專利名稱：：參與代謝途徑的基因的受損等位基因以及用于檢測和使用其的方法參與代謝途徑的基因的受損等位基因以及用于檢測和使用其的方法政府資助本發(fā)明是在DefenseAdvancedResearchProjectsAgency禾口U.S.ArmyResearchOffice(#W911NF-06-1-0166)和NationalInstitutesforHealth(GM072859)的政府支助下進(jìn)行的。美國政府確實具有本發(fā)明的某些權(quán)利。發(fā)明領(lǐng)域本發(fā)明涉及影響代謝的酶變體、其對輔因子的功能敏感度以及用于檢測編碼此類酶變體的受損等位基因和測定其對輔因子的敏感度的測定。背景葉酸/高半胱氨酸代謝途徑構(gòu)成代謝葉酸和/或影響高半胱氨酸的酶和酶途徑的網(wǎng)絡(luò)。所述途徑通過甲硫氨酸合酶反應(yīng)相聯(lián)系，并且細(xì)胞培養(yǎng)物、動物模型系統(tǒng)中和人中的邊緣性葉酸缺乏削弱高半胱氨酸再甲基化(參見，例如，StoverPJ.2004.PhysiologyoffolateandvitaminB12inhealthanddisease.NutrRev62S3-12)。已將葉酸不足與神經(jīng)管缺陷(“NTD”)以及其他出生缺陷和不利的懷孕結(jié)果例如口面裂(orofacialcleft)、先兆子癇、早產(chǎn)/低出生體重和反復(fù)早期自發(fā)性流產(chǎn)相關(guān)聯(lián)(參見，例如，Mills等人，1995.Homocysteinemetabolisminpregnanciescomplicatedbyneuraltubedefects丄ancet345149-1151)。葉酸不足還與心血管疾病、冠狀動脈疾病、缺血性中風(fēng)、動脈粥樣硬化、血栓形成、視網(wǎng)膜動脈閉塞、唐氏綜合征(Down'sSyndrome)>結(jié)直腸癌、乳腺癌、肺癌、前列腺癌、抑郁癥、精神分裂癥、阿爾茨海默病/癡呆、年齡相關(guān)性黃斑變性和青光眼關(guān)聯(lián)。葉酸/高半胱氨酸代謝途徑中的所有代謝步驟都潛在地與和葉酸不足和/或高半胱氨酸代謝相關(guān)的狀況和疾病相關(guān)。涉及的參與葉酸/高半胱氨酸代謝的酶包括例如雙功能酶AICAR轉(zhuǎn)甲酰酶和IMP環(huán)水解酶(ATIC)、甘氨酰胺核糖核苷酸轉(zhuǎn)甲?；?GART)、甲硫氨酸腺苷轉(zhuǎn)移酶I，α(ΜΑΤΙΑ)、甲硫氨酸腺苷轉(zhuǎn)移酶II，α(ΜΑΤ2Α)、亞甲基四氫葉酸還原酶(MTHFR)和次甲基四氫葉酸合成酶(MTHFS)。葉酸不足還削弱由S-腺苷-甲硫氨酸(“SAM”)介導(dǎo)的甲基化，其是MTHFR和CBS的變構(gòu)抑制齊Ll(參見，例如，Kraus等人，1999.Cystathionineβ-synthasemutationsinhomocystinuria.HumMut13362-375;Daubner等人，1982.InFlavinsandFlavoproteins,eds.Massey，V.&Williams，C.H.(Elsevier,NewYork),pp.165-172)。在NTD發(fā)育的機(jī)制中已提及S-腺苷-高半胱氨酸S-腺苷-甲硫氨酸(SAH/SAM)的比升高。5，10-亞甲基四氫葉酸還原酶(MTHFR)參與其中將高半胱氨酸轉(zhuǎn)化成甲硫氨酸的葉酸依賴性多步驟途徑。高半胱氨酸的減少的轉(zhuǎn)化可導(dǎo)致高同型半胱氨酸血癥(hyperhomocysteinemia)。已鑒定了與臨床MTHFR缺陷(一種常染色體隱性遺傳病癥)相關(guān)的MTHFR的幾個罕見突變。MTHFR缺陷的臨床癥狀是高度可變的，其包括發(fā)育延遲、運(yùn)動和步態(tài)異常、癲癇發(fā)作(seizure)和早期血管疾病(prematurevasculardisease)。MTHFR的常見多態(tài)性也已得到描述，包括功能受損的等位基因A222V。常見多態(tài)性與疾病的遺傳關(guān)聯(lián)性不是始終一致的。這可能部分因為掩蓋疾病的潛在風(fēng)險的葉酸可獲得性的補(bǔ)償效應(yīng)以及迄今仍未鑒定到的低頻受損等位基因?qū)Υ祟惣膊〉呢暙I(xiàn)。有趣地，已將常見多態(tài)性與化療劑例如甲氨蝶呤和5-氟尿嘧啶的功效和毒性的個體差異相關(guān)聯(lián)。已描述了酵母基因metll的功能互補(bǔ)測定(Shan等人，JBC，27432613-32618，1999)。在該測定中顯示，野生型人MTHFR與釀酒酵母M.cerevisiae.)中的metll突變互補(bǔ)。然而，該測定對由MTHFR突變引起的活性的量的變化不敏感，如由與野生型酶相比較功能受損的等位基因A222V互補(bǔ)酵母突變的相似能力所證明的；該測定對葉酸可獲得性的作用也不敏感。除了利用葉酸的酶外，少數(shù)維生素B6-和B12-依賴性酶和酶途徑與高半胱氨酸代謝、NTD和其他出生缺陷和不利的懷孕結(jié)果相關(guān)。例如，利用B6的酶胱硫醚-β-合酶(“CBS”)的缺陷導(dǎo)致高半胱氨酸的積累(Kraus等人，1999.Cystathionineβ-synthasemutationsinhomocystinuria.HumMut13362-375)。同樣地，利用B6的酶胱硫醚-Y-裂解酶(“CTH”)的單核苷酸多態(tài)性(“SNP”)也與高半胱氨酸血癥相關(guān)聯(lián)(Wang等人，2004.SinglenucleotidepolymorphisminCTHassociatedwithvariationinplasmahomocysteineconcentration.ClinGenet65483-486)。發(fā)明概述本發(fā)明部分地來源于用于鑒定代謝途徑中的編碼酶的基因的受損等位基因和測定它們對輔因子補(bǔ)救(cofactorremediation)的敏感度的新型體內(nèi)測定的開發(fā)。復(fù)合酵母突變體(其包括允許由功能同源的目的酶互補(bǔ)的第一突變和使得菌株依賴于輔因子的補(bǔ)充的第二突變(或突變?nèi)?)提供了作為輔因子可獲得性的函數(shù)的酶互補(bǔ)作用的研究。使用本文中公開的測定，可鑒定輔因子敏感性受損等位基因包括可補(bǔ)救的等位基因(remediableallele),并且可分析輔因子可獲得性酶活性的關(guān)系。獲得的結(jié)果可用于為預(yù)防性和治療性營養(yǎng)補(bǔ)充法提供信息，以預(yù)防和治療與代謝酶功能障礙和異常代謝相關(guān)的狀況和疾病。