專(zhuān)利名稱(chēng)：長(zhǎng)葉紅砂耐鹽特有基因序列Rt-st14173在植物抗鹽基因工程中的應(yīng)用的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明屬于植物生物技術(shù)領(lǐng)域，具體地說(shuō)，涉及一種特有鹽生植物長(zhǎng)葉紅砂的耐鹽性狀基因。本發(fā)明選用內(nèi)蒙古東阿拉善-西鄂爾多斯地區(qū)特有耐鹽植物長(zhǎng)葉紅砂為試材，運(yùn)用Illumina/Solexa轉(zhuǎn)錄組深度測(cè)序獲得長(zhǎng)葉紅砂耐鹽基因，對(duì)候選長(zhǎng)葉紅砂耐鹽基因進(jìn)行生物信息學(xué)分析，了解基因的功能及其履行的生物學(xué)功能。
背景技術(shù)：
長(zhǎng)葉紅砂(Reaumuria trigyna Maxim.)，又名黃花紅砂、黃花琵琶柴，隸屬于檉柳科(Tamaricaceae)琵琶柴屬(Reaumuria Linn.)，為古地中海殘遺珍稀植物，是亞洲中部地區(qū)東阿拉善-西鄂爾多斯特有種，為該地區(qū)重要牧草之一，其生存環(huán)境極端惡劣， 為典型的高原干旱半干旱季風(fēng)氣候區(qū)，該地區(qū)終年干旱、低溫、高鹽，年均降水量140. 9 302. 2mm，年均溫度6. 0 9. 2°C，土壤含鹽量可達(dá)0. 4%。長(zhǎng)葉紅砂是典型的泌鹽鹽生植物， 葉表面和幼莖表面分布著大量的8細(xì)胞鹽腺，這一結(jié)構(gòu)可有效的將植物體內(nèi)過(guò)量的鹽分排出體外，研究表明該植物可在500mM NaCl脅迫下正長(zhǎng)生長(zhǎng)。隨著人類(lèi)活動(dòng)范圍的不斷擴(kuò)大如基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)用地、過(guò)度放牧等對(duì)生長(zhǎng)在該地區(qū)的植物提出了巨大的生存挑戰(zhàn)?，F(xiàn)在該物種已被列為內(nèi)蒙古自治區(qū)珍稀瀕危植物。對(duì)長(zhǎng)葉紅砂研究的意義不僅僅在于對(duì)瀕危物種的保護(hù)上，更重要的是對(duì)于這一生存在極端環(huán)境下的植物的基因水平上的開(kāi)發(fā)和利用。目前對(duì)長(zhǎng)葉紅砂的研究主要集中在形態(tài)學(xué)、耐鹽生理機(jī)理、激素及水分調(diào)節(jié)及生物多樣性上， 而關(guān)于該物種鹽誘導(dǎo)及特有耐鹽基因的克隆及利用方面仍均無(wú)報(bào)道。誕生于20世紀(jì)70年代的Sanger法是最早廣泛應(yīng)用的DNA測(cè)序技術(shù)，也是完成人類(lèi)基因組計(jì)劃的基礎(chǔ)。但隨著科學(xué)技術(shù)的不斷發(fā)展，2005年以來(lái)，以Roche公司的妨4技術(shù)、Illumina公司的Solexa技術(shù)和ABI公司的SOLiD技術(shù)為標(biāo)志的新一代測(cè)序技術(shù)相繼誕生。新一代測(cè)序技術(shù)又稱(chēng)作深度測(cè)序技術(shù)，主要特點(diǎn)是測(cè)序通量高、測(cè)序時(shí)間和成本顯著下降。把這種高通量測(cè)序技術(shù)應(yīng)用到由mRNA逆轉(zhuǎn)錄生成的cDNA上，從而獲得來(lái)自不同基因的mRNA片段在特定樣本中的含量，這就是mRNA測(cè)序或mRNA-seq。同樣原理，各種類(lèi)型的轉(zhuǎn)錄本都可以用深度測(cè)序技術(shù)進(jìn)行高通量定量檢測(cè)，統(tǒng)稱(chēng)作RNA-seq或RNA測(cè)序。目前，在已經(jīng)推出的幾種新一代測(cè)序平臺(tái)中，Illumina/Solexa測(cè)序平臺(tái)上的 RNA-seq應(yīng)用最廣。