專利名稱：診斷高膽紅素血癥的SNP、生物標志物及單倍型區(qū)塊tagSNPs集合的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及一種生物技術(shù)領(lǐng)域內(nèi)的SNP、生物標志物及單倍型區(qū)塊tagSNPs集合， 具體涉及一種診斷高膽紅素血癥的SNP、生物標志物及單倍型區(qū)塊tagSNPs集合。
背景技術(shù)：
高膽紅素血癥是指膽紅素在生理代謝過程中出現(xiàn)的代謝速率緩慢或代謝障礙而導(dǎo)致在體內(nèi)累積的疾病，在臨床上主要表現(xiàn)為黃疸癥狀。高膽紅素血癥主要包括三種 Crigler-Najjar I (CN I)，Crigler-Najjar II (CN II)和 Gilbert 綜合癥(GS)。CN I 和 CNII，是發(fā)生于新生兒和嬰幼兒的遺傳性高膽紅素血癥，前者由于多伴有膽紅素腦病，膽紅素的神經(jīng)毒性作用引起腦組織的病理性損害，如不及早防治可致后遺癥或死亡，并且臨床藥物治療無效，I型病人預(yù)后不良，大多數(shù)在出生后18個月內(nèi)死于膽紅素腦病或后遺癥；II 型患者病情較I型相對較輕，無神經(jīng)系統(tǒng)癥狀，智力發(fā)育亦正常，黃疸程度稍低，藥物苯巴比妥可輔助治療，II型預(yù)后比I型好，輕型患者或可存活至成年。Gilbert綜合癥，病人主要為青少年，男性多見，臨床表現(xiàn)特點為長期間歇性輕度黃疸，多無明顯癥狀，發(fā)病率大約為5%左右。傳統(tǒng)的臨床診斷方法是測定患者的總膽紅素水平及間接膽紅素水平，但由于受個體差異，民族、地區(qū)、性別、喂養(yǎng)方式等多種因素的影響，黃疸膽紅素濃度診斷標準常常不適用，例如早產(chǎn)兒，低出生體重兒等，經(jīng)常由于不能早發(fā)現(xiàn)早干預(yù)而導(dǎo)致新生兒致殘與死亡。 正是由于傳統(tǒng)的高膽紅素血癥的診斷方法具有不穩(wěn)定性及不確定性，因此，尋找并制定一個持之有效的新標準來實現(xiàn)膽紅素代謝疾病的診斷與預(yù)測預(yù)防非常重要。

發(fā)明內(nèi)容
本發(fā)明的目的在于克服現(xiàn)有技術(shù)的不足，提供一種診斷高膽紅素血癥的SNP、生物標志物及單倍型區(qū)塊tagSNPs集合。本發(fā)明避開患者膽紅素濃度生理指標的波動性和個體差異性，從遺傳因素出發(fā)，基于疾病關(guān)聯(lián)性分析以及膽紅素代謝酶編碼基因內(nèi)單核苷酸多態(tài)性(SNP)的連鎖分析，篩選出具有生物學(xué)意義的代表性生物標志物，這些生物標志物的存在狀態(tài)決定了個體患病的風(fēng)險。通過鑒定個體基因組內(nèi)特定生物標志物的遺傳狀態(tài)，來評估患膽紅素代謝疾病的風(fēng)險性，從而達到早預(yù)測、早診斷、早干預(yù)、早治療的目的。本發(fā)明的目的是通過以下技術(shù)方案來實現(xiàn)的第一方面，本發(fā)明涉及一種用于診斷高膽紅素血癥的SNP位點，所述SNP位點為表中所示的15種SNP位點中的一種
權(quán)利要求
1. 一種用于診斷高膽紅素血癥的SNP位點，其特征在于，所述SNP位點為表中所示的 15種SNP位點中的一種UGTlGenomicCoding DNA序號numberingnucleotide numbering1A8r. 34888c. *625A>G1IAlOg. 53342c.*240G>A2r. 53524c.*422C>G3r. 53668c. *566A>G41A9R. 86355c.*-2188T>C5R. 86685c.*-1858C>G6r. 88983c.*441C>T7R. 89087c. *545A>G81A4g. 135457c.*29C>T9R. 135660c. *232A>T10IAlR. 175231c.*189C>T11r. 175636c.*594C>T12Exon4 in tronr.184204c.*1304+1011T>C13r. 184279c.*1304+1086C>A14g.187501c.*1602+188T>G15
2.如權(quán)利要求1所述的用于診斷高膽紅素血癥的SNP位點，其特征是，所述高膽紅素血癥為三類先天性非溶血性黃疸，具體為CN I、CN II和Gilbert綜合癥。
3.一種用于診斷高膽紅素血癥的生物標志物，其特征在于，所述生物標志物為 lA4intron SNP c. 867+101G > Τ。
4.一種用于診斷高膽紅素血癥的單倍型區(qū)塊tagSNPs集合，其特征在于，所述單倍型區(qū)塊tagSNPs集合為Block 9 單倍型 tagSNP 集 c. -688A > C, c. 18__117insT ；Block 9/7/6 單倍型 tagSNP 集 c. 855+152G > A, c. 855+399G > A, c. 855+485G > A, c. 855+642G > A, p. K131Q, p. R208W, c. 756G > A, c. 351A > G, p. T181A ；Block 5 單倍型 tagSNP 集 p. L248I, c. 792T > C ；Block 4/3 單倍型 tagSNP 集 c. 804G > A, c. -66T > C, p. R45W, p. V47A, c. 477A > G ；Block3，UTR 單倍型 tagSNP 集 c. 1602+211T > C, c. 1602+339G > C。
全文摘要
本發(fā)明涉及一種生物技術(shù)領(lǐng)域內(nèi)的診斷高膽紅素血癥的SNP、生物標志物及單倍型區(qū)塊tagSNPs集合；所述SNP位點為表中所示的15個SNP位點中的一種；所述生物標志物為1A4 intron SNP c.867+101G＞T；利用本發(fā)明提供的SNP、生物標志物及單倍型區(qū)塊tagSNPs集合，可以檢測出個體是否有患病的風(fēng)險，并且可根據(jù)具體標志物SNP位點的不同，診斷出個體的患高膽紅素血癥的具體類型，達到早預(yù)測、早診斷、早干預(yù)、早治療的目的；本發(fā)明提供生物標志物還能用于診斷試劑盒的開發(fā)，并可應(yīng)用于臨床研究、分析及診斷用途。
文檔編號C12Q1/68GK102533968SQ20111035915
公開日2012年7月4日 申請日期2011年11月14日 優(yōu)先權(quán)日2011年11月14日
發(fā)明者吳強, 楊靜, 黃海燕 申請人:上海交通大學(xué)