本文提供了預(yù)測在患有去勢抵抗性前列腺癌(CRPC)的患者中使用醋酸阿比特龍(AA)和潑尼松進行治療后更長生存可能性的方法。
背景技術(shù)：
：前列腺癌是美國男性中第二常見的癌癥。它也是所有種族和西班牙裔起源人群中男性癌癥死亡的主要原因之一。2010年，美國有196,038名男性被診斷為患有前列腺癌，而美國有28,560名男性死于前列腺癌。(U.S.CancerStatisticsWorkingGroup.UnitedStatesCancerStatistics:1999–2010IncidenceandMortalityWeb-basedReport.Atlanta(GA):DepartmentofHealthandHumanServices,CentersforDiseaseControlandPrevention,andNationalCancerInstitute；2013。)FDA已批準(zhǔn)大量治療劑以用于患有轉(zhuǎn)移性去勢抵抗性前列腺癌(CRPC)的患者。這些治療方案包括多西他賽與潑尼松、醋酸阿比特龍、卡巴他賽、恩雜魯胺、米托蒽醌、鐳-223、西普魯塞-T、皮質(zhì)類固醇和酮康唑。因此，臨床醫(yī)生和患者面臨較大挑戰(zhàn)，因為這些試劑的多種治療方案和潛在順序使得做出臨床決策變得更加復(fù)雜。用于鑒定與改善特定患者亞群的生存和/或生活質(zhì)量相關(guān)的治療的方法將有利于此類挑戰(zhàn)性決策。技術(shù)實現(xiàn)要素：本文提供了預(yù)測在患有CRPC的患者中使用AA和潑尼松治療后生存可能性的方法。一般說明和下列詳細說明僅為示例性和說明性的，并且不限制如所附權(quán)利要求書中所限定的公開方法。根據(jù)本文所提供的詳細說明，其他方面對本領(lǐng)域的技術(shù)人員將顯而易見。具體實施方式結(jié)合對構(gòu)成本公開一部分的隨附實施例的下列詳細說明，可更容易地理解所公開的方法。應(yīng)當(dāng)理解，所公開的方法不限于本文所描述和/或示出的具體方法、條件或參數(shù)，并且本文所用術(shù)語僅用于以舉例方式描述具體實施方案，并不旨在限制受權(quán)利要求書保護的方法。此外，除非上下文另外明確地指出，否則如本說明書(包括隨附權(quán)利要求書)中所用，單數(shù)形式“一個/一種”和“該/所述”包括復(fù)數(shù)，并且提到特定數(shù)值時至少包括該特定值。如本文所用，術(shù)語“多個”是指多于一個。應(yīng)當(dāng)理解，為清楚起見，所公開方法的某些特征在各單獨實施方案的上下文中進行闡述，但也可以組合形式提供在單個實施方案中。相反地，所公開方法的各種特征為簡明起見可在單個實施方案的上下文中進行闡述，也可分開地或以任何子組合形式進行提供。本文提供了預(yù)測在患有CRPC的患者中使用AA治療后生存可能性的方法，該方法包括：(a)使AA治療前獲自患者腫瘤樣本的cDNA與基因芯片接觸，其中所述基因芯片包含針對至少一種mRNA生物標(biāo)志物的探針，并且其中所述至少一種mRNA生物標(biāo)志物包括ANLN、HSD17B10、NUSAP1、SF1、SRD5A1、UBE2C、CYP17A1及輔因子組、雄激素控制組、多變量面板組(multivariatepanelgroup)、或它們的任意組合；(b)測量所述至少一種mRNA生物標(biāo)志物的表達水平；(c)將所述至少一種mRNA生物標(biāo)志物的表達水平與參考基因的表達水平進行比較，其中患者樣本中ANLN、HSD17B10、NUSAP1、SF1、SRD5A1、UBE2C、CYP17A1及輔因子組、雄激素控制組、或它們的任意組合的表達水平相對于參考基因的表達水平升高指示所述患者使用AA治療后無進展生存可能性增大、總體生存可能性增大或兩者均增大，或者其中患者樣本中多變量面板組的表達水平相對于參考基因的表達水平降低指示所述患者使用AA治療后無進展生存可能性增大；以及(d)使用治療有效量的AA和潑尼松治療所述患者。本文還公開了預(yù)測在患有CRPC的患者中使用AA治療后生存可能性的方法，該方法包括：(a)從所述患者的腫瘤樣本中分離RNA；(b)由RNA合成cDNA；(c)測量來自腫瘤樣本的至少一種mRNA生物標(biāo)志物的表達水平，其中所述至少一種mRNA生物標(biāo)志物包括ANLN、HSD17B10、NUSAP1、SF1、SRD5A1、UBE2C、CYP17A1及輔因子組、雄激素控制組、多變量面板組、或它們的任意組合，并且其中表達水平通過定量RT-PCR測得；(d)測定所述至少一種mRNA生物標(biāo)志物相對于參考基因表達的相對表達，其中患者樣本中ANLN、HSD17B10、NUSAP1、SF1、SRD5A1、UBE2C、CYP17A1及輔因子組、雄激素控制組、或它們的任意組合的表達水平相對于參考基因的表達水平升高指示所述患者使用AA治療后無進展生存可能性增大、總體生存可能性增大或兩者均增大，或者其中患者樣本中多變量面板組的表達水平相對于參考基因的表達水平降低指示所述患者使用AA治療后無進展生存可能性增大；以及(e)使用治療有效量的AA和潑尼松治療所述患者。