本發(fā)明還部分地來源于在本文中首次證明，編碼酶的基因的低頻受損等位基因的輔因子補(bǔ)救令人驚訝地普遍。如本文中舉例說明的，代謝途徑中多個輔因子敏感性基因各自在群體中可具有多個低頻突變。結(jié)合起來看，此類突變共同地對代謝途徑具有更顯著的影響(與單個基因的單個低頻受損等位基因的影響相比)。此外，因為對于多個此類低頻受損等位基因是雜合的細(xì)胞展示數(shù)量性缺陷(quantitativedefects)，此類各自罕見的等位基因的合計頻率可以甚至在更常見的多態(tài)性不存在的情況下促成常見表型。此類對途徑具有影響的低頻受損等位基因還可促成對于常見多態(tài)性觀察到的表型變異。因此，本發(fā)明涉及診斷和預(yù)后方法，所述方法特別地聚焦于編碼酶的基因的此類低頻受損等位基因的檢測和表征以及它們的有效補(bǔ)救的測定。本發(fā)明還部分地來源于此類測定用于鑒定和表征特別地參與葉酸/高半胱氨酸代謝的編碼酶的基因的新型低頻受損等位基因的特殊應(yīng)用。如本文中對于MTHFR所證明的，存在許多低頻受損等位基因，其可累積性地促成酶缺陷且也能通過輔因子補(bǔ)充來解決。本發(fā)明也部分地來源于這樣的發(fā)現(xiàn)，MTHFR的受損等位基因包括定位至酶的N端催化結(jié)構(gòu)域的編碼序列的序列改變。因此本發(fā)明提供了用于檢測參與葉酸/高半胱氨酸代謝的編碼酶的基因(包括例如ATIC、GART>ΜΑΤΙΑ、ΜΑΤ2Α、MTHFR和MTHFS)的受損但可補(bǔ)救的等位基因的新型體內(nèi)測定。雖然現(xiàn)有技術(shù)描述了其中野生型人MTHFR活性互補(bǔ)metll缺陷的互補(bǔ)測定Mhah等人，JBC，27432613-32618，1999)，但該測定不是高靈敏的并且不能檢測所有功能受損的人MTHFR等位基因。例如，該測定不能區(qū)分野生型MTHFR與功能受損的常見多態(tài)性A222V。此外，該測定沒有揭示葉酸水平與酶活性之間的關(guān)系。與現(xiàn)有技術(shù)相反，本申請公開的體內(nèi)測定是高度靈敏的并且能夠顯示參與葉酸/高半胱氨酸代謝的基因的受損等位基因(如本文中對于MTHFR所證明的)，同時測定其對葉酸的敏感性。鑒定到的等位基因包括低頻等位基因、以雜合子形式展示表型的顯性或共顯性等位基因、葉酸敏感性等位基因(包括葉酸可補(bǔ)救的等位基因)以及具有這些特征的組合的等位基因。重要地，此類受損等位基因與多種狀況和疾病的風(fēng)險以及化療劑的不同功效和毒性相關(guān)聯(lián)。此類受損等位基因的缺陷在一些個體中可能因為葉酸可獲得性的補(bǔ)償效應(yīng)而不表現(xiàn)為狀況、疾病或?qū)焺┑牟煌憫?yīng)。揭示MTHFR的功能受損等位基因的能力提供了篩查此類狀況和疾病的風(fēng)險以及化療劑的潛在治療功效和毒性的方法。本發(fā)明還提供了用于檢測CTH和CBS的受損等位基因的新型體內(nèi)測定。揭示這些基因的功能受損等位基因的能力類似地提供了篩查相關(guān)疾病和狀況的風(fēng)險的方法。因此，在一個方面，本發(fā)明提供了用于檢測代謝途徑中編碼酶的基因的受損等位基因和測定它們對輔因子的敏感度的體內(nèi)測定。所述測定包括使用酵母菌株，所述酵母菌株包含可由編碼野生型酶的基因互補(bǔ)的第一基因中的第一突變和使得酵母菌株在與第一基因的功能相關(guān)的可測定的表型方面依賴于輔因子(或其前體)的補(bǔ)充的第二基因(或基因群)中的第二突變。該方法包括ω將編碼酶的基因的受試等位基因引入酵母細(xì)胞，其中酵母細(xì)胞包含功能上與編碼酶的基因同源的第一基因中的第一突變和第二基因(或基因群)中的第二突變，所述第二突變使得酵母細(xì)胞依賴于酶功能所需的輔因子的補(bǔ)充，其中第一突變改變與第一基因的功能相關(guān)的酵母的可測量的特征；(ii)給生長培養(yǎng)基補(bǔ)充輔因子；和(iii)檢測與在野生型酶存在的情況下相比，在受試等位基因存在的情況下更少的可測量的特征的恢復(fù)，從而檢測受試等位基因?qū)Φ谝换蛲蛔兊牟煌耆パa(bǔ)作用，并且將受試等位基因鑒定為受損等位基因。通過滴定補(bǔ)充的輔因子的量，測定受損等位基因?qū)o因子可獲得性的敏感度。在一個實施方案中，使用二倍體酵母。二倍體酵母對于受試等位基因可以是純合的或雜合的。二倍體酵母可包含野生型基因和受試等位基因。二倍體酵母可包含受試等位基因的組合。在優(yōu)選實施方案中，編碼酶的基因在序列上相應(yīng)于天然發(fā)生的等位基因，或相應(yīng)于個體天然發(fā)生的等位基因的匯編(compilation)。在優(yōu)選實施方案中，編碼酶的基因包括人編碼酶的基因的等位基因，或個體人等位基因的匯編。在優(yōu)選實施方案中，酵母是釀酒酵母。在一個實施方案中，第一酵母基因是metl3并且第二酵母基因是fol3。這樣的酵母菌株可用于確定MTHFR等位基因的活性和其對葉酸狀態(tài)的響應(yīng)。因此，在一個實施方案中，本發(fā)明提供了用于測定MTHFR等位基因的活性的體內(nèi)測定，其還能夠測定作為葉酸狀態(tài)的函數(shù)的活性。在優(yōu)選實施方案中，編碼酶的基因包括天然發(fā)生的人MTHFR等位基因。在另一個優(yōu)選實施方案中，編碼酶的基因包括個體人MTHFR等位基因的匯在優(yōu)選實施方案中，測定方法包括將目的MTHFR等位基因的活性與野生型MTHFR的活性相比較。在優(yōu)選實施方案中，測定方法包括滴定葉酸的量以確定MTHFR酶對葉酸可獲得性是否敏感。在一個實施方案中，酵母是二倍體。在一個實施方案中，二倍體酵母對于將就互補(bǔ)作用進(jìn)行測試的MTHFR等位基因是雜合的。在一個實施方案中，二倍體酵母包含野生型MTHFR和突變的MTHFR等位基因。在優(yōu)選實施方案中，測定的測量輸出(output)是生長。在一個實施方案中，第一酵母基因是adel6或adel7并且第二酵母基因是fol3。這樣的酵母菌株可用于測定雙功能酶AICAR轉(zhuǎn)甲酰酶和IMP環(huán)水解酶(ATIC)等位基因的活性和其對葉酸狀態(tài)的響應(yīng)。因此，在一個實施方案中，本發(fā)明提供了用于測定ATIC等位基因的活性的體內(nèi)測定，其還能夠測定作為葉酸狀態(tài)的函數(shù)的活性。在優(yōu)選實施方案中，編碼酶的基因包括天然發(fā)生的人ATIC等位基因。在另一個優(yōu)選實施方案中，編碼酶的基因包括個體人ATIC等位基因的匯編。在一個實施方案中，第一酵母基因是ade7并且第二酵母基因是fol3。