中,刪除的為彼此之間間隔預(yù)設(shè)堿基個數(shù)的SNPs。
方式四:將所述多個初步變異位點(diǎn)中,對應(yīng)的GQ(Genotype quality)值小于預(yù)設(shè)GQ閾值的變異位點(diǎn)刪除。
GQ(Genotype quality)是一個后驗(yàn)概率(the phred-scaled probabilities)值,對于每一個位點(diǎn),GQ值用以表示當(dāng)前獲得的基因分型結(jié)果中該位點(diǎn)不是真實(shí)情況的可能性,即表示獲得的在該位點(diǎn)該基因型存在的可能性。計(jì)算方式為:
GQ值=-10*log10(P[error]),其中,P[error]表示相應(yīng)的位點(diǎn)不是真實(shí)情況的概率。
優(yōu)選的,在本實(shí)施例中,預(yù)設(shè)GQ閾值為20。經(jīng)驗(yàn)證,當(dāng)GQ閾值為20時(shí),理論上的錯誤率為1%。
方式五:將所述多個初步變異位點(diǎn)中,對應(yīng)的MQ(Mapping quality)值小于預(yù)設(shè)MQ閾值的變異位點(diǎn)刪除。
MQ表示在比對序列時(shí)的專一性(uniqueness)。當(dāng)同一個短序列可以比對到同一個基因組不同區(qū)域時(shí),第一最好比對區(qū)域(the first best alignment)的比對分?jǐn)?shù)(alignment's score)與第二最好比對區(qū)域(the second best alignment)的比對分?jǐn)?shù),兩者差異越大,表明比對的專一性越好,MQ的值就越高。
在本實(shí)施例中,認(rèn)為MQ值小于預(yù)設(shè)MQ閾值的變異位點(diǎn)具有較高的可能性為假陽性,將其刪除。
優(yōu)選的,在本實(shí)施例中,預(yù)設(shè)MQ閾值取值為30。經(jīng)驗(yàn)證,MQ取值為30時(shí),P[error]=0.001,即相對于比對到當(dāng)前位置,比對到另一個位置的可能性最高為0.1%。
在本發(fā)明實(shí)施例中,方式一至方式五為可選的執(zhí)行方式,即在本步驟中,可采用其中的某一種方式、某幾種方式或者所有的方式。當(dāng)使用多種方式進(jìn)行不滿足預(yù)留條件的變異位點(diǎn)的刪除時(shí),該多種方式之間的執(zhí)行順序并不作為限制。當(dāng)然,該多種方式也可以并行執(zhí)行。
另外,該步驟120中,當(dāng)有多種方式被順序執(zhí)行時(shí),后續(xù)的步驟可以在前續(xù)步驟的基礎(chǔ)上執(zhí)行。例如,若執(zhí)行方式一的去除所述多個初步變異位點(diǎn)中等位基因的個數(shù)大于預(yù)設(shè)閾值的變異位點(diǎn),以及方式三中的,將所述多個初步變異位點(diǎn)中彼此之間間隔預(yù)設(shè)堿基個數(shù)的變異位點(diǎn)刪除,且先執(zhí)行方式一,再執(zhí)行方式三。則在方式三中,刪除的可以是方式一處理后的變異位點(diǎn)中彼此之間間隔預(yù)設(shè)堿基個數(shù)的變異位點(diǎn)。
步驟S120對初步變異位點(diǎn)進(jìn)行刪除過濾后,獲得的最終結(jié)果中的變異位點(diǎn)作為待測基因的待檢位點(diǎn),可以以vcf格式文件表示。
步驟S130:將所述待檢位點(diǎn)與泌尿與生殖系統(tǒng)基因庫中的泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的多個變異位點(diǎn)進(jìn)行比較,所述泌尿與生殖系統(tǒng)基因庫中包括泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的每個變異位點(diǎn)的突變堿基以及每個變異位點(diǎn)所在位置。
在本發(fā)明實(shí)施例中,首先建立泌尿與生殖系統(tǒng)基因庫,該泌尿與生殖系統(tǒng)基因庫中包括泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的每個變異位點(diǎn)的突變堿基以及每個變異位點(diǎn)所在位置。
