專利名稱：：細菌的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
：本發(fā)明涉及增稠性質(zhì)(texturizingproperties)改進的快速酸化的乳酸菌(lacticacidbacterium)及其他。
背景技術(shù)：
：食品工業(yè)使用細菌來改善食物的味道(taste)和稠度(texture),也延長這些食物的貨架期(shelflife)。在乳品行業(yè)，常用乳酸菌來，例如，使奶(milk)酸化(通過發(fā)酵)并使摻入它們的產(chǎn)物稠度增加。常用于食品工業(yè)的乳酸菌中，例子包括鏈球菌屬(5Vreptococcw力、乳球菌屬(丄actococcw)、乳桿菌屬(丄a"o6ac/〃Ms)、明串J求菌屬(丄ewco"oytoc)、片J求菌屬(尸ecfococcw"和雙^支沖干菌屬(5折(ioZocten'廳)。屬于嗜熱鏈球菌(&reptococcwf/7ew2op/n7w)的乳酸菌單獨或與其它細菌一起廣泛用于制備食品特別是發(fā)酵產(chǎn)品。尤其是將它們用于配制生產(chǎn)發(fā)酵奶(fermentedmilk)如酸奶(yogurt)時所用的酵素(ferment)。有些細菌在發(fā)酵產(chǎn)品的稠度生成中起決定性作用。此特征與多糖的生成緊密相連。在嗜熱鏈球菌多個菌抹中區(qū)分出增稠和非增稠(non-texturizing)菌株是可能的。除外，培養(yǎng)物如起子培養(yǎng)物(starterculture)在食品工業(yè)中廣泛用于生產(chǎn)發(fā)酵的產(chǎn)品，包括奶制品(如酸奶、黃油和干酪(cheese))、肉制品、培烤制品、酒類和蔬菜制品。制備培養(yǎng)物耗費大量勞力，占用很多空間和裝備，并且在繁殖過程中傳染腐敗菌和/或噬菌體的風(fēng)險很大。因細菌噬菌體(噬菌體)感染和擴增所致細菌培養(yǎng)失敗是細菌培養(yǎng)物工業(yè)應(yīng)用的主要問題。有多種不同的噬菌體，它們攻擊細菌的機理不同。而新的細菌噬菌體林也不斷出現(xiàn)。在工業(yè)中，將噬菌體感染、乃至細菌培養(yǎng)失敗的幾率減至最小的策略包括(i)使用混合的起子培養(yǎng)物；和(ii)交替使用具有不同的噬菌體易感譜(susceptibilityprofile)的菌抹(菌林輪換)。(i)傳統(tǒng)上，乳品行業(yè)的起子培養(yǎng)物都是乳酸菌菌林的混合物?；旌系钠鹱优囵B(yǎng)物的復(fù)雜組成確保一定水平的對抗噬菌體攻擊的抗性。然而，混合的菌抹培養(yǎng)物重復(fù)再培養(yǎng)(sub-culturing)使單個菌株的分布出現(xiàn)不可預(yù)測的改變，最終導(dǎo)致不理想的菌林優(yōu)勢(dominance)。這導(dǎo)致更容易被噬菌體攻擊并增加發(fā)酵失敗的風(fēng)險。(ii)交替使用對不同噬菌體敏感的細菌菌林是另一種限制噬菌體發(fā)展的途徑。然而，為了提供高效可靠的輪換方案而鑒定并選出足夠數(shù)量的具有不同噬菌體譜的菌抹是困難且費力的。另外，持續(xù)使用菌抹需要小心監(jiān)測新的感染性噬菌體，且需要迅速將被新的噬菌體感染的菌株替換為抗性菌抹。在事先需制備大量的生產(chǎn)用起子(bulkstarter)培養(yǎng)物的工廠，通常不可能做出如此迅速的反應(yīng)。本領(lǐng)域一直需要提供改進的細菌菌林用于食品/飼料工業(yè)-如增稠性質(zhì)改進的細菌菌抹。具有噬菌體抗性的改良細菌菌抹特別理想。發(fā)明概述本文所述的快速酸化的乳酸菌具有多項優(yōu)點。例如，該快速酸化的乳酸菌在使摻入它的培養(yǎng)基增稠方面具有優(yōu)點。又例如，它使得有可能從例如發(fā)酵奶獲得凝膠，其發(fā)稠、粘、掛糖(coated)、易拉絲(stringy)、攪不動(resistanttostirring)和/或無顆斗立。有利地是，所述快速酸化的乳酸菌具有抗細菌噬菌體的抗性，因而細菌噬菌體感染、乃至細菌培養(yǎng)失敗的幾率被降到最小。這是本文所述乳酸菌的重要特性，因為它降低了生產(chǎn)過程中出現(xiàn)噬菌體的風(fēng)險，如果出現(xiàn)噬菌體，可能要將生產(chǎn)中止一段時間來排除污染。最有利地是，本文所述快速酸化的乳酸菌具有有利的增稠性質(zhì)而且是抗噬菌體的。本發(fā)明的概要方面本發(fā)明的各方面體現(xiàn)在隨后的權(quán)利要求中。第一方面提供了快速酸化的乳酸菌，其使發(fā)酵奶的粘度超過約62Pa.s(帕斯卡.秒)。一個特別優(yōu)選的方面提供了快速酸化的乳酸菌，其使發(fā)酵奶的粘度超過約62Pa.s并且該細菌是抗噬菌體的。另一方面提供了乳酸菌，其包含SEQIDNo.19所述的序列或與其具有7至少75%同一'性的同源物(homologue)。另一方面提供了分離的嗜熱鏈球菌菌抹，該菌抹在2006年6月14日由DaniscoDeutschlandNiebiillGmbH,Buch-JohannsenStrasse.l,Niebiill-D-25899,Germany根據(jù)布達佩斯條約以保藏號18344保藏于DSMZ(DeutscheSammlungvonMikroorganismenundZellkulturenGmbH,MascheroderWeg1b,D-38124Braunschweig)。我們在此確認(rèn)，保藏人已授權(quán)申請人在此申請中提及該保藏的生物材料，并且無保留且不可改變地同意確保公眾可得到該保藏材料。也提供了包含本文所述的乳酸菌或菌抹的細胞培養(yǎng)物。另一方面提供了食物、食物添加劑(foodadditive)、飼料、營養(yǎng)補充劑(nutritionalsupplement)、或益生菌補充物(probioticsupplement),其包含本文所述的乳酸菌、菌抹、或細胞培養(yǎng)物。制備食物、食物添加劑、飼料、營養(yǎng)補充劑、或益生菌補充物的方法，其包含將所述乳酸菌、菌抹、或細胞培養(yǎng)物加入所述食物、食物添加劑、飼料、營養(yǎng)補充劑、或益生菌補充物的步驟。其他方面，用本文所述的方法獲得或可獲得的食物、食物添加劑、飼料、營養(yǎng)補充劑、或益生菌補充物。也描述了所述乳酸菌、菌林、或細胞培養(yǎng)物用于制備食物、食物添加劑、伺料、營養(yǎng)補充劑、或益生菌補充物的用途。其他方面，我們描述了改良(modifying)食物、食物添加劑、飼料、營養(yǎng)補充劑、或益生菌補充物的粘度的方法，其包含將所述乳酸菌、菌抹、或細胞培養(yǎng)物加入所述食物、食物添加劑、飼料、營養(yǎng)補充劑、或益生菌補充物。也提供了用本文所述的方法獲得或可獲得的食物、食物添加劑、伺料、營養(yǎng)補充劑、或益生菌補充物。另一方面提供了所述乳酸菌、菌抹、或細胞培養(yǎng)物用于改良食物、食物添加劑、伺料、營養(yǎng)補充劑、或益生菌補充物的粘度的用途。也描述了鑒定屬于鏈球菌屬的細菌的方法，其包含篩選所述細菌的SEQIDNo.19所述的序列或與其具有至少75%同一性的同源物的步驟。也描述了鑒定屬于鏈球菌屬的細菌的方法，其包含用至少一個正向的和至少一個反向的寡核苦酸引物擴增細菌的CRISPR基因座的步驟，其中所述引物分別位于在嗜熱鏈球菌DSMZ-18344中缺無的一或多個CRISPR間隔區(qū)(spacer)的對側(cè)側(cè)翼。其他方面也提供了用所述方法鑒定或可鑒定的屬于鏈球菌屬的細菌。另一方面描述了核苷酸序列，其包含SEQIDNo.19所述的序列或與其具有至少75%同一性的同源物。也提供了與所述核苷酸序列互補的核苷酸序列，如同包含所述核苷S交序列的構(gòu)建體或載體。其他方面描述了包含所述構(gòu)建體或載體的宿主細胞。也提供了寡核苷酸引物，其能與所述核苷酸序列雜交。其他方面描述了所述寡核香酸引物用于鑒定屬于鏈球菌屬的細菌的用途。也提供了如上所述的乳酸菌、分離的培養(yǎng)物、細胞培養(yǎng)物、食物、食物添加劑、飼料、營養(yǎng)補充劑、益生菌補充物、方法、用途、核酸序列、構(gòu)建體、載體、宿主細胞、氨基酸序列、或寡核苷酸引物，其參照隨后的說明書和圖。本發(fā)明的其他方面體現(xiàn)在隨后的權(quán)利要求和隨后的描述和討論中。這些方面體現(xiàn)在分開的標(biāo)題部分中。然而，要理解在每個標(biāo)題部分下的指導(dǎo)都不應(yīng)限于該特定的標(biāo)題部分。優(yōu)選實施方案優(yōu)選地，該細菌是抗噬菌體的。優(yōu)選地，該細菌選自鏈球菌屬、乳球菌屬、乳桿菌屬、明串球菌屬、片球菌屬和雙歧桿菌屬組成的組。優(yōu)選地，該細菌是嗜熱鏈球菌。優(yōu)選地，該嗜熱鏈球菌屬于遺傳簇(geneticcluster)CL0189。優(yōu)選地，該乳酸菌包含SEQIDNo.20所述的序列。優(yōu)選地，所述細胞培養(yǎng)物是起子培養(yǎng)物(starterculture)、益生菌培養(yǎng)物(probioticculture)或々大食4卜充劑(dietarysupplement)。優(yōu)選地，所述培養(yǎng)物包含一或多種其它乳酸菌，所述乳酸菌選自鏈球菌屬、乳球菌屬、乳桿菌屬、明串球菌屬、片球菌屬和雙歧桿菌屬。優(yōu)選地，所述培養(yǎng)物包含一或多種其它乳酸菌，所述乳酸菌選自德氏乳斥干菌j呆力口利亞亞種(丄actokzc/〃wsc/e/6rwechYsubsp.5w/g"Wcw"、嗜酸乳4干菌9(丄actoZac/〃1^acWop/zz7w力、干酷乳4干菌(丄acto6ac/〃wscose()禾口/或只又it支一干菌種。優(yōu)選地，該食物、食物添加劑、飼料、營養(yǎng)補充劑、或益生菌補充物是乳類、肉類或谷類食物、食物添加劑、詞料、營養(yǎng)補充劑、或益生菌補充物。優(yōu)選地，該乳類食物、食物添加劑、飼料、營養(yǎng)補充劑、或益生菌補充物是發(fā)酵奶、酸奶、稀奶油(cream)、熟化奶油(maturedcream)、干酪、清爽干酪(fromagefrais)、奶飲料(milkbeverage)、力口工的干酪(processedcheese)、奶油《廿食(creamdessert)、農(nóng)家干酪(cottagecheese)或嬰兒奶(infantmilk)。優(yōu)選地，所述奶包含動物和/或植物源性奶。優(yōu)選地，該食物、食物添加劑、飼料、營養(yǎng)補充劑、或益生菌補充物包含發(fā)酵的食物、食物添加劑、飼料、營養(yǎng)補充劑、或益生菌補充物或由其組成。優(yōu)選地，該食物、食物添加劑、飼料、營養(yǎng)補充劑、或益生菌補充物包含乳類食物、食物添加劑、飼料、營養(yǎng)補充劑、或益生菌補充物或由其組成。優(yōu)選地，所述正向寡核苷酸引物與SEQIDNo.1雜交，且所述反向寡核苷酸引物與SEQIDNo.2,SEQIDNo.3，SEQIDNo.4,SEQIDNo.5，SEQIDNo.6，SEQIDNo.7,SEQIDNo.8,SEQIDNo.9,SEQIDNo.10,SEQIDNo.11，SEQIDNo.12,SEQIDNo.13,SEQIDNo.14,SEQIDNo.15，SEQIDNo.16和/或SEQIDNo.17的任一雜交。優(yōu)選地，所述正向寡核香酸引物與SEQIDNo.2,SEQIDNo.3，SEQIDNo.4，SEQIDNo.5,SEQIDNo.6,SEQIDNo.7和/或SEQIDNo.8的任一雜交，且反向寡核香酸引物與SEQIDNo.9,SEQIDNo.10，SEQIDNo.11，SEQIDNo.12，SEQIDNo.13,SEQIDNo.14,SEQIDNo.15,SEQIDNo.16和/或SEQIDNo.17的任一雜交。優(yōu)選地，所述正向寡核苷酸引物與SEQIDNo.2，SEQIDNo.3,SEQIDNo.4,SEQIDNo.5,SEQIDNo.6，SEQIDNo.7和/或SEQIDNo.8的任一雜交，且所述反向寡核苷酸引物與SEQIDNo.18雜交。優(yōu)選地，所述正向寡核普酸引物與—SEQIDNo.9，SEQIDNo.10,SEQIDNo.11，SEQIDNo.12,SEQIDNo.13,SEQIDNo.14,SEQIDNo.15,SEQIDNo.16和/或SEQIDNo.17的任一雜交，且所述反向寡核普酸引物與SEQIDNo.18雜交。優(yōu)選地，所述屬于鏈球菌屬的細菌是嗜熱鏈球菌。優(yōu)選地，該嗜熱鏈球菌菌林屬于遺傳簇CL0189。優(yōu)選地，該嗜熱鏈球菌菌抹與在2006年6月14日以保藏號18344保藏于DSMZ(DeutscheSammlungvonMikroorganismenundZellkulturenGmbH,MascheroderWeg1b,D-38124Braunschweig)的嗜熱鏈球菌菌抹具有基本相同的特征。優(yōu)選地，該嗜熱鏈球菌菌株與在2006年6月14日以保藏號18344保藏于DSMZ(DeutscheSammlungvonMikroorganismenundZellkulturenGmbH,MascheroderWeg1b,D-38124Braunschweig)的嗜熱鏈球菌菌林相同。本文所用術(shù)語"快速酸化的菌林"優(yōu)選指具有如下性質(zhì)的菌林(在下文標(biāo)題為"發(fā)酵奶加工(Process)"的部分中所述的發(fā)酵奶加工之后)在43°C，當(dāng)接種速度為1E6cfli/ml奶-lE7cfu/ml奶時，酸化速度小于-0.0100upH/min，達到pH4.6所需時間少于540分鐘。附圖簡述圖1嗜熱鏈球菌(51.Awmo;/n7w)CNCM1-2423、嗜熱鏈5求菌CNCM1-2425和嗜熱鏈球菌DSMZ-18344用EPSADPCR-RFLP所獲得結(jié)果的比較。圖2嗜熱鏈球菌eps遺傳簇的結(jié)構(gòu)。所有已知的eps操縱子由常見的近端部分(proximalpart)(epsA-B-C-D基因)及隨后的高度可變部分組成。圖3嗜熱鏈球菌DSMZ-18344、嗜熱鏈球菌CNCM1-2425、嗜熱鏈球菌CNRZ385和嗜熱鏈球菌CNCM1-2423的CRISPR1基因座的間隔區(qū)序列示意圖。每個矩形代表一個間隔區(qū)序列。