這樣的酵母菌株可用于測定甘氨酰胺核糖核苷酸轉(zhuǎn)甲酰基酶(GART)等位基因的活性和其對葉酸狀態(tài)的響應(yīng)。因此，在一個實施方案中，本發(fā)明提供了用于測定GART等位基因的活性的體內(nèi)測定，其還能夠測定作為葉酸狀態(tài)的函數(shù)的活性。在優(yōu)選實施方案中，編碼酶的基因包括天然發(fā)生的人GART等位基因。在另一個優(yōu)選實施方案中，編碼酶的基因包括個體人GART等位基因的匯編。在一個實施方案中，第一酵母基因是saml或sam2并且第二酵母基因是fol3。這樣的酵母菌株可用于測定甲硫氨酸腺苷轉(zhuǎn)移酶I，α(ΜΑΤΙΑ)等位基因的活性和其對葉酸狀態(tài)的響應(yīng)。因此，在一個實施方案中，本發(fā)明提供了用于測定MATlA等位基因的活性的體內(nèi)測定，其還能夠測定作為葉酸狀態(tài)的函數(shù)的活性。在優(yōu)選實施方案中，編碼酶的基因包括天然發(fā)生的人MATlA等位基因。在另一個優(yōu)選實施方案中，編碼酶的基因包括個體人MATlA等位基因的匯編。在一個實施方案中，第一酵母基因是saml或sam2并且第二酵母基因是fol3。這樣的酵母菌株可用于測定甲硫氨酸腺苷轉(zhuǎn)移酶II，α(ΜΑΤ2Α)等位基因的活性以及其對葉酸狀態(tài)的響應(yīng)。因此，在一個實施方案中，本發(fā)明提供用于測定ΜΑΤ2Α等位基因的活性的體內(nèi)測定，其還能夠測定作為葉酸狀態(tài)的函數(shù)的活性。在優(yōu)選實施方案中，編碼酶的基因包括天然發(fā)生的人ΜΑΤ2Α等位基因。在另一個優(yōu)選實施方案中，編碼酶的基因包括個體人ΜΑΤ2Α等位基因的匯編。在一個實施方案中，第一酵母基因是faul并且第二酵母基因是fol3。這樣的酵母菌株可用于測定次甲基四氫葉酸合成酶(MTHFS)等位基因的活性和其對葉酸狀態(tài)的響應(yīng)。因此，在一個實施方案中，本發(fā)明提供了用于測定MTHFS等位基因的活性的體內(nèi)測定，其還能夠測定作為葉酸狀態(tài)的函數(shù)的活性。在優(yōu)選實施方案中，編碼酶的基因包括天然發(fā)生的人MTHFS等位基因。在另一個優(yōu)選實施方案中，編碼酶的基因包括個體人MTHFS等位基因的匯編。在另一個實施方案中，第一酵母基因是cys3并且第二酵母基因群是六重缺失(sextuple-delete)snolΔSno2ΔSno3ΔsnzlΔSnz2ΔSnz3Δ。這樣的菌株可用于測定CTH等位基因的活性和其對維生素B6狀態(tài)的響應(yīng)。因此，在一個實施方案中，本發(fā)明提供了用于測定CTH等位基因的活性的體內(nèi)測定，其還能夠測定作為維生素B6狀態(tài)的函數(shù)的活性。在優(yōu)選實施方案中，編碼酶的基因包括天然發(fā)生的人CTH等位基因。在另一個優(yōu)選實施方案中，編碼酶的基因包括個體人CTH等位基因的匯編。在另一個實施方案中，第一酵母基因是cys4并且第二酵母基因群是六重缺失snolΔSno2ΔSno3ΔsnzlΔSnz2ΔSnz3Δ。這樣的酵母菌株可用于測定CBS等位基因的活性和其對維生素B6狀態(tài)的響應(yīng)。因此，在一個實施方案中，本發(fā)明提供了測定CBS等位基因的活性的體內(nèi)測定，其還能夠測定作為維生素B6狀態(tài)的函數(shù)的活性。在優(yōu)選實施方案中，編碼酶的基因包括天然發(fā)生的人CBS等位基因。在另一個優(yōu)選實施方案中，編碼酶的基因包括個體人CBS等位基因的匯編。在一個方面，本發(fā)明提供了能夠檢測參與葉酸/高半胱氨酸代謝的基因的受損等位基因和其對輔因子的敏感度的酵母菌株。在一個實施方案中，本發(fā)明提供了能夠檢測選自ATIC、GART,ΜΑΤΙΑ、ΜΑΤ2Α、MTHFR和MTHFS的編碼酶的基因的受損等位基因和測定其對葉酸的反應(yīng)性的酵母菌株。在優(yōu)選實施方案中，酵母包括上文中對于每一個這樣的編碼酶的基因描述的各自的突變和添加。在一個實施方案中，本發(fā)明提供了能夠檢測CTH的受損等位基因和測定其對維生素B6的反應(yīng)性的酵母菌株。在一個實施方案中，本發(fā)明提供了能夠檢測CBS的受損等位基因和測定其對維生素B6的反應(yīng)性的酵母菌株。在一個方面，本發(fā)明提供了用于檢測代謝途徑例如葉酸/高半胱氨酸代謝中的編碼酶的基因的受損等位基因的方法。在一個實施方案中，受損等位基因在人ATIC、GART>ΜΑΤΙΑ、ΜΑΤ2Α、MTHFR和/或MTHFS中天然發(fā)生。在一個實施方案中，受損等位基因是CBS等位基因。在一個實施方案中，受損等位基因是CTH等位基因。在優(yōu)選實施方案中，該方法包括使用本文中提供的體內(nèi)測定和方法來檢測已顯示為輔因子可補(bǔ)救的編碼代謝酶的基因的受損等位基因。在另一個方面，本發(fā)明提供了鑒定和/或表征受試者的代謝酶缺陷的方法，其包括從受試者獲得樣品，然后檢測多個受損等位基因在所述樣品中的存在或不存在，其中至少一個受損等位基因的存在表示受試者處于酶缺陷的風(fēng)險中。多個受損等位基因可來自代謝途徑中相同的編碼酶的基因，或可以是來自相同途徑中多個基因的等位基因。在優(yōu)選實施方案中，一個或多個受損等位基因是例如通常在低于4%的一般群體中，更通常地在低于3%的一般群體中，優(yōu)選低于2.5%至2%和最優(yōu)選在低于的一般群體中表達(dá)的低頻等位基因。在優(yōu)選實施方案中，一個或多個受損等位基因是輔因子可補(bǔ)救的等位基因。在特別優(yōu)選的實施方案中，通過本文中提供的體內(nèi)測定和方法來鑒定輔因子可補(bǔ)救的受損等位基因。在另一個方面，提供了用于檢測受試者對輔因子依賴性酶缺陷的易感性的方法，其包括從受試者獲得樣品，然后檢測多個受損等位基因在所述樣品中的存在或不存在，其中至少一個受損等位基因的存在表示受試者可能具有可補(bǔ)救的酶缺陷。多個受損等位基因可來自代謝途徑中相同的編碼酶的基因或可以是來自相同途徑中的多個基因的等位基因。在優(yōu)選實施方案中，一個或多個受損等位基因是例如通常在低于4%的一般群體中，更通常地在低于3%的一般群體中，優(yōu)選低于2.5%至2%和最優(yōu)選在低于的一般群體中表達(dá)的低頻等位基因。在優(yōu)選實施方案中，一個或多個受損等位基因是輔因子可補(bǔ)救的等位基因。在特別優(yōu)選的實施方案中，通過本文中提供的體內(nèi)測定和方法來鑒定輔因子可補(bǔ)救的受損等位基因。在樣品中檢測特定等位基因在本領(lǐng)域內(nèi)是很普通的，任何常規(guī)檢測方案都可有利地用于所述方法，包括基于例如雜交、擴(kuò)增、測序、RFLP分析等的方案，如本文中所描述的。