專利名稱：：診斷胎兒非整倍體的制作方法診斷胎兒非整倍體
背景技術：
：發(fā)明領域本發(fā)明涉及早期非侵入性診斷胎兒非整倍體的方法。特別是，本發(fā)明涉及通過鑒定母體生物液體如母體血清或羊水內的非整倍體蛋白表達模式特征來診斷胎兒非整倍體。相關技術的描述蛋白表達模式的大規(guī)模分析作為當前DNA克隆方法和基因表達圖語(geneprofiling)方法的一種重要和必要的工具出if見(Pandey和Mann,7V"/we405:837-46(2000))。在根據同源性方法推導一些結構和可能的蛋白修飾中，DNA序列信息是有用的，但是，不會提供關于在翻譯后修飾、蛋白水解或區(qū)室化(compartmentalization)中的蛋白功能調控的信息。傳統(tǒng)的基于凝膠的方法，例如一維和二維的凝膠電泳用于小規(guī)模的蛋白檢測(<1，000種蛋白)，但是這些方法需要大的樣品量(LilleyKS,RazzaqA,DupreeP:Two-dimensionalgelelectrophoresis:recentadvancesinsamplepreparation,detectionandquantitation.CurrOpinChemBiol.6(l):46-50，2002)。用于克服這種缺陷的方法包括基質輔助或增大表面的激光吸附/電離(MALDI或SELDI)飛行時間(time-of-flight)質譜，該方法能夠精確地生成顯示樣品中蛋白質量的圖譜。這些圖語或模式可用于鑒定和監(jiān)控各種疾病。將肽作圖與串聯(lián)質譜分析結合，獲得第二水平的鑒定，從肽片段上獲得氨基酸序列信息。這可以例如通過將MALDI/SELDI或者ESI與四極(quadrupole)飛行時間MS(Qq-TOFMS)結合來實現(xiàn)。后一種方法還可以用于量化具體肽(ICAT技術)。靡兒#奎倍沐胎兒非整倍體是染色體數(shù)量異常，通常由于在卵子發(fā)生或精子發(fā)生過程中減數(shù)分裂不分離而引起的，而某些非整倍體，如8三體，更多地是由于合子后有絲分裂分離引起的(Nicolaidis&Petersen,HumanReproduction,13(2):313-319,(1998))。所述異常包括正常染色體數(shù)量減少以及增加，且可以包括常染色體以及性染色體。減少的非整倍體實例是Turner綜合癥，其特征是存在單個X性染色體。染色體數(shù)量增加的實例包括唐氏綜合癥(Down'ssyndrome)(染色體21的三體)，Patau綜合癥(染色體13的三體)，Edwards綜合癥(染色體18的三體)，和Kleinfelter綜合癥(性染色體的XXY三體)。通常，非整倍體會明顯地導致身體損傷和神經損傷，從而使得大比率的患病個體不能長至成年。事實上，患有包括除13,18或21之外染色體的常染色體非整倍體的胎兒一般都會宮內死亡。但是，某些非整倍體，如Kleinfelter綜合癥，會呈現(xiàn)更不明確表型，而且患其它三體如XXY&XXX的那些經常會長成能生育的成年。唐氏綜合癥是人類中最常見的一種畸形模式，而且是一種最常見的在出生時出現(xiàn)的重癥先天畸形，在660名活出生兒中的發(fā)病率是l(Jones,K.,Down，sSyndrome,inSmith'srecognizablepatternsofhumanmalformation,Jones,K.,Editor,1997，Philadelphia,PA，第8-13頁)。在妊娠中期三個月存活的患唐氏綜合癥的所有胎兒中約有三分之一將不能最終生存下來；因此，在500個妊娠中，妊娠中期三個月內的唐氏綜合癥的真正患病率接近于l(Cuckle,H.,EpidemiologyofDownSyndrome,inScreeningforDownSyndromeintheFirstTrimester,J.Grudzinkas和R.Ward,Editors,1997，RCOGPress,London,UK,pp.3-13.)。大部分的患唐氏綜合癥嬰兒患有嚴重的心臟的，胃腸的，或其它畸形，而導致巨大的發(fā)病率和死亡率。另外，在美國，大部分患者的IQ小于50,使得該綜合癥是導致智力缺陷的原因之一。在美國，每年約二百五十萬的懷孕婦女進行唐氏綜合癥的血清篩查，不進行篩查的話，可能會導致這些孕婦中約有4,000名孕婦會生出患唐氏綜合癥的嬰兒(Palomaki，G.E.,等Am.J.Obstet.Gynecol.176(5):1046-1051(1997))。唐氏綜合癥是活出生兒中最常見的非整倍體，大量個體會患有染色體13，18和性染色體的非整倍體。18三體，例如，在7000名出生兒中的發(fā)病率約為1，13三體在29,000名出生兒中的發(fā)病率約為l(Nicolaidis&Petersen,^丄人懷孕時，其它非整倍體的發(fā)病率也很高，但通常在懷孕的前15周內就引起在胎兒達到終期前的自然流產(Nicolaidies&Petersen,^J:)。例如，16三體是一種最常見的人類三體，所有已驗證的懷孕者中有1.5%患病，而且該病是致死性染色體畸形(^001&(^8&Petersen,U:)。15和8的三體發(fā)病率更低(分別約占所有自然流產的1.4%和0.7%),但也是致死性畸開j(Nicoladies&Petersen,U:)。y^乂乙護整倍體的診錄胎兒非整倍體的出生前確診需要通過羊膜穿刺或絨毛膜絨毛取樣(CVS)來進行侵入性檢測，這種侵入性的操作與0.5%-1%的妊娠丟失危險相關(D，Alton,M.E.,SeminPerinatol18(3):140-62(1994))。通常，胎兒非整倍體篩查，如唐氏綜合癥，是在妊娠期間進行的，以便為患者提供其懷有患病胎兒風險的估定。由于該風險與這種侵入性檢測方法相關，所以對于開發(fā)用于篩查非整倍體的非侵入性方法非常感興趣。雖然已使用了各種方法來用于與特定的非整倍體相關聯(lián)，對于唐氏綜合癥情況，最初的篩查是完全基于母體年齡，將35歲作為專門的截取點來限定進行侵入性胎兒檢測具有很高風險性的女性群體。該方法獲得的患唐氏綜合癥胎兒的檢出率為20%-30%,侵入性胎兒^r測比率為5%-7%。這樣，需要用約140次羊膜穿刺來檢測唐氏綜合癥個例，而且每兩名檢測的患病月臺兒中就有一名正常月臺兒無法檢出(Vintzielos和Egan,AmJ.ObstetGynecol172(3):837-44(1995))。由于這種限制性，因此引入妊娠中期三個月血清篩查技術來提高檢測率，并減少侵入性檢測比率。篩查唐氏綜合癥的現(xiàn)有醫(yī)護標準需要對15-18周孕齡的所有患者進行三種標記血清檢測，并且結合母體年齡(MA)，來進行風險計算。該檢測分析曱胎蛋白(AFP)，人絨毛膜促性腺激素(phCG)，非偶聯(lián)雌三醇(uE3)。如果獲自這種"三重篩選"的風險高于預定的截值點，該患者就需要進行侵入性檢測來進行胎兒染色體組型分析。最常用的風險截值點為1:380(35歲婦女的期限風險)，其獲得的唐氏綜合癥檢出率為65%-70%，有5。/。-7。/。的懷孕者進行侵入性胎兒一全測(Wald爭，JMedScreen4(4):181-246(1997))。可以估算，利用MA并結合這種妊娠中期三個月血清"三重篩選"會進行60次羊膜穿刺來檢測唐氏綜合癥個例(Vintzielos和Egan,現(xiàn)在，用于唐氏綜合癥的現(xiàn)有醫(yī)護標準血清"三重篩選"發(fā)展成"四重試驗，，(quadtest),其中將血清標記抑制素-A加到其它三個分析物中。這種四重"^式馬全是在4侖享文的WolfsonInstituteofPreventiveMedicine,在Nicholas9Wald教授指導下，從1996年8月開始在臨床上使用的。已經對抑制素-A在每天實驗中的性能進行了預測。作為篩選標記的抑制素-A的性能評估非常一致。在六份已發(fā)表的研究中，唐氏綜合癥妊娠期情況下的母體血清抑制素—A水平平均比在未患病的妊娠期中發(fā)現(xiàn)的水平高1.9倍(Wald等，1997,U:)。已經確定，抑制素-A與最有效的單個標記，phCG,—樣也可以作為唐氏綜合癥妊娠期的單變量預測物(固定的5%陽性篩選率，與phCG的49%檢出率相比，抑制素-A的檢出率為44%)(Wald等，1997，jSJ:)。將抑制素-A添加到三重試驗中，可能會將"三重篩選"唐氏綜合癥的檢出率提高到77%-80%，侵入性檢測率為50/。-7。/o(Wald等,1997Wald等，PrenatDiagn16(2):143-53(1996))。另外，可以用四重試驗將唐氏綜合癥的4全出率保持在70%,而將侵入性檢測率降低到5%，并明顯降低進行的羊膜穿刺次數(shù)。在進一步降低羊膜穿刺頻率的努力中，用妊娠中期三個月超聲篩查法進行唐氏綜合癥篩查。對某些主要的胎兒結構性畸形進行鑒定可以明顯地增加唐氏綜合癥和其它非整倍體的風險，并用此來指示侵入性胎兒檢測。但是，該方法并不會改善唐氏綜合癥的群體篩查，因為常規(guī)人群中98%的胎兒并不會患有結構性畸形。已進行了進一步的工作來對非整倍體的超聲檢測標記的作用進行評價，這種標記本身不是結構性畸形，而且在缺少正常染色體組型的條件下，可能并不會給胎兒帶來任何危險。這種在唐氏綜合癥篩查中使用的超聲檢測標記包括脈絡叢嚢腫，腸道回聲增強，短股骨，短肱骨，最小腎盂積水和增厚的頸褶。雖然有些研究者認為超聲檢測法鑒定的胎兒唐氏綜合癥高至73%,篩查陽性率為5%,但這些研究全部是從具有高風險非整倍體的群體獲得(Benacerraf等，Radiology193(1):135-40(1994))。由于所討論的疾病的流行性會明顯降低，因此不可能對從高風險群體到常規(guī)或未經選擇群體進行的這些試驗進行正確地推斷。所以，當用于篩選常規(guī)群體時，這種"遺傳超聲"的價值就受到很大的限制。另外，由于數(shù)據的細微區(qū)別，超聲篩查法的進行要完全依賴于操作者的技能和經驗，當超聲檢測篩查在三級醫(yī)院以外進行時，就很可能不具備可復驗性(Ewigman,B.G.,等，NEnglJMed329(12):821-7(1993))。雖然"遺傳超聲"很可能不會作為主要的篩查工具，但它在最初的陽性篩查試驗后，在降低非整倍體風險方面具有重要作用(Vintzielos和Egan，X_A)。妊娠中期三個月篩查唐氏綜合癥的重要問題是，它是對15-18周孕期進行的，如果需要，在16-20周孕期，要隨后進行診斷性羊膜穿刺。如果在達到24周的常用孕齡上限前需要終止妊娠，就會對患者和供給者造成很大的時間壓力。另外，這種后期妊娠終止是與母體發(fā)病率增加相關聯(lián)的(Lawson,H.W.，等，AmJ.ObstetGynecol171(5):1365-72(1994))。基于妊娠頭三個月的非整倍體超聲篩查程序的價值將包括如果確定了畸形的安全妊娠終止法，而且如果在妊娠早期檢測出畸形，能提高患者隱私和機密性。來自倫敦胎兒醫(yī)學基金會的研究者利用結合MA和妊娠頭三個月胎兒超聲評估，篩查出的唐氏綜合癥檢出率為80%(Pandya,P.P.等，BrJObstetGy認col102(12):957-62(1995);Snijders，R丄，等,Lancet352(9125):343-6(1998))。這依賴于對胎兒頸部和表面皮膚背面之間的半透明空間的測定，已經報道了在患唐氏綜合癥和其它非整倍體的胎兒中該空間會加大。據報道，在10和14周妊娠間通過經腹或經陰道超聲檢查很容易測定這種頸項半透明帶(nuchaltranslucency，NT)(Snijders,R丄，等，UltrasoundObstetG稀col7(3):216-26(1996))。大部分證實妊娠頭三個月唐氏綜合癥篩查的數(shù)據是來自倫敦的胎兒醫(yī)學基金會(Pandya等'1995,Snijders等,1996,^Li:)。但是，唐氏綜合癥的檢出率在不同的醫(yī)學中心是不一致的，而且對于數(shù)據，胎兒醫(yī)學基金會網站之外的醫(yī)學中心都不能將它們的結果復制。還有數(shù)據表明多種妊娠相關蛋白和激素的妊娠頭三個月濃度在染色體正常和異常妊娠中是不一樣的。與唐氏綜合癥和Edwards綜合癥相關的兩種最具希望的妊娠頭三個月血清標記應該是PAPP-A和游離(3hCG(Wapner,R.