專利名稱：彩虹明櫻蛤的種質(zhì)鑒定方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及一種種質(zhì)鑒定方法，特別是一種彩虹明櫻蛤的種質(zhì)鑒定方法。

背景技術(shù)：
彩虹明櫻蛤(Moerella iridescens Benson)隸屬于軟體動(dòng)物門、瓣鰓綱、櫻蛤科(Tellinidae)，俗稱梅蛤、黃蛤、海瓜子、扁蟶。彩虹明櫻蛤自然分布于我國(guó)各海區(qū)，且主要資源區(qū)為東海區(qū)杭州灣海涂中，因此該蛤成為江浙滬自然采捕的一種重要小型經(jīng)濟(jì)貝類，且價(jià)格逐年攀升。沿海漁民在高利潤(rùn)的趨動(dòng)下，過(guò)度采捕及圍灘養(yǎng)蝦，自然生態(tài)被嚴(yán)重破壞，其資源量急劇下降，且由于貿(mào)易自由化，各海區(qū)自然苗種被采捕在各地進(jìn)行人工養(yǎng)殖，這極易造成種質(zhì)混雜和對(duì)天然資源破壞。生活在中國(guó)東海杭州灣和黃海海州灣近海海區(qū)的彩虹明櫻蛤由于生活環(huán)境的不盡相同，水文因素的差異以及各海區(qū)地理位置的不同造成彩虹明櫻蛤分屬于各個(gè)不同的種群。對(duì)產(chǎn)于海州灣連云港海區(qū)(LYG)、杭州灣南岸的慈溪海區(qū)(CX)和杭州灣北岸平湖乍浦海區(qū)(ZP)的彩虹明櫻蛤群體進(jìn)行有效的鑒定或鑒別，對(duì)于彩虹明櫻蛤的增養(yǎng)殖親本選擇和原產(chǎn)地資源保護(hù)具有重要的應(yīng)用價(jià)值。
目前常用來(lái)進(jìn)行評(píng)價(jià)生物遺傳多樣性和種質(zhì)鑒定的分子標(biāo)記均具有一定程度的缺陷，如RAPD技術(shù)(隨機(jī)擴(kuò)增序列多態(tài)性DNA，Random amplifiedpolymorphic DNA)，常因RAPD引物過(guò)短10個(gè)堿基、退火溫度過(guò)低一般36-37℃，導(dǎo)致擴(kuò)增產(chǎn)物的一些非特異結(jié)果，其可靠程度和真實(shí)性是主要的缺陷；而AFLP技術(shù)(擴(kuò)增片段長(zhǎng)度多態(tài)性，Amplified fragment lengthpolymorphism)，又因操作條件復(fù)雜如要求酶切、成本相對(duì)較高而限制了其廣泛的應(yīng)用，微衛(wèi)星技術(shù)因分子標(biāo)記難以篩選，要求技術(shù)和設(shè)備高尖而限制其廣泛的應(yīng)用。


發(fā)明內(nèi)容
本發(fā)明所要解決的技術(shù)問(wèn)題是針對(duì)現(xiàn)有技術(shù)的不足，提供一種快速、經(jīng)濟(jì)、相對(duì)準(zhǔn)確和操作簡(jiǎn)便的彩虹明櫻蛤的種質(zhì)鑒定方法；用于對(duì)我國(guó)主要彩虹明櫻蛤群體的種質(zhì)鑒定。
本發(fā)明所要解決的技術(shù)問(wèn)題是通過(guò)以下的技術(shù)方案來(lái)實(shí)現(xiàn)的。本發(fā)明是一種彩虹明櫻蛤的種質(zhì)鑒定方法，其特點(diǎn)是，其步驟如下， (1)取至少30個(gè)待測(cè)樣品彩虹明櫻蛤進(jìn)行7個(gè)形態(tài)學(xué)參數(shù)的測(cè)定，分別測(cè)定殼長(zhǎng)CD、殼頂?shù)角伴]殼肌痕最大距離AF、外套痕前后緣長(zhǎng)IJ、殼頂?shù)酵馓缀酆缶夐L(zhǎng)AE、殼高AB、殼寬SW和前后閉殼肌痕間距離GH這7個(gè)參數(shù)；然后以殼長(zhǎng)CD參數(shù)值作分母、其余6個(gè)參數(shù)值作分子，獲得6個(gè)比例參數(shù)值XAFAF/CD；XIJIJ/CD；XAEAE/CL；XABAB/CL；XSWSW/CD；XGHGH/CD； (2)將XAF、XIJ、XAE、XAB、XSW和XGH 