評估進(jìn)行性多灶性白質(zhì)腦病風(fēng)險的方法
【專利摘要】本發(fā)明涉及評估患者發(fā)展進(jìn)行性多灶性白質(zhì)腦?。≒ML）的風(fēng)險的方法。
【專利說明】評估進(jìn)行性多灶性白質(zhì)腦病風(fēng)險的方法
[0001]相關(guān)申請的交叉引用
[0002]本申請要求2011年5月31日提交的美國臨時申請N0.61/491，810、2011年7月15日提交的美國臨時申請N0.61/508，584、2011年10月21日提交的美國臨時申請N0.61/550，257和2012年4月20日提交的美國臨時申請N0.61/636，588的權(quán)益。在先申請通過引用整體并入本文。
發(fā)明領(lǐng)域
[0003]本發(fā)明涉及評估患者發(fā)展進(jìn)行性多灶性白質(zhì)腦病(PML)的風(fēng)險的方法。
[0004]發(fā)明背景
[0005]顯示抗VLA-4 (極晚期抗原4)抗體治療性那他珠單抗治療復(fù)發(fā)形式的多發(fā)性硬化(MS)和中度至重度克羅恩病。然而，那他珠單抗治療與增加的進(jìn)行性多灶性白質(zhì)腦病(PML)風(fēng)險相關(guān)，所述疾病是一種由JC病毒(JCV)引起的機(jī)會性腦感染。PML主要發(fā)生在免疫受損個體和接受包括那他珠單抗的某些免疫調(diào)節(jié)療法的患者中。假設(shè)PML是宿主與病毒因子之間復(fù)雜相互作用的結(jié)果，導(dǎo)致潛伏原型JCV復(fù)活并突變成可以感染中樞神經(jīng)系統(tǒng)的少突膠質(zhì)細(xì)胞的神經(jīng)營養(yǎng)形式。
[0006]發(fā)明概述
[0007]本發(fā)明特別涉及用于檢測生物流體例如血清或血漿中JCV抗體存在的優(yōu)化的、分析驗證的、靈敏的測定，以及各種其它方法，包括評價和/或治療患者的方法。
[0008]相應(yīng)地，一方面，本發(fā)明特征為評價樣品中抗JCV抗體水平的方法。該方法包括以下步驟的一個或多個或全部:
[0009](a)形成第一反應(yīng)混合物，所述第一反應(yīng)混合物包含第一等份樣品和其上置有HPVLP (高度純化的病毒樣粒子，例如，高度純化的VPl粒子)的基底，例如高信噪比的HPVLP基底；
[0010](b)例如，通過檢測與結(jié)合于所述基底的抗JCV抗體結(jié)合的標(biāo)記檢測試劑(例如酶標(biāo)記的抗IgG抗體)來檢測與其上置有HPVLP的所述基底(例如高信噪比的HPVLP基底)結(jié)合的抗JCV抗體的水平；從而評價樣品中抗JCV抗體的水平(如本文討論的，方法可以包括對樣品分類或分配指示抗JCV抗體水平的值，所述值在本文有時被稱為指數(shù)值?？梢允褂盟鲋祦碓u價樣品或患者，并且在一些實施方案中確定是否進(jìn)行所述方法的額外步驟，例如，以下的步驟(c));和
[0011]Ce)形成含有第二等份樣品和溶液相HPVLP的第二反應(yīng)混合物，并諸如通過檢測能夠與其上置有HPVLP的基底(例如高信噪比的HPVLP基底)結(jié)合的抗JCV抗體來檢測所述第二反應(yīng)混合物中未結(jié)合的抗JCV抗體的水平(如本文討論的，所述方法可以包括對樣品分類或分配指示與可溶相HPVLP —起孵育降低第二反應(yīng)混合物中未結(jié)合的抗JCV抗體水平的程度的值，所述值在本文有時被稱為抑制、％抑制或類似表達(dá)?？梢允褂迷撝祦碓u價樣品或患者)，
[0012]從而評價樣品中抗JCV抗體的水平。[0013]在一個實施方案中，所述方法還包括:
[0014](d)在樣品中的抗JCV抗體未被HPVLP或其它抗原結(jié)合的情況下形成包含第三等份的第三反應(yīng)混合物，并諸如通過檢測能夠與其上置有HPVLP的基底(例如高信噪比的HPVLP基底)結(jié)合的抗JCV抗體來檢測第三反應(yīng)混合物中抗JCV抗體的水平。抑制或％抑制可以被計算為與可溶相HPVLP —起孵育(步驟(c))與步驟(d)中的結(jié)果相比減少未結(jié)合抗JCV抗體量的程度的函數(shù)。
[0015]在一個實施方案中，所述方法包括步驟(a)和(b)和任選地，向另一實體例如健康護(hù)理提供者提供結(jié)果。 [0016]在一個實施方案中，所述方法包括步驟(a)、(b)和(C)和任選地，向另一實體例如健康護(hù)理提供者提供結(jié)果。
[0017]在一個實施方案中，所述方法包括步驟(a)、(b)、(c)和(d)和任選地，向另一實體例如健康護(hù)理提供者提供結(jié)果。
[0018]在一個實施方案中，所述方法包括步驟(c )和任選地，向另一實體例如健康護(hù)理提供者提供結(jié)果。
[0019]在一個實施方案中，所述方法包括步驟(C)和(d)和任選地，向另一實體例如健康護(hù)理提供者提供結(jié)果。
[0020]本文描述的方法使用優(yōu)化水平和量的試劑，允許改善的性能。因此，在一個實施方案中，對于第一反應(yīng)混合物，將20ng至60ng、30ng至50ng、20ng至40ng、35ng至45ng HPVLP置于所述基底上。在一個實施方案中，將約20叫、30叩、401^、501^或601^ HPVLP置于所述基底上。通常，多基底裝置，例如多孔板(例如聚苯乙烯多孔板)，將在多個基底的每一個上具有本文指定量的HPVLP。典型的基底是在多孔板上的孔的內(nèi)部。
[0021]本文描述的方法使用優(yōu)化比例的試劑和樣品，允許改善的性能。在一個實施方案中，第一反應(yīng)中樣品(例如血清或血漿)的(這指未稀釋的樣品或者稀釋液中樣品的量，因此，100 ill的I ill:100 ill稀釋液將是I U I樣品)與置于基底上的HPVLP的ng的比例是:1:100 至 I:20 ；1:80 至 I:30 ；1:60 至 I:20 ；1:20 至 I:60 ；1:30 至 1:50。在一個實施方案中，樣品例如血清或血漿的U I與置于基底上的HPVLP的ng的比例是大約:1:30,1:40或1:50。在一個實施方案中，樣品例如血清或血漿的U I與置于基底上的HPVLP的ng的比例是大約:(0.08 至 1.2):30,(0.08 至 1.2):40 或(0.08 至 1.2):50。
[0022]在一個實施方案中，用于第一反應(yīng)的樣品(例如血清)在與其上置有HPVLP的基底(例如高信噪比的HPVLP基底)接觸之前在例如緩沖液中稀釋諸如約100倍。在一個實施方案中，檢測使用酶標(biāo)記的抗體，例如酶標(biāo)記的IgG，諸如HRP (辣根過氧化物酶)標(biāo)記的IgG0在另一實施方案中，檢測試劑(例如HRP標(biāo)記的IgG)以至少0.0Iii g/mL、0.02 yg/mL、0.03 u g/mL、0.04 u g/mL、0.05 u g/mL、0.06 ii g/mL 或 0.08 u g/ml 的濃度添加。在一個實施方案中，檢測試劑以相對于結(jié)合至基底的抗體IOx至IOOx過量提供。在一個實施方案中，檢測試劑以與結(jié)合至基底的抗體相比給出等于或大于10x、20x、50x、75x或IOOx)過量的量提供。
[0023]在一個實施方案中，(C)中溶液相HPVLP以相對于第二反應(yīng)混合物或樣品中抗JCV抗體2x至IOOx過量粒子存在。在一個實施方案中，第二反應(yīng)混合物或樣品中粒子相對于抗 JCV 抗體的過量等于或大于 2x、4x、5x、10x、15x、20x、40x、50x、70x、80x、IOOx 或 110x。[0024]在一個實施方案中，對于第二反應(yīng)混合物，將20ng至60ng、30ng至50ng、20ng至40ng、35ng至45ng HPVLP置于所述基底上。在一個實施方案中，將約20ng、30ng、40ng、50ng或60ng HPVLP置于所述基底上。通常，多基底裝置，例如多孔板(例如聚苯乙烯多孔板)在多個基底的每一個上具有本文指定量的HPVLP。典型的基底是在多孔板上的孔的內(nèi)部。
[0025]在一個實施方案中，對于第二反應(yīng)混合物，使樣品與可溶相HPVLP接觸，并且然后允許未結(jié)合的抗JVC抗體結(jié)合至置于基底上的HPVLP。在一個實施方案中，對于第二反應(yīng)混合物，樣品與可溶相HPVLP和置于基底上的HPVLP同時接觸。
[0026]在一個實施方案中，樣品(例如血清或血漿)的U I (這指未稀釋的樣品或者稀釋液中樣品的量，因此，100 ill的Iul:100 ill稀釋液將是I ill樣品)與置于基底上的HPVLP的 ng 的比例是 1:100 至 I:20 ；1:80 至 I:30 ；1:60 至 I:20 ；1:20 至 I:60 ；1:30 至 1:50。在一個實施方案中，樣品例如血清或血漿的U I與置于基底上的HPVLP的ng的比例是大約:1:30U:40或1:50。在一個實施方案中，樣品例如血清或血漿的U I與置于基底上的HPVLP 的 ng 的比例是大約:(0.08 至 1.2):30、(0.08 至 1.2):40 或(0.08 至 1.2):50。
[0027]在一個實施方案中，樣品(例如血清)在與其上置有HPVLP的基底(例如高信噪比的HPVLP基底)接觸之前在例如緩沖液中稀釋諸如約100倍。在一個實施方案中，檢測使用酶標(biāo)記的抗體，例如酶標(biāo)記的IgG，諸如HRP標(biāo)記的IgG。在另一實施方案中，檢測試劑(例如 HRP 標(biāo)記的 IgG)以至少 0.01 u g/mL、0.02 u g/mL、0.03 u g/mL、0.04 u g/mL、0.05 u g/mL、0.06ii g/mL或0.08 u g/ml的濃度添加。在一個實施方案中，檢測試劑以相對于結(jié)合至基底的抗體IOx至IOOx過量提供。在一個實施方案中，檢測試劑以與結(jié)合至基底的抗體相比給出等于或大于10x、20x、50x、75x或IOOx)過量的量提供。
[0028]在一個實施方案中，響應(yīng)于步驟(b)中檢測的抗JCV抗體的水平，進(jìn)行步驟(C)和/ 或(d)。
[0029]在一個實施方案中，響應(yīng)于步驟(b)中檢測的抗JCV抗體的水平，例如，指數(shù)水平(nOD) >0.2且〈0.4，則進(jìn)行步驟(c)和(d)。
[0030]在一個實施方案中，樣品(例如血清或血漿)在形成所述第二反應(yīng)混合物之前在例如緩沖液中稀釋諸如等于或大于約50、100或150倍的量。在另一實施方案中，樣品(例如血清或血漿)在形成所述第三反應(yīng)混合物之前在例如緩沖液中稀釋諸如等于或大于約50、100或150倍的量。在另一實施方案中，對第二和第三反應(yīng)混合物之一或兩者的檢測使用酶標(biāo)記的抗體，例如酶標(biāo)記的IgG，例如HRP標(biāo)記的IgG。
[0031]對第二和第三反應(yīng)混合物之一或兩者的檢測可以使用HRP標(biāo)記的IgG，所述HRP標(biāo)記的 IgG 以至少 0.01、0.02、0.03、0.04、0.05、0.06*0.08iig/ml 的濃度添加。在一個實施方案中，檢測試劑以與結(jié)合至基底的抗體相比IOx至IOOx (例如，10x、20x、50x、75x或IOOx)過量提供。
[0032]在一個實施方案中，評價樣品中抗JCV抗體的水平還包括在步驟b中評價標(biāo)準(zhǔn)品，諸如具有例如約I的指數(shù)(例如，I的光密度，其中陽性對照具有1.3的光密度，并且陰性對照具有0.1的光密度)和等于或大于15x至20x (例如,等于或大于16x、17x、18x或19x)的信噪比的界限校準(zhǔn)物(cut off calibrator)。另一實施方案包括在步驟b中評價標(biāo)準(zhǔn)品，例如具有例如約1.3的評分的陽性對照。在其它實施方案中，所述方法還包括在步驟b中評價標(biāo)準(zhǔn)品，例如具有例如約0.1的評分的陰性對照。[0033]在一個實施方案中，所述方法包括確定與所述第一等分中置有HPVLP粒子的基底的結(jié)合相比，與所述可溶相HPVLP粒子的結(jié)合抑制或減少與置有HPVLP粒子的基底結(jié)合的量，。兩步測定(以上步驟(a)和(b))的第一步的結(jié)果通常表示為標(biāo)準(zhǔn)化ODUOD或“指數(shù)”)值。兩步測定(以上步驟(c)和任選(d))的第二步的結(jié)果通常表示為“百分比抑制”。在一個實施方案中，nOD是OD450。在一個實施方案中，所述抑制小于或等于預(yù)定值，例如45%，并且所述樣品被分類為陰性。
[0034]在一個實施方案中，所述抑制大于預(yù)定值，例如45%，并且所述樣品被分類為陽性的。
[0035]在一個實施方案中，調(diào)節(jié)界限校準(zhǔn)物(CO)以具有約1.0的反應(yīng)性指數(shù)(nOD)，并且調(diào)節(jié)陽性對照(PC)以具有約1.3的反應(yīng)性指數(shù)。通過混合對JCV抗體陽性的血清和對JCV抗體陰性的血清來制備CO和PC溶液。對于陰性對照(NC)，其可以是例如一瓶抗JCV抗體陰性血清，指數(shù)(nOD)目標(biāo)是約0.1。
[0036]在一個實施方案中，JCV抗原是VLP粒子，諸如HPVLP，其在用于本發(fā)明特征測定之前經(jīng)過色譜純化。
[0037]在某些實施方案中，樣品是血清樣品、尿樣品、血漿樣品、血液樣品或腦脊液(CSF)樣品。在一個實施方案中，樣品是在形成包含第一等份樣品和其上置有HPVLP的基底的第一反應(yīng)混合物之前被稀釋1:101的血清樣品。
[0038]在另一實施方案中，二次檢測試劑(例如，抗人IgG)綴合至可檢測劑，諸如過氧化物酶，諸如HRP。在一個實施方案中，二次檢測試劑可以是抗人IgG，其中抗人IgG綴合至HRP。在另一實施方案中，含有IgG-HRP的檢測試劑溶液以0.04ii g/mL使用。例如，0.8mg/mL的IgG-HRP儲液在用于檢測與HPVLP結(jié)合的抗JCV抗體水平的測定之前被稀釋1: 15，000、1:20,000,1:30000或更多。在另一實施方案中，為新批次調(diào)節(jié)二次檢測試劑的濃度以匹配之前批次的信號，并且與綴合物的孵育時間僅30min。在一個實施方案中，將緩沖液中的TMB (四甲基聯(lián)苯胺)和過氧化氫與含有與抗JCV抗體結(jié)合的HRP IgG混合物的反應(yīng)混合物孵育20分鐘±2分鐘。
[0039]在一個實施方案中，與沒有預(yù)孵育的樣品相比，二次測定樣品中檢測水平的降低指示樣品對抗JCV抗體是陽性的，并且低于指定百分比的檢測水平中的變化指示樣品中無JCV特異性抗體。
[0040]在一個實施方案中，在測定的第一步之后，確定樣品具有>0.2且〈0.4(“不定區(qū)”)的指數(shù)值(即，nOD值)，所述第一步是形成包含第一等份樣品和其上置有HPVLP的基底(例如高信噪比的HPVLP基底)的第一反應(yīng)混合物，并檢測與其上置有HPVLP的所述基底(例如高信噪比的HPVLP基底)結(jié)合的抗JCV抗體的水平。然后可以在測定的第二步中測試第二等份樣品，所述第二步包括形成包含第二等份和溶液相HPVLP的第二混合物，之后通過使第二混合物與其上置有HPVLP的基底(例如高信噪比的HPVLP基底)接觸來檢測第二混合物中未結(jié)合的抗JCV抗體。
[0041]在另一實施方案中，如果在測定的第一步之后確定樣品具有〈0.2的指數(shù)值，則確定樣品是抗JCV抗體陰性。在一個實施方案中，被確定為抗JCV抗體陰性的樣品不使用測定的第二步評價。
[0042]在另一實施方案中，如果在測定的第一步之后確定樣品具有>0.4的指數(shù)值，則確定樣品是抗JCV抗體陽性。在一個實施方案中，被確定為抗JCV抗體陽性的樣品不使用測定的第二步評價。
[0043]在一個實施方案中，本發(fā)明包括從受試者(例如，血漿、血清、血液、尿或腦脊液(CSF))獲得生物樣品；并使檢測的水平與參考關(guān)聯(lián)，使得選擇參考以指示不大于3%的假陰性率和對其它多瘤病毒(例如BK病毒(BKV))的最小交叉反應(yīng)性。在一些實施方案中，源自對照樣品或樣品集的參考是用來自受試者的樣品加工的。在一些實施方案中，選擇參考，使得測定的假陰性率不大于1%。可以進(jìn)行測定，使得HPVLP置于固體基底諸如微量滴定板或載玻片上。在一些實施方案中，HPVLP基本由VPl病毒蛋白組成。HPVLP可以進(jìn)一步包括其它病毒蛋白，例如VP2或VP3的至少一個。HPVLP中的病毒蛋白可以重組衍生(例如，MADIVPI)或者可以是天然存在的病毒蛋白(例如，衍生自天然存在的來源)。可以使用例如獲自目前用免疫調(diào)節(jié)藥物治療的受試者、考慮開始用免疫調(diào)節(jié)藥物治療的受試者或者懷疑具有進(jìn)行性多灶性白質(zhì)腦病(PML)的受試者的生物樣品來進(jìn)行該方法。
[0044]另一方面，本發(fā)明特征為含有其上置有HPVLP的基底(例如高信噪比的HPVLP基底)的試劑盒?；卓梢园ǘ嗫装?，諸如96孔板。在一個實施方案中，試劑盒包括以下的一個或多個或者全部:基底，諸如具有用JCV抗原基底Gf^BHPVLP)涂覆的孔的板；凍干或溶液中的JCV抗原，例如HPVLP JCV界限校準(zhǔn)物、抗JCV抗體陽性對照和JVC陰性對照，其是血清諸如人類血清的樣品。在一個實施方案中，試劑盒包括或者還包括用于檢測含有與抗原結(jié)合的抗JCV抗體的復(fù)合物的更多種試劑之一，并且試劑包括，例如JCV綴合物、酪蛋白樣品、可檢測的試劑例如TMB (四甲基聯(lián)苯胺)、洗滌緩沖液和終止試劑。
[0045]另一方面，本發(fā)明特征為其上置有HPVLP的基底，例如高信噪比的HPVLP基底。
[0046]另一方面，本發(fā)明特征為試劑盒，其包含HPVLP和用于進(jìn)行鑒定樣品諸如生物樣品中抗JCV抗體水平的測定的至少一種試劑。
[0047]在其它方面，本發(fā)明涉及包含HPVLP粒子的溶液，所述HPVLP粒子基本由尺寸大于VPl五聚體(殼粒)的含VPl的粒子組成，例如含有約5、10、20、30、40、50、60、70或72個五聚體或含有約360個VPl分子。
[0048]本發(fā)明另一方面是制備HPVLP溶液的方法，所述方法包括從溶液去除尺寸為VPl五聚體或更小的含VPl的粒子。
