本申請(qǐng)涉及草魚(yú)，具體涉及與草魚(yú)體脂性狀關(guān)聯(lián)的分子標(biāo)記及應(yīng)用。

背景技術(shù)：

1、草魚(yú)(ctenopharyngodon?idellus)是我國(guó)最大宗的淡水經(jīng)濟(jì)魚(yú)類(lèi)，2023年養(yǎng)殖產(chǎn)量達(dá)到594萬(wàn)噸。隨著集約化養(yǎng)殖模式的發(fā)展，人工配合飼料得到廣泛應(yīng)用，然而生產(chǎn)者為了壓低飼料成本投入，往往補(bǔ)充過(guò)量廉價(jià)能量飼料以節(jié)省蛋白飼料利用，導(dǎo)致草魚(yú)體脂過(guò)度沉積，進(jìn)而帶來(lái)肝膽綜合征頻發(fā)、魚(yú)肉品質(zhì)下降等問(wèn)題。

2、脂肪酸結(jié)合蛋白3(fabp3)是胞內(nèi)脂質(zhì)結(jié)合蛋白超家族成員，與長(zhǎng)鏈脂肪酸具有較強(qiáng)的親和力，主要功能是促進(jìn)細(xì)胞從外環(huán)境攝取脂肪酸并輸送至胞內(nèi)線粒體進(jìn)行β氧化，為細(xì)胞提供能量代謝需求。fabp3廣泛分布于心肌、骨骼肌、脂肪細(xì)胞等對(duì)脂肪酸有高度需求的組織。鑒于fabp3對(duì)脂肪酸攝取、胞內(nèi)運(yùn)輸與利用起著重要作用，挖掘分析fabp3基因多態(tài)性與草魚(yú)體脂性狀的關(guān)聯(lián)性，以期為低脂草魚(yú)品系選育提供技術(shù)支撐。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路

1、本申請(qǐng)公開(kāi)了草魚(yú)fabp3基因與體脂性狀關(guān)聯(lián)的snps分子標(biāo)記，分別位于草魚(yú)參考基因組gcf_019924925.1第19號(hào)染色體29945677、29948389、29948502處堿基位置。所述三個(gè)snps分子標(biāo)記與草魚(yú)腹脂指數(shù)、肝脂含量和肌脂含量等體脂性狀緊密關(guān)聯(lián)。上述分子標(biāo)記可應(yīng)用于低脂草魚(yú)品系的分子輔助選擇育種。為此，本申請(qǐng)實(shí)施例至少公開(kāi)了以下技術(shù)方案：

2、第一方面，實(shí)施例公開(kāi)了與草魚(yú)體脂性狀關(guān)聯(lián)的分子標(biāo)記，包括草魚(yú)參考基因組gcf_019924925.1的19號(hào)染色體第29945677處發(fā)生單核苷酸g>a突變形成的核苷酸序列；草魚(yú)參考基因組gcf_019924925.1的19號(hào)染色體第29948389處發(fā)生單核苷酸g>t突變形成的核苷酸序列；以及草魚(yú)參考基因組gcf_019924925.1的19號(hào)染色體第29948502處發(fā)生單核苷酸c>t突變形成的核苷酸序列中的至少一項(xiàng)。

3、第二方面，實(shí)施例公開(kāi)了引物組。所述引物組包括：如seq?id?no:1和2所示的dna分子；和/或如seq?id?no:3和4所示的dna分子。所述引物組用于擴(kuò)增包含第一方面所述的分子標(biāo)記中3處發(fā)生單核苷酸突變位點(diǎn)的核苷酸序列。一些實(shí)施例中，利用如seq?id?no:1和2所示的dna分子擴(kuò)增包含草魚(yú)參考基因組gcf_019924925.1的19號(hào)染色體第29945677處發(fā)生單核苷酸g>a突變形成的核苷酸序列。一些實(shí)施例中，利用如seq?id?no:3和4所示的dna分子擴(kuò)增包含草魚(yú)參考基因組gcf_019924925.1的19號(hào)染色體第29948389處發(fā)生單核苷酸g>t突變形成的核苷酸序列以及草魚(yú)參考基因組gcf_019924925.1的19號(hào)染色體第29948502處發(fā)生單核苷酸c>t突變形成的核苷酸序列。

