本發(fā)明涉及生物信息，尤其涉及一種生物信息數(shù)據(jù)分析流程的自動生成方法、介質(zhì)及設(shè)備。

背景技術(shù)：

1、自2007年以來，第二代大規(guī)模并行測序技術(shù)發(fā)展極為迅猛，為人類更深入地理解遺傳病、癌癥、生物進化、生理特性等多個生命科學重大課題開辟了嶄新的道路。然而生物信息的數(shù)據(jù)量大，測序長度短，對重復(fù)區(qū)段及低質(zhì)量序列敏感等特點也給相應(yīng)的數(shù)據(jù)分析流程帶來了巨大的挑戰(zhàn)。目前分析生物信息數(shù)據(jù)，需要由經(jīng)驗豐富的生物信息人員（以下簡稱生信人員）專門開發(fā)對應(yīng)的分析流程并合理設(shè)置各項參數(shù)才能排除數(shù)據(jù)中的噪音錯誤，進而產(chǎn)出正確的結(jié)果。這些結(jié)果后續(xù)還需要經(jīng)過一系列分析流程才能形成能被不具有深厚生物信息知識背景的普通生物和醫(yī)學工作者（以下簡稱為普通生物和醫(yī)學工作者）所能理解的圖形表格等結(jié)論。

2、由于生物信息數(shù)據(jù)分析流程的專業(yè)性，其編寫、修改和維護只能依賴于生信人員，因此對相關(guān)的研究和臨床工作容易形成阻礙：一方面，有些研究機構(gòu)和醫(yī)院沒有預(yù)算維持專業(yè)生物信息人員，因此相關(guān)的數(shù)據(jù)分析流程必須找外部機構(gòu)合作，大大降低了響應(yīng)速度，造成研究和臨床工作進度延緩，同時，溝通上的障礙也容易造成生信人員無法按照研究人員的思路提供合適的流程和結(jié)果；另一方面，專業(yè)生信人員被困于分析流程的維護修改等重復(fù)性勞動中，難以發(fā)揮其能力從事更具有創(chuàng)造性的生信研究。

3、為了解決上述困難，近年來很多機構(gòu)開始建設(shè)低代碼量的生信流程開發(fā)平臺，這些平臺可以提供封裝為模塊的分析方法，并能夠以圖形化方式將這些模塊串聯(lián)形成流程圖，平臺本身再根據(jù)流程圖具體實現(xiàn)分析流程，并控制流程的運行和輸出結(jié)果。這類平臺很大程度上降低了生信人員開發(fā)和維護分析流程的勞動量，因此取得了一定的效果。但即使采用圖形化的可視方式來搭建分析流程，仍然需要生信人員對模塊進行增刪操作，普通生物和醫(yī)學工作者還是無法根據(jù)自己的研究思路自行實現(xiàn)分析流程。

技術(shù)實現(xiàn)思路

1、為了解決背景技術(shù)中提到的至少一個技術(shù)問題，本發(fā)明的目的在于提供一種生物信息數(shù)據(jù)分析流程的自動生成方法、介質(zhì)及設(shè)備，可以根據(jù)用戶的需求自動生成分析流程，提高生物信息數(shù)據(jù)的分析效率，減少人力成本。

2、為實現(xiàn)上述目的，本發(fā)明提供如下技術(shù)方案：

3、第一方面，本發(fā)明實施例提供了一種生物信息數(shù)據(jù)分析流程的自動生成方法，包括：

4、s101，獲取用戶提供的生物信息數(shù)據(jù)；

5、s102，根據(jù)生物信息數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)類型，提供與數(shù)據(jù)類型相匹配的結(jié)果輸出模塊，并提供每個結(jié)果輸出模塊的輸出示例用于供用戶選擇；

6、s103，將用戶選擇的若干結(jié)果輸出模塊分別作為目標模塊加入到模塊庫中；

7、s104，針對每一目標模塊檢測是否存在前置模塊；若存在一個或多個前置模塊，將不在模塊庫的前置模塊均加入模塊庫中，并將加入的前置模塊分別與目標模塊按前后順序連接；再檢測目標模塊是否存在條件模塊；若存在一個或多個條件模塊，將不在模塊庫的條件模塊均加入模塊庫中，并將目標模塊分別與加入的條件模塊進行連接；

