專利名稱：一種新的多肽——人s4核糖體蛋白54和編碼這種多肽的多核苷酸的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明屬于生物技術(shù)領(lǐng)域，具體地說，本發(fā)明描述了一種新的多肽--人S4核糖體蛋白54，以及編碼此多肽的多核苷酸序列。本發(fā)明還涉及此多核苷酸和多肽的制備方法和應(yīng)用。
核糖體是合成蛋白質(zhì)的細(xì)胞器，其唯一功能是按照mRNA的指令由氨基酸合成多肽鏈，它被稱為核糖核蛋白體，簡稱為核蛋白體或核糖體。核糖體幾乎存在于一切細(xì)胞內(nèi)，無論原核還是真核細(xì)胞，均有大量的核糖體存在。核糖體是一種顆粒狀結(jié)構(gòu)，沒有膜包裹，其直徑為25nm，主要成分為蛋白質(zhì)和RNA，核糖體RNA稱為rRNA，蛋白質(zhì)含量約占40％，RNA約占60％。蛋白質(zhì)分子主要分布在核糖體的表面，而rRNA則位于內(nèi)部，兩者靠非共價鍵結(jié)合在一起。(細(xì)胞生物學(xué)翟中和高等教育出版社ppl22-129)核糖體的功能研究將焦點(diǎn)放到了核糖體RNA上，有很多rRNA功能域決定著核糖體的不同功能。(Annu Rev Biochem 1991；60 191-227)S4是最重要的核糖體蛋白之一，它是原核生物小亞單位30S的一種結(jié)合蛋白，同樣它在真核生物中也有人S4核糖體蛋白，行使相同的生物學(xué)功能。在細(xì)菌和葉綠體中均有S4的表達(dá)，在酵母、高等植物、動物體內(nèi)也發(fā)現(xiàn)有S4及其人S4核糖體蛋白。
對核糖體蛋白S4晶體研究(由于S4的N末端有41個不易結(jié)晶的氨基酸，因此切除此41個氨基酸殘基的剩余部分的結(jié)晶，稱為S4delta-41)的結(jié)果表明，S4delta-41有兩個功能域，功能域1都是alfa螺旋結(jié)構(gòu)，功能域2含有5個平行的beta折疊結(jié)構(gòu)和3個alfa螺旋結(jié)構(gòu)。功能域2是插入在功能域1之中的，功能域2還與真核生物轉(zhuǎn)錄因子的ETS功能域同源。從結(jié)構(gòu)上看，S4的二級結(jié)構(gòu)的序列為α1-α2-α3-α4-α5-β1-β2-β3-α6-β4-β5-α7，其中功能域1全是α螺旋(α1-α2-α3-α7)，功能域2是α4-α5-β1-β2-β3-α6-β4-β5，并插入在功能域1之中。此外，具體的結(jié)構(gòu)也已經(jīng)得到闡明，有文獻(xiàn)可供參考。(The EMBOJournal Vol 17 No16 pp4545-4558,1998)S4是核糖體的重要組分，原核生物的S4可結(jié)合于16S rRNA，從而影響翻譯的準(zhǔn)確性、16S rRNA的高級結(jié)構(gòu)等等。(Nowotny and Nierhaus,1988；Allenand Noller,1989)根據(jù)研究，在缺少其他蛋白的情況下，S4也能與16SrRNA相互作用。
S4也是一種RNA結(jié)合蛋白，與其他核糖體蛋白一樣，原核生物的S4核糖體蛋白可以結(jié)合于編碼自身的mRNA(α操縱子mRNA)結(jié)合從而調(diào)控自身的表達(dá)，由于α操縱子mRNA除編碼S4外，還編碼S11,S13和L17，所以S4可以通過結(jié)合于多聚順反子mRNA從而調(diào)控自身和其他一些核糖體蛋白的表達(dá)。(Dean andNomura,1980；Thomas et al.,1987)(The EMBO Journal Vol 17 Nol6pp4559-4571,1998)S4與rRNA和mRNA的結(jié)合位點(diǎn)的氨基酸序列沒有特別的同源性，但這兩種RNA的結(jié)構(gòu)相似性也未得到證明，此方面還有待進(jìn)一步研究。
目前的實(shí)驗(yàn)的結(jié)果還表明，S4在30S的裝配過程、保持翻譯的真實(shí)性中起作用。
綜上所述，S4核糖體蛋白的功能如下(1)在原核生物中S4可以結(jié)合于16SrRNA，從而影響翻譯的準(zhǔn)確性、16S rRNA的高級結(jié)構(gòu)等等，推測S4在真核生物細(xì)胞內(nèi)也有同樣功能；(2)S4也可結(jié)合于編碼自身的mRNA，從而調(diào)控自身和其他一些核糖體蛋白的表達(dá)；(3)S4還可以促進(jìn)核糖體的小亞基的裝配，在小亞基的裝配過程、保持翻譯的真實(shí)性中起作用；(4)S4還與真核生物轉(zhuǎn)錄因子的ETS功能域同源，因此被推測可以調(diào)控真核生物的轉(zhuǎn)錄過程。
根據(jù)氨基酸同源比較的結(jié)果，本發(fā)明的多肽被推斷鑒定為人S4核糖體蛋白54(HS4RP20)。
通過基因芯片的分析發(fā)現(xiàn)，在膀胱粘膜、PMA+的Ecv304細(xì)胞株、LPS+的Ecv304細(xì)胞株胸腺、正常成纖維細(xì)胞1024NC、Fibroblast，生長因子刺激，1024NT、疤痕成fc生長因子刺激，1013HT、疤痕成fc未用生長因子刺激，1013HC、膀胱癌建株細(xì)胞EJ、膀胱癌旁、膀胱癌、肝癌、肝癌細(xì)胞株、胎皮、脾臟、前列腺癌、空腸腺癌、賁門癌中，本發(fā)明的多肽的表達(dá)譜與人S4核糖體蛋白的表達(dá)譜非常近似，因此二者功能也可能類似。本發(fā)明被命名為人S4核糖體蛋白54。由于如上所述人S4核糖體蛋白54蛋白在調(diào)節(jié)細(xì)胞分裂和胚胎發(fā)育等機(jī)體重要功能中起重要作用，而且相信這些調(diào)節(jié)過程中涉及大量的蛋白，因而本領(lǐng)域中一直需要鑒定更多參與這些過程的人S4核糖體蛋白54蛋白，特別是鑒定這種蛋白的氨基酸序列。新人S4核糖體蛋白54蛋白編碼基因的分離也為研究確定該蛋白在健康和疾病狀態(tài)下的作用提供了基礎(chǔ)。這種蛋白可能構(gòu)成開發(fā)疾1病診斷和/或治療藥的基礎(chǔ)，因此分離其編碼DNA是非常重要的。
本發(fā)明的一個目的是提供分離的新的多肽--人S4核糖體蛋白54以及其片段、類似物和衍生物。
本發(fā)明的另一個目的是提供編碼該多肽的多核苷酸。
本發(fā)明的另一個目的是提供含有編碼人S4核糖體蛋白54的多核苷酸的重組載體。
本發(fā)明的另一個目的是提供含有編碼人S4核糖體蛋白54的多核苷酸的基因工程化宿主細(xì)胞。
本發(fā)明的另一個目的是提供生產(chǎn)人S4核糖體蛋白54的方法。
本發(fā)明的另一個目的是提供針對本發(fā)明的多肽--人S4核糖體蛋白54的抗體。
本發(fā)明的另一個目的是提供了針對本發(fā)明多肽--人S4核糖體蛋白54的模擬化合物、拮抗劑、激動劑、抑制劑。
本發(fā)明的另一個目的是提供診斷治療與人S4核糖體蛋白54異常相關(guān)的疾病的方法。
本發(fā)明涉及一種分離的多肽，該多肽是人源的，它包含具有SEQ ID No.2氨基酸序列的多肽、或其保守性變體、生物活性片段或衍生物。較佳地，該多肽是具有SEQ ID NO:2氨基酸序列的多肽。
本發(fā)明還涉及一種分離的多核苷酸，它包含選自下組的一種核苷酸序列或其變體(a)編碼具有SEQ ID No.2氨基酸序列的多肽的多核苷酸；(b)與多核苷酸(a)互補(bǔ)的多核苷酸；(c)與(a)或(b)的多核苷酸序列具有至少70％相同性的多核苷酸。
更佳地，該多核苷酸的序列是選自下組的一種(a)具有SEQ ID NO:1中11-1486位的序列；和(b)具有SEQ ID NO:1中1-3053位的序列。
本發(fā)明另外涉及一種含有本發(fā)明多核苷酸的載體，特別是表達(dá)載體；一種用該載體遺傳工程化的宿主細(xì)胞，包括轉(zhuǎn)化、轉(zhuǎn)導(dǎo)或轉(zhuǎn)染的宿主細(xì)胞；一種包括培養(yǎng)所述宿主細(xì)胞和回收表達(dá)產(chǎn)物的制備本發(fā)明多肽的方法。
本發(fā)明還涉及一種能與本發(fā)明多肽特異性結(jié)合的抗體。
本發(fā)明還涉及一種篩選的模擬、激活、拮抗或抑制人S4核糖體蛋白54蛋白活性的化合物的方法，其包括利用本發(fā)明的多肽。本發(fā)明還涉及用該方法獲得的化合物。
本發(fā)明還涉及一種體外檢測與人S4核糖體蛋白54蛋白異常表達(dá)相關(guān)的疾病或疾病易感性的方法，包括檢測生物樣品中所述多肽或其編碼多核苷酸序列中的突變，或者檢測生物樣品中本發(fā)明多肽的量或生物活性。
本發(fā)明也涉及一種藥物組合物，它含有本發(fā)明多肽或其模擬物、激活劑、拮抗劑或抑制劑以及藥學(xué)上可接受的載體。
本發(fā)明還涉及本發(fā)明的多肽和/或多核苷酸在制備用于治療癌癥、發(fā)育性疾病或免疫性疾病或其它由于人S4核糖體蛋白54表達(dá)異常所引起疾病的藥物的用途。
本發(fā)明的其它方面由于本文的技術(shù)的公開，對本領(lǐng)域的技術(shù)人員而言是顯而易見的。
本說明書和權(quán)利要求書中使用的下列術(shù)語除非特別說明具有如下的含義“核酸序列”是指寡核苷酸、核苷酸或多核苷酸及其片段或部分，也可以指基因組或合成的DNA或RNA，它們可以是單鏈或雙鏈的，代表有義鏈或反義鏈。類似地，術(shù)語“氨基酸序列”是指寡肽、肽、多肽或蛋白質(zhì)序列及其片段或部分。當(dāng)本發(fā)明中的“氨基酸序列”涉及一種天然存在的蛋白質(zhì)分子的氨基酸序列時，這種“多肽”或“蛋白質(zhì)”不意味著將氨基酸序列限制為與所述蛋白質(zhì)分子相關(guān)的完整的天然氨基酸。
蛋白質(zhì)或多核苷酸“變體”是指一種具有一個或多個氨基酸或核苷酸改變的氨基酸序列或編碼它的多核苷酸序列。所述改變可包括氨基酸序列或核苷酸序列中氨基酸或核苷酸的缺失、插入或替換。變體可具有“保守性”改變，其中替換的氨基酸具有與原氨基酸相類似的結(jié)構(gòu)或化學(xué)性質(zhì)，如用亮氨酸替換異亮氨酸。變體也可具有非保守性改變，如用色氨酸替換甘氨酸。
“缺失”是指在氨基酸序列或核苷酸序列中一個或多個氨基酸或核苷酸的缺失。
“插入”或“添加”是指在氨基酸序列或核苷酸序列中的改變導(dǎo)致與天然存在的分子相比，一個或多個氨基酸或核苷酸的增加?！疤鎿Q”是指由不同的氨基酸或核苷酸替換一個或多個氨基酸或核苷酸。
“生物活性”是指具有天然分子的結(jié)構(gòu)、調(diào)控或生物化學(xué)功能的蛋白質(zhì)。類似地，術(shù)語“免疫學(xué)活性”是指天然的、重組的或合成蛋白質(zhì)及其片段在合適的動物或細(xì)胞中誘導(dǎo)特定免疫反應(yīng)以及與特異性抗體結(jié)合的能力。
“激動劑”是指當(dāng)與人S4核糖體蛋白54結(jié)合時，一種可引起該蛋白質(zhì)改變從而調(diào)節(jié)該蛋白質(zhì)活性的分子。激動劑可以包括蛋白質(zhì)、核酸、碳水化合物或任何其它可結(jié)合人S4核糖體蛋白54的分子。
“拮抗劑”或“抑制物”是指當(dāng)與人S4核糖體蛋白54結(jié)合時，一種可封閉或調(diào)節(jié)人S4核糖體蛋白54的生物學(xué)活性或免疫學(xué)活性的分子。拮抗劑和抑制物可以包括蛋白質(zhì)、核酸、碳水化合物或任何其它可結(jié)合人S4核糖體蛋白54的分子。
