專利名稱：族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)和標(biāo)引方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及一種化學(xué)結(jié)構(gòu)尤其是族性化學(xué)結(jié)構(gòu)的標(biāo)引系統(tǒng)和標(biāo)引方法，特 別涉及在建立化學(xué)結(jié)構(gòu)尤其是族性化學(xué)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫時的標(biāo)引系統(tǒng)和標(biāo)引方法。
背景技術(shù)：
1924年，美國的Eugene Markush先生申請的一篇染料專利，被授予了美國 專利。Markush先生首先使用族性化學(xué)結(jié)構(gòu)表達(dá)方法來代表具有相同母體結(jié)構(gòu)但 取代基可變化的一組化合物，用以擴大其申報專利的保護(hù)范圍。此后，在化學(xué) 領(lǐng)域的專利文獻(xiàn)中常會看到包含有用Rn表示特性的族性化學(xué)結(jié)構(gòu)，這種結(jié)構(gòu)被 后人統(tǒng)稱為Markush結(jié)構(gòu)。Markush結(jié)構(gòu)的出現(xiàn)使得化學(xué)專利尤其是藥物專利的 成果保護(hù)上了一個新臺階。早在上世紀(jì)50年代，眾多科學(xué)家就開始對在計算機 上處理Markush結(jié)構(gòu)展開了大量研究，但由于此類結(jié)構(gòu)具有可變結(jié)構(gòu)屬性，結(jié)構(gòu) 表述本身具有歧義性，這給計算機處理帶來非常高的難度，因此真正實現(xiàn)商業(yè) 化應(yīng)用的成果很少。直到目前，世界上也只有屈指可數(shù)的幾家公司，例如英國 德溫特公司(Derwent)、法國DARC公司和美國化學(xué)文摘社(CAS)等擁有對 Markush結(jié)構(gòu)進(jìn)行計算機檢索的實用技術(shù)，而且其技術(shù)處在嚴(yán)格保密之中。世界 著名化學(xué)信息處理公司MDL近年推出的ISIS系列產(chǎn)品，具有結(jié)構(gòu)輸入功能，但 該系列產(chǎn)品是為了確定結(jié)構(gòu)的輸入而設(shè)計的，并不適合表達(dá)復(fù)雜的族性化學(xué)結(jié) 構(gòu)邏輯體系，標(biāo)引人員用其勉強標(biāo)弓l族性化學(xué)結(jié)構(gòu)，發(fā)生輸入出錯率高，難以 糾錯，兼容性差和培訓(xùn)困難等問題，且從數(shù)據(jù)庫讀回復(fù)雜的族性化學(xué)結(jié)構(gòu)時， 圖像扭曲、失真嚴(yán)重，幾乎無法對錯誤的標(biāo)引結(jié)果進(jìn)行修改。
Markush結(jié)構(gòu)的標(biāo)引的基本原理是(1)首先分析專利例如藥物專利、化學(xué) 專利中的化學(xué)結(jié)構(gòu)及其語言描述；(2)從中提取最主要的化學(xué)結(jié)構(gòu)片段作為整 個Markush結(jié)構(gòu)的骨架結(jié)構(gòu)；(3)在骨架結(jié)構(gòu)上用RGroup原子來代表一類可變 基團，其中RGroup原子稱為Rn原子，是由字母R與數(shù)字1到32組成的32個 特殊的原子符號之一，例如R1、R2、R19; (4)為每 一種RGroup定義取代基團， 同樣取代基團上可以繼續(xù)連接RGroup原子；(5)在每一個取代基團上設(shè)置連接
點，以標(biāo)示出與骨架結(jié)構(gòu)的連接位置；(6)定義RLogic，其中RLogic是由一個 或多個對RGroup進(jìn)行限定的描述字符串組成的 一 組符號；(7 )把繪制的分子結(jié)
構(gòu)以連接表的形式保存在存儲設(shè)備中。
為了解決上述難點，實現(xiàn)M紅kush結(jié)構(gòu)的順利標(biāo)引和檢索，需要提供一種適 合于復(fù)雜Markush結(jié)構(gòu)的，能夠自動.糾錯的Marhish標(biāo)引系統(tǒng)和標(biāo)引方法，以適 應(yīng)曰趨復(fù)雜的Markush結(jié)構(gòu)的專利文獻(xiàn)與科技文獻(xiàn)的采集、管理、檢索與輸出， 提高標(biāo)引輸入的結(jié)構(gòu)適應(yīng)性、標(biāo)引的正確性、標(biāo)引效率以及檢索的準(zhǔn)確性。

發(fā)明內(nèi)容
本發(fā)明旨在提供一種可對復(fù)雜的族性化學(xué)結(jié)構(gòu)進(jìn)行繪圖和對標(biāo)引結(jié)果進(jìn)行 計算機存儲、檢索處理，且操作方便、準(zhǔn)確、易于糾錯的族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系 統(tǒng)和標(biāo)引方法。
為了達(dá)到上述目的，本發(fā)明提供一種族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)，該標(biāo)引系統(tǒng) 通過包括輸入設(shè)備、顯示裝置、主存儲器、存儲設(shè)備、處理器和繪圖工具完成 Markiish結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)的輸入、存儲、處理和輸出。
其中輸入設(shè)備用于以圖形形式輸入Markush結(jié)構(gòu)信息。
其中顯示裝置用于顯示圖形用戶界面及輸入結(jié)構(gòu)原始信息和轉(zhuǎn)換后信息的 可視化輸出。
其中主存儲器用于存儲執(zhí)行中的計算機程序，以及繪制Markush結(jié)構(gòu)時的實 時數(shù)據(jù)，數(shù)據(jù)以二進(jìn)制序列化形式存于主存儲器中。
其中存儲設(shè)備用于存儲計算機程序文件，以連接表形式保存的Markush結(jié)構(gòu) 的mol文件和wmdows位圖(微軟公司定義的一種圖形文件格式)圖形文件， 以及各種配置文件、臨時文件及歷史文件。
其中處理器是系統(tǒng)中主要的數(shù)據(jù)處理設(shè)備，用于分析輸入設(shè)備輸入的 Markush結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)，并根據(jù)操作指令對Markush結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)進(jìn)行添加、刪除、修改
與轉(zhuǎn)換等處理。
其中繪圖工具包括一標(biāo)引操作主模塊， 一結(jié)構(gòu)格式處理主模塊， 一分子結(jié) 構(gòu)顯示主模塊。
其中標(biāo)引操作主模塊用于管理系統(tǒng)的用戶界面接口 ，并響應(yīng)用戶的各種操 作。標(biāo)引操作主模塊還包括一圖形用戶接口管理子模塊， 一族性結(jié)構(gòu)標(biāo)引子模
