專利名稱：用于分析dna的方法和裝置的制作方法
用于分析DNA的方法和裝置相關(guān)申請本申請要求基于2008年4月16日提交的美國臨時(shí)專利申請第61/045，511號，名 為“用于分析DNA的方案和裝置”的優(yōu)先權(quán)。本申請還要求基于2008年10月6日提交的 美國臨時(shí)專利申請第61/102，989號，名為“用于分析DNA的方案和裝置(2)，，的優(yōu)先權(quán)。
背景技術(shù)：
當(dāng)一種不熟悉的傳染病在社會上出現(xiàn)時(shí)，了解疾病有可能需要對患者的整個(gè)病情 進(jìn)展的觀察。例如，諸如聯(lián)合國世界衛(wèi)生組織(WHO)和美國疾病控制預(yù)防中心(⑶C)的機(jī) 構(gòu)可收到關(guān)于在爆發(fā)伊始觀察到的癥狀以及可疑因果聯(lián)系的報(bào)告。醫(yī)院可繼續(xù)報(bào)告疾病的 特征，包括癥狀的進(jìn)一步發(fā)展、預(yù)防技術(shù)、患者對不同治療方法的反應(yīng)以及任何病原研究的 結(jié)果。這些對于疾病的深入了解預(yù)計(jì)可使醫(yī)療從業(yè)者更有效果地且有效地治療受感染的患 者ο然而，對于任何指定疾病，這種期望在現(xiàn)實(shí)的時(shí)間框架內(nèi)可能是實(shí)際的或不實(shí)際 的。換句話說，可能只有在疾病已經(jīng)擴(kuò)散至大批相關(guān)人群后，才得到適當(dāng)?shù)刂委熂膊∷璧?知識。到確定適當(dāng)?shù)念A(yù)防和治療方法時(shí)，可能已經(jīng)難以控制疾病進(jìn)一步的兇猛擴(kuò)散。在中醫(yī)(TCM)的診治中，醫(yī)師不但可以根據(jù)患者有形的癥狀而且也可以根據(jù)患者 內(nèi)部生理學(xué)的各種表現(xiàn)來評價(jià)患者的整體生理狀態(tài)。例如，醫(yī)師可在實(shí)行其他診斷過程中， 觀察患者舌的不同部位和脈搏的當(dāng)前狀態(tài)，并測試與不同經(jīng)絡(luò)(解釋如下)相關(guān)的敏感性。 所述診斷不需要任何對于病原體或疾病的標(biāo)記，并且可在無論患者癥狀是否與一系列已知 癥狀一致的情況下應(yīng)用。因此，可根據(jù)TCM理論治療不熟悉的疾病，甚至當(dāng)患者具有一系列無法識別的癥 狀時(shí)。然而，所述方法可能在醫(yī)師方面需要特殊的專業(yè)知識，這在世界一些地方可能甚至在 中國都是困難的要求。另外，盡管這種個(gè)人診斷手段在許多醫(yī)療條件下經(jīng)常是有優(yōu)勢的，但 是其對于沖擊潛在的大面積傳播的傳染病可能是無效的。這是因?yàn)椋膊颊逜和患者B 的影響可能有輕微的不同，因?yàn)榛颊逜和患者B在染上疾病前各自的生理學(xué)開始可能不同。 因此，TCM醫(yī)師觀察到患者A上產(chǎn)生的影響可能不一定能夠精確地預(yù)測患者B上產(chǎn)生的影 響。這種患者-特異性方法實(shí)際上是TCM診治的優(yōu)勢，因?yàn)檫@允許醫(yī)師向每個(gè)患者提 供個(gè)別制定的治療方法。然而，在一種新的或不熟悉的傳染病的情況下，社會的近期目標(biāo) 在很大程度上經(jīng)常是控制疾病以防在人群中傳播。因此，有效地確定不依賴于特定的宿主 (例如，人類患者)的特定病原體的作用的能力會是有利的。這種了解可以允許專業(yè)醫(yī)護(hù)人 員在疾病擴(kuò)散至難于控制前迅速地進(jìn)一步確定合適的療程。如將看到的，本發(fā)明以一種巧 妙的方式提供這種解決辦法。以下為一些TCM理論的基本觀點(diǎn)，其中許多以黃帝經(jīng)典內(nèi)科學(xué)(或內(nèi)經(jīng))為基礎(chǔ)。 內(nèi)經(jīng)是寫于中國戰(zhàn)國時(shí)期(476-221BC)的第一本典籍，并且依舊是許多現(xiàn)今TCM學(xué)習(xí)依據(jù) 的教科書。內(nèi)經(jīng)中“部分和整體”的概念認(rèn)為，整個(gè)萬物是一個(gè)整體，并且每個(gè)人是該整體的一部分并因此和該整體含有相同的信息。TCM醫(yī)師在很久以前就采納了這種概念。例如，他 們將整個(gè)人體映射至相應(yīng)的人類耳朵內(nèi)部以及頭皮。