該泌尿與生殖系統(tǒng)基因庫在步驟S130的比較之前建立。具體的,該建立過程可以是,獲取COSMIC基因數(shù)據(jù)庫、NCBI的clivar數(shù)據(jù)庫、其他國際國內(nèi)各大權(quán)威學(xué)術(shù)期刊雜志、基因檢測公司以及政府有關(guān)部門公布的基因數(shù)據(jù)庫中,與泌尿與生殖系統(tǒng)相關(guān)的基因位點(diǎn)信息。主要獲取的為包括泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的每個變異位點(diǎn)的堿基突變情況以及每個變異位點(diǎn)所在位置的所述基因位點(diǎn)信息。
當(dāng)然,獲取基因位點(diǎn)信息的數(shù)據(jù)來源也可以是其他,在本實(shí)施例中并不作為限制。
進(jìn)一步的,獲取的基因位點(diǎn)信息中還可以包括泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的每個變異位點(diǎn)的每種突變堿基對蛋白質(zhì)功能的影響,即獲取到某個變異位點(diǎn)的堿基由正常堿基突變到當(dāng)前的突變堿基,會對相應(yīng)的蛋白質(zhì)的功能產(chǎn)生何種影響。
當(dāng)然,在本實(shí)施例中,獲取的基因位點(diǎn)信息中還可以包括:每個突變位點(diǎn)對應(yīng)的基因名字簡寫、基因名字全稱、此位點(diǎn)在人類基因組中的坐標(biāo)、對應(yīng)的組織器官類型、基因突變類型、正?;蛟诖宋稽c(diǎn)的堿基、臨床研究此位點(diǎn)的此種突變是否致病、原始突變發(fā)現(xiàn)的人群、原始突變攜帶者病人的性別、原始突變攜帶者病人的年紀(jì)、原始突變記錄的來源中的一種或多種。
再將所述基因位點(diǎn)信息中可信度低于預(yù)設(shè)標(biāo)準(zhǔn)的以及錯誤的基因位點(diǎn)信息刪除,獲得的基因位點(diǎn)信息形成所述泌尿與生殖系統(tǒng)基因庫。
在本實(shí)施例中,低于預(yù)設(shè)標(biāo)準(zhǔn)的基因位點(diǎn)信息包括以下至少一種:
1)從非SCI期刊或在業(yè)內(nèi)聲譽(yù)很差的期刊獲取到的基因位點(diǎn)信息,該業(yè)內(nèi)聲譽(yù)很差的期刊可以是影響因子低于一定值的期刊或其他評判標(biāo)準(zhǔn)下不滿足要求的期刊;2)記載該基因位點(diǎn)信息的原始文獻(xiàn)中所用的樣品數(shù)量低于一定值以至于不足以得出科學(xué)的結(jié)論的;3)在記載該基因位點(diǎn)的原始文獻(xiàn)中,該基因位點(diǎn)并不是文獻(xiàn)中發(fā)現(xiàn)的最重要基因位點(diǎn),該最重要的基因位點(diǎn)可以是獲取到的結(jié)果中前10%的位點(diǎn)。
錯誤的基因位點(diǎn)信息包括以下至少一種:1)獲取的數(shù)據(jù)庫中記載該基因位點(diǎn)信息的原始文獻(xiàn)在實(shí)質(zhì)上并沒有報(bào)道此位點(diǎn);2)記載該基因位點(diǎn)的原始文獻(xiàn)中,該基因位點(diǎn)的結(jié)果在統(tǒng)計(jì)學(xué)上為非顯著。
當(dāng)然,預(yù)設(shè)標(biāo)準(zhǔn)以及基因位點(diǎn)信息錯誤的判定標(biāo)準(zhǔn),在本實(shí)施例中并不作為限制,可以根據(jù)實(shí)際情況確定。
進(jìn)一步的,由于對泌尿與生殖系統(tǒng)相關(guān)的基因研究不斷進(jìn)行,與泌尿與生殖系統(tǒng)相關(guān)的基因的變異位點(diǎn)的突變情況會處于更新中,且在當(dāng)前的泌尿與生殖系統(tǒng)基因庫中并不一定存在所有泌尿與生殖系統(tǒng)的相關(guān)基因的變異位點(diǎn)突變情況,于是,在本發(fā)明實(shí)施例中,還包括每隔預(yù)設(shè)時(shí)間段對所述泌尿與生殖系統(tǒng)數(shù)據(jù)庫進(jìn)行更新。
