專利名稱：：檢測(cè)Ia型糖原累積病的基因芯片的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
：本發(fā)明涉及一種生物
技術(shù)領(lǐng)域：
的基因芯片，具體是一種檢測(cè)Ia型糖原累積病的基因芯片。
背景技術(shù)：
：遺傳性代謝病(inheritedmetabolicdisorders)是因維持機(jī)體正常代謝所必需的某些由多肽和(或)蛋白組成的酶、受體、載體及膜泵生物合成發(fā)生遺傳缺陷及編碼這類多肽(蛋白)的基因發(fā)生突變而導(dǎo)致的疾病。大多為單基因病，屬常染色體隱性遺傳。隨著人們對(duì)此類疾病認(rèn)識(shí)的加深及實(shí)驗(yàn)分析技術(shù)的發(fā)展，這類疾病的診斷率明顯上升，目前已達(dá)上萬(wàn)種。此類疾病種類繁多，涉及到糖類、氨基酸、脂類等的代謝紊亂，臨床癥狀多種多樣，目前臨床診斷主要依靠于生化檢査及氨基酸、有機(jī)酸分析等，只有少數(shù)醫(yī)院和研究機(jī)構(gòu)可以對(duì)其中的某些疾病進(jìn)行基因診斷。而患者出現(xiàn)血液或尿液生化改變時(shí)往往已經(jīng)嚴(yán)重影響了其生存質(zhì)量，所以常規(guī)的診斷方法無(wú)法對(duì)遺傳代謝病進(jìn)行早期診斷和產(chǎn)前診斷。糖原累積病(glyeogenstoragedisease,GSD)Ia型是先天性遺傳代謝病的一種，屬常染色體隱性遺傳，活產(chǎn)兒的患病率為1/100000。由于缺乏葡萄糖—6—磷酸酶(G6Pase)而使糖原無(wú)法正常分解為葡萄糖，從而造成嚴(yán)重的低血糖，肝脾腫大和生長(zhǎng)落后。編碼G6Pase的G6PC基因被定位于17q2.1，長(zhǎng)約12.5kb，包含5個(gè)外顯子。GSDIa屬于可治性的遺傳疾病，早期診斷和治療是影響預(yù)后的關(guān)鍵。經(jīng)對(duì)現(xiàn)有技術(shù)的文獻(xiàn)檢索發(fā)現(xiàn)，(1)KanYW在《Lancet》1978年第2期910-912頁(yè)發(fā)表的《Antenataldiagnosisofsickle-cellanaemiabyDNAanalysisofamniotic_fluidcells》(對(duì)羊水細(xì)胞DNA分析來(lái)進(jìn)行鐮狀細(xì)胞貧血的產(chǎn)前診斷)一文最先提出用PCR-RFLP(聚合酶鏈反應(yīng)-限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性)的方法來(lái)進(jìn)行基因診斷，該4方法利用多種限制性內(nèi)切酶對(duì)基因擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行酶切，不同的基因序列會(huì)產(chǎn)生不同的電泳圖譜，但該方法只能應(yīng)用于突變改變了某一酶切位點(diǎn)時(shí)。此后，對(duì)PCR-RFLP方法進(jìn)行改進(jìn)后形成了PCR-AIRS，即在突變位點(diǎn)引入酶切位點(diǎn)，HaliassosA在《NucleicAcidsReaseach》1989年第17期第8093-8099頁(yè)發(fā)表題為《DetectionofminoritypointmutationsbymodifiedPCRtechnique:anewapproachforasensitivediagnosisoftumor-progressionmarkers》(用改良的PCR技術(shù)進(jìn)行點(diǎn)突變的檢測(cè)敏感診斷腫瘤進(jìn)展標(biāo)記物的新方法)一文，文章使用PCR-AIRS方法進(jìn)行基因突變檢測(cè)，但此方法多態(tài)信息受到限制性內(nèi)切酶種類和數(shù)量的限制，還可能產(chǎn)生堿基錯(cuò)配而引起檢測(cè)錯(cuò)誤，且與RFLP—樣存在技術(shù)步驟繁瑣、工作量大、成本高、對(duì)樣品質(zhì)量要求高等問(wèn)題，所以其應(yīng)用受到了一定的限制；(2)0ritaM在1989年第8期《ProcNatlAcadSciUSA》2766-2770頁(yè)發(fā)表的《DetectionofpolymorphismsofhumanDNAbygelelectrophoresisassingle-standconformationpolymorphisms》(單鏈構(gòu)象多態(tài)性凝膠電泳檢測(cè)人類DNA多態(tài)性)一文，文中提及應(yīng)用PCR-SSCP(聚合酶鏈反應(yīng)-單鏈構(gòu)象多態(tài)性)基因檢測(cè)，該方法是在非變性聚丙烯酰胺凝膠上，單鏈DNA分子依據(jù)其堿基序列不同而形成不同構(gòu)象，一個(gè)堿基的改變也將影響其構(gòu)象而導(dǎo)致在凝膠上的移動(dòng)速度改變，從而檢測(cè)出基因突變。