還預(yù)期用于本文中的是將來開發(fā)的在檢測核酸樣品中的等位基因中具有特珠功用的方案和/或材料。在另外的方面，提供了用于治療受試者的代謝酶缺陷的方法，其包括從具有或懷疑具有這樣的缺陷的受試者獲得樣品，檢測輔因子可補(bǔ)救的多個受損等位基因在樣品中的存在或不存在，然后基于樣品中檢測到的受損等位基因的數(shù)目和類型給受試者施用適當(dāng)?shù)妮o因子補(bǔ)充物，如本文中所描述的。在一個實施方案中，該方法還包括使用本文中描述的用于測定酶活性的體內(nèi)測定。在一個實施方案中，該方法還包括使用測定酶活性(如本文中所描述的)和檢測編碼酶的核酸中的突變的體內(nèi)測定。在一個實施方案中，該方法還包括使用本文中描述的用于測定酶活性的體內(nèi)測定和用于測定在升高的溫度下的酶穩(wěn)定性的溫度敏感性測定。在一個實施方案中，該方法還包括使用本文中描述的用于測定酶活性的體內(nèi)測定和用于測定酶的比活性(specificactivity)的體外測定。在一個方面，本發(fā)明提供了篩查與異常高半胱氨酸代謝相關(guān)的疾病或狀況的風(fēng)險的方法。該方法包括篩查參與高半胱氨酸代謝的基因的受損等位基因，如本中所公開的。在優(yōu)選實施方案中，該方法包括檢測已使用本文中描述的體內(nèi)測定進(jìn)行表征的受損等位基因。在優(yōu)選實施方案中，疾病或狀況選自心血管疾病、冠狀動脈疾病、缺血性中風(fēng)、動脈粥樣硬化、神經(jīng)管缺陷、口面裂、先兆子癇、早產(chǎn)/低出生體重、反復(fù)早期自發(fā)性流產(chǎn)、血栓形成、視網(wǎng)膜動脈閉塞、唐氏綜合征、結(jié)直腸癌、乳腺癌、肺癌、前列腺癌、抑郁癥、精神分裂癥、阿爾茨海默病/癡呆、年齡相關(guān)性黃斑變性和青光眼。在一個實施方案中，該方法包括篩查ATIC、GART、ΜΑΤΙΑ、ΜΑΤ2Α、MTHFR和/或MTHFS的受損等位基因，如本文中所描述的。在一個實施方案中，該方法包括篩查CBS的受損等位基因，如本文中所描述的。在一個實施方案中，該方法包括篩查CTH的受損等位基因，如本文中所描述的。在一個方面，本發(fā)明提供了確定個體的化療劑響應(yīng)潛能的方法。該方法包括使用本文中描述的用于檢測參與葉酸/高半胱氨酸代謝的基因的受損等位基因的方法。在優(yōu)選實施方案中，基因選自MTHFR、ATIC>MTHFS>ΜΑΤΙΑ、ΜΑΤ2Α和GART。通過本文中描述的體內(nèi)測定法和/或通過用于特定等位基因的檢測方法的應(yīng)用在個體中檢測到受損等位基因表示減少的響應(yīng)潛能。在一個方面，本發(fā)明提供了測定對于個體的潛在化療劑毒性的方法。該方法包括使用本文中描述的用于檢測參與葉酸/高半胱氨酸代謝的基因的受損等位基因的方法。在優(yōu)選實施方案中，基因選自MTHFR、ATIC、MTHFS、ΜΑΤΙΑ、ΜΑΤ2Α和GART。通過本文中描述的體內(nèi)測定法和/或通過用于特定等位基因的檢測方法的應(yīng)用在個體中檢測到受損等位基因表示增加的毒性潛能。在一個方面，本發(fā)明提供了在序列上相應(yīng)于選自MTHFR、ATIC>MTHFS>ΜΑΤΙΑ、ΜΑΤ2Α和GART的編碼酶的基因的等位基因的分離的核酸。在一個實施方案中，分離的核酸具有和/或包含MTHFR基因的等位基因的序列，例如表A中公開的SNP。在一個實施方案中，分離的核酸具有和/或包含ATIC基因的等位基因的序列，例如表B中公開的SNP。在一個實施方案中，分離的核酸具有和/或包含MTHFS基因的等位基因的序列，例如表C中公開的SNP。在一個實施方案中，分離的核酸具有和/或包含MATlA基因的等位基因的序列，例如表D中公開的SNP。在一個實施方案中，分離的核酸具有和/或包含MAT2A基因的等位基因的序列，例如表E中公開的SNP。在一個實施方案中，分離的核酸具有和/或包含GART基因的等位基因的序列，例如表F中公開的SNP。在一個實施方案中，核酸相應(yīng)于MTHFR等位基因的序列并且包含編碼選自M110I、H213R、D223N、D291N、R519C、R519L和Q648P的MTHFR蛋白的非同義突變的序列。在一個方面，本發(fā)明提供了用于檢測參與葉酸/高半胱氨酸代謝的基因的受損等位基因的陣列。在一個實施方案中，本發(fā)明提供了用于檢測選自ATIC、GART、ΜΑΤΙΑ、ΜΑΤ2Α、MTHFR和MTHFS的基因的受損等位基因的陣列。在優(yōu)選實施方案中，陣列能夠檢測選自該群體的基因的多于一個的受損等位基因。在優(yōu)選實施方案中，陣列能夠檢測選自該群體的多個基因的多于一個的受損等位基因。在一個實施方案中，陣列能夠檢測選自該群體的多個基因的每一個基因的多于一個的受損等位基因。在優(yōu)選實施方案中，陣列能夠檢測這樣的為可補(bǔ)救的受損等位基因的受損等位基因。在優(yōu)選實施方案中，陣列能夠檢測多個這樣的為可補(bǔ)救的受損等位基因的受損等位基因。在優(yōu)選實施方案中，至少一個受損等位基因是低頻等位基因。在一個實施方案中，本發(fā)明提供了用于檢測受損MTHFR等位基因的陣列。在一個實施方案中，陣列包含一個或多個能夠與MTHFR等位基因雜交的核酸，所述MTHFR等位基因包含選自編碼M110I、H213R、D223N、D291N、R519C、R519L和Q648P的突變的非同義突變。在一個實施方案中，本發(fā)明提供了用于檢測CBS的受損等位基因的陣列。陣列包含一個或多個能夠與CBS的受損等位基因雜交的核酸。在一個實施方案中，本發(fā)明提供了用于檢測CTH的受損等位基因的陣列。陣列包含一個或多個能夠與CTH的受損等位基因雜交的核酸。在優(yōu)選實施方案中，本發(fā)明提供了用于檢測參與葉酸/高半胱氨酸代謝的多個基因的受損等位基因的陣列。本發(fā)明的陣列可使用本領(lǐng)域內(nèi)已知的許多陣列、探針和讀出技術(shù)中的任一個。在一個方面，本發(fā)明提供了預(yù)防個體的與異常葉酸/高半胱氨酸代謝相關(guān)的狀況或疾病的方法，所述個體具有參與葉酸/高半胱氨酸代謝的基因的可補(bǔ)救的受損等位基因。在一個實施方案中，該方法包括增加個體對葉酸的攝取。在一個實施方案中，該方法包括增加個體對維生素B6的攝取。在優(yōu)選實施方案中，該方法包括篩查與異常葉酸/高半胱氨酸代謝相關(guān)的疾病或狀況的風(fēng)險的方法，如本文中所描述的。在一個方面，本發(fā)明提供了治療與異常葉酸/高半胱氨酸代謝相關(guān)的狀況或疾病的方法，其中患者具有參與葉酸/高半胱氨酸代謝的基因的可補(bǔ)救的受損等位基因。