塊， 一模板管理子模塊， 一配置管理子模塊。其中圖形用戶接口管理子模塊用 于管理繪圖工具與用戶的交互界面，接收用戶的操作指令。其中族性結(jié)構(gòu)標(biāo)引 子模塊用于繪制分子骨架結(jié)構(gòu)和取代基結(jié)構(gòu)，形成族性結(jié)構(gòu)，并對輸入的數(shù)據(jù) 進(jìn)行實時分析，將分析結(jié)果轉(zhuǎn)換為結(jié)構(gòu)顯示狀態(tài)，同時把圖形數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為結(jié)構(gòu) 數(shù)據(jù)保存到內(nèi)存中。模板管理子模塊用于管理系統(tǒng)中常用的分子結(jié)構(gòu)模板，包 括普通模板、鏈模板、環(huán)模板以及自定義模板，并允許通過直接定義或把存儲. 設(shè)備中的mol文件添加到模板庫中，同時允許對模板進(jìn)行修改、刪除操作。配
置管理子模塊用于管理用戶對系統(tǒng)進(jìn)行自定義設(shè)置的數(shù)據(jù)和文件，包括用戶對
輸出SDF文件的自定義信息，以及常用原子列表的自定義信息，系統(tǒng)允許通過 自定義數(shù)據(jù)編輯接口對自定義數(shù)據(jù)進(jìn)行編輯修改。
族性結(jié)構(gòu)標(biāo)引子模塊還包括一確定結(jié)構(gòu)標(biāo)引子子模塊、一 Rn原子定義子子 模塊、 一連接點定義子子?？?、一Rgro叩定義子子模快、一RLogic定義子子模 塊。其中確定結(jié)構(gòu)標(biāo)引子子模塊用于繪制確定的、無可變基團的分子結(jié)構(gòu)。其 中Rn原子定義子子模塊用于在分子結(jié)構(gòu)中定義一個能夠代表一類取代基的特殊 原子。其中連接點定義子子模塊用于為取代基團定義取代基與骨架結(jié)構(gòu)的連接 位置。Rgroup定義子子模塊用于對取代基團進(jìn)行分組設(shè)置。Rlogic定義子子模塊 用于對RGroup進(jìn)行范圍限定。模板管理子模塊，用于管理分子結(jié)構(gòu)模板，通過 模板管理操作窗口 ，用戶可以把當(dāng)前繪制的分子結(jié)構(gòu)或存儲器中的分子結(jié)構(gòu)m o 1
文件添加到指定的模板中，添加后用戶可以直接在模板列表中調(diào)用分子結(jié)構(gòu)模 板。
結(jié)構(gòu)格式處理主模塊用于對輸入的分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)進(jìn)行數(shù)據(jù)格式處理及顯示 格式處理。結(jié)構(gòu)格式處理主模塊還包括一結(jié)構(gòu)圖形轉(zhuǎn)換子模塊， 一分子排列子 模塊， 一分子旋轉(zhuǎn)、放縮功能子模塊。其中結(jié)構(gòu)圖形轉(zhuǎn)換子模塊提供一導(dǎo)出功 能，可以把當(dāng)前繪制的分子結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)換成wmdows位形數(shù)據(jù)。分子排列子模 塊提供縱向排列、橫向排列等功能，用戶在結(jié)構(gòu)編輯窗口中先選中需要重新排 列的分子結(jié)構(gòu)，然后點擊排列方式，分子結(jié)構(gòu)圖形就會以指定的方式重新排列 放置。分子旋轉(zhuǎn)、放縮功能子模塊對選中的分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)矩陣進(jìn)行旋轉(zhuǎn)、放縮 計算，允許用戶通過鼠標(biāo)拖動來改變分子結(jié)構(gòu)的顯示尺寸和方向，當(dāng)用鼠標(biāo)點 住分子結(jié)構(gòu)的右上角時鼠標(biāo)顯示為弧形箭頭，此時用鼠標(biāo)拖住光標(biāo)進(jìn)行旋轉(zhuǎn)， 分子結(jié)構(gòu)就會作相應(yīng)的旋轉(zhuǎn)。
分子結(jié)構(gòu)顯示主模塊用于對圖面上的分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)進(jìn)行結(jié)構(gòu)處理。分子結(jié)
構(gòu)顯示主模塊還包括一錯誤顯示子模塊，一RGroup瀏覽子模塊，一 RGroup邏 輯樹子模塊， 一分子結(jié)構(gòu)預(yù)覽子模塊。
其中錯誤顯示子模塊用于當(dāng)繪制化學(xué)結(jié)構(gòu)時出現(xiàn)價鍵錯誤的原子，或把未 設(shè)置取代點的分子添加到取代分子列表中，或把含有游離分子結(jié)構(gòu)的族性結(jié)構(gòu) 分子保存到文件中，或未定義Rn，以及族性結(jié)構(gòu)中含有空RGi:oup諸情況時用 文字方式提示錯誤。
其中RGraiip瀏覽子模塊以表格的形式排列顯示所有的取代基團，每一行代 表一個RGroup所包含的取代基團分子結(jié)構(gòu)，據(jù)此分辨各取代基團所屬的 RGroup 。
其中RGroup邏輯樹子模塊通過對當(dāng)前繪圖區(qū)域中的所有分子進(jìn)行遞歸處 理，把所有RGraup的關(guān)系通過樹狀形式清晰地顯示出來，通過觀察RGroup的
樹型關(guān)系圖，檢査族性結(jié)構(gòu)的邏輯是否正確。
其中分子結(jié)構(gòu)預(yù)覽子模塊可以使用戶在保存或打開文件前將繪制的化學(xué)結(jié)
構(gòu)轉(zhuǎn)換為實際的規(guī)范化學(xué)結(jié)構(gòu)供預(yù)覽，當(dāng)存儲器中擁有大量的mol文件時，此
功能能夠有效提高用戶的操作效率和降低繪圖失誤率。
本發(fā)明還提供一種族性化學(xué)結(jié)構(gòu)的標(biāo)引方法，用于標(biāo)引和繪制Markush結(jié)構(gòu) 圖，對該類結(jié)構(gòu)圖進(jìn)行編輯、存取、格式處理、數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換、錯誤檢查和模板管 理。該方法包含以下步驟
(1)用戶在標(biāo)引操作主模塊的Markush結(jié)構(gòu)標(biāo)引子模塊中，用輸入設(shè)備以 圖形形式輸入確定化學(xué)結(jié)構(gòu)和Markush結(jié)構(gòu)信息，包括輸入骨架結(jié)構(gòu)信息和取代 基1"s息,
用輸入設(shè)備輸入Markush結(jié)構(gòu)的步驟如下
(1) 在確定結(jié)構(gòu)標(biāo)引子模塊中輸入分子骨架結(jié)構(gòu)； (n)在Rn原子定義子模塊中定義Rn原子；
(m)在確定結(jié)構(gòu)標(biāo)引子模塊中輸入取代基團；
(iv)在連接點定義子模塊中為所有取代基團定義連接點；
(V) 在RGroup定義子模塊中把取代基團添加到RGroup中；
(VI) 在RLogic定義子模塊中對所有RGi:oup邏輯結(jié)構(gòu)進(jìn)行定義。
(2) 系統(tǒng)主存儲器存儲輸入的信息，并通過結(jié)構(gòu)圖形轉(zhuǎn)換子模塊將輸入的圖形信息轉(zhuǎn)換為分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)；
(3) 模板管理子模塊調(diào)用結(jié)構(gòu)模板，在結(jié)構(gòu)模板的基礎(chǔ)上進(jìn)行編輯，或?qū)?br> 當(dāng)前結(jié)構(gòu)繪制圖轉(zhuǎn)換成為模板；