[0049]本文公開的方法至少部分基于以下發(fā)現(xiàn):抗JCV抗體滴度和其它特征諸如親和力/親合力可以是患者發(fā)展 進(jìn)行性多灶性白質(zhì)腦病(PML)的風(fēng)險的指標(biāo)。
[0050]相應(yīng)地，另一方面，本發(fā)明特征為評價患者發(fā)展PML風(fēng)險的方法，所述方法包括獲得患者樣品中JC病毒(JCV)抗體滴度的信息(例如，如本文描述確定的并表示為標(biāo)準(zhǔn)化光密度(nOD)或指數(shù))或親和力/親合力(例如，如本文描述確定的并在測定的確認(rèn)步驟中表示為百分比抑制)，并任選地將獲得的值與本文公開的參考比較，從而評價風(fēng)險。
[0051]在一個實施方案中，確定來自患者的生物樣品諸如血液(血清或血漿)或CSF樣品中的抗JCV抗體滴度或百分比抑制。如果確定滴度或/和百分比抑制、或兩值的函數(shù)低于預(yù)定水平，則確定所述患者處于較低的發(fā)展PML的風(fēng)險，并且如果確定滴度或/和百分比抑制、或兩值的函數(shù)處于或高于預(yù)定水平，則確定所述患者處于較高的發(fā)展PML的風(fēng)險。
[0052]所述方法可以進(jìn)一步提供，確定患者樣品中的抗JCV抗體滴度或百分比抑制需要從患者的身體取生物樣品或分析來自患者的樣品，或者如果確定患者處于較低的發(fā)展PML的風(fēng)險，則給患者施用療法，諸如免疫抑制劑療法。
[0053]在一個實施方案中，確定來自患者的多于一個的生物樣品，諸如一個或多個血液(血清或血漿)或CSF樣品中的抗JCV抗體滴度或百分比抑制。
[0054]在一個實施方案中，受試者具有多發(fā)性硬化，例如，已經(jīng)接受用抗VLA-4抗體，例如那他珠單抗，治療的多發(fā)性硬化患者。
[0055]在一個實施方案中，確定患者處于較低的發(fā)展PML的風(fēng)險，并且給患者進(jìn)一步施用抗VLA-4療法，諸如抗VLA-4抗體(諸如那他珠單抗)或其片段(諸如其抗原結(jié)合片段)。
[0056]在一個實施方案中，確定患者處于較高的發(fā)展PML的風(fēng)險，并且將患者鑒定為應(yīng)該接受替代療法的人，例如，患者應(yīng)該停止接受抗VLA-4抗體療法(例如那他珠單抗)并且例如接受替代療法，例如批準(zhǔn)替代的多發(fā)性硬化(MS)療法(諸如AyoiicW )。在另一實施
方案中，確定患者處于較高的發(fā)展PML的風(fēng)險，并且給患者施用抗VLA-4抗體療法(例如那他珠單抗)。
[0057]在一個實施方案中，基于抗JCV抗體滴度或百分比抑制確定患者處于較高的發(fā)展PML的風(fēng)險，并且將患者鑒定為應(yīng)該接受額外測試以確定發(fā)展PML的風(fēng)險的人。
[0058]在一個實施方案中，如果以下成立，則確定患者具有較低的PML風(fēng)險:(i)確定如通過指數(shù)值或nOD指示的抗JCV抗體滴度是〈0.5,或(ii)確定如通過指數(shù)值或nOD指示的抗JCV抗體滴度是>0.5且〈3.0，并且確定百分比抑制小于或等于70%或60%。如果以下成立，則確定所述患者具有中等的PML風(fēng)險:(i)確定如通過指數(shù)值或nOD指示的抗JCV抗體滴度是>0.5且〈1.5，并且確定百分比抑制值是>70%。如果以下成立，則確定所述患者具有較高的PML風(fēng)險:(i)確定如通過指數(shù)值或nOD指示的抗JCV抗體滴度是>0.5，并且確定百分比抑制值是>70%，或(ii)患者顯示指數(shù)、nOD或滴度比之前測試增加2倍?？梢岳缤ㄟ^以下方式測量抗JCV抗體的百分比抑制:(i)使來自受試者的生物樣品與溶液中的HPVLP在適合樣品中抗JCV抗體與HPVLP結(jié)合的條件下接觸；(ii)從溶液分離與HPVLP結(jié)合的JCV抗體以產(chǎn)生二次樣品；(iii)使二次樣品與HPVLP在與(i)相同的條件下接觸；和
(iv)檢測二次樣品中與HPVLP結(jié)合的抗JCV抗體的水平。
[0059]在一個實施方案中，通過，例如以下方式，測量抗JCV抗體滴度:(i )使生物樣品與HPVLP在適合樣品中抗JCV抗體與HPVLP結(jié)合的條件下接觸；(ii)檢測所述樣品中與HPVLP結(jié)合的抗JCV抗體的水平j(luò)P(iii)使檢測的水平與參考集相關(guān)聯(lián)?？梢赃x擇參考集以指示不大于預(yù)定量諸如3%的假陰性率。在另一實施方案中，通過商業(yè)平臺諸如VIDAS?測定(bi0M6rieux)或另一替代平臺諸如溶液相方法或橫向流動方法來測量抗JCV抗體滴度。
[0060]在一個實施方案中，測定指示生物樣品不包含JCV抗體，并且然后測定進(jìn)一步包括:(iv)使來自受試者的生物樣品的一部分與溶液中的HPVLP在步驟(i )之前接觸，并且其中步驟(i)的HPVLP與固體基底連接，例如以提供二次樣品；(V)使二次樣品與HPVLP在與(i)相同的條件下接觸；(vi)檢測二次樣品中與HPVLP結(jié)合的抗JCV抗體的水平j(luò)P(vii)比較二次樣品中抗JCV抗體的檢測水平和當(dāng)與無HPVLP的溶液一起孵育時生物樣品中的結(jié)合水平。與HPVLP —起預(yù)孵育的樣品與溶液孵育的樣品相比檢測水平的降低指示樣品是抗JCV抗體陽性的，并且檢測水平無變化指示樣品中不存在高于背景水平的抗JCV抗體。
[0061]在一個實施方案中，測定指示生物樣品含有JCV抗體，并且確定患者處于較高的PML風(fēng)險。
[0062]在又一實施方案中，如果以下成立，則確定患者具有較低的PML風(fēng)險:(i)確定如通過指數(shù)值或nOD指示的抗JCV抗體滴度是〈0.5,或(ii)確定如通過指數(shù)值或nOD指示的抗JCV抗體滴度是>0.5且〈3.0，并且確定百分比抑制小于或等于70%。如果以下成立，則確定患者具有較高的PML風(fēng)險:(i )確定如通過指數(shù)值或nOD指示的抗JCV抗體滴度是>3，并且確定百分比抑制值是>70%，或(ii)患者顯示指數(shù)、nOD或滴度比之前測試增加2倍。
[0063]在一個實施方案中，僅使用指數(shù)值(nOD)或僅使用百分比抑制來確定PML風(fēng)險。例如，在一個實施方案中，如果確定如通過指數(shù)值或nOD指示的抗JCV抗體滴度是〈0.5，則確定患者具有較低的PML風(fēng)險，如果確定如通過指數(shù)值或nOD指示的抗JCV抗體滴度是>0.5且〈1.5，則確定患者具有較高的PML風(fēng)險，或者如果確定如通過指數(shù)值或nOD指示的抗JCV抗體滴度是>1.5，則確定患者具有甚至更高的PML風(fēng)險
[0064]在一個實施方案中，測定指示生物樣品不含有高于背景水平的JCV抗體，并且確定患者處于較低的PML風(fēng)險。
[0065]另一方面，本發(fā)明特征為用于評價或測試測定程序的方法?？梢砸灶A(yù)定間隔，諸如每6個月或每年，重新評價抗JCV抗體測定的效力。在一個示例性的熟練測定中，提供樣品集合，例如30、40或50個血清樣品和30、40或50個血漿樣品，以供諸如通過目前優(yōu)化的方法和較早期之前產(chǎn)生的方法的評價。評估結(jié)果之間的一致性，并且如果發(fā)現(xiàn)一致性大于，例如90%或95%，則可以確定測定性能是可接受的。在一個實施方案中，利用具有已知抗JCV抗體狀況的一組樣品來評估測定性能隨時間的一致性，所述一組樣品，例如含有90、100、150個或更多樣品。評估結(jié)果之間的一致性,并且如果發(fā)現(xiàn)一致性大于,例如90%或95%，則可以確定測定性能是可接受的。一組樣品是可足以產(chǎn)生樣品庫的體積獲得的患者血清。
[0066]一方面，一個實體，例如健康護(hù)理提供者，獲得從本文描述的抗JCV抗體測定得到的信息，并響應(yīng)于該信息給患者，例如MS患者,施用本文描述的治療。
[0067]另一方面，對患者進(jìn)行本文描述的JCV測定，并且然后基于測定結(jié)果治療患者，例如治療MS患者。
[0068]可以以規(guī)律間隔，諸如每3個月、每6個月或每12個月或以更長間隔或更高頻率，重新評價患者的抗JCV抗體滴度或百分比抑制。觀察到的抗JCV抗體滴度或百分比抑制的增加可以指示患者發(fā)展PML風(fēng)險的增加。例如，抗體滴度(nOD或指數(shù))的2倍或3倍的增加可以指示PML增加的風(fēng)險。接受抗VLA-4療法諸如那他珠單抗的患者可以停止用抗VLA-4療法的治療，并且任選地開始用替代藥劑，例如不同于抗VLA-4療法或不同于那他珠單抗的免疫抑制劑療法。滴度增加可以差異存在于具有高基線滴度(例如，以滴度范圍內(nèi)更窄的范圍)的患者中和具有低基線滴度的患者中。
[0069]在一個實施方案中，可以以每5、6、7、8、9、10、11、12、15、20、30、40個月監(jiān)測接受抗VLA-4抗體，例如那他珠單抗的患者的抗JCV抗體滴度和/或百分比抑制。
[0070]在一個實施方案中，在已接受血漿去除術(shù)后的一或兩或三周內(nèi)不重新評價患者的JCV抗體的存在或者抗JCV抗體滴度或百分比抑制。在另一實施方案中，在已接受靜脈內(nèi)免疫球蛋白(IVIG)治療后的一或兩或三周內(nèi)不重新評價患者的JCV抗體存在或者抗JCV抗體滴度或百分比抑制。
[0071]抗JCV抗體滴度的量度可以nOD或指數(shù)值的方式。[0072]可以在施用抗VLA-4療法之前或者在患者已開始抗VLA-4療法之后進(jìn)行如本文描述的患者的評價。
[0073]在一個實施方案中，諸如通過本文描述的測定確定患者處于較低的PML風(fēng)險，則給患者施用抗VLA-4療法。在另一實施方案中，確定患者處于較高的PML風(fēng)險，則給患者施用抗VLA-4療法，例如抗VLA-4抗體，諸如那他珠單抗。在又一實施方案中，確定患者處于較高的PML風(fēng)險，則給患者施用不同于抗VLA-4療法的療法，諸如干擾素、醋酸格拉替雷或皮質(zhì)類固醇。
[0074]在一個實施方案中，確定患者具有增加的PML風(fēng)險，則患者相應(yīng)地停止接受抗VLA-4療法。
[0075]可以以規(guī)律間隔，例如每3個月、每6個月、每年或更高或更低頻率監(jiān)測患者的抗JCV抗體滴度降低或JCV抗體百分比抑制降低?？笿CV抗體滴度的降低或JCV抗體百分比抑制的降低可以指示患者具有降低的發(fā)展PML的風(fēng)險。
[0076]在一個實施方案中，確定抗JCV抗體滴度或JCV抗體百分比抑制降低(即使在已經(jīng)升高之后)低于預(yù)定水平，則可以給患者施用抗VLA-4療法或者可以確定患者是接受抗VLA-4療法治療的候選者。如果患者之前接受了抗VLA-4,則可以恢復(fù)患者的抗VLA-4療法。在恢復(fù)抗VLA-4療法之后，可以每6個月或每年評價患者抗體滴度的降低或JCV抗體百分比抑制的降低。
[0077]在一個實施方案中，在確定患者處于較高的PML風(fēng)險之后，例如確定患者具有如通過nOD測量的>0.5 (例如>1.0或>1.5)的抗JCV抗體滴度之后，則不再測試患者的JCV狀況。例如，患者可以停止抗VLA-4療法諸如那他珠單抗的療法，并且不再被測試抗JCV抗體狀況。
[0078]在一個實施方案中，如本文描述的評價患者以便確定抗JCV抗體滴度或百分比抑制的方法還可以包括評估風(fēng)險預(yù)測的其它量度。例如，評價患者的方法還可以包括:(a)確定患者是否已接受用抗VLA-4療法的延長治療(例如，長于24個月)；或(b)確定患者是否已接受指定的非抗VLA-4免疫抑制劑療法(例如，在患者生命的過去2、3、5年內(nèi)或者曾經(jīng)，米托蒽醌或其它療法)。具有高于預(yù)定水平的抗JCV抗體滴度或百分比抑制但沒有指定的在先免疫抑制劑使用并且沒有用抗VLA-4療法的延長治療的患者的PML相對風(fēng)險小于具有低于預(yù)定水平的抗JCV抗體滴度或百分比抑制并且具有指定的在先免疫抑制劑使用或用抗VLA-4療法的延長治療的患者的相對風(fēng)險，所述具有低于預(yù)定水平的抗JCV抗體滴度或百分比抑制并且具有指定的在先免疫抑制劑使用或用抗VLA-4療法的延長治療的患者的相對風(fēng)險小于具有高于預(yù)定水平的抗JCV抗體滴度或百分比抑制并且具有指定的在先免疫抑制劑使用和用抗VLA-4療法的延長治療的患者的相對風(fēng)險。
[0079]在一個實施方案中，患者之前接受了抗VLA-4療法，例如那他珠單抗，并且在另一實施方案中，基于評價，例如抗JCV抗體滴度或百分比抑制的評價，給所述患者施用抗VLA-4療法。例如,作為評價的結(jié)果,可以將患者分類為抗VLA-4療法的候選者。在一個實施方案中，給被分類為抗VLA-4療法候選者的患者進(jìn)一步施用療法。
[0080]在一些實施方案中，分層模型中將包括的因素是患者的年齡或性別。
[0081]本文描述的方法可以將一個或多個因素整合入患者的評價中。相應(yīng)地，另一方面，本發(fā)明特征為評價例如作為接受用抗VLA-4療法治療的候選者的患者的方法。[0082]例如，所述方法包括，例如通過本文描述的方法，獲得或確定來自患者的生物樣品的JC病毒(JCV)抗體滴度和百分比抑制。如果確定抗體滴度或百分比抑制低于預(yù)定水平，則可以將患者分類為適合第一類療法治療，諸如抗VLA-4療法，例如那他珠單抗。如果確定抗體滴度或百分比抑制處于或高于預(yù)定水平，則將所述患者分類為適合第二類療法，例如干擾素、醋酸格拉替雷或皮質(zhì)類固醇。獲得患者樣品中抗JCV抗體滴度和百分比抑制可以包括從患者的身體取生物樣品或分析來自患者的樣品。評價方法還可以包括給患者施用諸如來自第一類(例如，那他珠單抗)或第二類(例如，干擾素、醋酸格拉替雷或皮質(zhì)類固醇)的療法。
[0083]在又一實施方案中，如果以下成立，則確定患者具有較低的PML風(fēng)險:(i)確定如通過指數(shù)值或nOD指示的抗JCV抗體滴度是〈0.5,或(ii)確定如通過指數(shù)值或nOD指示的抗JCV抗體滴度是>0.5且〈3.0，并且確定百分比抑制小于或等于70%。如果以下成立，則確定患者具有較高的PML風(fēng)險:(i)確定如通過指數(shù)值或nOD指示的抗JCV抗體滴度是>1.5，并且確定百分比抑制值是>70%，或(ii)患者顯示指數(shù)、nOD或滴度比之前測試增加2倍。如果以下成立,則確定所述患者具有中等的PML風(fēng)險:確定如通過指數(shù)值或nOD指示的抗JCV抗體滴度是>0.5且〈1.5，并且確定百分比抑制值是>70%。
[0084]如上討論的，評價患者的方法可以加入超過一種考慮或因素。因此，評價患者的方法可以進(jìn)一步包括:
[0085](aa)確定患者是否已接受用抗VLA-4療法的延長治療(例如，長于24個月)并且在一些實施方案中提供在先的抗VLA-4療法暴露分類；或
[0086](bb)確定患者是否已接受指定的非抗VLA-4免疫抑制劑療法(例如，在患者生命的過去2、3、5年內(nèi)或者曾經(jīng))，并且在一些實施方案中提供在先的免疫抑制暴露分類。
[0087]通常，將具有高于預(yù)定水平的抗JCV抗體滴度或百分比抑制但沒有指定的在先免疫抑制劑使用并且沒有用抗VLA-4療法的延長治療的患者分類為具有比具有低于預(yù)定水平的抗JCV抗體滴度或百分比抑制并且具有指定的在先免疫抑制劑使用或用抗VLA-4療法的延長治療的患者的相對風(fēng)險小的發(fā)展PML的風(fēng)險，所述具有低于預(yù)定水平的抗JCV抗體滴度或百分比抑制并且具有指定的在先免疫抑制劑使用或用抗VLA-4療法的延長治療的患者的相對風(fēng)險小于具有高于預(yù)定水平的抗JCV抗體滴度或百分比抑制并且具有指定的在先免疫抑制劑使用和用抗VLA-4療法的延長治療的患者的相對風(fēng)險。
[0088]在一個實施方案中，患者之前已接受抗VLA-4療法。在另一實施方案中，方法包括給患者施用抗VLA-4療法，例如那他珠單抗。
[0089]在一個實施方案中，將患者分類為抗VLA-4療法的候選者，并且給患者進(jìn)一步施用抗VLA-4療法。
[0090]已接受抗VLA-4療法，諸如那他珠單抗，24個月或更短時間、之前沒有接受免疫抑制劑療法(不同于抗VLA-4療法)并且對JCV暴露測試陰性(例如，對JCV抗體陰性)的患者通常具有最低的發(fā)展PML的風(fēng)險。相反，接受抗VLA-4療法超過24個月、之前已接受免疫抑制劑療法(不同于抗VLA-4療法)并且對JCV暴露測試陽性(例如，對JCV抗體陽性)的患者通常具有最高的發(fā)展PML的風(fēng)險。
[0091]可以通過評價鑒定的風(fēng)險因素的一個或任何兩個或全部三個來評估患者的PML風(fēng)險水平。例如，可以確定對抗JCV抗體滴度測試陰性的患者，例如具有多發(fā)性硬化(MS)的患者，處于較低的PML風(fēng)險。處于較低PML風(fēng)險的患者可以具有小于約0.2/1000患者，例如≤0.11/1000的風(fēng)險。
[0092]在一個實施方案中，可以確定已接受抗VLA-4療法諸如那他珠單抗24個月或更短(例如，23個月、22個月、20個月、15個月、12個月、6個月、I個月或更短)并且之前沒有接受免疫抑制劑療法的患者，例如具有MS的患者，處于較低的PML風(fēng)險。例如，可以確定患者具有約0.54/1000患者的PML風(fēng)險?？梢韵鄳?yīng)地確定患者是接受用抗VLA-4療法諸如那他珠單抗進(jìn)一步治療的候選者。
[0093]在一個實施方案中，可以確定已接受抗VLA-4療法諸如那他珠單抗超過24個月諸如約25至48個月或更長(例如，26、28、30、36、40或48個月或更長)并且之前沒有接受免疫抑制劑療法的患者處于或被分類為具有較高的PML風(fēng)險。處于較高的PML風(fēng)險的患者可以具有≥約3.7/1000患者，例如約1.37/1000患者的風(fēng)險。可以相應(yīng)地確定患者是接受用抗VLA-4療法諸如那他珠單抗進(jìn)一步治療的候選者。
[0094]在一個實施方案中，可以確定接受抗VLA-4療法諸如那他珠單抗24個月或更短(例如，24個月、22個月、20個月、15個月、12個月、6個月、I個月或更短)并且被確定為抗JCV抗體或JCV核酸陰性的患者處于或被分類為具有較低的PML風(fēng)險。例如，可以確定患者處于< 0.2/1000患者的風(fēng)險?？梢韵鄳?yīng)地確定患者是接受用抗VLA-4療法諸如那他珠單抗進(jìn)一步治療的候選者。