在一個實施方案中，該方法包括增加患者對葉酸的攝取。在一個實施方案中，該方法包括增加個體對維生素B6的攝取。在優(yōu)選實施方案中，該方法包括篩查與異常葉酸/高半胱氨酸代謝相關(guān)的疾病或狀況的風(fēng)險的方法，如本文中所描述的。在一個方面，本發(fā)明提供了增加具有參與葉酸/高半胱氨酸代謝的基因的可補(bǔ)救的受損等位基因的個體的化療劑響應(yīng)潛能的方法。該方法包括增加個體對葉酸的攝取。在優(yōu)選實施方案中，該方法包括篩查與異常葉酸/高半胱氨酸代謝相關(guān)的疾病或狀況的風(fēng)險的方法，如本文中所描述的。在優(yōu)選實施方案中，基因選自MTHFR、ATIC、MTHFS、ΜΑΤΙΑ、ΜΑΤ2Α禾口GART。在一個方面，本發(fā)明提供了減少化療劑對具有參與葉酸/高半胱氨酸代謝的基因的可補(bǔ)救的受損等位基因的個體的毒性的方法。該方法包括增加個體對葉酸的攝取。在優(yōu)選實施方案中，該方法包括篩查與異常葉酸/高半胱氨酸代謝相關(guān)的疾病或狀況的風(fēng)險的方法，如本文中所描述的。在優(yōu)選實施方案中，基因選自MTHFR、ATIC>MTHFS、ΜΑΤΙΑ、ΜΑΤ2Α禾口GART。附圖概述圖1.亞葉酸補(bǔ)充對fol3Δ::KanMX細(xì)胞的生長速率和人MTHFR的細(xì)胞活性的影響。(a)如材料和方法中所述在96孔板中測量fol3Δ::KanMXMET13二倍體酵母的生長。用指定濃度的亞葉酸補(bǔ)充培養(yǎng)基。標(biāo)記有FOL3的曲線(FOL3MET13)來自無亞葉酸的培養(yǎng)基中的生長。(b)用phMTHFR轉(zhuǎn)化的fol3Δ:KanMXmetl3Δ:KanMX二倍體酵母在缺乏甲硫氨酸和補(bǔ)充有指定濃度的亞葉酸的培養(yǎng)基中的生長。在各亞葉酸濃度上測試3個獨(dú)立的轉(zhuǎn)化體以測試重現(xiàn)性。標(biāo)記有metl3Δ的曲線代表在50μg/ml亞葉酸上生長的、用空載體轉(zhuǎn)化的單個細(xì)胞分離株。圖2.非同義MTHFR群體變體的功能影響和葉酸可補(bǔ)救性(folate-remediability)。(a)在3個不同亞葉酸濃度上在缺乏甲硫氨酸的培養(yǎng)基中就拯救fol3Δ-KanMXmetl3Δ::KanMX細(xì)胞的能力測試6個MTHFR變體。只在50和25μg/ml亞葉酸上測試MllOI等位基因和MllOIA222V雙置換等位基因。標(biāo)記有“主要的”的曲線相應(yīng)于群體中最常見的MTHFR等位基因。各曲線來自3至6個獨(dú)立的轉(zhuǎn)化體的庫。(b)分成幾乎相同大小的N端催化結(jié)構(gòu)域和C端調(diào)節(jié)結(jié)構(gòu)域的MTHFR蛋白(656個氨基酸)的示意圖(3。標(biāo)示出所有非同義變化的位置。良性變化以綠色表示。編號為1至4的變化代表按嚴(yán)重度的遞增順序標(biāo)示的葉酸可補(bǔ)救的等位基因。變化#5(R134C)幾乎喪失功能并且不被稱為葉酸可補(bǔ)救的(參見結(jié)果)，但其在一定程度上是葉酸可改善的(folate-augmentable)。圖3.MTHFR變體的酶活性。如本文中所述，制備來自用指定的MTHFR構(gòu)建體轉(zhuǎn)化的細(xì)胞的粗酵母提取物并且就MTHFR活性對其進(jìn)行測定。在加入放射性標(biāo)記的底物之前對反應(yīng)物進(jìn)行熱處理，進(jìn)行指定的時間。測量是兩組獨(dú)立的一式三份測定的平均值；誤差棒是6個數(shù)據(jù)點(diǎn)的標(biāo)準(zhǔn)差。圖4.在酵母中重現(xiàn)的MTHFR變體的雜合子表型。如本文中所描述的，就主要的、R134C和A222V等位基因在二倍體酵母中重建MTHFR等位基因的純合性或雜合性。通過將各自表達(dá)整合在基因組中的MTHFR的單個等位基因的單倍體菌株交配來獲得二倍體。準(zhǔn)確地測定作為亞葉酸補(bǔ)充的函數(shù)的生長，如對于單倍體的。圖5.酵母中表達(dá)的人MTHFR變體的免疫印跡。(a)如本文中所描述的，從攜帶不同MTHFR等位基因的酵母細(xì)胞制備提取物并且用抗HA抗體進(jìn)行檢測。A222VMllOI是雙置換的等位基因；“主要的”表示群體中最常見的MTHFR等位基因。最右邊的兩個泳道并排地是主要的等位基因和不可磷酸化的T34A等位基因(37)。(b)將本研究中鑒定的所有MTHFR變體的未磷酸化的下方條帶對磷酸化的上方條帶的信號強(qiáng)度的比作為不斷增加的功能影響的嚴(yán)重度的函數(shù)作圖。X軸上的等位基因被分類為良性的或按照活性進(jìn)行排序。對所有良性等位基因(包括主要的等位基因和所有調(diào)節(jié)結(jié)構(gòu)域變化)作圖，其顯示幾乎相同的兩種MTHFR的比，從而顯示重疊的符號。圖6.兩個人B6酶CBS和CTH的B6(吡多辛)_反應(yīng)性的測定。發(fā)明詳述如上文中所指出的，本發(fā)明提供了用于鑒定代謝途徑中的編碼酶的基因的受損等位基因和測定它們對輔因子補(bǔ)救的敏感性的新型體內(nèi)測定。復(fù)合酵母突變體提供了作為輔因子可獲得性的函數(shù)的酶互補(bǔ)作用的研究，所述復(fù)合酵母突變體包含允許通過功能上同源的目的酶互補(bǔ)的第一突變和使得菌株依賴于輔因子的補(bǔ)充的第二突變(或突變?nèi)?。顯著地，本發(fā)明還顯示編碼酶的基因的低頻受損等位基因的輔因子補(bǔ)救令人驚訝地普遍，并且此類等位基因共同地可對代謝途徑具有顯著的影響。因此，本發(fā)明涉及診斷和預(yù)后方法，所述方法特別地聚焦于編碼酶的基因的此類低頻受損等位基因的檢測和表征以及它們的有效補(bǔ)救的測定。MTHFR的“N端催化結(jié)構(gòu)域”是指人MTHFR的氨基酸1至359。參照人MTHFRmRNA序列見于Genbank登錄號NM_005957，而編碼的656個氨基酸的序列見于Genbank登錄號NP_005958。MTHFR功能障礙是指與野生型MTHFR活性的偏差。酶功能障礙以及相關(guān)的狀況和疾病可由于例如酶的比活性的改變、酶的錯誤定位(mislocalization)、酶的水平的改變和其他改變而發(fā)生。測量酶活性和其對輔因子的敏感性的體內(nèi)測定本文中提供的測定可用于測試編碼酶的基因的等位基因補(bǔ)償功能上同源的酵母基因中的突變的能力以及測量此類酶對輔因子的反應(yīng)性。測定包括測量與酵母基因的正常功能相關(guān)且因其功能障礙而改變的輸出或表型。