鑒定番茄抗晚疫病性狀的方法及其所用分子標記和引物的制作方法
【專利說明】
[0001] 本申請是申請?zhí)枮?01410059173. 0、申請日為2014年02月21日、發(fā)明創(chuàng)造名稱 為"鑒定或輔助鑒定番茄抗晚疫病性狀的方法及其專用分子標記和引物"的分案申請。
技術(shù)領(lǐng)域
[0002] 本發(fā)明涉及鑒定番茄抗晚疫病性狀的方法及其所用分子標記和引物。
【背景技術(shù)】
[0003] 番茄屬于茄科植物，一年生或多年生。番茄染色體數(shù)2n= 24,基因組約為950Mb。 番茄由于具有風(fēng)味獨特、食用多樣、適應(yīng)性廣、容易栽培等特點，早已成為世界上重要的蔬 菜作物。據(jù)聯(lián)合國糧農(nóng)組織統(tǒng)計，2010年世界番茄總產(chǎn)量達1.45億噸。隨著生產(chǎn)上長時間 連續(xù)栽培，以及全球范圍的氣候的變化，番茄生產(chǎn)面臨越來嚴重的生物和非生物逆境的挑 戰(zhàn)，同時消費者對產(chǎn)品品質(zhì)以及產(chǎn)品的多樣性的要求也越來越高。利用不斷發(fā)展的育種理 論和技術(shù)，培育滿足生產(chǎn)和市場需求的優(yōu)良品種，是番茄育種的根本目的。從上世紀80年 代后期開始，分子標記輔助選擇技術(shù)和基因工程技術(shù)為核心的生物育種技術(shù)得到了快速的 發(fā)展。同時作為重要的模式植物，番茄在分子遺傳學(xué)、分子生理學(xué)、基因組學(xué)以及生物進化 領(lǐng)域等得到了廣泛而深入的研究。這一切共同推動番茄育種比其他任何蔬菜作物都更早地 進入到了分子操作的新階段。隨著遺傳學(xué)的發(fā)展，遺傳標記的應(yīng)用得到廣泛推廣，分為形態(tài) 標記、細胞學(xué)標記、生化標記等表現(xiàn)型標記和DNA片段標記等基因型標記。DNA片段標記能 夠直接反映生物個體或種群間基因組的某種差異，具有不受環(huán)境和基因表達的影響，而且 具有數(shù)量豐富，遺傳穩(wěn)定，操作簡單等優(yōu)點。常用的分子標記有基于Southern雜交的限制 性片段長度多態(tài)性標記（RFLP)，基于PCR技術(shù)的DNA擴增方法的隨機擴增多態(tài)性DNA標記 (RAPD)，特定序列擴增標記（SCAR)和簡單重復(fù)序列標記（SSR)，以及基于PCR與酶切相結(jié)合 的擴增片段長度多態(tài)性標記（AFLP)、切割擴增的多態(tài)性序列標記（CAPS)和單核苷酸多態(tài) 性（SNP)等。
[0004] 晚疫病由致病疫霉（Phytophthorainfestans)引起，是最具毀滅性的番前田間病 害之一。在有利病原菌生長的條件下，晚疫病可以以驚人的速度蔓延，7至10天便可殺死宿 主。由于近幾年番茄晚疫病的不斷流行，挖掘抗番茄晚疫病的分子標記也顯得越來越重要。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0005] 本發(fā)明所要解決的技術(shù)問題是提供鑒定或輔助鑒定番茄抗晚疫病性狀的方法及 其專用分子標記和引物。
[0006] 本發(fā)明提供了四種鑒定或輔助鑒定番茄抗晚疫病性狀的方法。
[0007] 本發(fā)明所提供的第一種鑒定或輔助鑒定番茄抗晚疫病性狀的方法，包括如下步 驟：以待鑒定番茄的基因組DNA為模板，用R2M1S進行PCR擴增得到R2M1S的PCR擴增產(chǎn) 物；檢測所述R2M1S的PCR擴增產(chǎn)物的序列，按照下述方法確定所述待鑒定番茄的抗晚疫病 性狀：
[0008] 如果所述待鑒定番茄的所述R2M1S的PCR擴增產(chǎn)物含有SEQIDNo. 3的DNA片段， 所述待鑒定番茄為抗晚疫病番茄或為候選抗晚疫病番茄；
[0009] 如果所述待鑒定番茄的所述R2M1S的PCR擴增產(chǎn)物不含有SEQIDNo. 3的DNA片 段，所述待鑒定番前為非抗晚疫病番前或為候選非抗晚疫病番前；
[0010] 所述R2M1S由SEQIDNo. 1所示的單鏈DNA和SEQIDNo. 2所示的單鏈DNA組成。
[0011] 本發(fā)明所提供的第二種鑒定或輔助鑒定番茄抗晚疫病性狀的方法，包括如下步 驟：檢測待鑒定番茄的基因組DNA中是否含有SEQIDNo. 3的DNA片段，按照下述方法確定 所述待鑒定番茄的抗晚疫病性狀：
[0012] 如果所述待鑒定番茄的基因組DNA中含有SEQIDNo. 3的DNA片段，所述待鑒定 番前為抗晚疫病番前或為候選抗晚疫病番前；