該技術(shù)已被應(yīng)用到科學(xué)研究的各個(gè)領(lǐng)域，如2009年發(fā)表在kience上的有關(guān)家蠶馴化相關(guān)基因的研究中得到3M個(gè)馴化候選基因，其中包括產(chǎn)絲重要相關(guān)基因 Sgf-I ；水稻研究領(lǐng)中發(fā)現(xiàn)在家養(yǎng)水稻及野生型水稻間有517個(gè)基因存在SNPs，目前452個(gè)源于野生稻的基因已被轉(zhuǎn)入栽培稻中進(jìn)行表達(dá)，其中M個(gè)基因在苗期表現(xiàn)出明顯的表型差異，16個(gè)基因已經(jīng)申請(qǐng)專(zhuān)利并被受理；此外，還運(yùn)用該技術(shù)從基因組水平對(duì)青藏高原上藏人對(duì)高海拔的適應(yīng)性給出了遺傳學(xué)的解析，結(jié)果發(fā)現(xiàn)，西藏自治區(qū)2個(gè)村莊的50個(gè)藏民的外顯子組，與40個(gè)北京漢人基因組數(shù)據(jù)進(jìn)行比對(duì)，鑒定出一些高原適應(yīng)候選相關(guān)基因。 這些基因上發(fā)生的優(yōu)異變異可被認(rèn)為是西藏地區(qū)人類(lèi)生存和繁衍后代的長(zhǎng)期選擇的重要結(jié)果。據(jù)文獻(xiàn)報(bào)道，關(guān)于RNA-seq技術(shù)的缺點(diǎn)尚未出現(xiàn)，但就該技術(shù)存在的難點(diǎn)和所面對(duì)的挑戰(zhàn)進(jìn)行了相關(guān)的描述。其中很重要的一點(diǎn)是高通量測(cè)序技術(shù)數(shù)據(jù)處理中的生物信息學(xué)挑戰(zhàn)，也就是在測(cè)序所得數(shù)據(jù)做后續(xù)處理中怎樣克服系統(tǒng)誤差及解決偏好性的問(wèn)題。以差異表達(dá)基因?yàn)榛A(chǔ)的分析中，由于基因表達(dá)水平都是通過(guò)讀段(reads)計(jì)數(shù)來(lái)估計(jì)的， 表達(dá)水平較高或轉(zhuǎn)錄本較長(zhǎng)的基因擁有更多的讀段，更容易被多數(shù)統(tǒng)計(jì)方法識(shí)別為差異表達(dá)基因。這種偏好可能對(duì)后續(xù)分析帶來(lái)影響。針對(duì)這種偏好性，Ycnmg等人發(fā)展了一種方法，較好的避開(kāi)了這種偏好性。另外，在植物耐鹽基因克隆及利用方明，目前大多集中在模式植物擬南芥、鹽芥或水稻，小麥等作物上。對(duì)野生天然強(qiáng)抗耐鹽植物的研究還比較少見(jiàn)， 尤其是結(jié)合高通量測(cè)序技術(shù)系統(tǒng)性發(fā)據(jù)和篩選通過(guò)環(huán)境長(zhǎng)期篩選出的鹽脅迫相關(guān)基因。本發(fā)明獲得的耐鹽性狀基因正是利用新一代測(cè)序技術(shù)對(duì)內(nèi)蒙古特有耐鹽植物長(zhǎng)葉紅砂轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行深度測(cè)序所得。

發(fā)明內(nèi)容
本發(fā)明的目的是利用二代測(cè)序技術(shù)i 1 lumina/so 1 exa系統(tǒng)，對(duì)內(nèi)蒙古東阿拉善-鄂爾多斯特有鹽生植物長(zhǎng)葉紅砂(室內(nèi)培養(yǎng)幼苗)轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行De novo深度測(cè)序。對(duì)測(cè)序結(jié)果進(jìn)行生物信息學(xué)分析后，得到該物種轉(zhuǎn)錄組中全部與非生物脅迫相關(guān)的基因序列 (全長(zhǎng)或部分)。最終篩選出NaCl處理前后在轉(zhuǎn)錄組水平表達(dá)量變化最明顯的耐鹽相關(guān)基因序列。