，等，NEnglJMed349(15):1405-1413(2003))。已報道，在唐氏綜合癥中，PAPP-A的妊娠頭三個月血清水平明顯降低，而且這種降低不受頸項半透明帶(NT)厚度的約束(Brizot，M丄.,等.ObstetGynecol84(6):918-22(1994))。另外，已經看到在胎兒唐氏綜合癥中，總和游離(3-hCG的妊娠頭三個月血清水平都較高，而且這種增加也不受NT厚度的約束(Brizot,M丄.，BrJObstetGynaecol102(2):127-32(1995))。當用在唐氏綜合癥篩查時，PAPP-A和游離phCG也是相互獨立的(Wald和Hackshaw，PrenatDiagn17(9):921-9(1997))。在多中心前瞻性研究中，PAPP-A和游離phCG組合能獲得的唐氏綜合癥檢出率為60%,侵入性檢測率為5%(Haddow,J.E.,等，NEngJMed338(14):955-61(1998))。數(shù)學模型揭示利用MA,NT厚度，血清游離(3hCG,和血清PAPP-A的組合型妊娠頭三個月篩查程序將可以檢出多于80%的患唐氏綜合癥的胎兒，侵入性檢測率為5。/Q(Wald和Hackshaw,JLA)。最近，Nicolaides對這些試-瞼和才莫型進4亍了綜述(UltrasoundinObstreticsandGynecology21:313-21(2003》。雖然這些數(shù)據顯示用于胎兒非整倍體如唐氏綜合癥的組合妊娠頭三個月篩查程序或完整妊娠頭三個月和妊娠中期三個月篩查程序會好于普通妊娠中期三個月篩查，但是該假設還未在臨床實踐上證實。為了明確唐氏綜合癥的妊娠頭三個月篩查效力，并且對妊娠頭三個月和妊娠中期三個月篩查的診斷結果進行比較，最近NIH資助了多中心進行妊娠頭三個月和妊娠中期三個月風險評價(FASTER)試驗。在該前瞻性研究中，在孕103/7-136/7周時患者要進行NT超聲，并采集獲得PAPP-A和游離(3hCG的母體血清，將結果對患者隱瞞到在孕15-186/7周時進行第二次風險篩查后，第二次風險篩查包括四重篩選(AFP,卩hCG，uE3，和抑制素-A)。超過38,000名患者進行了該研究，在這些患者中鑒定出了117例胎兒21三體，其中87名具有完整的妊娠頭三個月和妊娠中期三個月數(shù)據。各個試驗的診斷結果是通過篩查法來進行分析的，包括組合型妊娠頭三個月篩查(NT/PAPP-A/游離phCG/MA);妊娠中期三個月血清篩查(母體AFP/游離phCG/uE3/抑制素-A/MA);或完整的妊娠頭三個月和妊娠中期三個月篩查。雖然這些數(shù)據證明了妊娠頭三個月，或組合的妊娠頭三個月和妊娠中期三個月完整篩查的實用性，但還是有很大的局限性。首先，這些試驗高度依賴于孕齡，而且當妊娠推進時就會變得差異性很小。第二，為了優(yōu)化唐氏綜合癥檢測，所有這些試驗的篩查陽性率都很低(5%)，而且真布支陽性率額外地高(超過90%),導致患者焦慮并且進行不必要的用來遺傳;險測的侵入性羊膜穿刺。因此，急需可供選擇的對大范圍孕齡的可靠和改善的檢測，來減少々i陽性的比率。特別期望開發(fā)新的、有效和可靠的非侵入性方法，用于診斷唐氏綜合癥以及其它胎兒非整倍體。發(fā)明概述一方面，本發(fā)明涉及診斷胎兒非整倍體的方法，包括將母體生物液體中待測樣品的蛋白質組圖譜與相同類型生物液體中的正?；騾⒈鹊鞍踪|組圖譜進行比較，當所述待測樣品的蛋白質組圖譜顯示至少一種獨特表達特4正(expressionsignature)、所述表達特;f正4戈表至少一種選自表l-2和5-6所歹l)的生物標記、且該特征不出現(xiàn)在所述正常蛋白質組圖譜中或者出現(xiàn)在所述參比蛋白質組圖譜中，則確定存在胎兒非整倍體。在還有一個方面中，本發(fā)明涉及診斷胎兒非整倍體的方法，包括將母體生物液體中待測樣品的蛋白質組圖鐠與相同類型生物液體中的正?；騾⒈鹊鞍踪|組圖譜進行比較，當所述待測樣品的蛋白質組圖譜顯示至少一種獨特表達特征、所述表達特征代表至少一種選自表3所列的生物標記、且該特征不出現(xiàn)在所述正常蛋白質組圖譜中或者出現(xiàn)在所述參比蛋白質組圖譜中，則確定存在胎兒非整倍體。在一個實施方案中，本發(fā)明涉及利用從妊娠的婦女獲得的待測樣品。在本發(fā)明的另一個實施方案中，蛋白質組圖譜是質譜。在本發(fā)明的還有一個實施方案中，待測樣品是母體血清。在另一個實施方案中，獨特的表達特征是在一種或多種分子量范圍16-20kDa,35-38kDa，38-42kDa，40-45kDa，50-55kDa,60-68kDa,和125-150kDa。在另一個實施方案中，待測樣品是母體羊水。在另一個實施方案中，獨特的表達特征是在一種或兩種分子量范圍6-7kDa和8-10kDa。在另一個實施方案中，該方法是在妊娠頭三個月內進行的。在另一個實施方案中，該方法是在妊娠中期三個月內進行的。在還有一個實施方案中，該方法還包括確定所述待測樣品中至少一種另外的胎兒非整倍體生物標記的轉錄mRNA水平或翻譯出的蛋白的水平，當所述轉錄mRNA水平或翻譯出的蛋白的水平相對于其在正常生物樣品中的水平有不同，則確定存在胎兒非整倍體。在另一個實施方案中，診斷的胎兒非整倍體是唐氏綜合癥，13三體，18三體，X染色體三體，X染色體單體，Kleinfelter綜合癥(XXY基因型)，或XYY綜合癥(XYY基因型)。在另一個實施方案中，檢測了其轉錄mRNA水平或翻譯出的蛋白的水平的那些生物標記選自下組PAPP-A,曱胎蛋白(AFP)，人絨毛膜促性腺激素(bhCG),非偶聯(lián)雌三醇(unconjugatedestriol,uE3),和抑制素A。在還有一個實施方案中，該方法進一步包括對妊娠婦女使用一種或多種其它的診斷技術。在另一個實施方案中，其它的診斷技術選自超聲影像技術，檢測染色體畸形的技術，和頸項半透明帶(nuchaltranslucency,NT)測定。在還有一個實施方案中，本發(fā)明涉及比較多于一種生物標記的獨特表達特征。另外，表達特征的數(shù)量可以是2，3,4,5,6,7,8,或更多的生物標記。在還有一個實施方案中，生物標記選自補體因子H(CFAH—HUMAN,SwissProt登錄號P08603);妊娠區(qū)帶蛋白(pregnancyzoneprotein,PZP—HUMAN;SwissProt登錄號P20741);afamin(AFAMHUMAN;SwissProt登錄號P43652);血管緊張肽原(ANGT—HUMAN;SwissProt登錄號P01019);a-2-hs-糖蛋白(A2HS—HUMAN;SwissProt登錄號P02765);簇蛋白(CLUS—HUMAN;SwissProt登錄號P10909);載脂蛋白AI(APAl—HUMAN;SwissProt登錄號P02647);載脂蛋白AIV(APA4—HUMAN;SwissProt登錄號P06727);載脂蛋白E(APE—HUMAN;SwissProt登錄號P02649);色素上皮衍生因子(PEDF—HUMAN;SwissProt登錄號P36955);血清淀粉樣蛋白A(SAA一HUMAN;SwissProt登錄號P02735);AMBP蛋白(AMBP一HUMAN;SwissProt登錄號P02760);血漿視黃醇結合蛋白(RETB_HUMAN;SwissProt登錄號P02753);血清轉鐵蛋白前體(TRFE—HUMAN;SwissProt登錄號P02787);a-l-抗胰蛋白酶前體(A1AT—HUMAN;SwissProt登錄號P01009);a-2-巨球蛋白前體(A2MG—HUMAN;SwissProt登錄號P01023);補體C3前體(C03—HUMAN;SwissProt登錄號P01024);血管緊張肽原前體(ANGT—HUMAN;SwissProt登錄號P01019);銅藍蛋白前體(CERU—HUMAN;SwissProt登錄號P00450);觸珠蛋白前體(HPT—HUMAN;SwissProt登錄號P00738);抗凝血酶-III前體(ANT3—HUMAN;SwissProt登錄號P01008);血紅素結合蛋白前體(HEMO—HUMAN;SwissProt登錄號P02790);a-l-酸性糖蛋白1前體(AlAG—HUMAN;SwissProt登錄號P02763);載脂蛋白A-I前體(APAl—HUMAN;SwissProt登錄號P02647);alb-糖蛋白(SwissProt登錄號14P04217);激肽原前體(KNG—HUMAN;SwissProt登錄號PO1042-2);間-a-胰蛋白酶抑制因子重鏈H2前體(ITH2—HUMAN;SwissProt登錄號P19823);a-2-hs-糖蛋白前體(A2HS—HUMAN;SwissProt登錄號P02765);a-l-抗胰凝乳蛋白酶前體(AACT—HUMAN;SwissProt登錄號P01011);間-a-胰蛋白酶抑制因子重鏈H4前體(ITH4—HUMAN;SwissProt登錄號Q14624-2);補體因子H前體(CFAH—HUMAN;SwissProt登錄號P08603-l);血漿蛋白酶C1抑制因子前體(IC1—HUMAN;SwissProt登錄號P05155);肝素輔因子II前體(HEP2—HUMANSwissProt登錄號P05546);補體因子B前體(CFAB—HUMAN;SwissProt登錄號P00751-l);a-2-糖蛋白l，鋅(ZA2G—HUMAN;SwissProt登錄號P25311);玻連蛋白前體(VTNC—HUMANSwissProt登錄號P04004);間-a-胰蛋白酶抑制因子重鏈H1前體(ITH1—HUMAN;SwissProt登錄號P19827);補體成分C9前體(C09—HUMAN;SwissProt登錄號P02748);血纖蛋白原a/a-E鏈前體(FIBA—HUMAN;SwissProt登錄號P02671-l);血纖蛋白原卩纟連前體(FIBB_HUMAN;SwissProt登錄號P02675);血纖蛋白原y鏈前體(FIBG—HUMAN;SwissProt登錄號P02679-l);凝血酶原前體(THRBJiUMAN;SwissProt登錄號P00734);蔟蛋白前體(CLUS—HUMAN;SwissProt登錄號P10909);a-lB-糖蛋白前體(AlBG—HUMAN;SwissProt登錄號P04217);a-l-酸性糖蛋白2前體(A1AH—HUMAN;SwissProt登錄號P19652);載脂蛋白D前體(APODJiUMAN;SwissProt登錄號P05090);妊娠區(qū)帶蛋白前體(PZP—HUMAN;SwissProt登錄號P20742);富組氨酸糖蛋白前體(HRG—HUMAN;SwissProt登錄號P04196);性激素-結合型球蛋白前體(SHBG—HUMAN;SwissProt登錄號P04278-l);纖溶酶原前體(PLMN—HUMAN;SwissProt登錄號P00747);載脂蛋白C-III前體(APC3—HUMAN;SwissProt登錄號P02656);富亮氨酸a-2-糖蛋白前體(A2GL—HUMAN;SwissProt登錄號P02750);載脂蛋白E前體(APE—HUMAN;SwissProt登錄號P02649);胎球蛋白-B前體(FETB—HUMAN;SwissProt登錄號Q9UGM5);肌球蛋白-反應性免疫球蛋白輕鏈可變區(qū)(SwissProt登錄號Q9UL83);補體C1S成分前體(CIS—HUMAN;SwissProt登錄號P09871);ambp蛋白前體(AMBP—HUMAN;SwissProt登錄號P02760);和補體C4前體(C04_HUMAN;SwissProt登錄號P01028)。在具體實施方案中，用于本發(fā)明的生物標記是補體因子H(CFAH_HUMAN,SwissProt登錄號P08603);和妊娠區(qū)帶蛋白(PZP_HUMAN;SwissProt登錄號P20741)。在具體實施方案中，用于本發(fā)明的生物標記是補體因子H(CFAH—HUMAN,SwissProt登錄號P08603);和afamin(AFAM—HUMAN;SwissProt登錄號P43652)。