具體的更新過程可以是,每隔預(yù)設(shè)時(shí)間段,獲取最新發(fā)表在國際權(quán)威學(xué)術(shù)雜志,如Nature,Nature Genetics等上發(fā)表的與泌尿與生殖系統(tǒng)相關(guān)的研究論文,將獲得的研究論文中最新的與泌尿與生殖系統(tǒng)相關(guān)的基因位點(diǎn)信息,刪除其中可信度低于預(yù)設(shè)標(biāo)準(zhǔn)的以及錯誤的基因位點(diǎn)信息,加入到泌尿與生殖系統(tǒng)數(shù)據(jù)庫中以實(shí)現(xiàn)更新。
獲得泌尿與生殖系統(tǒng)基因庫后,將待檢位點(diǎn)與泌尿與生殖系統(tǒng)數(shù)據(jù)庫中的泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的多個變異位點(diǎn)進(jìn)行比較。
在本實(shí)施例中,該比較過程可以是在步驟S120的獲得待檢位點(diǎn)后直接進(jìn)行,也可以是由用戶觸發(fā)進(jìn)行。即在接收到用戶觸發(fā)的查詢請求后,執(zhí)行該步驟S130中的比較。
另外,也可以是,用戶輸入步驟S120中獲得的待檢位點(diǎn)中的一個或多個,步驟S130中將用戶輸入的待檢位點(diǎn)與泌尿與生殖系統(tǒng)基因庫中的泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的多個變異位點(diǎn)進(jìn)行比較。
另外,也可以是,用戶直接從泌尿與生殖系統(tǒng)基因庫中獲取泌尿與生殖系統(tǒng)相關(guān)的變異位點(diǎn)。具體的,用戶通過輸入輸出單元輸入基因名字、位點(diǎn)在基因組的坐標(biāo)等信息。在接收到用戶輸入的信息后,根據(jù)用戶輸入的信息在泌尿與生殖系統(tǒng)基因庫中進(jìn)行查找,將查找結(jié)果,如基因名字、位點(diǎn)坐標(biāo)、堿基突變類型等各種信息進(jìn)行顯示。若泌尿與生殖系統(tǒng)基因庫中查找到用戶輸入的信息,則證明該輸入信息對應(yīng)的基因位點(diǎn)與泌尿與生殖系統(tǒng)相關(guān),且存在堿基突變??梢岳斫獾?,位點(diǎn)在基因組的坐標(biāo)即為位點(diǎn)的位置。
步驟S140:當(dāng)所述待檢位點(diǎn)中存在與所述泌尿與生殖系統(tǒng)基因庫中位置相同且突變堿基相同的變異位點(diǎn),獲得所述待測基因中泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的位點(diǎn)突變情況。
當(dāng)比較結(jié)果為,待檢位點(diǎn)中存在與泌尿與生殖系統(tǒng)數(shù)據(jù)庫中相同的變異位點(diǎn),則可以根據(jù)泌尿與生殖系統(tǒng)數(shù)據(jù)庫中該相同的變異位點(diǎn)確定該待測基因中有泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的位點(diǎn)突變,且突變情況與泌尿與生殖系統(tǒng)數(shù)據(jù)庫中該相同的變異位點(diǎn)一致。于是,可以獲得待測基因中有哪些與泌尿與生殖系統(tǒng)相關(guān)的基因的變異位點(diǎn)以及每個與泌尿與生殖系統(tǒng)相關(guān)的變異位點(diǎn)的具體突變情況,該突變情況包括在哪個位置的哪一個堿基突變?yōu)槟囊粋€堿基。
可以理解的,相同的變異位點(diǎn)指變異位點(diǎn)的位置相同且堿基突變情況相同,即在同一個位置具有相同的突變堿基,認(rèn)為是待檢位點(diǎn)中與泌尿與生殖系統(tǒng)數(shù)據(jù)庫中相同的變異位點(diǎn)。泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因即與泌尿與生殖系統(tǒng)相關(guān)的基因。