“調(diào)節(jié)”是指人S4核糖體蛋白54的功能發(fā)生改變，包括蛋白質(zhì)活性的升高或降低、結(jié)合特性的改變及人S4核糖體蛋白54的任何其它生物學(xué)性質(zhì)、功能或免疫性質(zhì)的改變。
“基本上純”是指基本上不含天然與其相關(guān)的其它蛋白、脂類、糖類或其它物質(zhì)。本領(lǐng)域的技術(shù)人員能用標(biāo)準(zhǔn)的蛋白質(zhì)純化技術(shù)純化人S4核糖體蛋白54?；旧霞兊娜薙4核糖體蛋白54在非還原性聚丙烯酰胺凝膠上能產(chǎn)生單一的主帶。人S4核糖體蛋白54多肽的純度可用氨基酸序列分析。
“互補(bǔ)的”或“互補(bǔ)”是指在允許的鹽濃度和溫度條件下通過堿基配對的多核苷酸天然結(jié)合。例如，序列“C-T-G-A”可與互補(bǔ)的序列“G-A-C-T”結(jié)合。兩個單鏈分子之間的互補(bǔ)可以是部分的或全部的。核酸鏈之間的互補(bǔ)程度對于核酸鏈之間雜交的效率及強(qiáng)度有明顯影響。
“同源性”是指互補(bǔ)的程度，可以是部分同源或完全同源。“部分同源”是指一種部分互補(bǔ)的序列，其至少可部分抑制完全互補(bǔ)的序列與靶核酸的雜交。這種雜交的抑制可通過在嚴(yán)格性程度降低的條件下進(jìn)行雜交(Southern印跡或Northern印跡等)來檢測。基本上同源的序列或雜交探針可競爭和抑制完全同源的序列與靶序列在的嚴(yán)格性程度降低的條件下的結(jié)合。這并不意味嚴(yán)格性程度降低的條件允許非特異性結(jié)合，因?yàn)閲?yán)格性程度降低的條件要求兩條序列相互的結(jié)合為特異性或選擇性相互作用。
“相同性百分率”是指在兩種或多種氨基酸或核酸序列比較中序列相同或相似的百分率?？捎秒娮臃椒y定相同性百分率，如通過MEGALIGN程序(Lasergenesoftware package,DNASTAR,Inc.,Madison Wis.)。MEGALIGN程序可根據(jù)不同的方法如Cluster法比較兩種或多種序列(Higgins,D.G.和P.M.Sharp(1988)Gene 73:237-244)。Cluster法通過檢查所有配對之間的距離將各組序列排列成簇。然后將各簇以成對或成組分配。兩個氨基酸序列如序列A和序列B之間的相同性百分率通過下式計算序列A與序列B之間匹配的殘基個數(shù) 100序列A的殘基數(shù)-序列A中間隔殘基數(shù)-序列B中間隔殘基數(shù)也可以通過Cluster法或用本領(lǐng)域周知的方法如Jotun Hein測定核酸序列之間的相同性百分率(Hein J.,(1990)Methods in emzumology 183:625-645)。
“相似性”是指氨基酸序列之間排列對比時相應(yīng)位置氨基酸殘基的相同或保守性取代的程度。用于保守性取代的氨基酸例如，帶負(fù)電荷的氨基酸可包括天冬氨酸和谷氨酸；帶正電荷的氨基酸可包括賴氨酸和精氨酸；具有不帶電荷的頭部基團(tuán)有相似親水性的氨基酸可包括亮氨酸、異亮氨酸和纈氨酸；甘氨酸和丙氨酸；天冬酰胺和谷氨酰胺；絲氨酸和蘇氨酸；苯丙氨酸和酪氨酸。
“反義”是指與特定的DNA或RNA序列互補(bǔ)的核苷酸序列?！胺戳x鏈”是指與“有義鏈”互補(bǔ)的核酸鏈。
“衍生物”是指HFP或編碼其的核酸的化學(xué)修飾物。這種化學(xué)修飾物可以是用烷基、?；虬被鎿Q氫原子。核酸衍生物可編碼保留天然分子的主要生物學(xué)特性的多肽。
“抗體”是指完整的抗體分子及其片段，如Fa、F(ab’)2及Fv，其能特異性結(jié)合人S4核糖體蛋白54的抗原決定簇。
“人源化抗體”是指非抗原結(jié)合區(qū)域的氨基酸序列被替換變得與人抗體更為相似，但仍保留原始結(jié)合活性的抗體。
“分離的”一詞指將物質(zhì)從它原來的環(huán)境(例如，若是自然產(chǎn)生的就指其天然環(huán)境)之中移出。比如說，一個自然產(chǎn)生的多核苷酸或多肽存在于活動物中就是沒有被分離出來，但同樣的多核苷酸或多肽同一些或全部在自然系統(tǒng)中與之共存的物質(zhì)分開就是分離的。這樣的多核苷酸可能是某一載體的一部分，也可能這樣的多核苷酸或多肽是某一組合物的一部分。既然載體或組合物不是它天然環(huán)境的成分，它們?nèi)匀皇欠蛛x的。
如本發(fā)明所用，“分離的”是指物質(zhì)從其原始環(huán)境中分離出來(如果是天然的物質(zhì)，原始環(huán)境即是天然環(huán)境)。如活體細(xì)胞內(nèi)的天然狀態(tài)下的多聚核苷酸和多肽是沒有分離純化的，但同樣的多聚核苷酸或多肽如從天然狀態(tài)中同存在的其他物質(zhì)中分開，則為分離純化的。
如本文所用，“分離的人S4核糖體蛋白54”是指人S4核糖體蛋白54基本上不含天然與其相關(guān)的其它蛋白、脂類、糖類或其它物質(zhì)。本領(lǐng)域的技術(shù)人員能用標(biāo)準(zhǔn)的蛋白質(zhì)純化技術(shù)純化人S4核糖體蛋白54?；旧霞兊亩嚯脑诜沁€原聚丙烯酰胺凝膠上能產(chǎn)生單一的主帶。人S4核糖體蛋白54多肽的純度能用氨基酸序列分析。
本發(fā)明提供了一種新的多肽--人S4核糖體蛋白54，其基本上是由SEQ ID NO:2所示的氨基酸序列組成的。本發(fā)明的多肽可以是重組多肽、天然多肽、合成多肽，優(yōu)選重組多肽。本發(fā)明的多肽可以是天然純化的產(chǎn)物，或是化學(xué)合成的產(chǎn)物，或使用重組技術(shù)從原核或真核宿主(例如，細(xì)菌、酵母、高等植物、昆蟲和哺乳動物細(xì)胞)中產(chǎn)生。根據(jù)重組生產(chǎn)方案所用的宿主，本發(fā)明的多肽可以是糖基化的，或可以是非糖基化的。本發(fā)明的多肽還可包括或不包括起始的甲硫氨酸殘基。
本發(fā)明還包括人S4核糖體蛋白54的片段、衍生物和類似物。如本發(fā)明所用，術(shù)語“片段”、“衍生物”和“類似物”是指基本上保持本發(fā)明的人S4核糖體蛋白54相同的生物學(xué)功能或活性的多肽。本發(fā)明多肽的片段、衍生物或類似物可以是(Ⅰ)這樣一種，其中一個或多個氨基酸殘基被保守或非保守氨基酸殘基(優(yōu)選的是保守氨基酸殘基)取代，并且取代的氨基酸可以是也可以不是由遺傳密碼子編碼的；或者(Ⅱ)這樣一種，其中一個或多個氨基酸殘基上的某個基團(tuán)被其它基團(tuán)取代包含取代基；或者(Ⅲ)這樣一種，其中成熟多肽與另一種化合物(比如延長多肽半衰期的化合物，例如聚乙二醇)融合；或者(Ⅳ)這樣一種，其中附加的氨基酸序列融合進(jìn)成熟多肽而形成的多肽序列(如前導(dǎo)序列或分泌序列或用來純化此多肽的序列或蛋白原序列)通過本文的闡述，這樣的片段、00衍生物和類似物被認(rèn)為在本領(lǐng)域技術(shù)人員的知識范圍之內(nèi)。
本發(fā)明提供了分離的核酸(多核苷酸)，基本由編碼具有SEQ ID NO:2氨基酸序列的多肽的多核苷酸組成。本發(fā)明的多核苷酸序列包括SEQ ID NO:1的核苷酸序列。本發(fā)明的多核苷酸是從人胎腦組織的cDNA文庫中發(fā)現(xiàn)的。它包含的多核苷酸序列全長為3053個堿基，其開放讀框11-1486編碼了491個氨基酸。根據(jù)基因芯片表達(dá)譜比較發(fā)現(xiàn)，此多肽與人S4核糖體蛋白有相似的表達(dá)譜，可推斷出該人S4核糖體蛋白54具有人S4核糖體蛋白相似的功能。
本發(fā)明的多核苷酸可以是DNA形式或是RNA形式。DNA形式包括cDNA、基因組DNA或人工合成的DNA。DNA可以是單鏈的或是雙鏈的。DNA可以是編碼鏈或非編碼鏈。編碼成熟多肽的編碼區(qū)序列可以與SEQ ID NO:1所示的編碼區(qū)序列相同或者是簡并的變異體。如本發(fā)明所用，“簡并的變異體”在本發(fā)明中是指編碼具有SEQ ID NO:2的蛋白質(zhì)或多肽，但與SEQ ID NO:1所示的編碼區(qū)序列有差別的核酸序列。
編碼SEQ ID NO:2的成熟多肽的多核苷酸包括只有成熟多肽的編碼序列；成熟多肽的編碼序列和各種附加編碼序列；成熟多肽的編碼序列(和任選的附加編碼序列)以及非編碼序列。
術(shù)語“編碼多肽的多核苷酸”是指包括編碼此多肽的多核苷酸和包括附加編碼和/或非編碼序列的多核苷酸。
本發(fā)明還涉及上述描述多核苷酸的變異體，其編碼與本發(fā)明有相同的氨基酸序列的多肽或多肽的片斷、類似物和衍生物。此多核苷酸的變異體可以是天然發(fā)生的等位變異體或非天然發(fā)生的變異體。這些核苷酸變異體包括取代變異體、缺失變異體和插入變異體。如本領(lǐng)域所知的，等位變異體是一個多核苷酸的替換形式，它可能是一個或多個核苷酸的取代、缺失或插入，但不會從實(shí)質(zhì)上改變其編碼的多肽的功能。
本發(fā)明還涉及與以上所描述的序列雜交的多核苷酸(兩個序列之間具有至少50％，優(yōu)選具有70％的相同性)。本發(fā)明特別涉及在嚴(yán)格條件下與本發(fā)明所述多核苷酸可雜交的多核苷酸。在本發(fā)明中，“嚴(yán)格條件”是指(1)在較低離子強(qiáng)度和較高溫度下的雜交和洗脫，如0.2×SSC,0.1％SDS,60℃；或(2)雜交時加用變性劑，如50％(v/v)甲酰胺，0.1％小牛血清/0.1％Ficoll,42℃等；或(3)僅在兩條序列之間的相同性至少在95％以上，更好是97％以上時才發(fā)生雜交。并且，可雜交的多核苷酸編碼的多肽與SEQ ID NO:2所示的成熟多肽有相同的生物學(xué)功能和活性。
本發(fā)明還涉及與以上所描述的序列雜交的核酸片段。如本發(fā)明所用，”核酸片段”的長度至少含10個核苷酸，較好是至少20-30個核苷酸，更好是至少50-60個核苷酸，最好是至少100個核苷酸以上。核酸片段也可用于核酸的擴(kuò)增技術(shù)(如PCR)以確定和/或分離編碼人S4核糖體蛋白54的多核苷酸。
本發(fā)明中的多肽和多核苷酸優(yōu)選以分離的形式提供，更佳地被純化至均質(zhì)。
本發(fā)明的編碼人S4核糖體蛋白54的特異的多核苷酸序列能用多種方法獲得。例如，用本領(lǐng)域熟知的雜交技術(shù)分離多核苷酸。這些技術(shù)包括但不局限于1)用探針與基因組或cDNA文庫雜交以檢出同源的多核苷酸序列，和2)表達(dá)文庫的抗體篩選以檢出具有共同結(jié)構(gòu)特征的克隆的多核苷酸片段。
本發(fā)明的DNA片段序列也能用下列方法獲得1)從基因組DNA分離雙鏈DNA序列；2)化學(xué)合成DNA序列以獲得所述多肽的雙鏈DNA。
上述提到的方法中，分離基因組DNA最不常用。DNA序列的直接化學(xué)合成是經(jīng)常選用的方法。更經(jīng)常選用的方法是cDNA序列的分離。分離感興趣的cDNA的標(biāo)準(zhǔn)方法是從高表達(dá)該基因的供體細(xì)胞分離mRNA并進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄，形成質(zhì)?；蚴删wcDNA文庫。提取mRNA的方法已有多種成熟的技術(shù)，試劑盒也可從商業(yè)途徑獲得(Qiagene)。而構(gòu)建cDNA文庫也是通常的方法(Sambrook,et al.,MolecularCloning,A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Laboratory.New York,1989)。還可得到商業(yè)供應(yīng)的cDNA文庫，如Clontech公司的不同cDNA文庫。當(dāng)結(jié)合使用聚合酶反應(yīng)技術(shù)時，即使極少的表達(dá)產(chǎn)物也能克隆。