在具體實施方案中，用于本發(fā)明的生物標記是妊娠區(qū)帶蛋白(PZP一HUMAN;SwissProt登錄號P20741);和a-2-hs-糖蛋白(A2HS_HUMAN;SwissProt登錄號P02765)。在具體實施方案中，用于本發(fā)明的生物標記是補體因子H(CFAH—HUMAN,SwissProt登錄號P08603);血管緊張肽原(ANGT—HUMAN;SwissProt登錄號P01019);和簇蛋白(CLUS—HUMAN;SwissProt登錄號P10909)。在具體實施方案中，用于本發(fā)明的生物標記是載脂蛋白E(APE_HUMAN;SwissProt登錄號P02649);AMBP蛋白(AMBP—HUMAN;SwissProt登錄號P02760);和血漿視黃醇結合蛋白(RETB—HUMAN;SwissProt登錄號P02753)。在具體實施方案中，用于本發(fā)明的生物標記是補體因子H(CFAH—HUMAN,SwissProt登錄號P08603);afamin(AFAM—HUMAN;SwissProt登錄號P43652);血管緊張肽原(ANGTJiUMAN;SwissProt登錄號P01019);和蔟蛋白(CLUS—HUMAN;SwissProt登錄號P10909)。在具體實施方案中，用于本發(fā)明的生物標記是補體因子H(CFAH—HUMAN,SwissProt登錄號P08603);afamin(AFAM—HUMAN;SwissProt登錄號P43652);色素上皮衍生因子(PEDF—HUMAN;SwissProt登錄號P36955);血清淀粉樣蛋白A(SAA—HUMAN;SwissProt登錄號P02735);血管緊張肽原(ANGT_HUMAN;SwissProt登錄號P01019);和簇蛋白(CLUS—HUMAN;SwissProt登錄號P10909)。在具體實施方案中，用于本發(fā)明的生物標記是載脂蛋白E(APE—HUMAN;SwissProt登錄號P02649);AMBP蛋白(AMBPHUMAN;SwissProt登錄號P02760);血漿視黃醇結合蛋白(RETB—HUMAN;SwissProt登錄號P02753);血清轉鐵蛋白前體(TRFE—HUMAN;SwissProt登錄號P02787);a-2-巨球蛋白前體(A2MG—HUMAN;SwissProt登錄號P01023);和富組氨酸糖蛋白前體(HRG—HUMAN;SwissProt登錄號P04196)。在具體實施方案中，用于本發(fā)明的生物標記是間-a-胰蛋白酶抑制因子重鏈H1前體(ITH1—HUMAN;SwissProt登錄號P19827);補體成分C9前體(C09—HUMAN;SwissProt登錄號P02748);血纖蛋白原a/a-E鏈前體(FIBA—HUMAN;SwissProt登錄號P02671-l);載脂蛋白C-III前體(APC3—HUMAN;SwissProt登錄號P02656);亮氨酸-富集a-2-糖蛋白前體(A2GL一HUMAN;SwissProt登錄號P02750);載脂蛋白E前體(APE—HUMAN;SwissProt登錄號P02649);胎球蛋白-B前體(FETB—HUMAN;SwissProt登錄號Q9UGM5);和補體C4前體(C04—HUMAN;SwissProt登錄號P01028)。在具體實施方案中，本發(fā)明涉及蛋白質組圖語的用途，所述蛋白質組圖語包括至少一種糖蛋白。在具體實施方案中，本發(fā)明涉及的在蛋白質組圖鐠中使用的糖蛋白選自下組唾液酸糖蛋白，甘露糖結合型糖蛋白，和O-聯(lián)糖蛋白。在具體實施方案中，本發(fā)明涉及檢測胎兒非整倍體，所述胎兒非整倍體是常染色體非整倍體。在還有一個實施方案中，本發(fā)明涉及檢測染色體13，18或21的三體。在具體實施方案中，本發(fā)明涉及檢測胎兒非整倍體，所述胎兒非整倍體是性染色體非整倍體。在還有一個實施方案中，本發(fā)明涉及檢測選自下組的非整倍體X染色體三體，X染色體單體，Kleinfelter綜合癥(XXY基因型)，和XYY綜合癥(XYY基因型)。表l、唐氏綜合癥中的候選母體血清生物標記，從最初感興趣的7個區(qū)域鑒定而來(圖2)。對2D斑點的凝膠內消化物進行串聯(lián)MS/MS分析，隨后利用OpenSea進行從頭測序和數(shù)據庫檢索，結果顯示，每種蛋白在這些區(qū)域內含量相對較多。表2、在鑒定的唐氏綜合癥中的候選母體血清生物標記。對2D斑點的凝膠內消化物進行串聯(lián)MS/MS分析，隨后利用OpenSea進行從頭測序和數(shù)據庫檢索，結果顯示，每種蛋白在這些區(qū)域內含量相對較多。表3、在鑒定的唐氏綜合癥中的候選羊水生物標記。對2D斑點的凝膠內消化物進行串聯(lián)MS/MS分析，隨后利用OpenSea進行從頭測序和凄丈據庫檢索，結果顯示，每種蛋白在這些區(qū)域內含量相對較多。表4、母體中優(yōu)選用于診斷胎兒唐氏綜合癥的血清生物標記和羊水生物標記。表5、唐氏綜合癥中的候選母體血清生物標記，從最初的目標區(qū)域鑒定而來(圖7)。用串聯(lián)MS/MS鑒定出特異性的候選生物標記。表6、唐氏綜合癥中的候選母體血清生物標記，從最初的目標區(qū)域鑒定而來(圖8-11)。用串聯(lián)MS/MS鑒定出特異性的候選生物標記。圖1、來自妊娠中期三個月對照和唐氏綜合癥樣品的母體血清的SELDI-TOF-MS分析。頂圖表示來自所有4個配對病例的對照匯集物。將感興趣的區(qū)域加框，示出潛在的峰，兩組之間此峰有差異表達。圖2、母體血清樣品(20昭蛋白)的2-D凝膠，所述樣品使用用100pmCus5(唐氏綜合癥)或Cy3(對照)標記的Agilent免疫親和柱進行了純化。在Typhoon94100掃描儀(AmershamBiosciences)中，600PMT電壓下掃描凝膠。利用Phoretic2DEvolution(nonlinearDynamics)進4亍圖4象;fl蓋。圖3、免疫-MALDI-TOF-MS分析。來自母體對照(藍色痕跡)和唐氏綜合癥(紅色痕跡)血清的經免疫沉淀的載脂蛋白的光語A)載脂蛋白Al、B)載脂蛋白A2、C)載脂蛋白E。圖D是獲自圖2的2DDIGE凝膠的插圖，在該凝膠中通過串連質"i普鑒定出多種載脂蛋白。圖4、檢測母體血清內的蛋白差異表達。2-Dwestern免疫印跡用人補體因子H抗體探測。A)對照血清妊娠中期三個月；B)唐氏綜合癥母體血清妊娠中期三個月。圖5、唐氏綜合癥中候選生物標記的蛋白序列從頭鑒定的示意圖。光譜代表屬于補體因子H的肽序列。圖6、唐氏綜合癥中候選生物標記的蛋白序列從頭鑒定的示意圖。對肽序列進行序列覆蓋作圖，鑒定出屬于補體因子H的序列。淺陰影肽是鑒定出的肽，深陰影代表這些氨基酸的潛在蛋白修飾。圖7、收集的差異性2-D液相層析組分的MS分析。A)利用ProteoVue軟件生成的2D-LC圖，x軸顯示來自CF的洗脫蛋白的pi,y軸顯示來自RP-HPLC的洗脫蛋白的保留時間，或疏水性。B)對照樣品的2D圖，以紅18色在左側示出，DS樣品的2D圖以綠色在右側示出。該圖的中心顯示這兩種樣品的差異圖(在B中獨立顯示)，其中看到的綠色條帶是在DS樣品中上調的蛋白，看到的紅色條帶是在對照樣品中上調的蛋白。圖8、熒光雙向凝膠圖像，說明在妊娠中期三個月對照(紅)和DS(綠)母體血清中總糖蛋白的差異表達。圖9、熒光雙向凝膠圖像，說明在妊娠中期三個月對照(紅)和DS(綠)母體血清中唾液酸(Sialic)-糖蛋白的差異表達。圖10、熒光雙向凝膠圖像，說明在妊娠中期三個月對照(紅)和DS(綠)母體血清中甘露糖結合型糖蛋白的差異表達。圖11、熒光雙向凝膠圖像，說明在妊娠中期三個月對照(紅)和DS(綠)母體血清中O-聯(lián)糖蛋白的差異表達。圖12、總糖蛋白胰蛋白酶消化產物的MALDI-TOF。對照(頂部)和唐氏綜合癥(底部)的母體血清。唐氏綜合癥中表達的肽的顯著差異性被框出。圖13、唾液酸糖蛋白胰蛋白酶消化產物的MALDI-TOF。對照(頂部)和唐氏綜合癥(底部)的母體血清。唐氏綜合癥中表達的肽的顯著差異性被框出。圖14、甘露糖結合型糖蛋白胰蛋白酶消化產物的MALDI-TOF。對照(頂部)和唐氏綜合癥(底部)的母體血清。唐氏綜合癥中表達的肽的顯著差異性被框出。圖15、O-聯(lián)糖蛋白胰蛋白酶消化產物的MALDI-TOF。對照(頂部)和唐氏綜合癥(底部)的母體血清。唐氏綜合癥中表達的肽的顯著差異性被框出。圖16、母體血清樣品(20jig蛋白)的2-D凝膠，所述樣品使用用100pmCus5(18三體)或Cy3(對照)標記的Agilent免疫親和柱進行了純化。在Typhoon94100掃描儀(AmershamBiosciences)中，600PMT電壓下掃描凝膠。利用Phoretic2DEvolution(nonlinearDynamics)進4亍圖i"象《隻蓋。圖17、母體血清樣品(20昭蛋白)的2-D凝膠，所述樣品使用用100pmCus5(13三體)或Cy3(對照)標記的Agilent免疫親和柱進行了純化。在Typhoon94100掃描儀(AmershamBiosciences)中，600PMT電壓下掃描凝膠。利用Phoretic2DEvolution(nonlinearDynamics)進4亍圖《象覆蓋。圖18、母體血清樣品(20昭蛋白)的2-D凝膠，所述樣品使用用100pmCusS(神經管缺陷)或Cy^對照)標記的Agilent免疫親和柱進行了純化。在Typhoon94100掃描儀(AmershamBiosciences)中，600PMT電壓下掃描凝膠。利用Phoretic2DEvolution(nonlinearDynamics)進4亍圖i象覆蓋。優(yōu)選實施方案的詳細描述A,M除非另外定義，在此所用的科技和科學術語具有與本發(fā)明所屬領域的普通技術人員通常所理解相同的含義。對于在本申請中所使用的許多術語，Singleton等,DictionaryofMicrobiologyandMolecularBiology第2版,J.Wiley&Sons(紐約，NY1994)給本領域技術人員提供全面的教導。術語"蛋白組(proteome)"用于此是描述在指定時間內，生物樣品中的蛋白的重要部分。蛋白組的概念從根本上區(qū)別于基因組?；蚪M實質上是靜止的，而蛋白組對內部和外部事件相應時，持續(xù)地發(fā)生改變。術語"蛋白質組圖譜(proteomicprofile)"用于此是指在指定時間內，生物樣品如生物液體中的大量蛋白的表達圖語的表示。蛋白質組圖語可以如被表示為質語，但也包括基于蛋白或其片段的任何物理化學或生物化學特征的其他表示方法。因此，蛋白質組圖譜可以例如基于蛋白的電泳特征的差別，這可通過雙向(two-dimensional)凝膠電泳例如2-DPAGE確定，而且可以被表示為例如雙向凝膠電泳中的大量斑點。另外，蛋白質組圖譜可以基于蛋白等電點和疏水性的差別，這可通過雙向液相層析確定，而且可以被表示為例如計算機生成的虛擬二維圖像。還可以將基于凝集素的親和純化與本文所述技術相結合來獲得蛋白質組圖譜，這樣的圖譜能突出顯示生物樣品中發(fā)現(xiàn)的各種蛋白的特異性糖基化特性。差別表達圖譜具有重要的診斷價值，即使缺乏特別鑒定的蛋白時也是如此。之后，單個蛋白斑點或層析洗脫液可以通過例如免疫印跡來4企測，多個斑點、洗脫液或蛋白可以用蛋白微陣列來鑒定。蛋白質組圖譜通常表示或含有信息，所述信息可以是從少數(shù)峰到表示50個或更多峰的復雜圖譜。因此，例如，蛋白質組圖譜可含有或表示至少2種，或至少3種，或至少4種，或至少5種，或至少6種，或至少7種，或至少8種，或至少9種，或至少10種，或至少15種，或至少20種，或至少25種，或至少30種，或至少35種，或至少40種，或至少45種，或至少50種蛋白等等。術語"獨特表達特征(uniqueexpressionsignature)"用于描述生物樣品(例如參比樣品或待測樣品)的蛋白質組圖譜中的獨特特征或基序，它們在統(tǒng)計學上顯著區(qū)別于相應正常生物樣品(從相同類型來源例如生物液體獲得)的蛋白質組圖譜。術語"正常蛋白質組圖譜"是指從與待測樣品類型相同的母體生物液體獲得的生物樣品的蛋白質組圖譜，所述母體生物液體從妊娠婦女荻得，該婦女所懷胎兒不具有非整倍體或其它染色體畸形。