6個(gè)比例參數(shù)值分別代入下列方程中進(jìn)行結(jié)果判定 YCX＝388.7272XAF+141.2037XIJ-69.4791XAE-45.9566XAB+183.0137XSW+112.7836XGH-216.012 YZP＝445.5594XAF+121.748XIJ-68.9081XAE-21.8706XAB+139.715XSW+118.5378XGH-228.234 YLYG＝182.1849XAF+100.3651XIJ+31.72951XAE-85.5016XAB+215.011XSW+146.1427XGH-162.583 (3)根據(jù)所得Y值的最大值出現(xiàn)頻率最多的群體即為待測(cè)樣品彩虹明櫻蛤所處的來(lái)源。
以下對(duì)發(fā)明人所作的研究試驗(yàn)進(jìn)行闡述。
一、樣本采集。
采集的試驗(yàn)材料均取自杭州灣南北岸和海州灣彩虹明櫻蛤典型代表天然海區(qū)，分別是海州灣連云港海區(qū)(LYG)、杭州灣南岸的慈溪海區(qū)(CX)和杭州灣北岸平湖乍浦海區(qū)(ZP)海區(qū)的彩虹明櫻蛤，各群體取樣時(shí)間、地點(diǎn)和數(shù)目見(jiàn)表1，所得到的樣本快速低溫運(yùn)送到實(shí)驗(yàn)室并在第一時(shí)間對(duì)其進(jìn)行實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的測(cè)量。
表1 彩虹明櫻蛤樣本生物學(xué)數(shù)據(jù)
二、測(cè)量方法。
采用游標(biāo)卡尺、分規(guī)、直尺等測(cè)量工具，精確到0.2mm，選取彩虹明櫻蛤的殼高、殼寬、殼長(zhǎng)、兩側(cè)閉殼肌到殼頂?shù)拈L(zhǎng)等，測(cè)量參數(shù)為11個(gè)可量性狀，分別為CD、AB、AD、AC、SW、AE、AF、EF、GH、AI、IJ共測(cè)得990個(gè)形態(tài)學(xué)數(shù)據(jù)，測(cè)量部位見(jiàn)附圖。
測(cè)量形態(tài)性狀標(biāo)識(shí)如下 1.CD殼長(zhǎng)； 2.AB殼高； 3.AD殼頂?shù)綒で熬夐L(zhǎng)； 4.AC殼頂?shù)綒ず缶夐L(zhǎng)； 5.SW殼寬； 6.AE殼頂?shù)胶箝]殼肌痕外緣間距； 7.AF殼頂?shù)角伴]殼肌痕外緣最大距離； 8.EF前后閉殼肌痕外緣間距離； 9.GH前后閉殼肌痕內(nèi)緣間距離； 10.AI殼頂?shù)酵馓缀酆缶壍木嚯x； 11.IJ外套痕前后緣長(zhǎng)； 三、數(shù)據(jù)處理。
為消除個(gè)體規(guī)格大小對(duì)參數(shù)值的影響，先將每只蛤的所有參數(shù)分別除以殼長(zhǎng)(CD)予以校正，得出10個(gè)形態(tài)學(xué)比例性狀，使用STASTISTICA 99’edition軟件中的判別分析方法對(duì)3個(gè)彩虹明櫻蛤群體進(jìn)行逐步判別分析，建立判別方程。
對(duì)所有樣本進(jìn)行逐個(gè)判別。判別準(zhǔn)確率的計(jì)算公式為 判別準(zhǔn)確率P1(％)＝判別正確的數(shù)目/實(shí)測(cè)數(shù)目×100 判別準(zhǔn)確率P2(％)＝判別正確的數(shù)目/判別數(shù)目×100