可用常規(guī)方法從這些cDNA文庫中篩選本發(fā)明的基因。這些方法包括(但不限于)(1)DNA-DNA或DNA-RNA雜交；(2)標(biāo)志基因功能的出現(xiàn)或喪失；(3)測定人S4核糖體蛋白54的轉(zhuǎn)錄本的水平；(4)通過免疫學(xué)技術(shù)或測定生物學(xué)活性，來檢測基因表達(dá)的蛋白產(chǎn)物。上述方法可單用，也可多種方法聯(lián)合應(yīng)用。
在第(1)種方法中，雜交所用的探針是與本發(fā)明的多核苷酸的任何一部分同源，其長度至少10個核苷酸，較好是至少30個核苷酸，更好是至少50個核苷酸，最好是至少100個核苷酸。此外，探針的長度通常在2000個核苷酸之內(nèi)，較佳的為1000個核苷酸之內(nèi)。此處所用的探針通常是在本發(fā)明的基因序列信息的基礎(chǔ)上化學(xué)合成的DNA序列。本發(fā)明的基因本身或者片段當(dāng)然可以用作探針。DNA探針的標(biāo)記可用放射性同位素，熒光素或酶(如堿性磷酸酶)等。
在第(4)種方法中，檢測人S4核糖體蛋白54基因表達(dá)的蛋白產(chǎn)物可用免疫學(xué)技術(shù)如Western印跡法，放射免疫沉淀法，酶聯(lián)免疫吸附法(ELISA)等。
應(yīng)用PCR技術(shù)擴(kuò)增DNA/RNA的方法(Saiki,et al.Science1985；230:1350-1354)被優(yōu)選用于獲得本發(fā)明的基因。特別是很難從文庫中得到全長的cDNA時，可優(yōu)選使用RACE法(RACE-cDNA末端快速擴(kuò)增法)，用于PCR的引物可根據(jù)本文所公開的本發(fā)明的多核苷酸序列信息適當(dāng)?shù)剡x擇，并可用常規(guī)方法合成?？捎贸Ｒ?guī)方法如通過凝膠電泳分離和純化擴(kuò)增的DNA/RNA片段。
如上所述得到的本發(fā)明的基因，或者各種DNA片段等的多核苷酸序列可用常規(guī)方法如雙脫氧鏈終止法(Sanger et al.PNAS,1977,74:5463-5467)測定。這類多核苷酸序列測定也可用商業(yè)測序試劑盒等。為了獲得全長的cDNA序列，測序需反復(fù)進(jìn)行。有時需要測定多個克隆的cDNA序列，才能拼接成全長的cDNA序列。
本發(fā)明也涉及包含本發(fā)明的多核苷酸的載體，以及用本發(fā)明的載體或直接用人S4核糖體蛋白54編碼序列經(jīng)基因工程產(chǎn)生的宿主細(xì)胞，以及經(jīng)重組技術(shù)產(chǎn)生本發(fā)明所述多肽的方法。
本發(fā)明中，編碼人S4核糖體蛋白54的多核苷酸序列可插入到載體中，以構(gòu)成含有本發(fā)明所述多核苷酸的重組載體。術(shù)語“載體”指本領(lǐng)域熟知的細(xì)菌質(zhì)粒、噬菌體、酵母質(zhì)粒、植物細(xì)胞病毒、哺乳動物細(xì)胞病毒如腺病毒、逆轉(zhuǎn)錄病毒或其它載體。在本發(fā)明中適用的載體包括但不限于在細(xì)菌中表達(dá)的基于T7啟動子的表達(dá)載體(Rosenberg,et a1.Gene,1987,56:125)；在哺乳動物細(xì)胞中表達(dá)的pMSXND表達(dá)載體(Lee and Nathans,J Bio Chem.263:3521,1988)和在昆蟲細(xì)胞中表達(dá)的來源于桿狀病毒的載體?？傊?，只要能在宿主體內(nèi)復(fù)制和穩(wěn)定，任何質(zhì)粒和載體都可以用于構(gòu)建重組表達(dá)載體。表達(dá)載體的一個重要特征是通常含有復(fù)制起始點(diǎn)、啟動子、標(biāo)記基因和翻譯調(diào)控元件。
本領(lǐng)域的技術(shù)人員熟知的方法能用于構(gòu)建含編碼人S4核糖體蛋白54的DNA序列和合適的轉(zhuǎn)錄/翻譯調(diào)控元件的表達(dá)載體。這些方法包括體外重組DNA技術(shù)、DNA合成技術(shù)、體內(nèi)重組技術(shù)等(Sambroook,et al.Molecular Cloning,aLaboratory Manual,cold Spring Harbor Laboratory.New York,1989)。所述的DNA序列可有效連接到表達(dá)載體中的適當(dāng)啟動子上，以指導(dǎo)mRNA合成。這些啟動子的代表性例子有大腸桿菌的lac或trp啟動子；λ噬菌體的PL啟動子；真核啟動子包括CMV立即早期啟動子、HSV胸苷激酶啟動子、早期和晚期SV40啟動子、反轉(zhuǎn)錄病毒的LTRs和其它一些已知的可控制基因在原核細(xì)胞或真核細(xì)胞或其病毒中表達(dá)的啟動子。表達(dá)載體還包括翻譯起始用的核糖體結(jié)合位點(diǎn)和轉(zhuǎn)錄終止子等。在載體中插入增強(qiáng)子序列將會使其在高等真核細(xì)胞中的轉(zhuǎn)錄得到增強(qiáng)。增強(qiáng)子是DNA表達(dá)的順式作用因子，通常大約有10到300個堿基對，作用于啟動子以增強(qiáng)基因的轉(zhuǎn)錄?？膳e的例子包括在復(fù)制起始點(diǎn)晚期一側(cè)的100到270個堿基對的SV40增強(qiáng)子、在復(fù)制起始點(diǎn)晚期一側(cè)的多瘤增強(qiáng)子以及腺病毒增強(qiáng)子等。
此外，表達(dá)載體優(yōu)選地包含一個或多個選擇性標(biāo)記基因，以提供用于選擇轉(zhuǎn)化的宿主細(xì)胞的表型性狀，如真核細(xì)胞培養(yǎng)用的二氫葉酸還原酶、新霉素抗性以及綠色熒光蛋白(GFP)，或用于大腸桿菌的四環(huán)素或氨芐青霉素抗性等。
本領(lǐng)域一般技術(shù)人員都清楚如何選擇適當(dāng)?shù)妮d體/轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件(如啟動子、增強(qiáng)子等)和選擇性標(biāo)記基因。
本發(fā)明中，編碼人S4核糖體蛋白54的多核苷酸或含有該多核苷酸的重組載體可轉(zhuǎn)化或轉(zhuǎn)導(dǎo)入宿主細(xì)胞，以構(gòu)成含有該多核苷酸或重組載體的基因工程化宿主細(xì)胞。術(shù)語“宿主細(xì)胞”指原核細(xì)胞，如細(xì)菌細(xì)胞；或是低等真核細(xì)胞，如酵母細(xì)胞；或是高等真核細(xì)胞，如哺乳動物細(xì)胞。代表性例子有大腸桿菌，鏈霉菌屬；細(xì)菌細(xì)胞如鼠傷寒沙門氏菌；真菌細(xì)胞如酵母；植物細(xì)胞；昆蟲細(xì)胞如果蠅S2或Sf9；動物細(xì)胞如CHO、COS或Bowes黑素瘤細(xì)胞等。
用本發(fā)明所述的DNA序列或含有所述DNA序列的重組載體轉(zhuǎn)化宿主細(xì)胞可用本領(lǐng)域技術(shù)人員熟知的常規(guī)技術(shù)進(jìn)行。當(dāng)宿主為原核生物如大腸桿菌時，能吸收DNA的感受態(tài)細(xì)胞可在指數(shù)生長期后收獲，用CaCl2法處理，所用的步驟在本領(lǐng)域眾所周知?？晒┻x擇的是用MgCl2。如果需要，轉(zhuǎn)化也可用電穿孔的方法進(jìn)行。當(dāng)宿主是真核生物，可選用如下的DNA轉(zhuǎn)染方法磷酸鈣共沉淀法，或者常規(guī)機(jī)械方法如顯微注射、電穿孔、脂質(zhì)體包裝等。
通過常規(guī)的重組DNA技術(shù)，利用本發(fā)明的多核苷酸序列可用來表達(dá)或生產(chǎn)重組的人S4核糖體蛋白54(Science,1984；224:1431)。一般來說有以下步驟(1)．用本發(fā)明的編碼人人S4核糖體蛋白54的多核苷酸(或變異體)，或用含有該多核苷酸的重組表達(dá)載體轉(zhuǎn)化或轉(zhuǎn)導(dǎo)合適的宿主細(xì)胞；(2)．在合適的培養(yǎng)基中培養(yǎng)宿主細(xì)胞；(3)．從培養(yǎng)基或細(xì)胞中分離、純化蛋白質(zhì)。
在步驟(2)中，根據(jù)所用的宿主細(xì)胞，培養(yǎng)中所用的培養(yǎng)基可選自各種常規(guī)培養(yǎng)基。在適于宿主細(xì)胞生長的條件下進(jìn)行培養(yǎng)。當(dāng)宿主細(xì)胞生長到適當(dāng)?shù)募?xì)胞密度后，用合適的方法(如溫度轉(zhuǎn)換或化學(xué)誘導(dǎo))誘導(dǎo)選擇的啟動子，將細(xì)胞再培養(yǎng)一段時間。
在步驟(3)中，重組多肽可包被于細(xì)胞內(nèi)、或在細(xì)胞膜上表達(dá)、或分泌到細(xì)胞外。如果需要，可利用其物理的、化學(xué)的和其它特性通過各種分離方法分離和純化重組的蛋白。這些方法是本領(lǐng)域技術(shù)人員所熟知的。這些方法包括但并不限于常規(guī)的復(fù)性處理、蛋白沉淀劑處理(鹽析方法)、離心、滲透破菌、超聲波處理、超離心、分子篩層析(凝膠過濾)、吸附層析、離子交換層析、高效液相層析(HPLC)和其它各種液相層析技術(shù)及這些方法的結(jié)合。
本發(fā)明的多肽以及該多肽的拮抗劑、激動劑和抑制劑可直接用于疾病治療，例如，可治療惡性腫瘤、腎上腺缺乏癥、皮膚病、各類炎癥、HIV感染和免疫性疾病等。
本發(fā)明的多肽(人S4核糖體蛋白20)是一種重要的核糖體蛋白，它直接調(diào)控著核糖體小亞基的結(jié)構(gòu)和裝配、自身和其他一些核糖體蛋白的表達(dá)，間接調(diào)控著蛋白的翻譯和表達(dá)、細(xì)胞轉(zhuǎn)錄等生命活動過程。
本發(fā)明的多肽可用于診斷和治療很多種疾病，例如惡性腫瘤，免疫性疾病，內(nèi)分泌系統(tǒng)疾病，神經(jīng)系統(tǒng)疾病和各類炎癥等等。
本發(fā)明的多肽可用于治療人的惡性腫瘤，包括但不限于胃癌、肝癌、大腸癌、乳腺癌、肺癌、前列腺癌、宮頸癌、胰腺癌、食道癌。
本發(fā)明的多肽也是一種免疫調(diào)節(jié)劑，具有免疫促進(jìn)或免疫抑制作用。本發(fā)明的多肽可用于一些疾病的治療，這些疾病包括免疫反應(yīng)的無反應(yīng)性，或異常免疫反應(yīng)，或宿主防衛(wèi)無效，舉例如下人體主要組織相容性抗原相關(guān)的疾病類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎、慢性活動性肝炎、原發(fā)性干燥綜合癥、急性前葡萄膜炎、淋球菌感染后關(guān)節(jié)炎、強(qiáng)直性脊柱炎、血色素沉著癥、免疫復(fù)合物型腎小球腎炎、淋球菌感染后心肌炎；自身免疫病系統(tǒng)性紅斑狼瘡、類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎、硬皮病、多發(fā)性肌炎、口眼干燥綜合癥、結(jié)節(jié)性多動脈炎、自身免疫性胃炎、胰島素自身免疫性綜合癥、自身免疫性甲狀腺疾病、自身免疫性心臟??；免疫缺陷病原發(fā)性免疫缺陷病(1)原發(fā)性特異性免疫缺陷病如抗體為主的原發(fā)性特異性免疫缺陷病、聯(lián)合免疫缺陷病、有其他特征的原發(fā)性特異性免疫缺陷病；(2)原發(fā)性非特異性免疫缺陷病如吞噬細(xì)胞缺乏的免疫缺陷病、補(bǔ)體系統(tǒng)缺陷病；(3)伴有其它疾病的原發(fā)性免疫缺陷病如Down綜合癥、短肢性侏儒癥、遺傳性轉(zhuǎn)鈷胺Ⅱ缺乏伴低丙種球蛋白血癥、生物素依賴性羧化酶缺乏癥、Dun Can綜合癥、胸腺瘤、慢性病皮膚粘膜念球菌病、再生障礙性貧血、Di George綜合癥、Wiscott-Aldrich綜合癥、伴共濟(jì)失調(diào)毛細(xì)血管擴(kuò)張的免疫缺陷??；繼發(fā)性免疫缺陷病如獲得性免疫缺陷綜合癥；變態(tài)反應(yīng)性疾病支氣管哮喘、阿斯匹林哮喘；本發(fā)明也提供了篩選化合物以鑒定提高(激動劑)或阻遏(拮抗劑)人S4核糖體蛋白54的藥劑的方法。激動劑提高人S4核糖體蛋白54刺激細(xì)胞增殖等生物功能，而拮抗劑阻止和治療與細(xì)胞過度增殖有關(guān)的紊亂如各種癌癥。例如，能在藥物的存在下，將哺乳動物細(xì)胞或表達(dá)人S4核糖體蛋白54的膜制劑與標(biāo)記的人S4核糖體蛋白54一起培養(yǎng)。然后測定藥物提高或阻遏此相互作用的能力。