如本文所用，術(shù)語“患者”是指患有CRPC并且其樣本可使用所公開方法進行分析的任何哺乳動物。因此，所公開的方法適用于人類和非人類受試者，但其最優(yōu)選地用于人類。在一些實施方案中，患者樣本是人類樣本。在其他實施方案中，患者樣本是非人類樣本。“患者”和“受試者”在本文中可互換使用。如本文所用，短語“去勢抵抗性前列腺癌”(CRPC)是指不再響應(yīng)于去勢治療(通過化學(xué)或外科手段減少可用的雄激素/睪酮/DHT)但是在雄激素受體激活方面表現(xiàn)出激素依賴性的前列腺癌。本領(lǐng)域的技術(shù)人員已知的是，醋酸阿比特龍(在本文中稱為“AA”)是阻斷睪丸、腎上腺和前列腺腫瘤中雄激素合成的17α-羥化酶/C17,20-裂解酶(CYP17)抑制劑。如本文所用，術(shù)語“生存”是指放射影像學(xué)無進展生存(rPFS)、總體生存(OS)、或它們的組合。如本文所用，短語“放射影像學(xué)無進展生存”是指在治療期間和治療后，患有CRPC的患者生存但其中CRPC不會惡化的時長，該時長例如通過x射線、CT、MRI或它們的任意組合監(jiān)測骨、軟組織或它們的組合中的病變測得。如本文所用，短語“總體生存”是指從CRPC診斷日或治療開始患者保持生存(即直至出于任何原因死亡)的時長。在一些實施方案中，所公開的方法預(yù)測(在治療期間和治療后)患有CRPC的患者將生存但其中CRPC不會惡化的時長的可能性。在其他實施方案中，所公開的方法預(yù)測患者將保持生存的時長(從CRPC診斷日或治療開始時)的可能性。在其他實施方案中，所公開的方法預(yù)測兩者的可能性。如本文所用，短語“至少一種mRNA生物標(biāo)志物”是指單一mRNA生物標(biāo)志物或mRNA生物標(biāo)志物組(即兩種或更多種相關(guān)生物標(biāo)志物)，其可用作具有以下腫瘤亞型的患者的指示物，該腫瘤亞型可更好地響應(yīng)于使用AA和潑尼松的治療和/或可預(yù)測CRPC中AA和潑尼松的原發(fā)性耐藥(或響應(yīng))。示例性的單一mRNA生物標(biāo)志物列于表1，并且包括但不限于ANLN、HSD17B10、NUSAP1、SF1、SRD5A1和UBE2C。示例性的mRNA生物標(biāo)志物組列于表1，并且包括但不限于CYP17A1及輔因子(CYB5A、CYP17A1、CYP3A5、DUSP5、HNF1A、NR0B1和POR)組，雄激素控制組(AKR1C3、FKBP5和PCNA)，以及多變量面板(AR、CYP21A2/CYP21A1P、HLA-A、IGJ、KRT17、LCN2和PCNA)。表1：示例性單一mRNA生物標(biāo)志物和mRNA生物標(biāo)志物組因此，在一些實施方案中，“至少一種mRNA生物標(biāo)志物”是指一種或多種單一mRNA生物標(biāo)志物，包括但不限于ANLN、HSD17B10、NUSAP1、SF1、SRD5A1、UBE2C、或它們的任意組合。在其他實施方案中，“至少一種mRNA生物標(biāo)志物”是指一種或多種mRNA生物標(biāo)志物組，包括但不限于CYP17A1及輔因子組、雄激素控制組、多變量面板、或它們的任意組合。例如，在該方法的一些方面，CYP17A1及輔因子組包含CYB5A、CYP17A1、CYP3A5、DUSP5、HNF1A、NR0B1和POR。在該方法的一些方面，雄激素控制組包含AKR1C3、FKBP5和PCNA。在該方法的一些方面，多變量面板包含AR、CYP21A2/CYP21A1P、HLA-A、IGJ、KRT17、LCN2和PCNA。在其他實施方案中，“至少一種mRNA生物標(biāo)志物”是指一種或多種單一mRNA生物標(biāo)志物以及一種或多種mRNA生物標(biāo)志物組，包括但不限于ANLN、HSD17B10、NUSAP1、SF1、SRD5A1、UBE2C、CYP17A1及輔因子組、雄激素控制組、多變量面板、或它們的任意組合。如本文所用，短語“使...cDNA與基因芯片接觸“是指借此將源自患者腫瘤樣本的cDNA與基因芯片一起溫育或添加到基因芯片中以評估基因表達的方法。在一些實施方案中，基因芯片包含針對至少一種mRNA生物標(biāo)志物的探針，并且其中所述至少一種mRNA生物標(biāo)志物包括ANLN、HSD17B10、NUSAP1、SF1、SRD5A1、UBE2C、CYP17A1及輔因子組、雄激素控制組、多變量面板、或它們的任意組合。在其他實施方案中，基因芯片基本上由針對至少一種mRNA生物標(biāo)志物的探針組成，并且其中所述至少一種mRNA生物標(biāo)志物包括ANLN、HSD17B10、NUSAP1、SF1、SRD5A1、UBE2C、CYP17A1及輔因子組、雄激素控制組、多變量面板、或它們的任意組合。