發(fā)明內(nèi)容乳酸菌本文所用的術(shù)語"乳酸菌，，指革蘭氏陽性、微需氧(microaerophillic)或厭氧的細菌，其發(fā)酵糖產(chǎn)生酸，包括乳酸(作為主要產(chǎn)生的酸)、乙酸、曱酸和丙酸。它們在分類上屬于厚壁菌門(Firmicutes)。乳酸菌缺乏過氧化氫酶，是一組不均一的細菌(heterogeneousgroup),其中的球菌有氣球菌屬(/leraccw力、腸球菌屬、享U求菌屬、明串球菌屬、Oe"OCOCOtf、片球菌屬、鏈球菌屬、四4關(guān)3求菌屬(refragewococcws)、漫游3求菌屬(^jfgococcw)和『e&化〃a，才干菌有乳才干菌屬和肉4干菌屬(Carwo6a"en'wm)。工業(yè)最常用的乳酸菌為乳球菌屬、乳桿菌屬、雙歧桿菌屬、鏈球菌屬、明串球菌屬、片球菌屬和丙酸桿菌屬(尸ra;/om'k^feWMm)。因此在一個實施方案中優(yōu)選所述乳酸菌選自此組中的屬。特別的優(yōu)選實施方案中，所述乳酸菌屬于鏈球菌屬。乳酸菌的優(yōu)選種是嗜熱鏈球菌。優(yōu)選地，所述嗜熱鏈球菌屬于遺傳簇CL0189。嗜熱鏈球菌是天然存在于奶中并廣泛用于食物特別是乳業(yè)中的菌種，因為它可以用于使產(chǎn)物如奶酸化并增稠。它是同型發(fā)酵的(homofermentative)嗜熱菌。本文更詳細地描述，乳酸菌的起子培養(yǎng)物常作為包含一或多個物種的混合菌株培養(yǎng)物用于食品業(yè)。優(yōu)選菌林的混合物包括本文所述乳酸菌與一或多個鏈球菌菌抹(如不同的嗜熱鏈球菌菌抹)的混合物，或與一或多個屬于乳球菌屬、乳桿菌屬、雙歧桿菌屬、鏈球菌屬、明串球菌屬、片球菌屬和/或丙酸桿菌屬的菌抹的混合物。優(yōu)選本文所述的乳酸菌與德氏乳桿菌保加利亞亞種、嗜酸乳桿菌、干酪乳桿菌、乳酸乳球菌(Z^ctococcw/acfe)和/或雙歧桿菌的混合物。特別優(yōu)選本文所述的乳酸菌與德氏乳桿菌保加利亞亞種的混合物。此種菌林培養(yǎng)物混合物常用于作酸奶起子培養(yǎng)物，其物種間存在共生關(guān)系(Rajagopal等.JDa/75W"21,p.894-899，1990)。該乳酸菌及其混合物可用于本文所述的培養(yǎng)。一方面提供了快速酸化的乳酸菌，其使得發(fā)酵奶的粘度超過約62Pa.s。另外，酸化速度的加快也降低噬菌體感染導(dǎo)致的發(fā)酵失敗的風(fēng)險。優(yōu)選地，所述細菌包含SEQIDNo.19所述的序列或與其具有至少75%同一性的同源物。優(yōu)選地，所述細菌包含SEQIDNo.20所述的序列或其變體、片段、同源物或書卞生物。另一方面提供了乳酸菌，其包含SEQIDNo.19所述的序列或與其具有至少75%同一性的同源物。12另一方面提供了乳酸菌，其包含SEQIDNo.20所述的序列或其變體、片段、同源物或衍生物。特別優(yōu)選的方面，本發(fā)明涉及在2006年6月14日以保藏號18344保藏于DSMZ(DeutscheSammlungvonMikroorganismenundZellkulturenGmbH,MascheroderWeg1b,D-38124Braunschweig)的嗜熱鏈球菌菌林。所述乳酸菌可以是本文所述乳酸菌的突變體和/或變體。優(yōu)選地，此突變體和/或變體乳酸菌具有本發(fā)明嗜熱鏈球菌菌林的一或多項(優(yōu)選所有)特征，如所述突變體和/或變體乳酸菌是快速酸化的乳酸菌；和/或所述突變體和/或變體乳酸菌使發(fā)酵奶的粘度超過約62Pa，s，優(yōu)選約68Pa,s;和/或所述突變體和/或變體乳酸菌是抗噬菌體的；和/或所述突變體和/或變體乳酸菌屬于遺傳簇CL0189;和/或所述突變體和/或變體乳酸菌包含SEQIDNo.20所述的序列；和/或所述突變體和/或變體乳酸菌包含SEQIDNo.19所述的序列或其變體、片段、同源物或衍生物。酸化活性酸化活性常用三個參數(shù)表征酸化動力學(xué)、可滴定S吏度(titratableacidity)和最終的發(fā)酵pH，其確定產(chǎn)物的感官特征及其保存質(zhì)量(preservationquality),以及在產(chǎn)物保存期間出現(xiàn)(develop)的后酸化(post-acidification)。有利的是，酸化速度快使得有可能縮短產(chǎn)物對污染物敏感的時間段(pH>4.7)從而降低細菌污染的風(fēng)險。酸化速度加快也通過提高所述工業(yè)材料的產(chǎn)率和靈活性而提高所述方法的經(jīng)濟效益?？捎枚喾N本領(lǐng)域已知的方法確定乳酸菌的酸化活性。例如，所述乳酸菌可以先在液態(tài)培基(broth)中培養(yǎng)，然后在補充了酵母提取物和葡萄糖的無菌復(fù)原的(reconstituted)脫脂奶中作兩輪連續(xù)繼代培養(yǎng)。然后用24-h活化的培養(yǎng)物接種無菌的復(fù)原脫脂奶，并在溫育期間用pH計確定pH改變。有利的是，本發(fā)明的乳酸菌是快速酸化的，因為它可以表現(xiàn)出在發(fā)酵過程中使奶快速酸化的特征。優(yōu)選地，酸化速度從約-0.013upH/min到約-0.019upH/min。更優(yōu)選地，酸化速度從約-0.0135upH/min到約-0.018upH/min。更優(yōu)選地，S交化速度從約-0.014upH/min到約-0.017upH/min。更優(yōu)選地，酸化速度從約-0.0145upH/min到約-0.017upH/min。更優(yōu)選地，酸化速度從約-0.015upH/min到約-0.017upH/min。更優(yōu)選地，酸化速度從約-0.015upH/min到約-0.017upH/min。最優(yōu)選地，酸化速度為約-0.0169upH/min。此酸化速度與其它快速酸化的細菌菌抹相比更優(yōu)越-如嗜熱鏈球菌CNCM1-2423、嗜熱鏈3泉菌CNCM1-2980和嗜熱鏈球菌CNCM1-2425分別為0.0129upH/min、0.0167upH/min和0.0209upH/min。嗜熱鏈球菌CNCM1-2423之前已以保藏號1-2423保藏于CNCM,并描述于WO2004/085607中。嗜熱鏈球菌CNCM1-2425之前已以保藏號1-2425保藏于CNCM。嗜熱鏈球菌CNCM1-2980之前已以保藏號1-2980保藏于CNCM,并描述于WO2004/085607中?？焖偎峄氖葻徭溓蚓?，通常在43。C+/-1。C，當(dāng)接種速度為1E6cfu/ml奶-1E7cfb/ml奶時，使奶凝結(jié)所需時間不到540分鐘的細菌。酸化的最快速度是pH相對于時間的曲線的最大值。此最終的測定結(jié)果可以用CINAC裝置(YsebaertLtd)進行奶的在線pH測量來獲得。一個實施方案中，酸化速度用本領(lǐng)域通常已知的方法測定。通常，酸化速度通過在一段時間內(nèi)監(jiān)測pH的改變來測定。另一個實施方案中，用CINAC裝置測定酸化速度，該裝置是在乳業(yè)廣泛用來分析乳酸菌的酸化性質(zhì)的設(shè)備。測定酸化速度的自動系統(tǒng)是本領(lǐng)域一般技術(shù)人員公知的。例如，可參見(例如)FR2629612。Corrieu,G.dProcess(ISSN0998-6650);1992,No.1068,pp24-27(10ref.)中介紹了CINAC自動系統(tǒng)。增稠/粘度如本文所述，提供了具有改進的增稠性質(zhì)或活性的乳酸菌。尤其是，該乳酸菌展示了賦予發(fā)酵培養(yǎng)基粘度的性質(zhì)。所述乳酸菌產(chǎn)生發(fā)酵奶具有約62Pa.s以上的粘度，更優(yōu)選超過約65Pa.s，更優(yōu)選超過約68Pa.s。優(yōu)選地，此乳酸菌產(chǎn)生的發(fā)酵奶具有約62^3到約753.3的粘度，優(yōu)選約65Pa.s到約75Pa.s，更優(yōu)選約62Pa.s到約68Pa.s，最優(yōu)選約65到約68Pa.s，更優(yōu)選約68Pa.s.優(yōu)選在約6°C儲存14天后測定粘度。本文所述的乳酸菌是強增稠的。一個實施方案中，所述乳酸菌產(chǎn)生的發(fā)酵奶具有用本文所述的一或多種方法測定的本文所述粘度。多種流變學(xué)測定是本領(lǐng)域已知的-如流動性(flow)和粘度。發(fā)酵奶加工一個實施方案中，產(chǎn)生實驗室規(guī)模的新鮮發(fā)酵奶。奶基(milkbase)由補充了3。/。(w/w)半脫脂奶粉的商業(yè)化UHT(超高溫滅菌)奶組成。將所述奶基混合，90。C+/-0.2。C加熱10min+/-lmin，然后在調(diào)節(jié)至43。C+/-1。C的水浴中冷卻至43。C+/-1。C，再將該奶裝到125ml玻璃燒杯中。以1E6-1E7cfu/ml的比例向該奶中接種細菌。發(fā)酵在43。C+A1。C進行，期間不攪拌，當(dāng)pH到達4.6+/-0.05時終止發(fā)酵。此時，迅速將新鮮發(fā)酵奶在不足1小時內(nèi)冷卻至6。C+/1。C。最終，在此溫度將產(chǎn)物儲存28天。測定粘度的方法一個實施方案中，對6。C儲藏1、7、14和28天后的發(fā)酵奶，在6。C進行粘度測定。所用的裝備是安裝在Helipath座(stand)(BrookfieldEngineeringLaboratories,Inc.)上的RVFtypeBrookfield粘度計(BrookfieldEngineeringLaboratories,Inc.)。該粘度計配有了C型針，針的擺動速度是10rpm。根據(jù)本發(fā)明，此方法是測定粘度的優(yōu)選方法。測定流動性的方法另一個實施方案中，對6。C儲藏14天、且已攪拌過的發(fā)酵奶，在6。C進行流動性測定。所用的裝備是ARI000-N流變計(rheometer)(TAInstruments),其配有同軸圓柱體(半徑1=15mm,半徑2=13.83mm,高度32mm,氣隙=2mm)。上升節(jié)段(segment)在1分鐘內(nèi)施加從0到60Pa連續(xù)快速(continuoussweep)線性變化的切應(yīng)力(shearstress)[Pa]。下降節(jié)段在1分鐘內(nèi)施加從60到0Pa連續(xù)快速線性變化的切應(yīng)力[Pa]。所取數(shù)值是觸變面積(thixotropicarea)(Pa/s)和屈月良應(yīng)力(yieldstress)(Pa);后者#4居Casson才莫型來計算。根據(jù)本發(fā)明，可以用本文所述的乳酸菌改變或調(diào)節(jié)食物、食物添加劑、伺料、營養(yǎng)補充劑、或益生菌補充物的粘度。優(yōu)選使所述粘度增加。細菌噬菌體本文所用的術(shù)語"細菌噬菌體，，具有在本領(lǐng)域理解的常用含義，即為選擇性感染一或多種細菌的病毒。很多細菌噬菌體對具體屬或種或菌抹的細菌特異。術(shù)語"細菌噬菌體，，與術(shù)語"噬菌體"同義。