[0095]在一個實施方案中，確定未接受用免疫抑制劑(不同于抗VLA-4療法)的在先治療并且被確定為JCV陰性的患者處于較低的PML風(fēng)險，例如≤0.2/1000患者?？梢韵鄳?yīng)地確定患者是接受用 抗VLA-4療法諸如那他珠單抗進(jìn)一步治療的候選者。
[0096]在一個實施方案中，可以確定已接受抗VLA-4療法諸如那他珠單抗超過24個月(例如，25個月、26個月、28個月、30個月、35個月、38個月、40個月、48個月或更長)并且之前已接受不同于抗VLA-4療法的免疫抑制劑療法的患者處于較高的PML風(fēng)險。處于較高的PML風(fēng)險的患者可以具有約0.37/1000或更大，例如約4.3/1000患者的風(fēng)險。可以相應(yīng)地確定患者不是接受用抗VLA-4療法諸如那他珠單抗進(jìn)一步治療的候選者，或者可以確定患者是接受抗VLA-4療法治療并伴隨更頻繁監(jiān)測的候選者。例如，接受用抗VLA-4療法治療的處于較高PML風(fēng)險的患者可以接受比處于較低的PML風(fēng)險的患者更高頻率的對PML發(fā)展的監(jiān)測。
[0097]在一個實施方案中，可以確定已接受抗VLA-4療法諸如那他珠單抗24個月或更短(例如，24個月、22個月、20個月、15個月、12個月、6個月、I個月或更短)并且之前已接受不同于抗VLA-4療法的免疫抑制劑療法的患者處于較高的PML風(fēng)險。例如，可以確定患者具有0.66/1000患者的PML風(fēng)險。可以相應(yīng)地確定患者不是接受用抗VLA-4療法諸如那他珠單抗進(jìn)一步治療的候選者，或者可以確定患者是接受抗VLA-4療法治療并伴隨更頻繁監(jiān)測的候選者。例如，接受用抗VLA-4療法治療的處于較高PML風(fēng)險的患者可以接受比處于較低的PML風(fēng)險的患者更高頻率的對PML罹患的監(jiān)測。
[0098]在一個實施方案中，可以確定已接受抗VLA-4療法諸如那他珠單抗超過24個月(例如25至48個月，諸如26、30、36、42或48個月或更長)并且被確定為抗JCV抗體陽性的患者處于較高的PML風(fēng)險?？梢韵鄳?yīng)地確定患者不是接受用抗VLA-4療法進(jìn)一步治療的候選者，或者可以確定患者是接受抗VLA-4療法治療并伴隨更頻繁監(jiān)測的候選者。[0099]在一個實施方案中，確定已接受抗VLA-4療法諸如那他珠單抗超過24個月(例如25至48個月，諸如26、30、36、42或48個月或更長)，并且沒有接受用免疫抑制劑的在先治療(不同于抗VLA-4療法)，并且被確定為抗JCV陽性的患者處于較高的PML風(fēng)險。例如，可以確定患者具有4/1000患者的PML風(fēng)險?？梢韵鄳?yīng)地確定患者不是接受用抗VLA-4療法進(jìn)一步治療的候選者，或者可以確定患者是接受用抗VLA-4療法治療并伴隨更頻繁監(jiān)測的候選者。
[0100]在一個實施方案中，可以確定已接受不同于抗VLA-4療法的免疫抑制劑的在先治療并且被確定為抗JCV抗體或JCV核酸陽性的患者，例如MS患者，處于較高的PML風(fēng)險?？梢韵鄳?yīng)地確定患者不是接受用抗VLA-4療法進(jìn)一步治療的候選者,或者可以確定患者是接受抗VLA-4療法治療并伴隨更頻繁監(jiān)測的候選者。
[0101]在一個實施方案中，可以確定已接受不同于抗VLA-4療法的免疫抑制劑在先治療，并且被確定為抗JCV抗體或JCV核酸陽性，并且已接受抗VLA-4療法諸如那他珠單抗超過24個月(例如25至48個月，諸如26、30、36、42或48個月或更長)的患者處于較高的PML風(fēng)險。例如，可以確定患者具有9.8/1000患者的風(fēng)險?？梢韵鄳?yīng)地確定患者不是接受用抗VLA-4療法進(jìn)一步治療的候選者,或者可以確定患者是接受抗VLA-4療法治療并伴隨更頻繁監(jiān)測的候選者。
[0102]在一個實施方案中，可以確定已接受抗VLA-4療法諸如那他珠單抗24個月或更短(例如，24個月、22個月、20個月、15個月、12個月、6個月、I個月或更短)，并且之前已接受不同于抗VLA-4療法的免疫抑制劑在先治療，并且被確定為JCV陽性的患者處于較高的PML風(fēng)險。例如，可以確定患者具有4.5/1000患者的PML風(fēng)險?？梢韵鄳?yīng)地確定患者不是接受用抗VLA-4療法進(jìn)一 步治療的候選者,或者可以確定患者是接受抗VLA-4療法治療并伴隨更頻繁監(jiān)測的候選者。
[0103]在一個實施方案中，可以確定已接受抗VLA-4療法諸如那他珠單抗24個月或更短(例如，24個月、22個月、20個月、15個月、12個月、6個月、I個月或更短)，并且未接受不同于抗VLA-4療法的免疫抑制劑在先治療，并且被確定為JCV陽性的患者處于較高的PML風(fēng)險。例如，可以確定患者具有0.35/1000患者的PML風(fēng)險?？梢韵鄳?yīng)地確定患者不是接受用抗VLA-4療法進(jìn)一步治療的候選者,或者可以確定患者是接受抗VLA-4療法治療并伴隨更頻繁監(jiān)測的候選者。
[0104]可以確定被確定具有較低的發(fā)展PML風(fēng)險的患者具有≤約0.54/1000患者，例如≤ 0.25/1000、≤ 0.2/1000,0.19/1000、≤ 0.15/1000、≤ 0.11/1000、≤ 0.1/1000，例如0.3/1000,0.25/1000,0.2/1000,0.19/1000,0.15/1000,0.11/1000 或 0.1/1000 或更低的風(fēng)險?？梢源_定被確定具有較高的發(fā)展PML風(fēng)險的患者具有約0.54/1000或更大，例如約 0.55/1000、約 0.60/1000、約 0.66/1000、約 1.2/1000、約 1.37/1000、約 2.0/1000、約2.5/1000、約 3.0/1000、約 4.3/1000、約 5.0/1000、約 7.8/1000、約 8.0/1000 或更高的風(fēng)險。例如可以確定被確定具有較高的PML風(fēng)險的患者具有0.3/1000,0.35/1000,0.5/1000、0.66/1000,1.2/1000,1.37/1000,2.0/1000,2.5/1000,3.0/1000,4.3/1000,5.0/1000、7.8/1000,8.0/1000或更高的風(fēng)險。
[0105]在一個實施方案中，確定已接受抗VLA-4療法在先治療超過24個月、并且未接受不同于抗VLA-4療法的免疫抑制劑在先療法，并且被確定為JCV陰性的患者處于較低的發(fā)展PML的風(fēng)險，并且因此是接受用抗VLA-4療法諸如那他珠單抗進(jìn)一步治療的適合候選者。然而，由于已接受抗VLA-4療法超過24個月，風(fēng)險評估可以包括更頻繁地監(jiān)測患者不良癥狀(諸如可以指示PML發(fā)展的癥狀)的發(fā)展的建議。
[0106]對患者PML發(fā)展的加強監(jiān)測可以包括鑒定JCV存在的測試頻率增加，例如，通過抗JCV抗體測定或基于核酸的測定的測試增加。加強監(jiān)測還可以包括MRI掃描以鑒定由于PML的腦損傷。
[0107]在一個實施方案中，具有低于預(yù)選標(biāo)準(zhǔn)的抗JCV抗體的患者具有不可檢測的水平的抗JCV抗體。
[0108]在一個實施方案中，患者之前已接受抗VLA-4療法，并且在另一實施方案中，患者之前未接受抗VLA-4療法。
[0109]在又一實施方案中，將患者分類為抗VLA-4療法的候選者，并且向患者施用抗VLA-4療法諸如那他珠單抗。
[0110]在一個實施方案中，做出確定，例如確定患者是否對JCV陰性，需要提供(例如，獲得或接收)來自患者的生物樣品，并進(jìn)行免疫測定，諸如ELISA測定以檢測樣品中的JCV抗體。在另一實施方案中，確定，例如確定患者是否對JCV陰性，需要提供來自患者的生物樣品，并進(jìn)行免疫測定，諸如基于PCR的測定以檢測樣品中的JCV核酸。
[0111]如果將患者分類為抗VLA-4療法的候選者，可以給患者進(jìn)一步施用抗VLA-4療法。確定被分類為抗VLA-4療法候選者的患者具有較低的發(fā)展PML的風(fēng)險，例如低于約0.2/1000患者，例如0.3/1000患者，或0.2/1000患者或0.19/1000患者或0.11/1000患者的風(fēng)險。例如，具有較低的PML風(fēng)險的患者可以具有< 0.2/1000的風(fēng)險。
[0112]確定未被分類為抗VLA-4療法候選者或者被確定為具有加強監(jiān)測PML發(fā)展的抗VLA-4療法的候選者的患者具有較高的發(fā)展PML的風(fēng)險，例如，大于或等于約0.3.7/1000患者的風(fēng)險。例如，確定具有較高PML風(fēng)險的患者可以具有0.37/1000,0.35/1000、0.66/1000、1.2/1000、1.37/1000,2.5/1000,4.3/1000 或 7.8/1000 患者的風(fēng)險。
[0113]在一個實施方案中，如果選擇，在先免疫抑制劑暴露分類是以下之一:
[0114]陽性在先免疫抑制劑暴露分類，其對應(yīng)于在預(yù)定時段內(nèi)，例如1、3或5年內(nèi)，或在患者生命中已接受非抗VLA-4免疫抑制劑療法；和
[0115]陰性在先免疫抑制劑暴露分類，其對應(yīng)于在預(yù)定時段內(nèi)，例如1、3或5年內(nèi)，或在患者生命中沒有非抗VLA-4免疫抑制劑療法。
[0116]在一個實施方案中，如果選擇，在先VLA-4療法暴露分類是以下之一:
[0117]陽性在先VLA-4療法暴露分類，其對應(yīng)于已接受抗VLA-4療法超過預(yù)選時段，例如多達(dá)或超過1、2、3或5年；和
[0118]陰性在先VLA-4療法暴露分類，其對應(yīng)于已接受抗VLA-4療法短于預(yù)定時段，例如短于6個月、1、2、3或5年。
[0119]在一個實施方案中，所述方法包括提供治療適合性分類，其例如可以選自以下之
[0120]與患者對抗VLA-4治療適合性關(guān)聯(lián)的積極治療適合性分類(可以將積極治療適合性分類進(jìn)一步細(xì)分成伴隨各種警告或?qū)ΡO(jiān)測的需要(諸如增強監(jiān)測PML發(fā)展)的積極治療適合性分類)；和[0121]與患者對抗VLA-4治療不適合性或者患者對伴隨各種警告或?qū)υ鰪姳O(jiān)測的需要(諸如PML發(fā)展)的抗VLA-4治療適合性關(guān)聯(lián)的消極治療適合性分類。
[0122]積極治療適合性分類與較低的發(fā)展PML的風(fēng)險關(guān)聯(lián)，并且消極治療適合性分類與較高的發(fā)展PML的風(fēng)險關(guān)聯(lián)。較低的發(fā)展PML的風(fēng)險通常對應(yīng)于低于0.2/1000患者的風(fēng)險，并且較高的發(fā)展PML的風(fēng)險對應(yīng)于≥0.37/1000的風(fēng)險。
[0123]如果給患者分配低暴露分類和陰性JCV狀況分類，則給患者分配積極治療適合性分類，例如建議或需要監(jiān)測PML發(fā)展的改良的積極治療適合性分類。
[0124]如果給患者分配陰性在先免疫抑制劑暴露分類和陰性抗JCV抗體狀況分類，則給患者分配積極治療適合性分類，例如建議或需要監(jiān)測PML發(fā)展的改良的積極治療適合性分類。
[0125]如果給患者分配低暴露分類、陰性在先免疫抑制劑暴露分類和陰性JCV抗體分類，則給患者分配積極治療適合性分類。
[0126]在一個實施方案中，給患者分配積極治療適合性分類，并且給患者進(jìn)一步施用抗VLA-4療法，例如那他珠單抗。
[0127]一方面，還提供評價患者，例如評價患者發(fā)展PML風(fēng)險的方法。所述方法包括:
[0128](aaa)諸如通過確定抗JCV抗體水平是低于還是高于預(yù)選標(biāo)準(zhǔn),例如如通過本文公開的方法測定，來確定患者對JCV陰性還是陽性；
[0129](bbb)確定患者是已接受VLA-4療法超過預(yù)選時段(例如，長于24個月)還是短于預(yù)選時段(例如24個月或更短)，或是在預(yù)選時段，例如在患者生命的過去2、3、5年或曾經(jīng)，沒有接受抗VLA-4療法；
[0130](ccc)確定患者是沒有非抗VLA-4免疫抑制劑療法預(yù)選時段還是已接受非抗VLA-4免疫抑制劑療法預(yù)選時段(指定時間)(例如，在患者生命的過去1、2、3、4、5或IO年，或曾經(jīng))；并且響應(yīng)于確定，評價患者。
[0131]在一個實施方案中，響應(yīng)于患者對JCV陰性的確定，確定患者處于較低的發(fā)展PML的風(fēng)險。
[0132]在一個實施方案中，響應(yīng)于患者對JCV陽性的確定，確定患者處于較高的發(fā)展PML的風(fēng)險。
[0133]在一個實施方案中，確定，例如確定患者對JCV陰性，包括或需要從患者的身體取樣或分析來自患者的樣品，或者所述方法還需要給患者施用療法。例如在較低風(fēng)險的患者中，療法可以是抗VLA-4療法(例如,抗VLA-4抗體),或者例如在較低風(fēng)險的患者中，是替代(非抗VLA-4 )療法，例如干擾素、醋酸格拉替雷或皮質(zhì)類固醇。
[0134]一方面，提供了符合用法說明的方法。用法說明可以，例如，出現(xiàn)在政府要求的包裝插頁，例如FDA (美國食品藥品管理局)或EMA (歐洲藥品管理局)要求的包裝上，并且提供對抗VLA-4療法的使用指導(dǎo)。符合用法說明的方法包括:任選地接收用法說明；獲得本文描述的評價方法的結(jié)果，并響應(yīng)于獲得的結(jié)果來給患者提供療法建議，并任選地給患者進(jìn)一步施用療法。用法說明可以詳細(xì)說明如本文描述的評價方法，所述評價方法對于安全施用療法是必要的。療法可以是抗VLA-4療法，例如那他珠單抗。
[0135]提供了評價患者的方法，其中所述方法需要提供用于收集患者樣品并將其運輸至健康護(hù)理提供者的試劑盒；從健康護(hù)理提供者接收患者樣品；進(jìn)行如本文要求保護(hù)的方法。
[0136]還提供了治療患者的方法。所述方法需要獲得如本文描述的患者或樣品評價方法的結(jié)果，并響應(yīng)于獲得的結(jié)果而給患者施用療法。療法可以是抗VLA-4療法，諸如那他珠單抗。例如，例如，響應(yīng)于步驟(a)和(b)、步驟(a)、(b)和(C)、步驟(a)、(b)、(c)和(d)、步驟(c)或步驟(c)和(d)的結(jié)果，給患者施用療法，例如本文描述的療法。
[0137]還提供了授權(quán)代償諸如抗VLA-4療法的費用的方法。負(fù)責(zé)代償?shù)囊环娇梢允堑谌礁犊钊?，諸如保險公司或政府機(jī)構(gòu)。所述方法可以包括(a)獲得本文描述的患者評價方法的結(jié)果，并將結(jié)果記錄在計算機(jī)可讀介質(zhì)上；(b)獲得將抗VLA-4療法施用給患者的證據(jù)，并將證據(jù)記錄在計算機(jī)可讀介質(zhì)上；和(c)如果結(jié)果與抗VLA-4療法的施用一致，則授權(quán)一方代償或代償。
[0138]一方面，提供了用于將患者選擇或分類為接受用抗VLA-4療法例如那他珠單抗治療的候選者的方法。例如，所述方法可以包括確定患者之前已接受抗VLA-4療法24個月或更短(例如I至24個月、2至20個月、5至15個月、或10至12個月)或者患者之前未接受用免疫抑制劑的治療，并且評估抗JCV抗體滴度或百分比抑制。在一個實施方案中，評估包括分析來自患者的樣品。樣品可以是例如血液、血漿、血清、尿或腦脊液的樣品。如果評估指示患者對JCV陽性，例如對抗JCV抗體或JCV核酸陽性，則不將患者選擇或分類為用抗VLA-4療法治療的候選者。如果評估指示患者對JCV陰性，例如對抗JCV抗體或JCV核酸陰性，則將患者選擇或分類為接受用抗VLA-4療法治療的候選者。
[0139]對抗JCV抗體的存在的測定可以是免疫測定，諸如ELISA測定。對JCV核酸的測定可以是例如PCR測定或Next-Generation測序(NGS)方法。
[0140]可以給被確定為處于較低的PML風(fēng)險的患者進(jìn)一步施用抗VLA-4療法，諸如那他珠單抗?？梢越o被確定為處于較高的PML風(fēng)險的患者進(jìn)一步施用抗VLA-4療法的替代療法，諸如干擾素、醋酸格拉替雷、皮質(zhì)類固醇或TNF激動劑。在一個實施方案中，被確定為處于較高的PML風(fēng)險的患者可以被進(jìn)一步施用抗VLA-4療法，并且可以被要求接受增加頻率的PML測試，并且當(dāng)患者初始被確定為JCV陰性時，還可以被要求接受增加頻率的JCV測試。
[0141]一方面，提供了確定患者的PML風(fēng)險的方法。所述方法包括(a)確定患者之前已接受抗VLA-4療法(例如,那他珠單抗)24個月或更短,或者患者之前未接受免疫抑制劑治療；和6)評價患者的抗JCV抗體狀況，其中評價步驟包括分析來自患者的樣品。如果評價指示患者是JCV陰性,則確定患者處于較低的PML風(fēng)險。如果評價指示患者是JCV陽性,則確定患者處于較高的PML風(fēng)險。
[0142]另一方面,提供了治療患者的方法。該治療方法包括,例如,確定患者對抗VLA-4療法的在先暴露，并確定患者之前是否已接受用免疫抑制劑的治療。任選地，還可以確定患者的JCV狀況。
[0143]如果確定患者已接受抗VLA-4療法24個月或更短，并且之前未接受用免疫抑制劑的治療，則確定患者處于較低的PML風(fēng)險，并且給患者施用抗VLA-4療法。如果確定患者已接受那他珠單抗超過24個月(例如，25個月或更長)，并且之前未接受用免疫抑制劑的治療，則確定患者處于較高的PML風(fēng)險，并且給患者施用抗VLA-4療法的替代療法，例如干擾素、皮質(zhì)類固醇、抑制素或TNF拮抗劑。
[0144]確定患者對抗VLA-4療法或免疫抑制劑的在先暴露可以包括詢問患者或護(hù)理人員，例如醫(yī)師、護(hù)士、父母或其它健康護(hù)理提供者。在一些情況下，確定患者在先暴露可以包括評估數(shù)據(jù)庫，例如醫(yī)療記錄數(shù)據(jù)庫，中的信息。