在其他實施方案中，基因芯片由針對至少一種mRNA生物標(biāo)志物的探針組成，并且其中所述至少一種mRNA生物標(biāo)志物包括ANLN、HSD17B10、NUSAP1、SF1、SRD5A1、UBE2C、CYP17A1及輔因子組、雄激素控制組、多變量面板、或它們的任意組合。本領(lǐng)域的技術(shù)人員已知多種方法可用于測量所述至少一種mRNA生物標(biāo)志物的表達水平，包括但不限于定量RT-PCR、微陣列、RNA測序、Nanostring、或它們的任意組合。如本文所用，“參考基因”是指一種或多種看家基因，包括但不限于GAPDH、Hs99999905_m1、ACTB、Hs99999903_m1、或它們的任意組合。在一些實施方案中，參考基因的表達水平包括看家基因的幾何平均值。在此類實施方案中，將至少一種mRNA生物標(biāo)志物的表達水平與參考基因的表達水平進行比較可以包括將所述至少一種mRNA生物標(biāo)志物的表達水平與看家基因的幾何平均值進行比較。例如，單一mRNA生物標(biāo)志物的表達值可使用如SchmittgenTD,LivakKJ.Analyzingreal-timePCRdatabythecomparativeCTmethod.NatureProtocols.2008；3:1101-1108中所述的比較性CT方法計算得到，該文獻并入本文中。簡而言之，可使用看家基因的幾何平均值來計算每個樣本的歸一化因數(shù)。所有其他轉(zhuǎn)錄物的相對表達值可定量為CT和歸一化因數(shù)之間的差異。然后可通過對相對表達值取反(negation)以計量表達和CT之間的反比關(guān)系(這等同于2^(-ΔCT)的log2變換)，以計算轉(zhuǎn)錄表達。在其他實施方案中，將生物標(biāo)志物組的表達水平與參考基因的表達水平進行比較可以包括使用genewise對生物標(biāo)志物組中的成員基因進行歸一化和匯總。例如，可首先使用如上所述的比較CT方法歸一化生物標(biāo)志物組的表達水平，然后可通過計算該生物標(biāo)志物組中成員基因的z-評分的中值(例如，通過用樣本表達減去平均表達，并除以表達的標(biāo)準(zhǔn)偏差獲得的變換值)來得出該生物標(biāo)志物組的總評分。在其他實施方案中，可使用時間事件數(shù)據(jù)(timetoeventdata)的懲罰回歸來得出生物標(biāo)志物的多變量面板。一組數(shù)據(jù)可用于指定模型參數(shù)，并通過交叉驗證選擇信息性生物標(biāo)志物。對于具有生物標(biāo)志物表達量X的個體，該個體相對于平均患者經(jīng)歷某一事件的風(fēng)險由exp(Xβ)給出，其中β是基于生物標(biāo)志物表達與用于定義模型的數(shù)據(jù)中的時間事件的關(guān)聯(lián)所定義的對數(shù)風(fēng)險比，而exp是指數(shù)函數(shù)。這樣，每一個體患者的相對風(fēng)險可基于生物標(biāo)志物表達來預(yù)測。相對風(fēng)險可被評估為患者將經(jīng)歷生存事件的概率的連續(xù)指數(shù)，或者可被二分化以指示患者的低風(fēng)險組和高風(fēng)險組。在一些實施方案中，患者樣本中ANLN、HSD17B10、NUSAP1、SF1、SRD5A1、UBE2C、CYP17A1及輔因子組、雄激素控制組、或它們的任意組合的表達水平相對于參考基因的表達水平升高指示rPFS、OS或它們的組合增大。本文提供了預(yù)測在患有CRPC的患者中使用AA治療后生存可能性的方法，該方法包括：(a)使AA治療前獲自患者腫瘤樣本的cDNA與基因芯片接觸，其中所述基因芯片包含針對至少一種mRNA生物標(biāo)志物的探針，并且其中所述至少一種mRNA生物標(biāo)志物包括ANLN、HSD17B10、NUSAP1、SF1、SRD5A1、UBE2C、CYP17A1及輔因子組、雄激素控制組、或它們的任意組合；(b)測量所述至少一種mRNA生物標(biāo)志物的表達水平；(c)將所述至少一種mRNA生物標(biāo)志物的表達水平與參考基因的表達水平進行比較，其中患者樣本中ANLN、HSD17B10、NUSAP1、SF1、SRD5A1、UBE2C、CYP17A1及輔因子組、雄激素控制組、或它們的任意組合的表達水平相對于參考基因的表達水平升高指示所述患者使用AA治療后無進展生存可能性增大、總體生存可能性增大或兩者均增大；以及(d)使用治療有效量的AA和潑尼松治療所述患者。在一些實施方案中，患者樣本中的多變量面板組的表達水平相對于參考基因的表達水平降低指示所述患者在用AA治療后無進展生存可能性增大。