細菌噬菌體可以是裂解性細菌噬菌體或溶原性(lysogenic)細菌噬菌體。裂解性細菌噬菌體是沿裂解途徑完成裂解周期、而不進入溶原途徑的噬菌體。裂解性細菌噬菌體進行病毒復(fù)制，導(dǎo)致細胞膜裂解、細胞破壞、釋放能感染其它細胞的子代細菌噬菌體顆粒。溶原性細菌噬菌體是能進入溶原途徑的噬菌體，在該途經(jīng)中，噬菌體在完成其裂解周期之前變成細胞基因組的休眠、沉默(passive)部分。細菌噬菌體可包括但不限于屬于如下任何病毒家族的細菌噬菌體覆蓋嗜菌體科(Corticoviridae)、囊狀嗟菌體科(Cystoviridae)、絲狀嗟菌體科(Inoviridae)、光滑噬菌體科(Leviviridae)、」微小噬菌體科(Microviridae)、肌尾噬菌體科(Myoviridae)、短尾噬菌體科(Podoviridae)、長尾噬菌體科(Siphoviridae)、或復(fù)層嗟菌體科(Tectiviridae)。有利的是，本發(fā)明乳酸菌是抗噬菌體的。近20多年來，已核實了超過1000種對工業(yè)用嗜熱鏈球菌菌抹有毒性的噬菌體。這群噬菌體經(jīng)過深入研究確定了它們的宿主譜(hostspectmm)。這使得能夠鑒定一組共60種代表上述噬菌體群體中鑒定出的所有宿主語的噬菌體。這些代表性的噬菌體分別在菌抹DSMZ18344、CNCMI-2423和CNCM1-2425中進行測試，如本文所述。發(fā)現(xiàn)CNCMI-2423對噬菌體D4126和D3215敏感，菌抹CNCMI-2425對噬菌體D4369敏感，而本發(fā)明菌林DSMZ-18344抗所有被測的代表性噬菌體。一個實施方案中，本發(fā)明的乳酸菌抗噬菌體D4126和/或D3215和/或噬菌體D4369。一個實施方案中，本發(fā)明的乳酸菌抗一或多種細菌噬菌體或一或多組細菌噬菌體。另一個實施方案中，本發(fā)明的乳酸菌抵與菌抹CNCM1-2423和/或CNCM1-2425抗相同的細菌噬菌體。16CRISPR基因座本文所用的術(shù)語"CRISPR基因座"被限定為DNA節(jié)段，其包括所有的CRISPR重復(fù)序列，從第一個CRISPR重復(fù)序列的第一個核苷酸開始，至最后一個(末端)CRISPR重復(fù)序列的最后一個核苷酸結(jié)束。CRISPR基因座是一類獨特的散在短序列重復(fù)(SSR)，其首先在大腸桿菌中識別出來(Ishino等.(1987)乂^cfen'o/.169:5429-5433;Nakata&a/.(1989)Sacten'o/.171:3553-3556)。類4以的散在SSR已在//a/o/eraxmet&errawe/、化膿鏈3求菌(5^eptococcw/^oge"e;y)、魚腥藻屬(^wo^aewa)、和結(jié)核分枝桿菌(Afyco6a"ehMwft^en^/as7'力中鑒定出(Groenen等.(1993)Mo/.M"/cra6/。/.10:1057-1065;Hoeda/.(1999)/"/e"5:254-263;Masepohl等.(1996)S/oc/z/w.B/op/z;^.1307:26-30;Mojica"a/.(1995)7Wo/.M/cra6/o/.17:85-93)。這種CRISPR基因座區(qū)別于其它SSR之處在于重復(fù)序列的結(jié)構(gòu)，其被稱為規(guī)則間隔短重復(fù)序列(SRSR)(Janssen等.(2002)OM7GS1,/"feg.S/o/.6:23-33;Mojicada/.(2000)Mo/.36:244-246)。這種重復(fù)序列是成簇出現(xiàn)的短元件，總是被固定長度的獨特間插序列有規(guī)律地隔開(Mojica等.(2000)ikfo/.M/cra&o/.36:244-246)。這種重復(fù)序列在各個菌抹間是高度保守的，但散在重復(fù)序列的數(shù)目和間隔區(qū)域的順序在各個菌抹之間不同(vanEmbdenda/.(2000)JBa"e"W.182:2393-2401)。Jansen等.(2002)描述了CRISPR基因座的共有結(jié)構(gòu)特征(i)存在多個短同向重復(fù)，它們在指定基因座內(nèi)無序列變異或很少變異；(ii)在類似大小的重復(fù)序列之間存在不重復(fù)的間隔區(qū)序列；(iii)多數(shù)帶多重CRISPR基因座的物種中存在共有的幾百個堿基對的前導(dǎo)序列(leader);(iv)所述基因座內(nèi)缺乏長的開放讀碼框；和(v)存在一或多個cos基因。CRISPR重復(fù)序列通常是24-40bp的部分回文式短序列，包含最多11bp的內(nèi)部和末端反轉(zhuǎn)重復(fù)序列。盡管已經(jīng)檢測到了分離的元件，它們通常是成簇(每個基因組最多約20以上)排列的重復(fù)單位，被獨特的20-58bp間插序列間隔。CRISPR重復(fù)序列在給定基因組內(nèi)通常是均一的，其中大多數(shù)是相同的。然而，在例如古纟田菌(Archaea)中有不均一(heterogeneity)的情況(Mojica&a/.2000)。有利的是，可用所述CRISPR基因座來分類和/或篩選細菌。17本領(lǐng)域熟練技術(shù)人員會理解，有很多不同的方法來篩選/分類細菌。用于這方面的多種方法參見例如J.Sambrook,E.F.Fritsch,andT.Maniatis,1989,Mo/ecw/arCfowz'wg.'爿Z/a6orato^yAfo/wa/,SecondEdition,Books1-3,ColdSpringHarborLaboratoryPress;Ausubel，F(xiàn).M.等.(1995和季刊增補本；Cw/rewf/Vofoco/sA/o/ecw/or^/o/o^,ch.9，13禾口16，JohnWiley&Sons,NewYork,N.Y.);B.Roe,J.Cmbtree,andA.Kahn，1996,Zso/<a"cw<a"diS^wewc/wg:Ewe油.a/7fec/zm々wes,JohnWiley&Sons;M.丄Gait(Editor),1984,(9//go層c/eo/7'cfe/Sy^/zei-爿戶raWca/^praac/z,IrlPress;和D.M.J.LilleyandJ.E.Dahlberg,1992,Mef/zocfeo/五w2ym0/0gy:DiVJ5^wcfwre尸aW^Sy涵e^/V2戶,ca/j，/戸's￡WJMethodsinEnzymology,AcademicPress。一個實施方案中，使用擴增。"擴增"指產(chǎn)生額外拷貝的核酸序列。擴增技術(shù)包括但不限于寬泛地分類為變溫循環(huán)(thermalcycling)擴增方法和等溫(isothermal)擴增方法的方法。適當(dāng)?shù)淖儨匮h(huán)方法包括，例如連接酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(Ge"owb4:560,(1989);和5We"ce241:1077(1988))、聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)(US4,683,195;US4，683，202;和US4,965,188)以及實時PCR;聚合酶連接酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PolymeraseLigaseChainReaction)(PCRMethodsandApplic.(1991)1:5-16);Gap-LCR(WO90/01069);修復(fù)鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(RepairChainReaction)(EP439,182);和3SR(Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.(1989)86:1173-1177;Pro"Natl.Acad.Sci.U.S.A.(19卯)87:1874-1878;和WO92/0880)。等溫擴增方法包括,例^口4連置4灸才廣i曾(StrandDisplacementAmplification,SDA)(尸rac.7Vaf.爿cadUSA89:392-396(1992》、Q-beta-復(fù)制酶(Ao/7k^"o/ogy6:1197-1202(1988));基于核酸的序列擴增(NASBA)(所o/7fec/z"o/ogy13:563-565(1995));和自動維持序列復(fù)制(Self-SustainedSequenceReplication)CPrac.iVW.爿cac/.USA87:1874-1878(1990》。在本發(fā)明的優(yōu)選實施方案中，擴增方法是PCR。通常這用本領(lǐng)域公知的PCR4支術(shù)進4亍(DieffenbachandDveksler(1995)尸Ci尸n.mer，a丄a60raf07Ma麗a/(ColdSpringHarborPress,Plainview,NewYork)。本領(lǐng)域公知，可設(shè)計寡核苷酸引物用于擴增反應(yīng)來擴增所需的序列。"引物"是指純化的限制酶消化物中天然出現(xiàn)的寡核苷酸或合成產(chǎn)生的寡核苦酸，當(dāng)處在與核酸鏈互補的引物延伸產(chǎn)物被誘導(dǎo)合成的條件(即存在核苦酸和誘導(dǎo)劑如DNA聚合酶，并處在適當(dāng)溫度及pH)時，這種寡核香酸能作為合成起始點起作用。引物優(yōu)選是單鏈以使擴增效力達到最大，但也可以是雙鏈。如果是雙鏈的，所述引物先經(jīng)過處理將兩條鏈分開，再用于制備延伸產(chǎn)物。優(yōu)選所述引物是寡脫氧核糖核苷酸。所述引物必須足夠長以便在有誘導(dǎo)劑時引發(fā)延伸產(chǎn)物的合成。所述引物的確切長度依賴多項因素，包括溫度、引物來源、以及使用的方法。PCR引物優(yōu)選長約至少IO個核苷酸(如長為11,12，13，14,15,16,17,18或19個核苷酸)，且最優(yōu)選長約至少20個核苷酸。設(shè)計PCR引物并進行PCR克隆的方法通是本領(lǐng)域已知的，可參見Sambrooke/1a/.(1989)Mo/ecw/arC7om'wgvjZ^6orato/^Afowwa/(2ded.，ColdSpringHarborLaboratoryPress,Plainview,NewYork)。也參見Innis等.，eds.(1990)Pratoco/s:^GW(ietoMef/zoA朋d々///ca"ora(AcademicPress,NewYork);InnisandGelfand,eds.(1995)PC75Vrafeg7'es(AcademicPress,NewYork);和InnisandGelfand，eds.(1999)戶CTMe//zo<isMa層a/(AcademicPress,NewYork)。已知的PCR方法包括但不限于，使用成對引物、嵌套？j物(nestedprimers)、單個特異性引物、簡并引物、基因特異性引物、載體特異性引物、部分錯配型引物等的方法。適當(dāng)?shù)兀梢岳冒邢蚯皩?dǎo)序列和尾序列(trailer)內(nèi)保守區(qū)段的引物，通過擴增(如PCR擴增)CRISPR(如CRISPRl)基因座來篩選細菌(Bolotina/.,(2005)MZcra6油gv151(8):2551-61)。適當(dāng)?shù)?，可以通過擴增(如PCR擴增)CRISPR(如CRISPR1)基因座的所選部分來篩選細菌。在此方面，已經(jīng)驚訝地發(fā)現(xiàn)本文所述的嗜熱鏈球菌菌抹比例如嗜熱鏈3求菌CNCM1-2425和嗜熱鏈球菌CNRZ385少5個CRISPR間隔區(qū)。特別是，本發(fā)明的嗜熱鏈球菌菌抹與例如嗜熱鏈球菌CNCM1-2425和嗜熱鏈球菌CNRZ385相比，缺少從CRISPR間隔區(qū)的5'末端起的第1、2、10、11和12個CRISPR1間隔區(qū)。本領(lǐng)域:技術(shù)人員可理解，本發(fā)明嗜熱《連J求菌菌抹的這種性質(zhì)可以有利地用于檢測此菌林，因為當(dāng)至少與嗜熱鏈球菌CNCM1-2425和嗜熱鏈球菌CNRZ385比較時，會獲得不同長度的擴增子。所以，例如，可設(shè)計第一引物，使之CRISPR基因座5'末端的前導(dǎo)序列雜交，并設(shè)計第二引物，使之與本發(fā)明嗜熱鏈球菌菌林中的第2個缺失的CRISPR間隔區(qū)序列的下游和/或第12個缺失的CRISPR間隔區(qū)的下游雜交。