于是,相關(guān)人員可以根據(jù)獲得的待測基因中泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的位點(diǎn)突變情況,以及其他信息,如泌尿與生殖系統(tǒng)相關(guān)基因的每種突變情況下可能的患病情況,確定該待測基因?qū)?yīng)的對象的泌尿與生殖系統(tǒng)患病情況。
進(jìn)一步的,在本實(shí)施例中,還可以根據(jù)所述待測基因中泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的位點(diǎn)突變情況,以及泌尿與生殖系統(tǒng)數(shù)據(jù)庫中泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的每個變異位點(diǎn)的每種突變堿基對蛋白質(zhì)功能的影響,確定所述待測基因中每個變異位點(diǎn)的突變對蛋白質(zhì)功能的影響,從而可以確定待測基因?qū)?yīng)的對象(如對應(yīng)的人)的哪些與泌尿與生殖系統(tǒng)相關(guān)的蛋白質(zhì)功能受到了影響,受到了哪些影響。以使相關(guān)專業(yè)人員可以根據(jù)蛋白質(zhì)功能的影響,結(jié)合其他信息,如蛋白質(zhì)功能改變與器官具體功能的作用關(guān)系等,判斷該待測基因?qū)?yīng)的對象的泌尿與生殖疾病患病幾率以及可能患哪些泌尿與生殖疾病。
當(dāng)然,在本發(fā)明實(shí)施例中,也可以是直接包括每種變異位點(diǎn)的突變情況對泌尿與生殖疾病的致病情況,如對腎小球腎炎的影響可能包括致病、可能致病、危險(xiǎn)因素、不確定、有沖突的研究結(jié)果、良性,其中某個位置某種突變堿基的致病情況為危險(xiǎn)因素,表明該位置有該種突變堿基的對象患腎小球腎炎的幾率非常高,需要注意預(yù)防。
第二實(shí)施例
本實(shí)施例提供了一種泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的突變位點(diǎn)的獲取裝置200,請參見圖4,該裝置200包括:
比對模塊210,用于將待測基因的多個短序列與參考基因組進(jìn)行數(shù)據(jù)比對,獲得待測基因的初步變異位點(diǎn)信息,所述初步變異位點(diǎn)信息中包括多個初步變異位點(diǎn)的突變堿基以及每個初步變異位點(diǎn)的位置信息。
過濾模塊220,用于根據(jù)所述初步變異位點(diǎn)信息,將多個初步變異位點(diǎn)中不滿足預(yù)設(shè)保留條件的變異位點(diǎn)刪除,將刪除后獲得的所述待測基因中的變異位點(diǎn)作為待檢位點(diǎn)。
比較模塊230,用于將所述待檢位點(diǎn)與泌尿與生殖系統(tǒng)基因庫中的泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的多個變異位點(diǎn)進(jìn)行比較,所述泌尿與生殖系統(tǒng)基因庫中包括泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的每個變異位點(diǎn)的突變堿基以及每個變異位點(diǎn)所在位置。
突變獲取模塊240,當(dāng)所述待檢位點(diǎn)中存在與所述泌尿與生殖系統(tǒng)基因庫中位置相同且突變堿基相同的變異位點(diǎn),用于獲得所述待測基因中泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的位點(diǎn)突變情況。
進(jìn)一步的,泌尿與生殖系統(tǒng)基因庫中還包括泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的每個變異位點(diǎn)的每種突變堿基對蛋白質(zhì)功能的影響,本實(shí)施例中的突變獲取模塊240還用于根據(jù)所述待測基因中泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的位點(diǎn)突變情況,確定所述待測基因中每個變異位點(diǎn)的突變對蛋白質(zhì)功能的影響。