4、第三方面，實(shí)施例公開(kāi)了試劑盒。所述試劑盒包括第二方面所述的引物組。所述試劑盒為pcr擴(kuò)增試劑盒，包括第二方面所述的引物組以及其他用于pcr擴(kuò)增的試劑。

5、第四方面，實(shí)施例公開(kāi)了利用分子標(biāo)記篩選草魚(yú)體脂性狀優(yōu)良個(gè)體的方法。所述方法包括：提取待選草魚(yú)鰭條基因組dna；利用第二方面所述的引物組對(duì)所述基因組dna進(jìn)行pcr擴(kuò)增；對(duì)所述pcr擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序；根據(jù)測(cè)序堿基峰圖結(jié)果確定所述草魚(yú)于所述參考基因組gcf_019924925.1的19號(hào)染色體第29945677處、19號(hào)染色體第29948389處和/或19號(hào)染色體第29948502處的基因型；根據(jù)所述基因型判斷待選草魚(yú)在體脂性狀方面的育種價(jià)值，篩選出含有低脂優(yōu)勢(shì)基因型的草魚(yú)個(gè)體。

6、一些實(shí)施例中，所述體脂性狀包括體質(zhì)量、體長(zhǎng)、肥滿(mǎn)度、臟體指數(shù)、腹脂指數(shù)、肝脂含量以及肌脂含量中的至少一項(xiàng)。

7、一些實(shí)施例中，于所述參考基因組gcf_019924925.1的19號(hào)染色體第29945677處的基因型包括gg、ga和aa。其中，gg、ga和aa基因型個(gè)體的體質(zhì)量依次增大。gg、ga和aa基因型個(gè)體的體長(zhǎng)依次增大。gg、ga和aa基因型個(gè)體的肥滿(mǎn)度依次降低。gg、ga和aa基因型個(gè)體的臟體指數(shù)依次降低。gg、ga和aa基因型個(gè)體的腹脂指數(shù)依次降低。aa基因型個(gè)體的肝脂含量低于gg和ga基因型。aa基因型個(gè)體的肌脂含量低于gg和ga基因型。綜上，所述aa基因型為草魚(yú)體脂性狀優(yōu)勢(shì)基因型，可用于低脂草魚(yú)篩選。

8、一些實(shí)施例中，于所述參考基因組gcf_019924925.1的19號(hào)染色體第29948389處的基因型包括gg、gt和tt。其中，gg基因型個(gè)體的臟體指數(shù)低于gt和tt基因型。gg基因型個(gè)體的腹脂指數(shù)低于gt和tt基因型。gg、gt和tt基因型個(gè)體的肝脂含量依次增加。gg、gt和tt基因型個(gè)體的肌脂含量依次增加。綜上，所述gg基因型為草魚(yú)體脂性狀優(yōu)勢(shì)基因型，可用于低脂草魚(yú)篩選。

9、一些實(shí)施例中，于所述參考基因組gcf_019924925.1的19號(hào)染色體第29948502處的基因型包括cc、ct和tt。其中，tt、ct和cc基因型個(gè)體的體質(zhì)量依次增大。tt、ct和cc基因型個(gè)體的體長(zhǎng)依次增大。cc基因型個(gè)體的肥滿(mǎn)度低于ct和tt基因型。tt、ct和cc基因型個(gè)體的臟體指數(shù)依次降低。tt、ct和cc基因型個(gè)體的腹脂指數(shù)依次降低。tt、ct和cc基因型個(gè)體的肝脂含量依次降低。tt、ct和cc基因型個(gè)體的肌脂含量依次降低。綜上，所述cc基因型為草魚(yú)體脂性狀優(yōu)勢(shì)基因型，可用于低脂草魚(yú)篩選。