術語"參比蛋白質組圖譜"是指從與待測樣品類型相同的母體生物液體獲得的生物樣品的蛋白質組圖鐠，所述母體生物液體從懷有非整倍體胎兒的妊娠婦女獲得。"患者反應"可以用代表了對患者的益處的任何終點來評價，包括但不限于，(l)抑制(至少在一定程度抑制)病理性癥狀的進展，(2)預防病理性癥狀，(3)減輕(至少在一定程度減輕)一種或多種與病理性癥狀相關的癥狀；(4)延長治療后的存活時間；和/或(5)降低治療后指定時間點的死亡率。術語"治療"是指治療性治療和預防性或防止性措施，其目的在于阻止或減緩(減輕)所靶向的病理性癥狀或異常。需要治療的那些癥狀包括已經出現(xiàn)異常的那些以及傾向于發(fā)生異常的那些或需要防止異常的那些。"先天性畸形(congentialmalformation)"是指一種異常，它并非遺傳、但出生時就有。診斷分析的"靈敏度"或"診斷靈敏度"定義為，所述測試從已患有疾病的患者中發(fā)現(xiàn)該疾病的可能性，或者測試結果陽性的患病者的比例。在統(tǒng)計學術語中靈敏度=真陽性/(真陽性+假陰性)。術語"一或多"用于本文的蛋白質組圖譜、蛋白標記和獨特表達特征時，是指任意排列的一種、兩種、三種、四種、等等組內所列成員。因此，術語"一或多"包括任意兩種，任意三種，任意四種等的組內所列具體成員。當整個說明書和權利要求列出了具體的亞組時，沒有任何限制。應強調的是，術語"一或多"是以最寬泛的理解使用的，并用于指明任何在具有多個成員的組內的亞組。同樣，術語"至少2個"，"至少3個"，"至少4個"等覆蓋了具體組內的任意成員組合，條件是該組合內的成員總量是至少3個，至少3個，至少4個等。B.詳細描述本發(fā)明涉及用于根據母體生物液體的蛋白質組圖譜，早期、可靠和非侵入性地檢測胎兒唐氏綜合癥和其它染色體非整倍體的方法和裝置(means)。本發(fā)明利用本領域熟知的蛋白組技術，可參見例如下列教科書，其內容在此引入作參考ProteomeResearch:NewFrontiersinFunctionalGenomics(PrinciplesandPractice),M.R.Wilkins等，編輯，SpringerVerlag，1007;2-DProteomeAnalysisProtocols,AndrewLLink,編輯，HumanaPress,1999;ProteomeResearch:Two-DimensionalGelElectrophoresisandIdentificationMethods(PrinciplesandPractice),T.Rabilloud編輯，SpringerVerlag,2000;ProteomeResearch:MassSpectrometry(PrinciplesandPractice),P.James編輯,SpringerVerlag,2001;IntroductiontoProteomics,D.C.Liebler編輯，HumanaPress,2002;ProteomicsinPractice:ALaboratoryManualofProteomeAnalysis,R.Westermeier等,編輯，JohnWiley&Sons，2002。本領域技術人員將會認識到，許多與在此描述的那些類似或相當?shù)姆椒ê筒牧峡捎糜趯嵤┍景l(fā)明。實際上，本發(fā)明無論如何不限制于所描述的方法和材料。1.,定^務濕體^^^W蛋冷和/炎按照本發(fā)明，可以用各種本領域已知的方法來進行生物液體的蛋白組分析。通常，比較不同來源的樣品(例如正常生物液體(正常樣品)和待測生物液體(待測樣品))的蛋白模式(蛋白質組圖譜)，以檢測疾病中上調或下調的蛋白。然后，切取這些蛋白，采用例如肽質量指紋識別和/或質語分析和測序方法進行鑒定和完全表征，或者直接用正常的和/或疾病特異性的蛋白質組圖謙^^斷目標疾病，或者證實這種疾病的存在與否。在比較分析中，重要的是用完全相同的方式處理正常樣品和待測樣品，以恰當表示相對豐富的蛋白，獲得精確的結果。所需的總蛋白量取決于所用的分析技術，本領域技術人員可以很容易地確定。生物樣品中的蛋白通常根據其pl和分子量通過雙向凝膠電泳(2-DE)分離。蛋白首先根據其電荷用等電聚焦(一向凝膠電泳)分離。該步驟可以用例如可商購的固相pH-梯度(IPG)條帶(strip)來進行。第二向是常規(guī)SDS-PAGE分析，其用聚焦的IPG條帶作樣品。2-DE分離后，蛋白可用傳統(tǒng)染料例如考馬斯藍或者銀染色來觀察，并用已知技術和設備如Bio-RadGS800密度計和PDQUEST軟件(它們都可商購)成像。然后，從凝膠上切取單個的斑點，脫色，用胰蛋白酶消化。通過質i普(MS)分析所述肽混合物。比較分析的替代方法以及這多種方法的組合也可以在本發(fā)明的范圍內使用。例如，生物樣品中的蛋白可根據以下實施例II所述的其等電點和疏水性通過雙向液相層析分離。當然，層析分離可以不需要根據疏水性，因為本領域已知有廣泛多種分離材料，包括但不限于，能基于分子量、pH或特異性結合親和力如抗體-抗原相互作用進行分離的材料。另外，一旦完成了最初的分離步驟，可將存在于單獨斑點或洗脫樣品內的肽通過毛細管高壓液相層析(HPLC)來分離，并單獨或者匯集在一起進行MS分析。如實施例III所詳述，糖基化是真核細胞中重要的翻譯后蛋白修飾，因此分離和鑒定生物樣品糖基化狀態(tài)的系統(tǒng)可以作為發(fā)掘蛋白生物標記的寶貴工具?；谀氐挠H和純化是用于分離不同種類糖基化蛋白的可選方法，因為其能特異地且可逆地與糖蛋白中的聚糖部分相結合?？蓮拇郎y樣品中單獨分離出主要種類和類型的糖蛋白，且一旦分離，就可以用質譜法生成差異性的糖基化圖語，以便對對照和疾病進行比較。如下文所述，本領域已知廣泛多種凝集素及其特性。這些凝集素中的一種或多種，以及這些和其它凝集素的任何可能的排列組合，都可在本發(fā)明實踐中使用。已知甘露糖結合型凝集素包括但不限于來自伴刀豆(Ca朋va/7ae"w/om^)的伴刀豆球蛋白A,其結合支鏈a-甘露糖結構，高甘露糖型，以及雜合型和雙天線復合體型N-聚糖；來自兵豆(丄eracM"wan;y)的兵豆凝集素，其結合雙天線-和三-天線復合體型N-聚糖的巖藻糖核心區(qū)；和來自雪花蓮fU"/朋A^w'v"/^的雪花蓮凝集素，其結合a1-3和a1-6聯(lián)高甘露糖結構。半乳糖/N-乙酰半乳糖胺結合型凝集素包括但不限于來自蓖麻的蓖麻凝集素(RCA，)，其結合Gal(31-4GlcNAc(31-R;來自花生(^rac/^/7，ogae")的花生凝集素，其結合Gal(31-3GalNAccd-Ser/Thr(T-抗原)；來自術菠蘿(Jrtocarpw/"tegn/o/Za)的菠蘿蜜凝集素，其結合(Sia)Gal卩l(xiāng)-3GalNAcal-Ser/Thr(T-抗原)；和來自毛苕子(Wc/av/〃asa)的毛苕子凝集素，其結合GalNAca-Ser/Thr(Tn-抗原)。唾液酸/N-乙酰葡糖胺結合型凝集素包括但不限于來自麥胚(7VWcMmvw/gan》的麥胚凝集素，其結合GlcNAcp1-4GlcNAc(31-4GlcNAc，和Neu5Ac(唾液酸)；來自4妻骨木花(&w^MCM剛'gra)的接骨木凝集素，其結合Neu5Aca2-6Gal(NAc)-R;來自山斗鬼(i^""ch'""wweraz;f)的山槐凝集素，其結合Neu5Ac/Gca2-3Gal卩l(xiāng)-4GlcNAc卩l(xiāng)-R。巖藻糖結合型凝集素包括但不限于來自荊豆(Wexewro;aeM力的荊豆凝集素，其結合Fucal々Gal-R;來自橙黃網孢盤菌(」/wn'"，raw"a)的橙黃網孢盤菌凝集素，其結合Fucal-2Gal(31陽4(F職l-3/4)Gal卩l(xiāng)-4GlcNAc,和R2畫GlcNAc(31隱4(F職l-6)GlcNAc-Rl。質譜分析儀由離子源、質量分析器、離子檢測器，和數(shù)據獲取單元組成。首先，在離子源中使肽離子化。然后，在質量分析器中按照其質量與電荷的比例，分離所述離子化的肽，檢測分離的離子。質語分析被廣泛地應用于蛋白分析，特別是從發(fā)明了基質輔助的激光吸附電離/飛行時間(MALDI-TOF)和電子噴射電離(ESI)方法以來。有多種版本的質量分析器，包括，例如MALDI-TOF和三極或四極-TOF，或偶聯(lián)到ESI上的離子捕獲質量分析器。因此，例如Q-Tof-2質譜儀采用一種正交的飛行時間分析器，該分析器使得可以在整個質語范圍內同時檢測離子。進一步的詳細描述，參見例如Chemusevich等，/Ma^36:849-865(2001)。如果需要，肽片段和甚至該片段所來源的蛋白的氨基酸序列可以通過本領域已知的技術例如質譜法的某種改變形式或Edman降解來確定。從質譜^:據確定分子序列的方法公開在2004年2月27日申請、待審的No.10/789,424中，其全部公開在此引入作為參考。該方法包括從頭(tfe"ow)測序和數(shù)據庫檢索，還可用于鑒定序列變化和未知蛋白，其不是完整序列但與序列數(shù)據庫中序列有高度序列同源性。2.染逸##整倍#染色體畸形是圍產期發(fā)病率和死亡率的頻繁誘因。在200名活出生兒中，染色體畸形的發(fā)生率為l。這種畸形的重要原因是染色體非整倍體，從雙親遺傳得到異常數(shù)量的染色體。最常見的染色體非整倍體之一是21三體(唐氏綜合癥)，在800名活出生兒中有1名患有該病(HookEB,HamertonJL:Thefrequencyofchromosomeabnormalitiesdetectedinconsecutivenewbornstudies:Differencesbetweenstudies:Resultsbysexandbyseverityofphenotypicinvolvement.InHookEB，PorterIH(編輯)PopulationCytogenetics,第63-79頁.紐約，AcademicPress,1978)。21三體的最主要危險因素是母體年齡超過35歲，但是80%患21三體的兒童是由年齡小于35歲的婦女生育的。其他常見的非整倍體癥狀包括13三體和18、Turner綜合癥和Klinefelter綜合癥。3.^/^:參濕體的蛋冷,jg^潘成'^參濕沐##定的蘭參標記,錄應乂乙本發(fā)明提供用于通過蛋白組分析生物液體，診斷胎兒染色體非整倍體的早期、可靠和非侵入性的方法，生物液體例如妊娠女性的羊水、血清、血漿、尿液、腦脊髓、乳汁、粘液或唾液。如前面指出，在本發(fā)明的內容中，所用的術語"蛋白質組圖語"是指在指定時間，生物樣品如生物液體中的大量蛋白的表達圖譜的表達特征。蛋白質組圖譜可以例如被表示為質譜，但是還包括基于蛋白的任何物理化學或生物化學特征的其他表示方法。雖然，有可能鑒定和測序在生物液體的蛋白組中存在的蛋白的全部或一些，但對于按照本發(fā)明產生的蛋白質組圖鐠的診斷用途來說是不必要的。當存在將要被診斷的染色體非整倍體諸如胎兒唐氏綜合癥時，診斷可以基于正常的蛋白質組圖i普和從相同條件下獲得的同樣的生物液體的蛋白質組圖譜之間的特征性差異(獨特的表達特征)。獨特的表達特征可以是在待測生物樣品或參比生物樣品的蛋白質組圖i普中的任何獨特的特征或基序，其在統(tǒng)計學上顯著區(qū)別于從相同類型來源獲得的相應正常生物樣品的蛋白質組圖譜。例如，如果蛋白質組圖譜以質譜的方式表示，獨特的表達特征通常是峰或者多個峰的組合，在數(shù)量和質量上區(qū)別于相應的正常樣品的質譜。因此，質語中出現(xiàn)新峰或者新峰的組合，或者質譜中所存在的峰或者所存在的峰的組合的振幅或形狀的統(tǒng)計學上的顯著改變，被認為是獨特的表達特征。當將從妊娠雌性受試者獲得的待測樣品的蛋白質組圖譜與包含染色體非整倍體的獨特表達特征的參比樣品的蛋白質組圖語相比時，如果待測樣品與參比樣品共有獨特的表達特征，則診斷該胎兒患有這種染色體非整倍體。特定的染色體非整倍體，如胎兒唐氏綜合癥，可以通過將從將被檢測的母體受試者獲得的生物液體的蛋白質組圖譜與相同種類的并用相同方式獲得和處理的正常生物液體的蛋白質組圖譜比較來診斷。如果待測樣品的蛋白質組圖譜與正常樣品的蛋白質組圖譜基本上相同，該胎兒被認為未患有所檢測的染色體非整倍體。