本文提供了預(yù)測在患有CRPC的患者中使用AA治療后生存可能性的方法，該方法包括：(a)使AA治療前獲自患者腫瘤樣本的cDNA與基因芯片接觸，其中所述基因芯片包含針對至少一種mRNA生物標(biāo)志物的探針，并且其中所述至少一種mRNA生物標(biāo)志物包括多變量面板組；(b)測量所述至少一種mRNA生物標(biāo)志物的表達水平；(c)將所述至少一種mRNA生物標(biāo)志物的表達水平與參考基因的表達水平進行比較，其中患者樣本中多變量面板組的表達水平相對于參考基因的表達水平降低指示所述患者使用AA治療后無進展生存可能性增大；以及(d)使用治療有效量的AA和潑尼松治療所述患者。在一些實施方案中，患者樣本中ANLN、HSD17B10、NUSAP1、SF1、SRD5A1、UBE2C、CYP17A1及輔因子組或雄激素控制組的表達水平相對于參考基因的表達水平升高指示所述患者使用AA治療后無進展生存可能性增大、總體生存可能性增大或兩者均增大，并且其中患者樣本中多變量面板組的表達水平相對于參考基因的表達水平降低指示所述患者使用AA治療后無進展生存可能性增大。在一些實施方案中，rPFS和/或OS的增大是通過至少一種mRNA生物標(biāo)志物的表達水平相對于來自患者群體的至少一種mRNA生物標(biāo)志物的中值表達值的增加或減少來指示的。示例性中值表達值示于本文的表4中。在其他實施方案中，rPFS和/或OS的增大是通過ANLN、HSD17B10、NUSAP1、SF1、SRD5A1、UBE2C、CYP17A1及輔因子組或雄激素控制組相對于參考基因的任何表達水平升高或者多變量面板組相對于參考基因的表達水平降低來指示的。例如，并且不旨在限制，表3中例示的危險比(HR)指示至少一種mRNA生物標(biāo)志物的相對表達和結(jié)果(例如rPFS或OS)之間關(guān)聯(lián)的強度。因此，例如ANLN相對表達的單位增加將使rPFS事件的危險減少16％(即1-0.84＝0.16)。因為至少一種mRNA生物標(biāo)志物的表達值經(jīng)log2變換，所以變化單位等于相對于參考基因的表達水平的2倍差異。用于從腫瘤樣本中分離RNA的許多方法是已知的，包括但不限于市售試劑盒，諸如購自Qiagen的AllPrepDNA/RNAFFPE試劑盒，以及AmbionRecoverall試劑盒。另外，本領(lǐng)域的技術(shù)人員將知道如何通過分離的RNA合成cDNA，包括但不限于使用LifeTechnologies的高容量cDNA反轉(zhuǎn)錄試劑盒。如本文所用，“治療”包括向患者施用治療有效劑量的AA和潑尼松，使得CRPC和/或相關(guān)癥狀減輕、改善、緩解、逆轉(zhuǎn)、抑制、預(yù)防和/或消除。治療還包括降低癥狀的嚴重性和/或頻率、消除癥狀和/或基本病因、預(yù)防癥狀發(fā)生和/或其基本病因，以及改善或修復(fù)由CRPC造成的損傷。在一些實施方案中，共同施用AA(CB7630)和潑尼松。例如，AA和潑尼松可以任何次序順序施用或者同時施用。“AA和潑尼松的治療有效劑量”將取決于若干因素，包括但不限于CRPC的階段和嚴重程度，以及與患者健康有關(guān)的其他因素。本領(lǐng)域的技術(shù)人員將知道如何確定治療有效劑量。在一些實施方案中，表現(xiàn)出至少一種mRNA生物標(biāo)志物的表達升高的患者可患有非轉(zhuǎn)移性或早期CRPC。在其他實施方案中，表現(xiàn)出至少一種mRNA生物標(biāo)志物的表達升高的患者可患有轉(zhuǎn)移性或晚期CRPC。實施例研究設(shè)計COU-AA-302是第3階段多國隨機雙盲安慰劑對照研究，其比較AA和潑尼松(AA+P)與安慰劑和潑尼松(安慰劑+P)對尚未接受細胞毒性化療的經(jīng)醫(yī)學(xué)或手術(shù)閹割、無癥狀或有輕度癥狀的mCRPC男性患者的療效和安全性。將患者按1:1的比例分配為接受AA+P或安慰劑+P，并基于0或1的ECOG行為狀態(tài)進行分類，如ClinicalStudyProtocol:APhase3Randomized,Double-blind,Placebo-controlledStudyofAbirateroneAcetate(CB7630)PlusPrednisoneinAsymptomaticorMildlySymptomaticSubjectswithMetastaticCastrationResistantProstateCancer.ProtocolCOU-AA-302；EudraCTNo.2008-008004-41；2012年7月9日中所述。不管是否為治療組，研究COU-AA-302中的所有受試者均同時接受潑尼松。參見ClinicalStudyReport:CSRCOU-AA-3022012.APhase3,Randomized,Double-Blind,Placebo-ControlledStudyofAbirateroneAcetatePlusPrednisoneinAsymptomaticorMildlySymptomaticSubjectsWithMetastaticCastration-ResistantProstateCancer。