本發(fā)明的實(shí)施方案是選用內(nèi)蒙古東阿拉善-西鄂爾多斯地區(qū)特有耐鹽植物長(zhǎng)葉紅砂為試材，運(yùn)用Illumina/Solexa轉(zhuǎn)錄組深度測(cè)序獲得長(zhǎng)葉耐鹽基因，對(duì)候選長(zhǎng)葉紅砂耐鹽基因進(jìn)行生物信息學(xué)分析，了解基因的功能及其履行的生物學(xué)功能。該方法除通量大、 速度快、成本低的優(yōu)點(diǎn)外，還可應(yīng)用于無(wú)全基因組背景的物種的研究上，并且，該方法產(chǎn)生的海量數(shù)據(jù)，可以為后續(xù)深入研究某一物種特定代謝機(jī)理提供可靠信息。本發(fā)明的一個(gè)目的在于提供新的長(zhǎng)葉紅砂耐鹽性狀的基因，定名為Rt_stl4173， 其序列為SEQ ID No :1或SEQ ID No 2所示的序列。本發(fā)明的另一個(gè)目的在于提供上述基因編碼的多肽。本發(fā)明的再一個(gè)目的在于提供含有上述基因序列的表達(dá)載體。根據(jù)本發(fā)明的一方面，一種在NaCl脅迫下表達(dá)量明顯上升的基因Rt_stl4173，來(lái)源于長(zhǎng)葉紅砂(Reaumuria trigyna Maxim.)，名稱(chēng)為Rt_stl4173，其核苷酸序列如序列表中SEQ ID NO :1所示，其編碼區(qū)如序列表中SEQ ID NO :2所示，其編碼的673個(gè)氨基酸序列，如序列表中SEQ ID N0:3所示。該基因是一種氧化呼吸酶。具體地說(shuō)，本發(fā)明提供了含有下述序列之一的分離的多核苷酸(1)序列表中的 SEQ ID NO 1 和 SEQ ID NO 2 ；(2)與序列表中SEQ ID NO :1或SEQ ID NO :2限定的DNA序列具有90%以上同源性，且編碼相同功能蛋白質(zhì)的DNA序列；上述涉及的多核苷酸還包括取代、缺失、和插入變體以及等位變體、剪接變體、片段、衍生物等，其中可以通過(guò)取代、缺失、插入或衍生一個(gè)或多個(gè)核苷酸。優(yōu)選的這些多核苷酸是那些具有同樣耐鹽性狀的功能。
本領(lǐng)域技術(shù)人員可以理解的是，上述的分離的多核苷酸也包括那些與SEQ ID NO. 1或SEQ ID NO 2所示序列具有較高同源性的序列，例如同源性大于90%、甚至95%、 甚至98%的序列；還包括那些在嚴(yán)謹(jǐn)條件下可與SEQ ID NO. 1或SEQ ID NO :2所示序列雜交的序列；或者可與SEQ ID NO. 1或SEQ ID NO 2所示序列互補(bǔ)的序列。根據(jù)本發(fā)明的另一方面，本發(fā)明亦提供包括一種或多種上述多核苷酸的重組載體。在優(yōu)選的實(shí)施方案中，這種重組載體包括上述的多核苷酸，它編碼含SEQ ID N0:3的多肽，其含SEQ ID NO :1或SEQ ID NO 2的序列所示的多核苷酸。本發(fā)明同時(shí)提供了將本發(fā)明的新基因Rt_stl4173應(yīng)用于植物抗鹽基因工程中的技術(shù)方案。本發(fā)明從長(zhǎng)葉紅砂中成功地分離獲得了在NaCl脅迫下表達(dá)量明顯上升的基因 Rt-stl4173，這給利用基因工程手段改造植物從而提高其抗鹽能力提供了方向和靶點(diǎn)，對(duì)于植物在高NaCl脅迫環(huán)境下的育種試驗(yàn)具有重要意義。具體來(lái)說(shuō)，本發(fā)明的具體實(shí)施方案之一是將Rt_stl4173基因應(yīng)用于植物基因工程以提高植物在高NaCl脅迫環(huán)境下生存能力的途徑。以上概括的描述了本發(fā)明，可通過(guò)參照本文提供的某些具體實(shí)施例進(jìn)一步理解本發(fā)明，這些實(shí)施例僅是為了說(shuō)明而不是限制本發(fā)明。


