本發(fā)明屬于分子育種，具體涉及與大豆耐蔭性狀連鎖的分子標(biāo)記。

背景技術(shù)：

1、大豆整個(gè)生育期受到蔭蔽后會(huì)產(chǎn)生倒伏和蔓生，特別是在大豆玉米帶狀復(fù)合種植模式下，耐蔭品種與不耐蔭品種產(chǎn)量差異顯著，不耐蔭品種產(chǎn)量會(huì)顯著下降。因此開展大豆耐蔭性狀相關(guān)候選基因挖掘工作，對(duì)選育耐蔭大豆品種具有重要意義。

2、由于大豆種子耐蔭性狀多屬于典型的數(shù)量性狀，數(shù)量性狀具有易受環(huán)境影響、受多基因控制、變異呈連續(xù)性的特點(diǎn)且其中多為微效基因，因此，對(duì)數(shù)量性狀的遺傳基礎(chǔ)進(jìn)行研究相對(duì)比較困難，常規(guī)的qtl定位方法無(wú)法準(zhǔn)確對(duì)微效基因進(jìn)行定位，現(xiàn)有的方法和公開的大豆耐蔭性狀連鎖的分子標(biāo)記均不準(zhǔn)確。隨著多組學(xué)技術(shù)的出現(xiàn)和成本的降低，利用轉(zhuǎn)錄組測(cè)序挖掘候選基因已經(jīng)成為一種快速有效的途徑。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路

1、本發(fā)明要解決的技術(shù)問(wèn)題是：提供與大豆耐蔭性狀連鎖的分子標(biāo)記及其篩選方法，以解決qtl定位結(jié)果不準(zhǔn)確的技術(shù)問(wèn)題。

2、為達(dá)到上述目的，本發(fā)明采用的技術(shù)方案是：提供一種與大豆耐蔭性狀連鎖的分子標(biāo)記篩選方法，包括以下步驟：

3、s1、將大豆進(jìn)行播種培育，播種培育40天后，設(shè)置遮陰處理組和對(duì)照組，遮陰處理組用遮光率為50％的遮陽(yáng)網(wǎng)對(duì)大豆進(jìn)行遮蔭處理；對(duì)照組不做處理；

4、s2、遮蔭后的第1、第5和第9天，分別取對(duì)照組和遮蔭處理組的大豆植株葉片進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序；

5、s3、對(duì)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析確定候選基因，對(duì)候選基因進(jìn)行定量pcr驗(yàn)證，將通過(guò)定量pcr驗(yàn)證的候選基因進(jìn)入步驟s4，否則，摒棄未通過(guò)驗(yàn)證的候選基因；

6、s4、根據(jù)候選基因在大豆基因組上的物理位置，開發(fā)耐蔭基因的分子標(biāo)記；

7、s5、將耐蔭基因連鎖的分子標(biāo)記定位到大豆遺產(chǎn)連鎖圖譜上。

8、在上述技術(shù)方案的基礎(chǔ)上，本發(fā)明還可以做如下改進(jìn)：

9、進(jìn)一步，步驟s2具體為：摘取對(duì)照組和遮蔭處理組的大豆植物葉片，兩組大豆取3次重復(fù)，每個(gè)重復(fù)至少取同組3株不同大豆株的葉片，每個(gè)時(shí)間點(diǎn)均采集18個(gè)樣品進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。

10、進(jìn)一步，步驟s3具體為：加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析具體為：對(duì)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)估算基因的加權(quán)值，并構(gòu)建基因加權(quán)矩陣；根據(jù)基因加權(quán)矩陣對(duì)基因表達(dá)模式和耐蔭生理指標(biāo)表型值進(jìn)行相關(guān)性分析，篩選出大豆耐蔭候選基因，并采用定量pcr驗(yàn)證對(duì)相關(guān)性分析篩選得出的候選基因進(jìn)行驗(yàn)證；相關(guān)性分析包括差異表達(dá)基因degs分析、差異表達(dá)基因degs的kegg富集分析、參與植物激素信號(hào)通路的degs鑒定、差異表達(dá)轉(zhuǎn)錄因子的鑒定分析、光合作用的鑒定分析、加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析、轉(zhuǎn)錄組和代謝組的聯(lián)合分析。