今天，耳部針灸和頭皮針灸已經(jīng)成為 國際標(biāo)準(zhǔn)并且包含在加利福尼亞州針灸醫(yī)師執(zhí)業(yè)考試內(nèi)。五行理論(The Five-Element Theory)認(rèn)為自然界中有已知為五行的火、水、木、 金和土的五種動態(tài)性質(zhì)。萬物中所有事物都具有五行性質(zhì)中的一種。該理論描述五行之間 的“相生-相克(production-subduction) ”的關(guān)系以及他們對人體的影響?？偨Y(jié)顯示于圖 1。實(shí)線箭頭代表“相生”關(guān)系，而虛線箭頭代表“相克”關(guān)系。傳統(tǒng)的經(jīng)絡(luò)理論認(rèn)為存在一個(gè)包含沿站立姿勢的人體縱向運(yùn)行的十二條主要經(jīng) 絡(luò)的經(jīng)絡(luò)系統(tǒng)，以及從十二條主要經(jīng)絡(luò)延伸至全身的經(jīng)絡(luò)網(wǎng)絡(luò)。十二條經(jīng)絡(luò)分為位于上肢 和下肢(手和足)的3條陰經(jīng)(太陰、少陰和厥陰)和3條陽經(jīng)(太陽、少陽和陽明)。經(jīng) 絡(luò)是能量(在TCM中也稱為氣和血)運(yùn)行的通路。自從WHO在1993年公布了 “Standard AcupunctureNomenclature, 2nd Edition”(“標(biāo)準(zhǔn)針灸命名法，第2版”)后，經(jīng)絡(luò)理論和361 個(gè)穴位被定為國際標(biāo)準(zhǔn)。附圖簡述

圖1顯示現(xiàn)有技術(shù)的概念。圖2顯示本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式。圖3顯示本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式。圖4A-B顯示本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式。圖5顯示本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式。圖6顯示本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式。圖7顯示本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式。
圖8A-C顯示本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式。圖9顯示本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式。圖10顯示本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式。圖11顯示本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式。發(fā)明詳述本發(fā)明涉及分析來自靶標(biāo)生物體的DNA序列中胸腺嘧啶、胞嘧啶、腺嘌呤和鳥嘌 呤的分布和/或比的裝置的方案和設(shè)計(jì)。然后，該結(jié)果用于確定靶標(biāo)生物體在諸如人體的 宿主里可具有的可能影響。目標(biāo)是提供診斷諸如傳染病的疾病的有效方法，測試食物和藥 物的安全性，并且因此產(chǎn)生衛(wèi)生保健和食物供應(yīng)的自然和有效的解決辦法。例如，如圖6所示，根據(jù)本發(fā)明配置的DNA分析方法在602接收DNA序列輸入并且 在604將其轉(zhuǎn)化為重裝配序列?；谥匮b配序列的結(jié)果可繼而在606輸出?；A(chǔ)創(chuàng)新理論以下為在本發(fā)明中新發(fā)展的理論，該理論作為本公開的方法和裝置的基礎(chǔ)。這些 理論的正確性已經(jīng)通過以下部分中描述的本公開的方法所證實(shí)。對于超過30種已知傳染 病，預(yù)測的結(jié)果與WHO和CDC公布的信息良好吻合。以上所述的部分-整體概念可認(rèn)為是與Benoit Mandelbrot在1975年提出的數(shù) 學(xué)術(shù)語“分形”相似。分形是其中一個(gè)整體的每一部分為該整體的縮微拷貝的系統(tǒng)。相應(yīng)理論(Theory of Correspondency)在分形的情況下，“相應(yīng)”在相同坐標(biāo)的兩件事物中存在。