專利名稱：利用ssr指紋技術(shù)監(jiān)測家禽品種資源保種效果的方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及利用SSR指紋技術(shù)對家禽品種資源的基因組DNA進(jìn)行分析，屬于分子生物學(xué)技術(shù)領(lǐng)域背景技術(shù)目前對家禽品種資源保種效果的監(jiān)測還是局限于常規(guī)育種技術(shù)手段，主要通過對保種群各世代的產(chǎn)蛋量、蛋重、蛋品質(zhì)等主要經(jīng)濟(jì)性狀進(jìn)行測定；對羽速、羽色、膚色、冠形等質(zhì)量性狀進(jìn)行觀察記錄，通過觀察保種群世代之間的有無變化來監(jiān)測保種效果，從表型上來反應(yīng)保種群各世代在質(zhì)量遺傳性狀上的穩(wěn)定性，未深入到分子水平。然而，由于小群保種是高度的近親繁殖，加之較高強(qiáng)度的選擇壓，某些隱性基因難免不丟失。而保種的目的就是保存禽種所有的基因，維持群體的基因頻率基本不變。因此，利用常規(guī)育種方法很難達(dá)到監(jiān)測保種效果的目的。

發(fā)明內(nèi)容
本發(fā)明的目的就是克服常規(guī)育種方法監(jiān)測保種效果不夠準(zhǔn)確的缺陷，發(fā)明一種從分子水平進(jìn)行家禽品種資源保種效果監(jiān)測的方法。
本發(fā)明的技術(shù)方案是這樣實(shí)現(xiàn)的利用SSR指紋技術(shù)監(jiān)測家禽品種資源保種效果的方法，其特征是利用SSR指紋技術(shù)對隨機(jī)抽樣的家禽品種資源保種群的基因組DNA進(jìn)行遺傳檢測，通過計(jì)算每個保種群中的等位基因組成及其頻率、群體雜合度、多態(tài)信息含量等遺傳參數(shù)，建立每個品種資源保種群分子標(biāo)記檔案，每經(jīng)過2-3個保種世代后，再用同樣的方法，選用同樣的SSR引物進(jìn)行遺傳分析，通過分析不同世代間的群體在各個位點(diǎn)的等位基因及其頻率、群體平均雜合度和多態(tài)信息含量等參數(shù)變化情況來監(jiān)測保種效果，其步驟如下(1)從家禽品種資源保種群中隨機(jī)抽取樣本家禽的血樣，用酚-氯仿法提取基因組DNA，樣本家禽的性別比為公∶母＝1∶3，樣本家禽要盡可能分布到所有家系中；(2)篩選引物25-30對，篩選引物的要求是獲得的等位基因數(shù)目在6個以上；各微衛(wèi)星座位彼此不連鎖，盡可能多的分布在各條染色體上；(3)利用25-30對SSR引物對所保存的品種資源的基因組DNA進(jìn)行遺傳分析，計(jì)算保種群體在各個SSR座位上的等位基因組成及其頻率、各個群體的基因雜合度和多態(tài)信息含量；(4)將以上分析方法和分析結(jié)果建立地方家禽品種資源保種群分子標(biāo)記檔案；(5)每經(jīng)過2-3個世代再對每個保種群按上述(1)、(2)、(3)步驟進(jìn)行重新遺傳檢測；(6)分析比較每個群體在各個座位上基因是否丟失，基因頻率、雜合度及多態(tài)信息含量等遺傳參數(shù)的變化差異是否顯著。
所述的分子標(biāo)記檔案是將一個世代抽取的血樣、DNA在-70℃以下保存，將所用SSR引物名稱、序列、擴(kuò)增反應(yīng)體系、條帶判別的標(biāo)準(zhǔn)、分析獲得的等位基因及其頻率、群體平均雜合度和多態(tài)信息含量等數(shù)據(jù)進(jìn)行存檔。生物的遺傳變異主要是由DNA的差異造成的，而DNA的差異則主要表現(xiàn)在堿基排列順序的不同。SSR標(biāo)記正可以反映這種差異。因此，只有通過利用分子的手段，全面分析群體基因組DNA，才能達(dá)到監(jiān)測保種效果的目的。
具體實(shí)施例方式
1、從家禽品種資源保種群中隨機(jī)抽取15只公雞和45只母雞的血樣用酚-氯仿法提取基因組DNA；樣本的抽取盡可能分布到所有的家系；2、篩選25-30對SSR引物，引物篩選的要求是獲得的等位基因數(shù)目在6個以上；各微衛(wèi)星座位彼此不連鎖，盡可能多的分布在各條染色體上，在多個參考家系和無關(guān)品種中均表現(xiàn)為多態(tài)；擴(kuò)增效果好，條帶清晰可辨；重復(fù)性好；3、利用25-30對SSR引物對所保存的品種資源的基因組DNA進(jìn)行遺傳分析，計(jì)算保種群體在各個SSR座位上的等位基因組成及其頻率，各個群體的基因雜合度和多態(tài)信息含量；4、將以上分析方法和分析結(jié)果建立家禽品種資源保種群分子標(biāo)記檔案，將一個世代抽取的血樣、DNA在-70℃以下保存，將所用SSR引物名稱、序列、擴(kuò)增反應(yīng)體系、條帶判別的標(biāo)準(zhǔn)、分析獲得的等位基因及其頻率、群體平均雜合度和多態(tài)信息含量等數(shù)據(jù)進(jìn)行存檔。