進(jìn)一步的,本實(shí)施例中,如圖4所示,還包括基因庫建立模塊250,用于建立泌尿與生殖系統(tǒng)基因庫,所述基因庫建立模塊250包括:數(shù)據(jù)獲取單元251,用于獲取COSMIC基因數(shù)據(jù)庫、NCBI的clivar數(shù)據(jù)庫中與泌尿與生殖系統(tǒng)相關(guān)的基因位點(diǎn)信息,所述基因位點(diǎn)信息中包括泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的每個變異位點(diǎn)的突變堿基以及每個變異位點(diǎn)所在位置。數(shù)據(jù)刪除單元252,用于將所述基因位點(diǎn)信息中可信度低于預(yù)設(shè)標(biāo)準(zhǔn)的以及錯誤的基因位點(diǎn)信息刪除,獲得的基因位點(diǎn)信息形成所述泌尿與生殖系統(tǒng)基因庫。
進(jìn)一步的,如圖5所示,該基因庫建立模塊250還包括更新單元253,用于每隔預(yù)設(shè)時(shí)間段對所述泌尿與生殖系統(tǒng)基因庫進(jìn)行更新。
進(jìn)一步的,如圖6所示,在本實(shí)施例中,過濾模塊220包括以下一種或多種:第一刪除單元221,用于去除所述多個初步變異位點(diǎn)中,等位基因的個數(shù)大于預(yù)設(shè)閾值的變異位點(diǎn)。第二刪除單元222,用于刪除所述多個初步變異位點(diǎn)中,位于每個插入缺失的上游范圍或者下游范圍內(nèi)的所有變異位點(diǎn),所述上游范圍和下游范圍包括的堿基個數(shù)為預(yù)設(shè)個數(shù)。第三刪除單元223,用于將所述多個初步變異位點(diǎn)中,彼此之間間隔預(yù)設(shè)堿基個數(shù)的變異位點(diǎn)刪除。第四刪除單元224,用于將所述多個初步變異位點(diǎn)中,對應(yīng)的GQ值小于預(yù)設(shè)GQ閾值的變異位點(diǎn)刪除。第五刪除單元225,用于將所述多個初步變異位點(diǎn)中,對應(yīng)的MQ值小于預(yù)設(shè)MQ閾值的變異位點(diǎn)刪除。
在本實(shí)例中,請參見圖7,比對模塊210可以包括:比對單元211,用于將所述待測基因的多個短序列與參考基因組進(jìn)行首次比對,獲得SAM格式的比對結(jié)果;去重單元212,用于對所述比對結(jié)果進(jìn)行去重,使對比到參考基因組的一個位置的短序列個數(shù)小于或等于1;重比對單元213,用于對去重后的對比結(jié)果進(jìn)行本地重比對;計(jì)算單元214,用于重新計(jì)算本地重比對后的比對結(jié)果中的堿基質(zhì)量分?jǐn)?shù);初判單元215,用于根據(jù)所述堿基質(zhì)量分?jǐn)?shù),對本地重比對后的對比結(jié)果進(jìn)行SNP和indel分析,獲得初步變異位點(diǎn)信息。
綜上所述,本發(fā)明實(shí)施例提供的泌尿與生殖系統(tǒng)對應(yīng)的基因的突變位點(diǎn)的獲取方法及裝置,在獲得待測基因的待測位點(diǎn)后,將待測位點(diǎn)與泌尿與生殖系統(tǒng)基因庫中對應(yīng)的基因的多個變異位點(diǎn)進(jìn)行比較,從而可以獲得該待測基因中的變異位點(diǎn)中與泌尿與生殖系統(tǒng)相關(guān)的多個變異位點(diǎn)的突變情況,以用于輔助泌尿與生殖系統(tǒng)疾病的可能患病情況的判斷。
需要說明的是,本說明書中的各個實(shí)施例均采用遞進(jìn)的方式描述,每個實(shí)施例重點(diǎn)說明的都是與其他實(shí)施例的不同之處,各個實(shí)施例之間相同相似的部分互相參見即可。對于裝置類實(shí)施例而言,由于其與方法實(shí)施例基本相似,所以描述的比較簡單,相關(guān)之處參見方法實(shí)施例的部分說明即可。
