Calml3、mlph、tmc5、sfta3在肺鱗癌和腺癌病理診斷鑒別中的應(yīng)用
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明涉及臨床診斷技術(shù)領(lǐng)域，具體地說，是CALML3、MLPH、TMC5、SFTA3基因在肺 癌病理診斷中用于鑒別診斷肺鱗癌和腺癌。
【背景技術(shù)】
[0002] 肺癌作為最常見和最致命的腫瘤，發(fā)病率和死亡率均排名所有腫瘤第一位。鱗癌 和腺癌作為肺癌最主要的兩種類型，占所有肺癌病例中的絕大部分，但它們的分子生物學(xué) 特征有著明顯差別，治療方式也有著很大的不同。因此，準(zhǔn)確的區(qū)分患者肺癌的類型，對于 提高患者的治療效果、減輕社會(huì)的負(fù)擔(dān)有著極為重要的意義。
[0003] 目前主要采用光鏡下觀察蘇木素-依紅（HE)染色的腫瘤組織切片進(jìn)行鑒別肺癌 類型。但在腫瘤低分化、壞死、擠壓導(dǎo)致結(jié)構(gòu)不清，或者穿刺取樣導(dǎo)致樣本量稀少等情況下 時(shí)，僅根據(jù)HE染色切片難以做出準(zhǔn)確的病理診斷。此時(shí)，采用免疫組化等方法檢測在肺鱗 癌和腺癌中差異表達(dá)的基因，對明確診斷腫瘤病理類型就非常重要。
[0004] 目前，常用于肺鱗癌和腺癌病理診斷的基因有：肺鱗癌：TP63、HCK、P40等；肺腺 癌：TTF1、CK7、NAPSA等。這些基因在區(qū)分肺鱗癌和腺癌時(shí)有著較高的敏感性和特異性，已 長期在臨床應(yīng)用。但由于目前缺乏對肺癌不同類型基因組全面系統(tǒng)的分析，仍可能有著具 備更高敏感性、特異性和應(yīng)用價(jià)值的基因可以應(yīng)用于肺鱗癌和腺癌的鑒別診斷。
[0005] 中國專利文獻(xiàn)CN201210208193. 0,公開了一種輔助診斷肺腺癌患者的試劑盒，其 包括用于檢測蛋白標(biāo)志物IDH1的產(chǎn)品、用于檢測蛋白標(biāo)志物CA125的產(chǎn)品、以及用于檢測 蛋白標(biāo)志物CYFRA21-1的產(chǎn)品，所述的試劑盒用于輔助診斷肺腺癌和肺鱗癌患者，具有靈 敏度高、特異性強(qiáng)的特點(diǎn)。目前，關(guān)于CALML3、MLPH、TMC5或SFTA3基因在肺癌病理診斷中 用于鑒別診斷肺鱗癌和腺癌還未見報(bào)道。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0006] 本發(fā)明的目的是針對現(xiàn)有技術(shù)中的不足，提供CALML3、MLPH、TMC5、SFTA3基因或 其檢測試劑的用途。
[0007] 本發(fā)明的再一的目的是，提供一種用于肺鱗癌和腺癌的鑒別診斷的試劑盒。
[0008] 本發(fā)明的另一的目的是，提供上述肺鱗癌和腺癌的鑒別診斷試劑盒的用途。
[0009] 為實(shí)現(xiàn)上述目的，本發(fā)明采取的技術(shù)方案是：
[0010] CALML3、MLPH、TMC5、SFTA3基因或其檢測試劑的用途，用于制備肺鱗癌和腺癌的鑒 別診斷試劑。
[0011] 為實(shí)現(xiàn)上述第二個(gè)目的，本發(fā)明采取的技術(shù)方案是：
[0012] -種用于肺鱗癌和腺癌的鑒別診斷的試劑盒，所述試劑盒含有測定樣本中基因表 達(dá)量的試劑；所述基因?yàn)镃ALML3、MLPH、TMC5或SFTA3中的任意一種或多種。
[0013] 所述檢測CALML3表達(dá)量的試劑為CALML3的特異性抗體；所述檢測MLPH表達(dá)量的 試劑為MLPH的特異性抗體；所述檢測TMC5表達(dá)量的試劑為TMC5的特異性抗體；所述檢測 SFTA3表達(dá)量的試劑為SFTA3的特異性抗體。