人S4核糖體蛋白54的拮抗劑包括篩選出的抗體、化合物、受體缺失物和類似物等。人S4核糖體蛋白54的拮抗劑可以與人S4核糖體蛋白54結(jié)合并消除其功能，或是抑制該多肽的產(chǎn)生，或是與該多肽的活性位點(diǎn)結(jié)合使該多肽不能發(fā)揮生物學(xué)功能。
在篩選作為拮抗劑的化合物時，可以將人S4核糖體蛋白54加入生物分析測定中，通過測定化合物對人S4核糖體蛋白54和其受體之間相互作用的影響來確定化合物是否是拮抗劑。用上述篩選化合物的同樣方法，可以篩選出起拮抗劑作用的受體缺失物和類似物。能與人S4核糖體蛋白54結(jié)合的多肽分子可通過篩選由各種可能組合的氨基酸結(jié)合于固相物組成的隨機(jī)多肽庫而獲得。篩選時，一般應(yīng)對人S4核糖體蛋白54分子進(jìn)行標(biāo)記。
本發(fā)明提供了用多肽，及其片段、衍生物、類似物或它們的細(xì)胞作為抗原以生產(chǎn)抗體的方法。這些抗體可以是多克隆抗體或單克隆抗體。本發(fā)明還提供了針對人S4核糖體蛋白54抗原決定簇的抗體。這些抗體包括(但不限于)多克隆抗體、單克隆抗體、嵌合抗體、單鏈抗體、Fab片段和Fab表達(dá)文庫產(chǎn)生的片段。
多克隆抗體的生產(chǎn)可用人S4核糖體蛋白54直接注射免疫動物(如家兔，小鼠，大鼠等)的方法得到，多種佐劑可用于增強(qiáng)免疫反應(yīng)，包括但不限于弗氏佐劑等。制備人S4核糖體蛋白54的單克隆抗體的技術(shù)包括但不限于雜交瘤技術(shù)(Kohler and Milstein.Nature,1975,256:495-497)，三瘤技術(shù)，人B-細(xì)胞雜交瘤技術(shù)，EBV-雜交瘤技術(shù)等。將人恒定區(qū)和非人源的可變區(qū)結(jié)合的嵌合抗體可用已有的技術(shù)生產(chǎn)(Morrison et al,PNAS,1985,81:6851)。而已有的生產(chǎn)單鏈抗體的技術(shù)(U.S.Pat No.4946778)也可用于生產(chǎn)抗人S4核糖體蛋白54的單鏈抗體。
抗人S4核糖體蛋白54的抗體可用于免疫組織化學(xué)技術(shù)中，檢測活檢標(biāo)本中的人S4核糖體蛋白54。
與人S4核糖體蛋白54結(jié)合的單克隆抗體也可用放射性同位素標(biāo)記，注入體內(nèi)可跟蹤其位置和分布。這種放射性標(biāo)記的抗體可作為一種非創(chuàng)傷性診斷方法用于腫瘤細(xì)胞的定位和判斷是否有轉(zhuǎn)移。
抗體還可用于設(shè)計針對體內(nèi)某一特殊部位的免疫毒素。如人S4核糖體蛋白54高親和性的單克隆抗體可與細(xì)菌或植物毒素(如白喉毒素，蓖麻蛋白，紅豆堿等)共價結(jié)合。一種通常的方法是用巰基交聯(lián)劑如SPDP，攻擊抗體的氨基，通過二硫鍵的交換，將毒素結(jié)合于抗體上，這種雜交抗體可用于殺滅人S4核糖體蛋白54陽性的細(xì)胞。
本發(fā)明中的抗體可用于治療或預(yù)防與人S4核糖體蛋白54相關(guān)的疾病。給予適當(dāng)劑量的抗體可以刺激或阻斷人S4核糖體蛋白54的產(chǎn)生或活性。
本發(fā)明還涉及定量和定位檢測人S4核糖體蛋白54水平的診斷試驗(yàn)方法。這些試驗(yàn)是本領(lǐng)域所熟知的，且包括FISH測定和放射免疫測定。試驗(yàn)中所檢測的人S4核糖體蛋白54水平，可以用作解釋人S4核糖體蛋白54在各種疾病中的重要性和用于診斷人S4核糖體蛋白54起作用的疾病。
本發(fā)明的多肽還可用作肽譜分析，例如，多肽可用物理的、化學(xué)或酶進(jìn)行特異性切割，并進(jìn)行一維或二維或三維的凝膠電泳分析，更好的是進(jìn)行質(zhì)譜分析。
編碼人S4核糖體蛋白54的多核苷酸也可用于多種治療目的?；蛑委熂夹g(shù)可用于治療由于人S4核糖體蛋白54的無表達(dá)或異常/無活性表達(dá)所致的細(xì)胞增殖、發(fā)育或代謝異常。重組的基因治療載體(如病毒載體)可設(shè)計用于表達(dá)變異的人S4核糖體蛋白54，以抑制內(nèi)源性的人S4核糖體蛋白54活性。例如，一種變異的人S4核糖體蛋白54可以是縮短的、缺失了信號傳導(dǎo)功能域的人S4核糖體蛋白54，雖可與下游的底物結(jié)合，但缺乏信號傳導(dǎo)活性。因此重組的基因治療載體可用于治療人S4核糖體蛋白54表達(dá)或活性異常所致的疾病。來源于病毒的表達(dá)載體如逆轉(zhuǎn)錄病毒、腺病毒、腺病毒相關(guān)病毒、單純皰疹病毒、細(xì)小病毒等可用于將編碼人S4核糖體蛋白54的多核苷酸轉(zhuǎn)移至細(xì)胞內(nèi)。構(gòu)建攜帶編碼人S4核糖體蛋白54的多核苷酸的重組病毒載體的方法可見于已有文獻(xiàn)(Sambrook,etal.)。另外重組編碼人S4核糖體蛋白54的多核苷酸可包裝到脂質(zhì)體中轉(zhuǎn)移至細(xì)胞內(nèi)。
多核苷酸導(dǎo)入組織或細(xì)胞內(nèi)的方法包括將多核苷酸直接注入到體內(nèi)組織中；或在體外通過載體(如病毒、噬菌體或質(zhì)粒等)先將多核苷酸導(dǎo)入細(xì)胞中，再將細(xì)胞移植到體內(nèi)等。
抑制人S4核糖體蛋白54mRNA的寡核苷酸(包括反義RNA和DNA)以及核酶也在本發(fā)明的范圍之內(nèi)。核酶是一種能特異性分解特定RNA的酶樣RNA分子，其作用機(jī)制是核酶分子與互補(bǔ)的靶RNA特異性雜交后進(jìn)行核酸內(nèi)切作用。反義的RNA和DNA及核酶可用已有的任何RNA或DNA合成技術(shù)獲得，如固相磷酸酰胺化學(xué)合成法合成寡核苷酸的技術(shù)已廣泛應(yīng)用。反義RNA分子可通過編碼該RNA的DNA序列在體外或體內(nèi)轉(zhuǎn)錄獲得。這種DNA序列已整合到載體的RNA聚合酶啟動子的下游。為了增加核酸分子的穩(wěn)定性，可用多種方法對其進(jìn)行修飾，如增加兩側(cè)的序列長度，核糖核苷之間的連接應(yīng)用磷酸硫酯鍵或肽鍵而非磷酸二酯鍵。
編碼人S4核糖體蛋白54的多核苷酸可用于與人S4核糖體蛋白54的相關(guān)疾病的診斷。編碼人S4核糖體蛋白54的多核苷酸可用于檢測人S4核糖體蛋白54的表達(dá)與否或在疾病狀態(tài)下人S4核糖體蛋白54的異常表達(dá)。如編碼人S4核糖體蛋白54的DNA序列可用于對活檢標(biāo)本進(jìn)行雜交以判斷人S4核糖體蛋白54的表達(dá)狀況。雜交技術(shù)包括Southern印跡法，Northern印跡法、原位雜交等。這些技術(shù)方法都是公開的成熟技術(shù)，相關(guān)的試劑盒都可從商業(yè)途徑得到。本發(fā)明的多核苷酸的一部分或全部可作為探針固定在微陣列(Microarray)或DNA芯片(又稱為“基因芯片”)上，用于分析組織中基因的差異表達(dá)分析和基因診斷。用人S4核糖體蛋白54特異的引物進(jìn)行RNA-聚合酶鏈反應(yīng)(RT-PCR)體外擴(kuò)增也可檢測人S4核糖體蛋白54的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物。
檢測人S4核糖體蛋白54基因的突變也可用于診斷人S4核糖體蛋白54相關(guān)的疾病。人S4核糖體蛋白54突變的形式包括與正常野生型人S4核糖體蛋白54DNA序列相比的點(diǎn)突變、易位、缺失、重組和其它任何異常等?？捎靡延械募夹g(shù)如Southern印跡法、DNA序列分析、PCR和原位雜交檢測突變。另外，突變有可能影響蛋白的表達(dá)，因此用Northern印跡法、Western印跡法可間接判斷基因有無突變。
本發(fā)明的序列對染色體鑒定也是有價值的。該序列會特異性地針對某條人染色體具體位置且并可以與其雜交。目前，需要鑒定染色體上的各基因的具體位點(diǎn)?，F(xiàn)在，只有很少的基于實(shí)際序列數(shù)據(jù)(重復(fù)多態(tài)性)的染色體標(biāo)記物可用于標(biāo)記染色體位置。根據(jù)本發(fā)明，為了將這些序列與疾病相關(guān)基因相關(guān)聯(lián)，其重要的第一步就是將這些DNA序列定位于染色體上。
簡而言之，根據(jù)cDNA制備PCR引物(優(yōu)選15-35bp)，可以將序列定位于染色體上。然后，將這些引物用于PCR篩選含各條人染色體的體細(xì)胞雜合細(xì)胞。只有那些含有相應(yīng)于引物的人基因的雜合細(xì)胞會產(chǎn)生擴(kuò)增的片段。
體細(xì)胞雜合細(xì)胞的PCR定位法，是將DNA定位到具體染色體的快捷方法。使用本發(fā)明的寡核苷酸引物，通過類似方法，可利用一組來自特定染色體的片段或大量基因組克隆而實(shí)現(xiàn)亞定位。可用于染色體定位的其它類似策略包括原位雜交、用標(biāo)記的流式分選的染色體預(yù)篩選和雜交預(yù)選，從而構(gòu)建染色體特異的cDNA庫。
將cDNA克隆與中期染色體進(jìn)行熒光原位雜交(FISH)，可以在一個步驟中精確地進(jìn)行染色體定位。此技術(shù)的綜述，參見Verma等，Human Chromosomes:a Manualof Basic Techniques,Pergamon Press,New York(1988)。
一旦序列被定位到準(zhǔn)確的染色體位置，此序列在染色體上的物理位置就可以與基因圖數(shù)據(jù)相關(guān)聯(lián)。這些數(shù)據(jù)可見于例如，V.Mckusick,MendelianInheritance in Man(可通過與Johns Hopkins Univer sity Welch Medical Library聯(lián)機(jī)獲得)。然后可通過連鎖分析，確定基因與業(yè)已定位到染色體區(qū)域上的疾病之間的關(guān)系。
接著，需要測定患病和未患病個體間的cDNA或基因組序列差異。如果在一些或所有的患病個體中觀察到某突變，而該突變在任何正常個體中未觀察到，則該突變可能是疾病的病因。比較患病和未患病個體，通常涉及首先尋找染色體中結(jié)構(gòu)的變化，如從染色體水平可見的或用基于cDNA序列的PCR可檢測的缺失或易位。根據(jù)目前的物理作圖和基因定位技術(shù)的分辨能力，被精確定位至與疾病有關(guān)的染色體區(qū)域的cDNA，可以是50至500個潛在致病基因間之一種(假定1兆堿基作圖分辨能力和每20kb對應(yīng)于一個基因)。