因此，當(dāng)一件事物發(fā)生變化時(shí)，另一個(gè)事物也一定受影響。例如，假設(shè)A、 B和C是稱為S的分形體系中的三種子系統(tǒng)。子系統(tǒng)A的四維性質(zhì)(Xa、Ya、Za和Ta)對應(yīng) 于子系統(tǒng)B的性質(zhì)(Xb、Yb、Zb和Tb)、子系統(tǒng)C的性質(zhì)(Xe、Yc、Zc和Tc)以及整個(gè)系統(tǒng)S 的性質(zhì)(Xs、Ys、Zs和Ts)。如果Xa有任何擾動，那么Xb,Xc和Xs都將同時(shí)受到影響，并且 整個(gè)體系將失去平衡。為重新建立平衡，必須在這些對應(yīng)的位置進(jìn)行調(diào)整。應(yīng)該注意的是， 以與其他三種維度同樣的方式處理時(shí)間。也就是說，所有子系統(tǒng)是同步的。天、人和地的概念(HUE概念)人體的三個(gè)層次的概念最先描述于內(nèi)經(jīng)中。人是 自然的一部分并且處于天和地之間；因此，人也在其自身內(nèi)模擬自然。三個(gè)層次被命名為 天、人和地，其中天通常指身體偏上的部位或覆蓋于整個(gè)身體的最外層；地通常指身體偏下 的部位或保持所有內(nèi)容物的身體最內(nèi)層；并且人指連接天和地的層。此外，基于部分-整體 概念，這三個(gè)層次也存在于人體的每一個(gè)部位中。經(jīng)現(xiàn)代科學(xué)證實(shí)，人類進(jìn)化從被稱為外胚層、中胚層和內(nèi)胚層的細(xì)胞的三個(gè)層開 始。外胚層后來發(fā)展成為諸如皮膚、毛發(fā)、指甲和神經(jīng)系統(tǒng)的身體外層。中胚層后來發(fā)展成 為諸如肌肉、骨骼、腱和循環(huán)系統(tǒng)的中層。內(nèi)胚層后來發(fā)展成為諸如胃腸道、呼吸道和內(nèi)分 泌系統(tǒng)的身體內(nèi)層。因此，我們可以認(rèn)為天層包括胚胎的外胚層以及對應(yīng)的發(fā)展出的身體 部位；人層包括胚胎的中胚層以及對應(yīng)的發(fā)展出的身體部位；并且地層包括胚胎的內(nèi)胚層 以及對應(yīng)的發(fā)展出的身體部位。動物和植物的對應(yīng)的身體部位列于圖2的圖表中。基于靶 標(biāo)生物體的天、人和地層的DNA特性，可以確定其可能對宿主產(chǎn)生的生理效應(yīng)。我們可以將HUE概念與相應(yīng)理論結(jié)合以確定靶標(biāo)生物體對其宿主可能具有的生 理效應(yīng)。靶標(biāo)生物體的HUE層對應(yīng)于宿主的HUE層。例如，靶標(biāo)生物體的天層會影響宿主的 天層，靶標(biāo)生物體的人層會影響宿主的人層，并且靶標(biāo)生物體的地層會影響宿主的地層。類 似地，相應(yīng)也存在于他們的五行性質(zhì)之間。因此靶標(biāo)生物體的A、T、C、G和糖-磷酸酯會直 接影響宿主的A、T、C、G和糖-磷酸酯。此相同的理論也應(yīng)用于八相(the eight phases) 0四時(shí)概念(The Four-Period Concept)由于一年有四季，諸如人的自然生物體的 生命循環(huán)，也可認(rèn)為是包括四個(gè)階段。所述四個(gè)階段必然伴有該生物體內(nèi)部狀況或能量水 平的變化。每一個(gè)階段包括五行性質(zhì)中的一種。例如，木階段是在當(dāng)萬物生長時(shí)，火階段賦 予有形實(shí)體最強(qiáng)的狀態(tài)，金階段是當(dāng)內(nèi)部能量開始降低并且身體很可能脫水時(shí)，而水階段 是當(dāng)身體在其生命周期中含有最少的能量時(shí)。所述概念在診斷過程中幫助醫(yī)師了解患者的 內(nèi)部體質(zhì)。例如，導(dǎo)致高燒的疾病更有可能顯著影響處于火階段的個(gè)體，而不是處于水階段 的個(gè)體。HUE結(jié)構(gòu)如圖3所示的HUE結(jié)構(gòu)，為4X3X8的四維矩陣300，其存在于分形萬物 的每一個(gè)部分。“4”代表對應(yīng)于五行無糖-磷酸酯骨架(對應(yīng)于土要素)的DNA核堿基，如 下所述。如要素302所示，其包括二維平面，其中火_水軸與木_金軸垂直，并且土要素位于 中央?！?”代表天310、人312和土 314層?！?”對應(yīng)于時(shí)間域T中的8個(gè)等同相。八個(gè)時(shí) 間相可認(rèn)為包括如上所述的四個(gè)階段水階段320、木階段322、火階段324和金階段326。