[0014] 對于基因表達(dá)量的測定，可以使用本領(lǐng)域公知的標(biāo)準(zhǔn)方法。一般基因表達(dá)量典型 的是將mRNA量或者蛋白質(zhì)量作為標(biāo)準(zhǔn)來測定。本發(fā)明中也可以同樣的將CALML3、MLPH、 TMC5或SFTA3基因的mRNA量或者蛋白質(zhì)量作為標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行相應(yīng)的基因表達(dá)量的測定。
[0015] 本發(fā)明中，可以選取CALML3、MLPH、TMC5、SFTA3這四種基因的任意一種或多種基 因的任意組合進(jìn)行測定。利用本發(fā)明提供的試劑盒檢測樣本中CALML3、MLPH、TMC5、SFTA3 的一種或多種的表達(dá)，如果樣本中CALML3表達(dá)高，而MLPH、TMC5、SFTA3表達(dá)低，則樣本為肺 鱗癌。如果樣本中CALML3表達(dá)低，而MLPH、TMC5、SFTA3表達(dá)高，則樣本為肺腺癌。
[0016] 所述的樣本為肺癌組織、肺癌患者血液、血漿、血清、體液或細(xì)胞中的一種或多種。
[0017] 在獲得了本發(fā)明的試劑盒后，還可以利用多種免疫學(xué)相關(guān)方法來檢測樣本中 CALML3、MLPH、TMC5或SFTA3基因的表達(dá)量，這些方法均包含在本發(fā)明中。
[0018] 所述的試劑盒中還包括免疫組化試劑。
[0019] 所述的免疫組化試劑包括：顯色試劑、二甲苯、乙醇、H202甲醇液、抗原修復(fù)液、封 閉液、PBS、中性樹脂。
[0020] 為實(shí)現(xiàn)上述第三個(gè)目的，本發(fā)明采取的技術(shù)方案是：
[0021] 所述的肺鱗癌和腺癌的鑒別診斷試劑盒的用途，用于制備肺鱗癌和腺癌的鑒別的 診斷試劑或試劑盒。
[0022] 發(fā)明人通過對TCGA數(shù)據(jù)庫中的肺鱗癌、腺癌組織各490例的mRNA測序數(shù)據(jù)進(jìn)行 分析，首先采用生物信息學(xué)方法在全基因組中確定了在肺鱗癌和腺癌中特異性表達(dá)的基 因。隨后米用ROC曲線（receiver operating characteristic curve)的方法對這些特 意表達(dá)的基因及目前常用于肺鱗癌和腺癌鑒別診斷基因進(jìn)行分析研宄，發(fā)現(xiàn)CALML3、MLPH、 TMC5、SFTA3等基因相較于目前常用的診斷基因可能具有更大的優(yōu)勢。隨后我們通過免疫 組化的方法檢測了肺鱗癌和腺癌組織各50例中的CALML3、MLPH、TMC5、SFTA3表達(dá)，進(jìn)一步 確定了它們在肺鱗癌和腺癌鑒別診斷中的應(yīng)用價(jià)值及它們較部分常用的診斷基因在敏感 性和特異性上的優(yōu)勢。因此CALML3、MLPH、TMC5、SFTA這四種基因適合應(yīng)用于肺鱗癌和腺 癌鑒別診斷
[0023] 本發(fā)明優(yōu)點(diǎn)在于：
[0024] 本發(fā)明通過對肺鱗癌和腺癌基因組全面系統(tǒng)的分析和驗(yàn)證，發(fā)現(xiàn)了四種基 因 calmodulin-like 3 (CALML3)、melanophilin (MLPH)、transmembrane channel-like 5(TMC5)、surfactant associated 3(SFTA3)可以在肺癌組織病理診斷中用于鑒別診斷肺 鱗癌和腺癌，這四種基因較部分目前常用的肺鱗癌和腺癌診斷基因在敏感性和特異性上具 有一定優(yōu)勢。
【附圖說明】
[0025] 附圖1的⑷為CALML3在診斷肺鱗癌時(shí)的R0C曲線；⑶為MLPH、TMC5、SFTA3在 診斷肺腺癌時(shí)的R0C曲線。圖（B)中R0C曲線下面積由高到低依次為MLPH、TMC5、SFTA3。
[0026]附圖2為CALML3、MLPH、TMC5、SFTA3的表達(dá)分布情況。
[0027] 附圖3為CALML3、MLPH、TMC5、SFTA3的免疫組化檢測結(jié)果。