其中，Ai為第i個(gè)種群判別正確的彩虹明櫻蛤數(shù)目，Bi為第i個(gè)種群實(shí)際判別的彩虹明櫻蛤數(shù)目，k為種群數(shù)。
判別方程如下 YCX＝-2.014XAB-22.8113XAD+177.602XAC-15.0705XSW+381.9807XAE+128.325XAF+153.1449XEF-44.9978XGH+111.9315XAI-60.6417XIJ-230.015 YZP＝0.1248XAB-2.49164XAD+132.5294XAC-17.5076XSW+441.1488XAE+115.7327XAF+155.1616XEF-45.3674XGH+93.80788XAI-49.5059XIJ-240.463 YLYG＝28.54462XAB-70.1204XAD+199.5676XAC+62.06334XSW+166.5945XAE+140.1501XAF+187.9794XEF-36.3512XGH+70.25997XAI-72.9132XIJ-177.579 將10個(gè)參數(shù)的校正值分別代入上述判別函數(shù)中，比較函數(shù)值的大小，被判個(gè)體值最大的即歸屬于所對(duì)應(yīng)的群體。
公式中XAB～XIJ分別代表AB/CD、AD/CD、......IJ/CD的對(duì)應(yīng)測(cè)定數(shù)值，應(yīng)用公式所作的判別分析結(jié)果見(jiàn)表2。判別準(zhǔn)確率P1為90％～100％，判別準(zhǔn)確率P2為84.38％～96.77％，3個(gè)地理種群的綜合判別率為91.11％。
表2 3個(gè)地理種群彩虹明櫻蛤判別分析測(cè)試結(jié)果
以上所述的建立判別方程所使用的計(jì)算應(yīng)用軟件為STATISTICA 99’EDITION。由美國(guó)StatSoft，Icn.公司提供，公司地址2300 East 14th Street；網(wǎng)址:http://statsoft.com。
下面對(duì)該軟件應(yīng)用步驟進(jìn)行舉例說(shuō)明 1、首先將測(cè)定的數(shù)據(jù)輸入MS-Excel中，建立3個(gè)群體的xls文件； 2、然后將這11個(gè)性狀除以CD，建立3個(gè)群體除以CD的xls文件； 3、將步驟2的xls文件數(shù)據(jù)輸入(拷貝)到STATISTICA 99’EDITION軟件中，建立3個(gè)群體除以CL的STA文件； 4、對(duì)步驟3的STA文件數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化，以較正數(shù)據(jù)，建立標(biāo)準(zhǔn)STA文件，其具體實(shí)現(xiàn)過(guò)程是打開(kāi)步驟3中建立的STA文件，點(diǎn)STATISTICA軟件中的工具欄中的“Analysis”，彈出小對(duì)話框，選擇“DataManagement/MFM”，出現(xiàn)一個(gè)界面，點(diǎn)擊“Data Management/MFM”，出現(xiàn)一個(gè)新的界面，點(diǎn)擊“Standardized variables”則完成數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)化，結(jié)果則建立一個(gè)“standard.STA”文件； 5、打開(kāi)步驟4建立的“standard.STA”文件，運(yùn)行STSTISTICA軟件中的工具欄中“分析”工具欄，彈出一個(gè)對(duì)話框，點(diǎn)擊“Discriminatnt Analysis”判別分析工具欄，然后點(diǎn)擊“Switch