8、s105，將s104中加入的前置模塊和條件模塊作為目標模塊，重復(fù)執(zhí)行s104，直到模塊庫中不再加入新的前置模塊和條件模塊，將連接得到的流程作為生物信息數(shù)據(jù)分析流程。

9、進一步的，預(yù)先將生物信息數(shù)據(jù)分析流程按步驟拆分成若干模塊，模塊包括腳本文件、配置文件和說明文件，其中說明文件包括模塊名稱、前置模塊名稱、條件模塊名稱、輸入通道、輸出通道。

10、進一步的，s104中，前置模塊還包括數(shù)據(jù)處理時間，當目標模塊存在多個前置模塊時，

11、若多個前置模塊輸出的數(shù)據(jù)類型不同，則將多個前置模塊均加入至模塊庫中，并將加入的前置模塊與目標模塊按前后順序連接；

12、若多個前置模塊輸出的數(shù)據(jù)類型相同，則比較多個前置模塊的數(shù)據(jù)處理時間，選擇最短的數(shù)據(jù)處理時間對應(yīng)的前置模塊加入至模塊庫中，并將加入的前置模塊與目標模塊按前后順序連接。

13、進一步的，s104中，條件模塊用于判斷目標模塊輸出的數(shù)據(jù)能否進行下一步分析，若判斷結(jié)果為否，則顯示報錯指令，用于提示用戶數(shù)據(jù)不能進行下一步分析。

14、進一步的，s104中，針對每一目標模塊檢測是否存在前置模塊的步驟，包括：

15、判斷目標模塊的前置模塊名稱是否為null；

16、若前置模塊名稱不為null，則目標模塊存在前置模塊；若前置模塊名稱為null，則目標模塊不存在前置模塊。

17、進一步的，將不在模塊庫的前置模塊分別與目標模塊連接的步驟，包括：

18、將前置模塊的輸出通道與目標模塊的輸入通道串聯(lián)，用于將前置模塊的數(shù)據(jù)流傳輸?shù)侥繕四K中；

19、將前置模塊與目標模塊的腳本文件、配置文件分別合并。

20、進一步的，s104中，針對每一目標模塊檢測是否存在條件模塊的步驟，包括：

21、判斷目標模塊的條件模塊名稱是否為null；

22、若條件模塊名稱不為null，則目標模塊存在條件模塊；若條件模塊名稱為null，則目標模塊不存在條件模塊。

23、進一步的，s104中，將目標模塊分別與不在模塊庫的條件模塊連接的步驟，包括：

24、將目標模塊的輸出通道與條件模塊的輸入通道串聯(lián)，用于將目標模塊的數(shù)據(jù)流傳輸?shù)綏l件模塊中；

25、將目標模塊與條件模塊的腳本文件、配置文件分別合并。

26、第二方面，本發(fā)明實施例還提供了一種計算機存儲介質(zhì)，其上存儲有計算機程序，該程序被處理器執(zhí)行時實現(xiàn)如上所述的任一生物信息數(shù)據(jù)分析流程的自動生成方法。

27、第三方面，本發(fā)明實施例還提供了一種終端設(shè)備，包括存儲器、處理器以及存儲在所述存儲器上并可在所述處理器上運行的計算機程序，所述處理器執(zhí)行所述計算機程序時實現(xiàn)如上所述的任一生物信息數(shù)據(jù)分析流程的自動生成方法。

28、與現(xiàn)有技術(shù)相比，本發(fā)明的有益效果是：獲取用戶提供的生物信息數(shù)據(jù)，提供與生物信息數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)類型相匹配的結(jié)果輸出模塊供用戶選擇，將用戶選擇的若干結(jié)果輸出模塊分別作為目標模塊加入到模塊庫中，針對每個目標模塊檢測其前置模塊和條件模塊，將不在模塊庫中的前置模塊和條件模塊都加入到模塊庫中，并與目標模塊連接，再把加入的前置模塊和條件模塊作為目標模塊，重復(fù)上述操作，直到模塊庫中不再加入新的前置模塊和條件模塊，將連接得到的流程作為生物信息數(shù)據(jù)分析流程?？梢愿鶕?jù)用戶的需求自動生成分析流程，提高生物信息數(shù)據(jù)的分析效率，減少人力成本。