圖1 對(duì)建好的測(cè)序文庫(kù)用Illumina HiSeq 2000進(jìn)行測(cè)序的流程圖；圖2 =Unigene生物信息學(xué)分析的流程圖，clean reads代表測(cè)序所得原始 reads (讀段)去掉只含adaptor (接頭)序列的部分，Unigenes代表經(jīng)組裝所得序列；圖3 將測(cè)序組裝所得的65340條imigene通過(guò)COG注釋到25個(gè)分子家族，縱軸代表Unigenes的數(shù)量，橫軸各字母代表25種基因功能分類(lèi)其中A代表RNA加工和修改 (RNA processing and modification) ；B代表染色質(zhì)結(jié)構(gòu)禾口動(dòng)力學(xué)(Chromatin structure and dynamics) ；C 代表能源生產(chǎn)禾口轉(zhuǎn)換(Energy production and conversion) ；D 代表細(xì)胞周期調(diào)控，細(xì)胞分裂，染色體分離(Cell cycle control, cell division, chromosome partitioning) ；E M ■ : 與 ilt (Amino acid transport and metabolism) ；F 代表核苷酸轉(zhuǎn)運(yùn)與代謝(Nucleotide transport and metabolism) ；G 代表碳水化合物運(yùn)輸和代謝(Carbohydrate transport and metabolism) ；H代表運(yùn)輸和代謝的輔酶(Coenzyme transport and metabolism) ;1代表脂質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)和代謝(Lipid transport and metabolism) ；J 1 番羽i$、t亥Hi本勾禾口(Translation, ribosomal structure and biogenesis) ；K 代表轉(zhuǎn)錄(Transcription) ；L 代表復(fù)制，重組和修復(fù) (Replication, recombination and repair) ；M 代表細(xì)胞壁 / 膜 / 胞膜合成(Cell wall/ membrane/envelope biogenesis) ；N^^^lfigsj] (Cell motility) ；0
% (Post-translational modification) ；P ^^|/l ^ ^is % ^ilt (Inorganic ion transport and metabolism) ；Q代表生物合成，運(yùn)輸和代謝的次生代謝產(chǎn)物Gecondary metabolites biosynthesis, transport and catabolism) ；R 代表一般功能預(yù)測(cè)(General function prediction only) ；S 代表功能未知(Function unknown) ；T 代表信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)機(jī)制 (Signal transduction mechanisms) ；U 代表細(xì)胞內(nèi)，分泌禾口膜泡運(yùn)輸胞(Intracellulartrafficking, secretion, and vesicular transport) ；V 代表防 M l/l ffj!j (Defense mechanisms) ；W 代表胞夕卜結(jié)構(gòu)(Extracellular structures) ；Y 代表核結(jié)構(gòu)(Nuclear structure) ；Z 代表細(xì)胞骨架(Cytoskeleton)；圖4 在5032條差異表達(dá)基因，其中上調(diào)(T43相對(duì)于C21表達(dá)量增加)基因2370 條，下調(diào)(C21相對(duì)于T43表達(dá)量增加)基因2662條，圖中由兩條曲線(xiàn)劃分出三個(gè)區(qū)域，偏上區(qū)域代表上調(diào)差異表達(dá)基因，偏下區(qū)域代表下調(diào)差異表達(dá)基因，中間區(qū)域?yàn)槲礄z測(cè)到的差異表達(dá)基因(Not detected expression genes)。