【具體實(shí)施方式】
[0028] 下面結(jié)合附圖對本發(fā)明提供的【具體實(shí)施方式】作詳細(xì)說明。
[0029] 實(shí)施例
[0030] 一、肺鱗癌和腺癌全基因組表達(dá)數(shù)據(jù)分析
[0031] 首先從TCGA數(shù)據(jù)庫中獲得肺鱗癌和腺癌的mRNA測序數(shù)據(jù)，共包含490例肺鱗癌 和肺腺癌樣本的數(shù)據(jù)。計(jì)算每種基因的表達(dá)量，以RSEM值表示。
[0032] 基于以下標(biāo)準(zhǔn)初步篩選出可應(yīng)用于肺鱗癌和腺癌鑒別診斷的基因。
[0033] (1) Mean (S)彡 1000 并且 Mean (S) /Mean ⑷彡 4 ;
[0034] (2) Mean (A)彡 1000 并且 Mean (A) /Mean (S)彡 4〇
[0035] 此處，Mean表示某種基因在肺鱗癌或腺癌組織中的平均表達(dá)量，（S)表示肺鱗癌， (A)表示肺腺癌。滿足（1)或者（2)二者之一的基因進(jìn)入下一步的研宄，通過這一標(biāo)準(zhǔn)我們 篩選了那些在肺鱗癌和腺癌中表達(dá)差別顯著的基因，同時(shí)這些基因在肺鱗癌或者肺腺癌二 者之一中表達(dá)量高以利于檢測。一共篩選出基因228個(gè)，其中肺鱗癌中表達(dá)顯著高于腺癌 的基因118個(gè)，肺腺癌中表達(dá)遠(yuǎn)高于肺鱗癌的基因110個(gè)。
[0036] 采用ROC曲線對所篩選出的228個(gè)基因進(jìn)行分析，在診斷肺鱗癌和肺腺癌時(shí)的ROC 曲線下面積值分別排名前20位的基因表達(dá)情況和ROC分析結(jié)果見表1和表2
[0037] 表1在肺鱗癌中特異性表達(dá)的基因表達(dá)情況及ROC分析
[0038]
【主權(quán)項(xiàng)】
1. CALML3、MLPH、TMC5、SFTA3基因或其檢測試劑的用途，其特征在于，用于制備肺鱗癌 和腺癌的鑒別診斷試劑。
2. -種用于肺鱗癌和腺癌的鑒別診斷的試劑盒，其特征在于，所述試劑盒含有測定樣 本中基因表達(dá)量的試劑；所述基因?yàn)镃ALML3、MLPH、TMC5或SFTA3中的任意一種或多種。
3. 根據(jù)權(quán)利要求2所述的試劑盒，其特征在于，所述的樣本為肺癌組織、肺癌患者血 液、血漿、血清、體液、細(xì)胞中的一種或多種。
4. 權(quán)利要求2或3所述的診斷試劑盒的用途，其特征在于，用于制備肺鱗癌和腺癌的鑒 別的診斷試劑或試劑盒。
【專利摘要】本發(fā)明涉及CALML3、MLPH、TMC5、SFTA3四種基因或其檢測試劑的用途，用于制備肺鱗癌和腺癌的鑒別診斷試劑。本發(fā)明通過對TCGA數(shù)據(jù)庫中肺鱗癌和腺癌的mRNA測序結(jié)果進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析，共納入490例肺鱗癌和490例肺腺癌的數(shù)據(jù)，發(fā)現(xiàn)CALML3、MLPH、TMC5、SFTA3基因表達(dá)在肺鱗癌和腺癌中差距十分顯著，適合應(yīng)用于肺鱗癌和腺癌的鑒別診斷。隨后采用免疫組化的方法在肺鱗癌和腺癌組織病理切片中檢測CALML3、MLPH、TMC5、SFTA3基因表達(dá)，確定了這些基因在肺鱗癌和腺癌中的表達(dá)差異以及在鑒別診斷中的應(yīng)用價(jià)值。
【IPC分類】G01N33-68
【公開號(hào)】CN104698191
【申請?zhí)枴緾N201510114571
【發(fā)明人】詹成, 王群, 蔣偉, 林宗武, 時(shí)雨, 張永星, 奚俊杰, 燕麗, 孫揚(yáng), 汪星星, 王琳, 陳力, 金玉麟
【申請人】復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院
【公開日】2015年6月10日
【申請日】2015年3月16日