可以將本發(fā)明的多肽、多核苷酸及其模擬物、激動劑、拮抗劑和抑制劑與合適的藥物載體組合后使用。這些載體可以是水、葡萄糖、乙醇、鹽類、緩沖液、甘油以及它們的組合。組合物包含安全有效量的多肽或拮抗劑以及不影響藥物效果的載體和賦形劑。這些組合物可以作為藥物用于疾病治療。
本發(fā)明還提供含有一種或多種容器的藥盒或試劑盒，容器中裝有一種或多種本發(fā)明的藥用組合物成分。與這些容器一起，可以有由制造、使用或銷售藥品或生物制品的政府管理機(jī)構(gòu)所給出的指示性提示，該提示反映出生產(chǎn)、使用或銷售的政府管理機(jī)構(gòu)許可其在人體上施用。此外，本發(fā)明的多肽可以與其它的治療化合物結(jié)合使用。
藥物組合物可以以方便的方式給藥，如通過局部、靜脈內(nèi)、腹膜內(nèi)、肌內(nèi)、皮下、鼻內(nèi)或皮內(nèi)的給藥途徑。人S4核糖體蛋白54以有效地治療和/或預(yù)防具體的適應(yīng)癥的量來給藥。施用于患者的人S4核糖體蛋白54的量和劑量范圍將取決于許多因素，如給藥方式、待治療者的健康條件和診斷醫(yī)生的判斷。
下列附圖用于說明本發(fā)明的具體實(shí)施方案，而不用于限定由權(quán)利要求書所界定的本發(fā)明范圍。


圖1是本發(fā)明人S4核糖體蛋白54和人S4核糖體蛋白的基因芯片表達(dá)譜比較圖。上圖是人S4核糖體蛋白54的表達(dá)譜折方圖，下方序列是人S4核糖體蛋白的表達(dá)譜折方圖。其中，1-膀胱粘膜、2-PMA+的Ecv304細(xì)胞株、3-LPS+的Ecv304細(xì)胞株胸腺、4-正常成纖維細(xì)胞1024NC、5-Fibroblast，生長因子刺激，1024NT、6-疤痕成fc生長因子刺激，1013HT、7-疤痕成fc未用生長因子刺激，1013HC、8-膀胱癌建株細(xì)胞EJ、9-膀胱癌旁、10-膀胱癌、11-肝癌、12-肝癌細(xì)胞株、13-胎皮、14-脾臟、15-前列腺癌、16-空腸腺癌、17賁門癌。
圖2為分離的人S4核糖體蛋白54的聚丙烯酰胺凝膠電泳圖(SDS-PAGE)。54kDa為蛋白質(zhì)的分子量。箭頭所指為分離出的蛋白條帶。
下面結(jié)合具體實(shí)施例，進(jìn)一步闡述本發(fā)明。應(yīng)理解，這些實(shí)施例僅用于說明本發(fā)明而不用于限制本發(fā)明的范圍。下列實(shí)施例中未注明具體條件的實(shí)驗(yàn)方法，通常按照常規(guī)條件如Sambrook等人，分子克隆實(shí)驗(yàn)室手冊(New York:ColdSpring Harbor Laboratory Press,1989)中所述的條件，或按照制造廠商所建議的條件。實(shí)施例1人S4核糖體蛋白54的克隆用異硫氰酸胍/酚/氯仿一步法提取人胎腦總RNA。用QuikmRNA Isolation Kit(Qiegene公司產(chǎn)品)從總RNA中分離poly(A)mRNA。2ug poly(A)mRNA經(jīng)逆轉(zhuǎn)錄形成eDNA。用Smart cDNA克隆試劑盒(購自Clontech)將cDNA片段定向插入到pBSK(+)載體(Clontech公司產(chǎn)品)的多克隆位點(diǎn)上，轉(zhuǎn)化DH5α，細(xì)菌形成cDNA文庫。用Dyeterminate cycle reaction sequencing kit(Perkin-Elmer公司產(chǎn)品)和ABI377自動測序儀(Perkin-Elmer公司)測定所有克隆的5′和3′末端的序列。將測定的eDNA序列與已有的公共DNA序列數(shù)據(jù)庫(Genebank)進(jìn)行比較，結(jié)果發(fā)現(xiàn)其中一個克隆0571a02的cDNA序列為新的DNA。通過合成一系列引物對該克隆所含的插入cDNA片段進(jìn)行雙向測定。結(jié)果表明，0571a02克隆所含的全長cDNA為3053bp(如Seq ID NO:1所示)，從第11bp至1486bp有一個1476bp的開放閱讀框架(ORF)，編碼一個新的蛋白質(zhì)(如Seq ID NO:2所示)。我們將此克隆命名為pBS-0571a02，編碼的蛋白質(zhì)命名為人S4核糖體蛋白54。實(shí)施例2用RT-PCR方法克隆編碼人S4核糖體蛋白54的基因用胎腦細(xì)胞總RNA為模板，以oligo-dT為引物進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)合成cDNA，用Qiagene的試劑盒純化后，用下列引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增Primer1:5’-GGCGTTTTGCATGAAGATGGCGGC-3’(SEQ ID NO:3)Primer2:5’-GGCCAGTATGTTTCTTTTTTTATT-3’(SEQ ID NO:4)Primer1為位于SEQ ID NO:1的5’端的第1bp開始的正向序列；Primer2為SEQ ID NO:1的中的3’端反向序列。
擴(kuò)增反應(yīng)的條件在50μl的反應(yīng)體積中含有50mmol/L KCl,10mmol/L Tris-Cl,(pH8.5),1.5mmol/L MgCl2,200μmol/L dNTP,10pmol引物，1U的Taq DNA聚合酶(Clontech公司產(chǎn)品)。在PE9600型DNA熱循環(huán)儀(Perkin-Elmer公司)上按下列條件反應(yīng)25個周期94℃ 30sec；55℃ 30sec；72℃ 2min。在RT-PCRDNA序列與SEQ ID NO:1所示的1-3053bp完全相同。實(shí)施例3:Northern印跡法分析人S4核糖體蛋白54基因的表達(dá)用一步法提取總RNA[Anal.Biochem 1987,162,156-159]。該法包括酸性硫氰酸胍苯酚-氯仿抽提。即用4M異硫氰酸胍-25mM檸檬酸鈉，0.2M乙酸鈉(pH4.0)對組織進(jìn)行勻漿，加入1倍體積的苯酚和1/5體積的氯仿-異戊醇(49∶1)，混合后離心。吸出水相層，加入異丙醇(0.8體積)并將混合物離心得到RNA沉淀。將得到的RNA沉淀用70％乙醇洗滌，干燥并溶于水中。用20μg RNA，在含20mM 3-(N-嗎啉代)丙磺酸(pH7.0)-5mM乙酸鈉-1mM EDTA-2.2M甲醛的1.2％瓊脂糖凝膠上進(jìn)行電泳。然后轉(zhuǎn)移至硝酸纖維素膜上。用α-32P dATP通過隨機(jī)引物法制備32P-標(biāo)記的DNA探針。所用的DNA探針為圖1所示的PCR擴(kuò)增的人S4核糖體蛋白54編碼區(qū)序列(11bp至1486bp)。將32P-標(biāo)記的探針(約2×106cpm/ml)與轉(zhuǎn)移了RNA的硝酸纖維素膜在一溶液中于42℃雜交過夜，該溶液包含50％甲酰胺-25mM KH2PO4(pH7.4)-5×SSC-5×Denhardt’s溶液和200μg/ml鮭精DNA。雜交之后，將濾膜在1×SSC-0.1％SDS中于55℃洗30min。然后，用Phosphor Imager進(jìn)行分析和定量。實(shí)施例4重組人S4核糖體蛋白54的體外表達(dá)、分離和純化根據(jù)SEQ ID NO:1和圖1所示的編碼區(qū)序列，設(shè)計出一對特異性擴(kuò)增引物，序列如下Primer3:5’-CATGCTAGCATGAAGATGGCGGCTCCCACCGCC-3’(Seq ID No:5)Primer4:5’-CATGGATCCTCAGAAAAATTTGTCATCAATTCT-3’(Seq ID No:6)此兩段引物的5’端分別含有NheⅠ和BamHⅠ酶切位點(diǎn)，其后分別為目的基因5’端和3’端的編碼序列，NheⅠ和BamHⅠ酶切位點(diǎn)相應(yīng)于表達(dá)載體質(zhì)粒pET-28b(+)(Novagen公司產(chǎn)品，Cat.No.69865.3)上的選擇性內(nèi)切酶位點(diǎn)。以含有全長目的基因的pBS-0571a02質(zhì)粒為模板，進(jìn)行PCR反應(yīng)。PCR反應(yīng)條件為總體積50μl中含pBS-0571a02質(zhì)粒10pg、引物Primer-3和Primer-4分別為10pmol、Advantage polymerase Mix(Clontech公司產(chǎn)品)1μl。循環(huán)參數(shù)94℃ 20s,60℃ 30s,68℃ 2min，共25個循環(huán)。用NheⅠ和BamHⅠ分別對擴(kuò)增產(chǎn)物和質(zhì)粒pET-28(+)進(jìn)行雙酶切，分別回收大片段，并用T4連接酶連接。連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)化用氯化鈣法大腸桿細(xì)菌DH5α，在含卡那霉素(終濃度30μg/ml)的LB平板培養(yǎng)過夜后，用菌落PCR方法篩選陽性克隆，并進(jìn)行測序。挑選序列正確的陽性克隆(pET-0571a02)用氯化鈣法將重組質(zhì)粒轉(zhuǎn)化大腸桿菌BL21(DE3)plySs(Novagen公司產(chǎn)品)。在含卡那霉素(終濃度30μg/ml)的LB液體培養(yǎng)基中，宿主菌BL21(pET-0571a02)在37℃培養(yǎng)至對數(shù)生長期，加入IPTG至終濃度1mmol/L，繼續(xù)培養(yǎng)5小時。離心收集菌體，經(jīng)超聲波破菌，離心收集上清，用能與6個組氨酸(6His-Tag)結(jié)合的親和層析柱His.Bind Quick Cartridge(Novagen公司產(chǎn)品)進(jìn)行層析，得到了純化的目的蛋白人S4核糖體蛋白54。經(jīng)SDS-PAGE電泳，在54kDa處得到一單一的條帶(圖2)。將該條帶轉(zhuǎn)移至PVDF膜上用Edams水解法進(jìn)行N-端氨基酸序列分析，結(jié)果N-端15個氨基酸與SEQ ID NO:2所示的N-端15個氨基酸殘基完全相同。實(shí)施例5抗人S4核糖體蛋白54抗體的產(chǎn)生用多肽合成儀(PE公司產(chǎn)品)合成下述人S4核糖體蛋白54特異性的多肽NH2-Met-Lys-Met-Ala-Ala-Pro-Thr-Ala-Asn-Lys-Ala-Ala-Ser-Leu-Gly-COOH(SEQ ID NO:7)。將該多肽分別與血藍(lán)蛋白和牛血清白蛋白耦合形成復(fù)合，方法參見Avrameas,et al.Immunochemistry,1969；6:43。用4mg上述血藍(lán)蛋白多肽復(fù)合物加上完全弗氏佐劑免疫家兔，15天后再用血藍(lán)蛋白多肽復(fù)合物加不完全弗氏佐劑加強(qiáng)免疫一次。采用經(jīng)15μg/ml牛血清白蛋白多肽復(fù)合物包被的滴定板做ELISA測定兔血清中抗體的滴度。用蛋白A-Sepharose從抗體陽性的家兔血清中分離總IgG。將多肽結(jié)合于溴化氰活化的Sepharose4B柱上，用親和層析法從總IgG中分離抗多肽抗體。免疫沉淀法證明純化的抗體可特異性地與人S4核糖體蛋白54結(jié)合。實(shí)施例6本發(fā)明的多核苷酸片段用作雜交探針的應(yīng)用從本發(fā)明的多核苷酸中挑選出合適的寡核苷酸片段用作雜交探針有多方面的用途，如用該探針可與不同來源的正常組織或病理組織的基因組或cDNA文庫雜交以鑒定其是否含有本發(fā)明的多核苷酸序列和檢出同源的多核苷酸序列，進(jìn)一步還可用該探針檢測本發(fā)明的多核苷酸序列或其同源的多核苷酸序列在正常組織或病理組織細(xì)胞中的表達(dá)是否異常。