[0145]還提供了確定患者PML風(fēng)險的方法。所述方法包括確定患者之前對抗VLA-4療法的暴露，并且確定患者是否之前已接受用免疫抑制劑的治療。任選地，還可以確定患者的抗JCV抗體狀況。如果確定患者已接受抗VLA-4療法24個月或更短，并且之前未接受用免疫抑制劑的治療，則確定患者處于較低的PML風(fēng)險。如果確定患者已接受抗VLA-4療法超過24個月，并且之前未接受用免疫抑制劑的治療，則確定患者處于較高的PML風(fēng)險。還可以給被確定為處于較低的PML風(fēng)險的患者進(jìn)一步施用抗VLA-4療法，例如那他珠單抗。相反，可以給被確定處于較高的PML風(fēng)險的患者進(jìn)一步施用抗VLA-4療法的替代療法，例如干擾素、皮質(zhì)類固醇、抑制素(statin)或TNF拮抗劑。
[0146]在一個實施方案中，還可以確定患者的JCV狀況，并且如果患者被確定為JCV陰性，則確定患者處于比被確定為JCV陽性的患者更低的PML風(fēng)險。
[0147]除非另外指明，本文使用的所有技術(shù)和科學(xué)術(shù)語具有與本發(fā)明所屬領(lǐng)域普通技術(shù)人員通常理解的相同含義。盡管與本文描述的那些相似或等同的方法和材料可用于實施或測試本發(fā)明，但下文描述了適合的方法和材料。本文提到的所有出版物、專利申請、專利和其它參考文獻(xiàn)通過引用整體并入本文。在沖突的情況下，以包括定義在內(nèi)的本說明書為準(zhǔn)。此外，所述材料、方法和實例僅是示例性的，而不是要成為限制性的。
[0148]附圖和以下說明中示出了本發(fā)明一個或多個實施方案的細(xì)節(jié)。本發(fā)明的其它特征、目的和優(yōu)點將通過說明書和附圖以及權(quán)利要求書而變得明顯。
[0149]附圖簡述
[0150]圖1A和IB是通過累積治療持續(xù)時間(圖1A)和通過12個月治療間隔持續(xù)時間(圖1B)描繪那他珠單抗相關(guān)的PML發(fā)病率的圖。
[0151]圖2是描繪通過在先免疫抑制劑使用和那他珠單抗治療持續(xù)時間分類的PML的大致發(fā)病率的示意圖。
[0152]圖3是描繪通過抗JCV抗體血清狀況、在先免疫抑制劑使用和那他珠單抗治療持續(xù)時間分類的PML的大致發(fā)病率的示意圖。
[0153]圖4A和4B是描繪通過在先免疫抑制劑使用(是或否)和那他珠單抗治療持續(xù)時間(1-24個月(圖4A)或25-48個月(圖4B))分類的抗JCV抗體陽性患者中PML發(fā)病率估值的靈敏度分析的圖?；A(chǔ)=基礎(chǔ)病例情況。
[0154]圖5A和5B是分別描繪患者I的nOD和滴度的圖。
[0155]圖6A和6B是分別描繪患者2的nOD和滴度的圖。
[0156]圖7A和7B是分別描繪患者3的nOD和滴度的圖。
[0157]圖8A和8B是分別描繪患者4的nOD和滴度的圖。
[0158]圖9A和9B是分別描繪患者5的nOD和滴度的圖。
[0159]圖9C和9D是分別描繪患者6的nOD和滴度的圖。
[0160]圖10A和10B是分別描繪患者7的nOD和滴度的圖。
[0161]圖11是描繪針對一組MS患者收集的指數(shù)(X軸)和百分比抑制(y軸)數(shù)據(jù)的散點圖。
[0162]圖12是描繪針對一組MS患者收集的指數(shù)(X軸)和百分比抑制(y軸)數(shù)據(jù)的散點圖。
[0163]圖13是描繪針對一組MS患者確定的指數(shù)值的散點圖。
[0164]詳述
[0165]本發(fā)明至少部分基于評估患者PML風(fēng)險的新的改進(jìn)方法的發(fā)現(xiàn)，所述方法包括評估抗JCV抗體滴度或百分比抑制。本發(fā)明至少部分基于以下發(fā)現(xiàn):抗JCV抗體滴度和百分比抗體抑制可以指示患者發(fā)展進(jìn)行性多灶性白質(zhì)腦病(PML)的風(fēng)險。
[0166] 申請人:還已開發(fā)用于確定生物樣品中抗JCV抗體滴度水平的優(yōu)化測定，和通過確定百分比抑制值來定量測定抗體以及使用該信息確定患者發(fā)展PML風(fēng)險的方法。所述測定包括:(a)形成包含第一等份樣品和其上置有HPVLP的基底的第一反應(yīng)混合物，其中VLP離子以0.04 μ g的量和0.4 μ g/mL的濃度存在；b)諸如通過檢測與結(jié)合于所述基底的抗JCV抗體結(jié)合的標(biāo)記的二次檢測試劑，例如酶標(biāo)記的抗IgG抗體，來檢測與置于基底上的HPVLP結(jié)合的抗JCV抗體的水平；(c)形成包含第二等份樣品和溶液相HPVLP的第二反應(yīng)混合物，所述溶液相HPVLP以例如0.4 μ g/mL的濃度提供，并且以例如1:100或1:101稀釋提供第二等份樣品；(d)形成包含不含有HPVLP的陰性對照溶液和在陰性對照溶液中例如1:100或1:101或1:110稀釋的第三等份樣品的第三反應(yīng)混合物；(e)諸如通過檢測能夠與其上置有HPVLP的基底(其中所述HPVLP存在)結(jié)合的JCV來檢測第二和第三反應(yīng)混合物中未結(jié)合的抗JCV抗體的水平；(f)提供對應(yīng)于與第一等份樣品中置于基底上的HPVLP結(jié)合的抗JCV抗體水平的第一值和對應(yīng)于第二反應(yīng)混合物中未結(jié)合的抗JCV抗體水平(例如與來自所述第二反應(yīng)混合物的置于基底上的HPVLP結(jié)合的抗JCV抗體水平)的第二值；和(g)任選地比較第一和第二抗體水平。
[0167] 申請人:還已發(fā)現(xiàn)，如果以下成立，則患者具有較低的發(fā)展PML的風(fēng)險:(i)確定如通過指數(shù)值或nOD指示的抗JCV抗體滴度〈0.5,或(ii)確定如通過指數(shù)值或nOD指示的抗JCV抗體滴度是>0.5且〈3.0，并且確定百分比抑制小于或等于70%。如果以下成立，則患者具有較高的PML風(fēng)險:(i )確定如通過指數(shù)值或nOD指示的抗JCV抗體滴度是>3，并且確定百分比抑制值是>70%，或(ii)患者顯示指數(shù)、nOD或滴度比之前測試增加2倍。
[0168]可以以諸如每6個月或每12個月的規(guī)律間隔監(jiān)測患者抗JCV抗體滴度或百分比抑制的變化。如果該后來的測定結(jié)果指示患者依然具有小于0.5的nOD的抗JCV抗體滴度和〈70%的百分比抑制，則可以確定患者依然處于較低的發(fā)展PML的風(fēng)險。如果后來的測定指示患者的抗體滴度從初始測定增加2至3倍，則可以確定患者處于增加或較高的發(fā)展PML的風(fēng)險。 申請人:發(fā)現(xiàn)，被診斷具有PML的患者傾向于顯示在診斷之前6個月中抗體滴度和nOD增加2至3倍。
[0169]如果以下成立，則患者具有較高的PML風(fēng)險:(i)確定如通過指數(shù)值或nOD指示的抗JCV抗體滴度是>3，并且確定百分比抑制值是>70%，或(ii)患者顯示指數(shù)、nOD或滴度比之前測試增加2倍。
[0170]滿足這些標(biāo)準(zhǔn)的患者可以任選地被確定為不是接受用抗VLA-4療法，諸如抗VLA-4抗體，例如那他珠單抗治療的候選者，或者可以進(jìn)一步評估患者發(fā)展PML的其它風(fēng)險因素。這些風(fēng)險因素包括患者之前是否已接受抗VLA-4療法諸如那他珠單抗，并且患者已接受所述療法持續(xù)了多久；以及患者之前是否已接受不同于抗VLA-4療法的免疫抑制劑療法并且患者已接受所述療法持續(xù)了多久?；颊叩腜ML風(fēng)險是這些因素的每一個的組合。[0171]可以通過“nOD”或“指數(shù)”測量抗體滴度?！皀OD”是用于抗JCV抗體檢測的測試諸如ELISA測試中標(biāo)準(zhǔn)化的光密度值?！爸笖?shù)”值是免疫測定諸如ELISA測定中樣品的光密度值除以陽性對照的光密度。
[0172] 申請人:之前發(fā)現(xiàn)，已接受抗VLA-4療法諸如那他珠單抗24個月或更短并且之前未接受免疫抑制劑療法的患者處于比不滿足這兩個標(biāo)準(zhǔn)的患者更低的發(fā)展PML的風(fēng)險。而且，具有最低風(fēng)險的患者是滿足這兩個標(biāo)準(zhǔn)并且還是JCV陰性的那些患者，例如對抗JCV抗體或JCV核酸(例如JCV DNA)沒有測試為陽性的患者。之前未知的是，這三個風(fēng)險因素((i)患者之前已接受抗VLA-4療法的時間量；(ii)患者之前是否已接受不同于抗VLA-4療法的用免疫抑制劑的治療；和(iii) JCV狀況)的每一個獨立促進(jìn)患者的PML風(fēng)險。本文描述的發(fā)明一般可用于用VLA-4抑制劑治療的患者。鑒定處于明顯不同的PML風(fēng)險的患者亞群的能力允許比之前方法更好地表征風(fēng)險(即，總體PML風(fēng)險)，并且應(yīng)該幫助健康護(hù)理專業(yè)人員和患者做出更了解益處-風(fēng)險的治療決定。這些風(fēng)險評估標(biāo)準(zhǔn)描述于共同擁有的2011年5月31日提交的美國臨時申請61/491，810和2011年7月15日提交的美國臨時申請61/508584。這些臨時申請的每一個的內(nèi)容通過引用整體并入本文?？梢耘c在前共同擁有的臨時申請中描述的風(fēng)險因素組合考慮涉及抗JCV抗體滴度(例如，通過nOD或指數(shù)水平測量的)和百分比抑制的本文描述的風(fēng)險標(biāo)準(zhǔn)。
[0173]用于確定PML風(fēng)險的方法可能需要以下之一、兩個或全部三個:患者的JCV分類(例如，抗JCV抗體滴度，諸如通過nOD或指數(shù)水平和百分比抑制測量的)、患者在先的抗VLA-4療法歷史和患者在先的免疫抑制劑療法歷史(不同于抗VLA-4療法)。響應(yīng)于這些分類，可以給患者分配治療適合性分類?？梢越o被確定具有低的發(fā)展PML的風(fēng)險的患者分配積極治療分類，并且可以給被確定具有較高的發(fā)展PML的風(fēng)險的患者分配消極治療分類。接受積極治療分類的患者可以接受進(jìn)一步治療或開始用抗VLA-4療法治療的建議。接受消極治療分類的患者可以接受終止用抗VLA-4療法治療的建議、開始用非抗VLA-4療法治療的建議、繼續(xù)或開始抗VLA4療法并增加對PML指征和癥狀的監(jiān)查的建議。
[0174]用抗VLA-4療法進(jìn)一步治療的建議可以伴隨以下進(jìn)一步的用法說明或要求:患者接受額外或加強的監(jiān)測，諸如一個或多個因素是否指示患者可能處于增加的PML風(fēng)險，例如用抗VLA-4療法在先治療超過24個月(例如25個月或更長)，或者用不同于抗VLA-4療法的免疫抑制劑的在先治療。
[0175]可以通過患者的自我報告或者通過父母、醫(yī)師、醫(yī)師助理、護(hù)士或其它健康護(hù)理提供者提供的信息(口頭或書面)來確定患者之前已接受抗VLA-4療法或不同于抗VLA-4療法的免疫抑制劑療法。還可以通過數(shù)據(jù)庫諸如醫(yī)療數(shù)據(jù)庫或臨床試驗數(shù)據(jù)庫來獲得信息。
[0176]將指示增加的PML風(fēng)險的不同于抗VLA-4療法的在先免疫抑制劑療法可以包括用抗腫瘤藥、免疫抑制劑或免疫調(diào)節(jié)劑(諸如一種或多種β_干擾素或醋酸格拉替雷)的在先治療。示例性免疫抑制劑包括例如米托蒽醌、氨甲喋呤、硫唑嘌呤、環(huán)磷酰胺和霉酚酸酯、抗CD20療法(例如，利妥昔單抗)、抗CDlla療法(例如，依法利珠單抗)或嗎替麥考酚酯。還將預(yù)測如以下描述的用其它免疫抑制劑療法的在先治療以增加在進(jìn)一步施用抗VLA-4療法之后患者的PML風(fēng)險。一般而言，在先免疫抑制劑使用的確定是指定的使用，其可以是非VLA-4抑制劑(例如，抗VLA-4抗體)的免疫抑制劑的任何在先使用或者在評價PML風(fēng)險之前指定時段內(nèi)(例如之前的1、2、3、5或10年內(nèi))的在先使用。[0177]確定JCV狀況指確定患者是否已暴露于JCV，并且因此包括確定暴露的直接方法(例如，檢測JCV蛋白或JCV DNA)和間接方法(例如，檢測患者樣品中針對JCV的抗體)。用于確定JCV狀況的測定可以包括用于檢測生物樣品諸如血漿、血清、血液或尿樣中或者外周血單核細(xì)胞(PBMC)或腦脊液的樣品中的JCV核酸(例如，DNA或RNA)或JCV血清陽性率或抗JCV抗體的測定。可以使用本領(lǐng)域已知的方法，例如通過擴(kuò)增方法(例如聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)或通過Next-Generation測序(NGS)方法)來檢測JCV核酸?？梢允褂帽绢I(lǐng)域已知的方法，諸如血凝抑制(HI)測定來測定JCV血清陽性率?？梢酝ㄟ^免疫測定諸如ELISA測定來檢測JCV抗體。在一個實施方案中，可以通過國際申請N0.PCT/US2011/20832中描述的方法來檢測JCV抗體，所述方法在適合抗JCV抗體結(jié)合的條件下利用HPVLP，用于檢測生物樣品中抗JCV抗體結(jié)合的水平。用于確定JCV狀況的方法還包括確定抗JCV抗體滴度和百分比抑制的方法?？笿CV抗體滴度和百分比抑制的檢測通常包括如在國際申請N0.PCT/US2011/20832中描述的兩步抗體檢測測定。
[0178]如果在來自患者的生物樣品中鑒定JCV的存在，例如JCV抗體、蛋白、肽或核酸，則確定患者是“JCV陽性的”。陽性JCV分類對應(yīng)于生物樣品中JCV抗體的存在，例如等于或大于預(yù)選標(biāo)準(zhǔn)的JCV抗體。預(yù)選標(biāo)準(zhǔn)通常是定量值，例如根據(jù)特定測定(例如免疫測定)的抗體的“可檢測”的量。
[0179]本文描述的用于確定PML風(fēng)險的方法可用于任何人類受試者，包括考慮用免疫調(diào)節(jié)劑治療的受試者，例如抗VLA-4療法(例如，那他珠單抗)、抗CD20療法(例如，利妥昔單抗)、抗CDlla療法(例如，依法利珠單抗)或嗎替麥考酚酯；目前正在用免疫調(diào)節(jié)劑治療的受試者；或者已停止用免疫調(diào)節(jié)劑治療的受試者。所述方法可用于可能易患PML的其它人，諸如具有淋巴增生疾患(諸如多發(fā)性骨髓瘤或淋巴瘤)的個體；感染人類免疫缺陷病毒(HIV)或者具有以下疾病的個體:獲得性免疫缺陷綜合征(AIDS)、惡性血液病、自身免疫疾病(諸如系統(tǒng)性紅斑狼瘡(SLE))、炎性腸病(諸如克羅恩氏病(CD)或潰瘍性結(jié)腸炎)、多發(fā)性硬化(MS)或關(guān)節(jié)炎(例如類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎(RA))。風(fēng)險評估方法還可以用于接受免疫抑制或免疫調(diào)節(jié)療法的受試者，諸如移植患者。示例性的免疫抑制或免疫調(diào)節(jié)療法包括那他珠單抗、利妥昔單抗、依法利珠單抗和嗎替麥考酚酯。所述方法可用于評估具有疾患或者正在用藥物治療的受試者的風(fēng)險，其公開于Piccinni等人/‘Strongerassociation ofdrug-1nduced progressive multifocal leukoencephalopathy (PML) with biologicalimmunomodulating agents”Eur.J.Clin.Pharmacol.66: 199-206, 2010,其內(nèi)容通過引用并入本文。
[0180]定義
[0181]如本文中使用，“HPVLP”是主要由VP1蛋白組成的高度純化的VLP (“病毒樣粒子”)。本發(fā)明特征的“HPVLP”主要由來自多瘤病毒、JC病毒(JCV)的主要衣殼蛋白“VP1”構(gòu)成，所述衣殼蛋白“VP1”可為天然存在的VP1或重組VP1。例如HPVLP可由VP1的至少一個五聚體亞基、多于一個五聚體亞基、至七十二個五聚體亞基或更多亞基構(gòu)成。本發(fā)明HPVLP可結(jié)合針對天然存在的完整JC病毒的抗體。在一些實施方案中，HPVLP包括第二和任選第三多肽，所述多肽為JC病毒的次要衣殼蛋白，例如至少一個VP2或VP3多肽。VP2或VP3可為重組的或天然存在或自然衍生的多肽。
[0182]此類“高度純化”粒子含有超過一個的VP1五聚體，例如至少5、10、20、30、40、50、60,70,72個VP1五聚體或少于100個VP1五聚體。例如，可通過涉及雙重過濾的方法獲得此類高度純化粒子。例如，在一個實施方案中，可通過(例如通過蔗糖墊)的離心純化粒子至少兩次來獲得高度純化的VLP制品。在其它實施方案中，使用色譜方法制備HPVLP。通常，可通過其在使用確定的對照樣品的ELISA測定中的活性來鑒定HPVLP制品。在一些情況下，此類對照樣品為陰性對照和/或含有低水平JCV抗體的對照樣品。
[0183]如本文使用的，“高信噪比HPVLP基底”是其上置有HPVLP的基底。其可用來評價樣品中游離(未結(jié)合抗原或其它靶，例如HPVLP的水平?；咨螲PVLP的濃度使得當(dāng)測量存在的抗JCV抗體的量時，它提供10至30、15至30、15至25、18至22的信噪比。在一些實施方案中，信噪比是至少10、15、18或20。在一些實施方案中，信噪比是約10、15、18或
20?？梢允褂媒o出1.0的光密度的樣品，例如校準(zhǔn)對照，來確定信噪比。在一個實施方案中，以在 96 孔板的孔中凍干 0.5ml,0.8ml、1.0ml,1.2ml 或 1.5ml 的 0.4 μ g/ml HPVLP 而產(chǎn)生的濃度將HPVLP提供在所述基底上。在一個實施方案中，以在96孔板的孔中凍干1.0ml的0.4 μ g/ml HPVLP而產(chǎn)生的濃度將HPVLP提供在所述基底上，如本文使用的，所述濃度等同于每孔30ng至50ng (例如,40ng) HPVLP。在一個實施方案中，以在96孔板的孔中凍干0.05ml至0.35mL、或0.lml至0.2ml的0.4 μ g/ml HPVLP而產(chǎn)生的濃度將HPVLP提供在所述基底上。只要獲得想要的信噪比，置于基底上的HPVLP的量或者實現(xiàn)沉積的條件可以改變。
[0184]通過比較陰性對照與校準(zhǔn)對照的光密度值以確定測定中信號強度的動態(tài)范圍來計算信噪比。