如果待測樣品的蛋白質組圖語相對于正常樣品的蛋白質組圖譜具有獨特的表達特征，該胎兒被診斷為患有染色體非整倍體。可替代地或另外地，可將待測樣品的蛋白質組圖譜與參比樣品的蛋白質組圖譜比較，該參比樣品從被獨立地診斷為患有所談論的癥狀的妊娠雌性的生物液體中獲得。在這種情況下，如果待測樣品與參比樣品的蛋白質組圖語共有至少一種特征或者表示獨特表達特征的組合，則該胎兒被診斷為患有病理性的癥狀。在本發(fā)明的方法中，正常生物樣品的蛋白質組圖譜具有重要的診斷作用。如上所討論，如果待測樣品的蛋白質組圖語與正常生物樣品的蛋白質組圖譜實質上相同，則該胎兒被診斷為未患有指定的染色體非整倍體。對數(shù)據進行分析，從而確定差別是否具有統(tǒng)計學顯著性。在分析前，用常規(guī)的蛋白分離方法，去除以實質上相同表達水平存在于正常的和患病蛋白組中的蛋白(共同蛋白，例如清蛋白和免疫球蛋白)，可以提高本發(fā)明的診斷方法的靈敏度。去除這類并非獨特表達特征部分的共同蛋白，可導致靈敏度和診斷精確度提高。可替代地或另外地，在計算分析結果的過程中，可以消除共同蛋白的表達特征(或者去除信號)，通常采用光譜選擇算法，其按照相應原理獲得診斷結果。在下面實施例中詳述的結果顯示出非整倍體特征性的蛋白質組圖谫，其在統(tǒng)計學上顯著地區(qū)別于正常母體血清或羊水的蛋白質組圖語。此外，實施例和附圖鑒定出了多個生物標記，生物標記組，和非整倍體的獨特表達特征。比較蛋白質組圖譜的統(tǒng)計學方法在本領域是公知的。例如，在質譜的情形下，蛋白質組圖譜被定義為光譜水平軸上的關鍵質量/電荷(M/Z)位置上的峰振幅值。因此，特征性蛋白質組圖譜可以用由給定M/Z值上的光譜振幅的組合形成的模式來表征。通過用合適的算法，比較待測樣品的蛋白質組圖譜(模式)與參比或正常樣品的蛋白質組圖譜(模式)，來確定特征性表達特征存在與否，或者兩種圖譜是否基本上相同。公開了用于分析蛋白質組圖譜的統(tǒng)計學方法，例如在PetricoinIII,等，77ze丄朋ce。59:572-77(2002).;Issaq等，5/oc/zezw5/op/z;^sCo附ww"292:587-92(2002);Ball等，5z.o/"ybrma"cs18:395-404(2002);和Li等，C"m'ca/C7zem^^yJowtw/,48:1296-1304(2002)中。26在具體實施方案中，將從母親獲得的樣品應用于蛋白芯片，通過質譜分析生成蛋白組模式。如上所述，用合適的生物信息軟件分析光譜中的峰的模式。下面實施例中所呈現(xiàn)的數(shù)據提供了胎兒非整倍體的多種獨特的表達特征。例如，如圖所示，正常母體血清和當胎兒患有非整倍體時的母體血清，它們的質譜在約125-150kD(區(qū)域1),約60-68kDa(區(qū)域2)，約50-55kDa(區(qū)域3),約40-45kDa(區(qū)域4),約38-42kDa(區(qū)域5),約16-20kDa(區(qū)域6),和約35-35kDa(區(qū)域7)的分子量范圍內具有特征性差異。在羊水中，特征性表達特征在約6-7kDa和/或8-10kDa的分子量范圍內。因此，可以用整個質譜，或一或多個各自表示獨特表達特征的所列區(qū)域，以及母體血清，來診斷胎兒非整倍體。另外，含有任意組合的所述表達特征或區(qū)域1-7中的一或多個區(qū)域的質譜，可以作為胎兒非整倍體診斷方法中的陽性對照。另外，或可替代地，診斷非整倍體的方法可以包括檢測在懷有患非整倍體病的胎兒的雌性的生物液體(簡稱"非整倍體生物液體")內差異表達的一種或多種蛋白，或所述差異表達蛋白的片段。差異表達包括過表達和表達不足，條件是在非整倍體的生物液體內的蛋白表達水平相比相同類型的正常的生物液體的表達水平存在特征性差異。適于用母體血清檢測胎兒非整倍體的生物標記列于表1,2,和5-6中。適于用母體羊水檢測胎兒非整倍體的生物標記列于表3中。分別在母體血清和羊水中存在的優(yōu)選生物標記列于表4中。診斷試驗可以基于，或者利用列于表1-6中的一種或多種多肽作為試驗的一部分。在具體實施方案中，列于表1-6中的1-20，或1-15,或1-20，或1-15或1-10,或1-9,或1-8，或1-7,或1-6，或1-5,或1-4,或1-3,或1或2種生物標記被單獨使用或與其它非整倍體生物標記組合使用，或者與一種或多種非整倍體的獨特表達特征一起使用。生物標記的潛在組合實例包括下述補體因子H和妊娠區(qū)帶蛋白；補體因子H和afamin;妊娠區(qū)帶蛋白和a-2-hs-糖蛋白；補體因子H,血管緊張肽原，和簇蛋白；載脂蛋白，AMBP蛋白，和血漿視黃醇結合蛋白；補體因子H,afamin，血管緊張肽原，和簇蛋白；補體因子H,afamin，色素上皮衍生因子，血清淀粉樣蛋白A,血管緊張肽原，和簇蛋白；載脂蛋白E,AMBP蛋白，血漿視黃醇結合蛋白，血清轉鐵蛋白前體，ot-2-巨球蛋白前體，和富組氨酸糖蛋白前體；間-a-胰蛋白酶抑制因子重鏈HI前體，補體成分C9前體，血纖蛋白原a/a-E鏈前體，載脂蛋白C-III前體，富亮氨酸a-2-糖蛋白前體，載脂蛋白E前體，胎球蛋白-B前體，和補體C4前體。但應指出，本發(fā)明并不限于這些實例，而且所有可能的組合的排列都能用于本發(fā)明。如上所述，不同生物標記和/或特征性表達特征的組合可能會顯著地改善診斷精確度。例如，通常單獨的生物標記可以一企測發(fā)生的約30%-80%的胎兒非整倍體，如唐氏綜合癥。利用組合或生物標記和/或特征性表達特征，診斷的精確性可以達到至少約80%，更優(yōu)選至少約85%,甚至更優(yōu)選至少約90%，甚至更優(yōu)選至少約95%,最優(yōu)選至少約98%。通過獨特的生物路徑來獨立起作用的生物標記組合是特別有優(yōu)勢的，因為預計這種組合能顯著地增加診斷靈敏度。以基本相同的檢測速度將本發(fā)明的診斷方法同樣地應用于妊娠頭三個月和妊娠中期三個月。雖然在單獨使用時本發(fā)明的篩選方法具有驚人的檢測速度和精確度，但它們還可以與現(xiàn)有的篩選技術組合來檢測胎兒非整倍體。因此，本文的診斷方法可以與一種或多種已知的生物標記組合，比如在唐氏綜合癥或18三體情形下，與血清生物標記PAPP-A,曱胎蛋白(AFP),人絨毛膜促性腺激素(PhCG)，非偶聯(lián)雌三醇(uE3),和抑制素A中的一種或多種的組合。具體地說，本篩選技術可以與利用PAPP-A和phCG作為獨立生物標記的檢測進行組合，或者與基于AFP、phCG和uE3的三標記血清檢測進行組合，尤其當在妊娠中期三個月進行篩選時更是如此。所述檢測可以另外地或者可替代地包括抑制素-A。可與本文所述的診斷方法聯(lián)合來鑒定其它非整倍體的標記為本領i或所熟知。本文的篩選分析可以進一步組合或補充臨床或實驗室檢測胎兒非整倍體的其它技術，包括經腹超聲和經半透明帶超聲等超聲影像技術；各種用于檢測染色體畸形的技術；和頸項半透明帶(NT)測定。4.蛋^和祐#^/{/上面討論的診斷分析可以采用蛋白陣列來進行。近年來，蛋白陣列被公認是檢測蛋白、監(jiān)控蛋白表達水平，和研究蛋白相互作用和功能的有力手段。采用自動化手段，可以同時進行大量檢測，進行高通量的蛋白分析。在最早開發(fā)用于DNA陣列的微陣列或芯片形式中，可以用最少材料進行這種檢測，而獲得大量數(shù)據。雖然，如上所述通過2D凝膠電泳，2D液相層析，和質譜進行蛋白組分析是非常有效的，但是并不總是產生所需的高靈敏度，并且會丟失許多以低豐度表達的蛋白。蛋白微陣列除了其高效率外，還提供了改進的靈敏度。蛋白陣列是用各種本領域熟知的共價和非共價的連接化學方法，通過將蛋白固定在固體表面上形成的，所述固體表面例如玻璃、硅片、微孔板，硝酸纖維素，PVDF膜，和微珠。固體支持物在進行偶聯(lián)操作前后應當是化學穩(wěn)定的，允許獲得良好的斑點形態(tài)，顯示最少的非特異結合，不在檢測系統(tǒng)中產生背景，并且與不同檢測系統(tǒng)相容?？傊鞍孜㈥嚵胁捎门c通常用于讀取DNA陣列相同的檢測方法。類似地，將與用于讀取DNA陣列相同的儀器應用于蛋白陣列。因此，捕獲陣列(例如抗體陣列)可用熒光標記的來自兩種不同來源(例如來自正常的或患病的生物液體)的蛋白來探查。在這種情形下，讀數(shù)是基于熒光信號的改變，反應目標蛋白的表達水平的改變?？商娲淖x數(shù)包括，但不限于熒光共振能量轉移、表面等離子體共振、滾環(huán)(rollingcircle)DNA擴增、質語分析、共振光散射，和原子場顯微鏡檢(atomicforcemicroscopy)。進一步詳細描述參見，例如ZhouH，等，7>eA歷o,ec/wo/.19:S34-9(2001);Zhu等，Cwre"/(9;9/w.C7zem.所o/.5:40-45-(2001);Wilson和Nock,血，C/z，/"/W42:494-500(2003);以及Schweitzer和Kingsmore,Cm〃Qp/"5/Wec/wo/13:14-9(2002)。生物分子陣列還被公開在美國專利6,406,921，2002年6月18日出版，其全部內容引入作為參考。根據如下非限制性實施例，本發(fā)明的其他詳細內容將是顯而易見的。實施例I鑒定母體血清和羊水樣品中的蛋白和多肽才才#+禾口方法評價的母體血清和羊水樣品(與孕齡匹配)。_對照_唐氏綜合癥妊娠頭三個月2525妊娠中期三個月2525入清中吝羊if冷的i^清,利用Agilent多元親和體系，清除了人血清中的6種主要蛋白(清蛋白，IgG，IgA,抗胰蛋白酶，運鐵蛋白，和觸珠蛋白)。該多元親和柱是基于抗體-抗原相互作用，并對用于樣品上樣、洗滌，洗脫和再生的援沖液進^f亍了優(yōu)化。該柱從人血清中除去了6種高豐度蛋白(總蛋白重量的80-90%)，如清蛋白，IgG,IgA,抗胰蛋白酶，運鐵蛋白，和觸珠蛋白，從而可以將低豐度蛋白富集起來用于蛋白組分析。人血清(40pl)用Agilent緩沖液A稀釋5倍(35ji1血清用180^1緩沖液A稀釋)。用0.22pm自旋過濾器以16，000xg,1分鐘將顆粒過濾掉。將160^1稀釋血清注入連接著WatersHPLC體系的Agilent免疫親和層析柱(4.6x100mm),所述WatersHPLC體系裝備有自動進樣器，UV探測器，和組分收集器。流速設置為前IO分鐘時按照0.5ml/分鐘使用0%B，10-17分鐘時按照lml/分鐘使用100%B，17-28分鐘時按照lml/分鐘使用0%B。收集4氐豐度流通組分2-5，用5000MWCO過濾器濃縮，并將緩沖液換成10mMTris，pH8.4。蛋白濃度利用Bio-RadDC蛋白分析試劑盒測定。處^如上所述，用Agilent免疫親和柱去除來自血清的高豐度蛋白(l-3mg)。然后，將血清蛋白(20-50嗎)以100-400pm染料/20-50嗎蛋白的濃度用CyDyeDIGEFluorminimaldye(AmershamBiosciences)標記。用不同染料(Cy5，Cy3，和Cy2)標記對照或一企測或參照血清樣品。將標記的蛋白用丙酮沉淀純化，溶于IEF緩沖液，經室溫12小時而再水合到24或13-cmIPG條帶(pH4-7)上。之后，將IPG條帶在65-70kVhrs進行l(wèi)-向電泳。然后在15分鐘內將IPG條帶先后用DTT平衡緩沖液I和IAA平衡緩沖液II平衡，再進行第二向SDS-PAGE分析。然后將IPG條帶加載到8-16%SDS-PAGE凝膠上，在80-90V電泳18小時，從而在第二向(dimension)中分辯出蛋白。在第二向后，凝膠用合適激光器和過濾器，以550-600伏PMT,在Typhoon9400掃描儀(Amersham)中掃描。利用選定的顏色來覆蓋不同通道(對照和檢觀'J)中的圖像，利用ImageQaunt軟件(AmershamBiosciences)對差異進行監(jiān)測。利用Evolution軟件(NonlinearDynamics)對凝月交圖像進4亍定量。進行蛋白鑒定時，血清蛋白(500g-1500嗎)不經標記就實施2-DGE。將凝膠用考馬斯藍R-250染色，并成像。從凝膠上切取單個的斑點，脫色，在凝膠內用胰蛋白酶37。C消化24小時。肽用0.1。/oTFA提取，并用Millipore的ZipTipcl8移液管尖頭進行純化。50-100|ig血清蛋白在4-20%SDS-PAGE上200V電泳60分鐘，經90mA75分鐘轉移到PVDF膜上。