此法簡(jiǎn)單快速，但只能檢測(cè)到突變的存在，并不能明確突變的部位和方式，還需通過(guò)序列分析來(lái)確定；(3)DNA測(cè)序是最直接最準(zhǔn)確的方法，1987年商品化的自動(dòng)DNA測(cè)序儀問(wèn)世，測(cè)序速度得到提高，但是價(jià)格比較昂貴。人類基因組計(jì)劃的完成就有賴于自動(dòng)的DNA測(cè)序，例如LanderES在2001年第6822期《Nature》860-921頁(yè)發(fā)表的名為《Initialsequencingandanalysisofthehumangenome》(對(duì)人類基因組的初步測(cè)序及分析)的文章?？傊?，現(xiàn)有的檢測(cè)方法存在操作復(fù)雜，花費(fèi)時(shí)間長(zhǎng)，成本較高，難以自動(dòng)化和高通量分析等問(wèn)題。
發(fā)明內(nèi)容本發(fā)明的目的在于克服現(xiàn)有技術(shù)的不足，提供一種檢測(cè)la型糖原累積病的基因芯片。本發(fā)明的診斷芯片操作步驟簡(jiǎn)單，檢測(cè)特異性高，穩(wěn)定性好，時(shí)間短，成本低，適用于臨床患者基因突變檢測(cè)和正常人雜合子攜帶者檢測(cè)。本發(fā)明是通過(guò)以下技術(shù)方案實(shí)現(xiàn)的，本發(fā)明涉及一種檢測(cè)Ia型糖原累積病的基因芯片，包括片基以及固定在片基上的探針，其中探針為SEQIDNO.1-48所示的核苷酸序列。所述片基為載玻片、硅片、膜、高分子材料中的一種。所述探針具體為.-SEQIDNO.1-3所示的核苷酸對(duì)應(yīng)檢測(cè)SEQIDNO.49所示的核苷酸序列第648個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由G—T;SEQIDN0.4-6所示的核苷酸對(duì)應(yīng)檢測(cè)SEQIDNO.49所示的核苷酸序列第248個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由G—A;SEQIDNO.7-9所示的核苷酸對(duì)應(yīng)檢測(cè)SEQIDNO.49所示的核苷酸序列第262個(gè)堿基是否發(fā)生突變，G缺失；SEQIDNO.10-12所示的核苷酸對(duì)應(yīng)檢測(cè)SEQIDNO.49所示的核苷酸序列第310個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由C—T;SEQIDNO.13-15所示的核苷酸對(duì)應(yīng)檢測(cè)SEQIDNO.49所示的核苷酸序列第508個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由C—T;SEQIDNO.16-18所示的核苷酸對(duì)應(yīng)檢測(cè)SEQIDNO.49所示的核苷酸序列第279個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由C—A;SEQIDNO.19-21所示的核苷酸對(duì)應(yīng)檢測(cè)SEQIDNO.49所示的核苷酸序列第1022個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由T—A;SEQIDNO.22-24所示的核苷酸對(duì)應(yīng)檢測(cè)SEQIDNO.49所示的核苷酸序列第209個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由G—A;SEQIDNO.25-27所示的核苷酸對(duì)應(yīng)檢測(cè)SEQIDNO.49所示的核苷酸序列第792個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由C—A;SEQIDNO.28-30所示的核苷酸對(duì)應(yīng)檢測(cè)SEQIDNO.49所示的核苷酸序列第518個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由T—C;SEQIDNO.31-33所示的核苷酸對(duì)應(yīng)檢測(cè)SEQIDNO.49所示的核苷酸序列第479個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由G—A;SEQIDNO.34-36所示的核苷酸對(duì)應(yīng)檢測(cè)SEQIDNO.49所示的核苷酸序列第674個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由T—C;SEQIDNO.37-39所示的核苷酸對(duì)應(yīng)檢測(cè)SEQIDNO.49所示的核苷酸序列第965個(gè)堿基是否發(fā)生突變，T缺失；SEQIDNO.40-42所示的核苷酸對(duì)應(yīng)檢測(cè)SEQIDNO.49所示的核苷酸序列第976個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由T—C;SEQIDNO.43-45所示的核苷酸對(duì)應(yīng)檢測(cè)SEQIDNO.49所示的核苷酸序列第814個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由G—T;SEQIDNO.46-48所示的核苷酸對(duì)應(yīng)檢測(cè)SEQIDNO.49所示的核苷酸序列第1097個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由T—C。