[0185]在一個實施方案中，將樣品稀釋約100倍，并且陰性評分的截止是小于或等于45%的減少，并且陽性評分的截止是大于45%。在一些實施方案中，稀釋不是100倍，但是小于200倍。例如，稀釋是50至150倍、75至125倍、85至115倍。在一些實施方案中，稀釋小于150倍、125倍、100倍或75倍。在其中稀釋不是100倍(例如，200倍、400倍、500倍、800倍、達(dá)>1，000, 000倍的實施方案中，調(diào)節(jié)截止或其它參數(shù)，使得樣品將接受與稀釋是100倍時相同的評分(陽性或陰性)，并且陰性截止小于45%，并且陽性截止大于或等于45%。
[0186]抗JCV抗體檢測測定。通過向已涂覆了 HPVLP并且使用本領(lǐng)域已知的方法檢測的基底添加生物樣品來進(jìn)行測定。通常，使用固體基礎(chǔ)平臺，諸如微量滴定板(例如，96孔板)；盡管可以使用本領(lǐng)域已知的其它形式。在一些實施方案中，在用于測定之前稀釋生物樣品。
[0187]在某些實施方案中，測定形式是酶聯(lián)免疫測定(ELISA)。廣義上，所述方法通常包括用捕獲抗原諸如HPVLP涂覆基底、孵育含有針對捕獲試劑的結(jié)合抗體的樣品、洗滌以去除非特異性結(jié)合的物類、并例如通過生色或化學(xué)發(fā)光測定來檢測結(jié)合的免疫復(fù)合物。生色底物產(chǎn)生有顏色的終產(chǎn)物，所述終產(chǎn)物可以目視或者使用分光光度計來檢測并測量?；瘜W(xué)發(fā)光底物產(chǎn)生可以使用光度計測量的光。
[0188]將板用HPVLP涂覆通常包括將固體基底(諸如微量滴定板的孔)與合適濃度(例如，
0.4 μ g/ml)的HPVLP溶液孵育過夜或指定的小時數(shù)。HPVLP可包括作為唯一 JCV病毒組分的VP1，或者HPVLP可以是異源粒子，每個粒子含有VP2或VP3的至少一個或每個粒子含有VP2和VP3每種中的至少一個。涂覆HPVLP之后，洗滌板孔。然后將基底用對于待測試樣品抗原中性的非特異性蛋白“涂覆”。適合的涂覆材料是本領(lǐng)域已知的并且包括牛血清白蛋白(BSA)、酪蛋白、糖或奶粉溶液。然后可以在進(jìn)行測定的下一步之前，將板干燥并儲存較長的時段，諸如1天、1個月或1年。
[0189]在有效允許復(fù)合物形成(HPVLP/JCV抗體)的條件下在制備的基底上孵育樣品或參考，因此形成結(jié)合復(fù)合物。使用可結(jié)合人抗體的標(biāo)記抗體進(jìn)行結(jié)合復(fù)合物的檢測。通常，標(biāo)記抗體可檢測人IgG或人IgG和IgM。在一些情況下，可使用二次或三次檢測方法進(jìn)行測定。
[0190]參考樣品可以是從基于個體尿中JCV DNA的存在(尿陽性)而已知感染了 JC病毒的個體分離的相同生物材料(例如，血漿、血清、尿或CSF)。參考樣品用于確立測定截切點，使得測定的假陰性率不超過1%_3%。
[0191]“在有效允許復(fù)合物形成的條件下”通常指其中已稀釋試劑以降低背景并提供處于指定范圍內(nèi)的結(jié)果讀出的條件。在非限制性實例中，稀釋劑可包括包含BSA的溶液、磷酸鹽緩沖鹽水(PBS)或含Tween的PBS。
[0192]“適合”條件還包括足以允許有效結(jié)合的溫度和/或一段時間的條件。孵育通常在約25°C至27°C的溫度下約一至兩小時或一至四小時，或可在約4°C下過夜。然而，本領(lǐng)域技術(shù)人員將理解其它條件可以是適合的。
[0193]通常，在測定的孵育之間進(jìn)行一次或多次洗滌。合適的洗滌溶液包括稀釋緩沖液(例如，PBS或PBS/Tween)或硼酸鹽緩沖液。
[0194]通常，使用本領(lǐng)域中公知的方法進(jìn)行與HPVLP結(jié)合的抗體的檢測。通常，此類方法基于標(biāo)記或標(biāo)志的檢測，諸如放射性、熒光、生物或酶標(biāo)簽。關(guān)于此類標(biāo)記的使用的美國專利包括，例如美國專利 N0.3，817，837 ;3，850，752 ;3，939，350 ;3，996，345 ;4，277，437 ；4，275，149和4，366，241。通常，使用標(biāo)記的二抗檢測抗JCV抗體結(jié)合。通常，二抗特異性地用于檢測人IgG。例如使用可見光譜分光光度計測量產(chǎn)生的色度來實現(xiàn)量化。
[0195]在一個實施方案中，在醫(yī)務(wù)室中，諸如由健康護(hù)理提供者，例如醫(yī)生、護(hù)士或在從患者獲得生物樣品的機(jī)構(gòu)工作的技術(shù)人員，進(jìn)行測定。在另一實施方案中，將從患者獲得的生物樣品轉(zhuǎn)移至另一機(jī)構(gòu)，例如進(jìn)行測定的第三方機(jī)構(gòu)。在后一種情況下，可以諸如通過以郵件或電子(例如通過傳真或電子郵件)或通過在線數(shù)據(jù)庫的提交形式將測定的結(jié)果回報給醫(yī)護(hù)人員。在一個實施方案中，可將測定(包括篩查測定和任選的確認(rèn)測定)的結(jié)果儲存在數(shù)據(jù)庫中并且可由健康護(hù)理提供者諸如通過萬維網(wǎng)訪問。
[0196]二次測試.在一些情況下，例如當(dāng)樣品中的抗JCV抗體水平落入指定“灰區(qū)”或“不確定區(qū)”時，例如當(dāng)確定有關(guān)抗JCV抗體的存在或不存在的確定性有限時(諸如，當(dāng)確定nOD值>0.2且〈0.4時)，采用樣品的二次測試(本文還被稱為“確認(rèn)測定”)。對于二次測試，使用兩等份生物樣品。在用于測定之前，通過在測定緩沖液存在下將樣品在溶液中預(yù)孵育一段時間(例如，在4°C下孵育30分鐘、一小時或更長，諸如在4°C過夜)來制備第一等份。在用于測定之前，通過HPVLP存在下，將樣品在溶液中預(yù)孵育一段時間(例如，30分鐘或一小時或更長)來制備第二等份。然后將兩等份用于本文描述的HPVLP測定中，并且給樣品分配抗JCV抗體陽性或抗體陰性。如果與HPVLP孵育的等份的測定結(jié)果指示〈45%抑制的值(SP，“截切點”)，則將樣品解釋為對JCV特異性抗體的存在呈陰性。如果測定結(jié)果指示> 45%抑制的值，則將樣品解釋為具有JCV特異性抗體并因此為抗體陽性。
[0197]利用二次測試的本發(fā)明特征的測定在本文還被稱為“兩步測試”或“兩步測定”。兩步測定的更早版本描述于共同擁有的國際申請N0.PCT/US2011/020832，其通過引用整體并入本文。
[0198]基于基底和溶液的方法。任何適合的固體基底均可用于HPVLP測定形式。在一些實施方案中，基底為微量滴定板(例如，96孔板)、載玻片、珠或柱?；卓蛇m于生色或化學(xué)發(fā)光檢測方法或者基于溶液的方法，諸如鄰近連接(proximal ligation)。
[0199]截切點。本發(fā)明提供了采用“截切點”降低假陰性和假陽性率的分析方法?；趯碜訦PVLP測定(例如，以檢測生物樣品中的JCV抗體)的例如雙份重復(fù)測試樣品和多次重復(fù)(例如，對照樣品的至少兩個、至少四個或至少八個重復(fù))之間平均得到的數(shù)據(jù)確立截切點。還可以使用大量非PML和PML樣品統(tǒng)計地確定截切點。
[0200]在根據(jù)本發(fā)明的測定的一種形式中，來自初始HPVLP篩查測定(例如ELISA測定)的結(jié)果將導(dǎo)致測試樣品被分類為具有或不具有JCV特異性抗體，或者，如果樣品不落入這兩種分類之一，則對樣品進(jìn)行補充確認(rèn)測定。例如，在本發(fā)明特征的HPVLP ELISA測定中產(chǎn)生低于確立水平(例如，n0D450<0.2)的結(jié)果的樣品將被分類為缺乏JCV特異性抗體，并且在ELISA中提供大于確立水平(例如，n0D45(l>0.4)的結(jié)果的樣品將被分類為對JCV特異性抗體呈陽性?？稍诖_認(rèn)測定中測試明顯不落入這些分類之一的樣品(例如，0.2<0D450<0.4)。
[0201]在一個實施方案中，確認(rèn)測定需要預(yù)孵育步驟，其中測試樣品與緩沖液(或其它適合溶液)對照或與HPVLP (在緩沖液或其它適合溶液中)預(yù)孵育以在HPVLP ELISA中分析之前預(yù)先吸附JCV特異性抗體，如以下進(jìn)一步詳細(xì)描述。在與HPVLP預(yù)孵育之后，如果初步測定中的反應(yīng)與緩沖液對照相比減少小于45%，則將樣品解釋為對JCV特異性抗體的存在呈陰性。如果與HPVLP預(yù)孵育之后在初步測定中的結(jié)果顯示與緩沖液對照相比反應(yīng)減少^ 45%，則將樣品解釋為含有JCV特異性抗體。在一些實施方案中，僅進(jìn)行確認(rèn)測定。
[0202]VP1。在JCV抗體的測定中使用HPVLP可提高測定的精確性并可用于適于分析和診斷目的的測定中?？墒褂帽绢I(lǐng)域已知的方法生成用于產(chǎn)生HPVLP的VP1并且VP1可以是天然存在的VP1或重組產(chǎn)生的VP1，例如來自JC病毒的VP1。通常，使用的VP1為來自JCV的MAD 1菌株的VP 1。在一些實施方案中，測定中使用的VP 1包括來自多于一個的JCV菌株，例如來自菌株1A、1B、2A、2B、3、4和7中的一個或多個的VP1。制備VP1，例如重組合成的VP1，之后，則通過標(biāo)準(zhǔn)生物化學(xué)方法進(jìn)一步純化用于本文描述的測定的VP1，所述標(biāo)準(zhǔn)生物化學(xué)方法包括密度梯度/超速離心方法，或一系列化學(xué)沉淀步驟、濃縮/滲濾和離子交換色譜。純化方法通常包括去除包括單體VP1多肽或五聚體VP1在內(nèi)的較小蛋白的步驟。這些較小粒子的去除可以，例如以一步或兩步(例如，去除VP1單體的第一過濾步驟，和隨后去除五聚體VP1粒子的第二過濾步驟)進(jìn)行。此類生物化學(xué)純化方法是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的。實施例1和7提供了 JCV VP1-VLP純化的兩種不同方法。
[0203]根據(jù)本發(fā)明一方面的HPVLP制品(HPVLP)不含顯著量的VP1單體(例如，已被純化去除單體)。根據(jù)本發(fā)明另一方面的HPVLP制品不含顯著量的形態(tài)尺寸與VP1五聚體相同或更小的VP1分子(包括單體)?？捎芍亟MVP1或天然存在的VP1 (例如，從病毒或病毒衣殼分離的)制備HPVLP。在一些實施方案中，額外的JCV組分，諸如來自JC病毒的次要外殼蛋白(例如VP2或VP3)的一種或兩種，包含在HPVLP粒子中或與基底結(jié)合。
[0204]在一些情況下，重組表達(dá)的VP1可以不裝配成類似于天然存在的病毒衣殼的五聚體或HPVLP，例如，重組表達(dá)的VP1可裝配成管狀或其它非球形幾何形狀。相應(yīng)地，本發(fā)明涉及產(chǎn)生幾何形狀大體呈球形的HPVLP的方法。本發(fā)明包括HPVLP制品，其中所述制品中的HPVLP 的至少約 10%、約 15%、約 20%、約 25%、約 50%、約 60%、約 65%、約 70%、約 80%、約 90%、約95%或約99%類似于天然存在的JCV衣殼(例如，呈二十面體或大體球形形態(tài))。在一些實施方案中，HPVLP制品在制品中含有至少10%、至少15%、至少20%、至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少90%、至少95%或至少99%的類似于天然JCV衣殼的HPVLP。此類方法可以包括在產(chǎn)生這種制品的條件下表達(dá)病毒蛋白和/或分離并純化如本文所述表達(dá)的病毒蛋白以制備這種制品。
[0205]制備HPVLP的方法。例如，可以通過用表達(dá)VP1基因(諸如來自JC病毒的VP1基因)的載體轉(zhuǎn)化桿狀病毒來制備HPVLP。用桿狀病毒感染細(xì)胞培養(yǎng)物，諸如昆蟲細(xì)胞培養(yǎng)物(例如，SF9細(xì)胞)或哺乳動物細(xì)胞培養(yǎng)物，并且細(xì)胞表達(dá)VP1蛋白。通過裂解細(xì)胞并通過一系列離心和超濾步驟純化粒子來分離HPVLP。通常，使用諸如蔗糖墊沉降、等密度超速離心和廣泛超濾(extensive ultrafiltration)或本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的其它方法進(jìn)行純化。在某些實施方案中，純化包括通過蔗糖墊離心粒子兩次。在一替代性純化方法中，裂解細(xì)胞并通過一系列沉淀和濃縮/滲濾步驟以及最后的離子交換步驟來分離粒子。在又一替代方法中，通過色譜方法且沒有離心步驟來純化HPVLP。
[0206]可使用本領(lǐng)域中已知的任何適合技術(shù)，例如分析超速離心、電子顯微鏡檢查、PAGE分析、質(zhì)譜分析法、蛋白質(zhì)濃縮或采用對照血清的ELISA中的活性測定來評估純度。不夠純的VLP導(dǎo)致產(chǎn)生假高JCV抗體水平或計算暴露率的高背景。
[0207]在一些實施方案中，HPVLP含有作為唯一 JC病毒蛋白的VP1。
[0208]在一些實施方案中，HPVLP為異源粒子，并且因此包括VP1蛋白和JC病毒的次要外殼蛋白例如VP2或VP3的至少一種。在另一個實施方案中，HPVLP包括VP1、VP2和VP3蛋白。可使用本領(lǐng)域中已知的方法，例如通過諸如在相同或不同啟動子的控制下用包含VP1和VP2基因的核酸轉(zhuǎn)化桿狀病毒來產(chǎn)生包括VP1和VP2的HPVLP。用桿狀病毒感染細(xì)胞培養(yǎng)物，并且細(xì)胞表達(dá)VP1和VP2，并且形成包括兩種類型蛋白質(zhì)的HPVLP。在一個實施方案中，VP1和VP2基因在不同的DNA分子上，所述DNA分子被轉(zhuǎn)化入不同桿狀病毒中并且桿狀病毒用于轉(zhuǎn)染相同培養(yǎng)物中的細(xì)胞。所述細(xì)胞表達(dá)VP1和VP2蛋白，并且形成包括兩種類型蛋白的HPVLP。在一些情況下，異源HPVLP將包括例如對于每5個VP1多肽的一個或兩個VP2多肽。通常，HPVLP將含有比VP2多肽更多的VP1多肽，與在天然存在的JC病毒中一樣。
[0209]例如，可分別用包括VP 1和VP3基因或VP 1和VP2基因的核酸，在相同或不同啟動子控制下轉(zhuǎn)化桿狀病毒，來產(chǎn)生包括VP1和VP3或VP1和VP2分子的HPVLP。用桿狀病毒感染細(xì)胞培養(yǎng)物，并且所述細(xì)胞表達(dá)VP1和VP3或VP1和VP2，并且形成包括兩種類型蛋白質(zhì)的HPVLP。在一些實施方案中，VP1和VP3或VP1和VP2基因在不同的DNA分子上，并且將所述DNA分子轉(zhuǎn)化入不同桿狀病毒中，并且用桿狀病毒轉(zhuǎn)染相同培養(yǎng)物中的細(xì)胞。細(xì)胞分別表達(dá)VP1和VP3蛋白或VP1和VP2基因并且形成包括兩種類型蛋白質(zhì)的HPVLP?？墒褂帽绢I(lǐng)域中已知的方法，諸如用于分離JCV衣殼的方法，從此類制品分離HPVLP粒子。
[0210]通常，異源HPVLP中的VP1五聚體將包括例如五個VP1多肽和一個VP3多肽和/或一個VP2多肽，這取決于VP3基因或VP2基因是否用于制備構(gòu)建體。通常，HPVLP中將存在比VP3或VP2多肽更多的VP1多肽。在一些實施方案中，VP2或VP3來自非JC病毒的多瘤病毒，例如BK病毒多肽。[0211 ] 可通過諸如在相同或不同啟動子控制下用包括VP 1、VP2和VP3基因的核酸(例如，環(huán)狀DNA，例如〈5.5kb)轉(zhuǎn)化桿狀病毒，來產(chǎn)生包括全部3種VP1、VP2和VP3分子的HPVLP。用桿狀病毒感染細(xì)胞培養(yǎng)物，諸如哺乳動物細(xì)胞培養(yǎng)物，并且細(xì)胞表達(dá)VP1、VP2和VP3蛋白質(zhì)。從而形成包括全部三種類型蛋白質(zhì)的HPVLP。在一個實施方案中，VP1和VP2或VP3基因中的任一種或兩種在不同的DNA分子上，所述DNA分子被轉(zhuǎn)化入相同或不同的桿狀病毒中，并用桿狀病毒感染相同或單獨培養(yǎng)物中的細(xì)胞。細(xì)胞表達(dá)VP1、VP2和VP3蛋白質(zhì)，并且形成包括兩種類型蛋白質(zhì)的HPVLP。異源HPVLP可包括例如五個VP1多肽以及VP2和VP3多肽中的每一個，但在制品內(nèi)比例可變化。通常，HPVLP中將存在比VP2和VP3多肽更多的VP1多肽。
[0212]在一些實施方案中，HPVLP比VP1五聚體的尺寸更大。所謂尺寸更大是指HPVLP粒子中所含的蛋白質(zhì)質(zhì)量比僅含VP1的五聚體大。
[0213]在其它實施方案中，制備HPVLP溶液的方法可包括從溶液中去除與VP1五聚體尺寸相同或更小的粒子(例如，VP1單體或含有小VP1的粒子)?？墒褂弥T如離心和尺寸排阻色譜的方法進(jìn)行該純化步驟。在一些實施方案中，本領(lǐng)域中已知的其它方法，例如離子交換色譜可用于制備比VP1五聚體更大的HPVLP。通常，與非HLVLP粒子相比，適用于測定的HPVLP制品將含有至少20%HPVLP、至少25%HPVLP、至少40%HPVLP、至少60%HPVLP、至少65%HPVLP、至少 70%HPVLP、至少 80%HPVLP、至少 85%HPVLP、至少 90%HPVLP、至少 95%HPVLP 或至少99%HPVLP (例如，按與VP1單體和含有少于5個VP1分子的聚集體相比的五聚體的百分比計)。
[0214]評價樣品和/或受試者的方法。如本文使用的，評價或分析受試者或來自受試者的生物樣品的方法包括以下的一種或多種:進(jìn)行樣品分析，請求樣品分析，請求樣品分析結(jié)果，或者接收樣品分析結(jié)果。(通常在本文，確定(或確定)、分析或評價(或評價)可以包括進(jìn)行基礎(chǔ)方法或者從已進(jìn)行所述基礎(chǔ)方法的另一受試者接收數(shù)據(jù)的之一或兩者。)
[0215]分析或評價要求材料，例如生物材料或測定組分，的轉(zhuǎn)化。例如，可以評價生物樣品中抗JCV抗體的存在、抗JCV抗體滴度和JCV抗體百分比抑制?？梢栽诨颊哒邮苤T如針對MS的治療之前或之后或同時進(jìn)行評價。評價至少部分基于對受試者樣品，例如血液、血漿、血清、尿或CSF樣品的分析?？梢酝ㄟ^與特異性結(jié)合劑，例如JCV蛋白(諸如VP1)接觸，來確定抗JCV抗體的存在。結(jié)合劑可以是JCV蛋白，例如粒子形式的VP1，例如HPVLP。