(4) 結(jié)構(gòu)圖形轉(zhuǎn)換子模塊將當(dāng)前繪制的分子結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)換成連接表數(shù)據(jù)或 Windows位形數(shù)據(jù)，，用于導(dǎo)出系統(tǒng)；
(5) 分子排列子模塊根據(jù)用戶在結(jié)構(gòu)編輯窗口中選中需要重新排列的分子 結(jié)構(gòu)及排列方式，以縱向或橫向方式重新排列分子結(jié)構(gòu)；
(6) 分子放縮、旋轉(zhuǎn)功能子模塊根據(jù)用戶的指令，改變分子結(jié)構(gòu)的顯示尺
寸和方向，或進(jìn)行旋轉(zhuǎn)；
(7) 錯誤顯示子模塊分析輸入的族性化學(xué)結(jié)構(gòu)和用戶的操作指令做出相應(yīng) 的錯誤提示
I)當(dāng)繪制的化學(xué)結(jié)構(gòu)中出現(xiàn)了價鍵錯誤的原子，則系統(tǒng)用與該原子化學(xué)
結(jié)構(gòu)圖顏色相異的色圈圈中該原子；
n)當(dāng)用戶要把未設(shè)置取代點的分子添加到取代分子列表中時系統(tǒng)彈出對
話框提示錯誤設(shè)置；
m)當(dāng)用戶要把含有游離分子結(jié)構(gòu)的族性結(jié)構(gòu)分子保存到文件中時，系統(tǒng) 會提示發(fā)現(xiàn)非法游離取代基團；
IV) 如果當(dāng)前未定義Rn，此時往RGroup中添加取代基時系統(tǒng)提示未找到 對應(yīng)的RGroup定義；
V) 如果族性分子結(jié)構(gòu)中至少一個RGroup不含有任何分子結(jié)構(gòu)，則在保存 時會提示發(fā)現(xiàn)空RGroup。
(8) RGmup瀏覽子模塊根據(jù)用戶指令，以表格形式排列顯示所有的取代 基團，每一行代表一個RGroup所包含的所有取代基，該模塊清楚地顯示所有取 代基的歸屬；
(9) RGroup邏輯樹子模塊通過對當(dāng)前繪圖區(qū)域中的所有分子進(jìn)行遞歸處 理，把所有RGronp的關(guān)系通過樹狀形式清晰地顯示出來，通過觀察RGraup的 樹型關(guān)系圖，檢查族性結(jié)構(gòu)的邏輯是否正確，如果滿足如下條件即為正確
(I)無游離取代基團，即所有的取代基團都被添加到了 RGroup中； (II )無空RGroup，即所有的RGroup都包含有至少 一個取代基團； (m)取代基團上的連接點數(shù)量與RGroup原子的連接鍵數(shù)量相同。
利用本發(fā)明的系統(tǒng)和方法，可以方便地繪制、排列、存儲、編輯、檢索Markush 結(jié)構(gòu)，并檢査繪圖中的Markush結(jié)構(gòu)錯誤。


圖1是本發(fā)明專利族性化學(xué)結(jié)構(gòu)的標(biāo)引系統(tǒng)和標(biāo)引方法的硬件架構(gòu)圖。
圖2是本發(fā)明族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)和標(biāo)引方法的繪圖工具功能模塊圖。
圖3是本發(fā)明族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)模塊界面圖。
圖4是本發(fā)明族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)和標(biāo)引方法的族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引流程圖。
圖5是本發(fā)明族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)和標(biāo)引方法的結(jié)構(gòu)預(yù)覽流程圖。
圖6是本發(fā)明族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)和標(biāo)引方法的模板管理子模塊使用流 程圖。
圖7是本發(fā)明族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)和標(biāo)引方法的結(jié)構(gòu)圖形轉(zhuǎn)換子模塊使 用流程圖。
圖8是本發(fā)明族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)和標(biāo)引方法的RGroup樹分析流程圖。
圖9是本發(fā)明族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)和標(biāo)引方法的Markush結(jié)構(gòu)輸入流程圖。
圖io是本發(fā)明族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)和標(biāo)引方法的分子排列示意圖。
圖11是本發(fā)明族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)和標(biāo)引方法的族性結(jié)構(gòu)標(biāo)引示意圖。
圖12是本發(fā)明族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)和標(biāo)引方法的RGroup樹示意圖。
具體實施例方式
第一實施例
圖l給出了本發(fā)明專利族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)10和標(biāo)引方法的硬件架構(gòu)圖。 該系統(tǒng)架構(gòu)包括一處理器12、 一主存儲器13、 一個或多個存儲設(shè)備14、 一顯示 裝置15, —輸入設(shè)備16。各硬件通過系統(tǒng)總線11相互連接，進(jìn)行信息的傳遞。
處理器12是族性化學(xué)標(biāo)引系統(tǒng)10進(jìn)行數(shù)據(jù)處理的核心，負(fù)責(zé)處理、運算族 性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)10內(nèi)部的所有數(shù)據(jù)。而總線11則負(fù)責(zé)族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系 統(tǒng)10內(nèi)部所有數(shù)據(jù)的交換。主存儲器13用于存儲處于執(zhí)行狀態(tài)的程序和數(shù)據(jù)。 存儲設(shè)備14用于存儲計算機程序以及計算機操作數(shù)據(jù)，其具體可以分為硬盤、軟盤、磁帶、光存儲設(shè)備以及其它數(shù)據(jù)存儲設(shè)備。顯示裝置5是向用戶展示計
算機操作結(jié)果的設(shè)備，而輸入設(shè)備16包含一鍵盤161及一鼠標(biāo)162，用于接收
用戶輸入信息，以控制計算機運行或為計算機提供操作原始數(shù)據(jù)。
計算機程序(又稱計算機控制邏輯)存儲于主存儲器13或存儲設(shè)備14中。 這些計算機程序所執(zhí)行的功能是首先在處理器12控制下加載程序到主存儲器 中，然后以指令為單位，逐一傳送到處理器12中運行，控制族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引 系統(tǒng)IO中各部分的協(xié)同作業(yè)。 '