To”進(jìn)行判別分析，出現(xiàn)另一對(duì)話框，點(diǎn)擊對(duì)話框中的“Variables”，選定組變量“1 POPU”和自變量(2-11個(gè))后，點(diǎn)擊“OK”，彈出新的對(duì)話框，選“Method”中的“Backward stepwise”，“Displayofresults”的“At each step”則為逐步判別分析，再點(diǎn)“OK”，則出現(xiàn)一個(gè)結(jié)果對(duì)話框，點(diǎn)擊該結(jié)果對(duì)話框的“Classification functions”則出現(xiàn)判別方程中的各變量對(duì)應(yīng)的系數(shù)，點(diǎn)擊結(jié)果對(duì)話框的“Classification matrix”則出現(xiàn)判別的結(jié)果，即判別的正確率數(shù)據(jù)； 6、依次運(yùn)行上述結(jié)果對(duì)話框中的“Next”按鈕，則出現(xiàn)一組變量對(duì)應(yīng)的系數(shù)和判別正確率結(jié)果，這樣經(jīng)過(guò)6步后，測(cè)量的10個(gè)變量中，僅有AF/CD、IJ/CD、AE/CD、AB/CD、SW/CD和GH/CD這6個(gè)比例形狀作為判別的依據(jù)，且判別的正確率仍較高，顯示為有效。繼續(xù)往下判別則結(jié)果不理想，因此，將這6個(gè)變量作為最終的結(jié)果。
四、逐步判別分析結(jié)果的得出。
為更細(xì)致的判別哪幾個(gè)比例性狀在彩虹明櫻蛤判別分析上貢獻(xiàn)的大小，以上對(duì)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)進(jìn)行逐步判別分析，最終的判別結(jié)果是在進(jìn)行完6步逐步判別分析之后得出的，檢驗(yàn)出AF/CD、IJ/CD、AE/CD、AB/CD、SW/CD和GH/CD這6個(gè)比例形狀對(duì)判別分析的貢獻(xiàn)較大。
對(duì)這6個(gè)比例形狀建立了3個(gè)地理群體的判別方程，公式中XAF、XIJ、XAE、XAB、XSW、XGH分別代表AF/CD、IJ/CD、AE/CD、AB/CD、SW/CD和GH/CD這6個(gè)比例性狀的測(cè)定數(shù)據(jù)。判別方程如下 YCX＝388.7272XAF+141.2037XIJ-69.4791XAE-45.9566XAB+183.0137XSW+112.7836XGH-216.012 YZP＝445.5594XAF+121.748XIJ-68.9081XAE-21.8706XAB+139.715XSW+118.5378XGH-228.234 YLYG＝182.1849XAF+100.3651XIJ+31.72951XAE-85.5016XAB+215.011XSW+146.1427XGH-162.583 由這6個(gè)比例性狀對(duì)彩虹明櫻蛤進(jìn)行判別，對(duì)測(cè)量數(shù)據(jù)按上述公式進(jìn)行預(yù)測(cè)分類，結(jié)果見(jiàn)表3，判別準(zhǔn)確率P1為80％～100％，P2為82.86％～100％，綜合判別率為92.22％。因此，上述判別方程是可靠的，可以作為判別這3個(gè)典型彩虹明櫻蛤群體的參考依據(jù)。
表3 3個(gè)地理群體彩虹明櫻蛤逐步判別分析測(cè)試結(jié)果



圖1—圖4為彩虹明櫻蛤形態(tài)學(xué)測(cè)量位點(diǎn)圖。