DNA核堿基和五行性質(zhì)之間的相應(yīng)列于圖4A-B的表格中。腺嘌呤對應(yīng)于火因?yàn)槠?能量豐富，胸腺嘧啶對應(yīng)于水因?yàn)槠湮漳芰?，胞嘧啶對?yīng)于木因?yàn)槠漭o助生長，鳥嘌呤對 應(yīng)于金因?yàn)槠涮峁┎屎缟?，并且糖_磷酸酯骨架對應(yīng)于土，因?yàn)槠渥甜B(yǎng)并支持其他要素。在本發(fā)明中，DNA序列被劃分為三層，叫做天、人和地。在DNA序列中，天、人和地要素被彼此靠近放置。圖5顯示由標(biāo)準(zhǔn)DNA序列510至重裝配的三層HUE序列520的轉(zhuǎn)化。應(yīng)用治療和預(yù)防疾病。本發(fā)明可使我們了解疾病的確切成因以及預(yù)測其進(jìn)展。例如， 在傳染病的情況下，本發(fā)明可揭示病原體的性質(zhì)以及其如何能在人體內(nèi)進(jìn)化。這會有助于 有效治療和疾病預(yù)防。為個(gè)體選擇正確的食物。本發(fā)明可使政府和消費(fèi)者監(jiān)控我們?nèi)粘z入的食物和藥 物的性質(zhì)和安全性。本發(fā)明因此可使個(gè)人成為他/她自身的營養(yǎng)師，通過簡單地根據(jù)性質(zhì) 選擇合適的食物而保持健康。這自然提供了低消費(fèi)、有效的醫(yī)療保障體系。有效的農(nóng)業(yè)規(guī)劃和食物節(jié)約。本發(fā)明可使農(nóng)民精確預(yù)測作物如何生長以及其需要 的條件。因此農(nóng)民可以建立最優(yōu)的種植環(huán)境并且選擇最好的收割時(shí)間。知曉能量如何在植 物中分布(即包括葉、果實(shí)、莖和根)，使我們有效地使用食物。方法根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施方式所述方法可以(1)將靶標(biāo)生物體的DNA映射至HUE結(jié)構(gòu) 上，并且(2)確定靶標(biāo)生物體如何影響其宿主。圖7中的流程圖700顯示根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施方式設(shè)定的，由例如DNA分析系統(tǒng)執(zhí) 行的方法。在702，DNA序列輸入在例如輸入模塊接收。該輸入可包括核堿基代表的數(shù)字化 序列，例如以GENBANK或FASTA格式的“預(yù)制"DNA序列。可選地，實(shí)際的DNA可通過例如從 靶標(biāo)生物體中提取而得到，之后產(chǎn)生DNA編碼序列。在人類患者具有一系列未經(jīng)識別的癥 狀而入院的情況下，可首先取得血液樣品。根據(jù)本領(lǐng)域內(nèi)普通技術(shù)人員公知的方法，通過樣 品的實(shí)驗(yàn)室篩選，可鑒定外源生物體。然后，該外源生物體可成為關(guān)注的靶標(biāo)生物體，并且 可提取其DNA序列。在本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方式中，使用靶標(biāo)生物體的完整基因組的 DNA序列。以GENBANK格式存在的樣品DNA序列在圖8A-1中顯示。在704和706，DNA序列通過例如處理器轉(zhuǎn)化為重裝配序列。在704，DNA序列可首 先轉(zhuǎn)化為三層序列，例如圖8A-2中所示的HUE序列。在HUE序列中，三層中的第一層包括 DNA序列中所有三核堿基代表的第一個(gè)，三層中的第二層包括所有三核堿基代表的第二個(gè)， 并且三層中的第三層包括所有三核堿基代表的第三個(gè)。在706，三層HUE序列可被劃分為八相。每一相占據(jù)整個(gè)循環(huán)的1/8T，其中T為循 環(huán)時(shí)間。8相中的每一個(gè)繼而可被細(xì)分為更小的單元以進(jìn)行更為詳細(xì)的分析。八相序列的 一個(gè)實(shí)例在圖8A-3中顯示。在708，可分析多個(gè)總和以產(chǎn)生分析結(jié)果，其中多個(gè)總和中的每一個(gè)分別表示在三 層和八相中每一個(gè)里四個(gè)核堿基代表的每一個(gè)的總的出現(xiàn)。例如，如圖8A-4所示，確定了 所有層次和相中每個(gè)嘌呤腺嘌呤(火)、胸腺嘧啶(水)、胞嘧啶(木)和鳥嘌呤(金)的 各自的總和。地要素不在該步驟中分析，但是可由使用者根據(jù)五行理論確定。