本發(fā)明的基因芯片采用基于連接酶檢測(cè)反應(yīng)與通用芯片技術(shù)相結(jié)合的分型方法，針對(duì)人群中GSDIa病人的16個(gè)熱點(diǎn)突變位點(diǎn)，每個(gè)位點(diǎn)設(shè)計(jì)3條特異性探針，兩條位于突變位點(diǎn)5'端，分別帶有野生型堿基和突變型堿基，一條位于突變位點(diǎn)3'端，稱為common探針，末端攜帶熒光基團(tuán)。只有當(dāng)位點(diǎn)兩端的探針序列均與模板完全配對(duì)，連接酶才會(huì)將兩條探針連接起來(lái)，如果存在錯(cuò)配堿基，連接反應(yīng)則不能進(jìn)行。因此，只有與模板基因型相同的5'端探針才能和common探針連接在一起，從而發(fā)出熒光信號(hào)。芯片片基上固定有Zip探針，5'端特異性探針末端具有與Zip探針序列互補(bǔ)的cZip序列，所以當(dāng)LDR反應(yīng)后的產(chǎn)物與芯片雜交時(shí)，cZip序列就引導(dǎo)反應(yīng)產(chǎn)物與Zip探針雜交，在芯片的特定位置可以檢測(cè)到熒光信號(hào)，從而分析模板的基因型。本發(fā)明具有如下的有益效果本發(fā)明的診斷芯片操作步驟簡(jiǎn)單，只需要進(jìn)行一次多重PCR反應(yīng)和連接酶反應(yīng)，雜交掃描即可；檢測(cè)特異性高，穩(wěn)定性好，該芯片可正確區(qū)分各個(gè)位點(diǎn)的純合子和雜合子，多次試驗(yàn)重復(fù)性高；時(shí)間短，從樣本抽提到得到掃描結(jié)果可在一個(gè)工作日內(nèi)完成；采用通用芯片技術(shù)，片基也可通用于其他芯片，有效降低了成本，適用于臨床患者基因突變檢測(cè)、產(chǎn)前診斷和正常人雜合子攜帶者檢測(cè)。圖1為用激光共聚焦微陣列掃描儀對(duì)雜交后的基因芯片進(jìn)行掃描的結(jié)果圖。具體實(shí)施例方式7下面結(jié)合具體實(shí)施例進(jìn)一步闡述本發(fā)明。應(yīng)理解為這些實(shí)施例僅用于說(shuō)明本發(fā)明而不用于限制本發(fā)明的范圍。下列實(shí)施例中未注明具體條件的實(shí)驗(yàn)方法，通常按照常規(guī)條件，例如Sambrook等分子克隆實(shí)驗(yàn)室手冊(cè)見(jiàn)NewYorkColdSpringHarborLaboratory出版社1989年版中所述的條件，或按照制造廠商所建議的條件。步驟一，片基處理及點(diǎn)樣將玻片用雙蒸水洗凈，在堿液中浸泡過(guò)夜，取出后用雙蒸水清洗3遍，再于體積分?jǐn)?shù)為l"/。的HCl中浸泡30分鐘，清洗后置于玻片缸中待用。將清潔后的玻片經(jīng)過(guò)4-氨丁基三乙氧基硅烷溶液氨基化處理，再經(jīng)苯異硫氰酸酯溶液進(jìn)行異硫氫基化處理，用氮?dú)獯蹈珊?，放?'C避光保存；芯片Zip探針是隨機(jī)組合的長(zhǎng)度為24bp的寡核苷酸片段，將這些寡核苷酸序列利用NCBI網(wǎng)站上的BLAST功能與目的基因組序列進(jìn)行同源性比較，選擇其中同源性程度最低的一組作為Zip探針序列。位點(diǎn)特異性探針長(zhǎng)度不等，需保證其Tm值基本保持一致，以確保后續(xù)反應(yīng)的均一性；將合成好的Zip探針溶解于點(diǎn)樣液中，將探針溶液轉(zhuǎn)移到對(duì)應(yīng)的96孔板內(nèi)，使用GMS417點(diǎn)樣儀，運(yùn)行相應(yīng)程序?qū)⑻结橖c(diǎn)到活化好的片基上，置于37'C，90%濕度的恒溫恒濕箱中過(guò)夜，使探針與玻片充分交聯(lián)。固定好的片基在氨水中封閉反應(yīng)的活性基團(tuán)，可以儲(chǔ)存于4'C以備下步雜交實(shí)驗(yàn)用。步驟二，樣品準(zhǔn)備準(zhǔn)備全血樣品，用苯酚-氯仿法抽提全血中的基因組DNA。步驟三，突變檢測(cè)位點(diǎn)的選擇需要進(jìn)行檢測(cè)的16個(gè)突變位點(diǎn)涵蓋了95%以上的GSDIa病人，突變位點(diǎn)及探針核心序列如表l，表l<table>tableseeoriginaldocumentpage8</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage9</column></row><table>突變形式中的"del"表示缺失突變，如262delG表示SEQIDNO.49所示的核苷酸序列中第262位堿基缺失;"〉"表示置換突變，如648G〉T表示SEQIDNO.49所示的核苷酸序列中第648位堿基由G突變?yōu)門。