該膜用5%乳-PBST室溫封閉45分鐘，用1pg/ml第一抗體(SantaCruzandDako)4。C孵育過夜。用TBST洗滌3次后，該膜用IgG-HRP第二抗體(Sigma)室溫孵育卯分鐘，用ECL(Pierce)觀察。免疫沉淀中，將20嗎第一抗體與600(ig血清蛋白混合，4。C孵育過夜。然后加入15(^1蛋白G-Sepharose珠，室溫搖床孵育60分鐘。將所述珠用IP緩沖液洗滌6次，之后進^于洗ft和PAGE。母沐A清的孤D/-r(9F為Vi將來自羊水和血清樣品的總共0.5-3.0嗎蛋白點樣到常相NP20(SiO2表面)、反相H4(疏水表面C-16(長鏈脂肪族)，或固定相鎳(IMAC)SELDIProteinChip⑧芯片(CiphergenBiosystems，Inc.,Fremont,CA)上。室溫孵育1小時后，用5^1水洗NP1和H4芯片，去除未被結合的蛋白和干擾物質(即緩沖液、鹽、表面活性劑)。在空氣中干燥2-3分鐘后，加入兩份0.5pl的溶于50。/。乙腈(v/v)、0.5%三氟乙酸(v/v)的飽和芥子酸溶液，在CiphergenProteinBiologySystemII(PBSII)中，用飛行時間質譜儀(time-of-flightmassspectrometry)進行質量分析。ICAT是最近發(fā)展起來的一種補充技術，它通過為對照和患病樣品中差異表達的蛋白提供蛋白鑒定和量化數(shù)據來克服2DGE的一些局限性。ICAT肽標記技術利用具有不同同位素組成的反應探針來區(qū)分兩群蛋白。使用可從AppliedBiosystems商購的可切除的ICAT試劑，該試劑由蛋白-反應基團(碘乙酰胺)，"C或13C同位素標記的連接區(qū)，和親和(生物素)標簽組成，所述蛋白-反應基團可將蛋白上的游離半胱氨酸烷基化，從而選擇性地分離含半胱氨酸的肽。對照樣品和患病樣品分別用輕fC)或重("C)同位素ICAT試劑處理。然后將標記的蛋白混合物混和，用蛋白酶水解。接著，利用固相單體抗生物素蛋白對生物素化肽進行親和捕捉，以此分離出標記的肽。然后，將標記肽上的生物素標記切除，利用納級液相層析結合電噴射離子化串聯(lián)質譜(LC-ESIMS/MS)對該肽進行分析。獲得的MS和MS/MS譜用MCAT軟件(Waters)分析，確定對照樣品和患病樣品中成對標記肽的相對豐度，在蛋白序列大數(shù)據庫中檢索以鑒定出該蛋白。所述對照作內參，使用于比較分析的蛋白豐度水平標準化。豐度比率的增加或降低可提供有關上調或下調的信息。蛋白鑒定炎拔來桌和為Vvf用胰蛋白酶在凝膠內消化后，在連接到WatersCapLC上的Waters雜交四極飛行時間質譜儀(Q-Tof-2)中分析樣品。Q-Tof-2裝備了常規(guī)的Z-噴霧或納米噴霧源，并且連4妻到Integrafrit或NanoeaseC1875{imIDx15cmx3.5(im融合硅毛細管柱上。該儀器由安裝了WindowsNT和MassLynx4.0軟件的Compaq工作站控制，并在該工作站獲取數(shù)據。Q-Tof-2用從相連的CapLC中直接灌入或注入的Glul血纖維蛋白肽(Fibrinopeptide)B校準。用MS/MSMS測量方法(surveymethod)來獲取MS/MSMS語。MS測量中掃描400-1500Da,MS/MS中掃描50-1900Da。在安裝了Windows2000和ProteinLynxGlobalServerv2.1(PLGS)以及PEAKS從頭測序算法和我們獨有的OpenSea軟件vl.l(Searle等，AnalyticalChemistry76:2220-2230(2004))的PC上進行原始數(shù)據分析。利用PLGSv2.1軟件(Waters)對串聯(lián)質譜(MS/MS)進行自動分析。處理參數(shù)在不扣除任何背景的情況下中速或慢速脫去同位素。處理后，利用具有數(shù)據檢索和自動改造(automod)的工作流程(workflow)，在無冗余的國際蛋白索引(IPI)人類數(shù)據庫(20)中檢索無同位素的MS/MS譜。在該工作流程中，固定修飾是脲基曱基(carbamidomethyl)C,可變修飾是氧化M和磷酸化STY。在檢索數(shù)據庫后，利用非特異性初級消化劑進行自動改造查詢，以便檢索到所有可能的修飾和取代。32OpenSeamass-basedalignmentalgorithmvl.l通過將用PEAKS乂人戶斤述凄t據衍生的序列與數(shù)據庫中的蛋白序列從頭比對，從多個肽的MS/MS數(shù)據中鑒定蛋白。OpenSea將所有的氨基酸字符轉換成一組質量，這些質量利用動態(tài)編程法進行比較。矛J用PeaksBatchVersion2.2(Ma等，AneffectivealgorithmforthepeptidedenovosequencingfromMS/MSspectrum,in14thSymposiumofCombinatorialPatternMatching,2003;Nelson等，AnalyticalChemistry67:1153-8(1995))(BioinformaticsSolutionsInc.,Waterloo,ON,Canada),以0.1AMU的質量精度，對所有Q-TOFMS/MS譜進行從頭測序。Peaks報告了完整氨基酸序列，其中不含未知質量區(qū)域，但給該序列中每個氨基酸分配一個置信值。將氨基酸置信值低于50%的序列區(qū)域，用這些氨基酸的組合質量來取代。如果整個序列的平均置信度低于50%，僅將置信度低于平均置信度的氨基酸組合。所有序列利用單同位素質量用OpenSea進行分析，以便算出假想的父本和片段質量，并且與0.25AMU的質量精度相匹配。所有樣品都在無冗余的國際蛋白索引(IPI)人類數(shù)據庫中進行檢索。用于鑒定蛋白的參數(shù)如下l)將蛋白描述中包括一串"角蛋白"的任何數(shù)據庫匹配排除；2)每種蛋白用PLGSv2.1和OpenSeavl.l算得的出現(xiàn)可能性都應該大于95%;和3)每種蛋白應該具有兩種或多種肽。用于檢測生物標記的基于質諶的免疫親和分析利用2-DGEDIGE實驗鑒定的，在母體對照和唐氏綜合癥血清中差異表達的蛋白生物標記適合開發(fā)基于蛋白圖語的高通量篩選體系，以便用于檢測胎兒唐氏綜合癥。單個蛋白生物標記是通過免疫親和純化而從母體血清中獲得的，并通過基質輔助的激光吸附/電離飛行時間質谞(MALDI-TOFMS)進行分析。岸品參^^記^^沉/定為V^f以700xg離心血清樣品15分鐘，沉淀血細胞。將上清液儲存在-80。C。每份血清樣品(對于每種生物標記耙而言最多取50iiL)都用結合緩沖液稀釋，并與經50嗎偶聯(lián)抗體衍生的免疫親和珠(Pierce;Rockford,IL)孵育。利用低pH的離液緩沖液將唐氏綜合癥靶蛋白從免疫親和珠中洗脫出來。利用ZipTipC4移液管尖頭(Millipore;Billerica，MA)將洗脫液脫鹽和濃縮，直接點至(與芥子酸基質一起)疏水/親水對比MALDI-TOFMS革巴標(AnchorChipMTPtargetplate,BrukerDaltonics;Billerica,MA)上。AnchorChip靶標促進樣品平均分布和晶體化，獲得更高靈壽丈度的MALDI-MS語，更少地依賴于手動的"最佳點"檢索，從而使得分析更趨近于高通量自動模式。MILD/-7UFMS為Vf洗脫的完整蛋白生物標記的MALDI-TOFMS分析是在AutoflexMALDI陽TOF-MS質譜儀(BrukerDaltonics;Billerica,MA)上進行的。AutoflexMALDI-TOF-MS的分辨率規(guī)格(細胞色素c的分辨率=1000,12361Da,Rs=m/Am(FWHM))可以對蛋白同工型和修飾進行檢測。例如，Nelson和同事能夠分辨出質量僅差53Da的同工型載脂蛋白E(ApoE2和ApoE3同工型分別為34,236.6和34,183.6Da)(228A.T.B.n,Afa&r"a/screem>g./"爿COG1996WashingtonD.C.:AmericanCollegeofObstreticiansandGynecologists)。該MALDI-MS以線性延時提取模式進行操作，具有陽性極性(positivepolarity),以便檢測大的多肽和蛋白(>m/z5000)。利用減弱的可調50-Hz氮激光(337nm)、按100-200次照射Ai普，來獲得質譜。考慮到適當?shù)男旁氡?，根據目標生物標記靶標特異性的強度水平將多個質鐠組合。所用BrukerMALDI-TOF質譜儀在線性檢測模式下的質量準確度(用于檢測較高質量肽/蛋白>m/z5000)為<100ppm,其利用了內部校準(細胞色素c,m/z12,361)。外部校準利用BrukerMTPAnchorChipTM靶標平板上的每組4個樣品孔間的校準錨(anchor)來進行的。來自對照和唐氏綜合癥樣品的所得MALDI-MS生物標記離子信號的處理后分析是利用ClinProTools軟件(BrukerDaltonics;Billerica,MA)進行的。結果A)1^/^)/-7^尸者滲分浙蛋^逸#，乂乂而^^測唐^祭合癥。為了分別鑒定代表對照和唐氏綜合癥的蛋白圖譜，首先如方法中所述，利用Agilent免疫親和柱去除主要的豐度蛋白，以便將低分子量蛋白富集在血清內。利用四種不同的表面化學強化捕獲方案(CiphergenProteinChipArrays),在SELDI-TOF上分析1-2嗎富集蛋白樣品的分布。利用BiomarkerWizard(Ciphergen，Inc.)進行數(shù)據分析，揭示出在對照和唐氏綜合癥血清中有區(qū)別的峰(圖1)。在MALDI-TOF(AutoflexTOF-TOF,BrukerDaltonics)上對樣品子集進行進一步的評價(Kersey等，Proteomics4:1985-1988(2004))，并用Clinprot軟件(BrukerDaltonics)對該數(shù)據進行分析。該方法也揭示出，在唐氏綜合癥樣品中有少量的不同峰。這些結果說明，唐氏綜合癥母體血清中，在低分子量范圍內的潛在差異可以通過SELDI/MALDI圖譜來測定。利用唐氏綜合癥特有的這些圖譜進行的靈敏而特異的試驗可以開發(fā)成專有的(proprietary)高通量篩選試驗。B)炎龍2-DG￡。將按方法章節(jié)所述制備的成對(對照和唐氏綜合癥)母體血清樣品用熒光染料(Cy5,Cy3和Cy2)標記，在2-D凝膠中分辯。ProteoGenix利用2-D凝膠和半定量方法(2-D圖語)開發(fā)了專有的高通量試驗用于篩選大量樣品，其利用了固定內參(母體血清匯集物)，該內參與對照和唐氏綜合癥樣品一起在所有凝膠中進行分辯。如圖1所示，妊娠中期三個月母體血清樣品顯示，在對照和唐氏綜合癥病例之間有明顯差異，而妊娠頭三個月和妊娠中期三個月圖譜有顯著相似性。對強度比進行定量(Phoretics軟件，ImageQuant軟件，SAS分析)，結果表明，主要目標區(qū)域l-7(圖2,高至低分子量)顯示約40-80%的靈敏度。在這種成對模式中，兩個或多個區(qū)域的組合能夠將所有唐氏綜合癥病例與對照區(qū)別開。為鑒定這些目標區(qū)域中的潛在蛋白，使用了來自妊娠頭三個月和妊娠中期三個月的三對血清樣品的制備型2-D凝膠(l-2mg純化蛋白)。將來自目標區(qū)域的斑點(圖2,圓圏區(qū)域)穿孔，并用胰蛋白酶消化，用LC/MS/MS(Q-TOF2)分析。利用專有的蛋白組軟件(OpenSea)進行蛋白鑒定和數(shù)據分析。每個目標區(qū)域都代表2-3種蛋白(表1)。顯示在目標區(qū)域內的蛋白對于妊娠頭三個月和妊娠中期三個月血清樣品都是一樣的。未顯示在區(qū)域l-7內、但在母體血清中差異表達的蛋白列在表2中。成對(對照和唐氏綜合癥)羊水樣品如上所述用熒光染料(Cy5,Cy3和Cy2)分析，并在2-D凝膠中進行分辯。差異表達的蛋白用從頭測序方法鑒定，列于表3中。示于2D熒光凝膠中的相對定量差異可以用Western印跡測量。例如，抗區(qū)域1中主要表達的蛋白(補體因子H)的抗體被用于探測與該2D熒光凝膠具有相似分辨結果的母體血清2Dwestern印跡。