在輸入多個(gè) DNA序列的情況下，可進(jìn)行比較。另外，也可分析根據(jù)多個(gè)總和中至少兩個(gè)的比。在710，以上所述結(jié)果中的一個(gè)或多個(gè)可通過例如輸出模塊輸出。結(jié)果可以，例如 諸如圖形、圖表、表格、圖或大綱的有利于直觀(visual-friendly)的形式顯示。輸出模塊 可顯示各種結(jié)果，諸如包括如圖8A-2的HUE序列或如圖8A-3的8相序列或兩者的重裝配 序列。也可顯示多個(gè)核堿基總和的圖表，諸如圖8A-4的圖表。圖8A-4的總和的更加生動 易讀的表示方式在圖8B中顯示。清楚地，描述于圖8A-B的DNA樣品不是實(shí)際生物體結(jié)果的真實(shí)代表，而是用作所述分析方法的可理解的實(shí)例。描述于圖8C和11中的樣品代表與 標(biāo)靶生物體相關(guān)的結(jié)果的更真實(shí)的描繪。一旦結(jié)果在710輸出，醫(yī)師就可以基于先前已知的TCM分析方法以及本文公開的 新發(fā)展的理論這兩者來解釋該結(jié)果?？蛇x地，在712，處理器還可確定具有輸入DNA序列 的靶標(biāo)生物體對宿主生物體的一種或多種生理效應(yīng)，以產(chǎn)生測定結(jié)果。該測定結(jié)果可以基 于以上所述的五行理論、經(jīng)絡(luò)理論、相應(yīng)理論、人天和地的概念以及四時(shí)概念中的一個(gè)或多 個(gè)。例如，圖8C顯示基于以上步驟702-710的結(jié)果的分析。如在天802、人804和地806部 分中所示，該解釋區(qū)分了在三層中的發(fā)現(xiàn)。例如，關(guān)于天層的發(fā)現(xiàn)與皮膚層/身體上部的癥 狀相關(guān)；關(guān)于人層的發(fā)現(xiàn)與血液系統(tǒng)的癥狀相關(guān)；并且關(guān)于地層的發(fā)現(xiàn)與內(nèi)分泌系統(tǒng)的癥 狀相關(guān)。這些相關(guān)與圖2以及以上段落中所述的那些一致。這些解釋結(jié)果以及所述解釋所 基于的標(biāo)準(zhǔn)可以顯示形式輸出。如本領(lǐng)域中普通技術(shù)人員所理解，根據(jù)TCM原理以及本文所描述的新開發(fā)的理 論，所述結(jié)果將幫助醫(yī)生理解疾病的特性，并且因此抵制疾病發(fā)展。裝置在如圖9所示的本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式中，實(shí)施如上所述方法的DNA分析系統(tǒng)可 包括接收DNA序列輸入的輸入模塊902，將DNA序列轉(zhuǎn)化為重裝配序列的處理器904 ；以及 輸出基于重裝配序列的結(jié)果的輸出模塊906。DNA分析系統(tǒng)的另一個(gè)實(shí)施方式在圖10中顯示。輸入室1002可接收來自任何來 源的DNA序列，包括直接來自靶標(biāo)生物體或來自經(jīng)諸如1010的互聯(lián)網(wǎng)連接的外存儲。該系 統(tǒng)包括進(jìn)行如上所述的過程的處理器1004。輸出室1006可包括存儲單元以保存結(jié)果，并且 可輸出結(jié)果至顯示器1008。所述輸出室也可允許使用者通過1010的外部連接將結(jié)果輸出 至另一個(gè)設(shè)備。在本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式中，系統(tǒng)可允許使用者輸入多個(gè)DNA序列用于比對。該 系統(tǒng)也可包括運(yùn)行于嵌在多功能設(shè)備內(nèi)部的主計(jì)算機(jī)或模塊的軟件。圖11示例輸入DNA序列1102進(jìn)入DNA分析系統(tǒng)1104，其顯示HUE圖表結(jié)果1106。本發(fā)明可能還涉及通過諸如微處理器的計(jì)算機(jī)處理器執(zhí)行的一些功能。所述微處 理器可為專門的或?qū)Ｓ玫奈⑻幚砥?，該微處理器被配置成通過執(zhí)行定義本發(fā)明包括的特定 任務(wù)的機(jī)讀軟件代碼，進(jìn)而執(zhí)行根據(jù)本發(fā)明的特定任務(wù)。所述微處理器也可被配置為與其 他設(shè)備一起操作和通信，其他設(shè)備例如直接存儲存取模塊、存儲儲存設(shè)備、因特網(wǎng)相關(guān)硬件 以及涉及根據(jù)本發(fā)明的數(shù)據(jù)的傳輸?shù)钠渌O(shè)備。