發(fā)行日期：2012年10月26日。接受AA+P的受試者在本文中稱為“AA組”并且在表中示為“AA”。接受安慰劑+P的受試者在本文中稱為“安慰劑組”并且在表中示為“安慰劑”。另外的研究相關(guān)細節(jié)可從COU-AA-302臨床研究方案或臨床研究報告中獲得。生物標(biāo)志物樣本采集和處理從258名任選同意RNA分析的受試者中采集福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)腫瘤樣本，并運送到中心實驗室(Covance,IN)以用于RNA分析。來自152名受試者的FFPE樣本具有足夠的RNA，以供用于低密度陣列(TLDA)分析。來自其他106名受試者的樣本由于不含腫瘤或低RNA得率而被排除。在通過TLDA評估的152個樣本中，來自42名受試者的樣本由于技術(shù)故障(沒有可檢測到的基因表達，或通過顯微解剖具有低腫瘤含量或低RNA輸入質(zhì)量[<250ng/總RNA]的樣本誘導(dǎo)的分批效應(yīng))而被從數(shù)據(jù)分析中排除。該分析中包括來自作為ITT群體的一部分(10％)并且已經(jīng)暴露于藥物、具有關(guān)于療效終點(rPFS、OS)中的至少一者的臨床數(shù)據(jù)的110名受試者(生物標(biāo)志物群體)的剩余可評估樣本。來自這些受試者的樣本包括在使用陣列微流體卡的mRNA分析中。選擇96種mRNA用于基因表達譜分析，包括CYP17A1及輔因子(CYP17、P450還原酶和細胞色素b5)以及AR及其剪接變體(AR全長，ARV7和AR567ES)。分析中還包括代表主要生物途徑(包括雄激素信號傳導(dǎo)、增殖、細胞生長、免疫應(yīng)答)的基因，以及類固醇基因。樣本分析方法RNA提取來自FFPE樣本的RNA最初由中心實驗室(CovanceGenomicsLaboratory,Seattle,WA)使用購自Qiagen的AllPrepDNA/RNAFFPE試劑盒根據(jù)制造商的說明提取。為了提高由于低RNA得率而使提取程序失敗的樣本中的RNA得率，剩余的樣本使用AmbionRecoverall試劑盒。根據(jù)制造商的建議，用DNA酶處理RNA樣本，并通過RiboGreen測量RNA量。cDNA合成、預(yù)擴增和微陣列使用LifeTechnologies的含有RNA酶抑制劑的高容量cDNA反轉(zhuǎn)錄試劑盒(目錄號4374967)根據(jù)供應(yīng)商的方案進行cDNA合成，其中進行以下小修改：使用30ul反應(yīng)體積代替20ul。使用250ng的總RNA用于cDNA合成，除了具有低RNA得率的樣本子集(使用150ng總RNA)外，但是這些樣本隨后由于批次效應(yīng)而被從統(tǒng)計分析中排除。使用LifeTechnologies的PreAmpMasterMix試劑盒(目錄號4384267)根據(jù)供應(yīng)商的方案進行預(yù)擴增。使用購自AppliedBiosystems的陣列微流體卡進行RNA分析，并根據(jù)供應(yīng)商的方案運行。該卡在ABI7900HT系統(tǒng)上運行。表2：用于測定生物標(biāo)志物表達的引物的DNA序列*該區(qū)域指示靶向轉(zhuǎn)錄物中包含引物區(qū)的堿基。數(shù)據(jù)歸一化過濾原始CT值以去除大于30的值。使用幾何平均值匯總四次平行測定的CT值。表達值是使用如SchmittgenTD,LivakKJ.Analyzingreal-timePCRdatabythecomparativeCtmethod.NatureProtocols.2008；3:1101-1108中所描述的比較性CT方法計算得到的。簡而言之，使用看家基因(ACTB和GAPDH)的幾何平均值來計算每個樣本的歸一化因數(shù)。所有其他轉(zhuǎn)錄物的相對表達值被定量為CT和歸一化因數(shù)之間的差異。通過對相對表達值取反以計量表達和CT之間的反比關(guān)系來計算轉(zhuǎn)錄表達。這等同于2^(-ΔCT)的log2變換。統(tǒng)計分析所有統(tǒng)計學(xué)檢驗以5％的顯著性水平(雙側(cè))解釋。為了測定AA組中生物標(biāo)志物特異性與臨床終點的關(guān)聯(lián)性，要求AA組中P<0.05，而安慰劑組中P≥0.2。使用ANOVA(連續(xù)變量)或卡方(分類變量)檢驗來比較生物標(biāo)志物群體和ITT群體之間的人口統(tǒng)計學(xué)和基線特征。按以下順序處理從中心實驗室收到的生物標(biāo)志物數(shù)據(jù)：·排除所有生物標(biāo)志物低于定量下限(LLOQ)的四個樣本?！