依次類推，以上16種突變所代表的位置是在SEQIDN0.49所示的核苷酸序列中第648個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由G—T;第248個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由G—A;第262個(gè)堿基是否發(fā)生突變，G缺失；第310個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由C—T;第508個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由C—T;第279個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由C—A;第1022個(gè)堿基是否發(fā)生突變由T—A第209個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由G—A;第674個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由T—C;第792個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由C—A;第518個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由T—C;第479個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由G—A;第976個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由T—C;第965個(gè)堿基是否發(fā)生突變，T缺失；第814個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由G—T;第1097個(gè)堿基是否發(fā)生突變由T—C步驟四，多重PCR擴(kuò)增分別以各樣本的基因組DNA為模板，進(jìn)行多重PCR。上述16個(gè)突變位點(diǎn)分布于4個(gè)外顯子上，四重PCR在一個(gè)反應(yīng)管中進(jìn)行。四重PCR反應(yīng)成分(25ul體系)20ng基因組DNA，lOmMTris-HC1，50mMKCl，3.OraMMgCl"200uMdNTP，0.6ixM各引物，2.5UTaqDNA聚合酶。反應(yīng)條件為94。C預(yù)變性4min，94。C變性30s，55。C退火45s，68。C延伸2min,循環(huán)30次，68。C10min。反應(yīng)完成后在反應(yīng)混合液中加入lul蛋白酶K，7(TC反應(yīng)10min，隨后94°C20min滅活蛋白酶K;四重PCR反應(yīng)的引物如表2所示，表2擴(kuò)增位點(diǎn)上游引物下游引物209G〉A(chǔ)5'-TCTGCTGACATCTTCCT-3'5，-GCCTCTTTTCTTGCTGA-3'248G〉A(chǔ)，262delG，310OT,279C〉A(chǔ)5'-GCATTCATTCAGTMCCC-3'5,-TCCACTCAGCTTCTGTCT-3'508C〉T，518T〉C，479G〉A(chǔ)5'-GCCAGGCTCCMCATTT-3'5,-GGAGAGAAACGGMTGG-3'648G〉T,1022T〉A(chǔ)，792C〉A(chǔ),976T〉C,674T〉C，965delr，1097T〉C,814G〉T5'-CTTCCTATCTCTCACAG-3，5'-TCACTTGCTCCAMTACC-3'步驟五，連接反應(yīng)蛋白酶K消化后的擴(kuò)增產(chǎn)物，立刻進(jìn)行LDR反應(yīng)。在反應(yīng)液中依次加入IOXTaqligasebuffer2u1，探針混合液1u1，各探針濃度均為1UM，TaqDNAligase0.25yl，補(bǔ)水至總體積20u1;反應(yīng)條件為94。C變性30s，65。C退火4min，循環(huán)40次。步驟六，雜交向20ulLDR反應(yīng)液中加入15nl雙蒸水和35yl2X雜交液，混勻后于95'C加熱變性5min，迅速放于冰上冷卻，離心待用。將雜交框粘貼于點(diǎn)樣區(qū)域，吸取65ul雜交液添加到雜交框中，封閉好置于65X:雜交箱中雜交1小時(shí)。雜交結(jié)束后，去掉雜交框，將芯片分別放于0.3XSSC/0.P/。SDS和0.06XSSC中各洗脫lmin，離心甩干。步驟七，掃描與分析雜交后的芯片用激光共聚焦微陣列掃描儀進(jìn)行掃描，得到的圖象用軟件進(jìn)行分析。最終獲得各個(gè)樣本點(diǎn)的熒光信號(hào)強(qiáng)度值和背景值，扣除背景影響后得到該點(diǎn)的AMSI值(absolutemediansignalintensities)。