如圖4所示，相比對照母體血清，在唐氏綜合癥中補體因子H的表達水平更高。這說明鑒定的蛋白生物標記可以用在標準量化免疫分析中，以檢測母體血清內的胎兒唐氏綜合癥。圖5是唐氏綜合癥中候選生物標記的蛋白序列從頭鑒定的示意圖。具體地說，該圖顯示了代表屬于補體因子H的肽序列的語。圖6是唐氏綜合癥中候選生物標記的蛋白序列從頭鑒定的另一示意圖。該圖顯示了被鑒定屬于補體因子H的肽序列的序列覆蓋圖。較淺陰影指示了在多肽序列內鑒定的肽，用較深陰影標記的氨基酸殘基是在指示位置的潛在蛋白修飾。矛發(fā)^ig-M4ZX)/f溯0t^:參標記前文所述焚光2-D凝膠分析和蛋白鑒定揭示，在妊娠頭三個月和妊娠中期三個月母體血清樣品中均存在大量的潛在生物標記。免疫-MALDI分析平臺提供了一種用于多分析物分析的空前機會。這種分析平臺的另一主要優(yōu)勢在于，能捕捉疾病特異性同工型。開發(fā)精確的ELISA來測定這些蛋白水解片段或蛋白修飾是很困難的。本實施例顯示了利用免疫-MALDI技術開發(fā)高通量分析用于檢測唐氏綜合癥的可行性。已經開發(fā)免疫-MALDI分析來鑒定在區(qū)域6和7內差異表達的蛋白。該區(qū)域的2-D凝膠斑點的蛋白鑒定顯示，存在載脂蛋白AI,AII，和E。用來自對照和唐氏綜合癥的成對樣品的600(ig母體血清樣品進行載脂蛋白的免疫沉淀。如方法中所述，洗脫物利用AutoflexTOF-TOF(BmkerDaltonics)獲得圖譜。如圖3所述，檢測到了載脂蛋白的全部三種形式，而且載脂蛋白AII的量在兩種樣品中有明顯差異。而載脂蛋白AII復合物在唐氏綜合癥母體血清中有獨特的同工型。上述成對樣品的MALDI分析說明，APOA1在唐氏綜合癥血清中比在對照血清中下調。用載脂蛋白A2(APOA2)抗體對同一組對照和唐氏綜合癥血清進行IP(免疫沉淀)分析，所得MALDI圖譜示于圖3中，其顯示，APOA2在對照血清中的相對強度也比在唐氏綜合癥血清中高(APOA2MW=8707.9Da)。另外，在對照相對于唐氏綜合癥的IP中還有多種不同。因此，我們的數(shù)據說明，MALDI-TOFMS既可以評價相對強度的改變，也可以評價生物標記纟莫式的改變。該實驗說明，對在2-DGE分析中鑒定的其它生物標記進行優(yōu)化，利用計算工具(ClinProt軟件)進行相對量化，和優(yōu)化統(tǒng)計算法用于開發(fā)診斷性圖譜將可以獲得強大的高通量分析系統(tǒng)。該系統(tǒng)通過添加其它的潛在靶標，可以以相同的設置擴展到區(qū)別其它非整倍體。本發(fā)明在前文說明書中通過參考具體實施方案而進行了討論，但它并不限于這些實施方案。實際上，除本文所示和所述以外，對本發(fā)明的各種修改是本領域技術人員根據前文的描述而顯而易見的，并且落在所附權利要求的范圍內。《滋辦//^7雙^濕*^浙#離和#定^^沃祭合癥哞^異表這的蛋^作為對來自母體對照和唐氏綜合癥血清的蛋白進行2D-DIGE分析的補充策略，可使用雙向液相層析(2D-LC)法來分離完整蛋白。2D-LC法提供可視的2D圖，從而可以對對照和唐氏綜合癥血清樣品間的差異性蛋白表達進行比較。脊品對務和ZD-丄C法為了對母體對照和唐氏綜合癥血清中的蛋白表達進行對比分析，從妊娠頭三個月和妊娠中期三個月患者制備多組母體血清匯集物。將全部血清免疫純化(Agilent),更換緩沖液以符合CF相容性要求。從每份樣品匯集到5-7mg總血清蛋白。來自對照/唐氏綜合癥的每對樣品用等量總蛋白進行2D-LC分析；來自妊娠頭三個月和妊娠中期三個月的成對樣品單獨進行分析。在ProteomeLabPF2D系統(tǒng)(Beckman-Coulter;Fullerton，CA)上進行2D-LC分析。簡單地說，將血清蛋白加樣至第一方向CF陰離子交換柱上，利用線性遞減pH梯度，根據蛋白等電點(pI/pH)進行洗脫，得到0.3pH單位的組分。然后，利用蛋白疏水性，使用無孔C18RP-HPLC柱將各個pH組分在第二向中分開(每種pH組分48個組分)。從RP-HPLC向(dimension)收集總共800個組分(來自每個樣品)，用胰蛋白酶消化，以便用質譜鑒定蛋白。炎桌的^WMS》浙對妊娠中期三個月母體對照和唐氏綜合癥母體血清成對樣品進行2D-LC分析，所得蛋白表達圖見圖7。圖7A描述了利用ProteoVue軟件制成的2D-LC圖，x軸顯示來自CF的洗脫蛋白pl，y軸顯示來自RP-HPLC的洗脫蛋白的保留時間，或疏水性。圖7B示出對照樣品的2D圖在左側以37紅色顯示，唐氏綜合癥樣品的2D圖在右側以綠色顯示。該圖的中心顯示了兩種樣品的差異圖(在圖7B中單獨顯示)，其中看到的綠色條帶是在唐氏綜合癥樣品中上調的蛋白，看到的紅色條帶是在對照樣品中上調的蛋白。將差異圖中觀察到的在唐氏綜合癥或對照血清中上調的條帶用胰蛋白酶消化，并準備用ESI-QTOF-MS/MS(QTOF2，Waters;Milford,MA)鑒定蛋白。用對照或唐氏綜合癥樣品的較高強度峰的至少10-20%作為差異性強度截取值，這對應妊娠頭三個月樣品組中的約95個條帶和妊娠中期三個月樣品組中的80個條帶。對照和唐氏綜合癥組分之間的差異表達強度范圍在0.004AU-0.638AU(組分消化物MS分析的檢測界限最好是0.05AU;第二向分離的AU值最大達到1.3AU)。母沐yf沃祭合癥i清哞差#襲這蛋冷的ZP-丄C#定表5列出了所鑒定的蛋白，它們在唐氏綜合癥母體血清的LC/MS/MS(Q-TOF2，Waters,Inc)分析中顯示出不同的肽計數(shù)(縮寫Tl，妊娠頭三個月；T2,妊娠中期三個月母體血清)。實磁辦///##_^*的潛蛋冷^潘^7^g^祭合癥糖基化是真核細胞中復雜的翻譯后修飾中的一種。對糖基化過程的系統(tǒng)評價是發(fā)掘蛋白生物標記的寶貴工具，因為微小改變諸如單個糖基化事件可以改變具有重要生理意義、與生物的具體疾病或狀態(tài)有關的蛋白的命運和功能。對細胞信號或發(fā)育階段發(fā)生反應而引起的糖基化模式改變或聚糖結構改變，可用于鑒定癌癥等疾病?；谀氐挠H和純化是用于分離不同種類糖基化蛋白的可選方法。凝集素是植物蛋白，其可以特異地且可逆地與糖蛋白中的聚糖部分結合。主要種類和類型的糖蛋白可從待測樣品中單個地分離出，并可用于生成差異性的糖基化圖語，以便對對照和疾病進行比較。才法來自孕齡匹配的對照和DS母體成對血清的總糖蛋白、唾液酸、甘露糖和O-糖基化蛋白用合適的凝集素親和柱(QProteome,Quiagen)純化?？偺堑鞍淄ㄟ^聯(lián)合使用凝集素，甘露糖結合型凝集素(ConA,LCH，GNA)+唾液酸/N-乙酰-葡糖胺結合型凝集素(WGA,SNA)進行提取。M-聯(lián)糖蛋白利用甘露糖-結合型凝集素(ConA,LCH,GNA)提取。S-聯(lián)糖蛋白利用唾液酸/N-乙酰-葡糖胺結合型凝集素(WGA,SNA，MAL)提取。O-聯(lián)糖蛋白利用半乳糖/N-乙酰-葡糖胺結合型凝集素(AIL,PNA)提取。從對照和唐氏綜合癥母體血清中提取的糖蛋白用2-向熒光凝膠電泳和LC/MS/MS法對進行分析，以便鑒定出潛在的唐氏綜合癥標記。從對照和唐氏綜合癥分離的糖蛋白各取50ug,分別用400pmCy3和Cy5熒光染料標記。等點聚焦在EttanDalt2IPGphor系統(tǒng)(GE-Amresham)上的pH4-7IPG條帶中進行，采用適合每一IPG條帶各自長度的電壓設置。用10-20。/。Tris-甘氨酸凝月交在第二個方向進行PAGE。利用TyphoonVariablemodemodeimager(GE-Amersham)以及Cy3和Cy5的激發(fā)波長，獲得每個凝膠的差異熒光圖像。差異表達的蛋白斑點用(GE-Amersham)軟件觀察，從凝膠中切出，用胰蛋白酶消化，以便在質譜儀(Q-ToF2，WatersInc)上進行蛋白鑒定。圖8-11示出唐氏綜合癥母體血清內的糖蛋白獨特的差異表達圖語。將紅色或綠色的顯示差異性的區(qū)域從凝膠上穿孔切出，用胰蛋白酶消化，利用LC/MS/MS對蛋白鑒定進行確定。將從妊娠頭三個月和妊娠中期三個月的對照和唐氏綜合癥母體血清樣品提取的總糖蛋白混和物用胰蛋白酶消化，并用LC/MS/MS分析。將體現(xiàn)差異性的糖蛋白(來自每種蛋白的大量的總肽)匯總，與2-向凝膠上差異表達斑點中鑒定出的糖蛋白相比較，表6列出了從唐氏綜合癥母體血清中鑒定出的糖蛋白。在整個說明書中引用的所有參考文獻，以及其中引用的參考文獻，在此全文清楚地引入作為參考。表1<table>tableseeoriginaldocumentpage40</column></row><table>表2<table>tableseeoriginaldocumentpage41</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage42</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage43</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage44</column></row><table>表6(續(xù))<table>tableseeoriginaldocumentpage45</column></row><table>凝血酶原前體P00734|[622AA;70037MW]簇蛋白前體P10909H476AA;55192MW]]a-113-糖蛋白前體P04217江495AA;54209MW]a-l-拉性糖蛋白2前休P19652遼201AA;23603MW]]載脂蛋白D前體P05090[189M:21276MW]]扛娘區(qū)帶蛋白前體P20742[[1482AA:163836MWJ]富含組1、酸的糖蛋白前體P0419525AA;59578MW]假定蛋白[[493AA;53376MW]]P()4278性激素結合球蛋白前體的剪接同工型1P04278-1[[402AA:43779隨J]汁溶.V)原前體(EC3.4.21.7)[含血管生成抑制因子.P00747[[810AA:S05S[),我脂蛋白C-III前體P0265[99AA:10852MW]〗W含';ViVA的a-2掘蛋白前體P02750[[347AA;38178MW]I汰脂蛋白K前體P02649[317AA;36154MW]]白—P)翁體Q9UGM5[[3B2AA:42094MW]肌JHA—反A、性免疚i;蛋白輕鏈巧變區(qū)[〖103AA:11834MW1J補體(lS紐分體P09871[[688AA;76684MW]jAMB1"JK"|含:u小微沐蛋。(蛋白HC)W〖y'性的復合成形^蛋白)(a-l微循蛋白)))']〗'九蛋白L^抑制囚子輕鏈(n'n,c)(BlKUiNIN)(HI-30).P02760[[352M:38999MW補體(>)'〗5—體[合C4A過敏秦素1P010281[1744AA:192771,]權利要求1、一種診斷胎兒非整倍體的方法，包括將母體生物液體中待測樣品的蛋白質組圖譜與相同類型生物液體中的正常或參比蛋白質組圖譜進行比較，當所述待測樣品的蛋白質組圖譜顯示至少一種獨特表達特征、所述表達特征代表至少一種選自表1-2和5-6所列的生物標記、且該特征不出現(xiàn)在所述正常蛋白質組圖譜中或者出現(xiàn)在所述參比蛋白質組圖譜中，則確定存在胎兒非整倍體。2、一種診斷胎兒非整倍體的方法，包括將母體生物液體中待測樣品的蛋白質組圖譜與相同類型生物液體中的正?；騾⒈鹊鞍踪|組圖譜進行比較，當所述待測樣品的蛋白質組圖語顯示至少一種獨特表達特征、所述表達特征代表至少一種選自表3所列的生物標記、且該特征不出現(xiàn)在所述正常蛋白質組圖語中或者出現(xiàn)在所述參比蛋白質組圖語中，則確定存在胎兒非整倍體。3、權利要求1或2的方法，其中所述待測樣品獲自妊娠婦女。4、權利要求1或2所述方法，其中所述蛋白質組圖譜是質譜。5、權利要求l所述方法，其中待測樣品是母體血清。6、權利要求5的方法，其中獨特的表達特征是在分子量范圍16-20kDa，35-38kDa,38-42kDa,40陽45kDa，50-55kDa，60陽68kDa，和125-150kDa中的一或多個范圍內。7、權利要求2的方法，其中待測樣品是母體羊水。