又例如，可設(shè)計第一引物，使之第2個缺失的CRISPR間隔區(qū)序列的下游雜交，并設(shè)計第二引物，使之與第12個缺失的CRISPR間隔區(qū)的下游雜交。優(yōu)選地，所述細菌用特異性或?qū)嵸|(zhì)上(substantially)與本文所述核苷酸序列雜交的寡核苷酸引物來篩選。一方面，提供了鑒定嗜熱鏈球菌菌林的方法，其包括使用寡核苷酸引物，所述引物與SEQIDNo.19或與SEQIDNo.19的具有至少75%同一性的同源物特異性雜交。另一方面，提供了鑒定嗜熱鏈球菌菌抹的方法，其包括使用寡核苷酸引物，所述引物位于嗜熱鏈球菌DSMZ-18344中所缺失的CRISPR間隔區(qū)的側(cè)翼。一個實施方案中，所述正向引物與標(biāo)記為C,D，E,F,QH，或I的一或多個CRISPR1間隔區(qū)(見圖3)雜交。所述反向引物與標(biāo)記為M，N，O，P,Q，或R的一或多個CRISPR1間隔區(qū)(見圖3)雜交。適當(dāng)?shù)兀锊慌c標(biāo)記為S的間隔區(qū)雜交。通常，用DSMZ18344擴增的片段比用本文所述其它菌林如CNCMI-2425擴增的片段短約200bp。另一方面提供了鑒定嗜熱鏈球菌菌抹的方法，其包含使用與SEQIDNo.1雜交的正向寡核苷酸引物和與SEQIDNo.18雜交的反向寡核苷酸引物。另一方面提供了鑒定嗜熱鏈球菌菌抹的方法，其包含使用正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，前者與SEQIDNo.1雜交，后者與SEQIDNo.2,SEQIDNo.3，SEQIDNo.4,SEQIDNo.5，SEQIDNo.6，SEQIDNo.7,SEQIDNo.8,SEQIDNo.9,SEQIDNo.10,SEQIDNo.11，SEQIDNo.12,SEQIDNo.13，SEQIDNo.14,SEQIDNo.15,SEQIDNo.16和/或SEQIDNo.17的任一雜交。另一方面提供了鑒定嗜熱鏈球菌菌抹的方法，其包含使用正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，前者與SEQIDNo.2，SEQIDNo.3,SEQIDNo.4，SEQIDNo.5,SEQIDNo.6，SEQIDNo.7,SEQIDNo.8的任一雜交，后者與SEQIDNo.9，SEQIDNo.10,SEQIDNo.11，SEQIDNo.12,SEQIDNo.13,SEQIDNo.14,SEQIDNo.15,SEQIDNo.16和/或SEQIDNo.17的任一雜交。另一方面提供了鑒定嗜熱鏈球菌菌抹的方法，其包含使用正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，前者與SEQIDNo.2,SEQIDNo.3,SEQIDNo.4，SEQIDNo.5，SEQIDNo.6,SEQIDNo.7和/或SEQIDNo.8的任一雜交，后者與SEQIDNo.18雜交。另一方面提供了鑒定嗜熱鏈球菌菌抹的方法，其包含使用正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，前者與SEQIDNo.9,SEQIDNo.10，SEQIDNo.11，SEQIDNo.12,SEQIDNo.13,SEQIDNo.14，SEQIDNo.15，SEQIDNo.16和/或SEQIDNo.17的任一雜交，后者與任何SEQIDNo.18雜交。優(yōu)選地，不使用與SEQIDNo.15和SEQIDNo.16雜交的正向和/或反向寡核香酸引物。所述正向寡核苷酸引物甚至可與SEQIDNo.2上游的序列雜交。所述反向引物甚至可與SEQIDNo.18下游的序列雜交。在擴增/;險測后，所擴增的序列可用本領(lǐng)域已知的多種方法來鑒定。例如，所擴增的序列可通過測定擴增產(chǎn)物的限制酶消化模式來鑒定。由此，一旦擴增了DNA，就可以用一或多種限制酶進行消化(如切割)。本文所用的術(shù)語"限制酶"是指一組酶(如細菌的酶)，其中的每種酶在雙鏈DNA的特定核苷酸序列處或其附近進行切割。限制酶是本領(lǐng)域公知的，可以從例如多種商業(yè)來源輕易獲得(例如，NewEnglandBiolabs,Inc.,Beverly,Massachusetts)。類似的，使用限制酶的方法也是本領(lǐng)域公知的和常規(guī)的。在切割CRISPR基因座或其部分時產(chǎn)生10-24個DNA片段的限制酶是可用的。用限制酶獲得的DNA片段可通過例如凝膠電泳上的泳帶來監(jiān)測。限制酶可用來產(chǎn)生限制性片段長度多態(tài)性(RestrictionFragmentLengthPolymorphisms,RFLP)。RFLP通過用限制性內(nèi)切酶切割("限制")DNA分子來產(chǎn)生。目前已分離出數(shù)百種這樣的酶，它們由細菌天然產(chǎn)生?；旧?，細菌使用這些酶作為防御系統(tǒng)，識別并然后剪切(限制)可能進入細菌細胞的任何異源DNA分子(如病毒感染)。目前發(fā)現(xiàn)的數(shù)百種不同限制酶分別切割(即"剪切"或"限制")構(gòu)成所有DNA分子的4種基本核苦酸(A，T,G,C)的不同序列，如一種酶可能特異且唯一地識別A-A-T-G-A-C序列，而另一種可能特異且唯一地識別G-T-A-C-T-A序列，等等。所述識別序列因所述酶的不同而有長度差異，短的只有4個核苷酸，長的可達21個核苷酸。識別序列越長，所產(chǎn)生的限制21性片段越少，識別位點約大，在整個DNA中重復(fù)的可能性越小。又例如，所擴增的序列可通過確定或進一步確定擴增產(chǎn)物的大小差異來鑒定，如上所述。分離可以通過適合分離DNA的任何方法進行，包括但不限于，凝膠電泳、高效液相色譜(HPLC)、質(zhì)譜分析、以及使用微流控裝置(microfluidicdevice)。一個實施方案中，所述擴增產(chǎn)物或DNA片段用瓊脂糖凝膠電泳分離。凝膠電泳通過大小電荷不同的分子在電流作用下穿過靜態(tài)凝膠的運動速度而進行分離。這些分離的擴增產(chǎn)物或DNA片段可以容易地觀察到，例如通過用溴化乙啶染色和在UV照射下觀察凝膠。帶型反映出限制性消化的DNA或擴增產(chǎn)物的大小。又例如，所擴增的序列可以通過測序擴增產(chǎn)物來鑒定。可以通過本領(lǐng)域已知的任何方法來獲得擴增產(chǎn)物的序列，包括自動的和手動的測序方法。參見例如，Sambrook等.(1989)Mo/ecw/wC/ow'"g.'爿丄fl6orato/jMa歷a/(2ded"ColdSpringHarborLaboratoryPress,Plainview,NewYork;Roe(1996)ZW」/so/加'0/75^we/7">7g(EssentialTechniquesSeries,JohnWiley&Sons)。優(yōu)選地，根據(jù)本發(fā)明方法鑒定的嗜熱鏈球菌與2006年6月14日以保藏號18344保藏在DSMZ(DeutscheSammlungvonMikroorganismenundZellkulturenGmbH,Mascheroder^Veg1b，D-38124Braunschweig)的嗜熱《連球菌菌抹具有實質(zhì)相同的特征。本發(fā)明上下文中，短語"實質(zhì)相同的特征"指嗜熱鏈球菌菌抹具有2006年6月14曰以保藏號18344保藏在DSMZ(DeutscheSammlungvonMikroorganismenundZellkulturenGmbH,MascheroderWeg1b,D-38124Braunschweig)的嗜熱鏈球菌菌林的一或多種(優(yōu)選所有)特征。適當(dāng)?shù)?，被鑒定的嗜熱鏈球菌是快速酸化的乳酸菌；和/或被鑒定的嗜熱鏈球菌使發(fā)酵奶的粘度超過約62Pa.s、優(yōu)選約68Pa,s;和/或被鑒定的嗜熱鏈球菌是抗噬菌體的；和/或被鑒定的嗜熱鏈球菌屬于遺傳簇CL0189;和/或被鑒定的嗜熱鏈球菌包含SEQIDNo.20所述的序列；和/或被鑒定的嗜熱鏈球菌包含SEQIDNo.19所述的序列或或其變體、片段、同源物或衍生物。CRISPR取向(ORIENTATION)22為了避免疑問，在本發(fā)明上下文中，CRISPR基因座取向如下。CRISPR前導(dǎo)序列是具有指定大小的保守DNA節(jié)段。例如，嗜熱鏈球菌LMG18311(登錄號CP000024)的CRISPR1前導(dǎo)序列是緊接基因^/MM的終止密碼子之后、恰好止于第1個重復(fù)序列之前的DNA節(jié)段。所述CRISPR前導(dǎo)序列位于CRISPR基因座的5'末端。該CRISPR前導(dǎo)序列位于緊接CRISPR基因座第1個CRISPR重復(fù)序列的上游。CRISPR尾序列是有指定大小的保守DNA節(jié)段。例如，嗜熱鏈球菌LMG18311(登錄號CP000024)的CRISPR1尾序列是緊接末端重復(fù)序列之后、恰好止于基因sw06W(位于相對的DNA鏈上)的終止密碼子之前的DNA節(jié)段。CRISPR尾序列位于CRISPR基因座的3'末端。該CRISPR尾序列位于緊接末端重復(fù)序列的下游。例如，嗜熱鏈球菌菌抹CNRZ1066的CRISPR1基因座中的CRISPR前導(dǎo)序列和CRISPR尾序列是o/57^前導(dǎo)序列AAATTTCATTTGAG-3'C/ZSi^尾序列5'-TTGATTCAACATAAAAAGCCAGTTCAATTGAACTTGGCTTT-3'CRISPR前導(dǎo)序列對應(yīng)于嗜熱鏈球菌的全長基因組(CP000024)中的位置625038到625100，且CRISPR尾序列對應(yīng)于位置627845到627885。為了避免疑問，"上游"指5'方向而"下游"指3'方向。EPS已知乳酸菌能夠在它們的培養(yǎng)基中產(chǎn)生兩類多糖，稱為同多糖(homopolysaccharide)如葡聚糖(dextmn)或果聚糖(levan)，其由單個糖的重復(fù)序列組裝(assembly)組成，和雜多糖(heteropolysaccharide),其常稱為胞外多糖(exopolysaccharide)或EPS(EPS對于術(shù)語"胞外多糖"是短的)，是由形成重復(fù)單位的若干不同糖的組裝組成的(CerningJ.，Bacterieslactiques,[Lacticbacteria],VolI，bydeRoissartHandLuquetF.M.，Lorica,309-329,1994)。產(chǎn)生EPS的乳酸菌能賦予酸化奶粘稠性(ropy)性質(zhì)和/或柔滑的(creamy)質(zhì)地(Ceming等.，F(xiàn)EMSMicrobiol.,87，113-130,1990)。EPS也能體現(xiàn)特別有利于人或動物健康的生物活性，如抗腫瘤或益生菌的活性，例如(OdaM.etaLAgric.Biol.Chem.，47,1623-1625，1983;EP94870139.6)。已經(jīng)表征了嗜熱鏈球菌中的獨特EPS遺傳簇。在每個這些簇中分布的調(diào)節(jié)性和結(jié)構(gòu)性基因顯示了在其它鏈球菌菌種(5yptoc0ccwspp)中保留的調(diào)控結(jié)構(gòu)(modularorganisation)。盡管大多EPS-相關(guān)的基因和基因產(chǎn)物的功能(現(xiàn)叫作e/w或QM)，僅僅是從序列或結(jié)構(gòu)同源性推導(dǎo)的，每個簇的5'區(qū)域顯示出編碼參與調(diào)節(jié)EPS合成、鏈長度確定(determination)、和膜轉(zhuǎn)位(translocation)的蛋白質(zhì)。這些開放閱讀框之后，是如下基因，所述基因編碼糖基-l-磷5義轉(zhuǎn)移酶和裝配基本的重復(fù)單位的糖基轉(zhuǎn)移酶，以及參與重復(fù)單位聚合的酶。最后，這些簇的3'末端通常包含如下基因，其對應(yīng)于參與聚合體亞單位膜轉(zhuǎn)位的其它蛋白質(zhì)，以及產(chǎn)生糖核苷酸前體所需的酶(如TV-乙酰-D-半乳糖胺；其為EPS特有的(即未見于其它細胞聚合物)。嗜熱鏈球菌e/w簇的5'區(qū)域中的開始四個基因e戸yi-D，在這種及其它EPS+鏈球菌菌種都是高度保守的，顯示出對EPS合成有調(diào)節(jié)(epW和印W)、聚合O戸C)、和膜轉(zhuǎn)位(ep^D)的功用。e戸五編碼糖基-l-磷酸轉(zhuǎn)移酶，該酶催化裝配EPS基礎(chǔ)重復(fù)單位的頭一步向脂-磷酸(lipid-phosphate)載體加入己糖-l-磷酸。