所述軟件代碼可使用軟件格式配置，所述 軟件格式諸如Java、C++、XML(可擴(kuò)展標(biāo)記語言)以及其他可用于定義與執(zhí)行本發(fā)明涉及 的功能操作所必需的設(shè)備操作相關(guān)的功能的其他語言。所述代碼可以不同的形式和樣式書 寫，其中許多為本領(lǐng)域技術(shù)人員所知。不同的代碼格式、代碼配置、軟件程序的樣式和形式 以及定義根據(jù)本發(fā)明的微處理器的操作的配置代碼的其他方法沒有偏離本發(fā)明的精神和 范圍。在諸如筆記本或臺式機(jī)、具有處理器或處理邏輯的手提設(shè)備以及可能的計(jì)算機(jī)服 務(wù)器或應(yīng)用本發(fā)明的其它設(shè)備的不同類型的設(shè)備中，存在用于儲存和檢索信息同時(shí)執(zhí)行根 據(jù)本發(fā)明的功能的不同類型的存儲設(shè)備。高速緩沖存儲設(shè)備通常包括在所述計(jì)算機(jī)中，以 便中央處理單元用作經(jīng)常儲存和檢索的信息的便捷存儲位置。相似地，永久存儲器也經(jīng)常用于所述計(jì)算機(jī)中，以保存被中央處理單元頻繁檢索的信息，但是與高速緩沖存儲器不同， 在永久存儲器中的信息不經(jīng)常改變。通常也包括主存儲器，用于儲存和檢索更大量的信 息，例如配置成中央處理單元執(zhí)行時(shí)執(zhí)行根據(jù)本發(fā)明的功能的數(shù)據(jù)和軟件應(yīng)用。這些存儲 設(shè)備可配置為隨機(jī)存取存儲器(RAM)、靜態(tài)隨機(jī)存取存儲器(SRAM)、動態(tài)隨機(jī)存取存儲器 (DRAM)、閃存以及可被中央處理單元訪問以存儲和檢索信息的其他存儲設(shè)備。本發(fā)明不局 限于任何特定類型的存儲設(shè)備，或用于分別向這些存儲設(shè)備儲存信息或從這些存儲設(shè)備中 檢索信息的任何通常使用的方案。 在此公開的方法和系統(tǒng)包括了解、治療和預(yù)防先前未識別的傳染病以及通常不同 生物體對不同宿主的影響的新型方法。然而，本發(fā)明的范圍擴(kuò)展至可用所述功能的其他應(yīng) 用。此外，盡管先前的描述參考本發(fā)明的特定的實(shí)施方式，但應(yīng)明白的是，這些僅僅為本發(fā) 明的示例并且可對這些實(shí)施方式做出修改，且不背離本發(fā)明的原則，本發(fā)明的范圍由所附 權(quán)利要求及其等同范圍定義。
權(quán)利要求
1.一種DNA分析系統(tǒng)，該系統(tǒng)包括 接收DNA序列輸入的輸入模塊；將所述DNA序列轉(zhuǎn)化成為重裝配序列的處理器； 輸出基于所述重裝配序列的結(jié)果的輸出模塊。
2.如權(quán)利要求1所述的DNA分析系統(tǒng)，其中結(jié)果輸出包括所述重裝配序列。
3.如權(quán)利要求1所述的DNA分析系統(tǒng)，其中所述重裝配序列包括三層。
4.如權(quán)利要求3所述的DNA分析系統(tǒng)，其中所述三層中的第一層包括所述DNA序列中 所有三核堿基代表的第一個(gè)，所述三層中的第二層包括所有三核堿基代表的第二個(gè)，并且 所述三層中的第三層包括所有三核堿基代表的第三個(gè)。
5.如權(quán)利要求3所述的DNA分析系統(tǒng)，其中所述處理器還將所述重裝配序列劃分為八相。
6.如權(quán)利要求5所述的DNA分析系統(tǒng)，其中所述八相中的每一個(gè)代表完整時(shí)間周期的1/8。
7.如權(quán)利要求5所述的DNA分析系統(tǒng)，其中所述處理器還將所述重裝配序列劃分到所 述八相的每一個(gè)中的進(jìn)一步細(xì)分的相中。
8.如權(quán)利要求5所述的DNA分析系統(tǒng)，其中所述處理器還分析多個(gè)總和以產(chǎn)生分析結(jié) 果，其中所述多個(gè)總和中的每一個(gè)分別表示在所述三層和八相中的每一個(gè)里四個(gè)核堿基代 表的每一個(gè)的總的出現(xiàn)。
9.如權(quán)利要求8所述的DNA分析系統(tǒng)，其中所述處理器還分析根據(jù)所述多個(gè)總和中至 少兩個(gè)的比。
10.如權(quán)利要求8所述的DNA分析系統(tǒng)，其中結(jié)果輸出包括所述分析結(jié)果。
11.如權(quán)利要求1所述的DNA分析系統(tǒng)，其中所述處理器還測定包含輸入DNA序列的靶 標(biāo)生物體對宿主生物體的生理效應(yīng)，以產(chǎn)生測定結(jié)果。