測定包括使用酵母菌株，所述酵母菌株包含允許通過功能上同源的目的酶互補(bǔ)的第一突變和使得菌株在與第一基因的功能相關(guān)的可測定的表型方面依賴于輔因子的補(bǔ)充的第二突變。該方法包括(i)將編碼酶的基因的受試等位基因引入酵母細(xì)胞，其中酵母細(xì)胞包含功能上與編碼酶的基因同源的第一基因中的第一突變和使得酵母細(xì)胞依賴于酶功能所需的輔因子的補(bǔ)充的第二基因(或基因群)中的第二突變，其中第一突變改變與第一基因的功能相關(guān)的酵母的可測量的特征；Gi)給生長培養(yǎng)基補(bǔ)充輔因子；和Gii)檢測與在野生型酶存在的情況下相比，在受試等位基因存在的情況下更少的可測量的特征的恢復(fù)，從而檢測受試等位基因?qū)Φ谝换蛲蛔兊牟煌耆パa(bǔ)作用和將受試等位基因鑒定為受損等位基因。通過改變補(bǔ)充的輔因子的量，測定受損等位基因?qū)o因子可獲得性的敏感度。在優(yōu)選實施方案中，編碼酶的基因的受試等位基因在序列上相應(yīng)于天然發(fā)生的等位基因，或相應(yīng)于個體天然發(fā)生的多態(tài)性的匯編。在優(yōu)選實施方案中，受試等位基因在序列上相應(yīng)于人基因的等位基因或相應(yīng)于多個人等位基因的個體多態(tài)性的匯編。在優(yōu)選實施方案中，酵母是釀酒酵母Maccharomycescerevisiae,"S.cerevisiae")，雖然可使用其他種類的酵母。在一個實施方案中，使用二倍體酵母。二倍體酵母對于受試等位基因可以是純合的或雜合的。二倍體酵母可包含野生型基因和受試等位基因。二倍體酵母可包含受試等位基因的組合。如本文中所證明的，功能受損等位基因可包括具有雜合表型的等位基因。在一個實施方案中，二倍體酵母對于將就互補(bǔ)作用進(jìn)行測試的等位基因是雜合的。在一個實施方案中，二倍體酵母包含編碼酶的基因的野生型等位基因和受損等位基因。在優(yōu)選實施方案中，測定的測量的輸出是生長。在優(yōu)選實施方案中，測定方法包括將目的受試等位基因的活性與相應(yīng)的野生型等位基因的活性相比較。在一個實施方案中，本發(fā)明提供了用于測定受試等位基因例如編碼酶的基因的等位基因的活性的體內(nèi)測定。在一個實施方案中，編碼酶的基因參與或涉及葉酸/高半胱氨酸代謝。在另一個實施方案中，受試等位基因選自MTHFR等位基因、ATIC等位基因、GART等位基因、MATlA等位基因、MAT2A等位基因和MTHFS等位基因，所述測定還能夠測定作為葉酸狀態(tài)的函數(shù)的活性。在另一個實施方案中，編碼酶的等位基因選自CTH等位基因和CBS等位基因。在一個實施方案中，受試等位基因是MTHFR等位基因，其包含N端催化結(jié)構(gòu)域中的至少一個置換和C端調(diào)節(jié)區(qū)中的至少一個突變。雖然C端區(qū)域中的置換單獨(dú)通常不削弱功能，但它們可與其他置換組合來在功能上損傷等位基因。在優(yōu)選實施方案中，第一突變存在于酵母基因metl3中，其在功能上可被野生型人MTHFR互補(bǔ)。在另一個實施方案中，第一酵母基因是adel6或adel7，其在功能上可被野生型人ATIC互補(bǔ)。在一個實施方案中，第一酵母基因是ade7，其在功能上可被野生型人GART互補(bǔ)。在一個實施方案中，第一酵母基因是saml或sam2，其在功能上可被野生型人MATlA或野生型人MAT2A互補(bǔ)。在一個實施方案中，第一酵母基因是faul，其在功能上可被野生型人MTHFS互補(bǔ)。在優(yōu)選實施方案中，第二突變存在于酵母基因fol3中，其使得酵母依賴于補(bǔ)充培養(yǎng)基中的葉酸。這樣的酵母菌株可用于測定受試等位基因(該受試等位基因依賴于第一突變)的活性和其對葉酸狀態(tài)的響應(yīng)。例如，在酵母基因metl中具有第一突變且在酵母基因fol3中具有第二突變的復(fù)合酵母可用于測定MTHFR等位基因的活性和其對葉酸狀態(tài)的響應(yīng)。在優(yōu)選實施方案中，測試方法包括改變?nèi)~酸的量以確定由受試等位基因編碼的酶是否對葉酸可獲得性敏感。在優(yōu)選實施方案中，測定方法包括在低于50μg/ml的葉酸存在的情況下測量輸出。在優(yōu)選實施方案中，測試方法包括在大約50μg/ml葉酸存在的情況下測量輸出。在優(yōu)選實施方案中，測定方法包括在高于50μg/ml的葉酸存在的情況下測量輸出。在一個實施方案中，改變?nèi)~酸以確定編碼酶的基因的受損等位基因是否可被葉酸補(bǔ)救。在另一個實施方案中，第一酵母基因是cys3并且第二酵母基因是六重缺失snolΔSno2ΔSno3ΔsnzlΔSnz2ΔSnz3Δ。這樣的酵母菌株可用于測定CTH等位基因的活性和其對維生素B6狀態(tài)的響應(yīng)。因此，在一個實施方案中，本發(fā)明提供了用于測定CTH等位基因的活性的體內(nèi)測定，其還能夠測定作為維生素B6狀態(tài)的函數(shù)的活性。在優(yōu)選實施方案中，CTH等位基因包括天然發(fā)生的人等位基因。在另一個優(yōu)選實施方案中，CTH等位基因包括個體人CTH等位基因的匯編。在另一個實施方案中，第一酵母基因是cys4并且第二酵母基因是六重缺失snolΔSno2ΔSno3ΔsnzlΔSnz2ΔSnz3Δ。這樣的酵母菌株可用于測定CBS等位基因的活性和其對維生素B6狀態(tài)的敏感性。因此，在一個實施方案中，本發(fā)明提供了用于測定CBS等位基因的活性的體內(nèi)測定，其還能夠測定作為維生素B6狀態(tài)的函數(shù)的活性。在優(yōu)選實施方案中，CBS等位基因包括天然發(fā)生的人等位基因。在另一個優(yōu)選實施方案中，CBS等位基因包括個體人CBS等位基因的匯編。下面的表1列出了編碼酶的基因并且提供了可用于測定編碼酶的基因的等位基因的活性的示例性復(fù)合酵母突變。權(quán)利要求1.篩查可通過輔因子施用補(bǔ)救的編碼酶的基因的受損等位基因的體內(nèi)方法，其包括i)將編碼酶的基因的受試等位基因引入酵母細(xì)胞，其中所述酵母細(xì)胞包含功能上與編碼酶的基因同源的第一基因中的第一突變以及使得所述酵母細(xì)胞依賴于酶功能所需的輔因子的補(bǔ)充的第二基因或基因群中的第二突變，其中所述第一突變改變與所述第一基因的功能相關(guān)的酵母的可測量的特征；(ii)給生長培養(yǎng)基補(bǔ)充輔因子；和(iii)檢測與在野生型酶存在的情況下相比，在受試等位基因存在的情況下更少的可測量的特征的恢復(fù)，從而檢測受試等位基因?qū)Φ谝换蛲蛔兊牟煌耆パa(bǔ)作用，并且將受試等位基因鑒定為受損等位基因。2.權(quán)利要求1的方法，其還包括滴定補(bǔ)充的輔因子的量以確定受試等位基因是否是輔因子敏感性的。