具體實(shí)施例方式實(shí)施例1.長(zhǎng)葉紅砂幼苗培養(yǎng)長(zhǎng)葉紅砂種子于2008年9月采自?xún)?nèi)蒙古自治區(qū)東阿拉善-西鄂爾多斯地區(qū)，挑選飽滿(mǎn)種子用10%次氯酸鈉滅菌15min，滅菌ddH20沖洗三遍，播種于裝有40ml MS培養(yǎng)基的 150ml三角瓶中。暗培養(yǎng)7 后在25°C、濕度70%、1^1: 1光照/黑暗的條件下培養(yǎng)。幼苗生長(zhǎng)至IOcm(大約15d)左右，轉(zhuǎn)移至25cm高，直徑5cm的大試管中培養(yǎng)，每?jī)商鞊Q一次滅菌l/2H0agland營(yíng)養(yǎng)液，每次約50ml。挑選三株長(zhǎng)勢(shì)相近的長(zhǎng)葉紅砂幼苗為實(shí)驗(yàn)試材， NaCl處理前，適當(dāng)剪取三株幼苗莖葉；對(duì)幼苗進(jìn)行IOOmM NaCl處理后，于0. 5h、lh、2h、4h 及他收取適量幼苗，NaCl濃度也隨即增加到200福，》!后收取材料并重復(fù)該步直至收獲到 400mM NaCl處理材料為止，所有材料在收獲后應(yīng)迅速保存在液氮中備用。實(shí)施例2. RNA-seq cDNA文庫(kù)的制備a. total RNA 的提取采用plant plus RNA regent (DP437，Tiangen，Bei jing)根據(jù)用法說(shuō)明進(jìn)行總 RNA 的提取，對(duì)所得總RNA進(jìn)行45分鐘DNase I (TaKaRa)消化，取1. 5 μ 1進(jìn)行1 %瓊脂糖凝膠電泳，Nanovue plus測(cè)定260/2800D值均在1. 9 2. 1之間、260/230均大于2. 0。將對(duì)照及鹽脅迫處理樣品分別等量混合，得到兩樣本RNA池C21、T43。最后對(duì)兩樣品做Agilent 2100檢測(cè)。b.測(cè)序文庫(kù)的制備 總RNA用帶有01 igo (dT)的磁珠富集mRNA后將mRNA片段化，以mRNA為模板，用六堿基隨機(jī)引物(random hexamers)合成cDNA第一鏈，然后加入緩沖液、dNIPs、RNaseH和 DNA polymerase I合成cDNA第二鏈。反轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物經(jīng)QiaQuick PCR試劑盒純化后做末端修復(fù)、加poly (A)并連接測(cè)序接頭，瓊脂糖凝膠電泳進(jìn)行片段大小選擇后進(jìn)行PCR擴(kuò)增，建好的測(cè)序文庫(kù)用Illumina HiSeq 2000進(jìn)行測(cè)序(流程圖可見(jiàn)附圖1)。實(shí)施例3.測(cè)序結(jié)果組裝及生物信息學(xué)分析a.測(cè)序結(jié)果組裝使用短reads組裝軟件SOAPdenovo (組裝軟件)做轉(zhuǎn)錄組從頭組裝。SOAPdenovo 首先將具有一定長(zhǎng)度overlap (重疊)的reads (讀段)連成更長(zhǎng)的片段，這些通過(guò)reads overlap關(guān)系得到的不含N的組裝片段我們稱(chēng)之稱(chēng)為Contig。