圖2給出了本發(fā)明族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)和標(biāo)引方法的繪圖工具20的功能
模塊圖。
本發(fā)明所稱的模塊是指完成一特定功能的計算機程序段，用以描述一段特 定功能模塊的執(zhí)行過程。該繪圖工具20包括一標(biāo)引操作主模塊21， 一結(jié)構(gòu)格式 處理主模塊22， 一分子結(jié)構(gòu)顯示主模塊23。
其中標(biāo)引操作主模塊21包含一圖形用戶接口管理子模塊211， 一族性結(jié)構(gòu) 標(biāo)引子模塊212， 一結(jié)構(gòu)預(yù)覽子模塊213， 一模板管理子模塊214。
圖形用戶接口管理子模塊211用于管理與用戶交互的所有工具，包括菜單、 工具條以及窗口界面。
族性結(jié)構(gòu)標(biāo)引子模塊212用于標(biāo)引族性化學(xué)結(jié)構(gòu)，首先用戶通過輸入設(shè)備 16輸入化學(xué)結(jié)構(gòu)，本模塊分析輸入設(shè)備發(fā)出的指令，根據(jù)指令要求在主存儲區(qū) 創(chuàng)建對應(yīng)分子結(jié)構(gòu)的矩陣數(shù)據(jù)，并對矩陣數(shù)據(jù)進(jìn)行分析計算，最后根據(jù)指令把 主存儲區(qū)中的數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換成文本數(shù)據(jù)輸出到存儲設(shè)備M中。該模塊還包括將分子 結(jié)構(gòu)及其相關(guān)數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換成SDF文件格式，以便用于操作大量的分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)。 保存數(shù)據(jù)時，同時保存與標(biāo)引分子結(jié)構(gòu)相關(guān)的附屬信息，例如分子的編輯曰期 以及結(jié)構(gòu)屬性數(shù)據(jù)。
配置管理子模塊213用于管理用戶對系統(tǒng)進(jìn)行自定義設(shè)置的數(shù)據(jù)和文件。包 括用戶對輸出SDF文件的自定義信息，以及常用原子列表的自定義信息。系統(tǒng)
允許通過自定義數(shù)據(jù)編輯接口對自定義數(shù)據(jù)進(jìn)行編輯修改。
模板管理子模塊214用于管理系統(tǒng)中常用的分子結(jié)構(gòu)模板，包括普通模板、
鏈模板、環(huán)模板以及自定義模板，并允許通過直接定義的方式添加模板信息， 同時允許對模板進(jìn)行修改和刪除操作。
結(jié)構(gòu)格式處理子模塊22包含一結(jié)抅圖形轉(zhuǎn)換子模塊221，分子排列子模塊222，分子放縮、旋轉(zhuǎn)功能子模塊223。
結(jié)構(gòu)圖形轉(zhuǎn)換子模塊221用于把用戶輸入的分子圖形轉(zhuǎn)換為主存儲器13中 的矩陣數(shù)據(jù)，或者把主存儲器13中的矩陣數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為文本描述數(shù)據(jù)或Windows 位圖數(shù)據(jù)。
分子排列子模塊222用于根據(jù)用戶指令對分子結(jié)構(gòu)進(jìn)行排列，排列的基點 坐標(biāo)按照每個分子的中心坐標(biāo)計算，每個分子在排列后其中的原子相對于分子 的中心點坐標(biāo)位置不變。
分子放縮、旋轉(zhuǎn)功能子模塊223用于計算并修改主存儲器13中的矩陣數(shù)據(jù)
來改變分子結(jié)構(gòu)的顯示尺寸和方向，或進(jìn)行旋轉(zhuǎn)。
其中分子結(jié)構(gòu)顯示子模塊23包含一錯誤顯示子模塊231，一RGroup瀏覽子
模塊232， 一 RGroup邏輯樹子模塊233和一分子結(jié)構(gòu)預(yù)覽子模塊234。
錯誤顯示子模塊231對出現(xiàn)錯誤的分子結(jié)構(gòu)或原子進(jìn)行提示出錯處理，其能 夠識別并做出相應(yīng)處理的錯誤情況包括但不限于以下幾種
I)當(dāng)繪制的化學(xué)結(jié)構(gòu)中出現(xiàn)了價鍵錯誤的原子，則系統(tǒng)用與該原子化學(xué) 結(jié)構(gòu)圖顏色相異的色圏圏中該原子；
n)當(dāng)用戶要把未設(shè)置取代點的分子添加到取代分子列表中時系統(tǒng)彈出對 話框提示錯誤設(shè)置；
in)當(dāng)用戶要把含有游離分子結(jié)構(gòu)的族性結(jié)構(gòu)分子保存到文件中時，系統(tǒng) 會提示發(fā)現(xiàn)非法游離取代基團；
IV) 如果當(dāng)前未定義Rn，此時往RGroup中添加取代基時系統(tǒng)提示未找到 對應(yīng)的RGroup定義；
V) 如果族性分子結(jié)構(gòu)中至少一個RGroup不含有任何分子結(jié)構(gòu)，則在保存 時會提示發(fā)現(xiàn)空RGroup。
RGroup瀏覽子模塊232用于以分組排列的單元格形式顯示所有取代基團， 由于每一行代表一個RGroup所包含的取代基團分子結(jié)構(gòu)，根據(jù)此就能夠分辨出 各取代基團所屬的RGraup，在單元格中的分子基團如果其尺寸大于單元格的范 圍則隱藏超出單元格的部分。
RGraup邏輯樹子模塊233用于分析分子結(jié)構(gòu)中各RGroup之間的關(guān)系，并 以倒樹結(jié)構(gòu)顯示，其中RGroup原子名字做為樹的結(jié)點，樹的起始結(jié)點為骨架結(jié) 構(gòu)上的RGroup原子。
分子結(jié)構(gòu)預(yù)覽子模塊234用于在不打開mol文件時可以查看文件的內(nèi)容，首 先結(jié)構(gòu)圖形轉(zhuǎn)換子模塊221把文件內(nèi)容轉(zhuǎn)換為矩陣數(shù)據(jù)存儲在主存儲器13中， 再由模塊234把分子結(jié)構(gòu)的簡化圖形輸出到顯示裝置15中。
族性結(jié)構(gòu)標(biāo)引子模塊212包含一確定結(jié)構(gòu)標(biāo)引子子模塊2121, —Rn原子定 義子子模塊2122, —連接點定義子子模塊2123， 一 RGi:oup定義子子模塊2124, 一RLogk定義子子模塊2125。
其中確定結(jié)構(gòu)標(biāo)引子子模塊2121用于在繪圖區(qū)域中創(chuàng)建確定的、不含有可 變基團的分子結(jié)構(gòu)。
其中Rn原子定義子子模塊2122用于在確定結(jié)構(gòu)或取代基團上創(chuàng)建Rn原子。
其中連接點定義子子模塊2123用于在取代基團上創(chuàng)建兩個連接點以標(biāo)示取
代基團與骨架結(jié)構(gòu)相連接的位置。
其中RGroup定義子子模塊2124用于在主存儲區(qū)中創(chuàng)建可變基團的管理區(qū) 域，以管理取代基團，可以通過此模塊對取代基團進(jìn)行添加、刪除、修改。