本實(shí)施例的目的是從本發(fā)明的多核苷酸SEQ ID NO:1中挑選出合適的寡核苷酸片段用作雜交探針，并用濾膜雜交方法鑒定一些組織中是否含有本發(fā)明的多核苷酸序列或其同源的多核苷酸序列。濾膜雜交方法包括斑點(diǎn)印跡法、Southern印跡法、Northern印跡法和復(fù)印方法等，它們都是將待測的多核苷酸樣品固定在濾膜上后使用基本相同的步驟雜交。這些相同的步驟是固定了樣品的濾膜首先用不含探針的雜交緩沖液進(jìn)行預(yù)雜交，以使濾膜上樣品的非特異性的結(jié)合部位被載體和合成的多聚物所飽和。然后預(yù)雜交液被含有標(biāo)記探針的雜交緩沖液替換，并保溫使探針與靶核酸雜交。雜交步驟之后，未雜交上的探針被一系列洗膜步驟除掉。本實(shí)施例利用較高強(qiáng)度的洗膜條件(如較低鹽濃度和較高的溫度)，以使雜交背景降低且只保留特異性強(qiáng)的信號。本實(shí)施例選用的探針包括兩類第一類探針是完全與本發(fā)明的多核苷酸SEQ ID NO:1相同或互補(bǔ)的寡核苷酸片段；第二類探針是部分與本發(fā)明的多核苷酸SEQ ID NO:1相同或互補(bǔ)的寡核苷酸片段。本實(shí)施例選用斑點(diǎn)印跡法將樣品固定在濾膜上，在較高強(qiáng)度的的洗膜條件下，第一類探針與樣品的雜交特異性最強(qiáng)而得以保留。一、探針的選用從本發(fā)明的多核苷酸SEQ ID NO:1中選擇寡核苷酸片段用作雜交探針，應(yīng)遵循以下原則和需要考慮的幾個方面1，探針大小優(yōu)選范圍為18-50個核苷酸；2,GC含量為30％-70％，超過則非特異性雜交增加；3，探針內(nèi)部應(yīng)無互補(bǔ)區(qū)域；4，符合以上條件的可作為初選探針，然后進(jìn)一步作計算機(jī)序列分析，包括將該初選探針分別與其來源序列區(qū)域(即SEQ ID NO:1)和其它已知的基因組序列及其互補(bǔ)區(qū)進(jìn)行同源性比較，若與非靶分子區(qū)域的同源性大于85％或者有超過15個連續(xù)堿基完全相同，則該初選探針一般就不應(yīng)該使用；5，初選探針是否最終選定為有實(shí)際應(yīng)用價值的探針還應(yīng)進(jìn)一步由實(shí)驗(yàn)確定。
完成以上各方面的分析后挑選并合成以下二個探針探針1(probe1)，屬于第一類探針，與SEQ ID NO:1的基因片段完全同源或互補(bǔ)(41Nt)5’-TGAAGATGGCGGCTCCCACCGCCAACAAGGCAGCCTCCCTG-3’(SEQ ID NO:8)探針2(probe2)，屬于第二類探針，相當(dāng)于SEQ ID NO:1的基因片段或其互補(bǔ)片段的替換突變序列(41Nt)5’-TGAAGATGGCGGCTCCCACCCCCAACAAGGCAGCCTCCCTG-3’(SEQ ID NO:9)與以下具體實(shí)驗(yàn)步驟有關(guān)的其它未列出的常用試劑及其配制方法請參考文獻(xiàn)DNA PROBES G.H.Keller；M.M.Manak；Stockton Press,1989(USA)以及更常用的分子克隆實(shí)驗(yàn)手冊書籍如《分子克隆實(shí)驗(yàn)指南》(1998年第二版)[美]薩姆布魯克等著，科學(xué)出版社。
樣品制備1，從新鮮或冰凍組織中提取DNA步驟1)將新鮮或新鮮解凍的正常肝組織放入浸在冰上并盛有磷酸鹽緩沖液(PBS)的平皿中。用剪刀或手術(shù)刀將組織切成小塊。操作中應(yīng)保持組織濕潤。2)以1000g離心切碎組織10分鐘。3)用冷勻漿緩沖液(0.25mol/L蔗糖；25mmol/LTris-HCl,pH7.5；25mmol/LnaCl；25mmol/L MgCl2)懸浮沉淀(大約10ml/g)。4)在4℃用電動勻漿器以全速勻漿組織懸液，直至組織被完全破碎。5)1000g離心10分鐘。6)用重懸細(xì)胞沉淀(每0.1g最初組織樣品加1-5ml)，再以1000g離心10分鐘。7)用裂解緩沖液重懸沉淀(每0.1g最初組織樣品加1ml)，然后接以下的苯酚抽提法。2,DNA的苯酚抽提法步驟1)用1-10ml冷PBS洗細(xì)胞，1000g離心10分鐘。2)用冷細(xì)胞裂解液重懸浮沉淀的細(xì)胞(1×108細(xì)胞/ml)最少應(yīng)用100ul裂解緩沖液。3)加SDS至終濃度為1％，如果在重懸細(xì)胞之前將SDS直接加入到細(xì)胞沉淀中，細(xì)胞可能會形成大的團(tuán)塊而難以破碎，并降低的總產(chǎn)率。這一點(diǎn)在抽提＞107細(xì)胞時特別嚴(yán)重。4)加蛋白酶K至終濃度200ug/ml。5)50℃保溫反應(yīng)1小時或在37℃輕輕振搖過夜。6)用等體積苯酚∶氯仿∶異戊醇(25∶24∶1)抽提，在小離心機(jī)管中離心10分鐘。兩相應(yīng)清楚分離，否則重新進(jìn)行離心。7)將水相轉(zhuǎn)移至新管。8)用等體積氯仿∶異戊醇(24∶1)抽提，離心10分鐘。9)將含DNA的水相轉(zhuǎn)移至新管。然后進(jìn)行DNA的純化和乙醇沉淀。3,DNA的純化和乙醇沉淀步驟1)將1/10體積2mol/L醋酸鈉和2倍體積冷100％乙醇加到DNA溶液中，混勻。在-20℃放置1小時或至過夜。2)離心10分鐘。3)小心吸出或倒出乙醇。4)用70％冷乙醇500ul洗滌沉淀，離心5分鐘。5)小心吸出或倒出乙醇。用500ul冷乙醇洗滌沉淀，離心5分鐘。6)小心吸出或倒出乙醇，然后在吸水紙上倒置使殘余乙醇流盡?？諝飧稍?0-15分鐘，以使表面乙醇揮發(fā)。注意不要使沉淀完全干燥，否則較難重新溶解。7)以小體積TE或水重懸DNA沉淀。低速渦旋振蕩或用滴管吹吸，同時逐漸增加TE，混合至DNA充分溶解，每1-5×106細(xì)胞所提取的大約加1ul。
以下第8-13步驟僅用于必須除去污染時，否則可直接進(jìn)行第14步驟。8)將RNA酶A加到DNA溶液中，終濃度為100ug/ml,37℃保溫30分鐘。9)加入SDS和蛋白酶K，終濃度分別為0.5％和100ug/ml。37℃保溫30分鐘。10)用等體積的苯酚∶氯仿∶異戊醇(25∶24∶1)抽提反應(yīng)液，離心10分鐘。11)小心移出水相，用等體積的氯仿∶異戊醇(24∶1)重新抽提，離心10分鐘。12)小心移出水相，加1/10體積2mol/L醋酸鈉和2.5體積冷乙醇，混勻置-20℃ 1小時。13)用70％乙醇及100％乙醇洗滌沉淀，空氣干燥，重懸核酸，過程同第3-6步驟。14)測定A260和A280以檢測DNA的純度及產(chǎn)率。15)分裝后存放于-20℃。樣膜的制備1)取4×2張適當(dāng)大小的硝酸纖維素膜(NC膜)，用鉛筆在其上輕輕標(biāo)出點(diǎn)樣位置及樣號，每一探針需兩張NC膜，以便在后面的實(shí)驗(yàn)步驟中分別用高強(qiáng)度條件和強(qiáng)度條件洗膜。
2)吸取及對照各15微升，點(diǎn)于樣膜上，在室溫中晾干。
3)置于浸潤有0.1mol/LNaOH,1.5mol/LNaCl的濾紙上5分鐘(兩次)，晾干置于浸潤有0.5mol/L Tris-HCl(pH7.0),3mol/LNaCl的濾紙上5分鐘(兩次)，晾干。
4)夾于干凈濾紙中，以鋁箔包好，60-80℃真空干燥2小時。
探針的標(biāo)記1)3μlProbe(0.1OD/10μl)，加入2μlKinase緩沖液，8-10uCiγ-32P-dATP+2UKinase，以補(bǔ)加至終體積20μl。
2)37℃保溫2小時。
3)加1/5體積的溴酚藍(lán)指示劑(BPB)。
4)過Sephadex G-50柱。
5)至有32P-Probe洗出前開始收集第一峰(可用Monitor監(jiān)測)。
6)5滴/管，收集10-15管。
7)用液體閃爍儀監(jiān)測同位素量8)合并第一峰的收集液后即為所需制備的32P-Probe(第二峰為游離γ-32P-dATP)。
預(yù)雜交將樣膜置于塑料袋中，加入3-10mg預(yù)雜交液(10×Denhardt’s；6×SSC,0.1mg/mlCT DNA(小牛胸腺DNA)。)，封好袋口后，68℃水浴搖2小時。
雜交將塑料袋剪去一角，加入制備好的探針，封好袋口后，42℃水浴搖過夜。
洗膜高強(qiáng)度洗膜1)取出已雜交好的樣膜。
2)2×SSC,0.1％SDS中，40℃洗15分鐘(2次)。
3)0.1×SSC,0.1％SDS中，40℃洗15分鐘(2次)。
4)0.1×SSC,0.1％SDS中，55℃洗30分鐘(2次)，室溫晾干。低強(qiáng)度洗膜1)取出已雜交好的樣膜。
2)2×SSC,0.1％SDS中，37℃洗15分鐘(2次)。
3)0.1×SSC,0.1％SDS中，37℃洗15分鐘(2次)。
4)0.1×SSC,0.1％SDS中，4 0℃洗15分鐘(2次)，室溫晾干。
X-光自顯影-70℃,X-光自顯影(壓片時間根據(jù)雜交斑放射性強(qiáng)弱而定)。
實(shí)驗(yàn)結(jié)果采用低強(qiáng)度洗膜條件所進(jìn)行的雜交實(shí)驗(yàn)，以上兩個探針雜交斑放射性強(qiáng)弱沒有明顯區(qū)別；而采用高強(qiáng)度洗膜條件所進(jìn)行的雜交實(shí)驗(yàn)，探針1的雜交斑放射性強(qiáng)度明顯強(qiáng)于另一個探針雜交斑的放射性強(qiáng)度。因而可用探針1定性和定量地分析本發(fā)明的多核苷酸在不同組織中的存在和差異表達(dá)。實(shí)施例7 DNA Microarray基因芯片或基因微矩陣(DNA Microarray)是目前許多國家實(shí)驗(yàn)室和大制藥公司都在著手研制和開發(fā)的新技術(shù)，它是指將大量的靶基因片段有序地、高密度地排列在玻璃、硅等載體上，然后用熒光檢測和計算機(jī)軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)的比較和分析，以達(dá)到快速、高效、高通量地分析生物信息的目的。本發(fā)明的多核苷酸可作為靶DNA用于基因芯片技術(shù)用于高通量研究新基因功能；尋找和篩選組織特異性新基因特別是腫瘤等疾病相關(guān)新基因；疾病的診斷，如遺傳性疾病。其具體方法步驟在文獻(xiàn)中已有多種報道，如可參閱文獻(xiàn)DeRisi,J.L.,Lyer,V.&Brown,P.O.(1997)Science278,680-686.及文獻(xiàn)Helle,R.A.,Schema,M.,Chai,A.,Shalom,D.,(1997)PNAS 94:2150-2155。(一)點(diǎn)樣各種不同的全長cDNA共計4000條多核苷酸序列作為靶DNA，其中包括本發(fā)明的多核苷酸。將它們分別通過PCR進(jìn)行擴(kuò)增，純化所得擴(kuò)增產(chǎn)物后將其濃度調(diào)到500ng/ul左右，用Cartesian7500點(diǎn)樣儀(購自美國Cartesian公司)點(diǎn)于玻璃介質(zhì)上，點(diǎn)與點(diǎn)之間的距離為280μm。將點(diǎn)樣后的玻片進(jìn)行水合、干燥、置于紫外交聯(lián)儀中交聯(lián)，洗脫后干燥使DNA固定在玻璃片上制備成芯片。其具體方法步驟在文獻(xiàn)中已有多種報道，本實(shí)施例的點(diǎn)樣后處理步驟是1．