具體實(shí)施例方式 以下參照附圖，進(jìn)一步描述本發(fā)明的具體技術(shù)方案，以便于本領(lǐng)域的技術(shù)人員進(jìn)一步地理解本發(fā)明，而不構(gòu)成對(duì)其權(quán)利的限制。
實(shí)施例1。參照?qǐng)D1-4。一種彩虹明櫻蛤的種質(zhì)鑒定方法，其步驟如下， (1)取至少30個(gè)待測(cè)樣品彩虹明櫻蛤進(jìn)行7個(gè)形態(tài)學(xué)參數(shù)的測(cè)定，殼長(zhǎng)CD、殼頂?shù)角伴]殼肌痕最大距離AF、外套痕前后緣長(zhǎng)IJ、殼頂?shù)酵馓缀酆缶夐L(zhǎng)AE、殼高AB、殼寬SW和前后閉殼肌痕間距離GH這7個(gè)參數(shù)；然后以殼長(zhǎng)CD參數(shù)值作分母、其余6個(gè)參數(shù)值作分子，獲得6個(gè)比例參數(shù)值XAFAF/CD；XIJIJ/CD；XAEAE/CL；XABAB/CL；XSWSW/CD；XGHGH/CD； (2)將XAF、XIJ、XAE、XAB、XSW和XGH 6個(gè)比例參數(shù)值分別代入下列方程中進(jìn)行結(jié)果判定 YCX＝388.7272XAF+141.2037XIJ-69.4791XAE-45.9566XAB+183.0137XSW+112.7836XGH-216.012 YZP＝445.5594XAF+121.748XIJ-68.9081XAE-21.8706XAB+139.715XSW+118.5378XGH-228.234 YLYG＝182.1849XAF+100.3651XIJ+31.72951XAE-85.5016XAB+215.011XSW+146.1427XGH-162.583 (3)根據(jù)所得Y值的最大值出現(xiàn)頻率最多的群體即為待測(cè)樣品彩虹明櫻蛤所處的來(lái)源。
實(shí)施例2。參照?qǐng)D1-4。一種彩虹明櫻蛤的種質(zhì)鑒定方法，其步驟如下， 1.采集來(lái)的野生雌性彩虹明櫻蛤樣本應(yīng)在冷藏條件下測(cè)定，且樣本數(shù)至少要30個(gè)以獲得準(zhǔn)確的結(jié)果。
2.數(shù)據(jù)測(cè)定殼長(zhǎng)CD、殼頂?shù)角伴]殼肌痕最大距離AF、外套痕前后緣長(zhǎng)IJ、殼頂?shù)酵馓缀酆缶夐L(zhǎng)AE、殼高AB、殼寬SW和前后閉殼肌痕間距離GH這7個(gè)參數(shù)；然后以殼長(zhǎng)CD參數(shù)值作分母、其余6個(gè)參數(shù)值作分子，獲得6個(gè)比例參數(shù)值XAFAF/CD；XIJIJ/CD；XAEAE/CL；XABAB/CL；XSWSW/CD；XGHGH/CD；各性狀的測(cè)定部位見(jiàn)圖1-4。
3.結(jié)果的給出 將測(cè)定的6個(gè)比例性狀帶入下列3個(gè)方程中，判別方程如下 YCX＝388.7272XAF+141.2037XIJ-69.4791XAE-45.9566XAB+183.0137XSW+112.7836XGH-216.012 YZP＝445.5594XAF+121.748XIJ-68.9081XAE-21.8706XAB+139.715XSW+118.5378XGH-228.234 YLYG＝182.1849XAF+100.3651XIJ+31.72951XAE-85.5016XAB+215.011XSW+146.1427XGH-162.583 每一個(gè)樣本的6個(gè)比例性狀帶入上述3個(gè)方程后得出YCX、YZP、YLYG、這3個(gè)數(shù)據(jù)，其中值最大的即判別為該樣本為相應(yīng)的群體。如這個(gè)數(shù)值中YLYG最大，則該樣本來(lái)自連云港群體，其余如YCX最大則代表樣本為慈溪群體，YZP代表乍浦群體。對(duì)30個(gè)樣本判定到不同群體中，統(tǒng)計(jì)其概率或頻率，出現(xiàn)頻率最高的那個(gè)群體即代表樣本的來(lái)源。如測(cè)定了30個(gè)樣本，26個(gè)YCX最大，而另4個(gè)中2個(gè)YZP最大，另2個(gè)YLYG最大，毫無(wú)疑問(wèn)可以判別該批彩虹明櫻蛤樣本為來(lái)自慈溪群體。
