專利名稱：棉花耐鹽est-ssr分子標記的制作方法
技術領域：
本發(fā)明涉及分子標記領域，具體地涉及棉花耐鹽EST-SSR分子標記。
背景技術：
棉屬(Gossypium L.)包含四個栽培種，即草棉(G.herbaceum),亞洲棉(G.arboreum),陸地棉(G.hirsutum)和海島棉(G.barbadense),是世界上最重要的紡織纖維的來源，而其中絕大多數(shù)棉花產(chǎn)量來自陸地棉栽培種。經(jīng)過長期的人類選育改良，現(xiàn)代陸地棉栽培種具備高產(chǎn)優(yōu)質等諸多適合人類需要的優(yōu)良特性；然而，人類選擇這些優(yōu)良性狀的同時也導致了棉花遺傳多樣性的喪失。有研究表明，現(xiàn)代陸地棉基因庫已經(jīng)十分有限，陸地棉品種的開發(fā)面臨著嚴重的遺傳多樣性的瓶頸。遺傳多樣性狹窄提高了棉花基因庫對生物和非生物脅迫的遺傳脆弱性(geneticvulnerability)，即降低了其耐害能力。鹽害是沿海灘涂地區(qū)作物常見的非生物脅迫。為了加速鹽堿地開發(fā)利用，就迫切需要能夠適應高鹽分生長的植物，并產(chǎn)生較好的經(jīng)濟效益，而棉花正是能夠滿足這種需要的特種經(jīng)濟作物。棉花耐鹽性較強，是鹽堿地的先鋒作物。因缺乏高抗的陸地棉資源，棉花耐鹽常規(guī)育種進展緩慢，不能滿足生產(chǎn)的需求。許多野生棉及陸地棉的野生和半野生種系有耐鹽的優(yōu)良特性。利用遠緣雜交將野生棉、半野生棉種系中的耐鹽種質轉育到陸地棉中，可以創(chuàng)造出豐產(chǎn)、優(yōu)質、多抗的棉花種質供育種利用。棉花的許多重要性狀是由多基因控制的數(shù)量性狀，這些微效多基因在染色體上的位置稱為數(shù)量性狀基因座(quantitative trait locus，QTL)。數(shù)量性狀表現(xiàn)為連續(xù)變異，其遺傳研究如數(shù)量性狀的基因數(shù)目、染色體位置及效應，很難從性狀本身的表型分布來確定。傳統(tǒng)的數(shù)量遺傳學只能借助數(shù)理 統(tǒng)計方法，將復雜的多基因系統(tǒng)作為一個整體，用平均值和方差來表示數(shù)量性狀的遺傳特征，但無法區(qū)別單個QTL的效應、位置及相互作用，從而限制了數(shù)量性狀的遺傳操作和應用。隨著分子生物學技術的深入發(fā)展，利用DNA分子標記構建遺傳圖譜并開展QTL定位有了飛躍的發(fā)展。QTL定位即通過分析整個染色體組的DNA標記和數(shù)量性狀表型值的關系，從而將QTL逐一定位到染色體的相應位置，并估計其遺傳效應。隨著分子標記的不斷開發(fā)，棉花的遺傳圖譜日益飽和，棉花的QTL定位也在不斷深入發(fā)展，在QTL定位的基礎上標記輔助選擇(Marker-assisted Selection, MAS)隨之開展,這是DNA標記最重要的運用之一，可以為育種實踐提供許多便利。近十余年來基因組研究迅速發(fā)展，現(xiàn)有的棉花SSR標記是基于基因組序列或隨機的EST序列開發(fā)而來，即來自基因組中隨機選擇的多態(tài)性位點，在QTL定位中具有較大的隨機性。近年來，越來越多的不同棉種大規(guī)模的EST測序和公開釋放(GenBank, http://www.ncb1.nlm.nih.gov/dbEST/),包括陸地棉(G.hirsutum),雷蒙德氏棉(G.raimondii),亞洲棉(G.arboreum),海島棉(G.arbadense),草棉(G.herbaceum)。與此同時，也開展了大量的基于EST的SSR引物開發(fā)；然而未見專門針對耐鹽EST的引物開發(fā)。雖然棉花的EST釋放越來越多，但功能基因鑒定相對滯后，因此迫切需要開發(fā)棉花耐鹽EST-SSR分子標記，提高分子標記輔助選擇的效率，以發(fā)現(xiàn)更多的育種有利等位基因，并將這些有利的等位基因聚合在一起，從而實現(xiàn)更高效的育種。

發(fā)明內容
本發(fā)明的目的是開發(fā)棉花耐鹽EST-SSR分子標記。根據(jù)本發(fā)明的棉花耐鹽EST-SSR分子標記，其對應引物的核苷酸序列如下所示:
權利要求
1.棉花耐鹽EST-SSR分子標記，其特征在于，所述引物的核苷酸序列如下所示:引物 NTU046:正向引物 5’ -GACTTGGCTACCTCTTCCAA-3’，反向引物:5 ’ -AGACTCTCAACGCTTTCCAC-3，；引物 NTU053:正向引物 5 ’ -CTGCAGGTGTCTTACAGTGC-3，，反向引物:5 ’ -ACT GGGCAGGTAACTGAAAT-3 ’。
全文摘要
本發(fā)明涉及分子標記領域，具體地涉及棉花耐鹽EST-SSR分子標記。本發(fā)明開發(fā)了耐鹽EST-SSR分子標記NTU046、NTU052，其與棉花耐鹽性相關，可以用于區(qū)分耐鹽及鹽敏感棉花材料。
文檔編號C12N15/11GK103160506SQ20131008212
公開日2013年6月19日 申請日期2013年3月14日 優(yōu)先權日2013年3月14日
發(fā)明者汪保華, 李平, 王亞峰, 莊智敏, 姚傳波, 王長彪, 王為, 朱新宇, 錢曉偉, 馮艷 申請人:南通大學