8、權利要求7的方法，其中獨特的表達特征是在分子量范圍6-7kDa和8-10kDa中的一個范圍或全部兩個范圍內。9、權利要求3的方法，其中該方法是在妊娠頭三個月內進行的。10、權利要求3的方法，其中該方法是在妊娠中期三個月內進行的。11、權利要求1或2的方法，還包括確定所述待測樣品中至少一種另外的胎兒非整倍體生物標記的轉錄mRNA水平或翻譯出的蛋白的水平，當所述轉錄mRNA水平或翻譯出的蛋白的水平相對于其在正常生物樣品中的水平有不同，則確定存在胎兒非整倍體。12、權利要求l、2和11任一項的方法，其中所述胎兒非整倍體是唐氏綜合癥，13三體，18三體，X染色體三體，X染色體單體，Kleinfelter綜合癥(XXY基因型)，或XYY綜合癥(XYY基因型)。13、權利要求ll的方法，其中所述另外的生物標記選自PAPP-A，甲胎蛋白(AFP)，人絨毛膜促性腺激素(bhCG),非偶聯(lián)雌三醇(uE3),和抑制素A。14、權利要求13的方法，其中測定的是PAPP-A和bhCG的轉錄mRNA水平或翻譯出的蛋白水平。15、權利要求14的方法，其中還測定AFP、bhCG、和uE3的轉錄mRNA水平或翻譯出的蛋白水平。16、權利要求15的方法，其中還測定抑制素-A的轉錄mRNA水平或翻譯出的蛋白水平。17、權利要求3的方法，包括對妊娠婦女實施一或多種其它診斷技術。18、權利要求18的方法，其中所述其它診斷技術選自超聲影像技術，檢測染色體畸形的技術，和頸項半透明帶(NT)測定。19、權利要求1或2的方法，包括對一種以上所述生物標記的獨特表達特征進行比較。20、權利要求1或2的方法，其中所述生物標記選自下組補體因子H(CFAH—HUMAN，SwissProt登錄號P08603);妊娠區(qū)帶蛋白(PZP—HUMAN;SwissProt登錄號P20741);afamin(AFAM—HUMAN;SwissProt登錄號P43652);血管緊張肽原(ANGTJHUMAN;SwissProt登錄號P01019);a-2-hs-糖蛋白(A2HS_HUMAN;SwissProt登錄號P02765);簇蛋白(CLUS_HUMAN;SwissProt登錄號PI0909);載脂蛋白AI(APAl—HUMAN;SwissProt登錄號P02647);載脂蛋白AIV(APA4一HUMAN;SwissProt登錄號P06727);載脂蛋白E(APE—HUMAN;SwissProt登錄號P02649);色素上皮衍生因子(PEDF—HUMAN;SwissProt登錄號P36955);血清淀粉樣蛋白A(SAA—HUMAN;SwissProt登錄號P02735);AMBP蛋白(AMBP_HUMAN;SwissProt登錄號P02760);血漿視黃醇結合蛋白(RETB—HUMAN;SwissProt登錄號P02753);血清轉鐵蛋白前體(TRFE一HUMAN;SwissProt登錄號P02787);a-l-抗胰蛋白酶前體(A1AT—HUMAN;SwissProt登錄號P01009);a-2-巨球蛋白前體(A2MG一HUMAN;SwissProt登錄號P01023);補體C3前體(C03—HUMAN;SwissProt登錄號P01024);血管緊張肽原前體(ANGT一HUMAN;SwissProt登錄號P01019);銅藍蛋白前體(CERUJIUMAN;SwissProt登錄號P00450);觸珠蛋白前體(HPT—HUMAN;SwissProt登錄號P00738);抗凝血酶-III前體(ANT3—HUMAN;SwissProt登錄號P01008);血紅素結合蛋白前體(HEMO—HUMAN;SwissProt登錄號P02790);a-l-酸性糖蛋白1前體(AlAG—HUMAN;SwissProt登錄號P02763);載脂蛋白A-I前體(APA1—HUMAN;SwissProt登錄號P02647);alb-糖蛋白(SwissProt登錄號P04217);激肽原前體(KNG一HUMAN;SwissProt登錄號P01042-2);間-a-胰蛋白酶抑制因子重鏈H2前體(ITH2—HUMAN;SwissProt登錄號P19823);a-2-hs-糖蛋白前體(A2HS—HUMAN;SwissProt登錄號P02765);a-l-抗胰凝乳蛋白酶前體(AACT—HUMAN;SwissProt登錄號P01011);間-a-胰蛋白酶抑制因子重鏈H4前體(ITH4—HUMAN;SwissProt登錄號Q14624-2);補體因子H前體(CFAH—HUMAN;SwissProt登錄號P08603-l);血漿蛋白酶C1抑制因子前體(ICl一HUMAN;SwissProt登錄號P05155);肝素輔因子II前體(HEP2—HUMANSwissProt登錄號P05546);補體因子B前體(CFAB—HUMAN;SwissProt登錄號P00751-1);a-2-糖蛋白1，鋅(ZA2G—HUMAN;SwissProt登錄號P25311);玻連蛋白前體(VTNC—HUMANSwissProt登錄號P04004);間-a-胰蛋白酶抑制因子重鏈HI前體(ITH1—HUMAN;SwissProt登錄號P19827);補體成分C9前體(C09—HUMAN;SwissProt登錄號P02748);血纖蛋白原a/a-E鏈前體(FIBA—HUMAN;SwissProt登錄號P02671-l);血纖蛋白原卩鏈前體(FIBB—HUMAN;SwissProt登錄號P02675);血纖蛋白原y鏈前體(FIBG—HUMAN;SwissProt登錄號P02679-l);凝血酶原前體(THRB—HUMAN;SwissProt登錄號P00734);簇蛋白前體(CLUS—HUMAN;SwissProt登錄號P10909);a-lB-糖蛋白前體(A1BG—HUMAN;SwissProt登錄號P04217);a-l-酸性糖蛋白2前體(A1AH—HUMAN;SwissProt登錄號P19652);載脂蛋白D前體(APOD—HUMAN;SwissProt登錄號P05090);妊娠區(qū)帶蛋白前體(PZP—HUMAN;SwissProt登錄號P20742);富組氨酸糖蛋白前體(HRG一HUMAN;SwissProt登錄號P04196);性激素-結合型球蛋白前體(SHBG—HUMAN;SwissProt登錄號P04278-l);纖溶酶原前體(PLMN—HUMAN;SwissProt登錄號P00747);載月旨蛋白C-III前體(APC3—HUMAN;SwissProt登錄號P02656);富亮氨酸a-2-糖蛋白前體(A2GL—HUMAN;SwissProt登錄號P02750);載脂蛋白E前體(APE—HUMAN;SwissProt登錄號P02649);胎球蛋白-B前體(FETB—HUMAN;SwissProt登錄號Q9UGM5);肌球蛋白.-反應性免疫球蛋白輕鏈可變區(qū)(SwissProt登錄號Q9UL83);補體CIS成分前體(CIS—HUMAN;SwissProt登錄號P09871);ambp蛋白前體(AMBP—HUMAN;SwissProt登錄號P02760);和補體C4前體(C04—HUMAN;SwissProt登錄號P01028)。21、權利要求20的方法，包括對一種以上所述生物標記的獨特表達特征進4于比較。22、權利要求1或2的方法，其中所述生物標記是補體因子H(CFAH—HUMAN,SwissProt登錄號P08603);和妊娠區(qū)帶蛋白(PZP—HUMAN;SwissProt登錄號P20741)。23、權利要求1或2的方法，其中所述生物標記是補體因子H(CFAH—HUMAN,SwissProt登錄號P08603);和afamin(AFAM—HUMAN;SwissProt登錄號P43652)。24、權利要求1或2的方法，其中所述生物標記是妊娠區(qū)帶蛋白(PZP_HUMAN;SwissProt登錄號P20741);和a-2-hs-糖蛋白(A2HS—HUMAN;SwissProt登錄號P02765)。25、權利要求1或2的方法，其中所述生物標記是補體因子H(CFAH—HUMAN,SwissProt登錄號P08603);血管緊張肽原(ANGTJHUMAN;SwissProt登錄號P01019);和簇蛋白(CLUS—HUMAN;SwissProt登錄號P10909)。26、權利要求1或2的方法，其中所述生物標記是載脂蛋白E(APE—HUMAN;SwissProt登錄號P02649);AMBP蛋白(AMBP—HUMAN;SwissProt登錄號P02760);和血漿視黃醇結合蛋白(RETB_HUMAN;SwissProt登錄號P02753)。27、權利要求1或2的方法，其中所述生物標記是補體因子H(CFAH—HUMAN,SwissProt登錄號P08603);afamin(AFAM_HUMAN;SwissProt登錄號P43652);血管緊張肽原(ANGT_HUMAN;SwissProt登錄號P01019);和簇蛋白(CLUS—HUMAN;SwissProt登錄號P10909)。28、權利要求1或2的方法，其中所述生物標記是補體因子H(CFAH—HUMAN,SwissProt登錄號P08603);afamin(AFAM—HUMAN;SwissProt登錄號P43652);色素上皮衍生因子(PEDF—HUMAN;SwissProt登錄號P36955);血清淀粉樣蛋白A(SAA—HUMAN;SwissProt登錄號P02735);血管緊張肽原(ANGT—HUMAN;SwissProt登錄號P01019);和簇蛋白(CLUS—HUMAN;SwissProt登錄號P10909)。29、權利要求1或2的方法，其中所述生物標記是載脂蛋白E(APE—HUMAN;SwissProt登錄號P02649);AMBP蛋白(AMBP_HUMAN;SwissProt登錄號P02760);血漿視黃醇結合蛋白(RETB—HUMAN;SwissProt登錄號P02753);血清轉鐵蛋白前體(TRFEJIUMAN;SwissProt登錄號P02787);a-2-巨球蛋白前體(A2MG—HUMAN;SwissProt登錄號P01023);和富組氨酸糖蛋白前體(HRG一HUMAN;SwissProt登錄號P04196)。30、權利要求1或2的方法，其中所述生物標記是間-a-胰蛋白酶抑制因子重鏈HI前體(ITH1—HUMAN;SwissProt登錄號P19827);補體成分C9前體(C09—HUMAN;SwissProt登錄號P02748);血纖蛋白原a/a-E鏈前體(FIBA—HUMAN;SwissProt登錄號P02671-l);載脂蛋白C-III前體(APC3—HUMAN;SwissProt登錄號P02656);富亮氨酸a-2-糖蛋白前體(A2GL_HUMAN;SwissProt登錄號P02750);載脂蛋白E前體(APE—HUMAN;SwissProt登錄號P02649);胎球蛋白-B前體(FETB—HUMAN;SwissProt登錄號Q9UGM5);和補體C4前體(C04—HUMAN;SwissProt登錄號P01028)。31、權利要求1或2的方法，其中所述蛋白質組圖譜包括至少一種糖蛋白。32、權利要求31的方法，其中所述至少一種糖蛋白是選自下組唾液酸糖蛋白，甘露糖結合型糖蛋白，和O-聯(lián)糖蛋白。33、權利要求1或2的方法，其中所述胎兒非整倍體是常染色體非整倍體。34、權利要求33的方法，其中所述常染色體非整倍體是染色體13,18或21的三體。35、權利要求1或2的方法，其中所述胎兒非整倍體是性染色體非整倍體。36、權利要求35的方法，其中所述性染色體非整倍體選自下組X染色體三體，X染色體單體，Kleinfelter綜合癥(XXY基因型)，和XYY綜合癥(XYY基因型)。全文摘要本發(fā)明涉及一種早期非侵入性診斷胎兒非整倍體的方法。具體地說，本發(fā)明涉及通過鑒定胎兒非整倍體在母體生物液體內的蛋白表達模式來診斷胎兒非整倍體，所述母體生物液體如母體血清或羊水。文檔編號G01N33/00GK101437959SQ200580039765公開日2009年5月20日申請日期2005年9月20日優(yōu)先權日2004年9月20日發(fā)明者斯里尼瓦薩·R·納蓋拉,羅恩·羅森菲爾德申請人:普羅特奧格尼克斯公司