將reads比對(duì)回Contig，通過(guò)paired-end reads能確定來(lái)自同一轉(zhuǎn)錄本的不同 Contig以及這些Contig之間的距離，SOAPdenovo將這些Contig連在一起，中間未知序列用N表示，這樣就得到kaffold。進(jìn)一步利用paired-end reads對(duì)kaffold做補(bǔ)洞處理，最后得到含N最少，兩端不能再延長(zhǎng)的序列，我們稱(chēng)之為Unigene。如果同一物種做了多個(gè)樣品測(cè)序，則不同樣品組裝得到的Unigene可通過(guò)序列聚類(lèi)軟件TGICL做進(jìn)一步序列拼接和去冗余處理，得到盡可能長(zhǎng)的非冗余Unigene。b. unigene生物信息學(xué)分析(分析流程見(jiàn)附圖2)通過(guò)blastx將Unigene序列比對(duì)到蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)nr、Swiss-Prot、KEGG和 C0G(evalue < 0. 00001)，得到跟給定Unigene具有最高序列相似性的蛋白，從而得到該 Unigene的蛋白功能注釋信息。GO注釋將組裝所得的65340條unigene注釋到三個(gè)ontology，分別是分子功能(molecular function)、所處的細(xì)胞位置(cellular component)、參與的生物過(guò)程 (biological process)。對(duì)于GO注釋而言，Gene Ontology (簡(jiǎn)稱(chēng)GO)是一個(gè)國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)化的基因功能分類(lèi)體系，提供了一套動(dòng)態(tài)更新的標(biāo)準(zhǔn)詞匯表(controlled vocabulary)來(lái)全面描述生物體中基因和基因產(chǎn)物的屬性。GO總共有三個(gè)ontology (本體)，分別描述基因的分子功能(molecular function)、所處的細(xì)胞位置(cellular component)、參與的生物過(guò)程(biological process)。GO的基本單位是term (詞條、節(jié)點(diǎn))，每個(gè)term都對(duì)應(yīng)一個(gè)屬性。GO功能分析一方面給出差異表達(dá)基因的GO功能分類(lèi)注釋?zhuān)涣硪环矫娼o出差異表達(dá)基因的GO功能顯著性富集分析。COG注釋將所得unigene注釋到25個(gè)分子家族，主要包括細(xì)胞結(jié)構(gòu)、生物化學(xué)代謝、分子過(guò)程、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、基因表達(dá)以及刺激響應(yīng)等，如附圖3所示。對(duì)于COG注釋而言， COG 是 Cluster of Orthologous Groups of proteins (蛋白相鄰類(lèi)的聚簇)的縮寫(xiě)。構(gòu)成每個(gè)COG的蛋白都是被假定為來(lái)自于一個(gè)祖先蛋白，并且因此或者是orthologs或者是 Paralogs0 Orthologs是指來(lái)自于不同物種的由垂直家系(物種形成)進(jìn)化而來(lái)的蛋白，并且典型的保留與原始蛋白有相同的功能。Paralogs是那些在一定物種中的來(lái)源于基因復(fù)制的蛋白，可能會(huì)進(jìn)化出新的與原來(lái)有關(guān)的功能。對(duì)于KEGG(京都基因與基因組百科全書(shū))而言，它是基因組破譯方面的數(shù)據(jù)庫(kù)。