掃描結(jié)果如圖1所述101，2列信號(hào)代表648G〉T位點(diǎn)的突變型和野生型，3-32列依次表示另外15個(gè)位點(diǎn)的突變型和野生型。每個(gè)位點(diǎn)的野生型和突變型均進(jìn)行4個(gè)點(diǎn)重復(fù)。33列為陰性對(duì)照，34列為陽(yáng)性對(duì)照。根據(jù)同一位點(diǎn)野生型和突變型探針點(diǎn)的絕對(duì)信號(hào)強(qiáng)度比值，確定基因型。本實(shí)施例操作步驟簡(jiǎn)單，只需要進(jìn)行一次多重PCR反應(yīng)和連接酶反應(yīng)，雜交掃描即可；檢測(cè)特異性高，穩(wěn)定性好，經(jīng)前期試驗(yàn)該芯片可正確區(qū)分各個(gè)位點(diǎn)的純合子和雜合子，多次試驗(yàn)重復(fù)性高；時(shí)間短，從樣本抽提到得到掃描結(jié)果可在一個(gè)工作日內(nèi)完成；采用通用芯片技術(shù)，片基也可通用于其他芯片，有效降低了成本。序列表<110>上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬新華醫(yī)院，上海交通大學(xué)<120>檢測(cè)Ia型糖原累積病的基因芯片<160>49<210>1<211>20<212>DNA<213>人工序列<400>1ttctcattaccttcttcctg20<210>2<211>20<212>DNA<213>人工序列<400>2ttctcattaccttcttcctt20<210>3<211>20<212>DNA〈213>人工序列<400>3agcttcgccatcggatttta20<210>4<211>20<212〉■<213>人工序列<400>43gg3ttctctttggacsgcg加<210>5<211>21<212>DNA<213>人工序列<400>5aggattctctttggacagcag21<210>6<211>20〈212〉DNA<213>人工序列<400>6ctggtgggttttggatactg<210>7<211〉19<212>DNA<213〉人工序列<400>7cagcgtccatactggtggg<210>8<211〉18〈212〉腿<213>人工序列<400〉8cagcgtccatactggtgg<210>9<211>18<212>麗<213>人工序列<400>9ttttggatactgactact<210>10<211>21<212>腿<213>人工序列<400>10cttccgtgcccctgataaagc<210>11〈211〉21〈212>DNA<213>人工序列<400>11cttccgtgcccctgataaagt說(shuō)明書第10/17頁(yè)201918182113<210>12<211>16<212>DNA<213>人工序列<400>12agttccctgtaacctg16<210>13<211〉19<212〉廳<213>人工序列〈400〉13ctgaatgtctgtctgtcac19〈210>14<211〉19〈212>DNA<213>人工序列<400〉14ctgaatgtctgtctgtcat19<210〉15<211〉17<212>腿<213>人工序列<400>15gaatctaccttgctgct17<210>16<211>20<212>DNA<213>人工序列〈400〉16gggttttggatactgactac20<210>17<211>20<212>DNA<213>人工序列<400〉17gggttttggatactgactaa2014<210>18<211〉16<212>DNA<213>人工序列<400>18tacagcaacacttccg16〈210〉19<211>17〈212>DNA<213>人工序列<400>19gcatccgtcagtgtcat17<210>20<211>17<212>腿〈213>人工序列<400>20gcatccgtcagtgtcaa17<210>21<211>14<212〉DNA<213>人工序列〈400〉21cccctactgcctcg14<210>22<211>19〈212〉DNA<213>人工序列〈400〉22tagctgtgattggagactg19<210>23〈211〉19<212>DNA<213〉人工序列〈400>23tagctgtgattggagacta1919<212〉麗<213〉人工序列〈400〉24gctcaacctcgtctttaag19<210>25〈211>17<212〉靈<213>人工序列<400>25ccagcctcctcaagaac17<210>26<211>17<212>腿<213>人工序列<400〉26ccagcctcctcaagaaa17〈210〉27〈211〉13〈212>DNA<213>人工序列〈400〉27ctgggcacgctct13<210>28<211>19〈212〉DNA<213〉人工序列<400>28gtctgtcacgaatctacct19<210>29<211>19<212>DNA<213>人工序列〈400〉29gtctgtcacgaatctaccc1916<210>30<211>17<212>畫<213>人工序列<400〉30tgctgctcattttcctc17〈