12.如權(quán)利要求11所述的DNA分析系統(tǒng)，其中所述測定結(jié)果基于五行理論、經(jīng)絡(luò)理論、 相應(yīng)理論、人天和地的概念以及四時(shí)概念中的一個(gè)。
13.如權(quán)利要求11所述的DNA分析系統(tǒng)，其中結(jié)果輸出包括所述測定結(jié)果。
14.如權(quán)利要求11所述的DNA分析系統(tǒng)，其中結(jié)果輸出包括所述測定結(jié)果所基于的標(biāo)準(zhǔn)。
15.如權(quán)利要求1所述的DNA分析系統(tǒng)，其中結(jié)果輸出包括圖形、圖表、表格、圖和大綱 中的一種。
16.一種DNA分析方法，該方法包括 接收DNA序列輸入；將所述DNA序列轉(zhuǎn)化成為重裝配序列； 輸出基于所述重裝配序列的結(jié)果。
17.如權(quán)利要求16所述的DNA分析方法，其中結(jié)果輸出包括所述重裝配序列。
18.如權(quán)利要求16所述的DNA分析方法，其中所述重裝配序列包括三層。
19.如權(quán)利要求18所述的DNA分析方法，其中所述三層中的第一層包括所述DNA序列 中所有三核堿基代表的第一個(gè)，所述三層中的第二層包括所有三核堿基代表的第二個(gè)，并 且所述三層中的第三層包括所有三核堿基代表的第三個(gè)。
20.如權(quán)利要求18所述的DNA分析方法，該方法還包括 將所述重裝配序列劃分為八相。
21.如權(quán)利要求20所述的DNA分析方法，其中所述八相中的每一個(gè)代表完整時(shí)間周期 的 1/8。
22.如權(quán)利要求20所述的DNA分析方法，該方法還包括將所述重裝配序列劃分到所述八相的每一個(gè)中的進(jìn)一步細(xì)分的相中。
23.如權(quán)利要求20所述的DNA分析方法，該方法還包括分析多個(gè)總和以產(chǎn)生分析結(jié)果，其中所述多個(gè)總和中的每一個(gè)分別表示在所述三層和 八相中每一個(gè)里四個(gè)核堿基代表的每一個(gè)的總的出現(xiàn)。
24.如權(quán)利要求23所述的DNA分析方法，該方法還包括 分析根據(jù)所述多個(gè)總和中至少兩個(gè)的比。
25.如權(quán)利要求23所述的DNA分析方法，其中結(jié)果輸出包括所述分析結(jié)果。
26.如權(quán)利要求16所述的DNA分析方法，該方法還包括測定包括輸入DNA序列的靶標(biāo)生物體對宿主生物體的生理效應(yīng)，以產(chǎn)生測定結(jié)果。
27.如權(quán)利要求26所述的DNA分析方法，其中所述測定結(jié)果基于五行理論、經(jīng)絡(luò)理論、 相應(yīng)理論、人天和地的概念以及四時(shí)概念中的一個(gè)。
28.如權(quán)利要求26所述的DNA分析方法，其中結(jié)果輸出包括所述測定結(jié)果。
29.如權(quán)利要求26所述的DNA分析方法，其中結(jié)果輸出包括所述測定結(jié)果所基于的標(biāo)準(zhǔn)。
30.如權(quán)利要求16所述的DNA分析方法，其中結(jié)果輸出包括圖形、圖表、表格、圖和大綱 中的一種。
31.一種存儲計(jì)算機(jī)指令的計(jì)算機(jī)可讀存儲介質(zhì)，其中所述指令當(dāng)通過計(jì)算機(jī)執(zhí)行時(shí) 使得所述計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)包括以下的操作接收DNA序列輸入；將所述DNA序列轉(zhuǎn)化成為重裝配序列；輸出基于所述重裝配序列的結(jié)果。
32.如權(quán)利要求31所述的計(jì)算機(jī)可讀存儲介質(zhì)，其中結(jié)果輸出包括所述重裝配序列。
33.如權(quán)利要求31所述的計(jì)算機(jī)可讀存儲介質(zhì)，其中所述重裝配序列包括三層。
34.如權(quán)利要求33所述的計(jì)算機(jī)可讀存儲介質(zhì)，其中所述三層中的第一層包括所述 DNA序列中所有三核堿基代表的第一個(gè)，所述三層中的第二層包括所有三核堿基代表的第 二個(gè)，并且所述三層中的第三層包括所有三核堿基代表的第三個(gè)。