其中RLogic定義子子模塊2125用于對族性結(jié)構(gòu)中的RGraup進(jìn)行限定，限
定字符包含數(shù)字和比較操作符(<、〉、=)。
如圖3所示，是本發(fā)明族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)模塊主界面圖310。該主界面 分割為多個區(qū)域，包括一菜單欄311, —系統(tǒng)工具欄312， 一RG1:cmp工具欄313, 一排列工具欄314，兩個模板工具欄即常用結(jié)構(gòu)模板工具欄315和超原子工具欄 316， 一繪圖區(qū)317， 一繪圖工具欄318， 一 RGroup瀏覽區(qū)319， 一超原子工具 欄320。繪圖區(qū)317和RGroup瀏覽區(qū)319可分別擴大與縮小各自的尺寸。
其中菜單欄311包含打開、保存、打印、剪切、粘貼、撤銷、導(dǎo)入、導(dǎo)出、 選擇、清除、SDF設(shè)置、原子列表設(shè)置、自定義模板、定義RGroup原子、定義 RGraup、定義連接點和定義RGroup樹功能按鈕。
系統(tǒng)工具欄312包含新建、打開、保存、剪切、復(fù)制、粘貼和打印功能按鈕。
RGroup工具欄313包括定義RGroup、定義RLogic、定義連接點和定義 RGraup原子功能按鈕。
排列工具欄314包含對分子結(jié)構(gòu)上對齊、下對齊、右居中、左對齊和上居中
功能按鈕。
模板工具欄包含常用結(jié)構(gòu)模板工具欄315和超原子工具欄316功能按鈕。 繪圖區(qū)317是Markush結(jié)構(gòu)圖的主繪制區(qū)，在該區(qū)域輸入各種化學(xué)結(jié)構(gòu)及進(jìn)行各類定義。
繪圖工具欄318包括矩形選擇工具、不規(guī)則選擇工具、橡皮、文本工具、單 鍵、雙鍵、三鍵、碳鏈工具、單鍵形楔出鍵、單鍵形楔入鍵、楔出鍵、楔入鍵、 未定義立體鍵、任意鍵和聚合物工具的功能按鈕。
RGroup瀏覽區(qū)319顯示RGroup名稱和RGroup所包含的取代基團列表，取 代基團以先后順序排列在RGroup名稱后面。如果取代基團較大無法完全顯示， 則超出單元格的部分被隱藏起來。
超原子工具欄320包含鹵素、任意金屬、非氫原子、非C非H原子、錒系
原子、烷基/亞烷基(非環(huán)飽和烴基)、烯基/亞烯基(只含單鍵和雙鍵的非環(huán) 不飽和烴基)、炔基/亞炔基(至少含一個三鍵的非環(huán)不飽和烴基)、雜鏈烴基 /亞雜鏈烴基(非環(huán)烴基，含有雜原子取代非端點及連接點的碳原子)、芳基/ 亞芳基(含有芳香性基團的環(huán)烴基)、非芳香性環(huán)烴基/亞非芳香性環(huán)烴基、雜 芳基/亞雜芳基(含有芳香性基團的雜環(huán)基)、非芳香性雜環(huán)基/亞非芳香性雜 環(huán)基、聚合物的端基、染料殘基、熒光發(fā)色基團、聚合物或聚合肽的殘基、酸 官能團去掉羥基后得到的基團、保護(hù)基或官能阻斷基的功能按鈕。
如圖4所示，是本發(fā)明族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)和標(biāo)引方法的族性化學(xué)結(jié)構(gòu) 標(biāo)引流程圖。族性結(jié)構(gòu)標(biāo)引過程如下(1)新建一個繪圖窗口 (步驟411),用 于繪制建立化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引圖；(2)在繪圖區(qū)域中繪制一個化合物骨架結(jié)構(gòu)(步 驟412); (3)在繪圖區(qū)域中繪制取代基團(步驟413); (4)在取代基團上設(shè)置 連接點(步驟414); (5)分別把取代基團設(shè)置到對應(yīng)的RGroup中(步驟41"，
此時系統(tǒng)會判斷取代基團的連接點設(shè)置的是否正確，如果正確則繼續(xù)，否則重 新設(shè)置(步驟416); (6)設(shè)置RLogic (步驟""7); (7)將繪制的圖形轉(zhuǎn)換成連 接表文本數(shù)據(jù)并保存為Mol文件或SDF文件，或者將繪制的圖形轉(zhuǎn)換成Wmdows 位形數(shù)據(jù)并保存為位圖文件(步驟418); (8)判斷是否為合法的族性化學(xué) 結(jié)構(gòu)，如果正確則繼續(xù)，否則重新修改結(jié)構(gòu)(步驟419); (9)把Mol文件或SDF 文件或位圖文件輸出到存儲器中(步驟420)。
如圖5所示，是本發(fā)明族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)和標(biāo)引方法的結(jié)構(gòu)預(yù)覽流程 圖。其過程如下(1)啟動預(yù)覽文件窗口，運行族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)的主程 序(步驟51); (2)用輸入工具點擊文件打開按鈕，打開文件對話框，在文件對 話框中用輸入工具選擇要查看的mol文件(步驟52); (3) mol文件內(nèi)容被載入到
主存儲裝置13中，在結(jié)構(gòu)圖形轉(zhuǎn)換子模塊中mol文件內(nèi)容被轉(zhuǎn)換成結(jié)構(gòu)圖形矩陣
(步驟W); (4)轉(zhuǎn)換后的矩陣被輸出到顯示裝置15中(步驟54)。
如圖6所示，是本發(fā)明族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)和標(biāo)引方法的模板管理子模 塊使用流程圖。其過程如下(1)運行族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)的主程序，在結(jié) 構(gòu)標(biāo)引子模塊21中繪斜確定分子結(jié)構(gòu)(步驟61); (2)選中需要設(shè)置為模板的 分子結(jié)構(gòu)(步驟62); (3)通過輸入工具執(zhí)行"添加到模板"命令(步驟63);
(4)通過輸入工具為新模板命名(步驟64); (5)選擇目標(biāo)模板庫(步驟6";
(6)執(zhí)行添加命令(步驟66); (7)模板被添加到目標(biāo)模板庫中(步驟67)。 如圖7所示，是本發(fā)明族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)和標(biāo)引方法的結(jié)構(gòu)圖形轉(zhuǎn)換 子模塊使用流程圖。其過程如下(1)運行族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)的主程序， 在結(jié)構(gòu)標(biāo)引模塊中繪制分子結(jié)構(gòu)圖形(步驟71)或通過輸入設(shè)備16輸入mol文 件(步驟")；(2)分子結(jié)構(gòu)圖形被轉(zhuǎn)換為矩陣數(shù)據(jù)(步驟")；(3)矩陣數(shù)據(jù) 被轉(zhuǎn)換為mol文件內(nèi)容(步驟74)或被轉(zhuǎn)換為位圖文件(步驟"75); (4) mol文 件或位圖文件被輸出到存儲設(shè)備14中(步驟76)。