技術(shù)特征：

1.一種生物信息數(shù)據(jù)分析流程的自動生成方法，其特征在于，包括以下步驟：

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的生物信息數(shù)據(jù)分析流程的自動生成方法，其特征在于，預(yù)先將生物信息數(shù)據(jù)分析流程按步驟拆分成若干個前置模塊和若干個結(jié)果輸出模塊，每個前置模塊和結(jié)果輸出模塊包括腳本文件、配置文件和說明文件，其中所述說明文件包括模塊名稱、前置模塊名稱、條件模塊名稱、輸入通道、輸出通道。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的生物信息數(shù)據(jù)分析流程的自動生成方法，其特征在于，所述s104中，所述前置模塊還包括數(shù)據(jù)處理時間，當所述目標模塊存在多個前置模塊時，

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的生物信息數(shù)據(jù)分析流程的自動生成方法，其特征在于，所述s104中，所述條件模塊用于判斷所述目標模塊輸出的數(shù)據(jù)能否進行下一步分析，若判斷結(jié)果為否，則顯示報錯指令，用于提示用戶數(shù)據(jù)不能進行下一步分析。

5.根據(jù)權(quán)利要求2所述的生物信息數(shù)據(jù)分析流程的自動生成方法，其特征在于，s104中，所述針對每一所述目標模塊檢測是否存在前置模塊的步驟，包括：

6.根據(jù)權(quán)利要求2所述的生物信息數(shù)據(jù)分析流程的自動生成方法，其特征在于，s104中，所述將加入的的前置模塊分別與所述目標模塊按前后順序連接的步驟，包括：

7.根據(jù)權(quán)利要求2所述的生物信息數(shù)據(jù)分析流程的自動生成方法，其特征在于，s104中，針對每一所述目標模塊檢測是否存在條件模塊的步驟，包括：

8.根據(jù)權(quán)利要求2所述的生物信息數(shù)據(jù)分析流程的自動生成方法，其特征在于，s104中，所述將所述目標模塊分別與加入的條件模塊進行連接的步驟，包括：

9.一種計算機存儲介質(zhì)，其上存儲有計算機程序，其特征在于，該程序被處理器執(zhí)行時實現(xiàn)如權(quán)利要求1至8任意一項所述的方法。

10.一種終端設(shè)備，包括存儲器、處理器以及存儲在所述存儲器上并可在所述處理器上運行的計算機程序，其特征在于，所述處理器執(zhí)行所述計算機程序時實現(xiàn)如權(quán)利要求1至8任意一項所述的方法。

技術(shù)總結(jié)
本發(fā)明公開了一種生物信息數(shù)據(jù)分析流程的自動生成方法、介質(zhì)及設(shè)備，涉及生物信息技術(shù)領(lǐng)域。獲取用戶提供的生物信息數(shù)據(jù)，提供與生物信息數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)類型相匹配的結(jié)果輸出模塊供用戶選擇，將用戶選擇的若干結(jié)果輸出模塊分別作為目標模塊加入到模塊庫中，針對每個目標模塊檢測其前置模塊和條件模塊，將不在模塊庫中的前置模塊和條件模塊都加入到模塊庫中，并與目標模塊連接，再把加入的前置模塊和條件模塊作為目標模塊，重復(fù)上述操作，直到模塊庫中不再加入新的前置模塊和條件模塊，將連接得到的流程作為生物信息數(shù)據(jù)分析流程。可以根據(jù)用戶的需求自動生成分析流程，提高生物信息數(shù)據(jù)的分析效率，減少人力成本。

技術(shù)研發(fā)人員：陳灝
受保護的技術(shù)使用者：解碼（上海）生物醫(yī)藥科技有限公司
技術(shù)研發(fā)日：
技術(shù)公布日：2024/12/17