下游的基因顯示編碼糖基轉(zhuǎn)移酶、輸出/聚合功能、糖生物合成，及一些功能未知的酶。在嗜熱鏈球菌及其它乳酸菌中已經(jīng)鑒定了編碼多種糖基轉(zhuǎn)移酶的基因。本發(fā)明乳酸菌包含EPS遺傳簇，該遺傳簇包含SEQIDNo.20所述的序列或其變體、片段、同源物或衍生物。令人驚訝地，本文所述的乳酸菌與嗜熱鏈球菌CNCMI-2425(從遺傳簇序列起始到約位置3900)(即e/^E基因)具有高度eps序列類似性，并與嗜熱鏈球菌CNCMI-2423(從約位置3900到序列末端)具有高度e戸序列類似性。雜交本發(fā)明也包括與本發(fā)明序列互補的序列，或能夠與本發(fā)明序列或其互補序列雜交的序列。本文所用的術(shù)語"雜交"應(yīng)包括"核酸鏈與互補鏈通過堿基配對來連接的方法"以及在聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)技術(shù)中采用的擴增方法。本發(fā)明也包括核苷酸序列或其任何衍生物、片段或衍生物的用途，所述序列能夠與互補于本文所討論的受試序列的序列雜交。本發(fā)明也包括能夠與本文所討論的核苷酸序列雜交的序列的互補序列。如BergerandKimmel(1987，GuidetoMolecularCloningTechniques,MethodsinEnzymology,Vol.152,AcademicPress,SanDiegoCA沐導(dǎo)，雜交條件是基于核苷酸結(jié)合復(fù)合體的解鏈溫度(Tm)，并賦予了如下解釋的限定的"嚴(yán)謹(jǐn)度"。最高嚴(yán)謹(jǐn)度常出現(xiàn)于約Tm-5°C(探針的Tm下5°C);高嚴(yán)謹(jǐn)度在Tm下約5°C到10。C;中等嚴(yán)謹(jǐn)度在Tm下約10。C到20°C;而低嚴(yán)謹(jǐn)度在Tm下約20。C到25。C。本領(lǐng)域技術(shù)人員可以理解，最高嚴(yán)謹(jǐn)度雜交可用于鑒定或檢測相同的核苷酸序列而中等(或低)嚴(yán)謹(jǐn)度雜交可用于鑒定或檢測類似的或相關(guān)的多核苷酸序列。優(yōu)選地，本發(fā)明包括能夠與編碼多肽的核苷酸序列在高嚴(yán)謹(jǐn)度條件或中等嚴(yán)謹(jǐn)度條件雜交的序列的互補序列，所述多肽具有本文限定的具體性質(zhì)。更優(yōu)選地，本發(fā)明包括能夠與編碼多肽的核苷酸序列在高嚴(yán)謹(jǐn)度條件(如65。C和0.1xSSC{lxSSC=0.15MNaCl,0.015M檸檬酸鈉pH7.0"雜交的序列的互補序列，所述多肽具有本文限定的具體性質(zhì)。本發(fā)明也涉及能夠與本文討論的核苷酸序列雜交的核苷酸序列(包括所討論的那些序列的互補序列)。本發(fā)明也涉及能與本文討論的核苷酸序列雜交的序列(包括所討論的那些序列的互補序歹'J)的互補核苷酸序列。本發(fā)明的范圍內(nèi)也包括能夠與本文討論的核苷酸序列在中等到最高嚴(yán)謹(jǐn)度的條件雜交的多核苷酸序列。在優(yōu)選的方面，本發(fā)明包括能夠與本文討論的核苷酸序列或其互補物在嚴(yán)謹(jǐn)條件(如50°C和0.2xSSC)雜交的核苷酸序列。更優(yōu)選的方面，本發(fā)明包括能夠與本文討論的核普酸序列或其互補物在高嚴(yán)謹(jǐn)度條件(如65°C和O.lxSSC)雜交的核苷酸序列。實質(zhì)上適當(dāng)?shù)?，本文所述的寡核普酸引物與其各自的核酸實質(zhì)上退火或?qū)嵸|(zhì)上雜交。這意味著寡核普酸-如引物-應(yīng)足夠互補來與其各自的核酸雜交或退25火。所述寡核苷酸序列不需要反映其各自核酸的確切序列，并且并且事實上是"簡并的"。非互補堿基或其它序列可以散布到寡核苷酸或核酸中，前提是所述寡核香酸序列與所述序列具有足夠互補性來允許雜交。由此，例如，用于PCR增殖的引物可選擇"實質(zhì)上"與所擴增的特定序列互補。起子培養(yǎng)物起子培養(yǎng)物廣泛用于食品產(chǎn)業(yè)來制備產(chǎn)物(如發(fā)酵產(chǎn)物)，包括奶產(chǎn)品-如酸奶和干酪。用于制備很多發(fā)酵奶、干酪和黃油產(chǎn)物的起子培養(yǎng)物包括細菌，常分類為乳酸菌的培養(yǎng)物。這些細菌起子培養(yǎng)物通過起一些作用給多種乳品(dairyproduct)帶來特定特征。細菌的商業(yè)非濃縮培養(yǎng)物在產(chǎn)業(yè)中稱為'母發(fā)酵劑(motherculture)'，在被加入可食用的起始材料(startingmaterial)(如奶)之前，并在制備處例如乳品中繁殖，用于發(fā)酵。在制備處繁殖用于接種到可食用的起始材料的起子培養(yǎng)物被稱為'生產(chǎn)用起子，。所述細菌起子培養(yǎng)物可由本文所述的乳酸菌組成，即為純培養(yǎng)物。此時，基本所有的或至少絕大部分的細菌起子培養(yǎng)物常會包含相同的細菌?？蛇x的，所述起子培養(yǎng)物可以包含若千細菌菌抹，即其可以是限定的混合培養(yǎng)物。例如，所述起子培養(yǎng)物可以適用于乳業(yè)。當(dāng)用于乳業(yè)時，所述起子培養(yǎng)物可以另外包含乳酸菌物種，雙歧桿菌物種，短桿菌(B"W^cfeWMm)物種，和/或丙酸桿菌物種。乳酸菌培養(yǎng)物常用于制備發(fā)酵奶產(chǎn)品-如酪乳(buttermilk)、酸奶或酸奶油(sourcream),以及制備黃油和干酪，例如Brie或Harvati。合適的乳酸菌包括如下物種的常用菌林乳球菌屬、鏈球菌屬、乳桿菌屬(包括嗜酸乳桿菌(丄acto6(3c〃/us(3"'(io//zz7Ms))、腸3求菌(J5"feracoccM力、片3求菌屬、明串球菌屬和(9ewococcw,或其組合。乳球菌物種包括廣泛應(yīng)用的乳酸乳球菌(Z^ctococcw/acfe)，包括乳酸乳球菌乳酸亞種(subsp.丄acto)、乳酸乳球菌乳酸生物變體二乙酰乳酸亞種(subsp./acto6/ovard&ce(v7ac他)和乳酸乳J求菌乳月旨亞種(subsp.Oemon》。其它乳酸菌物種包括明串球菌菌種(丄eMcomwtocsp.)、嗜熱鏈球菌、德氏乳桿菌保加利亞亞種和瑞士乳桿菌(丄""o^c/〃附/^/v幼'cw力。乳酸菌的嗜溫的(Mesophilic)培養(yǎng)物，常用于制備發(fā)酵奶產(chǎn)品，如酪乳、酸奶或酸奶油，以及用于制備黃油和干酪，例如Brie或Harvati。另夕卜，可在所述制備中加入益生菌菌株如乳酸雙歧桿菌(B訴ttok^ter/Mw/ac他)、嗜酸乳桿菌、干酪乳桿菌，以提高風(fēng)味或促進健康。常用于制備切德干酪(cheddar)和蒙特瑞(MontereyJack)干酪的乳酸菌培養(yǎng)物包括嗜熱鏈球菌、乳酸乳球菌乳酸亞種和乳酸乳球菌乳脂亞種，或其組合。常用于制備意式干酪如Pastafilata或帕爾馬干酪(parmesan)的乳酸菌的嗜熱培養(yǎng)物，包括嗜熱鏈球菌和德氏乳桿菌保加利亞亞種。其它乳桿菌種-如瑞士乳桿菌-可在制備中^皮加入來獲得理想風(fēng)味。選擇用于本發(fā)明起子培養(yǎng)物的生物體取決于所制備和處理的產(chǎn)物的具體種類。因此，例如，對于制備干酪和黃油，廣泛使用乳球菌種、明串球菌種和乳桿菌種的嗜熱培養(yǎng)物，而對于酸奶和其它發(fā)酵奶產(chǎn)品，常用鏈球菌種和乳桿菌種的嗜熱菌株。所述起子培養(yǎng)物甚至可以是干燥的起子培養(yǎng)物。所述起子培養(yǎng)物可以是濃縮的起子培養(yǎng)物。所述起子培養(yǎng)物可以是在直接接種中使用的濃縮起子培養(yǎng)物。所述起子培養(yǎng)物可以是冷凍的起子培養(yǎng)物。制備起子培養(yǎng)物可以用本領(lǐng)域公知技術(shù)(如US4,621,058公開的那些)制備起子培養(yǎng)物。舉個例子，制備起子培養(yǎng)物可以通過將接種物例如細菌引入生長培養(yǎng)基，來制備接種的培養(yǎng)基，并使該接種的培養(yǎng)基成熟(ripen)來制備起子培養(yǎng)物。制備干燥的起子培養(yǎng)物干燥的起子培養(yǎng)物可用本領(lǐng)域公知技術(shù)制備，如US4，423,079和US4,140,800所討-論的那些。用于本發(fā)明的干燥起子培養(yǎng)物可能是固體制備物的形式。固體制備物的例子包括但不限于片、丸(pellet)、膠嚢、散粉(dusts)、顆粒和粉末，它們可27以是濕化的(wettable)、噴霧干燥的(spray-dried)、冷凍干燥的(freeze-dried)或凍干的(lyophilised)。用于本發(fā)明的干燥起子培養(yǎng)物可以呈深凍的(deepfrozen)丸形式或冷凍干燥的粉末形式。呈深凍的顆粒形式或冷凍干燥的粉末形式的干燥起子培養(yǎng)物可根據(jù)本領(lǐng)域已知的技術(shù)制備。用于本發(fā)明的起子培養(yǎng)物可以呈濃縮物形式，其包含實質(zhì)上高濃度的一或多種細菌。優(yōu)選所述濃度可用水稀釋或重懸于水或其它合適稀釋劑，例如，合適的生長培養(yǎng)基或礦物或植物油，來用于本發(fā)明。濃縮物形式的本發(fā)明干燥起子培養(yǎng)物可根據(jù)本領(lǐng)域已知的技術(shù)制備，例如通過離心、過濾或這些技術(shù)的組合。產(chǎn)物本發(fā)明包括從乳酸菌制備、包括或包含乳酸菌的任何產(chǎn)物。合適的產(chǎn)物包括但不限于食物、食物原料(foodstuff)、食物添加劑、食物補充劑(foodsupplement)、伺料、營養(yǎng)補充劑、或益生菌補充物、美容品或藥品。這些包括但不限于水果、豆科植物(legume)、飼料作物(foddercrop)和植物，包括衍生產(chǎn)物、谷類(grain)和谷類-衍生的產(chǎn)物、乳類食物和乳類食物-衍生的產(chǎn)物、肉類、禽類和海鮮類食物。術(shù)語"食物，，以廣義使用，且包括伺料、食物原料、食品配料(foodingredient)、食物補充劑、和功能食物(functionalfood)。這里，術(shù)語"食物，，以廣義使用-并包括用于人的食物以及用于動物的食物(即飼料)。在優(yōu)選的方面，所述食物是用于人消費的。本文所用的術(shù)語"食物組分"包括是或可以加入食物的配制劑，并包括可以低水平在很多產(chǎn)品中使用的配制劑，所述產(chǎn)品需要例如，酸化或乳化。本文所用的術(shù)語"功能食物"指能夠不僅提供營養(yǎng)作用和/或味道滿意度、而且能夠帶給顧客進一步有益作用的食物。盡管對于功能食物沒有合法限定，大多數(shù)對此領(lǐng)域感興趣的當(dāng)事人(subject)同意存在市場化為具有特定保健作用的食物。本文所述的細菌可以是-或可被加入-食物組分、食物補充劑、或功能食物。所述食物可以是溶態(tài)或固態(tài)-這取決于應(yīng)用的用途和/或模式和/或施用模式。本文所述細菌可用于制備食物產(chǎn)品如糖果產(chǎn)品、乳品、肉類產(chǎn)品、禽類產(chǎn)品、漁業(yè)產(chǎn)品和焙烤產(chǎn)品的一或多種。舉個例子，所述細菌可用作軟飲料、果汁或飲料的組分，包含乳清蛋白、保健茶(healthtea)、可可飲品(drink)、奶飲料和乳酸菌飲料、酸奶、飲用型酸奶(drinkingyoghurt)和紅酒。本發(fā)明在其它方面也提供制備食物、食物添加劑、飼料、營養(yǎng)補充劑或益生菌補充物的方法，該方法包括將本發(fā)明乳酸菌和食物、食物添加劑、飼料、營養(yǎng)補充劑、益生菌補充物和/或食物或飼料組分(如用于食物的起始材料)混合。優(yōu)選本文所述的食物是乳品。更優(yōu)選地，本文所述的乳品是如下的一或多種酸奶、干酪(如酸凝乳(acidcurd)干酪、硬干酪、半硬干酪、松軟)、酪乳、夸克干酪(quark)、酸奶油、酸乳酒(kefir)、發(fā)酵的基于乳清-飲料、馬奶酒(koumiss)、奶飲料、酸奶飲品(yoghurtdrink)、發(fā)酵奶、熟化奶油、干酪、清爽干酪、奶、乳品滯留物(retentate)、加工的干酪、奶油甜食、或嬰兒奶。優(yōu)選地，本文所述的食物是發(fā)酵的食品。更優(yōu)選地，本文所述的食物是發(fā)酵的乳品-如奶飲料、酸奶飲品、發(fā)酵奶、熟化奶油、干酪、清爽干酪、乳品滯留物、加工的干酪、奶油甜食、或嬰兒奶。優(yōu)選地，本發(fā)明所述的乳品包含動物和/或#_物源性奶。乳被理解為動物源性奶，如母牛、山羊、綿羊、水牛、斑馬、馬、驢、或^^駝等等。