[0216]在一個實施方案中，檢測抗JCV抗體存在的測定是諸如本文描述的兩步測定。測定在適合結(jié)合抗JCV抗體的條件下利用HPVLP。測定能夠檢測抗JCV抗體的任何同種型(包括IgG、IgM、IgA和IgE)。測定還是高度靈敏的，并且可以檢測例如2.0 μ g/mL或更小，例如 1.5 μ g/mL 或更小、1.25 μ g/mL 或更小、1.0 μ g/mL 或更小、0.5 μ g/mL 或更小、50ng/mL或更小、10ng/mL或更小、5ng/mL或更小、1.7ng/mL或更小、或Ing/mL或更小濃度的抗JCV抗體。
[0217]在一個實施方案中，分析樣品中存在的JCV核酸的水平。例如，可以從樣品分離核酸并用于PCR擴(kuò)增或Next-Generation (Nex_Gen)測序技術(shù)。在一個實施方案中，使生物樣品的粗裂解物進(jìn)行擴(kuò)增方法，諸如PCR，并且通過電泳、限制片段作圖、雜交或測序的一種或多種來分析擴(kuò)增產(chǎn)物，以鑒定JCV DNA或RNA是否存在于樣品中以及有多少存在于樣品中。[0218]可以從患者取生物樣品并分析。
[0219]在一些實施方案中，可以在測試JCV，例如JCV抗體或JCV核酸之前儲存患者樣品，例如血清或血楽:或全血樣品或CSF。患者樣品，例如含有JCV抗體或JCV核酸的患者樣品可以被儲存1-21天，例如1-14天或1-7天或更長(例如，一天、兩天、三天、五天、七天、十天、十四天、二十一天或更長)；一至六周，例如一至三周或一至兩周或更長(例如，達(dá)一周、達(dá)兩周、達(dá)三周、達(dá)六周或更長)；一至六個月，例如一至三個月或一至兩個月或更長(例如，達(dá)一個月，達(dá)兩個月，達(dá)三個月，達(dá)六個月或更長)?？梢岳缋鋬?例如，在_80°C至-20°C )、在2-81:、在室溫(181: _25°C)或更高溫度(例如37°C )下儲存樣品。
[0220]如本文使用的，術(shù)語“獲得”或“獲得”指通過“直接獲得”或“間接獲得”物質(zhì)實體或值，例如患者狀況(諸如在先暴露于抗VLA-4療法或其它免疫抑制劑)或JCV狀況，來獲得物質(zhì)實體或值(例如數(shù)值)的擁有?！爸苯荧@得”指進(jìn)行一種過程(例如，進(jìn)行合成或分析方法)以獲得物質(zhì)實體或值?！伴g接獲得”指從另一方或來源(例如，直接獲取了物質(zhì)實體或值的第三方實驗室)接收物質(zhì)實體或值。直接獲得物質(zhì)實體包括進(jìn)行一種過程，所述過程包括物理物質(zhì)(例如起始材料)的物理變化。示例性變化包括從兩種或多種起始材料制備物質(zhì)實體、剪切或片段化物質(zhì)、分離或純化物質(zhì)、將兩種或多種單獨實體組合成混合物，進(jìn)行包括斷裂或形成共價鍵或非共價鍵的化學(xué)反應(yīng)。直接獲得值包括進(jìn)行包括樣品或另一物質(zhì)物理變化的過程(例如進(jìn)行包括物質(zhì)例如樣品、分析物或試劑的物理變化的分析過程(在本文有時被稱為“物理分析”))、進(jìn)行分析方法例如包括以下一種或多種的方法:分離或純化物質(zhì)(例如來自另一物質(zhì)的分析物或其片段或其它衍生物)；將分析物或其片段或其它衍生物與另一物質(zhì)例如緩沖液、溶劑或反應(yīng)物組合；或者例如通過斷裂或形成分析物的第一和第二原子之間的共價鍵或非共價鍵來改變分析物或其片段或其它衍生物的結(jié)構(gòu)；或者例如通過斷裂或形成試劑的第一和第二原子之間的共價鍵或非共價鍵來改變試劑或其片段或其它衍生物的結(jié)構(gòu)。
[0221]確定患者狀況(例如，JCV狀況)或活性水平和確定所述狀況與參考標(biāo)準(zhǔn)之間是否具有預(yù)選關(guān)系的至少一個或兩者包括以下的一個或多個:分析樣品、請求樣品分析、請求樣品分析結(jié)果或者接收樣品分析結(jié)果。(通常，分析可以包括以下之一或兩者:進(jìn)行基礎(chǔ)方法(例如，免疫測定)或者從已進(jìn)行所述基礎(chǔ)方法的另一受試者接收數(shù)據(jù)。)
[0222]抗VLA-4療法。抗VLA-4療法是阻斷VLA-4活性的分子，例如小分子化合物或生物蛋白質(zhì)(例如，抗體或其片段，諸如其抗原結(jié)合片段)。為抗VLA-4療法的分子是VLA-4拮抗齊IJ。VLA-4拮抗劑包括抑制VLA-4整聯(lián)蛋白結(jié)合配體和/或受體的任何化合物?？筕LA-4療法可以是抗體(例如,那他珠單抗(TYSABRi? ))或其片段或可溶形式的配體。α 4整聯(lián)蛋白的可溶形式的配體蛋白包括可溶的VCAM-1或纖連蛋白肽、VCAM-1融合蛋白或雙官能的VCAM-1/Ig融合蛋白。例如，可以施用可溶形式的VLA-4配體或其片段以結(jié)合VLA-4，并且在一些情況下競爭細(xì)胞上的VLA-4結(jié)合位點，從而導(dǎo)致與施用拮抗劑諸如抗VLA-4抗體類似的效應(yīng)。例如，結(jié)合VLA-4配體但不引發(fā)整聯(lián)蛋白依賴性信號傳導(dǎo)的可溶性VLA-4整聯(lián)蛋白突變體適用于本文描述的方法。此類突變體可用作野生型整聯(lián)蛋白的競爭性抑制劑并且被認(rèn)為是“拮抗劑”。其它適合的拮抗劑是“小分子”。
[0223]“小分子”是通過例如結(jié)合VLA-4并阻斷與VLA-4配體(例如，VCAM-1或纖連蛋白)相互作用或者通過結(jié)合VLA-4配體并防止配體與VLA-4相互作用來模擬肽的行為以破壞VLA-4/配體相互作用的劑。一個示例性小分子是模擬VLA-4配體(例如，纖連蛋白或VCAM-1)的結(jié)合結(jié)構(gòu)域并結(jié)合VLA-4的配體結(jié)合結(jié)構(gòu)域的寡糖。(參見，Devlin等人，Science249:400-406 (1990) ;Scott 和 Smith，Science249:386-390 (1990);和美國專利N0.4, 833, 092 (Geysen),全部通過引用并入本文。)
[0224]“小分子”可以是化學(xué)化合物，例如有機(jī)化合物或小肽，或較大的含肽有機(jī)化合物或非肽有機(jī)化合物?！靶》肿印辈灰鈭D涵蓋抗體或抗體片段。盡管小分子的分子量一般低于2000道爾頓，但該數(shù)字不意圖作為分子量的絕對上限。
[0225]組 合療法或抗VLA-4療法的替代療法。在一些實施方案中，與第二劑一起施用抗VLA-4療法，例如那他珠單抗，或者可以施用替代療法來代替抗VLA-4療法，諸如當(dāng)確定患者處于較高的PML風(fēng)險時。
[0226]與抗VLA-4療法組合治療多發(fā)性硬化的第二劑或者用于代替抗VLA-4療法的替代劑的非限制性實例包括:富馬酸鹽，諸如富馬酸二甲酯；1-磷酸鞘氨醇(S1P)-拮抗劑，諸如S1B-阻斷抗體Sphingomab ;干擾素，諸如人干擾素β -la (例如，AVONEX?
或Rebi爾))和干擾素β-lb (在位置17取代的BETASERON?人干擾素β ;Berlex/Chiron);醋酸格拉替雷(還稱為共聚物 1, Cop-1 ； COPAXONE? Teva PharmaceuticalIndustries, Inc.);抗體或其片段(例如其抗原結(jié)合片段)，例如抗⑶20抗體，例如Rituxan? (利妥昔單抗)，或與利妥昔單抗競爭或結(jié)合重疊表位的抗體或其片段；米托蒽醌(NOVANTRONE?，Lederle);化療劑，諸如克拉屈濱(LEUSTATIN? )、硫唑嘌呤(IMURAN? )、環(huán)磷酰胺(CYTOXAN? )、環(huán)孢菌素-A、氨甲喋呤、4-氨基吡啶和替扎尼定；皮質(zhì)類固醇，諸如甲潑尼龍(MEDRONF』:，Pfizer)或潑尼松；CTLA4Ig ;阿侖珠單抗
(MabCAMPATHCg))或達(dá)利珠單抗(結(jié)合CD25的抗體)；抑制素；和TNF拮抗劑。
[0227]醋酸格拉替雷是由隨機(jī)的氨基酸(谷氨酸、賴氨酸、丙氨酸和酪氨酸(因此GLATiramer))鏈形成的蛋白質(zhì)。可以使用N-羧基氨基酸酐以大約5份丙氨酸對3份賴氨酸、1.5份谷氨酸和1份酪氨酸的比例由這些氨基酸在溶液中合成醋酸格拉替雷。
[0228]額外的第二劑或用于代替抗VLA-4療法的劑包括其它人類細(xì)胞因子或生長因子例如 TNF.LT, IL-1、IL-2、IL-6、IL-7、IL-8、IL-12、IL-15、IL-16、IL_18、EMAP-11、GM_CSF、FGF和TOGF的抗體或拮抗劑。而其它示例性第二劑包括細(xì)胞表面分子諸如⑶2、⑶3、⑶4、CD8、CD25、CD28、CD30、CD40、CD45、CD69、CD80、CD86、CD90 或其配體的抗體。例如，達(dá)利珠單抗是可以緩解多發(fā)性硬化的抗CD25抗體。
[0229]另外其它示例性抗體包括提供本文描述的劑的活性的抗體，諸如接合干擾素受體例如干擾素β受體的抗體。通常，在其中第二劑包括抗體的實施方式中，它結(jié)合不同于VLA-4或不同于α4整聯(lián)蛋白的靶蛋白，或者至少結(jié)合VLA-4上的表位(所述表位不同于那他珠單抗識別的表位)。
[0230]另外其它示例性第二劑包括:FK506、雷帕霉素、嗎替麥考酚酯、來氟米特、非甾體抗炎藥(NSAID)例如磷酸二酯酶抑制劑、腺苷激動劑、抗血栓藥、補體抑制劑、腎上腺素能劑、干擾通過本文描述的促炎性細(xì)胞因子的信號傳導(dǎo)的劑、IL-Ιβ轉(zhuǎn)化酶抑制劑(例如，Vx740)、抗-P7s、PSGL、TACE抑制劑、T細(xì)胞信號傳導(dǎo)抑制劑諸如激酶抑制劑、金屬蛋白酶抑制劑、柳氮磺吡啶、硫唑嘌呤、6-巰基嘌呤、血管緊張素轉(zhuǎn)化酶抑制劑、如本文所述的可溶性細(xì)胞因子受體及其衍生物、抗炎性細(xì)胞因子(例如IL-4、IL-10、IL-13和TGF)。
[0231]在一些實施方案中，可使用第二劑治療MS的一種或多種癥狀或副作用。此類劑包括例如金剛胺、巴氯芬、罌粟堿、美其敏、羥嗪、新諾明、環(huán)丙沙星、多庫酯、匹莫林、硝苯呋海因、去氨加壓素、地塞米松、托特羅定、苯妥英、奧昔布寧、比沙可啶、文拉法辛、阿米替林、六亞甲基四胺、氯硝西泮、異煙肼、伐地那非、呋喃妥因、歐車前親水膠、前列地爾、加巴噴丁、去甲替林、帕羅西汀、溴丙胺太林、莫達(dá)非尼、氟西汀、非那吡啶、甲潑尼龍、卡馬西平、丙咪嗪、地西泮、西地那非、安非他酮和舍曲林。許多小分子第二劑具有150至5000道爾頓的分子量。
[0232]TNF拮抗劑的實例包括嵌合、人源化、人或體外產(chǎn)生的針對TNF (例如，人TNF α )的抗體(或其抗原結(jié)合片段)，諸如D2E7 (人TNFa抗體，美國專利N0.6，258，562 ;BASF)、CDP-571/CDP-870/BAY-10-3356 (人源化抗 TNF a 抗體；Celltech/Pharmacia)、cA2 (嵌合抗 TNF α 抗體；REMICADE?，Centocor);抗 TNF 抗體片段(例如，CPD870) ；TNF 受體例如 p55或p75人TNF受體或其衍生物的可溶性片段，例如75kd TNFR-1gG (75kD TNF受體-1gG融合蛋白，ENBREL? ；Immunex ;參見例如，Arthritis&Rheumatism37:S295,1994 ；J.1nvest.Med.44:235A, 1996)、p55kd TNFR-1gG (55kD TNF 受體-1gG 融合蛋白(LENERCEPT?));酶拮抗劑，例如，TNFa轉(zhuǎn)化酶(TACE)抑制劑(例如，a -磺?；惲u肟酸衍生物，W001/55112，和N-羥基甲酰胺TACE抑制劑GW3333、-005或-022);和TNF_bp/s_TNFR (可溶性TNF結(jié)合蛋白；參見例如，Ar thr i t i s&Rheumat i sm39:S284,1996 ；Amer.J.Physiol.-Heart andCirculatory Physiology268:37-42,1995)。
[0233]在一個實施方式中，提供作為共同制劑的抗VLA-4療法和第二劑，并將該共同制劑施用給受試者。還可能的是，例如，在施用共同制劑之前或之后的至少24小時，單獨施用一劑量的抗VLA-4療法制劑并然后施用一劑量的含有第二劑的制劑。在另一實施方式中，提供作為分開制劑的抗VLA-4療法和第二劑，并且施用步驟包括順序施用抗VLA-4療法和第二劑。可以在同一天(例如，間隔一小時內(nèi)或者間隔至少3、6或12個小時)或者在不同天提供順序施用。
[0234]抗VLA-4療法和第二劑各自可以作為多個時間上分開的劑量來施用。通常根據(jù)方案各自施用抗VLA-4療法和第二劑。一者或兩者的方案可以具有規(guī)律周期。抗VLA-4療法的方案可以具有不同于第二劑的方案的周期，例如，一者可以比另一者更頻繁地被施用。在一個實施方式中，抗VLA-4療法和第二劑中的一者每周被施用一次，而另一者每月被施用一次。在另一個實施方式中，抗VLA-4療法和第二劑中的一者例如經(jīng)超過30分鐘但小于1、
2、4或12小時的時段被連續(xù)施用，而另一個作為大藥丸被施用?？梢酝ㄟ^任何適當(dāng)方法，例如皮下、肌肉內(nèi)或靜脈內(nèi)施用抗VLA-4療法和第二劑。
[0235]在一些實施方案中，抗VLA-4療法和第二劑的每一個以與各自單獨療法所規(guī)定的相同劑量被施用。在其它實施方案中，抗VLA-4療法以等于或小于單獨施用時效力所需量的劑量被施用。同樣，第二劑以等于或小于單獨施用時效力所需量的劑量被施用。
[0236]試劑盒?？梢砸栽噭┖械男问教峁┯糜谶M(jìn)行抗JCV抗體測定的試劑。除了患者樣品，測定所需的一些或全部材料可以被提供于試劑盒中。例如，試劑盒可以包括基底，諸如用JCV抗原基底(例如HPVLP)涂覆其孔的板。板可以是例如6孔板、12孔板、24孔板、48孔板、96孔板或384孔板。試劑盒中提供的板可以用諸如0.4 μ g/mL的JCV VLP抗原預(yù)涂覆。在一個實施方案中，試劑盒包括與高通量系統(tǒng)一起使用的材料和試劑，諸如與bioMerieux系統(tǒng)一起使用的 SPR (Solid Phase Receptacle)頭。
[0237]試劑盒還可以包括JCV抗原，例如凍干或溶液中的HPVLP，諸如與測定的確認(rèn)步驟一起使用。在一個實施方案中，試劑盒包括JCV界限校準(zhǔn)物、抗JCV抗體陽性對照和JCV陰性對照，其是血清樣品，諸如人血清。含有JCV抗原和血清的溶液可以包括防腐劑，諸如疊氮化鈉，例如0.05%,0.1%、1.5%和2%疊氮化鈉。在一個實施方案中，本發(fā)明特征的試劑盒可以包括用于檢測含有結(jié)合于抗原(諸如HPVLP)的抗JCV抗體的復(fù)合物的一種或多種試齊U。用于檢測所述復(fù)合物的試劑包括例如JCV綴合物、酪蛋白樣品、可檢測試劑，諸如TMB(四甲基聯(lián)苯胺)、洗滌緩沖液和終止試劑。
[0238]JCV基底可以是例如抗人抗體，諸如酶綴合的抗人抗體。在一個實施方案中，JCV綴合物是親和力純化的并且過氧化物酶綴合的驢抗人抗體。在另一實施方案中，酪蛋白溶液含有在緩沖液(例如，磷酸鹽緩沖鹽水(PBS))中的酪蛋白、表面活性劑和非疊氮化物防腐齊U。在另一實施方案中，TMB基底溶液包括在緩沖液中的TMB和過氧化氫。在另一實施方案中，試劑盒包括洗滌緩沖液，并且洗滌緩沖液可以含有例如在具有非疊氮化物防腐劑的PBS中的表面活性劑。終止試劑可以是例如酸，諸如硫酸(例如，1M硫酸)。
[0239]試劑盒中提供的溶液可以以使得在使用前需要稀釋的濃縮水平提供。諸如在兩步測定的確認(rèn)步驟中，在結(jié)合生物樣品中抗JCV抗體的溶液中使用的HPVLP可以以2mg/mL、
1.5mg/mL、lmg/mL、0.5mg/mL 的濃度提供，以例如 10 μ g/mL、5 μ g/mL、1 μ g/mL、0.8 μ g/mL、0.4μ g/mL、0.2μ g/mL使用。例如，可以10x濃度提供洗漆緩沖液。可以以例如lmg/mL、0.8mg/mL或0.6mg/mL提供JCV基底(諸如親和純化且過氧化物酶綴合的驢抗人抗體)，在用于抗JCV抗體檢測測定之前通過例如1:40，000、1:30, 000、1:20, 000或1:20，000稀釋。
[0240]試劑盒還可以包括用于密封反應(yīng)混合物的材料，諸如密封帶。
[0241]結(jié)果報告。風(fēng)險評估分析結(jié)果可以報告給諸如治療中心或健康護(hù)理提供者或者保險提供者。在一個實施方案中，風(fēng)險評估結(jié)果儲存在數(shù)據(jù)庫中。
[0242]在一個實施方案中，提供了用于進(jìn)行和解釋風(fēng)險評估的信息材料。信息材料可以提供關(guān)于向哪里報告評估結(jié)果的指南，諸如向治療中心或健康護(hù)理提供者或數(shù)據(jù)庫提供者。信息材料可被提供于試劑盒或包裝中，并且可以包括報告評估結(jié)果的表格，包括評估的每個方面(有關(guān)用抗VLA-4療法的在先治療、用免疫抑制劑的在先治療和JCV狀況的信息)，以及有關(guān)將此類表格或其它相關(guān)信息送到哪里的地址和聯(lián)系信息；或用于在線數(shù)據(jù)庫或在線應(yīng)用(例如，“app”)中報告結(jié)果的URL (Uniform Resource Locator)地址。在另一實施方案中，信息材料可以包括關(guān)于患者是否應(yīng)該接受抗VLA-4療法治療的指南，這依賴于根據(jù)風(fēng)險評估結(jié)果的患者的PML風(fēng)險。
[0243]試劑盒或包裝還可以包括用于收集患者樣品或運輸患者樣品至健康護(hù)理提供者、或用于從健康護(hù)理提供者接收樣品、或用于進(jìn)行本文描述的評價方法的說明書和產(chǎn)品。例如，除了說明信息，本發(fā)明特征的試劑盒或包裝可以包括棉簽或刮刀或用于收集和儲存和運輸生物樣品的容器(例如，杯、測試管、安瓿或袋)的一種或多種。試劑盒或包裝還可以含有用于進(jìn)行分別用于檢測JCV抗體或核酸的免疫測定或測序測定的供給。
[0244]試劑盒可包括用于測定例如JCV檢測測定所需試劑的一個或多個容器。試劑可以以適合用于測定的濃度提供或者與用于測定的稀釋說明書一起提供。在一些實施方案中，試劑盒含有測定組分的分立的容器、分隔器或隔室以及信息材料。例如，測定組分可被容納在瓶或管形瓶中，并且信息材料可被容納在塑料套或包裝中。在其它實施方案中，試劑盒的分立元件被容納在單個未分隔的容器中。例如，測定試劑被容納在信息材料已以標(biāo)簽形式附于其上的瓶或管形瓶中。在一些實施方案中，試劑盒包括多個(例如一包)單獨容器，每個容器容納一個或多個單位形式(例如，與一種測定一起使用)的測定組分。例如，試劑盒包括多個安瓿、箔材包裝或泡罩包裝，每個容納用于篩選或確認(rèn)測定的單個單位的測定試劑。試劑盒的容器可為氣密的和/或防水的。可標(biāo)記容器以便使用。