如圖8所示，是本發(fā)明族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)和標(biāo)引方法的RGraup樹分析 流程圖，其過程如下(1)運行族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)的主程序，在結(jié)構(gòu)標(biāo)引 模塊21中繪制族性化學(xué)結(jié)構(gòu)分子(步驟81); (2)執(zhí)行"RGroupTree"命令， 遞歸遍歷所有Rgroup (步驟82); (3)分析分子結(jié)構(gòu)中RGroup之間的邏輯關(guān)系
(步驟83); (4)建立以骨架結(jié)構(gòu)上的RGroup為根結(jié)點的倒樹形結(jié)構(gòu)結(jié)構(gòu)樹(步 驟84); (5)把建立的倒樹形結(jié)構(gòu)以圖形方式輸出到顯示裝置中(步驟85)。
如圖9所示，是本發(fā)明族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)和標(biāo)引方法的Markush結(jié)構(gòu)輸 入流程圖，其過程如下(1)在確定結(jié)構(gòu)標(biāo)引子子模塊2121中輸入分子骨架結(jié) 構(gòu)(步驟91);在Rn原子定義子子模塊2122中定義Rn原子(步驟9"; (3) 在確定結(jié)構(gòu)標(biāo)引子子模塊2121中輸入取代基團(步驟93); (4)在連接點定義 子子模塊2123中為所有取代基團定義連接點(步驟94); (5)在RGraup定義子 子模塊2〗24中把取代基團添加到RGroup中(步驟95); (6)在RLogic定義子 子模塊2125中對所有RGroup邏輯結(jié)構(gòu)進(jìn)行定義(步驟％)。
如圖IO所示，是本發(fā)明族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)和標(biāo)引方法的分子排列示意 圖，原始分子結(jié)構(gòu)圖101經(jīng)由分子排列子模塊222計算后橫向排列為分子結(jié)構(gòu)圖 102,縱向排列為分子結(jié)構(gòu)圖103。
如圖ll所示，是本發(fā)明族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)和標(biāo)引方法的族性結(jié)構(gòu)標(biāo)引
示意圖，通過族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)標(biāo)引一個族性分子結(jié)構(gòu)的步驟如下
(1) 在確定結(jié)構(gòu)標(biāo)引子子模塊2121中繪制骨架結(jié)構(gòu)in,并在Rn原子定義 子子模塊2122中定義R1原子，Rl原子為Rn原子中的一種；
(2) 在確定結(jié)構(gòu)標(biāo)引子子模塊2121中繪制取代基團112、取代基113和取 代基1H，并在Rn原子定義子子模塊2122中為取代基113定義R3原子和為取 代基114定義R2原子，R2和R3原子也都屬于Rn原子；
(3) 在連接點定義子子模塊2123中為取代基"2、取代基113和取代基114 定義連接點，即取代基上用紅色色圈圈著的位置，取代基上最多可以定義兩個 連接點，第二個連接點用藍(lán)圏表示；
(4) 在RGroup定義子子模塊2124中把取代基112、取代基113和取代基 114定義到Rl (圖1111)中；
(5) 重復(fù)步驟2到步驟4分別定義R2 (圖2222),其中包括取代基115和 取代基116,定義R3 (圖3333)，其中包括取代基117，定義R4 (圖4444),其 中包括取代基118和取代基119， R4原子為Rn原子中的一種；
(6) 在RLogic定義子子模塊2125中定義RLogic結(jié)構(gòu)1110，其中"R1>0" 表示Rl的數(shù)量不得少于1個，"R2〉0"表示R2的數(shù)量不得少于1個，"R3>0" 表示R3的數(shù)量不得少于1個，"R4>0"表示R4的數(shù)量不得少于1個，"RestH" 表示其RGroup原子可以為"H"原子。
如圖12所示，是本發(fā)明族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)和標(biāo)引方法的RGmup樹示 意圖。樹結(jié)構(gòu)圖120是RGi:oup邏輯樹子模塊233對圖11中所示的標(biāo)引結(jié)果做 出分析后，以樹型結(jié)構(gòu)把所有RGroup的關(guān)系顯示出來。其中R1代表骨架結(jié)構(gòu) 111上的Rl原子，Rl包含R2和R3， R2代表取代基114上的R2原子，R3代表 取代基"3上的R3原子，R2又包含R4,R4代表取代基115上的R4原子，RGroup 邏輯樹子模塊233以Rl為起始根結(jié)點進(jìn)行遞歸遍歷所有RGrcmp生成樹型結(jié)構(gòu) 圖Rl-R3和Rl-R2-R4。
第二實施例
下面描述的是第二實施例，其中與第一實施例功能相同的部分，在此不再 贅述。
如圖2給出的族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)和標(biāo)引方法的繪圖工具20的功能模塊 圖。
標(biāo)引搡作主模塊21中的族性結(jié)構(gòu)標(biāo)引子模塊212用于標(biāo)引族性化學(xué)結(jié)構(gòu)， 首先用戶通過輸入設(shè)備16輸入化學(xué)結(jié)構(gòu)，本模塊分析輸入設(shè)備發(fā)出的指令，根 據(jù)指令要求在主存儲區(qū)創(chuàng)建對應(yīng)分子結(jié)構(gòu)的矩陣數(shù)據(jù)，并對矩陣數(shù)據(jù)進(jìn)行分析 計算，最后根據(jù)指令把主存儲區(qū)中的數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換成Windows位形數(shù)據(jù)輸出到 存儲設(shè)備"中。該模塊還包括將分子結(jié)構(gòu)及其相關(guān)數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換成SDF文件格式，
以便用于操作大量的分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)。保存數(shù)據(jù)時，同時保存與標(biāo)引分子結(jié)構(gòu)相 關(guān)的附屬信息，例如分子的編輯日期以及結(jié)構(gòu)屬性數(shù)據(jù)。
標(biāo)引操作主模塊21中的模板管理子模塊214用于管理系統(tǒng)中常用的分子結(jié)
構(gòu)模板，包括普通模板、鏈模板、環(huán)模板以及自定義模板，并可以把存儲設(shè)備 中的mol文件添加到模板庫中，同時允許對模板進(jìn)行修改和刪除操作。
以上描述的實施例僅僅是舉例或者說明性的描述，并非旨在是窮舉的或者 限制本發(fā)明，對于本領(lǐng)域普通技術(shù)人員來說，在本發(fā)明的精神和范圍內(nèi)進(jìn)行許 多修改、變化或替換是顯而易見的。選擇和描述的實施例僅僅是為了更好地解 釋本發(fā)明的原理。
權(quán)利要求