210〉31<211>19<212〉DNA<213>人工序列<400>31atttgtggttgggattctg19<210〉32<211>19<212>DNA<213〉人工序列<400>32atttgtggttgggattcta19〈210>33〈211〉17<212>DNA<213〉人工序列〈柳>33ggctgtgcagctgaatg17<210>34<211〉18<212>DNA<213>人工序列<400〉34cgccatcggattttatct18<210>35<211>18〈212〉DNA〈213>人工序列〈400〉35cgccatcggattttatcc18<210>36<211〉17<212〉腿<213〉人工序列<400〉36gctgctcaagggactgg17<210>37<211>19<212>腿<213>人工序列〈400〉37cccaagtcgagctggtctt19<210>38<211>18<212〉DNA<213>人工序列<400>38cccaagtcgagctggtct18<210>39<211>17〈212>腿〈213〉人工序列<400>39ctacgtcttgtccttct17<210>40<211>19<212>飄<213>人工序列<400>40ctggtcttctacgtcttgt19<210〉41<211>19<212〉醒<213〉人工序列<400>41ctggtcttctacgtcttgc1918<formula>formulaseeoriginaldocumentpage19</formula><210〉48<211>17<212〉DNA<213〉人工序列〈400〉48aaagtcaacaaccatgc〈210〉49<211〉1074〈212〉薩〈213〉人(Homosapiens)<220〉〈221〉CDS<222〉(1)…(1269)〈400〉493tggagg犯gg犯tg犯tgttctccatgacgtgaattaccaagactcccagg3CtggttCaatgccttctacgtcctcttccccatctggctcctttgggtagctgtgattgg柳ctggggaicagcgtccatactggtgggttUggatctgataaagcagttccctgtaacctgtgagatgggcacagcaggtgtat3ctacgtgatgaagst犯agccgacctacagatttcggtgcgctgtgcagctgaatgtctgtctgtcacgagttgttgctggagtcctgtcsggcattgctatctataatgccagcctcaaatcggattttatctgctgctC卿gg3Ctggccc卿ggtggtgcgagcagcc卿atggctcctcaagaacctgggcacgctctttggcgC3娜gg犯actcagcaaggcctccctcgtcctcctgcacgtctttgacgtcttctacgtcttgtccttctgcaagagtatcccctactgcctcgcccaggtcctgggctggagtcttcggtgtttaaagtcaacaacc卿c組gggcactggtatttggagc卿ttaaatcacgg3tggC3g3ttggagggtcgcgccctcagc17tttgggatccagtcaacacattacctccag60atcttggtgtccgtgatcgcagacctC3gg120ttccatcttc3gg卿Ctgtgggcatta肌180ctcaacctcgtctttaagtggattctcttt240actgactactttccgtgccc300actggaccsgggagcccctctggccatgcc360gtcacatctactctttccatctttcaggga420ttgaatgtcattttgtggttggg3ttCtgg480atctaccttgctgctcattttcctcatcaa540gttax:a^aBctttcagccacatccacagc600ctcattaccttcttcctgttcagcttcgcc660ggtgt卿cctcctgtggactctggag犯a720gtccacattgctttgccagc780ctggggctggctctcaactccagcatgtac840tggctcccattccgcctcagctctattgta900tccttgaaacccccatcccaagtcg柳tg960gcggtagtgcccctggcatccgtcagtgtc1020cagccgcaca1080atgccagggattg鄉(xiāng)aggactactatttg1140gacatgccatCC3"ttCtgCCgtcgtgg組1200ctggcttattcccatgtgtgactccagcct1260126920權(quán)利要求1、一種檢測(cè)Ia型糖原累積病的基因芯片，包括片基以及固定在片基上的探針，其特征在于，所述探針為SEQIDNO.1-48所示的核苷酸序列。2、根據(jù)權(quán)利要求l所述的檢測(cè)Ia型糖原累積病的基因芯片，其特征是，所述片基為載玻片、硅片、膜、高分子材料的一種。