潮濕環(huán)境中水合4小時；2．0.2％SDS洗滌1分鐘；3．ddH2O洗滌兩次，每次1分鐘；4．NaBH4封閉5分鐘；5．95℃水中2分鐘；6．0.2％SDS洗滌1分鐘；7．ddH2O沖洗兩次；8．涼干，25℃儲存于暗處備用。(二)探針標(biāo)記用一步法分別從人體混合組織與機(jī)體特定組織(或經(jīng)過刺激的細(xì)胞株)中抽提總mRNA，并用Oligotex mRNA Midi Kit(購自QiaGen公司)純化mRNA，通過反轉(zhuǎn)錄分別將熒光試劑Cy3dUTP(5-Amino-propargyl-2’-deoxyuridine 5’-triphatecoupled to Cy3 fluorescent dye，購自Amersham Phamacia Biotech公司)標(biāo)記人體混合組織的mRNA，用熒光試劑Cy5dUTP(5-Amino-propargyl-2’-deoxyuridine5’-triphate coupled to Cy5 fluorescent dye，購自Amersham Phamacia Biotech公司)標(biāo)記機(jī)體特定組織(或經(jīng)過刺激的細(xì)胞株)mRNA，經(jīng)純化后制備出探針。具體步驟參照及方法見Schena,M.,Shalon,D.,Heller,R.(1996)Proc.Natl.Acad.Sci.USA.Vol.93:10614-10619.Schena,M.,Shalon,Dari.,Davi s,R.W.(1995)Science.270.(20):467-480.(三)雜交分別將來自以上兩種組織的探針與芯片一起在UniHybTMHybridizationSolution(購自TeleChem公司)雜交液中進(jìn)行雜交16小時，室溫用洗滌液(1×SSC,0.2％SDS)洗滌后用ScanArray3000掃描儀(購自美國General Scanning公司)進(jìn)行掃描，掃描的圖象用Imagene軟件(美國Biodiscovery公司)進(jìn)行數(shù)據(jù)分析處理，算出每個點(diǎn)的Cy3/Cy5比值。
以上機(jī)體特定組織(或經(jīng)過刺激的細(xì)胞株)分別為膀胱粘膜、PMA+的Ecv304細(xì)胞株、LPS+的Ecv304細(xì)胞株胸腺、正常成纖維細(xì)胞1024NC、Fibroblast，生長因子刺激，1024NT、疤痕成fc生長因子刺激，1013HT、疤痕成fc未用生長因子刺激，1013HC、膀胱癌建株細(xì)胞EJ、膀胱癌旁、膀胱癌、肝癌、肝癌細(xì)胞株、胎皮、脾臟、前列腺癌、空腸腺癌、賁門癌。根據(jù)這17個Cy3/Cy5比值繪出折方圖。(圖1)。由圖可見本發(fā)明所述的人S4核糖體蛋白54和人S4核糖體蛋白表達(dá)譜很相似。
序列表(1)一般信息(ⅱ)發(fā)明名稱人S4核糖體蛋白54及其編碼序列(ⅲ)序列數(shù)目9(2)SEQ ID NO:1的信息(ⅰ)序列特征(A)長度3053bp(B)類型核酸(C)鏈性雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ⅱ)分子類型cDNA(ⅹⅰ)序列描述SEQ ID NO:1:1 GGCGTTTTGCATGAAGATGGCGGCTCCCACCGCCAACAAGGCAGCCTCCCTGGGCTGTAA61 CAACAAGCCTGCGTTCCCGGAGCTGGATTTCAGGTCGGGAGCTCGGGTGGAGGAATTGAA121 CAAACTCATCCAAGAATTTACGAAGCACGACCAGCGGGAATACGACGACCAGAGAGCGCT181 GGAGATTCACACAGCCAAGGATTTCATCTTTTCCATGCTGGGAATGGTGCAAAAGCTGGA241 CCAAAAGCTTCCAGTGGCTAATGAATACCTGTTGCTCTCTGGAGGTGTCCGGGAAGGCGT301 GGTGGACCTGGACTTAGATGAGCTTAATGTCTATGCCCGGGGTACTGACTATGATATGGA361 CTTTACCCTCTTGGTGCCAGCCCTCAAGCTGCATGACCGTAATCAGCCTGTGACACTCGA421 CATGCGCCACTCAGCCTTGTGCCACTCTTGGCTGAGCCTTCGGCTCTTTGATGAGGGGAC481 AATCAGTAAATGGAAAGACTGCTGCACCATTGTAGATCACATCAATGGTGCCACCAACTA541 CTTCTTCTCACCTACCAAAGTGGCTGACTGGTTCTATGACTCTATCAGCATTGTCCTATC601 AGAAATACAGAAGAAACCCCAGCGAGGGATGCCAAAGGTAGAAAAGGTGGAAAAAAATGG661 GACCATCATCTCCATCATTCTGGGTGTAGGGAGTAGTCGCATGTTGTATGATATTGTCCC721 TGTGGTATCTTTCAAAGGTTGGCCTGCAGTGGCCCAGAGCTGGCTCATGGAGAACCACTT781 TTGGGATGGGAAGATTACTGAGGAAGAGGTCATCAGTGGGTTTTACTTGGTGCCTGCTTG841 CTCCTACAAGGGTAAGAAGGACAATGAATGGCGGCTGTCCTTTGCCAGGAGCGAGGTGCA901 GTTGAAGAAGTGCATCTCCAGCAGCCTCATGCAGGCCTATCAGGCCTGCAAAGCCATCAT961 CATTAAACTGCTGTCCCGGCCCAAGGCTATTAGCCCCTATCACCTGCGGAGCATGATGCT1021 CTGGGCCTGCGACAGACTTCCTGCCAACTACTTGGCTCAAGAAGACTATGCAGCCCACTT1081 TTTGCTGGGCCTCATCGATGACCTGCAACACTGTCTGGTCAACAAGATGTGCCCCAATTA1141 TTTCATCCCTCAGTGCAACATGCTGGAACATCTGTCTGAGGAGACAGTCATGCTTCACGC1201 CCGGAAGCTGTCCTCTGTGCGCTCAGACCCGGCAGAGCACTTGCGCACCGCCATTGAGCA1261 TGTCAAGGCAGCCAACCGGCTGACACTGGAGCTCCAGAGGCGAGGTAGCACCACCAGCAT1321 CCCCTCTCCACAGTCTGACGGAGGGGACCCCAACCAGCCTGATGACCGTTTGGCAAAAAA1381 ACTGCAGCAGCTAGTGACTGAGAACCCGGGAAAGTCAATCTCTGTCTTTATCAATCCTGA1441 CGATGTCACAAGGCCCCATTTCAGAATTGATGACAAATTTTTCTGAGTGTTAGCTGACTT1501 TTTTTTTTCCTGATTCTTAAACTCTGATAATGTGTCGTGTGGTTTGTGATGCTATCTTTC1561 TGTTTTTTACATATCCAGCCTAGATTGGATTTGTTAAGAACAAATTTTAAGTTTCCTGGT1621 TCTGCAGGATGGTGCAGGCTCTGAAACAGTATATTACTATTTCATATTCTGCCTCTGATT1681 TCGTTGTTTACTTTTTGTAGTTATTGTCATGCTCTTTAGTTTGTTGGAGTTTTTTTTTTC1741 TTTTTAAGGAGATCTTAAGCCATAGATGAAAATGCCCATGAATCCTCTTGCTTTTTTCTG1801 TTTCATACTTGGTGCAAATTTGTTCATGGGTATGGGGAAACAAATCTCTTTCTGATGCTT1861 AACGATTCTATCCTATTATTTTTATTATTTTGTTTTTGTCTTTTTTCTTATGAGCTTTCA1921 CCACTACTGATATTTGAGAATCATATGAACCTGGGAACTACTTGGCATGTTAGCTGGATT1981 TATTTATTTTGGCCAGTGACCAGAGTAGTTTCCCCCCTTTTCCACCAAACAATGTAAACT2041 TTGAAAGTGATAATACTACAAATTGTGTTTTGGAGCAACTTCATTGAATGTAATTGTCCT2101 CAAATCAGAGAACACTGGGTGGTTTGAAGGGTGTCTTTGACAGTTTTCCAAGCAGAATTA2161 AGGTTTCCAAATGTTAATTTTAGCATATGTAATTATTTGAAGCCTTATTTAAATCCTATT2221 AAAGAACATACCATTATAATTATTATTTGCACTAATCTTTGCCATTGTCAGAATTGCAAA2281 GTGTGTTTCAATATAAATTAACAACCACTCTCGAAATTCTATCATTTTTTCATTTTGCCC2341 ATTTCTATCAGTGAAATGATTCTTTGCATTTGCTTAGTTCTCCTTCAGTTGTGGGGTCCT2401 GCTTTGCCCTCTTTGATATTCCTGGTTCCTGTCTTACTGAGAGAAGTTGTTAAAGCTTTA2461 TACATGTTGACCCCATCTAAAGCTGGGGAAAATATACACTTGATGAAGTAGGTGTCTTTG2521 TATTTATTTCTTTTGGGGTCATAGAGGTAAGCTTTTTTGTAAAATCTCTACTCTTCCTGA2581 GAGTTTTGAGAAAAACTGGCAGGAAGAACTTATAATCCCCAAATAGAAGATACCACGTCT2641 GTTCAAAAGCAGGTATTGCTATAGAGCAGCACCCAGGAAATATCTGTGGGTGGCAGCCTT2701 GGTATAGAGGTGTCCTGTCTTCATGAGTGAAGTTACTTGCCTGATTAGGTGCTGGAAGGT2761 ATTGGCTCCCTGTTTTGGTGTGGACTCATGGCAAGCTGGTGTTTAAGAGGTCAGGAGGCC2821 TGCTGATCTTTCAAAGGACACCCATGATGTCTACTCATAGAAAGGGCAAGTAACGTGTTC2881 ATTTTGGTCTTGAATGTCCAAACTCAAGGGTTGGATTTTGGCCAATTGAAATCAGACATA2941 TGCGATCTTGGGTTTTTGCATGGAAATTAATGTAATGCTTATAAATGAAAAATGAAAACA3001 TTTCAACCATCTAAGTCAAACACAAAAATAATAAAAAAAGAAACATACTGGCC(3)SEQ ID NO:2的信息(ⅰ)序列特征(A)長度491個氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ⅱ)分子類型多肽(ⅹⅰ)序列描述SEQ ID NO:2:1 Met Lys Met Ala Ala Pro Thr Ala Asn Lys Ala Ala Ser Leu Gly16 Cys Asn Asn Lys Pro Ala Phe Pro Glu Leu Asp Phe Arg Ser Gly31 Ala Arg Val Glu Glu Leu Asn Lys Leu Ile Gln Glu Phe Thr Lys46 His Asp Gln Arg Glu Tyr Asp Asp