3.權(quán)利要求1的方法，其中所述酵母是二倍體。4.權(quán)利要求1的方法，其中二倍體酵母對于編碼酶的基因的受試等位基因是雜合的。5.權(quán)利要求1的方法，其中所述第一基因是metl3，所述第二基因是fol3，所述輔因子是葉酸，所述可測量的特征是生長，以及所述編碼酶的基因選自MTHFR、MAT1A、MAT2A、GART、MTHFS禾口ATIC。6.權(quán)利要求1的方法，其中所述第一基因是cys3，所述第二基因群是六重缺失snolASno2Asno3AsnzlASnz2ASnz3A，所述編碼酶的基因是CTH，所述輔因子是維生素B6，以及所述可測量的特征是生長。7.權(quán)利要求1的方法，其中所述第一基因是cys4，所述第二基因群是六重缺失snolASno2Asno3AsnzlASnz2ASnz3A，所述編碼酶的基因是CBS，所述輔因子是維生素B6，以及所述可測量的特征是生長。8.用于檢測對輔因子依賴性酶缺陷的易感性的方法，其包括i)從所述受試者獲得樣品；ii)檢測至少一個編碼酶的基因的多個輔因子可補(bǔ)救的受損等位基因的存在或不存在；其中至少一個受損等位基因的存在表示受試者處于輔因子依賴性酶缺陷的風(fēng)險中。9.用于鑒定和/或表征受試者的代謝途徑中的酶缺陷的方法，其包括i)從所述受試者獲得樣品；ii)檢測所述途徑中至少一個編碼酶的基因的多個受損等位基因的存在或不存在；其中受損等位基因的存在表示受試者具有可補(bǔ)救的酶缺陷。10.權(quán)利要求8或9的方法，其中所述受損等位基因是低頻等位基因。11.權(quán)利要求8或9的方法，其中所述受損等位基因來自所述途徑中的多個編碼酶的基因。12.權(quán)利要求8或9的方法，其中利用權(quán)利要求1至7的任一項的方法鑒定所述多個受損等位基因。13.用于治療受試者的代謝酶缺陷的方法，其包括i)從所述受試者獲得樣品；ii)檢測至少一個編碼酶的基因的多個受損等位基因的存在或不存在；以及iii)基于至少一個受損等位基因的存在給所述受試者施用輔因子補(bǔ)充物。14.權(quán)利要求8至13的任一項的方法，其中所述代謝途徑是高半胱氨酸，所述維生素是葉酸，并且所述受損等位基因選自人MTHFR的Ml101、H213R、D223N、D291N、R519C、R519L和Q648P。15.權(quán)利要求8至13的任一項的方法，其中所述代謝途徑是高半胱氨酸，所述維生素是葉酸，并且所述受損等位基因選自人MTHFS的R84Q、V119L和T202A。16.權(quán)利要求8至13的任一項的方法，其中所述代謝途徑是高半胱氨酸，所述維生素是葉酸，并且所述受損等位基因選自人MAT1A的I90V、L176R和R312Q。17.權(quán)利要求8至13的任一項的方法，其中所述代謝途徑是高半胱氨酸，所述維生素是葉酸，并且所述受損等位基因選自人GART的T16M、A161G、L363I、V367M、R385K、I397V、V421I、A445T、D510G、H601R、A632V、P641A、D752G、L797M、E804A和N870S。18.用于評估代謝途徑中的可補(bǔ)救的酶缺陷的試劑盒，其包含多個用于檢測所述代謝途徑中的編碼酶的基因的低頻可補(bǔ)救的受損等位基因的核酸探針。19.權(quán)利要求18的試劑盒，其中利用權(quán)利要求1至7的任一項的方法鑒定所述受損等位基因。20.包含受損等位基因突變或其互補(bǔ)序列的分離的核酸，其中所述受損等位基因突變選自MTHFR基因的核苷酸4078；MTHFR基因的核苷酸4234；MTHFR基因的核苷酸5733；MTHFR基因的核苷酸5872；MTHFR基因的核苷酸6642；MTHFR基因的核苷酸6657；MTHFR基因的核苷酸6681；MTHFR基因的核苷酸6774；MTHFR基因的核苷酸10906；MTHFR基因的核苷酸11656；MTHFR基因的核苷酸11668；MTHFR基因的核苷酸11902;MTHFR基因的核苷酸12232；MTHFR基因的核苷酸2622；MTHFR基因的核苷酸12759；MTHFR基因的核苷酸13040；MTHFR基因的核苷酸14593；MTHFR基因的核苷酸14612;MTHFR基因的核苷酸14705；MTHFR基因的核苷酸13170；MTHFR基因的核苷酸116401；其中表A中提供了SNP的序列。21.包含受損等位基因突變或其互補(bǔ)序列的分離的核酸，其中所述受損等位基因突變選自ATIC基因的核苷酸1100；ATIC基因的核苷酸1114；ATIC基因的核苷酸1179；ATIC基因的核苷酸1244；ATIC基因的核苷酸1270；ATIC基因的核苷酸1288；ATIC基因的核苷酸1301；ATIC基因的核苷酸1380；ATIC基因的核苷酸1396；ATIC基因的核苷酸1453；ATIC基因的核苷酸1506；ATIC基因的核苷酸1689；ATIC基因的核苷酸7227；ATIC基因的核苷酸7232；ATIC基因的核苷酸7388；ATIC基因的核苷酸8756；ATIC基因的核苷酸8808；ATIC基因的核苷酸14099；ATIC基因的核苷酸14140；ATIC基因的核苷酸14144;ATIC基因的核苷酸14183;ATIC基因的核苷酸14229;ATIC基因的核苷酸14238；ATIC基因的核苷酸14245；ATIC基因的核苷酸14260；ATIC基因的核苷酸14489；ATIC基因的核苷酸14970；ATIC基因的核苷酸15003；ATIC基因的核苷酸15040;ATIC基因的核苷酸15043；ATIC基因的核苷酸15149；ATIC基因的核苷酸15240；ATIC基因的核苷酸15844；ATIC基因的核苷酸16063；ATIC基因的核苷酸21363;ATIC基因的核苷酸21372；ATIC基因的核苷酸21400；ATIC基因的核苷酸21521;ATIC基因的核苷酸21611；ATIC基因的核苷酸22187；ATIC基因的核苷酸22273;ATIC基因的核苷酸22282；ATIC基因的核苷酸22291；ATIC基因的核苷酸22342;ATIC基因的核苷酸22512；ATIC基因的核苷酸22519；ATIC基因的核苷酸22538酸22737酸27757酸28015酸33920酸35737酸35917酸38338酸38342ATIC基因的核苷酸22564ATIC基因的核苷酸24992ATIC基因的核苷酸27855ATIC基因的核苷酸33901ATIC基因的核苷酸33933ATIC基因的核苷酸35742ATIC基因的核苷酸35968ATIC基因的核苷酸38342ATIC基因的核苷酸38582；ATIC基因的核苷ATIC基因的核苷ATIC基因的核苷ATIC基因的核苷ATIC基因的核苷ATIC基因的核苷ATIC基因的核苷ATIC基因的核苷ATIC基因的核苷酸22589ATIC基因的核苷酸25009ATIC基因的核苷酸27985ATIC基因的核苷酸33919ATIC基因的核苷酸35723ATIC基因的核苷酸35840ATIC基因的核苷酸35973ATIC基因的核苷酸38437ATIC基因的核苷酸38627；ATIC基因的核苷酸38667和ATIC基因的核苷酸38725；其中表B中提供了核苷酸的序列。