35.如權(quán)利要求33所述的計(jì)算機(jī)可讀存儲介質(zhì)，該計(jì)算機(jī)可讀存儲介質(zhì)還存儲當(dāng)通過 計(jì)算機(jī)執(zhí)行時(shí)使得所述計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)包括以下操作的指令將所述重裝配序列劃分為八相。
36.如權(quán)利要求35所述的計(jì)算機(jī)可讀存儲介質(zhì)，其中所述八相中的每一個(gè)代表完整時(shí) 間周期的1/8。
37.如權(quán)利要求35所述的計(jì)算機(jī)可讀存儲介質(zhì)，該計(jì)算機(jī)可讀存儲介質(zhì)還存儲當(dāng)通過 計(jì)算機(jī)執(zhí)行時(shí)使得所述計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)包括以下操作的指令將所述重裝配序列劃分到所述八相的每一個(gè)中的進(jìn)一步細(xì)分的相中。
38.如權(quán)利要求35所述的計(jì)算機(jī)可讀存儲介質(zhì)，該計(jì)算機(jī)可讀存儲介質(zhì)還存儲當(dāng)通過 計(jì)算機(jī)執(zhí)行時(shí)使得所述計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)包括以下操作的指令分析多個(gè)總和以產(chǎn)生分析結(jié)果，其中所述多個(gè)總和中的每一個(gè)分別表示在所述三層和 八相中每一個(gè)里四個(gè)核堿基代表的每一個(gè)的總的出現(xiàn)。
39.如權(quán)利要求38所述的計(jì)算機(jī)可讀存儲介質(zhì)，該計(jì)算機(jī)可讀存儲介質(zhì)還存儲當(dāng)通過 計(jì)算機(jī)執(zhí)行時(shí)使得所述計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)包括以下操作的指令分析根據(jù)所述多個(gè)總和中至少兩個(gè)的比。
40.如權(quán)利要求38所述的計(jì)算機(jī)可讀存儲介質(zhì)，其中結(jié)果輸出包括所述分析結(jié)果。
41.如權(quán)利要求31所述的計(jì)算機(jī)可讀存儲介質(zhì)，該計(jì)算機(jī)可讀存儲介質(zhì)還存儲當(dāng)通過 計(jì)算機(jī)執(zhí)行時(shí)使得所述計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)包括以下操作的指令測定包含輸入DNA序列的靶標(biāo)生物體對宿主生物體的生理效應(yīng)，以產(chǎn)生測定結(jié)果。
42.如權(quán)利要求41所述的計(jì)算機(jī)可讀存儲介質(zhì)，其中所述測定結(jié)果基于五行理論、經(jīng) 絡(luò)理論、相應(yīng)理論、人天和地的概念以及四時(shí)概念中的一個(gè)。
43.如權(quán)利要求41所述的計(jì)算機(jī)可讀存儲介質(zhì)，其中結(jié)果輸出包括所述測定結(jié)果。
44.如權(quán)利要求41所述的計(jì)算機(jī)可讀存儲介質(zhì)，其中結(jié)果輸出包括所述測定結(jié)果所基 于的標(biāo)準(zhǔn)。
45.如權(quán)利要求31所述的計(jì)算機(jī)可讀存儲介質(zhì)，其中結(jié)果輸出包括圖形、圖表、表格、 圖和大綱中的一種。
全文摘要
本發(fā)明涉及分析來自靶標(biāo)生物體的DNA序列中胸腺嘧啶、胞嘧啶、腺嘌呤和鳥嘌呤的分布和/或比的裝置的方案和設(shè)計(jì)。然后，該結(jié)果用于確定靶標(biāo)生物體在諸如人體的宿主里可具有的可能的影響。目標(biāo)是提供診斷諸如傳染病的疾病的有效方法，測試食物和藥物的安全性，并且因此產(chǎn)生衛(wèi)生保健和食物供應(yīng)的自然和有效的解決辦法。例如，根據(jù)本發(fā)明配置的DNA分析方法接收DNA序列輸入并且將其轉(zhuǎn)化為重裝配序列?；谥匮b配序列的結(jié)果可繼而被輸出。
文檔編號G06F19/10GK101999122SQ200980101476
公開日2011年3月30日 申請日期2009年4月16日 優(yōu)先權(quán)日2008年4月16日
發(fā)明者邁·王 申請人:邁·王