例如，所述奶可以是天然狀態(tài)、復(fù)原奶、脫脂奶或補充了為了細菌生長或為了進一步加工發(fā)酵奶所必需的化合物，如脂肪、酵母提取物的蛋白質(zhì)、胨和/或表面活性劑的奶。術(shù)語奶也適用通常所稱的植物奶，也就是已經(jīng)被處理的植物材料、或其它如豆科植物(大豆(soyabean)、鷹嘴豆(chickpea)、小扁豆(lentil)等等)或油菜(油菜(colza)、大豆、芝麻、棉花等等)的提取物，該提取物包含溶液或膠狀懸浮體中的蛋白質(zhì)，其通過化學(xué)作用、通過酸化發(fā)酵和/或加熱可以凝集。最后，詞語奶也指動物奶和植物奶的混合物。在一個實施方案中，術(shù)語"奶"指補充了3。/。(w/w)半脫脂奶粉的商品化UHT奶，其通過在90。C+/-0.2。C加熱10min+/-lmin進行巴氏消毒。另一方面提供了制備發(fā)酵奶產(chǎn)品的方法，其中所述方法包含在至少存在本文所述的乳酸菌、培養(yǎng)物或起子培養(yǎng)物時發(fā)酵奶底物。優(yōu)選所述奶底物是奶。優(yōu)選所述奶底物包含固體部分(item)。優(yōu)選所迷固體部分包含水果、巧克力產(chǎn)品或谷類食物(cereal)或由其組成。序列對于本發(fā)明的一些實施方案，優(yōu)選該序列是天然存在的核g吏序列。所述核酸序列可以是基因組的、合成的或重組來源的DNA或RNA，如cDNA。所述核苦酸序列可以是雙鏈的或單鏈的，無論是否代表正義或反義的鏈或其組合。如本文所述，重組的核酸序列可以用重組DNA技術(shù)制備。本發(fā)明所包括的核酸和核酸序列可以被分離或?qū)嵸|(zhì)上純化。通過"分離，，或"實質(zhì)上純化"指核酸分子或其生物活性片段或變體、同源物或衍生物實質(zhì)上或根本(essentially)無在天然狀態(tài)常見與所述核酸連接的組分。這些組分包括其它細胞材料、重組制備的培養(yǎng)基、以及化學(xué)合成核酸所用的多種化學(xué)口C70"分離的"核酸序列或核酸常無在衍生所述核酸的生物體的基因組DNA中位于所需核酸側(cè)翼的核酸序列(如位于5'或3'末端的編碼序列)。然而，所述分子可包括一些其它石咸基或部分，其不會負(fù)面影響所述組分(composition)的基本性質(zhì)。一方面提供了SEQIDNo.19所述的核苷酸序列或其片段、變體、同源物或書f生物。另一方面提供了SEQIDNo.19所述的序列或與其有至少75%同一性的同源物。適當(dāng)?shù)?，在比對全長的CRISPR基因座時，SEQIDNo.19所述的序列或其同源物具有至少75%的同一性。變體/同源物沐f生物/片段本發(fā)明包括核酸序列的變體、同源物、衍生物或片段的用途。術(shù)語"變體，，用于指與野生型序列不同的天然存在的核苷酸序列。術(shù)語"變體"指包含部分(fraction)的野生型序列的核苷酸序列。它可包含序列的一或多個大的鄰近部分(section)或多個小部分。優(yōu)選所述序列包含野生型序列的至少50%，更優(yōu)選至少65%,更優(yōu)選至少80%,更優(yōu)選至少85%,更優(yōu)選至少90%，更優(yōu)選至少95%,更優(yōu)選至少96%,更優(yōu)選至少97%,更優(yōu)選至少98%，最優(yōu)選至少99%。優(yōu)選所述片段保留野生型核苷酸序列的50%，更優(yōu)選60%，更優(yōu)選70%，更優(yōu)選80%，更優(yōu)選85%,更優(yōu)選90%，更優(yōu)選95%，更優(yōu)選地96%,更優(yōu)選97%，更優(yōu)選98%，或最優(yōu)選99%活性。所述片段可以是功能性片段。分子的"功能性片段"可理解為保留或具有與完整分子實質(zhì)上相同的生物活性的片段。所有情況下，分子的功能性片段保留完整分子的至少10%并至少約25%,50%，75%,80%，85%，90%,95%,96%,97%，98%或99%的生物活性。術(shù)語"同源物"指與受試的核苷酸序列具有某種同源性的實體(entity)。這里，術(shù)語"同源性，，可與"同一性，，等同。在本文上下文中，同源性序列應(yīng)包括核苷酸序列，其包括可以與受試序列至少60,70，75,85或90%等同,優(yōu)選至少95%,96%，97%，98%或99%等同的核苷酸序列。盡管同源性也可用相似性來考慮，但在本發(fā)明上下文中優(yōu)選通過序列同一性來表示同源性?？赏ㄟ^目測，或更通常借助于容易可得的序列比較程序，進行同源性比較。這些可購買的計算機程序能夠在兩或多個序列間計算％同源性?？稍卩徑蛄杏嬎恪?。同源性。這被稱為"無缺口的(ungapped)"比對。通常，僅在相對較少的殘基中進行這些無缺口的比對。大多數(shù)序列比較方法被設(shè)計來產(chǎn)生最合理比對，其考慮到了可能的插入和缺失，但沒有在總體同源性計分中不當(dāng)罰分。這是通過在序列比對中插入"缺口"實現(xiàn)的，來試圖使局部同源性最大化。然而，這些更復(fù)雜的方法給在比對中出現(xiàn)的每個缺口指定"缺口罰分"。"仿射缺口得分(A伍negapcost)"常使用，給存在的缺口計相對較高的分，而給缺口中每個隨后的殘基計較少罰分。這是最常用的缺口計分系統(tǒng)。高缺口罰分當(dāng)然會產(chǎn)生有較少缺口的最合理比對。大多數(shù)比對程序可修改缺口罰分。然而，在使用此軟件用于序列比較時，優(yōu)選使用缺省值。例如，在使用GCGWisconsinBestfit包(package)時，對于氨基酸序列的缺省缺口罰分為每個缺口-12且每個延伸-4。由此，計算最大的％同源性最初需要考慮到缺口罰分，產(chǎn)生最適比對。31適合進行此比對的計算機程序是GCGWisconsinBestfit包(UniversityofWisconsin,U.S.A.;Devereux等.，1984,jVmc/^c爿c油iesearc/i12:387)。可進行序列比較的其它軟件包括但不限于，BLAST包(參見Ausubel等.，1999同上一第18章)、FASTA(Atschul等.，1990,J.Mol.Biol.,403-410)、GENEWORKS比較工具套裝(suite)和CLUSTAL。BLAST和FASTA都可用于離線和在線檢索(參見Ausubel等.，l"9同上，7-58到7-60頁)。然而，對于一些應(yīng)用，優(yōu)選使用GCGBestfit程序。稱為BLAST2Sequences的新工具也可用來比較蛋白質(zhì)和核苦酸序列(參見FEMSMicrobiolLett1999174(2):247-50;FEMSMicrobiolLett1999177(1):187-8)。盡管最終的％同源性可以用同一性的方式來測量，比對方法自身通常不是基于全或無的成對比較。然而，通常使用有尺度(scaled)的相似性計分矩陣，該矩陣基于化學(xué)相似性或進化距離給每個成對比較指定得分。常用的矩陣?yán)邮荁LOSUM62矩陣-BLAST程序套裝的缺省矩陣。GCGWisconsin程序常使用公共的缺省值或客戶符號比較表(customsymbolcomparisontable)(如果提供的話)(更多細節(jié)參見用戶手冊)。對于一些應(yīng)用，GCG包優(yōu)選使用公共的缺省值，或者對于其它軟件使用缺省矩陣-如BLOSUM62。一旦軟件產(chǎn)生最佳比對，就可以計算％同源性，優(yōu)選地％序列同一性。該軟件通常在部分的序列比較中這樣操作并產(chǎn)生數(shù)字結(jié)果。在測定序列同一性時應(yīng)該使用GapPenalties,然后優(yōu)選使用如下參數(shù):對于BLASTGAPOPEN0GAPEXTENSION0對于CLUSTALDNA蛋白質(zhì)WORDSIZE21K三倍體(triple)GAPPENALTY1010GAPEXTENSION0.10.1所述核苷酸序列中可包括合成的或修飾的核苷酸。本領(lǐng)域已知對寡核普酸的一些不同類的修飾。這些包括磷酸曱酯和硫代磷酸酯骨架和/或在分子的3'和/或5'末端加入吖咬或聚賴氨酸鏈。為本發(fā)明的目的，應(yīng)理解可以用任何本領(lǐng)域已有方法來修飾核苷酸序列?？蛇M行這些修飾來提高本發(fā)明可用的核32苷酸序列的體內(nèi)活性或壽命。載體本文所述的一或多個核苷酸序列可存在于載體中。所述核苷酸序列可以可操作地與調(diào)節(jié)序列連接，從而該調(diào)節(jié)序列能夠使所述核香酸序列被合適的宿主生物體表達，即所述宿主可以是表達載體。術(shù)語"表達載體"指能夠體內(nèi)或體外表達的構(gòu)建體。優(yōu)選地，所述表達載體摻入到生物體的基因組中。術(shù)語"摻入"優(yōu)選包括穩(wěn)定摻入到基因組中。所述載體可以如下所述轉(zhuǎn)化入合適的宿主細胞中，來表達具有本文限定的具體特征的多肽。理想的載體，如質(zhì)粒、粘粒、病毒或噬菌體載體，通常依賴于引入它的宿主細月包。所述載體可包含一或多種可選標(biāo)記基因-如賦予抗生素抗性的基因，所述抗性如氨千青霉素、卡那霉素、氯霉素或四環(huán)素抗性。可選地，可以通過共轉(zhuǎn)化實現(xiàn)選4奪(如W091/17243所述)。所述載體還可包含使所述載體在所需宿主細胞中復(fù)制的核苦酸序列。這樣的序列例子是質(zhì)粒pUC19,pACYC177,pUB110,pE194，pAMBl和pIJ702的復(fù)制起點。構(gòu)建體術(shù)語"構(gòu)建體，，-與術(shù)語同義如"結(jié)合物(conjugate)"、"盒(cassette)"和"雜合體(hybrid)"-包括直接或間接與啟動子連接的核苷S臾序列。間接連接的例子是在啟動子和本發(fā)明核苦^列之間提供合適的間隔區(qū)組如內(nèi)含子序歹1)，如8111-內(nèi)含子或ADH內(nèi)含子。對于與本發(fā)明有關(guān)的術(shù)語"融合的"也是這樣，其包括直接或間接連接。在有些情況下，這些術(shù)語不包括蛋白質(zhì)的編碼核苷酸序列通所述構(gòu)建體甚至可以包含或表達標(biāo)記物，這可允許選擇基因構(gòu)建體。對于一些應(yīng)用，優(yōu)選所述構(gòu)建體包含至少一個與啟動子可操作連接的核苷酸序列。宿主細月包術(shù)語"宿主細胞"包括任何包含核香酸序列、構(gòu)建體或載體的細胞?？蛇x擇所述細胞來匹配所述載體，并可以例如是原核的(例如細菌的)、真菌的、酵母的或植物的細胞。優(yōu)選地，所述宿主細胞不是人細胞。合適的細菌宿主生物體的例子有革蘭氏陰性細菌或革蘭氏陽性細菌。通用重組DNA方法4支術(shù)本發(fā)明利用，除了另外指出，在本領(lǐng)域一般技術(shù)人員的能力范圍內(nèi)的生化、分子生物學(xué)、微生物和重組DNA的常用技術(shù)。這些技術(shù)解釋于下述文獻中。例如參見J.Sambrook，E.F.Fritsch,andT.Maniatis,1989,Mo/簡/arC7om'w爿丄a6orafw7Ma"認(rèn)/，SecondEdition,Books1-3,ColdSpringHarborLaboratoryPress;Ausubel,F.M.等.(1995和季千l)增才卜；Cwrew/)ratocoAMo/ecw/ar腸/(9gy,ch.9,13和16,JohnWiley&Sons,NewYork,N.Y.);B.Roe,J.Crabtree,andA.Kahn，1996,/)M4/so/加'ow朋dASegwewc/wgvElwew"a/rec/zw々wes，JohnWiley&Sons;M.J.Gait(Editor),1984,(9//go/wc/eo^feiS聲/zes7、爿Pra"/ca/^praac/z，IrlPress;and,D.M.J.LilleyandJ.E.Dahlberg:1992,Mef/zo(iso/￡>7z_ywo/og>vDA^4iSVrwc^wre尸aW爿iSy/7f/zewSawci尸/^w.ca//i腦/，So/DjVJMethodsinEnzymology,AcademicPress。每份常規(guī)文本在此引入本文作為參考。其它方面另一方面提供了乳酸菌，其包含SEQIDNo.20所述的序列或其變體、片段、同源物或衍生物，優(yōu)選與其具有至少99%同一性的同源物。另一方面提供了核苷酸序列，其包含SEQIDNo.20所述的序列或其變體、片段、同源物或衍生物，優(yōu)選與其具有至少99%同一性的同源物。另一方面提供了鑒定乳酸菌的方法，其包含篩選細菌的SEQIDNo.20所述的序列或其變體、片段、同源物或衍生物，優(yōu)選與其具有至少99%同一性的同源物的步驟。