み€排除其中至少95％的樣本數(shù)據(jù)缺失或低于LLOQ的七種生物標(biāo)志物?！τ诰哂惺褂孟嗤崛》椒?、激光捕獲顯微解剖(LCM)方法和RNA輸入質(zhì)量產(chǎn)生的平行雙樣的受試者，使用平均值?！さ陀谀骋簧飿?biāo)志物的LLOQ的結(jié)果被推算為相同生物標(biāo)志物的所有可用值中最小值的一半。然后將所有生物標(biāo)志物值進行l(wèi)og2變換?！τ谏飿?biāo)志物組的分析，通過以下步驟使用生物標(biāo)志物組中所有生物標(biāo)志物的歸一化值的中值來確定每個受試者的綜合評分：首先使用(生物標(biāo)志物值-所有受試者的平均值)/(所有受試者的標(biāo)準(zhǔn)偏差)計算所有受試者中每種生物標(biāo)志物的經(jīng)推算和log2變換的值的z-評分，然后用中值匯總每組中所有基因的z-評分，以生成生物標(biāo)志物組綜合評分。這些數(shù)據(jù)與臨床終點(通過獨立審查(IndependentReview,IND)獲得的rPFS、通過調(diào)查審查(InvestigativeReview,INV)獲得的rPFS，以及OS)的關(guān)聯(lián)分析如下：·使用模型中的基線ECOG評分(隨機分層因素)和每種生物標(biāo)志物值(連續(xù)的)或生物標(biāo)志物組的綜合評分(連續(xù)的)，對每個治療組并對總生物標(biāo)志物群體進行Cox回歸以作為主要分析方法?！榱诵Ｕ齊NA提取方法，使用模型中的基線ECOG分數(shù)、RNA提取方法(QiagenAllPrep或AmbionRecoverAll)和每種生物標(biāo)志物值(連續(xù)的)或生物標(biāo)志物組的綜合評分(連續(xù)的)，對每個治療組并對總生物標(biāo)志物群體進行Cox回歸。·在對每個治療組并對總生物標(biāo)志物群體進行的Cox回歸中使用以中值二分化的生物標(biāo)志物數(shù)據(jù)(≥中值或<中值)?！な褂肅ox回歸對由基于中值二分化的生物標(biāo)志物數(shù)據(jù)限定的生物標(biāo)志物亞群進行治療組比較?！ひ詳?shù)據(jù)表形式呈現(xiàn)每種關(guān)聯(lián)的相關(guān)p值(第III類)、HR和95％置信區(qū)間?！τ诰哂凶罡唢@著性的生物標(biāo)志物(與多個臨床終點的關(guān)聯(lián)一致)，使用Kaplan-Meier方法來估計rPFS和OS的分布。生物標(biāo)志物結(jié)果人口統(tǒng)計學(xué)和基線特征生物標(biāo)志物群體通常表示COU-AA-302研究中的總ITT群體(數(shù)據(jù)未示出)。然而，生物標(biāo)志物群體中有較高頻率的受試者先前進行過手術(shù)，并且包括較高百分比的北美以外受試者。未觀測到其他人口統(tǒng)計學(xué)和基線特征的統(tǒng)計學(xué)顯著性差異?；虮磉_頻率在所檢驗的94種mRNA生物標(biāo)志物中，87種非看家mRNA在至少5％的樣本中表達。對于每種基因，具有可檢測表達值的腫瘤數(shù)目是不同的(數(shù)據(jù)未示出)。值得注意的是，在所有檢驗的腫瘤中檢測到了AR全長，而可在65.5％的樣本中檢測到ARV7，并且在任何受試者中均未觀察到AR567ES表達(數(shù)據(jù)未示出)。CYP17可檢測表達的頻率為30.9％(數(shù)據(jù)未示出)。生物標(biāo)志物與rPFS的關(guān)聯(lián)分析(獨立審查)—單一mRNA生物標(biāo)志物使用每個治療組或?qū)M合治療組的Cox回歸來評估單一mRNA生物標(biāo)志物表達值與rPFS(IND)的關(guān)聯(lián)分析。基線ECOG評分和隨機分層因素包括在模型中。示出為與通過IND獲得的rPFS和其他臨床終點的關(guān)聯(lián)一致的生物標(biāo)志物匯總于表3中。在所檢查的94種mRNA生物標(biāo)志物中，八種生物標(biāo)志物在AA組中表現(xiàn)出與rPFS(IND)的顯著相關(guān)性(p<0.05)，但在安慰劑組中未表現(xiàn)出顯著相關(guān)性(p≥0.2)，這表明這些生物標(biāo)志物的表達可預(yù)測AA療效(數(shù)據(jù)未示出)。這些生物標(biāo)志物包括：CYP17輔因子(HNF1A)；AR調(diào)節(jié)基因(KLK3)，增殖標(biāo)志物(ANLN、NUSAP1、UBE2C)；二氫睪酮(DHT)的“后門”合成中的酶HSD17B10；C19類固醇轉(zhuǎn)化途徑中的酶SRD5A1；以及預(yù)-mRNA剪接因子SF1。