[0245]試劑盒或包裝的信息材料的形式不受限制。在許多情況下，以印刷品形式，例如印刷文本、圖和/或照片(例如，標(biāo)記或印張)提供信息材料，例如說明書。然而，也可以其它形式，諸如計算機(jī)可讀材料、錄像或錄音形式提供信息材料。在另一實施方案中，試劑盒的信息材料為聯(lián)系信息，例如物理地址、電子郵件地址、網(wǎng)站或電話號碼，其中試劑盒或包裝的用戶可獲得關(guān)于以下的實質(zhì)性信息:如何找到風(fēng)險評估分析所需的信息，例如在哪里和如何鑒定給受試者施用的在先治療，以及如何進(jìn)行測定以確定患者的JCV狀況。也可以任何形式的組合提供信息材料。
[0246]在一些實施方案中，將生物樣品提供給測定提供者，例如服務(wù)提供者(例如，第三方機(jī)構(gòu))或健康護(hù)理提供者，所述測定提供者評價測定中的樣品并提供讀數(shù)。例如，在一個實施方案中，測定提供者接收來自受試者的生物樣品，諸如血漿、血液或血清樣品，并且使用本文描述的測定來評價樣品，并確定樣品含有JCV抗體或核酸。在一些實施方案中，測定提供者，例如服務(wù)提供者或者健康護(hù)理提供者，可以例如通過聯(lián)系健康護(hù)理提供者或數(shù)據(jù)庫服務(wù)提供者來進(jìn)一步確定患者已經(jīng)接受的在先抗VLA-4療法的量，或者患者之前是否已接受免疫調(diào)節(jié)劑治療。測定提供者可以進(jìn)一步確定受試者不是接受用抗VLA-4療法諸如那他珠單抗治療的候選者，或者受試者是接受免疫調(diào)節(jié)劑治療的候選者，或者受試者可以是應(yīng)該接受比被確定具有陰性JCV狀況的受試者(例如，對JCV核酸或抗JCV抗體測試陰性的受試者)加強監(jiān)測的候選者。例如，已接受用抗VLA-4療法的在先治療24個月或更短并且之前未接受用免疫抑制劑的在先治療但是被確定為JCV陽性的候選者可以被選擇作為接受進(jìn)一步抗VLA-4療法的候選者，但是建議更頻繁地監(jiān)測患者不良癥狀的發(fā)展，所述不良癥狀是諸如可以指示PML發(fā)展的癥狀。
[0247]在一個實施方案中，測定提供者進(jìn)行如本文描述的PML風(fēng)險的評估，并且確定受試者是接受用抗VLA-4療法諸如那他珠單抗的在先治療的候選者。在一個實施方案中，測定提供者通知健康護(hù)理提供者受試者是用抗VLA-4療法治療的候選者，并且給候選者施用抗VLA-4療法。例如，測定提供者可以確定患者處于較低的PML風(fēng)險，并且隨后通知健康護(hù)理提供者該較低風(fēng)險的確定以及受試者是用抗VLA-4療法治療的候選者。
[0248]在另一實例中，測定提供者確定患者處于較聞的PML風(fēng)險,并且隨后通知健康護(hù)理提供者該較高風(fēng)險的確定以及如下建議:患者是用抗VLA-4療法治療的候選者,但是患者應(yīng)該經(jīng)歷增加的對PML和任選JCV狀況的測試。在一個實施方案中，測定提供者通知健康護(hù)理提供者患者處于較高的PML風(fēng)險，并且因此患者應(yīng)該接受抗VLA-4療法的替代療法，或者患者是接受抗VLA-4療法的候選者并且增加對PML和任選JCV狀況的測試。
[0249]測定提供者可以以任何適當(dāng)形式，諸如通過郵件或電子或通過在線數(shù)據(jù)庫，向例如健康護(hù)理提供者或患者或保險公司提供風(fēng)險評估結(jié)果以及任選地提供有關(guān)診斷、預(yù)后或適當(dāng)療法選項的一者或多者的結(jié)論。由測定提供者收集并提供的信息可以儲存于數(shù)據(jù)庫中。
[0250]在一個實施方案中，健康護(hù)理提供者或保險提供者或另一實體向例如患者或第二健康護(hù)理提供者建議患者經(jīng)歷如本文描述的PML風(fēng)險評估。
[0251 ] PML風(fēng)險分類工具用作接受或考慮接受VLA4抑制劑或已知增加發(fā)展PML風(fēng)險的其它治療劑的患者做出個體益處-風(fēng)險治療決定的一個組成部分?；颊逷ML風(fēng)險的定量可以被用于例如益處-風(fēng)險分析。
[0252]標(biāo)題，例如(a)、(b)、(i)等僅為了容易閱讀說明書和權(quán)利要求書而提供。說明書或權(quán)利要求書中標(biāo)題的使用不要求步驟或要素以字母或數(shù)字順序或者它們出現(xiàn)的順序進(jìn)行。
[0253]本發(fā)明還通過以下實施例進(jìn)一步說明，以下實施例不應(yīng)被解釋為進(jìn)一步限制性的。
實施例
[0254]實施例1.使用兩個確立的風(fēng)險因素和如通過獨特的兩步基于VP1VLP的ELISA確定的抗JCV抗體狀況首次定暈MS患者中的PML風(fēng)險
[0255]方法
[0256]患者、樣品和數(shù)據(jù)收集
[0257]由于PML不常發(fā)生，從幾個來源收集有關(guān)那他珠單抗治療的PML患者的數(shù)據(jù)，所述來源包括來自Biogen Idee全球那他珠單抗安全性數(shù)據(jù)庫的上市后數(shù)據(jù)和截止2011年3月4日的臨床數(shù)據(jù)。暴露于那他珠單抗的全部患者的在先免疫抑制劑使用數(shù)據(jù)不都是可獲取的;因此,使用TYSABRI?全球安全性觀察計劃(TYGRIS ；NCT00477113，NCT00483847 )中有和沒有在先免疫抑制劑使用的患者的比例作為總體那他珠單抗治療群體的估計。TYGRIS是被設(shè)計以獲得那他珠單抗治療的MS患者在臨床實踐環(huán)境中的長期安全性數(shù)據(jù)的觀察性隊列研究。一般MS群體中抗JCV抗體患病率的評估是基于從四個來源的患者收集的單基線血漿或血清樣品，所述來源包括正在進(jìn)行或完成的那他珠單抗臨床研究(AFFIRM(Polman等人，Ν.Engl.J.Med.354:899-910,2006 ；STRATIFY-1 (NCTO1070823),TYGRIS-US 和瑞典的獨立MS登記處(可獲自因特網(wǎng)msreg.net/cms/sv/home, 2011年2月3日訪問))。發(fā)展了大規(guī)模收集在PML診斷之前獲得的血清和血漿樣品的臨床計劃，包括臨床試驗和上市后病例。
[0258]那他珠單抗治療持續(xù)時間作為PML風(fēng)險因素的鑒定
[0259]基于直至2011年2月28日的那他珠單抗上市后暴露和截止2011年5月確認(rèn)的PML病例的數(shù)目來計算那他珠單抗市場再引入后的PML發(fā)病率的估計值。使用在該時間段發(fā)展PML的患者數(shù)目除以曾經(jīng)暴露于那他珠單抗該時間量的患者數(shù)目，計算每個時間段(累積持續(xù)時間或12個月治療間隔)的PML發(fā)病率。
[0260]在先免疫抑制劑使用作為PML風(fēng)險因素的鑒定
[0261]在上市后環(huán)境和臨床試驗中發(fā)展PML的那他珠單抗治療的MS患者的免疫抑制劑治療歷史獲自截止2010年11月2日的Biogen Idee全球那他珠單抗安全性數(shù)據(jù)庫，并且與獲自TYGRIS的數(shù)據(jù)比較。選擇在先免疫抑制劑使用歷史的該截止日期(相對于所有其它數(shù)據(jù)的2011年3月4日)是因為預(yù)期將這一日期作為風(fēng)險因素包括在標(biāo)記中(在歐洲是2010 年 12 月)(包裝插頁.TYSABRri<:(那他珠單抗).Biogen Idee.Weston，MA，2010 年
7 月;產(chǎn)品特征概況.TYSABRI? (那他珠單抗).Biogen Idee.Weston,MA, 2010 ^ 12 月
13日)將是混淆因素。
[0262]抗JCV抗體狀況作為PML風(fēng)險因素的鑒定
[0263]使用之前描述的獨特的兩步基于VP1VLP的ELISA確定一般MS群體中抗JCV抗體的總患病率(Gorelik等人，Ann.Neurology, 2010)。在可以在診斷之前獲得PML前血清或血漿樣品的情況下，使用該測定確定具有PML的MS患者中抗JCV抗體的患病率并將所述患病率與一般MS群體中的總患病率比較。
[0264]通過抗JCV抗體血清狀況估計PML發(fā)病率
[0265]使用以下來估計抗JCV抗體陽性和陰性患者中PML的發(fā)病率:PML的總體全球發(fā)病率，和25-48次輸注后(其后的PML發(fā)病率增加在該分析中是最顯著的時間點)的發(fā)病率，一般MS群體中抗JCV抗體的患病率，和在診斷之前可獲得測試抗JCV抗體陽性的PML前樣品的具有PML的MS患者的數(shù)目。使用單側(cè)費歇爾精確測試來比較抗JCV抗體陽性和抗JCV抗體陰性患者中估計的PML發(fā)病率。為了提供抗JCV抗體陰性患者中的PML發(fā)病率的保守估計，進(jìn)行靈敏度分析以評估假設(shè)的抗JCV抗體陰性PML病例對該估計的影響。此外，通過改變抗JCV抗體陽性PML病例的數(shù)目進(jìn)行靈敏度分析以評估該估計的統(tǒng)計學(xué)確定性。
[0266]PML風(fēng)險的定量:在先免疫抑制劑使用、那他珠單抗治療持續(xù)時間和抗JCV抗體陽性狀況
[0267]開發(fā)風(fēng)險因素算法來估計具有和不具有那他珠單抗相關(guān)PML和抗JCV抗體血清狀況的某些風(fēng)險因素的患者中的PML發(fā)病率。這些算法通過在先免疫抑制劑使用(是或否)、那他珠單抗治療持續(xù)時間(1-24個月和25-48個月)和抗JCV抗體狀況來估計PML風(fēng)險。這些風(fēng)險算法基于根據(jù)那他珠單抗治療持續(xù)時間(1-24或25-48個月)的PML發(fā)病率數(shù)據(jù)和來自TYGRIS的那他珠單抗治療患者中和具有PML的患者中在先免疫抑制劑使用的估計。此外，使用一般MS群體中抗JCV抗體的估計的總患病率來為三因素風(fēng)險算法推算與血清狀況相關(guān)的PML發(fā)病率，假設(shè)所有確認(rèn)的那他珠單抗相關(guān)PML病例在診斷之前是抗JCV抗體陽性的。進(jìn)行靈敏度分析以定量改變用于開發(fā)基于觀察到的最高值和最低值的該三因素算法的估計的效果。
[0268]結(jié)果
[0269]那他珠單抗治療持續(xù)時間作為PML風(fēng)險因素的鑒定
[0270]世界范圍內(nèi)，截止2011年3月4日鑒定了 102個確認(rèn)的PML病例。總體上，PML風(fēng)險隨著增加的治療持續(xù)時間而增加(圖1A)，在治療兩年后出現(xiàn)風(fēng)險的最大增加，在第三年達(dá)到每1000名患者1.68例的峰值(圖1B)。超過四年的數(shù)據(jù)是有限的。
[0271]在先免 疫抑制劑使用作為PML風(fēng)險因素的鑒定
[0272]在先免疫抑制劑使用在發(fā)展PML的那他珠單抗治療的患者中比在TYGRIS招募的患者中更常見，TYGRIS招募的患者代表接受那他珠單抗的總體患者群體。那他珠單抗治療的PML患者中的百分之四十五已在開始那他珠單抗治療之前接受了一個或多個免疫抑制劑療法，而來自TYGRIS的那他珠單抗治療患者中是20.3% (在美國是13.9%，并且在歐洲是
23.6%)。在那他珠單抗治療的PML群體和TYGRIS中使用的最常見的在先免疫抑制劑包括米托蒽醌、氨甲喋呤、環(huán)磷酰胺、硫唑嘌呤和霉酚酸酯，并且在免疫抑制劑類型、使用持續(xù)時間或在停止免疫抑制劑和開始那他珠單抗之間的洗出期(wash-out period)方面沒有觀察到特定模式(表1)。
[0273]表1.那他珠單抗相關(guān)PML患者和TYGRIS招募的患者中在先免疫抑制劑的使用歷
[0274]
【權(quán)利要求】
1.一種評價樣品中抗JCV抗體水平的方法，其包括: Ca)形成第一反應(yīng)混合物，所述第一反應(yīng)混合物包含第一等份樣品和其上置有HPVLP的基底；和 (b)通過檢測與結(jié)合于所述基底的抗JCV抗體結(jié)合的標(biāo)記的檢測試劑來檢測與其上置有HPVLP的所述基底結(jié)合的抗JCV抗體的水平； 其中滿足以下之一或兩者:(i )將20ng至60ng HPVP置于所述基底上，和(i i )樣品與基底的比例是1:50至I:30, 從而評價樣品中抗JCV抗體的所述水平。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述樣品例如血清在與所述基底接觸之前在例如緩沖液中稀釋例如約100倍。
3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中檢測使用酶標(biāo)記的抗體，例如酶標(biāo)記的IgG，例如HRP標(biāo)記的IgG。
4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的方法，其中所述檢測試劑例如HRP標(biāo)記的IgG以至少0.01u g/mL、0.02u g/mL、0.03u g/mL、0.04u g/mL、0.05u g/mL、0.06u g/mL 或 0.08 u g/ml的濃度添加。
5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其還包括 (c)形成含有第二等份樣品和溶液相HPVLP的第二反應(yīng)混合物，并諸如通過檢測能夠與其上置有HPVLP的基底結(jié)合的抗JCV抗體來檢測所述第二反應(yīng)混合物中未結(jié)合的抗JCV抗體的水平；和 任選地(d)在所述樣品中的抗JCV抗體未被HPVLP或其它抗原結(jié)合的情況下形成含有第三等份的第三反應(yīng)混合物，并諸如通過檢測能夠與其上置有HPVLP的基底結(jié)合的抗JCV抗體來檢測所述第三反應(yīng)混合物中未結(jié)合的抗JCV抗體的水平， 以提供干擾值。
6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的方法，其包括比較所述第二反應(yīng)混合物中的檢測水平與所述第三反應(yīng)混合物中的檢測水平。
7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其中所述比較包括:確定與所述第三反應(yīng)混合物中未結(jié)合的抗體水平相比，所述第二反應(yīng)混合物中HPVLP的存在對所述第二反應(yīng)混合物中未結(jié)合的抗JCV抗體水平的抑制水平。
8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的方法，其中所述抑制小于45%，并且任選地，所述樣品被分類為陰性。
9.根據(jù)權(quán)利要求7所述的方法，其中所述抑制大于或等于45%，并且所述樣品被分類為陽性。
10.根據(jù)權(quán)利要求5所述的方法，其中響應(yīng)于權(quán)利要求1的步驟b中檢測的抗JCV抗體的所述水平來進(jìn)行所述方法，例如所述nOD是〈0.2和〈0.4并且繼續(xù)步驟c和d。
11.根據(jù)權(quán)利要求5所述的方法，其中所述樣品例如血清在形成所述第二反應(yīng)混合物之前在例如緩沖液中稀釋例如約100倍。
12.根據(jù)權(quán)利要求5所述的方法，其中所述樣品例如血清在形成所述第三反應(yīng)混合物之前在例如緩沖液中稀釋例如約100倍。
13.根據(jù)權(quán)利要求5所述的方法，其中對所述第二和第三反應(yīng)混合物之一或兩者的檢測使用酶標(biāo)記的抗體，例如酶標(biāo)記的IgG，例如HRP標(biāo)記的IgG。
14.根據(jù)權(quán)利要求3所述的方法，其中對所述第二和第三反應(yīng)混合物之一或兩者的檢測使用HRP標(biāo)記的IgG，使所述HRP標(biāo)記的IgG以至少0.01 u g/mL、0.02 u g/mL、0.03 u g/mL、0.04 u g/mL、0.05 u g/mL、0.06 y g/mL 或 0.08 u g/ml 的濃度添加。
15.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其還包括在步驟b中評價標(biāo)準(zhǔn)品，例如具有例如約I的評分的界限校準(zhǔn)物。
16.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其還包括在步驟b中評價標(biāo)準(zhǔn)品，例如具有例如約1.3的評分的陽性對照。
17.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其還包括在步驟b中評價標(biāo)準(zhǔn)品，例如具有例如約0.1的評分的陰性對照。
18.—種試劑盒，所述試劑盒包括權(quán)利要求1的基底。
19.根據(jù)權(quán)利要求18所述的試劑盒，其中使所述基底提供在多孔板例如96孔板上。
20.根據(jù)權(quán)利要求18所述的試劑盒，其還包括以下的一個或多個或者全部=HPVLP溶液；JCV界限校準(zhǔn)物；抗兀￥抗體陽性對照和JVC陰性對照，其是人類血清樣品；和用于檢測含有與JCV抗原結(jié)合的抗JCV抗體的復(fù)合物的試劑。
21.根據(jù)權(quán)利要求20所述的試劑盒，其中所述檢測試劑是TMB(四甲基聯(lián)苯胺)、洗滌緩沖液和終止試劑的一種或多種。
22.—種評價患者發(fā)展進(jìn)行性多灶性白質(zhì)腦病(PML)的風(fēng)險的方法，所述方法包括: 在來自患者的生物樣品中的所述抗JCV抗體確認(rèn)測定中確定表示為nOD、指數(shù)或其它單位的JC病毒(JCV)抗體滴度或諸如表示為百分比抑制的親和力或親合力的其它特征，其中 如果確定所述滴度或/和百分比抑制或兩值的函數(shù)高于或低于預(yù)定水平，則確定所述患者處于較低的發(fā)展PML的風(fēng)險，并且其中 如果確定所述滴度或/和百分比抑制或兩值的函數(shù)高于或低于預(yù)定水平，則確定所述患者處于中等的發(fā)展PML的風(fēng)險，并且其中 如果確定所述滴度或/和百分比抑制或兩值的函數(shù)處于或高于預(yù)定水平，則確定所述患者處于較高的發(fā)展PML的風(fēng)險，并且進(jìn)一步的條件是 (i)確定所述患者樣品中抗JCV抗體滴度或百分比抑制包括從所述患者的身體取生物樣品或分析來自所述患者的樣品，或 (ii)如果確定所述患者處于較低的發(fā)展PML的風(fēng)險，則給所述患者施用療法。