另一方面提供了微生物嗜熱鏈球菌菌株，該菌抹在2006年6月14日由DaniscoDeutschlandNiebiillGmbH,Buch-JohannsenStrasse.l，Niebiill-D-25899,Germany根據(jù)布達佩斯條約以保藏號18344保藏于DSMZ(DeutscheSammlungvonMikroorganismenundZellkulturenGmbH,MascheroderWeg1b,D-38124Braunschweig),或其具有所保藏的嗜熱鏈球菌菌林的一或多種特征的突變體或變體?，F(xiàn)在將通過實施例更進一步描述本發(fā)明，其應(yīng)當(dāng)視為有助于本領(lǐng)域一般技術(shù)人員進行本發(fā)明，并無論如何不應(yīng)限制本發(fā)明的范圍。實施例實施例1嗜熱鏈球菌7S3W是奶的快速酸化劑(acW訴er)在發(fā)酵過程中，奶的酸化速度是-0.0153upH/min，與此相比，嗜熱鏈球菌CNCM1-2423、嗜熱鏈球菌CNCM1-2980和嗜熱鏈球菌CNCM1-2425的酸化速度分別為0.0129upH/min、0.0167upH/min和0.0209upH/min。實施例2嗜熱鏈球菌AS7kfZ-7W"產(chǎn)生了具有良好粘度的發(fā)酵奶生成實驗室規(guī)模的新鮮發(fā)酵奶。奶基由補充了3。/。(w/w)半脫脂奶粉的商品化UHT奶組成，混合后，90。0+/-0.2。(3加熱10min+/-lmin,然后在調(diào)節(jié)至43°C+/-1°C的水浴中冷卻到43°C+/-1°C，將奶分裝到125ml玻璃燒杯中。奶以1E6-1E7cfu/ml的比例接種細菌。在43°C+/-1°C進行發(fā)酵且不攪拌，當(dāng)pH到達4.6+/-0.05時終止發(fā)酵。此時，將新鮮發(fā)酵奶在不足l小時內(nèi)迅速冷卻到6。C+/1。C。最終，在此溫度將產(chǎn)物儲存28天。在這樣制備發(fā)酵奶后，用Brookfield粘度計和任何一種粘度測定法進行測定。發(fā)酵奶在6°C儲存14天后的粘度是68Pa.s。通常，被確定為高度增稠的菌抹所產(chǎn)生的發(fā)酵奶具有超過45Pa.s的粘度，低于12.0Pa的Casson屈服應(yīng)力，和低于1000Pa/s的觸變面積。表1顯示了三種增稠型嗜熱鏈球菌菌株的流變學(xué)性質(zhì)比較。實施例3嗜熱鏈球菌ASMZ-7S"4的分子分析35EPSADPCR-RFLP方法是建立嗜熱鏈球菌菌林之間的遺傳連鎖的分子方法。嗜熱鏈球菌的基因組DNA用DNeasyTissueKit(Qiagen)純化。純化的DNA然后通過PCR用如下參凄t擴增PCRA應(yīng)混合物組成(50jiL):-DNA聚合酶緩沖液xl-MgCl22mM-每種dNTP200jaM-基因纟且DNA100-500ng-引物EPSA632(5'-AAATgAATTCAgAgCAAgCACTTg-3')200nM-引物EPSD1064(5'-gTCATgTCAACTTTATTAAggACg-3')200nM-DNA聚合酶1.25單位-H20qsp50jiL擴增參數(shù)-在94。C預(yù)變性1分鐘-在94。C變性30秒，在56。C雜交30秒，在72。C延伸3分鐘，35個循環(huán)-在72。C延伸6分鐘。擴增后，用1.5。/。瓊脂糖凝膠電泳檢查PCR產(chǎn)物。擴增產(chǎn)物的大小約為2.5kb。然后用兩種限制酶FoH和Mw/I在如下條件消化該PCR產(chǎn)物-PCR產(chǎn)物15-30nL-緩沖液2(NewEnglandBiolabs)xl-BSA(NewEnglandBiolabs)xl-Fokl(NewEnglandBiolabs)l單位-Mnll(NewEnglandBiolabs)l單位-H20qsp50|uL在37。C溫育l小時。用3%瓊脂糖凝月交電泳分析該消化的產(chǎn)物。將上述方法應(yīng)用于嗜熱鏈球菌DSMZ-18344，結(jié)果將該菌抹劃分在已知為CL0189的遺傳簇內(nèi)。這可進一步通過測序其e/w操縱子的近端部分(即EPSAD方法所耙向的染色體區(qū)域)來確認(rèn)。嗜熱鏈球菌DSMZ-18344的EPSADPCR-RFLP圖譜顯示于圖1中。從此圖可看出，嗜熱鏈球菌DSMZ-18344與作為CL0189遺傳簇代表菌抹的嗜熱鏈球菌CNCMI-2425的圖譜具有遺傳連鎖。外發(fā)現(xiàn)，嗜熱鏈球菌DSMZ-18344e戸操縱子的此部分與嗜熱鏈球菌CNCMI-2425菌抹的此部分有區(qū)別，但與嗜熱鏈球菌CNCMI-2423的該部分以及同屬于嗜熱鏈球菌CNCMI-2423遺傳簇(即CL0089，Genbank登錄號AF373595)的其它菌抹(還包含嗜熱鏈球菌CNCMI-2426和嗜熱鏈球菌Sfi39)的此部分相似。圖2顯示了e，操縱子的遠端部分的示意結(jié)構(gòu)和菌抹之間的相似性。eps操縱子的遠端部分的序列數(shù)據(jù)以及EPSAD聚類(clustering)數(shù)據(jù)一起提示，嗜熱鏈球菌DSMZ-18344的eps操縱子是嵌合操縱子，其由來自嗜熱鏈球菌CNCMI-2425(或相關(guān)菌抹)該操縱子的近端部分以及來自嗜熱鏈球菌CNCMI-2423(或相關(guān)菌抹)該操縱子的遠端部分組成。DSMZ-18344(或來自其它嗜熱鏈球菌的相關(guān)菌林)的方法。嗜熱鏈球菌CNCMI-2423菌抹是一種快速酸化的菌林，其在發(fā)酵奶中表現(xiàn)出所需增稠特征，而嗜熱鏈球菌CNCMI-2425即使快速酸化，也不具有這些感興趣的增稠特征。在嗜熱鏈球菌中，e戸操縱子的遠端部分包含編碼糖基轉(zhuǎn)移酶的基因。已知這些酶負(fù)責(zé)構(gòu)成胞外多糖的多糖單元的結(jié)構(gòu)，而且此胞外多糖的性質(zhì)被認(rèn)為至少部分地負(fù)責(zé)該菌抹的增稠特征。因此，e戸操縱子的嵌合結(jié)構(gòu)可解釋其增稠能力。實施例4嗜熱鏈球菌Z)57WZ-7S3"的C^75尸i間隔區(qū)CRISPR基因座的間隔區(qū)序列是一種菌林或其相關(guān)菌抹高度特異性的遺傳特征。嗜熱鏈球菌DSMZ-18344的CRISPRl基因座的間隔區(qū)已被測序，并與嗜熱鏈球菌CNCM1-2425、嗜熱鏈球菌CNCMI-2423的間隔區(qū)及其它間隔區(qū)序列比較。僅發(fā)現(xiàn)與嗜熱鏈球菌CNRZ385(Genbank登錄號DQ072992)和CNCMI-2425(及相關(guān)菌抹)有相似性。有趣的是，此CRISP驢因座內(nèi)的間隔區(qū)具有37不同的組成(缺失5個間隔區(qū))，并且鑒定了l個額外的間隔區(qū)。嗜熱鏈球菌DSMZ-18344的溶菌型，以及嗜熱鏈球菌DSMZ-18344溶菌型與CL0189基因型的多個菌抹之間觀察到的差異見表2。實施例5嗜熱鏈球菌DSMZ-7W"是抗噬菌體的近20多年來，已核實了超過1000種對工業(yè)用嗜熱鏈球菌菌抹有毒性的噬菌體。這群噬菌體經(jīng)過深入研究確定了它們的宿主譜。這使得能夠鑒定一組共60種代表上述噬菌體群體中鑒定出的所有宿主譜的噬菌體。這些代表性的噬菌體分別在菌抹DSMZ18344、CNCMI-2423和CNCMI-2425中進4于測試，如上所述。發(fā)現(xiàn)CNCMI-2423對噬菌體D4126和D3215敏感，菌林CNCMI-2425對噬菌體D4369敏感，而菌抹DSMZ-18344抗所有被測的代表性嗟菌體。表l<table>tableseeoriginaldocumentpage38</column></row><table>序列(5'-3')SEQIDNo.1嗜熱《連球菌DSMZ-18344CRISPRl序列的前導(dǎo)序列actatgtgggtataaaaacatcaaaatttcatttgagSE(JIDNo.2嗜熱鏈球菌DSMZ-18344CRISPR1間隔區(qū)(l)aatatctacaggtcactacaaagctacgctSEQIDNo.3嗜熱鏈球菌DSMZ-18344CRISPRl間隔區(qū)(2)gttggggtgtgtttgtaacggcgtatgctaSE(JIDNo.4嗜熱鏈球菌DSMZ-18344CRISPRl間隔區(qū)(3)tcaatcaggtgacggtgatgcttatattaaSEQIDNo.5嗜熱鏈球菌DSMZ-18344CRISPRl間隔區(qū)(4)catacatgatagtttgtcaacacttttgatSEQIDNo.6嗜熱鏈球菌DSMZ-18344CRISPRl間隔區(qū)(5)tcagcatttggtttacatgacccacgtctgSEQIDNo.7嗜熱鏈球菌DSMZ-18344CRISPRl間隔區(qū)(6)caatcaacaggtttgactgattataacggtSE(JIDNo.8嗜熱鏈球菌DSMZ-18344CRISPRl間隔區(qū)(7)tagctacacatgaattttattacaatggtgSEQIDNo.9嗜熱鏈球菌DSMZ-18344CRISPR1間隔區(qū)(8)ccgttcttcaaacgttaaattccaaggtgtSEQIDNo.10嗜熱鏈球菌DSMZ-18344CRISPR1間隔區(qū)(9)gctgcgaLtta_tga_c3a_tgctgtctgtaia_ggSEQIDNo.11嗜熱鏈球菌DSMZ-18344CRISPR1間隔區(qū)(IO)gaagaatttattaataaagatggttctgctSEQIDNo.12嗜熱鏈球菌DSMZ-18344CRISPR1間隔區(qū)(ll)aggcagaaaagaagtattttggtaagtatgSEQIDNo.13嗜熱鏈球菌DSMZ-18344CRISPR1間隔區(qū)(12)a_a_a_tggttta_tcga_caaga_aaatgaia_gct:SEQIDNo.14嗜熱鏈球菌DSMZ-18344CRISPR1間隔區(qū)(13)ccaaatttgcattatacaaaacgctccttcSEQIDNo.15嗜熱鏈球菌DSMZ-18344CRISPR1間隔區(qū)(M)atcctaactgctt仁gctaactacatcatggSEQIDNo.16嗜熱鏈球菌DSMZ-18344CRISPR1間隔區(qū)(15)atcctaactgctttgctgactacatcatggSEQIDNo.17嗜熱《連球菌DSMZ-18344CRISPRl間隔區(qū)(16)taacaagataagattagtcgtcttctacatSEQIDNo.18嗜熱鏈球菌DSMZ-18344CRISPRl序列的尾序列ttgattcaacataaaaagccagttcaattgaacttggctttSEQIDNo.19「熱鏈球菌DSMZ-18344CRISPRl序列atctacaggtcactacaaagctatcaatcaggtgaccccaLcgtctggtttttgta_ctctcaagatttaagtaeLCtgtac￡L￡LCC￡LatcaiaLcaggtttgactgaittataacggttctcaagatttaagtaactgtacaacccgttcttcaaacgttaaattccaaggtgtgtttttgtactctcaagatttaagtaactgtacaacgctgcgattatgacaatgctgtctgtaagggtttttgtactctcaagatttaagtaactgtacaacgaagaatttattaataaagatggttctgctgtttttgtactctcaagatttaagtaactgtacaacaggcagasLaagaagtattttggtaagtatggtttttgtactctcaagatttaagtaactgtacaacaaatggtttatcgatgtactctca_a_ga111a_a_gtaia_ct￡LgeLtttaagta_a_ctaactgtacagtttgattcaaceLtaaaaagccagttcaattgaacttggcttt:ctcaagatttaagtSEQIDNo.20嗜熱鏈球菌DSMZ-18344EPS遺傳蔟cttga_tgtcagctctcaaaaaaga_taaa_a_aagttgatgttaaagttgatgatgttgcttcatatcaagaagcttatgataatctcaagtctggcaaatctaaagctatggtcttgagtggctcttatgctagcctattagagtctgtcaatagtaaccttgcttcaaatctaaaaacaatttatacttataaaiattaaaaagaageiataacaactctgcaaaccaiagtagattcaaaagtcttcaatatttatattagtggtattgatacctacggttcgatttcaacagtgtcacgttcagatgtcaataLttattatgacagtaaacatga^tacacataagattctcttgacgactactccacgtgatgcatacgttaagattcctggtggtggggcaaaccagtatgataaattaacccacgcaggtatttatggtgttgaaacatctgaacaaactctggaagatctatatggtactggtggtgtgacagtccataLaLtg5Ltc5LagctttcaLC5LSLgtcttcaLtgggaiagtttgatttja_a_cgcta:ctgcgatccaagactctgttcagacaaatatttctttggataccattaatgctttggctaatacacacggacaattgacctcttatgcgatgccaaattctagtctttacatgatgaaactagataatttagatcctca^ttggtgaaagttatgcccagggggtacgteiagattgtttcaacatcccaaeLeLaigcagasLgcagaagcactttatccagacttaactatttattatggaggtgaactttatagtaatgttttgagagcgggggtaacgcctattgttgctcatattgagcgctatgatgccaatagctcacatgtcctcaaacca^agctctttggagataaagaaaaagtaagaaagaatcttgggccgagaccaccatttatgaaagatgcttatgaaattgttaaaaagaactacggtttataggagatattatgaatcaagata^cactaaaagtgatgaaatcgacgtsctagcattgctacataaactttggacgaagaagcttttgattcttttcacagctttttatttcgctatctatgttgttaatcaggcaacagataataataatctttctgctcaagatttgcaagctgcgcaaacacttgctaataaggttcgtgaagttgcttcaaaaaaaatcaagaaggtgacaaaagttgaagatttcacaatgctcgaagaagctaaattgccagagtcaccatcttcaecaaatatcaaacttaatgtgcttcttggggcagtgcttggaggattccttgcagtggttggtgtattggta_cgtgaaatcctagaitgatcgtgttcgccgtcca_ga_a_gatgtggaa_ga_tgcccttggaatggcacttcttggaattgtccctgataceigataaaatttaaggagaaga^atgcctctattaaagttagtaa_aatctaaagtaa_a_ctttgccaa￡Lcaaacagaagagtattacaatgccattcgcacaaatattcaattttctggtgctcagattaaagtgattgcgattagctctgttgaagctggtgaaggaaaatcaacgacatctcttaacttggcgatttcatttgctagtgttgggctccgaacacttctgattgatgctgatactcgtaattctgttttttcaggtacattta_a_atca_a_a_tg"a_gccttata_aaggtct:ttcaaattttctttcaggaaatgccgatgetegtagtegttatgcagttattattgcccatcaggctgatgccagtcttttggttacagcagctgggaaaatcaaacgtcgtttcgtaactaaggccgtcgaacaattggaacaiaagtggttctcagttcttaggtgtcgtccttaataaagttgacatgacagttgataaatatggatcatatggttcttacggtcattcaagagcacatcgtcgtagaaaaggatagcattaatggggatgatgcggctcctaccatatacagagattacccaaggaagtattgtccttttaggtgtcgtacatgtagtgtcttactatatcagtagttattatgaaaatcttaagtatagaggctacttggatgaactcattgcaactgtcaaatattgtttcatatttgctctaattgcaacatttctctcgttttttgcagatggaagtttttcaatctcacgtcgcggacttctttacgtcaccatgatttcaggtgttctcttatacgttacaaatactgttcttaagtatttccgctcatctatttatacacgtcgtaaaagtaacaagaatattctcttgatttctgatcaggcacgtcttgataatgttttgtatgcatcaccttttgagatcatgggaattccagtttctattaatttgaatgcccttgaat:acgttttccctagttggtttggtgctctgtgggattgttggaatcttcctttatccacttattcgtaaggatggtgggccagccatttttgctcaagaccgtgtgggagaaaatggacgtatctttattggacgtttcattcgtaaaacaagtcttgatgaacttccacaattttggaatgtcctaaaa_ggtgata_tgagcttggttggga_ca_cgtcctcca_a_cagttgatgagtatgaa_aLa_atata_cacctgaacagaaacgtcgtttaagttttaaacctggtatcactggtctttggcaagtaaacggatggacaatctggcgtgatatcaaaatcttattga^aacaattaaagtagtagtaaaacagtttatatcgttggttctaaggggattccagcaaaatatggtggatttgagacctttgttgagaagttgacagagttccaacaagacaaagatatccaatattatgtagcttgtatccctaaaaagaactccctaacggtcgtggctactttgtttagtctaaacactttgaataggcgaaagaatatggggagcgccttccttatttactgaitaitgtsiaacctggaattactggttattatctccaatattacagcacc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ng)補充劑、或益生菌補充物。21.根據(jù)權(quán)利要求l-7任一項的乳酸菌、根據(jù)權(quán)利要求8的菌抹或根據(jù)權(quán)利要求9-12任一項的細胞培養(yǎng)物的用途，用于制備食物、食物添加劑、飼料、營養(yǎng)補充劑、或益生菌補充物。22.調(diào)節(jié)(例如改良)食物、食物添加劑、飼料、營養(yǎng)補充劑、或益生菌補充物的粘度的方法，其包含將根據(jù)權(quán)利要求l-7任一項的乳酸菌、根據(jù)權(quán)利要求8的菌抹或根據(jù)權(quán)利要求9-12任一項的細胞培養(yǎng)物加入所述食物、食物添加劑、飼料、營養(yǎng)補充劑、或益生菌補充物中。23.食物、食物添加劑、飼料、營養(yǎng)補充劑、或益生菌補充物，其通過權(quán)利要求22的方法獲得或可獲得。24.根據(jù)權(quán)利要求l-7任一項的乳酸菌、根據(jù)權(quán)利要求8的菌抹、或根據(jù)權(quán)利要求9-12任一項的細胞培養(yǎng)物的用途，用于改良食物、食物添加劑、飼料、營養(yǎng)補充劑、或益生菌補充物的粘度。25.鑒定屬于鏈球菌屬的細菌的方法，其包含篩選所述細菌的SEQIDNo.19所述的序列或與該序列具有至少75%同一性的同源物的步驟。26.鑒定屬于鏈球菌屬的細菌的方法，其包含用至少一個正向的和至少一個反向的寡核普酸引物擴增細菌的CRISPR基因座的步驟，其中所述引物分別位于在嗜熱《連J求菌DSMZ-18344中缺無的一或多個CRISPR間隔區(qū)的對側(cè)側(cè)翼。27.根據(jù)權(quán)利要求26的方法，其中所述正向寡核苦酸引物與SEQIDNo.1雜交，且所述反向寡核苷酸引物與SEQIDNo.2，SEQIDNo.3，SEQIDNo.4,SEQIDNo.5,SEQIDNo.6，SEQIDNo.7,SEQIDNo.8，SEQIDNo.9，SEQIDNo.10，SEQIDNo.11,SEQIDNo.12,SEQIDNo.13，SEQIDNo.14SEQIDNo.15,SEQIDNo.16和/或SEQIDNo.17的任一雜交。28.根據(jù)權(quán)利要求26的方法，其中所述正向寡核苦酸引物與SEQIDNo.2,SEQIDNo.3,SEQIDNo.4,SEQIDNo.5，SEQIDNo.6,SEQIDNo.7和/或SEQIDNo.8的任一雜交，且所述反向寡核苷酸引物與SEQIDNo.9,SEQIDNo.10，SEQIDNo.11,SEQIDNo.12,SEQIDNo.13,SEQIDNo.14,SEQIDNo.15，SEQIDNo.16和/或SEQIDNo.17的任一雜交。29.根據(jù)權(quán)利要求26的方法，其中所述正向寡核苷酸引物與SEQIDNo.2，SEQIDNo.3,SEQIDNo.4,SEQIDNo.5，SEQIDNo.6,SEQIDNo.7和/或SEQIDNo.8的任一雜交，且所述反向寡核普酸引物與SEQIDNo.18雜交。30.根據(jù)權(quán)利要求26的方法，其中所述正向寡核苷酸引物與SEQIDNo.9，SEQIDNo.10，SEQIDNo.11，SEQIDNo.12,SEQIDNo.13,SEQIDNo.14,SEQIDNo.15,SEQIDNo.16和/或SEQIDNo.17的任一雜交，且所述反向寡核苷酸引物與SEQIDNo.18雜交。31.根據(jù)權(quán)利要求25-30任一項的方法，其中所述屬于鏈球菌屬的細菌是嗜熱鏈球菌。32.根據(jù)權(quán)利要求31的方法，其中所述嗜熱鏈球菌菌林屬于遺傳簇CL0189。33.根據(jù)權(quán)利要求31或32的方法，其中所述嗜熱鏈球菌菌林與在2006年6月14日以保藏號18344保藏于DSMZ(DeutscheSammlungvonMikroorganismenundZellkulturenGmbH,MascheroderWeg1b,D-38124Braunschweig)的嗜熱鏈球菌菌林具有基本相同的特征。34.根據(jù)權(quán)利要求31-33任一項的方法，其中所述嗜熱鏈球菌菌林與在2006年6月14日以保藏號18344保藏于DSMZ(DeutscheSammlungvonMikroorganismenundZellkulturenGmbH,MascheroderWeg1b，D-38124Braunschweig)的嗜熱《連3求菌菌4朱相同。35.屬于鏈球菌屬的細菌，其通過根據(jù)權(quán)利要求25-34任一項的方法鑒定或可鑒定。36.核苷酸序列，其包含SEQIDNo.19所述的序列或與該序列有至少75%同一性的同源物。37.核苷酸序列，其與權(quán)利要求36的核苷酸序列互補。38.構(gòu)建體或載體，其包含根據(jù)權(quán)利要求36或37的核苷酸序列。39.宿主細胞，其包含根據(jù)權(quán)利要求38的構(gòu)建體或載體。40.寡核普酸引物，其能與權(quán)利要求36或37的核苷酸序列雜交。41.根據(jù)權(quán)利要求40的寡核苷酸引物的用途，用于鑒定屬于鏈球菌屬的細菌。42.如上所述的乳酸菌、分離的培養(yǎng)物、細胞培養(yǎng)物、食物、食物添加劑、伺料、營養(yǎng)補充劑、益生菌補充物、方法、用途、核酸序列、構(gòu)建體、載體、宿主細胞、氨基酸序列、或寡核香酸引物，其參照隨后的說明書和圖。全文摘要本發(fā)明一方面涉及快速酸化的乳酸菌，其在儲藏于6℃14天后使發(fā)酵奶的粘度超過約62Pa.s。文檔編號C12N15/52GK101505607SQ200780030447公開日2009年8月12日申請日期2007年6月8日優(yōu)先權(quán)日2006年6月16日發(fā)明者喬基姆·施沃比,克里斯托夫·弗里莫克斯,菲利普·霍瓦思申請人:丹尼斯科公司