Gln Arg Ala Leu Glu Ile His61 Thr Ala Lys Asp Phe Ile Phe Ser Met Leu Gly Met Val Gln Lys76 Leu Asp Gln Lys Leu Pro Val Ala Ash Glu Tyr Leu Leu Leu Ser91 Gly Gly Val Arg Glu Gly Val Val Asp Leu Asp Leu Asp Glu Leu106 Ash Val Tyr Ala Arg Gly Thr Asp Tyr Asp Met Asp Phe Thr Leu121 Leu Val Pro Ala Leu Lys Leu His Asp Arg Asn Gln Pro Val Thr136 Leu Asp Met Arg His Ser Ala Leu Cys His Ser Trp Leu Ser Leu151 Arg Leu Phe Asp Glu Gly Thr Ile Ser Lys Trp Lys Asp Cys Cys166 Thr Ile Val Asp His Ile Asn Gly Ala Thr Ash Tyr Phe Phe Ser181 Pro Thr Lys Val Ala Asp Trp Phe Tyr Asp Ser Ile Ser Ile Val196 Leu Ser Glu Ile Gln Lys Lys Pro Gln Arg Gly Met Pro Lys Val211 Glu Lys Val Glu Lys Asn Gly Thr Ile Ile Ser Ile Ile Leu Gly226 Val Gly Ser Ser Arg Met Leu Tyr Asp Ile Val Pro Val Val Ser241 Phe Lys Gly Trp Pro Ala Val Ala Gln Ser Trp Leu Met Glu Asn256 His Phe Trp Asp Gly Lys Ile Thr Glu Glu Glu Val Ile Ser Gly271 Phe Tyr Leu Val Pro Ala Cys Ser Tyr Lys Gly Lys Lys Asp Asn286 Glu Trp Arg Leu Ser Phe Ala Arg Ser Glu Val Gln Leu Lys Lys301 Cys Ile Ser Ser Ser Leu Met Gln Ala Tyr Gln Ala Cys Lys Ala316 Ile Ile Ile Lys Leu Leu Ser Arg Pro Lys Ala Ile Ser Pro Tyr331 His Leu Arg Ser Met Met Leu Trp Ala Cys Asp Arg Leu Pro Ala346 Asn Tyr Leu Ala Gln Glu Asp Tyr Ala Ala His Phe Leu Leu Gly361 Leu Ile Asp Asp Leu Gln His Cys Leu Val Asn Lys Met Cys Pro376 Asn Tyr Phe Ile Pro Gln Cys Asn Met Leu Glu His Leu Ser Glu391 Glu Thr Val Met Leu His Ala Arg Lys Leu Ser Ser Val Arg Ser406 Asp Pro Ala Glu His Leu Arg Thr Ala Ile Glu His Val Lys Ala421 Ala Asn Arg Leu Thr Leu Glu Leu Gln Arg Arg Gly Ser Thr Thr436 Ser Ile Pro Ser Pro Gln Ser Asp Gly Gly Asp Pro Asn Gln Pro451 Asp Asp Arg Leu Ala Lys Lys Leu Gln Gln Leu Val Thr Glu Asn466 Pro Gly Lys Ser Ile Ser Val Phe Ile Asn Pro Asp Asp Val Thr481 Arg Pro His Phe Arg Ile Asp Asp Lys Phe Phe(4)SEQ ID NO:3的信息(ⅰ)序列特征(A)長度24堿基(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ⅱ)分子類型寡核苷酸(ⅹⅰ)序列描述SEQ ID NO:3:GGCGTTTTGCATGAAGATGGCGGC 24(5)SEQ ID NO:4的信息(ⅰ)序列特征(A)長度24堿基(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性
(ⅱ)分子類型寡核苷酸(ⅹⅰ)序列描述SEQ ID NO:4:GGCCAGTATGTTTCTTTTTTTATT24(6)SEQ ID NO:5的信息(ⅰ)序列特征(A)長度33堿基(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ⅱ)分子類型寡核苷酸(ⅹⅰ)序列描述SEQ ID NO:5:CATGCTAGCATGAAGATGGCGGCTCCCACCGCC 33(7)SEQ ID NO:6的信息(ⅰ)序列特征(A)長度33堿基(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ⅱ)分子類型寡核苷酸(ⅹⅰ)序列描述SEQ ID NO:6:CATGGATCCTCAGAAAAATTTGTCATCAATTCT 33(8)SEQ ID NO:7的信息(ⅰ)序列特征(A)長度15個氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ⅱ)分子類型多肽(ⅹⅰ)序列描述SEQ ID NO:7:Met-Lys-Met-Ala-Ala-Pro-Thr-Ala-Asn-Lys-Ala-Ala-Ser-Leu-Gly15(9)SEQ ID NO:8的信息(ⅰ)序列特征(A)長度41堿基(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ⅱ)分子類型寡核苷酸(ⅹⅰ)序列描述SEQ ID NO:8:TGAAGATGGCGGCTCCCACCGCCAACAAGGCAGCCTCCCTG41(1O)SEQ ID NO:9的信息(ⅰ)序列特征(A)長度41堿基(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ⅱ)分子類型寡核苷酸(ⅹⅰ)序列描述SEQ ID NO:9:TGAAGATGGCGGCTCCCACCCCCAACAAGGCAGCCTCCCTG4權(quán)利要求
1.一種分離的多肽-人S4核糖體蛋白54，其特征在于它包含有SEQ ID NO:2所示的氨基酸序列的多肽、或其多肽的活性片段、類似物或衍生物。
2.如權(quán)利要求1所述的多肽，其特征在于所述多肽、類似物或衍生物的氨基酸序列具有與SEQ ID NO:2所示的氨基酸序列至少95％的相同性。
3.如權(quán)利要求2所述的多肽，其特征在于它包含具有SEQ ID NO:2所示的氨基酸序列的多肽。
4.一種分離的多核苷酸，其特征在于所述多核苷酸包含選自下組中的一種(a)編碼具有SEQ ID NO:2所示氨基酸序列的多肽或其片段、類似物、衍生物的多核苷酸；(b)與多核苷酸(a)互補(bǔ)的多核苷酸；或(c)與(a)或(b)有至少70％相同性的多核苷酸。
5.如權(quán)利要求4所述的多核苷酸，其特征在于所述多核苷酸包含編碼具有SEQID NO:2所示氨基酸序列的多核苷酸。
6.如權(quán)利要求4所述的多核苷酸，其特征在于所述多核苷酸的序列包含有SEQ IDNO:1中11-1486位的序列或SEQ ID NO:1中1-3053位的序列。
7.一種含有外源多核苷酸的重組載體，其特征在于它是由權(quán)利要求4-6中的任一權(quán)利要求所述多核苷酸與質(zhì)粒、病毒或運(yùn)載體表達(dá)載體構(gòu)建而成的重組載體。
8.一種含有外源多核苷酸的遺傳工程化宿主細(xì)胞，其特征在于它是選自于下列一種宿主細(xì)胞(a)用權(quán)利要求7所述的重組載體轉(zhuǎn)化或轉(zhuǎn)導(dǎo)的宿主細(xì)胞；或(b)用權(quán)利要求4-6中的任一權(quán)利要求所述多核苷酸轉(zhuǎn)化或轉(zhuǎn)導(dǎo)的宿主細(xì)胞。
9.一種具有人S4核糖體蛋白54活性的多肽的制備方法，其特征在于所述方法包括(a)在表達(dá)人S4核糖體蛋白54條件下，培養(yǎng)權(quán)利要求8所述的工程化宿主細(xì)胞；(b)從培養(yǎng)物中分離出具有人S4核糖體蛋白54活性的多肽。
10.一種能與多肽結(jié)合的抗體，其特征在于所述抗體是能與人S4核糖體蛋白54特異性結(jié)合的抗體。
11.一類模擬或調(diào)節(jié)多肽活性或表達(dá)的化合物，其特征在于它們是模擬、促進(jìn)、拮抗或抑制人S4核糖體蛋白54的活性的化合物。
12.如權(quán)利要求11所述的化合物，其特征在于它是SEQ ID NO:1所示的多核苷酸序列或其片段的反義序列。
13.一種權(quán)利要求11所述化合物的應(yīng)用，其特征在于所述化合物用于調(diào)節(jié)人S4核糖體蛋白54在體內(nèi)、體外活性的方法。
14.一種檢測與權(quán)利要求1-3中的任一權(quán)利要求所述多肽相關(guān)的疾病或疾病易感性的方法，其特征在于其包括檢測所述多肽的表達(dá)量，或者檢測所述多肽的活性，或者檢測多核苷酸中引起所述多肽表達(dá)量或活性異常的核苷酸變異。
15.如權(quán)利要求1-3中的任一權(quán)利要求所述多肽的應(yīng)用，其特征在于它應(yīng)用于篩選人S4核糖體蛋白54的模擬物、激動劑，拮抗劑或抑制劑；或者用于肽指紋圖譜鑒定。
16.如權(quán)利要求4-6中的任一權(quán)利要求所述的核酸分子的應(yīng)用，其特征在于它作為引物用于核酸擴(kuò)增反應(yīng)，或者作為探針用于雜交反應(yīng)，或者用于制造基因芯片或微陣列。
17.如權(quán)利要求1-6及11中的任一權(quán)利要求所述的多肽、多核苷酸或化合物的應(yīng)用，其特征在于用所述多肽、多核苷酸或其模擬物、激動劑、拮抗劑或抑制劑以安全有效劑量與藥學(xué)上可接受的載體組成作為診斷或治療與人S4核糖體蛋白54異常相關(guān)的疾病的藥物組合物。
18.權(quán)利要求1-6及11中的任一權(quán)利要求所述的多肽、多核苷酸或化合物的應(yīng)用，其特征在于用所述多肽、多核苷酸或化合物制備用于治療如惡性腫瘤，血液病，HIV感染和免疫性疾病和各類炎癥的藥物。
全文摘要
本發(fā)明公開了一種新的多肽——人S4核糖體蛋白54,編碼此多肽的多核苷酸和經(jīng)DNA重組技術(shù)產(chǎn)生這種多肽的方法。本發(fā)明還公開了此多肽用于治療多種疾病的方法,如惡性腫瘤,血液病,HIV感染和免疫性疾病和各類炎癥等。本發(fā)明還公開了抗此多肽的拮抗劑及其治療作用。本發(fā)明還公開了編碼這種新的人S4核糖體蛋白54的多核苷酸的用途。
文檔編號C07H21/00GK1324839SQ0011580
公開日2001年12月5日 申請日期2000年5月24日 優(yōu)先權(quán)日2000年5月24日
發(fā)明者毛裕民, 謝毅 申請人:上海博德基因開發(fā)有限公司