3、根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的檢測(cè)Ia型糖原累積病的基因芯片，其特征是，所述探針具體為SEQIDNO.1-3所示的核苷酸對(duì)應(yīng)檢測(cè)SEQIDNO.49所示的核苷酸序列第648個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由G—T;SEQIDNO.4-6所示的核苷酸對(duì)應(yīng)檢測(cè)SEQIDNO.49所示的核苷酸序列第248個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由G—A;SEQIDNO.7-9所示的核苷酸對(duì)應(yīng)檢測(cè)SEQIDNO.49所示的核苷酸序列第262個(gè)堿基是否發(fā)生突變，G缺失；SEQIDNO.10-12所示的核苷酸對(duì)應(yīng)檢測(cè)SEQIDNO.49所示的核苷酸序列第310個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由C—T;SEQIDNO.13-15所示的核苷酸對(duì)應(yīng)檢測(cè)SEQIDNO.49所示的核苷酸序列第508個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由C—T;SEQIDNO.16-18所示的核苷酸對(duì)應(yīng)檢測(cè)SEQIDNO.49所示的核苷酸序列第279個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由C—A;SEQIDNO.19-21所示的核苷酸對(duì)應(yīng)檢測(cè)SEQIDNO.49所示的核苷酸序列第1022個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由T—A;SEQIDNO.22-24所示的核苷酸對(duì)應(yīng)檢測(cè)SEQIDNO.49所示的核苷酸序列第209個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由G—A;SEQIDNO.25-27所示的核苷酸對(duì)應(yīng)檢測(cè)SEQIDNO.49所示的核苷酸序列第792個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由C—A;SEQIDNO.28-30所示的核苷酸對(duì)應(yīng)檢測(cè)SEQIDNO.49所示的核苷酸序列第518個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由T—C;SEQIDNO.31-33所示的核苷酸對(duì)應(yīng)檢測(cè)SEQIDNO.49所示的核苷酸序列第479個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由G—A;SEQIDNO.34-36所示的核苷酸對(duì)應(yīng)檢測(cè)SEQIDNO.49所示的核苷酸序列第674個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由T—C;SEQIDNO.37-39所示的核苷酸對(duì)應(yīng)檢測(cè)SEQIDNO.49所示的核苷酸序列第965個(gè)堿基是否發(fā)生突變，T缺失；SEQIDNO.40-42所示的核苷酸對(duì)應(yīng)檢測(cè)SEQIDNO.49所示的核苷酸序列第976個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由T—C;SEQIDNO.43-45所示的核苷酸對(duì)應(yīng)檢測(cè)SEQIDNO.49所示的核苷酸序列第814個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由G—T;SEQIDNO.46-48所示的核苷酸對(duì)應(yīng)檢測(cè)SEQIDNO.49所示的核苷酸序列第1097個(gè)堿基是否發(fā)生突變，由T—C。全文摘要一種生物
技術(shù)領(lǐng)域：
的檢測(cè)Ia型糖原累積病的基因芯片，該芯片包括片基以及固定在片基上的探針，其中探針為SEQIDNO.1-48所示的核苷酸序列。本發(fā)明的診斷芯片操作步驟簡(jiǎn)單，檢測(cè)特異性高，穩(wěn)定性好，從樣本抽提到得到掃描結(jié)果可在一個(gè)工作日內(nèi)完成，成本低，適用于臨床患者基因突變檢測(cè)、產(chǎn)前診斷和正常人雜合子攜帶者檢測(cè)。文檔編號(hào)C40B40/06GK101509039SQ200910047768公開(kāi)日2009年8月19日申請(qǐng)日期2009年3月19日優(yōu)先權(quán)日2009年3月19日發(fā)明者秦勝營(yíng),許珊珊,顧學(xué)范申請(qǐng)人:上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬新華醫(yī)院;上海交通大學(xué)