在后基因時(shí)代一個(gè)重大挑戰(zhàn)是如何使細(xì)胞和有機(jī)體在計(jì)算機(jī)上完整的表達(dá)和演繹，讓計(jì)算機(jī)利用基因信息對(duì)更高層次和更復(fù)雜細(xì)胞活動(dòng)和生物體行為作出計(jì)算推測(cè)。為達(dá)到此目的， 人們建立了一個(gè)在相關(guān)知識(shí)基礎(chǔ)上的網(wǎng)絡(luò)推測(cè)計(jì)算工具。在給出染色體中一套完整的基因的情況下，它可以對(duì)蛋白質(zhì)交互(互動(dòng))網(wǎng)絡(luò)在各種細(xì)胞活動(dòng)起的作用作出預(yù)測(cè)。KEGG的 Pattway數(shù)據(jù)庫(kù)整合當(dāng)前在分子互動(dòng)網(wǎng)絡(luò)(比如通道，聯(lián)合體)的知識(shí)。實(shí)施例4.差異表達(dá)基因的獲得和其功能注釋經(jīng)測(cè)序共得非冗余序列65340條，比較C21及T43兩樣本測(cè)序結(jié)果得到差異表達(dá)基因信息，差異表達(dá)基因篩選參照Audic S.等人發(fā)表在Genome Research上的基于測(cè)序的差異基因檢測(cè)方法，公式如下= ( λ為基因A的真實(shí)轉(zhuǎn)錄數(shù))
Xl假設(shè)觀測(cè)到基因A對(duì)應(yīng)的reads (測(cè)序所產(chǎn)生的短片段)數(shù)為X，已知在一個(gè)大文
庫(kù)中，每個(gè)基因的表達(dá)量只占所有基因表達(dá)量的一小部分，在這種情況下，ρ (χ)的分布服
從泊松分布。已知，樣本一能比對(duì)到所有Unigene的總reads數(shù)為Ni，樣本二能比對(duì)到所
有Unigene的總reads數(shù)為N2，基因A在樣本一中對(duì)應(yīng)的reads數(shù)為X，在樣本二中對(duì)應(yīng)的
reads數(shù)為y，則基因A在兩樣本中表達(dá)量相等的概率可由以下公式計(jì)算
權(quán)利要求
1.長(zhǎng)葉紅砂(Reaumuriatrigyna Maxim.)耐鹽性狀基因Rt_stl4173，其序列為SEQ ID No :1或SEQ ID No 2所示的序列。
2.一種分離的多核苷酸，其序列為與權(quán)利要求1中所示的核苷酸序列互補(bǔ)的核苷酸序列。
3.由權(quán)利要求1或2中所述的核苷酸序列編碼的多肽。
4.權(quán)利要求3所述的多肽，其序列為如SEQID No. 3所示的序列。
5.含有權(quán)利要求1或2中所述的多核苷酸的表達(dá)載體。
6.權(quán)利要求1或2中所述的分離的多核苷酸在植物抗鹽基因工程中的應(yīng)用。
全文摘要
本發(fā)明涉及一種特有鹽生植物長(zhǎng)葉紅砂(Reaumuria trigyna Maxim.)的耐鹽性狀基因Rt-st14173。本發(fā)明選用內(nèi)蒙古東阿拉善-西鄂爾多斯地區(qū)特有耐鹽植物長(zhǎng)葉紅砂為試材，運(yùn)用Illumina/Solexa轉(zhuǎn)錄組深度測(cè)序獲得長(zhǎng)葉紅砂耐鹽相關(guān)基因，對(duì)候選長(zhǎng)葉紅砂耐鹽基因進(jìn)行生物信息學(xué)分析，最終篩選出NaCl處理前后在轉(zhuǎn)錄組水平表達(dá)量變化明顯的一種耐鹽形狀基因Rt-st14173。這給利用基因工程手段改造植物從而提高其抗鹽能力提供了方向和靶點(diǎn)，對(duì)于植物在高NaCl脅迫環(huán)境下的育種試驗(yàn)具有重要意義。
文檔編號(hào)C12N9/02GK102206654SQ20111007131
公開(kāi)日2011年10月5日 申請(qǐng)日期2011年3月24日 優(yōu)先權(quán)日2011年3月24日
發(fā)明者黨振華, 王召明, 王迎春, 祁智 申請(qǐng)人:內(nèi)蒙古和信園蒙草抗旱綠化股份有限公司, 內(nèi)蒙古大學(xué)