1.一種族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)，包括輸入設(shè)備、顯示裝置、主存儲器、存儲設(shè)備、處理器和繪圖工具，用于完成Markush結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)的輸入、存儲、處理和輸出，其特征在于繪圖工具包括一標(biāo)引操作主模塊，一結(jié)構(gòu)格式處理主模塊，一分子結(jié)構(gòu)顯示主模塊；標(biāo)引操作主模塊用于管理系統(tǒng)的用戶界面接口，接收用戶由用戶界面輸入的各種繪圖操作指令，并將用戶繪制的分子骨架結(jié)構(gòu)及取代基結(jié)構(gòu)形成族性結(jié)構(gòu)；結(jié)構(gòu)格式處理主模塊用于實時的對用戶輸入的分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，并將分析結(jié)果轉(zhuǎn)換為計算機可識別的族性結(jié)構(gòu)的mol文件和windows位圖(微軟公司定義的一種圖形文件格式)的圖形文件，同時把所述圖形文件保存到內(nèi)存中；分子結(jié)構(gòu)顯示主模塊用于對圖面上的分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)進(jìn)行結(jié)構(gòu)處理，并通過用戶界面接口顯示結(jié)構(gòu)信息；用戶由標(biāo)引操作主模塊完成Markush結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)的輸入，而結(jié)構(gòu)格式處理主模塊對用戶輸入的Markush結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)進(jìn)行存儲和格式轉(zhuǎn)換，并通過分子結(jié)構(gòu)顯示模塊顯示經(jīng)過處理的、用戶可識別的結(jié)構(gòu)信息。
2. 如權(quán)利要求l所述的一種族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)，其特征在于標(biāo)引操 作主模塊包含一圖形用戶接口管理子模塊， 一族性結(jié)構(gòu)標(biāo)引子模塊， 一模板管 理子模塊，一配置管理子模塊；其中圖形用戶接口管理子模塊用于管理繪圖工具與用戶的交互界面，接收用戶的操作指令；其中族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引子模塊用于繪制分子骨架結(jié)構(gòu)和取代基結(jié)構(gòu)，形成族性結(jié)構(gòu)，并對輸入的數(shù)據(jù)進(jìn)行實時 分析，將分析結(jié)果轉(zhuǎn)換為結(jié)構(gòu)顯示狀態(tài)，同時把圖形數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)保存到內(nèi)存中；模板管理子模塊用于管理分子結(jié)構(gòu)模板，通過模板管理操作窗口，把當(dāng)前繪制的分子結(jié)構(gòu)或存儲器中的分子結(jié)構(gòu)mol文件添加到指定的模板中，添加后用戶可以直接在模板列表中調(diào)用分子結(jié)構(gòu)模板；配置管理子模塊用于管理用戶對系統(tǒng)進(jìn)行自定義設(shè)置的數(shù)據(jù)和文件，包括用戶對輸出SDF文件的自定義信息，以及常用原子列表的自定義信息。
3. 如權(quán)利要求l所述的一種族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)，其特征在于結(jié)構(gòu)格 式處理主模塊包括一結(jié)構(gòu)圖形轉(zhuǎn)換子模塊， 一分子排列子模塊， 一分子旋轉(zhuǎn)、 放縮功能子模塊；其中結(jié)構(gòu)圖形轉(zhuǎn)換子模塊用于提供一導(dǎo)出功能，可以把當(dāng)前繪制的分子結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)換成windows位形數(shù)據(jù)；分子排列子模塊用于提供縱向排列、橫向排列功能；分子旋轉(zhuǎn)、放縮功能子模塊用于改變分子結(jié)構(gòu)的顯示尺 寸和方向。
4. 如權(quán)利要求l所述的一種族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)，其特征在于分子結(jié) 構(gòu)顯示主模塊還包括一錯誤顯示子模塊，一RGroup瀏覽子模塊，一RGroup邏 輯樹子模塊， 一分子結(jié)構(gòu)預(yù)覽子模塊；錯誤顯示子模塊對出現(xiàn)錯誤的分子結(jié)構(gòu) 或原子進(jìn)行提示出錯處理，其能夠識別并做出相應(yīng)處理的錯誤情況包括但不限 于以下幾種I)當(dāng)繪制的化學(xué)結(jié)構(gòu)中出現(xiàn)了價鍵錯誤的原子，則系統(tǒng)用與該原子化學(xué) 結(jié)構(gòu)圖顏色相異的色圈圈中該原子；n)當(dāng)用戶要把未設(shè)置取代點的分子添加到取代分子列表中時系統(tǒng)彈出對話框提示錯誤設(shè)置；m)當(dāng)用戶要把含有游離分子結(jié)構(gòu)，即包含已設(shè)置了連接點但未被添加到任何RGroup的取代基團的族性結(jié)構(gòu)分子保存到文件中時，系統(tǒng)會提示發(fā)現(xiàn)非法游離取代基團；IV) 如果當(dāng)前未定義Rn原子，此時往RGroup中添加取代基時系統(tǒng)提示未 找到對應(yīng)的RGraup定義；V) 如果族性分子結(jié)構(gòu)中至少一個RGixmp不含有任何分子結(jié)構(gòu)，則在保存 時會提示發(fā)現(xiàn)空RGroup。
5. 如權(quán)利要求l所述的一種族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)，其特征在于族性化 學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)主界面分割的區(qū)域中同時包含繪圖區(qū)和瀏覽區(qū)，可分別擴大與縮小所述繪圖區(qū)和瀏覽區(qū)尺寸。
6. 如權(quán)利要求2所述的一種族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)，其特征在于族性結(jié) 構(gòu)標(biāo)引子模塊包含一確定結(jié)構(gòu)標(biāo)引子子模塊，一Rn原子定義子子模塊，連接點 定義子子模塊，一 RGmup定義子子模塊，一 RLogic定義子子模塊；其中確定 結(jié)構(gòu)標(biāo)引子子模塊用于繪制確定的、無可變基團的分子結(jié)構(gòu)；其中Rn原子定義 子子模塊用于在分子結(jié)構(gòu)中定義一個能夠代表一類取代基的特殊原子；其中連接點定義子子模塊用于為取代基團定義取代基與骨架結(jié)構(gòu)的連接位置；Rgraup 定義子子模塊用于對取代基團進(jìn)行分組設(shè)置；Riogic定義子子模塊用于對 RGroup進(jìn)行范圍限定。