10、第五方面，實(shí)施例公開(kāi)了第一方面所述的分子標(biāo)記、第二方面所述的引物組或第三方面所述的試劑盒在篩選草魚(yú)體脂性狀優(yōu)良個(gè)體、低脂草魚(yú)品系分子輔助選擇育種至少一項(xiàng)中的應(yīng)用。

技術(shù)特征：

1.與草魚(yú)體脂性狀關(guān)聯(lián)的分子標(biāo)記，包括：

2.引物組，用于擴(kuò)增包含如權(quán)利要求1所述的分子標(biāo)記中3處發(fā)生單核苷酸突變位點(diǎn)的核苷酸序列，所述引物組包括：

3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的引物組，利用如seq?id?no:1和2所示的dna分子擴(kuò)增包含草魚(yú)參考基因組gcf_019924925.1的19號(hào)染色體第29945677處發(fā)生單核苷酸g>a突變形成的核苷酸序列。

4.根據(jù)權(quán)利要求2所述的引物組，利用如seq?id?no:3和4所示的dna分子擴(kuò)增包含草魚(yú)參考基因組gcf_019924925.1的19號(hào)染色體第29948389處發(fā)生單核苷酸g>t突變形成的核苷酸序列以及草魚(yú)參考基因組gcf_019924925.1的19號(hào)染色體第29948502處發(fā)生單核苷酸c>t突變形成的核苷酸序列。

5.試劑盒，包括如權(quán)利要求2～4任一所述的引物組以及其他用于pcr擴(kuò)增的試劑。

6.利用分子標(biāo)記篩選草魚(yú)體脂性狀優(yōu)良個(gè)體的方法，包括：

7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，所述體脂性狀包括：體質(zhì)量、體長(zhǎng)、肥滿(mǎn)度、臟體指數(shù)、腹脂指數(shù)、肝脂含量以及肌脂含量中的至少一項(xiàng)。

8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的方法，于所述參考基因組gcf_019924925.1的19號(hào)染色體第29945677處的基因型包括gg、ga和aa，可選地，gg、ga和aa基因型個(gè)體的體質(zhì)量依次增大，可選地，gg、ga和aa基因型個(gè)體的體長(zhǎng)依次增大，可選地，gg、ga和aa基因型個(gè)體的肥滿(mǎn)度依次降低，可選地，gg、ga和aa基因型個(gè)體的臟體指數(shù)依次降低，可選地，gg、ga和aa基因型個(gè)體的腹脂指數(shù)依次降低，可選地，aa基因型個(gè)體的肝脂含量低于gg和ga基因型，可選地，aa基因型個(gè)體的肌脂含量低于gg和ga基因型，可選地，aa基因型為草魚(yú)體脂性狀優(yōu)勢(shì)基因型，可用于低脂草魚(yú)篩選。

9.權(quán)利要求1所述的分子標(biāo)記、權(quán)利要求2～4任一所述的引物組或權(quán)利要求5所述的試劑盒在篩選草魚(yú)體脂性狀優(yōu)良個(gè)體、低脂草魚(yú)品系分子輔助選擇育種至少一項(xiàng)中的應(yīng)用。

技術(shù)總結(jié)
本申請(qǐng)涉及草魚(yú)技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及與草魚(yú)體脂性狀關(guān)聯(lián)的分子標(biāo)記及應(yīng)用。本申請(qǐng)公開(kāi)了草魚(yú)FABP3基因與體脂性狀關(guān)聯(lián)的SNPs分子標(biāo)記，分別位于草魚(yú)參考基因組GCF_019924925.1第19號(hào)染色體29945677、29948389、29948502處堿基位置。所述三個(gè)SNPs分子標(biāo)記與草魚(yú)腹脂指數(shù)、肝脂含量和肌脂含量等體脂性狀緊密關(guān)聯(lián)。上述分子標(biāo)記可應(yīng)用于低脂草魚(yú)品系的分子輔助選擇育種。

技術(shù)研發(fā)人員：姜鵬,史孟可,劉益,曹少衛(wèi),彭勇鰲
受保護(hù)的技術(shù)使用者：中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)研究院珠江水產(chǎn)研究所
技術(shù)研發(fā)日：
技術(shù)公布日：2024/12/17