以多變量Cox回歸模型校正RNA提取方法后，ANLN(HR＝0.86；p＝0.0413)、HSD17B10(HR＝0.78；p＝0.0396)，NUSAP1(HR＝0.78；p＝0.0272)以及SRD5A1(HR＝0.79；p＝0.0360)在AA組中保持與rPFS(IND)顯著相關(guān)，并且UBE2C在AA組中表現(xiàn)出與rPFS(IND)相關(guān)的趨勢(HR＝0.88；p＝0.0584)。還使用Cox回歸以及用中值表達作為切分點二分化為二元變量的生物標(biāo)志物表達來評估生物標(biāo)志物與rEFS(AND)的關(guān)聯(lián)。結(jié)果類似于將生物標(biāo)志物數(shù)據(jù)作為連續(xù)變量處理而進行的分析(數(shù)據(jù)未示出)。生物標(biāo)志物與rPFS的關(guān)聯(lián)分析(獨立審查)—mRNA生物標(biāo)志物組通過由ECOG評分分層的Cox回歸評估生物標(biāo)志物綜合評分與rPFS(IND)的關(guān)聯(lián)。一個生物標(biāo)志物組(即包括AKR1C3、FKBP5和PCNA的“雄激素控制組)在AA組中與rPFS(IND)顯著相關(guān)，但在安慰劑組中在進行RNA方法校正之前(HR＝0.57[0.37,0.88]；p＝0.0115)和之后(HR＝0.63[0.39,0.99]，p＝0.0467)都未表現(xiàn)出顯著相關(guān)，這表明其與AA治療的療效相關(guān)。另外，CYP17A1及輔因子組(CYB5A、CYP17A1、CYP3A5、DUSP5、HNF1A、NR0B1、POR；HR＝0.43[0.21,0.89]；p＝0.0224)也在AA組中表現(xiàn)出與rPFS(IND)顯著相關(guān)，而在安慰劑組中則未表現(xiàn)出。(參見表3)生物標(biāo)志物與rPFS的關(guān)聯(lián)分析(研究者審查)—單一mRNA生物標(biāo)志物使用與用于rPFS(IND)相同的方法評估單一mRNA生物標(biāo)志物與rPFS(INV)的關(guān)聯(lián)。十二種生物標(biāo)志物在AA組中與rPFS相關(guān)，而在安慰劑組中則不與rPFS相關(guān)(數(shù)據(jù)未示出)。在這些生物標(biāo)志物中，5種生物標(biāo)志物(HSD17B10、SF1、UBE2C、NUSAP1和SRD5A1)與rPFS(IND)和rPFS(INV)兩者相關(guān)。(參見表3)。生物標(biāo)志物與rPFS的關(guān)聯(lián)分析(研究者審查)—mRNA生物標(biāo)志物組使用與用于rPFS(IND)相同的方法評估m(xù)RNA生物標(biāo)志物組與rPFS(INV)的關(guān)聯(lián)。四種生物標(biāo)志物組在AA組中與rPFS相關(guān)，而在安慰劑組中則不與rPFS相關(guān)(數(shù)據(jù)未示出)。在這些生物標(biāo)志物組中，兩種生物標(biāo)志物組(雄激素控制基因(HR＝0.58；p＝0.0220)和增殖途徑模塊(HR＝0.63；p＝0.0133))與rPFS(IND)和rPFS(INV)兩者相關(guān)。生物標(biāo)志物與OS的關(guān)聯(lián)分析—單一mRNA生物標(biāo)志物使用與用于rPFS(IND)相同的方法評估單一mRNA生物標(biāo)志物與OS的關(guān)聯(lián)。十一種生物標(biāo)志物在AA組中與OS相關(guān)，而在安慰劑組中則不與OS相關(guān)(數(shù)據(jù)未示出)。在這些生物標(biāo)志物中，SF1與rPFS(rPFSIND：HR＝0.82；p＝0.0214；rPFSINV：HR＝0.78；p＝0.0095)和OS(HR＝0.67[0.50,0.89]；p＝0.0066)兩者相關(guān)。生物標(biāo)志物與OS的關(guān)聯(lián)分析—mRNA生物標(biāo)志物組使用與用于rPFS(IND)相同的方法評估m(xù)RNA生物標(biāo)志物組與OS的關(guān)聯(lián)。五種生物標(biāo)志物組在AA組中與OS相關(guān)，而在安慰劑組中則不與OS相關(guān)(數(shù)據(jù)未示出)。在這些生物標(biāo)志物組中，兩種生物標(biāo)志物組(雄激素控制基因(rPFSIND：HR＝0.57；p＝0.0115；OS：HR＝0.31；p＝0.0037)和CYP17A1及輔因子(rPFSIND：HR＝0.43；p＝0.0224；OS：HR＝0.20；p＝0.0156))與rPFS和OS兩者相關(guān)。表3：每個治療組中mRNA生物標(biāo)志物與rPFS(IND)和rPFS(INV)的關(guān)聯(lián)生物標(biāo)志物或生物標(biāo)志物組在AA組中與rPFS相關(guān)(P<0.05)，但在安慰劑組中不與rPFS相關(guān)(P>＝0.2)。