23.根據(jù)權(quán)利要求22所述的方法，其中確定所述患者處于較低的發(fā)展PML的風(fēng)險，并且給所述患者施用抗VLA-4療法。
24.根據(jù)權(quán)利要求22所述的方法，其中如果以下成立，則確定所述患者具有較低的PML風(fēng)險: (i)確定如通過指數(shù)值或nOD指示的所述抗JCV抗體滴度是〈0.5,或 (ii)確定如通過指數(shù)值或nOD指示的所述抗JCV抗體滴度是>0.5且〈3.0,并且確定所述百分比抑制小于或等于70%。
25.根據(jù)權(quán)利要求22所述的方法，其中如果以下成立，則確定所述患者具有中等的PML風(fēng)險:(i)確定如通過指數(shù)值或nOD指示的所述抗JCV抗體滴度是>0.5且〈1.5，并且 (ii)確定所述百分比抑制值是>70%。
26.根據(jù)權(quán)利要求22所述的方法，其中如果以下成立，則確定所述患者具有較高的PML風(fēng)險: (i)確定如通過指數(shù)值或nOD指示的所述抗JCV抗體滴度是>3，并且確定所述百分比抑制值是>70%，或 (ii)所述患者顯示指數(shù)、nOD或滴度比之前測試增加2倍。
27.根據(jù)權(quán)利要求26所述的方法，其中通過以下方式測量抗JCV抗體的百分比抑制: (i)使來自受試者的生物樣品與溶液中的高度純化的VPl粒子(HPVLP)在適合所述樣品中抗JCV抗體與HPVLP結(jié)合的條件下接觸； (ii)從所述溶液分離與HPVLP結(jié)合的JCV抗體以產(chǎn)生二次樣品； (iii)使所述二次樣品與HPVLP在與(i)相同的條件下接觸；和 (iv)檢測所述二次樣品中與HPVLP結(jié)合的抗JCV抗體的所述水平。
28.根據(jù)權(quán)利要求22所述的方法，其中使所述抗JCV抗體滴度通過測定測量，所述測定包括: (i)使所述生物樣品與HPVLP在適合所述樣品中抗JCV抗體與HPVLP結(jié)合的條件下接觸； (ii)檢測所述樣品中與HPVLP結(jié)合的抗JCV抗體的水平；和 (iii)使所述檢測的水平與參考集相關(guān)聯(lián)，其中選擇所述參考集以指示不超過3%的假陰性率。
29.根據(jù)權(quán)利要求22所述的方法，其中通過使用VIDAS⑩測定(bioM6rieUX)來測量所述抗JCV抗體滴度。
30.根據(jù)權(quán)利要求28所述的方法，其中所述測定指示所述生物樣品不含有JCV抗體，并且所述方法還包括: (iv)使來自所述受試者的生物樣品的一部分與溶液中的HPVLP在步驟(i)之前接觸，并且其中使步驟(i)的HPVLP與固體基底連接，從而提供二次樣品； (V)使所述二次樣品與HPVLP在與(i)相同的條件下接觸； (vi)檢測所述二次樣品中與HPVLP結(jié)合的抗JCV抗體的水平；和 (vii)比較所述二次樣品中抗JCV抗體的檢測水平和當(dāng)與無HPVLP的溶液一起孵育時所述生物樣品中的結(jié)合水平，其中與所述溶液孵育的樣品相比，與HPVLP —起預(yù)孵育的所述樣品的檢測水平的降低指示所述樣品是抗JCV抗體陽性的，并且所述檢測水平無變化指示所述樣品中不存在抗JCV抗體。
31.根據(jù)權(quán)利要求28所述的方法，其中所述測定指示所述生物樣品含有JCV抗體，并且確定所述患者處于較高的PML風(fēng)險。
32.根據(jù)權(quán)利要求30所述的方法，其中所述測定指示所述生物樣品含有JCV抗體，并且確定所述患者處于較高的PML風(fēng)險。
33.根據(jù)權(quán)利要求30所述的方法，其中如果以下成立，則確定所述患者具有較低的PML風(fēng)險: (i)確定如通過指數(shù)值或nOD指示的所述抗JCV抗體滴度是〈0.5,或(ii)確定如通過指數(shù)值或nOD指示的所述抗JCV抗體滴度是>0.5且〈3.0,并且確定所述百分比抑制小于或等于70%。
34.根據(jù)權(quán)利要求30所述的方法，其中如果以下成立，則確定所述患者具有較高的PML風(fēng)險: (i)確定如通過指數(shù)值或nOD指示的所述抗JCV抗體滴度是>3，并且確定所述百分比抑制值是>70%，或 (ii)所述患者顯示指數(shù)、nOD或滴度比之前測試增加2倍。
35.根據(jù)權(quán)利要求30所述的方法，其中所述測定指示所述生物樣品不含有JCV抗體，并且確定所述患者處于較低的PML風(fēng)險。
36.根據(jù)權(quán)利要求22所述的方法，其中以6個月或12個月的間隔重新測試所述抗JCV抗體滴度或百分比抑制。
37.根據(jù)權(quán)利要求36所述的方法，其中抗體滴度或百分比抑制的增加指示患者發(fā)展PML的風(fēng)險的增加。
38.根據(jù)權(quán)利要求36所述的方法，其中抗JCV抗體滴度的2倍或更大的增加指示發(fā)展PML的增加的風(fēng)險。
39.根據(jù)權(quán)利要求22所述的方法，其中所述評價在施用抗VLA-4療法之前進(jìn)行。
40.根據(jù)權(quán)利要求22所述的方法，其中所述評價在所述患者已開始抗VLA-4療法之后進(jìn)行。
41.根據(jù)權(quán)利要求22所述的方法，其中確定所述患者處于較低的PML風(fēng)險，并且給所述患者施用抗VLA-4療法。`
42.根據(jù)權(quán)利要求22所述的方法，其中確定所述患者處于較高的PML風(fēng)險，并且給所述患者施用抗VLA-4療法。
43.根據(jù)權(quán)利要求22所述的方法，其中所述抗VLA-4療法是那他珠單抗。
44.根據(jù)權(quán)利要求37所述的方法，其中確定所述患者具有增加的PML風(fēng)險，并且所述患者進(jìn)一步停止接受抗VLA-4療法。
45.根據(jù)權(quán)利要求22所述的方法，其中確定所述患者處于較高的PML風(fēng)險，并且給所述患者施用抗VLA-4療法的替代療法，例如干擾素、醋酸格拉替雷或皮質(zhì)類固醇。
46.根據(jù)權(quán)利要求44所述的方法，其中以規(guī)律間隔監(jiān)測所述患者抗JCV抗體滴度的降低或JCV抗體百分比抑制的降低，其中抗JCV抗體滴度的降低或JCV抗體百分比抑制的降低指示所述患者具有降低的發(fā)展PML的風(fēng)險。
47.根據(jù)權(quán)利要求44所述的方法，其中確定使所述JCV滴度或JCV抗體百分比抑制降低至低于預(yù)定水平，并且恢復(fù)所述患者的抗VLA-4療法。
48.根據(jù)權(quán)利要求46所述的方法，其中每6個月或每年評價所述患者的抗體滴度的降低或JCV抗體百分比抑制的降低。
49.根據(jù)權(quán)利要求22所述的方法，其還包括: Ca)確定所述患者是否已接受用抗VLA-4療法的延長治療(例如，長于24個月)；或 (b)確定所述患者是否已接受指定的非抗VLA-4免疫抑制劑療法(例如，在所述患者生命的過去2、3、5年內(nèi)或者曾經(jīng))；和 其中具有高于預(yù)定水平的抗JCV抗體滴度或百分比抑制但沒有指定的在先免疫抑制劑使用并且沒有用抗VLA-4療法的延長治療的患者的PML相對風(fēng)險小于具有低于預(yù)定水平的抗JCV抗體滴度或百分比抑制并且具有指定的在先免疫抑制劑使用或用抗VLA-4療法的延長治療的患者的相對風(fēng)險，所述具有低于預(yù)定水平的抗JCV抗體滴度或百分比抑制并且具有指定的在先免疫抑制劑使用或抗VLA-4療法的延長治療的患者的相對風(fēng)險小于具有高于預(yù)定水平的抗JCV抗體滴度或百分比抑制并且具有指定的在先免疫抑制劑使用和用抗VLA-4療法的延長治療的患者的相對風(fēng)險。
50.根據(jù)權(quán)利要求49所述的方法，其中所述患者之前已接受抗VLA-4療法。
51.根據(jù)權(quán)利要求49所述的方法，其還包括給所述患者施用抗VLA-4療法。
52.根據(jù)權(quán)利要求51所述的方法，其中所述抗VLA-4療法是那他珠單抗療法。
53.根據(jù)權(quán)利要求49所述的方法，其中將所述患者分類為抗VLA-4療法的候選者，并且其中給所述患者進(jìn)一步施用所述抗VLA-4療法。
54.—種評價患者例如作為接受用抗VLA-4療法治療的候選者的方法，所述方法包括獲得: 來自所述患者的生物樣品中的JC病毒(JCV)抗體滴度和百分比抑制，其中 如果確定所述抗體滴度或百分比抑制低于預(yù)定水平，則將所述患者分類為適合用第一類療法治療，并且其中 如果確定所述抗體滴度或百分比抑制處于或高于預(yù)定水平，則將所述患者分類為適合用第二類療法，并且 進(jìn)一步的條件是 (i)獲得所述患者樣品中抗JCV抗體滴度和百分比抑制包括從所述患者的身體取生物樣品或分析來自所述患者的樣品，或 (ii)所述方法還包括給所述患者施用來自所述第一類或所述第二類的療法， 從而評價所述患者。
55.根據(jù)權(quán)利要求54所述的方法，其中 所述第一類療法是抗VLA-4療法，例如抗VLA-4抗體療法，例如那他珠單抗。
56.根據(jù)權(quán)利要求54所述的方法，其中所述第二類療法是干擾素、醋酸格拉替雷或皮質(zhì)類固醇。
57.根據(jù)權(quán)利要求54所述的方法，其中將所述患者分類為適合用第一類療法治療，并且給所述患者進(jìn)一步施用那他珠單抗。
58.根據(jù)權(quán)利要求54所述的方法，其中將所述患者分類為適合用第二類療法治療，并且給所述患者進(jìn)一步施用干擾素、醋酸格拉替雷或皮質(zhì)類固醇。
59.根據(jù)權(quán)利要求54所述的方法，其中如果以下成立，則確定所述患者具有較低的PML風(fēng)險: (i)確定如通過指數(shù)值或nOD指示的所述抗JCV抗體滴度是〈0.5,或 (ii)確定如通過指數(shù)值或nOD指示的所述抗JCV抗體滴度是>0.5且〈3.0,并且確定所述百分比抑制小于或等于70%。
60.根據(jù)權(quán)利要求54所述的方法，其中如果以下成立，則確定所述患者具有較高的PML風(fēng)險: (i)確定如通過指數(shù)值或nOD指示的所述抗JCV抗體滴度是>3，并且確定所述百分比抑制值是>70%，或 (ii)所述患者顯示指數(shù)、nOD或滴度比之前測試增加2倍。
61.根據(jù)權(quán)利要求33所述的方法，其還包括: (a)確定所述患者是否已接受抗VLA-4療法的延長治療(例如，長于24個月)；或 (b)確定所述患者是否已接受指定的非抗VLA-4免疫抑制劑療法(例如，在患者生命的過去2、3、5年內(nèi)或者曾經(jīng))；和 其中將具有高于預(yù)定水平的抗JCV抗體滴度或百分比抑制但沒有指定的在先免疫抑制劑使用并且沒有用抗VLA-4療法的延長治療的患者分類為具有比具有低于預(yù)定水平的抗JCV抗體滴度或百分比抑制并且具有指定的在先免疫抑制劑使用或用抗VLA-4療法的延長治療的患者的相對風(fēng)險更小的發(fā)展PML的風(fēng)險，所述具有低于預(yù)定水平的抗JCV抗體滴度或百分比抑制并且具有指定的在先免疫抑制劑使用或用抗VLA-4療法的延長治療的患者的相對風(fēng)險小于具有高于預(yù)定水平的抗JCV抗體滴度或百分比抑制并且具有指定的在先免疫抑制劑使用和用抗VLA-4療法的延長治療的患者的相對風(fēng)險。
62.根據(jù)權(quán)利要求61所述的方法，其中所述患者之前已接受抗VLA-4療法。
63.根據(jù)權(quán)利要求61所述的方法，還包括給所述患者施用抗VLA-4療法。
64.根據(jù)權(quán)利要求63所述的方法，其中所述抗VLA-4療法是那他珠單抗療法。
65.根據(jù)權(quán)利要求61所述的方法，其中將所述患者分類為抗VLA-4療法的候選者，并且其中給所述患者進(jìn)一步施用所述抗VLA-4療法。
66.一種評價患者發(fā)展進(jìn)行性多灶性白質(zhì)腦病(PML)的風(fēng)險的方法，所述方法包括 Ca)確定所述患者對于暴露于JC病毒(JCV)是陰性還是陽性； (b)確定所述患者是否已接受用抗VLA-4療法的延長治療(例如，長于24個月)；或 (c)確定所述患者是否已接受指定的非抗VLA-4免疫抑制劑療法(例如，在患者生命的過去2、3、5年內(nèi)或者曾經(jīng))；和 響應(yīng)于所述患者對于暴露于JCV是陰性的確定,確定患者處于相對低的發(fā)展PML的風(fēng)險，或者響應(yīng)于所述患者對于暴露于JCV是陽性的確定,確定患者具有相對較高的發(fā)展PML的風(fēng)險； 其中已暴露于JCV但沒有指定的在先免疫抑制劑使用并且沒有用抗VLA-4療法的延長治療的患者的PML相對風(fēng)險小于已暴露于JCV并且具有指定的在先免疫抑制劑使用或用抗VLA-4療法的延長治療的患者的相對風(fēng)險，所述已暴露于JCV并且具有指定的在先免疫抑制劑使用或抗VLA-4療法的延長治療的患者的相對風(fēng)險小于已暴露于JCV并且具有指定的在先免疫抑制劑使用和用抗VLA-4療法的延長治療的患者的相對風(fēng)險。
67.根據(jù)權(quán)利要求66所述的方法，進(jìn)一步的條件是(i)確定所述患者對JCV陰性包括從所述患者的身體取生物樣品或分析來自所述患者的樣品，或(i i )所述方法還包括給所述患者施用療法，例如給所述患者施用抗VLA-4療法,例如抗VLA-4抗體,或替代治療,例如干擾素、醋酸格拉替雷或皮質(zhì)類固醇。
68.根據(jù)權(quán)利要求66所述的方法，其中所述患者之前已接受抗VLA-4療法。
69.根據(jù)權(quán)利要求66所述的方法，其還包括給所述患者施用抗VLA-4療法。
70.根據(jù)權(quán)利要求69所述的方法，其中所述抗VLA-4療法是那他珠單抗療法。
71.根據(jù)權(quán)利要求66所述的方法，其中確定所述患者是否對JCV陰性包括提供來自所述患者的生物樣品并進(jìn)行免疫測定以檢測所述樣品中的JCV抗體。
72.根據(jù)權(quán)利要求71所述的方法，其中所述免疫測定是ELISA測定。
73.根據(jù)權(quán)利要求71所述的方法，其中所述免疫測定檢測JCV抗體，所述JCV抗體是IgG同種型、IgM同種型、IgA同種型或IgE同種型。
74.根據(jù)權(quán)利要求71所述的方法，其中使所述樣品在進(jìn)行所述免疫測定之前在2-8°C下儲存I至14天。
75.根據(jù)權(quán)利要求66所述的方法，其中確定所述患者是否對JCV陰性包括提供來自所述患者的生物樣品并進(jìn)行測定以檢測所述樣品中的JCV核酸。
76.根據(jù)權(quán)利要求66所述的方法，其中將所述患者分類為抗VLA-4療法的候選者，并且其中給所述患者進(jìn)一步施用所述抗VLA-4療法。
77.根據(jù)權(quán)利要求66所述的方法，其中處于較低的發(fā)展PML的風(fēng)險的患者具有低于約0.3/1000 例如< 0.11/1000 的風(fēng)險。
78.根據(jù)權(quán)利要求66所述的方法，其中處于較高的發(fā)展PML的風(fēng)險的患者具有約≥ 0.3/1000 例如 0.35/1000、1.2/1000,2.5/1000 或 7.8/1000 的發(fā)展 PML 的風(fēng)險。
79.根據(jù)權(quán)利要求66所述的方法，其中所述患者對JCV陽性，所述患者已接受抗VLA-4療法短于預(yù)選的時間段，并且所述患者已經(jīng)沒有非抗VLA-4免疫抑制劑療法持續(xù)預(yù)選的時間段，并且響應(yīng)于所述確定，確定所述患者具有約0.35/1000的發(fā)展PML的風(fēng)險。
80.根據(jù)權(quán)利要求66所述的方法，其中所述患者對JCV陽性，所述患者已接受抗VLA-4療法短于預(yù)選的時間段，并且所述患者已接受非抗VLA-4免疫抑制劑療法持續(xù)預(yù)選的時間段，并且響應(yīng)于所述確定，確定所述患者具有約1.2/1000的發(fā)展PML的風(fēng)險。
81.根據(jù)權(quán)利要求66所述的方法，其中所述患者對JCV陽性，所述患者已接受抗VLA-4療法大于預(yù)選的時間段，并且所述患者已接受非抗VLA-4免疫抑制劑療法持續(xù)預(yù)選的時間段，并且響應(yīng)于所述確定，確定所述患者具有約7.8/1000的發(fā)展PML的風(fēng)險。
82.根據(jù)權(quán)利要求66所述的方法，其中所述患者對JCV陽性，所述患者已接受抗VLA-4療法大于預(yù)選的時間段，并且所述患者已經(jīng)沒有非抗VLA-4免疫抑制劑療法持續(xù)預(yù)選的時間段，并且響應(yīng)于所述確定，確定所述患者具有約2.5/1000的發(fā)展PML的風(fēng)險。
83.根據(jù)權(quán)利要求66所述的方法，其中確定所述患者是JCV抗體陽性并且具有如通過指數(shù)值或nOD指示的>0.5和〈1.5的JCV抗體滴度和>70%的百分比抑制值，并且其中進(jìn)一步確定所述患者具有中等的PML風(fēng)險。
84.根據(jù)權(quán)利要求66所述的方法，其中確定所述患者是JCV抗體陽性并且具有如通過指數(shù)值或nOD指示的>1.5的JCV抗體滴度和>70%的百分比抑制值，并且其中進(jìn)一步確定所述患者具有較聞的PML風(fēng)險。
85.根據(jù)權(quán)利要求66所述的方法，其中確定所述患者是JCV抗體陽性并且具有如通過指數(shù)值或nOD指示的〈3的JCV抗體滴度和小于或等于70%的百分比抑制值，并且其中進(jìn)一步確定所述患者具有較低的PML風(fēng)險。
【文檔編號】G01N33/53GK103635803SQ201280026045
【公開日】2014年3月12日 申請日期:2012年5月31日 優(yōu)先權(quán)日:2011年5月31日
【發(fā)明者】G.L.布魯姆格倫, C.博奇克, S.李, M.蘇布拉馬尼亞姆, T.普拉維納 申請人:比奧根艾迪克Ma公司