22.包含受損等位基因突變或其互補(bǔ)序列的分離的核酸，其中所述受損等位基因突變選自MTHFS基因的核苷酸8808；MTHFS基因的核苷酸8912；MTHFS基因的核苷酸8957；MTHFS基因的核苷酸8998；MTHFS基因的核苷酸52560；MTHFS基因的核苷酸52878和MTHFS基因的核苷酸52902；其中表C中提供了SNP的序列。23.包含受損等位基因突變或其互補(bǔ)序列的分離的核酸，其中所述受損等位基因突變選自MAT1A基因的核苷酸5045；MAT1A基因的核苷酸5181；MAT1A基因的核苷酸5233；MAT1A基因的核苷酸6739；MAT1A基因的核苷酸6795；MAT1A基因的核苷酸9833；MAT1A基因的核苷酸10006；MAT1A基因的核苷酸10312；MAT1A基因的核苷酸10339;MAT1A基因的核苷酸10374；MAT1A基因的核苷酸10484；MAT1A基因的核苷酸10555;MAT1A基因的核苷酸14038；MAT1A基因的核苷酸14114；MAT1A基因的核苷酸14177;MAT1A基因的核苷酸15424；MAT1A基因的核苷酸15500；MAT1A基因的核苷酸15646;MAT1A基因的核苷酸15706；MAT1A基因的核苷酸15715；MAT1A基因的核苷酸15730；MAT1A基因的核苷酸15758；MAT1A基因的核苷酸16133；MAT1A基因的核苷酸16174；MAT1A基因的核苷酸15706；MAT1A基因的核苷酸15715；MAT1A基因的核苷酸15730；MAT1A基因的核苷酸15758；MAT1A基因的核苷酸16133;MAT1A基因的核苷酸16174;MAT1A基因的核苷酸16218；其中表D中提供了SNP的序列。24.包含受損等位基因突變或其互補(bǔ)序列的分離的核酸，其中所述受損等位基因突變選自MAT2A基因的核苷酸2871；MAT2A基因的核苷酸2873；MAT2A基因的核苷酸MAT2A基因的核苷酸3394MAT2A基因的核苷酸3650MAT2A基因的核苷酸4449MAT2A基因的核苷酸4660MAT2A基因的核苷酸5313293934663704447646925460MAT2A基因的核苷酸3287MAT2A基因的核苷酸3498MAT2A基因的核苷酸4174MAT2A基因的核苷酸4608MAT2A基因的核苷酸4931MAT2A基因的核苷酸MAT2A基因的核苷酸MAT2A基因的核苷酸MAT2A基因的核苷酸MAT2A基因的核苷酸和MAT2A基因的核苷酸5480；其中表E中提供了SNP的序列。25.包含受損等位基因突變或其互補(bǔ)序列的分離的核酸，其中所述受損等位基因突變選自GART基因的核苷酸3782；GART基因的核苷酸3842；GART基因的核苷酸7745GART基因的核苷酸7984；GART基因的核苷酸10775；GART基因的核苷酸11521GART基因的核苷酸11541GART基因的核苷酸14273GART基因的核苷酸14781GART基因的核苷酸18130GART基因的核苷酸18232GART基因的核苷酸20825GART基因的核苷酸20862GART基因的核苷酸25425GART基因的核苷酸25867GART基因的核苷酸25956GART基因的核苷酸31627GART基因的核苷酸31902GART基因的核苷酸33264GART基因的核苷酸33264GART基因的核苷酸36964GART基因的核苷酸38762其中表F中提供了SNP的序列。26.包含受損等位基因突變或其互補(bǔ)序列的分離的核酸，其中所述受損等位基因突變選自M110I、H213R、D223N、D291N、R519C、R519L和Q648P。27.篩查與異常葉酸/高半胱氨酸代謝相關(guān)的狀況或疾病的風(fēng)險的方法，其包括使用權(quán)利要求8至13的方法檢測受損等位基因。28.權(quán)利要求27的方法，其中所述疾病或狀況選自心血管疾病、冠狀動脈疾病、缺血性中風(fēng)、動脈粥樣硬化、神經(jīng)管缺陷、口面裂、先兆子癇、早產(chǎn)/低出生體重、反復(fù)早期自發(fā)性流產(chǎn)、血栓形成、視網(wǎng)膜動脈閉塞、唐氏綜合征、結(jié)直腸癌、乳腺癌、肺癌、前列腺癌、抑郁癥、精神分裂癥、阿爾茨海默病/癡呆、年齡相關(guān)性黃斑變性和青光眼。28.篩查化療劑響應(yīng)潛能的方法，其包括檢測選自MTHFR和GART的基因的受損等位基因。29.篩查化療劑毒性的方法，其包括檢測選自MTHFR和GART的基因的受損等位基因。30.用于檢測葉酸/高半胱氨酸代謝途徑中的基因的受損等位基因的陣列，其包含權(quán)利要求20至25的任一項的分離的核酸。GART基因的核苷酸11522GART基因的核苷酸14200GART基因的核苷酸14739GART基因的核苷酸18064GART基因的核苷酸18197GART基因的核苷酸20812GART基因的核苷酸15706GART基因的核苷酸22521GART基因的核苷酸25601GART基因的核苷酸25951GART基因的核苷酸26195GART基因的核苷酸31887GART基因的核苷酸33173GART基因的核苷酸33173GART基因的核苷酸36963GART基因的核苷酸37433GART基因的核苷酸38989GART基因的核苷酸12356GART基因的核苷酸14282GART基因的核苷酸18055GART基因的核苷酸18142GART基因的核苷酸18401GART基因的核苷酸16174GART基因的核苷酸22481GART基因的核苷酸25433GART基因的核苷酸25912GART基因的核苷酸26127GART基因的核苷酸31641GART基因的核苷酸31933GART基因的核苷酸31933GART基因的核苷酸33286GART基因的核苷酸37428GART基因的核苷酸38914和全文摘要本發(fā)明涉及酶變體、其對輔因子的反應(yīng)性以及用于測試酶變體的活性和其對輔因子的反應(yīng)性的體內(nèi)測定。文檔編號C12Q1/25GK102027134SQ200980117301公開日2011年4月20日申請日期2009年3月27日優(yōu)先權(quán)日2008年3月27日發(fā)明者J·里尼,N·馬里尼申請人:加利福尼亞大學(xué)董事會