5、每經(jīng)過2-3個世代再對每個保種群按上述實(shí)施方式的1，2，3個步驟進(jìn)行重新遺傳檢測；6、分析比較每個群體在各個座位上基因是否丟失，基因頻率、雜合度及多態(tài)信息含量等遺傳參數(shù)的變化差異是否顯著。如果不顯著，表明保種效果好，如果差異顯著表明保種效果差，要采取措施，調(diào)整保種方法。
權(quán)利要求
1.利用SSR指紋技術(shù)監(jiān)測家禽品種資源保種效果的方法，其特征是利用SSR指紋技術(shù)對隨機(jī)抽樣的家禽品種資源保種群的基因組DNA進(jìn)行遺傳檢測，通過計(jì)算每個保種群中的等位基因組成及其頻率、群體雜合度、多態(tài)信息含量等遺傳參數(shù)，建立每個品種資源保種群分子標(biāo)記檔案，每經(jīng)過2-3個保種世代后，再用同樣的方法，選用同樣的SSR引物進(jìn)行遺傳分析，通過分析不同世代間的群體在各個位點(diǎn)的等位基因及其頻率、群體平均雜合度和多態(tài)信息含量等參數(shù)變化情況來監(jiān)測保種效果，其步驟如下(1)從隨機(jī)抽樣的家禽品種資源保種群中抽取樣本家禽的血樣用酚-氯仿法提取基因組DNA，樣本家禽的性別比為公∶母＝1∶3，樣本家禽要盡可能分布到所有家系中；(2)篩選引物25-30對，篩選引物的要求是獲得的等位基因數(shù)目在6個以上；各微衛(wèi)星座位彼此不連鎖，盡可能多的分布在各條染色體上；(3)利用25-30對SSR引物對所保存的品種資源的基因組DNA進(jìn)行遺傳分析，計(jì)算保種群體在各個SSR座位上的等位基因組成及其頻率，各個群體的基因雜合度和多態(tài)信息含量；(4)將以上分析方法和分析結(jié)果建立地方家禽品種資源保種群分子標(biāo)記檔案；(5)每經(jīng)過2-3個世代再對每個保種群按上述(1)、(2)、(3)步驟重新進(jìn)行遺傳檢測；(6)分析比較每個群體在各個座位上基因是否丟失，基因頻率、雜合度及多態(tài)信息含量等遺傳參數(shù)的變化差異是否顯著。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的利用SSR指紋技術(shù)監(jiān)測地方家禽品種資源保種效果的方法，其特征是所述的家禽品種是雞、鴨和鵝。
3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的利用SSR指紋技術(shù)監(jiān)測地方家禽品種資源保種效果的方法，其特征是所述的分子標(biāo)記檔案是將一個世代抽取的血樣、DNA在-70℃以下保存，將所用SSR引物名稱、序列、擴(kuò)增反應(yīng)體系、條帶判別的標(biāo)準(zhǔn)、分析獲得的等位基因及其頻率、群體平均雜合度和多態(tài)信息含量等數(shù)據(jù)進(jìn)行存檔。
全文摘要
利用SSR指紋技術(shù)監(jiān)測家禽品種資源保種效果的方法，屬于分子生物學(xué)技術(shù)領(lǐng)域。本發(fā)明的技術(shù)方案是這樣實(shí)現(xiàn)的利用SSR指紋技術(shù)對隨機(jī)抽樣的家禽品種資源保種群的基因組DNA進(jìn)行遺傳檢測，通過計(jì)算遺傳參數(shù)，建立每個品種資源保種群分子標(biāo)記檔案，并且每經(jīng)過2－3個保種世代后，再用同樣的方法進(jìn)行遺傳檢測并進(jìn)行遺傳參數(shù)的分析，根據(jù)遺傳參數(shù)變化情況監(jiān)測保種效果。本發(fā)明由于利用分子生物學(xué)技術(shù)全面分析群體基因組DNA，并建立保種群分子標(biāo)記檔案，提高了監(jiān)測保種效果的科學(xué)性和準(zhǔn)確性，在家禽資源保護(hù)領(lǐng)域有很好的應(yīng)用前景。
文檔編號C12Q1/68GK1858252SQ20061003884
公開日2006年11月8日 申請日期2006年3月10日 優(yōu)先權(quán)日2006年3月10日
發(fā)明者高玉時, 屠云潔, 童海兵, 周新民, 顧榮 申請人:江蘇省家禽科學(xué)研究所