權(quán)利要求
1、一種彩虹明櫻蛤的種質(zhì)鑒定方法，其特征在于，其步驟如下，
(1)取至少30個(gè)待測(cè)樣品彩虹明櫻蛤進(jìn)行7個(gè)形態(tài)學(xué)參數(shù)的測(cè)定，分別測(cè)定殼長(zhǎng)CD、殼頂?shù)角伴]殼肌痕最大距離AF、外套痕前后緣長(zhǎng)IJ、殼頂?shù)酵馓缀酆缶夐L(zhǎng)AE、殼高AB、殼寬SW和前后閉殼肌痕間距離GH這7個(gè)參數(shù)；然后以殼長(zhǎng)CD參數(shù)值作分母、其余6個(gè)參數(shù)值作分子，獲得6個(gè)比例參數(shù)值XAFAF/CD；XIJIJ/CD；XAEAE/CL；XABAB/CL；XSWSW/CD；XGHGH/CD；
(2)將XAF、XIJ、XAE、XAB、XSW和XGH6個(gè)比例參數(shù)值分別代入下列方程中進(jìn)行結(jié)果判定
YCX＝388.7272XAF+141.2037XIJ-69.4791XAE-45.9566XAB+183.0137XSW+112.7836XGH-216.012
YZP＝445.5594XAF+121.748XIJ-68.9081XAE-21.8706XAB+139.715XSW+118.5378XGH-228.234
YLYG＝182.1849XAF+100.3651XIJ+31.72951XAE-85.5016XAB+215.011XSW+146.1427XGH-162.583
(3)根據(jù)所得Y值的最大值出現(xiàn)頻率最多的群體即為待測(cè)樣品彩虹明櫻蛤所處的來(lái)源。
全文摘要
本發(fā)明是一種彩虹明櫻蛤的種質(zhì)鑒定方法，其特征在于，其步驟如下，取至少30個(gè)待測(cè)樣品彩虹明櫻蛤進(jìn)行7個(gè)形態(tài)學(xué)參數(shù)的測(cè)定，分別測(cè)定其殼長(zhǎng)CD、殼頂?shù)角伴]殼肌痕最大距離AF、外套痕前后緣長(zhǎng)IJ、殼頂?shù)酵馓缀酆缶夐L(zhǎng)AE、殼高AB、殼寬SW和前后閉殼肌痕間距離GH這7個(gè)參數(shù)；然后以殼長(zhǎng)CD參數(shù)值作分母、其余6個(gè)參數(shù)值作分子，獲得6個(gè)比例參數(shù)值XAFAF/CD；XIJIJ/CD；XAEAE/CL；XABAB/CL；XSWSW/CD；XGHGH/CD；并將這6個(gè)比例參數(shù)值分別代入判別方程中進(jìn)行結(jié)果判定，根據(jù)所得Y值的最大值出現(xiàn)頻率最多的群體即為待測(cè)樣品彩虹明櫻蛤所處的來(lái)源。本發(fā)明方法可以快速、經(jīng)濟(jì)、相對(duì)準(zhǔn)確和操作簡(jiǎn)便地鑒定中國(guó)主要產(chǎn)地彩虹明櫻蛤的種質(zhì)。
文檔編號(hào)G01B5/02GK101393006SQ200810195260
公開(kāi)日2009年3月25日 申請(qǐng)日期2008年11月10日 優(yōu)先權(quán)日2008年11月10日
發(fā)明者董志國(guó), 王美珍, 李曉英, 陳漢春, 孟學(xué)平, 程漢良, 閻斌倫 申請(qǐng)人:淮海工學(xué)院, 慈溪市水產(chǎn)技術(shù)推廣中心