[0013] 如果所述待鑒定番茄的基因組DNA中不含有SEQIDNo. 3的DNA片段，所述待鑒 定番茄為非抗晚疫病番茄或為候選非抗晚疫病番茄。
[0014] 上述第二種鑒定或輔助鑒定番茄抗晚疫病性狀的方法中，所述檢測待鑒定番茄的 基因組DNA中是否含有SEQIDNo. 3的DNA片段的方法為：以所述待鑒定番茄的基因組DNA 為模板，用R2M1S進行PCR擴增得到R2M1S的PCR擴增產(chǎn)物，檢測所述R2M1S的PCR擴增產(chǎn) 物的序列，按照下述方法確定所述待鑒定番茄的基因組DNA中是否含有SEQIDNo. 3的DNA 片段：
[0015] 如果所述R2M1S的PCR擴增產(chǎn)物含有SEQIDNo. 3的DNA片段，所述待鑒定番茄 的基因組DNA中含有SEQIDNo. 3的DNA片段；如果所述R2M1S的PCR擴增產(chǎn)物不含有SEQ IDNo. 3的DNA片段，所述待鑒定番茄的基因組DNA中不含有SEQIDNo. 3的DNA片段；所 述R2M1S由SEQIDNo. 1所示的單鏈DNA和SEQIDNo. 2所示的單鏈DNA組成。
[0016] 本發(fā)明所提供的第三種鑒定或輔助鑒定番茄抗晚疫病性狀的方法，包括如下步 驟：以待鑒定番茄的基因組DNA為模板，用R2M1S進行PCR擴增得到R2M1S的PCR擴增產(chǎn) 物；以所述待鑒定番茄的基因組DNA為模板，用M67-3進行PCR擴增得到M67-3的PCR擴增 產(chǎn)物；檢測所述R2M1S的PCR擴增產(chǎn)物的序列和所述M67-3的PCR擴增產(chǎn)物的序列，按照下 述方法確定所述待鑒定番前的抗晚疫病性狀：
[0017] 如果所述待鑒定番茄的所述R2M1S的PCR擴增產(chǎn)物含有SEQIDNo. 3的DNA片段， 且所述M67-3的PCR擴增產(chǎn)物含有SEQIDNo. 6的DNA片段，所述待鑒定番茄為抗晚疫病 番前或為候選抗晚疫病番前；
[0018] 如果所述待鑒定番茄的所述R2M1S的PCR擴增產(chǎn)物不含有SEQIDNo. 3的DNA片 段，且所述M67-3的PCR擴增產(chǎn)物不含有SEQIDNo. 6的DNA片段，所述待鑒定番茄為非抗 晚疫病番茄或為候選非抗晚疫病番茄；
[0019] 所述R2M1S由SEQIDNo. 1所示的單鏈DNA和SEQIDNo. 2所示的單鏈DNA組成； 所述M67-3由SEQIDNo. 5所示的單鏈DNA和SEQIDNo. 4所示的單鏈DNA組成。
[0020] 本發(fā)明所提供的第四種鑒定或輔助鑒定番茄抗晚疫病性狀的方法，包括如下步 驟：檢測待鑒定番茄的基因組DNA中是否含有SEQIDNo. 3的DNA片段和SEQIDNo. 6的 DNA片段，按照下述方法確定所述待鑒定番茄的抗晚疫病性狀：
[0021] 如果所述待鑒定番茄的基因組DNA中既含有SEQIDNo. 3的DNA片段也含有SEQ IDNo. 6的DNA片段，所述待鑒定番茄為抗晚疫病番茄或為候選抗晚疫病番茄；
[0022] 如果所述待鑒定番茄的基因組DNA中既不含有SEQIDNo. 3的DNA片段也不含有 SEQIDNo. 6的DNA片段，所述待鑒定番茄為非抗晚疫病番茄或為候選非抗晚疫病番茄。
[0023] 上述第四種鑒定或輔助鑒定番茄抗晚疫病性狀的方法中，所述檢測待鑒定番茄的 基因組DNA中是否含有SEQIDNo. 3和SEQIDNo. 6的DNA片段的方法為以待鑒定番茄的 基因組DNA為模板，用R2M1S進行PCR擴增得到R2M1S的PCR擴增產(chǎn)物；以所述待鑒定番茄 的基因組DNA為模板，用M67-3進行PCR擴增得到M67-3的PCR擴增產(chǎn)物；檢測所述R2M1S 的PCR擴增產(chǎn)物和所述M67-3的PCR擴增產(chǎn)物的序列，按照下述方法確定所述待鑒定番茄 是否含有SEQIDNo. 3和SEQIDNo. 6的DNA片段：
[0024] 如果所述待鑒定番茄的所述R2M1S的PCR擴增產(chǎn)物含有SEQIDNo. 3的DNA片段， 且所述M67-3的PCR擴增產(chǎn)物含有SEQIDNo. 6的DNA片段，所述待鑒定番茄含有SEQID No. 3和SEQIDNo. 6的DNA片段；如果所述待鑒定番茄的所述R2M1S的PCR擴增產(chǎn)物不含 有SEQIDNo. 3的DNA片段，且所述M67-3的PCR擴增產(chǎn)物不含有SEQIDNo. 6的DNA片 段，所述待鑒定番茄不含有SEQIDNo. 3和SEQIDN