7. 如權(quán)利要求2所述的一種族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)，其特征在于分子結(jié)構(gòu)子模板采用xml格式文件管理，xml文件中保存有分子結(jié)構(gòu)和分子相關(guān)屬性信 白
8. 如權(quán)利要求3所述的一種族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)，其特征在于結(jié)構(gòu)圖 形轉(zhuǎn)換子模塊將分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為Windows位形格式文件。
9. 如權(quán)利要求3所述的一種族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)，其特征在于分子排 列子模塊將選中的標(biāo)引化學(xué)結(jié)構(gòu)按橫向或縱向的方式進(jìn)行排序，每個分子的中 心坐標(biāo)作為基準(zhǔn)點坐標(biāo)。
10. 如權(quán)利要求3所述的一種族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)，其特征在于分子旋轉(zhuǎn)、放縮功能子模塊對選中的分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)矩陣進(jìn)行旋轉(zhuǎn)、放縮計算。
11. 如權(quán)利要求4所述的一種族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)，其特征在于所述 Rn原子是由字母R與數(shù)字1到32組成的32個特殊的原子符號之一。
12. 如權(quán)利要求4所述的一種族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)，其特征在于RGroup 瀏覽子模塊以單元格的形式顯示取代基化學(xué)結(jié)構(gòu)，由于每一行代表一個RGroup 所包含的取代基團分子結(jié)構(gòu)，根據(jù)此就能夠分辨出各取代基團所屬的RGroup。
13. 如權(quán)利要求4所述的一種族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引系統(tǒng)，其特征在于RGroup 邏輯樹子模塊通過對當(dāng)前繪圖區(qū)域中的所有分子進(jìn)行遞歸處理，把所有RGroup 的關(guān)系通過樹狀形式清晰地顯示出來，通過觀察RGraup的樹型關(guān)系圖，能夠檢 査族性結(jié)構(gòu)的邏輯是否正確，如果滿足如下條件即為正確無游離取代基團，即所有的取代基團都被添加到了 RGroup中； 無空RGroup，即所有的RGroup都包含有至少一個取代基團； 取代基團上的連接點數(shù)量與RGi:oup原子的連接鍵數(shù)量相同。
14. 一種族性化學(xué)結(jié)構(gòu)標(biāo)引方法，用于標(biāo)引和繪制Mat:kush結(jié)構(gòu)圖，對該類 結(jié)構(gòu)圖進(jìn)行編輯、存取、格式處理、數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換、錯誤檢查和摸板管理，其特征 在于，包含以下步驟(1) 用輸入設(shè)備以圖形形式輸入確定化學(xué)結(jié)構(gòu)和Markush結(jié)構(gòu)信息，包括輸入骨架結(jié)構(gòu)信息和取代基信息；(2) 系統(tǒng)主存儲器存儲輸入的信息，并通過結(jié)構(gòu)圖形轉(zhuǎn)換子模塊將輸入的 圖形信息轉(zhuǎn)換為分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)； (3) 模板管理子模塊調(diào)用結(jié)構(gòu)模板，在結(jié)構(gòu)模板的基礎(chǔ)上進(jìn)行編輯，或?qū)?dāng)前結(jié)構(gòu)繪制圖轉(zhuǎn)換成為模板；(4) 結(jié)構(gòu)圖形轉(zhuǎn)換子模塊將當(dāng)前繪制的分子結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)換成連接表數(shù)據(jù)或Windows位形數(shù)據(jù)，用于導(dǎo)出系統(tǒng)；(5) 分子排列子模塊根據(jù)在結(jié)構(gòu)編輯窗口中選中需要重新排列的分子結(jié)構(gòu)及排列方式，以縱向或橫向方式重新排列分子結(jié)構(gòu)； .(6) 分子旋轉(zhuǎn)、放縮功能子模塊根據(jù)指令，改變分子結(jié)構(gòu)的顯示尺寸和方 向，或進(jìn)行旋轉(zhuǎn)；(7) 錯誤顯示子模塊分析輸入的化學(xué)結(jié)構(gòu)和用戶的操作指令做出相應(yīng)的錯誤提示。(8) RGroup瀏覽子模塊根據(jù)指令，以表格形式排列顯示所有的取代基團， 每一行代表一個RGroup所包含的所有取代基。(9) RGroup邏輯樹子模塊通過對當(dāng)前繪圖區(qū)域中的所有分子進(jìn)行遞歸處 理，把所有RGroup的關(guān)系通過樹狀形式顯示出來，通過RGroup樹型關(guān)系圖， 檢查族性結(jié)構(gòu)的正確性。全文摘要
一種涉及在建立化學(xué)結(jié)構(gòu)尤其是族性化學(xué)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫時的標(biāo)引系統(tǒng)和標(biāo)引方法，用于標(biāo)引和繪制Markush結(jié)構(gòu)圖，具有編輯、存取、格式處理、數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換、錯誤檢查和模板管理功能。該方法包括如下主要步驟(a)以圖形形式輸入確定化學(xué)結(jié)構(gòu)和Markush的骨架結(jié)構(gòu)信息和取代基信息；(b)將輸入的圖形信息轉(zhuǎn)換為分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)；(c)將當(dāng)前繪制的分子結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)換成連接表數(shù)據(jù)或Windows位形數(shù)據(jù)；(d)以縱向或橫向方式重新排列分子結(jié)構(gòu)；(e)對輸入的錯誤化學(xué)結(jié)構(gòu)做出相應(yīng)的錯誤提示；(f)以表格形式排列顯示所有的取代基團；(g)顯示RGroup樹型關(guān)系圖。上述能夠自動糾錯的Markush標(biāo)引系統(tǒng)和標(biāo)引方法提高了標(biāo)引輸入的結(jié)構(gòu)適應(yīng)性、標(biāo)引的正確性、標(biāo)引效率以及檢索的準(zhǔn)確性。
文檔編號G06F19/00GK101196963SQ20071030386
公開日2008年6月11日 申請日期2007年12月26日 優(yōu)先權(quán)日2007年12月26日
發(fā)明者劉延淮, 峻 徐, 王新毅 申請人:北京時代楷?？萍加邢薰?