使用cox回歸確定AA組或安慰劑組中生物標(biāo)志物表達與rPFS的關(guān)聯(lián)。P值指示關(guān)聯(lián)的顯著性。風(fēng)險比(HR)指示關(guān)聯(lián)大小。匯總統(tǒng)計匯總統(tǒng)計數(shù)據(jù)示于表4中，該匯總統(tǒng)計數(shù)據(jù)包括每種生物標(biāo)志物的觀察次數(shù)(N)、表達的平均值和標(biāo)準(zhǔn)偏差、中值表達、第一四分位數(shù)和第三四分位數(shù)以及最小和最大表達水平。表4：mRNA生物標(biāo)志物的匯總統(tǒng)計系數(shù)是從生物標(biāo)志物表達和基線ECOG狀態(tài)對照放射影像學(xué)無進展生存時間的Cox回歸模型得出的。表5提供了每種標(biāo)志物的模型參數(shù)。使用這些值，生物標(biāo)志物表達和基線ECOG狀態(tài)可轉(zhuǎn)化為rPFS的相對風(fēng)險。表5：生存模型的回歸系數(shù)多變量AA響應(yīng)生物標(biāo)志物的優(yōu)化和驗證使用懲罰回歸定義預(yù)測放射影像學(xué)無進展生存的分類器，以鑒定多變量生物標(biāo)志物組合。使用用于特征選擇和模型設(shè)定的彈性網(wǎng)方法定義模型。使用70％-30％分割比(split)將數(shù)據(jù)分成訓(xùn)練集和測試集。在訓(xùn)練數(shù)據(jù)內(nèi)，使用10倍交叉驗證來定義模型參數(shù)。彈性網(wǎng)模型具有兩個參數(shù)：α和λ。α是彈性網(wǎng)罰分，并決定將應(yīng)用以限制模型復(fù)雜性的罰分的特定混合。λ是正則化罰分，其決定用于限制復(fù)雜性的參數(shù)的大小。在使用交叉驗證優(yōu)化α和λ之后，使用它們的值來定義關(guān)于訓(xùn)練數(shù)據(jù)的cox回歸模型。該模型用于預(yù)測訓(xùn)練集中所有受試者無進展生存的相對風(fēng)險。然后，使用時間依賴性ROC分析來確定模型的預(yù)測能力，并在已經(jīng)觀測到90％具有放射影像學(xué)惡化的受試者疾病復(fù)發(fā)的時間點(t＝20.48個月)處將相對風(fēng)險二分為與低風(fēng)險和高風(fēng)險相關(guān)的兩組。應(yīng)用由回歸系數(shù)、用于區(qū)分低風(fēng)險和高風(fēng)險的時間點和切分點組成的此模型，來預(yù)測獨立測試數(shù)據(jù)中受試者的相對風(fēng)險，并評估預(yù)測能力和分類器的時間事件的關(guān)聯(lián)。對安慰劑數(shù)據(jù)重復(fù)這一評估，以確認分類器預(yù)測對阿比特龍的響應(yīng)，而不是與治療無關(guān)的結(jié)果的預(yù)后。在模型構(gòu)建過程中使用的特征包括在大于50％的樣本中檢測到的所有單基因標(biāo)志物，以排除低表達基因。將該模型優(yōu)化為α＝0.5和λ＝0.209。使用這些參數(shù)，優(yōu)化的生存模型被定義為如表6所述。表6：基于在>50％受試者中測量的所有單基因標(biāo)志物的表達優(yōu)化的多變量模型標(biāo)志物β*MRNA12(AR-Hs00171172_m1)0.226MRNA26(CYP21A2；CYP21A1P-Hs00365734_g1)0.062MRNA37(HLA-A-Hs01058806_g1)0.03MRNA50(IGJ-Hs00376160_m1)0.18MRNA57(KRT17-Hs01588578_m1)0.02MRNA59(LCN2-Hs01008571_m1)0.039MRNA71(PCNA-Hs00427214_g1)0.241*β指示相關(guān)標(biāo)志物的優(yōu)化回歸系數(shù)。表7列出了預(yù)測量度，該預(yù)測量度描述關(guān)于獨立測試和安慰劑組數(shù)據(jù)的這些模型的性能。表7：基于在>50％受試者中測量的所有單基因標(biāo)志物的表達優(yōu)化的多變量模型的預(yù)測量度。數(shù)據(jù)時間點KMAUC測試20.481340.4740.778安慰劑20.481340.2620.627數(shù)據(jù)指示所使用的數(shù)據(jù)集，即獨立測試集或安慰劑數(shù)據(jù)。KM指示在時間t處的Kaplan-Meier生存估計。AUC指示時間t處ROC曲線下的面積。表8列出了描述分類器預(yù)測與放射影像學(xué)無進展生存時間之間關(guān)聯(lián)的統(tǒng)計。表8：預(yù)測模型與放射影像學(xué)無進展生存時間的關(guān)聯(lián)當(dāng)前第1頁1 2 3