11、進(jìn)一步，播種培育的大豆品種為南夏豆25。

12、本發(fā)明還提供采用上述方法篩選得到的與大豆耐蔭性狀連鎖的分子標(biāo)記，包括：

13、swu02sr01，其前引物序列為：acatagccaagccatgcatg；后引物序列為：tggccacttatactcgatcct；

14、swu05sr01，其前引物序列為：gcgcgtctatccaacgaaat；后引物序列為：agagaagcgagatacagtacgt；

15、swu07sr01，其前引物序列為：cgatgggcccttaaaagctt；后引物序列為：caaggaatatggtgccaactta；

16、swu08sr01，其前引物序列為：tttgtgtccccgtaaactgc；后引物序列為：acgatacctattcctcattaacat；

17、swu08sr02，其前引物序列為：tttgtgtccccgtaaactgc；后引物序列為：acgatacctattcctcattaacat；

18、swu08sr03，其前引物序列為：acccatagccttatcaagcca；后引物序列為：tgactgacttgaggacacca；

19、swu10sr01，其前引物序列為：agcattttcttgattagttgctct；后引物序列為：cccaatcaactttctcttatcgct；

20、swu10sr02，其前引物序列為：tcatttgtttcaccaattcacca；后引物序列為：acgtcatgttcaatttgcagt；

21、swu10sr03，其前引物序列為：acagtaaccttaagaagttgaact；后引物序列為：tggtcttttatgtcaaatgcaagtg；

22、swu13sr01，其前引物序列為：agggtcggaggtgtacagta；后引物序列為：agccttaagagcagtgcaga；

23、swu17sr01，其前引物序列為：tgggatggcatgtcagtttt；后引物序列為：caagaaaatcatgcatggtagact；

24、swu19sr01，其前引物序列為：ttccccttttccatgcatca；后引物序列為：tctcccttcctcgttgatat。

25、本發(fā)明的有益效果為：

26、本發(fā)明通過(guò)對(duì)大豆南夏豆25在遮蔭處理下的葉片收集后，進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組和代謝組測(cè)序，并進(jìn)行了全面的轉(zhuǎn)錄組分析，包括degs分析、kegg富集分析、參與植物激素信號(hào)通路的degs鑒定、tf、光合作用、wgcna以及轉(zhuǎn)錄組和代謝物組的聯(lián)合分析。基于上述分析和基因功能，最終篩選出12個(gè)候選基因，并通過(guò)qrt-pcr驗(yàn)證成功，從而篩選確定了大豆耐蔭性狀連鎖的分子標(biāo)記，為大豆耐蔭的分子機(jī)制和耐蔭大豆分子育種的利用提供了寶貴的資源。

技術(shù)特征：

1.與大豆耐蔭性狀連鎖的分子標(biāo)記，其特征在于，包括：

2.一種權(quán)利要求1的分子標(biāo)記的篩選方法，其特征在于，包括以下步驟：

3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的分子標(biāo)記的篩選方法，其特征在于，所述步驟s2具體為：摘取對(duì)照組和遮蔭處理組的大豆植物葉片，兩組大豆取3次重復(fù)，每個(gè)重復(fù)至少取同組3株不同大豆株的葉片，每個(gè)時(shí)間點(diǎn)均采集18個(gè)樣品進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。

4.根據(jù)權(quán)利要求2所述的分子標(biāo)記的篩選方法，其特征在于，所述加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析具體為：對(duì)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)估算基因的加權(quán)值，并構(gòu)建基因加權(quán)矩陣；根據(jù)基因加權(quán)矩陣對(duì)基因表達(dá)模式和耐蔭生理指標(biāo)表型值進(jìn)行相關(guān)性分析，篩選出大豆耐蔭候選基因，并采用定量pcr驗(yàn)證對(duì)相關(guān)性分析篩選得出的候選基因進(jìn)行驗(yàn)證；所述相關(guān)性分析包括差異表達(dá)基因degs分析、差異表達(dá)基因degs的kegg富集分析、參與植物激素信號(hào)通路的degs鑒定、差異表達(dá)轉(zhuǎn)錄因子的鑒定分析、光合作用的鑒定分析、加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析、轉(zhuǎn)錄組和代謝組的聯(lián)合分析。

5.根據(jù)權(quán)利要求2所述的分子標(biāo)記的篩選方法，其特征在于，所述播種培育的大豆品種為南夏豆25。

技術(shù)總結(jié)
本發(fā)明公開了與大豆耐蔭性狀連鎖的分子標(biāo)記，屬于分子育種技術(shù)領(lǐng)域。本發(fā)明通過(guò)對(duì)大豆南夏豆25在遮蔭處理下的葉片收集后，進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組和代謝組測(cè)序，并進(jìn)行了全面的轉(zhuǎn)錄組分析，包括DEGs分析、KEGG富集分析、參與植物激素信號(hào)通路的DEGs鑒定、TF、光合作用、WGCNA以及轉(zhuǎn)錄組和代謝物組的聯(lián)合分析?；谏鲜龇治龊突蚬δ?，最終篩選出12個(gè)候選基因，并通過(guò)qRT?PCR驗(yàn)證成功，從而篩選確定了大豆耐蔭性狀連鎖的分子標(biāo)記，為大豆耐蔭的分子機(jī)制和耐蔭大豆分子育種的利用提供了寶貴的資源。

技術(shù)研發(fā)人員：張建,易澤林,羅明,方小梅,丁夢(mèng)琦,徐凡,閻星穎
受保護(hù)的技術(shù)使用者：西南大學(xué)
技術(shù)研發(fā)日：
技術(shù)公布日：2024/12/17