在本申請所提供的幾個實(shí)施例中,應(yīng)該理解到,所揭露的裝置和方法,也可以通過其它的方式實(shí)現(xiàn)。以上所描述的裝置實(shí)施例僅僅是示意性的,例如,附圖中的流程圖和框圖顯示了根據(jù)本申請的多個實(shí)施例的裝置、方法和計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品的可能實(shí)現(xiàn)的體系架構(gòu)、功能和操作。在這點(diǎn)上,流程圖或框圖中的每個方框可以代表一個模塊、程序段或代碼的一部分,所述模塊、程序段或代碼的一部分包含一個或多個用于實(shí)現(xiàn)規(guī)定的邏輯功能的可執(zhí)行指令。也應(yīng)當(dāng)注意,在有些作為替換的實(shí)現(xiàn)方式中,方框中所標(biāo)注的功能也可以以不同于附圖中所標(biāo)注的順序發(fā)生。例如,兩個連續(xù)的方框?qū)嶋H上可以基本并行地執(zhí)行,它們有時(shí)也可以按相反的順序執(zhí)行,這依所涉及的功能而定。也要注意的是,框圖和/或流程圖中的每個方框、以及框圖和/或流程圖中的方框的組合,可以用執(zhí)行規(guī)定的功能或動作的專用的基于硬件的系統(tǒng)來實(shí)現(xiàn),或者可以用專用硬件與計(jì)算機(jī)指令的組合來實(shí)現(xiàn)。
另外,在本申請各個實(shí)施例中的各功能模塊可以集成在一起形成一個獨(dú)立的部分,也可以是各個模塊單獨(dú)存在,也可以兩個或兩個以上模塊集成形成一個獨(dú)立的部分。
所述功能如果以軟件功能模塊的形式實(shí)現(xiàn)并作為獨(dú)立的產(chǎn)品銷售或使用時(shí),可以存儲在一個計(jì)算機(jī)可讀取存儲介質(zhì)中。基于這樣的理解,本申請的技術(shù)方案本質(zhì)上或者說對現(xiàn)有技術(shù)做出貢獻(xiàn)的部分或者該技術(shù)方案的部分可以以軟件產(chǎn)品的形式體現(xiàn)出來,該計(jì)算機(jī)軟件產(chǎn)品存儲在一個存儲介質(zhì)中,包括若干指令用以使得一臺計(jì)算機(jī)設(shè)備(可以是個人計(jì)算機(jī),服務(wù)器100,或者網(wǎng)絡(luò)設(shè)備等)執(zhí)行本申請各個實(shí)施例所述方法的全部或部分步驟。而前述的存儲介質(zhì)包括:U盤、移動硬盤、只讀存儲器(ROM,Read-Only Memory)、隨機(jī)存取存儲器(RAM,Random Access Memory)、磁碟或者光盤等各種可以存儲程序代碼的介質(zhì)。需要說明的是,在本文中,諸如第一和第二、另一等之類的關(guān)系術(shù)語僅僅用來將一個實(shí)體或者操作與另一個實(shí)體或操作區(qū)分開來,而不一定要求或者暗示這些實(shí)體或操作之間存在任何這種實(shí)際的關(guān)系或者順序。而且,術(shù)語“包括”、“包含”或者其任何其他變體意在涵蓋非排他性的包含,從而使得包括一系列要素的過程、方法、物品或者設(shè)備不僅包括那些要素,而且還包括沒有明確列出的其他要素,或者是還包括為這種過程、方法、物品或者設(shè)備所固有的要素。在沒有更多限制的情況下,由語句“包括一個……”限定的要素,并不排除在包括所述要素的過程、方法、物品或者設(shè)備中還存在另外的相同要素。
以上所述僅為本申請的優(yōu)選實(shí)施例而已,并不用于限制本申請,對于本領(lǐng)域的技術(shù)人員來說,本申請可以有各種更改和變化。凡在本申請的精神和原則之內(nèi),所作的任何修改、等同替換、改進(jìn)等,均應(yīng)包含在本申請的保護(hù)范圍之內(nèi)。應(yīng)注意到:相似的標(biāo)號和字母在下面的附圖中表示類似項(xiàng),因此,一旦某一項(xiàng)在一個附圖中被定義,則在隨后的附圖中不需要對其進(jìn)行進(jìn)一步定義和解釋。
以上所述,僅為本申請的具體實(shí)施方式,但本申請的保護(hù)范圍并不局限于此,任何熟悉本技術(shù)領(lǐng)域的技術(shù)人員在本申請揭露的技術(shù)范圍內(nèi),可輕易想到變化或替換,都應(yīng)涵蓋在本申請的保護(hù)范圍之內(nèi)。因此,本申請的保護(hù)范圍應(yīng)所述以權(quán)利要求的保護(hù)范圍為準(zhǔn)。